Submitted by Paulo Henrique Jorge (paulohj@ibb.unesp.br) on 2016-09-21T21:22:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Paulo.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T18:14:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jorge_ph_me_bot.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T18:14:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jorge_ph_me_bot.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), é um peixe de ocorrência na bacia Amazônica e uma das principais espécies nativas utilizadas para a produção em aquicultura. O principal objetivo deste estudo foi realizar o sequenciamento do transcriptoma de P. brachypomus por meio de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e, em seguida, caracterizar um conjunto de marcadores microssatélites para esta espécie. Além disso, marcadores microssatélites polimórficos foram usados para realizar a análise da variabilidade genética em estoques cultivados de pirapitinga. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da tecnologia 454/Roche, que resultou em 3.696 contigs não reduntantes (nr). Destes 2.568 genes com correspondência no banco de proteínas (nr) foram caracterizados nas categorias de Gene Ontology (GO), sendo que 2.075 sequências (80,8%) foram anotadas em termos GO. Dos 30 loci de microssatélites, após o processo validação, 8 loci de microssatélites demonstraram polimorfismo. A análise desses marcadores polimórficos em estoques cultivados revelou que as pisciculturas do Norte apresentaram uma maior variabilidade genética (riqueza de alelos e heterozigosidade) do que as Pisciculturas do Sudeste. Além disso, os resultados da AMOVA demonstraram que a maior variação estava presente dentro das populações (62,5%). Entretanto, quando comparado os grupos de acordo com a origem (Selvagem, Pisciculturas do Norte e Pisciculturas do Sudeste), foi verificada uma variação considerável (31,76%) entre os grupos. Estes dados foram corroborados com os valores de Fst, pois houve alta estruturação genética entre os estoques cultivados e a população selvagem, bem como também entre as Pisciculturas do Norte e do Sudeste. A estratégia de sequenciamento do transcriptoma por NGS se demonstrou eficaz na prospecção de marcadores moleculares, além de gerar um alto volume de recursos genéticos para serem explorados em diversas áreas da biologia. Os microssatélites gerados nesse estudo são importantes ferramentas para serem empregadas no manejo genético de estoques de reprodutores cultivados, o que poderá aumentar a produtividade em sistemas de produção e gerar um alto valor agregado do pescado com qualidade genética. / The pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), is a fish that occurrs in the Amazon basin and it is considered as one of the main native species used for production in aquaculture in South America. The main objectives of this study were: 1) to perform the transcriptome sequencing of P. brachypomus through Next Generation Sequencing (NGS) and then characterize a set of microsatellite markers for this species; 2) to apply microsatellite polymorphic markers for analysis of genetic variability in cultured stocks of pirapitinga. The transcriptome sequencing was carried out through the Roche/454 technology, which resulted in 3,696 non-redundant (nr) contigs. Of these total, 2,568 genes had similarity in the protein database nr (Genbank) and were characterized in the categories of Gene Ontology (GO), with 2,075 sequences (80.8%) annotated in GO terms. After the validation process of 30 microsatellite loci, 8 microsatellite markers showed polymorphism. The analysis of these polymorphic markers in cultured stocks revealed that the Northern fish farms had a higher genetic diversity (allele richness and heterozygosity) than the Southeastern fish farms. In addition, the AMOVA results demonstrated the highest variation present within the populations (62.5%). However, when comparing the groups according to the geographic distribution (Wild, North Fish farms and fish farms in the Southeast), it was observed a considerable variation (31.76%) among the groups. The Fst values showed there is a genetic structure among the broodstocks analyzed. Microsatellites generated by transcriptome sequencing in this study are important tools to be used in the genetic management of cultivated breeding stocks, as well to identify different gene banks, which might provide a basis for a genetic pre-breeding program in pirapitinga. / FAPESP: 2014/05732-2

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: The pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), is a fish that occurrs in the Amazon basin and it is considered as one of the main native species used for production in aquaculture in South America. The main objectives of this study were: 1) to perform the transcriptome sequencing of P. brachypomus through Next Generation Sequencing (NGS) and then characterize a set of microsatellite markers for this species; 2) to apply microsatellite polymorphic markers for analysis of genetic variability in cultured stocks of pirapitinga. The transcriptome sequencing was carried out through the Roche/454 technology, which resulted in 3,696 non-redundant (nr) contigs. Of these total, 2,568 genes had similarity in the protein database nr (Genbank) and were characterized in the categories of Gene Ontology (GO), with 2,075 sequences (80.8%) annotated in GO terms. After the validation process of 30 microsatellite loci, 8 microsatellite markers showed polymorphism. The analysis of these polymorphic markers in cultured stocks revealed that the Northern fish farms had a higher genetic diversity (allele richness and heterozygosity) than the Southeastern fish farms. In addition, the AMOVA results demonstrated the highest variation present within the populations (62.5%). However, when comparing the groups according to the geographic distribution (Wild, North Fish farms and fish farms in the Southeast), it was observed a considerable variation (31.76%) among the groups. The Fst ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-03-10T18:32:43Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Idayana Zarpellon - 2015.pdf: 1299703 bytes, checksum: 695f80e09eb68cc4574a5e0bcd34a197 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-03-14T14:26:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Idayana Zarpellon - 2015.pdf: 1299703 bytes, checksum: 695f80e09eb68cc4574a5e0bcd34a197 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-14T14:26:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Idayana Zarpellon - 2015.pdf: 1299703 bytes, checksum: 695f80e09eb68cc4574a5e0bcd34a197 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-10-19 / This study was conducted in order to evaluate the effect of different feeding rates on growth performance, economic evaluation, morphometric characteristics and blood biochemistry of pirapitinga (Piaractusbrachypomus) in ponds during rearing. The experiment was conducted in the Fish Farming Sector of the Department of Animal Science School of Veterinary and Animal Science at UFG in the period from February to April, for 60 days. It was used 100 juveniles pirapitinga with an average weight of 328.81 ± 25.55 grams, randomly assigned in 20 hapas of 1 m³ installed in excavated tank of 200 m² in density of 05 juveniles / m³. The experimental design was randomized blocks, with five treatments, T1 0.7% of biomass; T2 1.4% of biomass; T3 2.1% of biomass; T4-2,8% of biomass; T5- 3.5% of biomass; with four replications, totaling 20 experimental units. Fish were fed with commercial feed containing 32% CP and grain size of 2-4 mm, twice a day, at 9 am and at 5 pm. The supply of feed was based on the percentage of biomass, so it was done a biometrics fortnightly from start to end of the experiment. The variables of productive performance were analyzed; economic evaluation; chemical composition of the carcass; blood chemistry ehistomorfometria gut: villi height. Data were subjected to analysis of polynomial regression and variance, and, in case of statistical differences, the average comparison test SNK (5%). The final individual weight and weight gain, showed a quadratic relation, in function of the increasing feed levels and their maximum points were checked feed rates de2,77% and 2.78% biomass per day, respectively. It was concluded that the feeding rate of 2.1% biomass per day resulted in a better performance and economic result and shorter ether extract to pirapitinga created during rearing in excavated tank. / Este trabalho foi desenvolvido com o intuito de avaliar o efeito de diferentes taxas de alimentação sobre o desempenho zootécnico, avaliação econômica, características morfométricas e bioquímica sanguínea da pirapitinga (Piaractus brachypomus) em tanques escavados durante a recria. O experimento foi conduzido no Setor de Piscicultura do Departamento de Zootecnia da Escola de Veterinária e Zootecnia da UFG no período de fevereiro a abril, com duração de 60 dias. Foram utilizados 100 juvenis de pirapitinga com peso médio de 328,81±25,55 gramas, distribuídos aleatoriamente em 20 hapas 1 m³ instaladas em tanque escavado de 200 m² na densidade de 05 juvenis/m³. O delineamento experimental utilizado foi blocos ao acaso, com cinco tratamentos, T1- 0,7% da biomassa; T2- 1,4% da biomassa; T3- 2,1% da biomassa; T4-2,8% da biomassa; T5- 3,5% da biomassa; com quatro repetições, totalizando 20 unidades experimentais. Os peixes foram alimentados com ração comercial contendo 32%PB e granulometria de 2-4 mm, duas vezes ao dia, às 9h e 17 h. O fornecimento de ração foi realizado com base na porcentagem da biomassa, por isso, foram realizadas biometrias quinzenais do início ao final do experimento. Foram analisadas as variáveis de desempenho produtivo; avaliação econômica; composição química da carcaça; bioquímica sanguínea e histomorfometria de intestino: altura de vilos. Os dados foram submetidos à análise de regressão polinomial e de variância, e, em caso de diferença estatística, ao teste de comparação de média SNK (5%). O peso final e ganho de peso individual, apresentaram relação quadrática, em função do aumento do nível de arraçoamento e seus pontos de máxima foram verificados com as taxas de alimentação de 2,77% e 2,78%, da biomassa ao dia, respectivamente. Conclui-se que a taxa de alimentação 2,1% da biomassa ao dia, proporcionou melhores desempenhos produtivos e econômicos e menor teor de extrato etéreo, para pirapitingas criadas durante a recria em tanque escavado.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-08-08T12:35:49Z No. of bitstreams: 1 Elias Welengane.pdf: 1031704 bytes, checksum: 71a2e70ae309925654accf702410bc2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-08T12:35:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elias Welengane.pdf: 1031704 bytes, checksum: 71a2e70ae309925654accf702410bc2f (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Protein is a high-cost nutrient essential for fish growth and its use as an energy source is undesirable. In this study, crude protein levels (200, 250, 300 and 350 g kg-1) and lipids (110 and 140 g kg-1) were evaluated in diets for tambatinga juveniles (Colossoma macropomum x Piaractus brachypomum) during 63 days. A total of 264 juveniles (15.2 ± 0.2 g) were distributed in aquariums of 160 liters (11 fish/aquarium), in a completely randomized 4x2 factorial design (n = 3). Diets were given three times daily until apparent satiety. The survival rate was 100% at the end of the experiment. The weight gain and the specific growth rate were influenced (p< 0.05) by crude protein and crude lipid and through the interaction between both. Feed intake was influenced by the lipid (p< 0.05) and protein (p< 0.05) concentrations in their feed, although the interaction between them was not significant (p> 0.05). The maximum feed efficiency was observed with 308 g kg-1 crude protein. Protein retention was inversely proportional (P< 0.05) to the dietary protein increment in diets with lower lipid concentration (110 g kg-1). The increase in dietary lipids decreased the demand for CP for maximum protein retention, estimated at 292.7 g kg-1 CP. Lipid concentrations affected (p<0.05) the concentration of moisture, protein, and body lipids. The minimum requirement for the mean final weight of juvenile tambatinga is 253 g kg-1 in diets with 140 g kg-1 of lipids and an energy: protein ratio of 13.8 g kcal ED g-1 CP. / A proteína é um nutriente de elevado custo e essencial para o crescimento dos peixes e o seu uso como fonte de energia é indesejável. No presente estudo avaliaram-se níveis de proteína bruta (200, 250, 300 e 350 g kg-1) e lipídios (110 e 140 g kg-1) em dietas para juvenis de tambatinga (Colossoma macropomum x Piaractus brachypomum) durante 63 dias. Foram distribuídos 264 juvenis (15,2 ± 0,2 g) em aquários de 160 litros (11 peixes/aquário), em um delineamento fatorial inteiramente casualizado 4×2 (n=3). As dietas foram fornecidas três vezes ao dia até a aparente saciedade. A taxa de sobrevivência foi de 100% ao final do experimento. O ganho de peso e a taxa de crescimento específico foram influenciados (p<0,05) pela proteína bruta e lipídios, e pela interação entre ambos. O consumo de ração foi influenciado pela concentração de lipídios (p<0,05) e proteína (p<0,05) das rações, embora a interação entre estes não tenha sido significativa (p>0,05). A máxima eficiência alimentar foi observada com 308 g kg-1 de proteína bruta. A retenção de proteína foi inversamente proporcional (P< 0,05) ao incremento da proteína dietética nas dietas com menor concentração lipídica (110 g kg-1). O aumento do lipídio das rações diminuiu a exigência de PB para a máxima retenção proteica, estimada em 292,7 g kg-1 PB. As concentrações de lipídios afetaram (p<0,05) a concentração de umidade, proteína, lipídio corporal. A exigência de proteína para peso médio final de juvenis de tambatinga é de 253 g kg-1 em dietas com 140 g kg-1 de lipidios e uma relação energia: proteína de 13,8 g kcal ED g-1 PB.