Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-11-23Bitstream added on 2014-06-13T20:49:50Z : No. of bitstreams: 1 bonocchi_ksl_me_rcla.pdf: 396015 bytes, checksum: 15e08f47db9dc587bf93f862ab35100b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo deste trabalho foi estudar a dinâmica de populações de três espécies de macrófitas aquáticas emersas, Spartina alterniflora, Crinum procerum e Scirpus californicus, tanto em bancos monoespecíficos (localizados no rio Itanhaém, rio Acima e rio Branco, respectivamente) quanto em um banco pluriespecífico (localizado no rio ltanhaém). Foram fixados 5 quadrados de 0,25 m2 em cada banco e, mensalmente (entre agosto/2000 a junho/2001), contados os números de folhas verdes, folhas senescentes, folhas jovens, inflorescências e altura de cada espécie. Paralelamente, foram estudadas algumas variáveis limnológicas da água e do sedimento. Foram observadas variações sazonais em algumas das variáveis, tanto das biológicas quanto das limnólogicas. Nos bancos monoespecíficos, S. alterniflora e C. procerum apresentaram maior número de folhas verdes na primavera e verão (indicando serem estes os períodos favoráveis ao seu desenvolvimento) e maiores quantidades de folhas senescentes durante o outono (indicando ser este o período desfavorável); S. californicus não apresentou variação significativa durante o período estudado. No banco pluriespecífico os valores de todas variáveis biológicas foram menores do que nos monoespecíficos indicando que, provavelmente, ocorreu competição entre as espécies; o padrão sazonal de S. alterniflora e C. procerum pareceu ser inversamente proporcional, o que evitaria a exclusão competitiva das espécies; o padrão sazonal de S. californicus foi concordante com o observado no banco monoespecifico. Provavelmente, as temperaturas mais baixas do inverno limitem o crescimento de S. alterniflora e C. procerum, enquanto que as maiores temperaturas do verão favoreçam seus desenvolvimentos. / The purpose of this research was to study the populational dynamics of three species of emergent aquatic macrophytes, Spartina alterniflora, Crinum procerum and Scirpus californicus, both in singie-species stands (Iocated at ltanhaem River, Acima River and Branco River, respectively) and a rnixedspecies stand (Iocated at ltanhaern River). 5 quadrats of 0,25 m2 were fixed in each stand and, rnonthly (between august, 2000 to june, 2001), counted the number of green leaves, dying leaves, young leaves, flowering and height of each species. In paraliel, some limnological variables of water and sediment were studied. Seasonal variations in some of the variabies were observed, both biologics and iimnologics. In the singie-species stands, S. alterniflora and C. procerum showed higher numbers of green leaves in spring and summer (pointing out to be the favorable seasons to their development) and higher num bers of dying leaves in autumn (pointing out to be the unfavorable season); S. californicus did not show a significant variation on the biometrical data during the studied period. In the mixed-species stand the vaiues of ali biologic variabies were iower, indicating that, probably, there was competition among the species; the seasonai pattern of S. alterniflora and C. procerum apparentiy was inverseiy proportional, which wouid avoid competitive exciusion of the species; the seasonal pattern of S. californicus was the sarne that observed on the singiespecies stand. Probably, the iowest temperatures during winter iimit the growth of S. alterniflora and C. procerum whiie the highest values of temperature in surnmer allow their deveiopment. Due to the mono specific stands frorn these species are located along a salinity gradient, it's suggested the use of those species as bio-indicators of saiinity in the itanhaern River basin.

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-05-12T19:07:01Z No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:08:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Penaeidae family occurs in all oceans, particularly in tropical regions and represents an important global fishing resource. In Brazil, penaeid species have been shown decline, of their populations, which are considered overexploited. Therefore, a greater knowledge about these species is required for the developing of appropriate conservation actions. However, genetic studies of penaeids, including phylogeography, geographic distribution and phylogeny, are still scarce. In the present work, genetic structure and genetic relationships were characterized for different marine shrimp species belonging to the Penaeidae family, with special emphasis on those of occurrence in the Brazilian coast (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Mitochondrial and nuclear markers were used in order to clarify aspects related to the geographic distribution and genetic relationships among the studied penaeid species and the implications for conservationist approaches. Specific oligonucleotides were designed to amplify four mtDNA regions (COI, 16S, Cytb and DLoop). The results showed efficient patterns for 16 native species of Brazilian and Mozambican coasts. Numts presence and its implication for penaeid genetics were investigated using specific and universal primers for COI gene. Pseudogenes were detected for some penaeid species. Cytb pseudogene for the Penaeidae family was reported by the first time. DNA barcoding approach was tested in several species from Brazilian coast. The barcoding analysis evidenced a high range of intraspecific distance, suggesting the necessity of taxonomic review into Penaeidae. The existence of species complex was investigated for both X. kroyeri and F. subtilis. Phylogeographical signs and population structure were no observed for F. subtilis along the Brazilian coast. F. paulensis populations, collected in Lagoa dos Patos (RS) and Cananéia (SP), showed genetic structuring by analyzing of COI gene. That data can be reflecting the existence of differentiated-genetically adult stocks or ancient structure. Two recent population expansions, one of them before and the other one after the last period of the maximum glacial, were observed for F. paulensis. mtDNA and RAD-seq data were using to study the species X. kroyeri populations. The mtDNA analysis suggested that the upwelling from Cabo Frio (RJ) consists in a semipermeable barrier to X. kroyeri species, limiting the genetic flow between populations from North and South of Cabo Frio for. The analysis of approximately three thousand SNPs revealed three different genetic stocks, possibly related to the hydrodynamic characteristics of the sampled geographic regions, which may be holding different larvae pools. The study herein brings important information about genetic relationships and population structure for Penaeidae species, mainly those species occurring in Brazil. Such data can be help to foment future actions aiming the conservation of penaeid species, which present ecological and socioeconomic relevance. / A família Penaeidae ocorre em todos os oceanos, principalmente nas regiões tropicais e presenta grande importância econômica mundial. No Brasil, os peneídeos têm mostrado declínio nas populações, as quais são consideradas sobreexplotadas. Dessa forma, melhor conhecimento dessas espécies se faz necessário para que medidas conservacionistas mais adequadas sejam tomadas. Estudos genéticos em peneídeos, fincluindo filogeografia, distribuição geográfica e filogenia ainda são escassos. No presente estudo, a estrutura genética e as relações genéticas foram caracterizarizadas para distintas espécies de camarões marinhos pertencentes à família Penaeidae, com ênfase especial nas de ocorrência no litoral brasileiro (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Marcadores mitocondriais e nucleares, foram usados com o intuito de esclarecer aspectos relacionados à distribuição geográfica e relações genéticas entre as espécies estudadas e suas implicações conservacionistas. Oligonucleotideos específicos foram desenvolvidos para amplificação de quatro regiões mtDNA (COI, 16S, Cytb e DLoop), os quais foram eficientes para 16 espécies nativas da costa brasileira e moçambicana. A presença de numts e suas implicações para a genética de peneideos foi investigada utilizando primers específicos e universais para o gene COI, sendo observada a presença pseudogene em algumas espécies. Foi evidenciada pela primeira vez em Penaeidae a presença de pseudogene Cytb. A eficiência do DNA Barcode foi testada em diversas espécies coletadas no litoral brasileiro. Foi observada uma alta variação da distancia intraespecífica, indicando a necessidade de uma revisão nesta família. A existência de um complexo de espécies foi verificada nas espécies X. kroyeri e F. subtilis. Sinais filogeográficos ou estruturação populacional não foram observadas ao longo da costa brasileira para F. subtilis. Uma leve estruturação populacional foi encontrada para Farfantepenaeus paulensis entre populações da Lagoa dos Patos-RS e Cananéia-SP, utilizando-se o gene COI. Este dado pode estar refletindo a existência de estoques de adultos geneticamente diferentes ou uma estruturação antiga. Duas expansões populacionais recentes foram observadas para esta espécie, sendo uma antes e outra após o período da última glaciação máxima. Dados de mtDNA e RAD-seq foram tilizados para estudar as populações de X. kroyeri. A análise mitocondrial sugeriu que ressurgência em Cabo Frio-RJ apresenta-se como uma barreira semipermeável para esta espécie, limitando o fluxo gênico entre populações situadas ao norte e ao sul de Cabo Frio. A análise de aproximadamente 3mil SNPs revelou três possíveis estoques genéticos, possivelmente relacionado a características hidrodinâmicas das regiões amostradas, as quais podem estar retendo larvas. O presente estudo trás importantes informações sobre as relações genéticas, estrutura de populações e filogeografia de espécies da família Penaeidae, principalmente as de ocorrência no litoral brasileiro. Essas informações podem ajudar futuras tomadas de decisão que visem a conservação dessas espécies, as quais apresentam relevância ecológica e/ou socioeconomica, representando um importante recurso pesqueiro.

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:14Z : No. of bitstreams: 1 000868604.pdf: 7511265 bytes, checksum: 93f9743b585a8a25ab439536efae28dd (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Até poucas décadas atrás, a captura de tubarões era considerada apenas como incidental e sem efeitos significativos para as suas populações. No entanto, principalmente devido ao grande aumento no valor das nadadeiras e ao declínio das populações de peixes mais tradicionais para o consumo humano, os tubarões passaram a serem alvos das pescarias em praticamente todo o mundo. Destes, o tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus apresenta fortes sinais de esgotamento populacional, estando listado atualmente como globalmente Vulnerável na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da União Internacional para a Conservação da Natureza. Entre os parâmetros básicos para a definição de planos de conservação eficientes, a aquisição de conhecimentos sobre a estrutura genética populacional das espécies é um passo fundamental para o estabelecimento de políticas de conservação eficazes. Dessa maneira, considerando a urgente necessidade de ações para a preservação de diversas espécies de elasmobrânquios e o ainda o restrito conhecimento a respeito de sua biodiversidade e distribuição, sobretudo de seu ponto de vista molecular, este estudo teve como objetivo caracterizar a estrutura genética populacional do tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus no Oceano Atlântico e em regiões do Oceano Índico, utilizando sequencias nucleotídicas da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop). A partir de 215 espécimes de C. longimanus, foram obtidos 724 pares de bases analisáveis, identificando nove sítios polimórficos que resultaram em 12 haplótipos distintos. A diversidade nucleotídica total foi de π = 0.0013 e a diversidade haplotípica de h = 0.5953. Estes resultados mostram uma variabilidade genética ligeiramente abaixo da média observada entre outras espécies de tubarões pelágicos. A análise de variância molecular (AMOVA) evidenciou níveis moderados de estrutura populacional (FST = 0.1039, P<0.001)... / Until few decades ago, shark catching was considered to be only incidental and with no significant effects on their populations. However, the great increase in the fins market value combined with declining levels of traditional fish population for human consumption, sharks have become targets of the fisheries worldwide. Among these, the whitetip shark Carcharhinus longimanus shows strong signs of population depletion, and is currently listed as globally Vulnerable according to the Red List of Threatened Species of the International Union for Conservation of Nature. Regarding conservation plans, acquiring knowledge about the population genetic structure of the species is a fundamental step towards establishing effective conservation policies. Considering the limited information about population dynamics of the oceanic whitetip shark, were used partial sequences of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region to determine its population genetic structure across the Atlantic Ocean and the Indian Ocean. Were sampled 215 specimens of C. longimanus and obtained 724 base pairs (bp), identifying nine polymorphic sites, which resulted in 12 distinct haplotypes. The total nucleotide diversity was π = 0.0013 and haplotype diversity h = 0.5953. These results show a genetic variability slightly below the observed average among other species of pelagic sharks. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) evidenced moderate levels of population structure (FST = 0.1039, P<0.001) with restriction of gene flow between the Western and Eastern Atlantic Ocean with a strong relationship of this latter with the Indian Ocean. Thus, for the expansion of conservation plans of the species, also for the maintenance of their genetic stocks, should be considered at least two populations in the Atlantic Ocean and more attention to areas where the greatest genetic diversity indexes were found. As the acquisition of information about the environmental causes that are...

Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-28T17:49:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD.pdf: 3652152 bytes, checksum: 7829d2bf7f40c3cd6cea708b1393c8b6 (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Inserir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da tese/dissertação. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-29T17:54:16Z (GMT) / Submitted by RODRIGO RODRIGUES DOMINGUES null (domingues.pesca@gmail.com) on 2017-08-29T18:18:52Z No. of bitstreams: 1 Tese_oficial_RRD11.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T18:52:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 domingues_rr_dr_rcla.pdf: 4159931 bytes, checksum: 86d6e3025ba2ccaaf1d477c04d4ffd3e (MD5) Previous issue date: 2016-12-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies Carcharhinus falciformis e Carcharhinus signatus, são tubarões oceânicopelágicos, caracterizados por habitarem o ambiente epipelágico de águas quentes e temperados de todo o mundo. Devido ao alto valor da suas nadadeiras, estas espécies são demasiadamente capturadas pela pesca de espinhel pelágico, direcionado para a captura de atuns e espadarte. Em decorrência dessa severa pressão pesqueira, estima-se que estas espécies tiveram reduções populacionais em torno de 75%, e estão atualmente listadas como próximo de ameaçada (C. falciformis) e vulnerável (C. signatus) na lista vermelha da Internation union for Conservation of Nature (IUCN). Por serem espécies migratórias e por habitarem águas internacionais, as ações de conservação exigem esforços conjuntos de vários países, tarefa que no Oceano Atlântico compete à International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. A presente tese avaliou os aspectos genéticos populacionais e filogeográficos de ambas espécies, utilizando marcadores moleculares mitocondriais (C. falciformis e C. signatus) e microssatélites (C. signatus). Especificamente, foram avaliados os níveis de diversidade genética, testada a hipótese nula de panmixia e inferidos os cenários filogeográficos responsáveis pelas relações filogenéticas intraespecíficas, e aspectos demográficos populacionais. Além disso, a diversidade genética da subclasse elasmobrânquios foi avaliada e discutida a sua utilização nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. A diversidade genética total para ambas as espécies, utilizando a região controle do DNA mitocondrial foi alta (h = 0,88±0,012 e π = 0,005±0,003 – C. falciformis; h = 0,74±0,027 e π = 0,0034±0,0019 – C. signatus), No entanto, C. signatus apresentou baixos valores para o Atlântico Sul Ocidental (h = 0,545±0,077 e π = 0,0013±0,0009) e para 9 loci microssatélites (Ho = 0,40). A hipótese nula de panmixia foi rejeitada para C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) e C. signatus, ambas espécies apresentando estrutura genética populacional entre localidades do Hemisfério norte e Hemisfério sul. Carcharhinus signatus apresentou uma dispersão baseada em sexo, com machos panmíticos e fêmeas estruturadas (ΦST = 0,443; P < 0,01), um típico padrão de filopatria reprodutiva, corroborado pelo isolamento-por-distância (r = 0,65, p = 0,03). Duas linhagens matrilineais foram verificadas para ambas espécies, formadas há 485, 571 Kya (C. falciformis) e 166, 598 Kya (C. signatus), correspondendo ao Pleistoceno. A hipótese de expansão populacional não pode ser rejeitada para ambas espécies, iniciando durante o último máximo glacial – UMG para C. falciformis, enquanto que C. signatus passou por um efeito gargalo no UMG, seguido de uma expansão populacional no Holoceno. Uma exaustiva revisão bibliográfica, revelou um aumento considerável nos últimos anos dos estudos genéticos populacionais que descrevem a diversidade genética de tubarões e raias. Além disso, as métricas de diversidade genética revelaram que, em geral, os elasmobrânquios possuem baixa variabilidade genética, sobretudo para os marcadores mitocondriais. Por fim, foi discutida a inclusão dessas métricas nas avaliações do estado de conservação de espécies e políticas afins. / The shark species, Carcharhinus falciformis and Carcharhinus signatus, are oceanic-pelagic species that inhabit tropical, subtropical and temperate waters worldwide. The high value of their fins associated with the by-catch these species by longline fisheries, which targeting tuna and swordfish, has led to a population reduction around 75%. Currently, these species are listed on the IUCN Red list as Near Threatened (C. falciformis) and Vulnerable (C. signatus). Due to their high vagility and migratory behavior, inhabiting internation waters, management and conservation plans require joint efforts from the many country, a task that in the Atlantic Ocean is entrusted to the International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas – ICCAT. This Thesis assessed the main aspects of population genetics and phylogeography in both species. Using mitochondrial marker (C. falciformis and C. signatus) and nine loci microsatellites (C. signatus). Especifically, the levels of genetic diversity were assessed, panmixia null hypothesis was tested and the phylogeography scenarios responsible for intraspecific phylogenetic relationships and populations demography were inferred. Furthermore, the genetic diversity of subclass Elamosbranchii and its usefullness to assess conservation policies were discussed. The overall genetic diversity at CR mtDNA in both species was high (h = 0.88±0.012 and π = 0.005±0.003 – C. falciformis; h = 0.74±0.027 and π = 0.0034±0.0019 – C. signatus). However, C. signatus showed low genetic diversity values in the Southwestern Atlantic (h = 0.545±0.077 and π = 0.0013±0.0009) and at 9 loci microsatellites (Ho = 0.40). The null hypothesis of panmixia was rejected for C. falciformis (ΦST 0.058, P < 0.0001) and C. signatus, with both species showing population structured along the western Atlantic Ocean. Carcharhinus signatus showed sex-based dispersion, with male roving and female no roving (ΦST = 0.443; P < 0.01), indicating reproductive phylopatry, supported by isolation-by-distance (r = 0.65, P = 0,03). The Maximum likelihood and Bayesian tree presented two matrilineal lineages to both species, with split started 485, 571 Kya (C. falciformis) and 166, 598 Kya (C. signatus), corresponding to Pleistocene. The hypothesis of population expansion cannot be rejected to both species, starting during the last glacial maximum – LGM for C. falciformis, whereas C. signatus passed through a bottleneck effect, followed of population expansion in the Holecene. An exhaustive bibliography revision revelead a considerable increase of genetic population studies of sharks and rays. Moreover, metanalysis of genetic diversity metrics revealed that shark and rays, in general, have low genetic diversity, mainly for mitochondrial markers. Finally, the inclusion of genetic diversity metrics in species assessent and conservation policies was discussed. / FAPESP: 2013/08675-7

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Resumo: Na primeira parte de nosso estudo descrevemos a associação de Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola a gramíneas invasoras de áreas de trigo no centro-sul do Brasil. Desconhece-se, entretanto, qual o potencial de P. pennisetigena e P. zingibericola como patógenos de poáceas de interesse econômico para a agricultura brasileira. Dessa forma, objetivamos caracterizar o espectro de patogenicidade de P. pennisetigena e P. zingibericola a braquiária, cevada e trigo e compará-lo com aP. grisea e com a espécie até até recentemente descrita como P. oryzae patotipo Triticum, de ocorrência generalizada no agroecossistema brasileiro. Foram testados 20 isolados de Pyricularia spp. obtidos de amostras de folhas infectadas de plantas invasoras de campos de trigo. A classificação dos isolados em espécies distintas de Pyricularia foi efetuada usando-se filogenia molecular baseada nas sequencias parciais dos genes actina e calmodulina. Pyricularia pennisetigena e P. zingibericola inoculadas em folhas, foram patogênicas a braquiária, cevada e trigo, com diferenças na agressividade entre as espécies. Pyricularia zingibericola foi a espécie mais agressiva a braquiária e cevada, enquanto P. pennisetigena foi a espécie mais agressiva em plantas jovens de trigo. Por outro lado, P. grisea isolada de Digitaria sanguinalis ou de Urochloa spp. não infectou trigo. A análise filogenética das regiões ACT e CAL concatenadas reproduziu as relações filogenéticas e a magnitude das diferenças descritas e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the first part of our study we described the association Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola associated with invasive grasses from wheat cropping areas in South-Central Brazil. Howeever, the potential of P. pennisetigena and P.zingibericola as pathogens to poaceous plants of economic interest for Brazilian agriculture is still unknown. Thereforne, this study aimed to characterize the pathogenicity spectrum of P. pennisetigena and P. zingibericola to signal grass, barley and wheat and compare with P. grisea and with the species until recently described as P. oryzae pathotype Triticum, of widespread occurrence in the Brazilian agro-ecosystem. Twenty isolates of Pyricularia spp. obtained from samples of infected leaves of weed species in wheat fields were tested. Classification of isolates into different species of Pyricularia was performed using molecular phylogeny based on the partial actin and calmodulin gene sequences. Pyricularia pennisetigena and P. zingibericola inoculated on leaves were pathogenic to signal grass, barley and wheat, with differences in aggressiveness between species. Pyricularia zingibericola was the most aggressive species to signal grass and barley, while P. pennisetigena was the most aggressive species to young plants of wheat. On the other hand, P. grisea isolated from Digitaria sanguinalis or Urochloa spp. did not infect wheat. Phylogenetic analysis of the concatenated regions ACT and CAL reproduced the phylogenetic relationships and ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437736-Texto+Completo-0.pdf: 1457817 bytes, checksum: bdde27fe7d092198d722bf49a1924aa8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Franciscana (Pontoporia blainvillei) is the only extant representative of the Pontoporiidae family. This species occurs along the Atlantic coast of South America from Itaunas, Espirito Santo in Brazil to Golfo Nuevo, Valdes Peninsula in Argentina. The most important threat to the species is the accidental by-catch that in some places reached the number of 1000 related events per year. In recent years an increasingly number of studies had revealed the existence of considerable genetic variation along the geographical distribution of P. blainvillei. In this study, looking to collaborate towards a better comprehension of such existing structure, we analyzed new molecular data, including the sequencing of mitochondrial DNA control region and 11 microsatellite loci from 253 individuals along the Brazilian, Uruguayan and Argentine coast. For the mitochondrial DNA analysis, we added sequences previously deposited in GenBank, totalizing 512 sequences. Results obtained based on the two molecular markers revealed a clear differentiation of the species in three main groups: (1) Rio de Janeiro / Espirito Santo, (2) Sao Paulo and north of Santa Catarina, and (3) south of Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguay and Argentina. The study also shows alarming estimates in reference to the effective size of some populations, mainly from Rio de Janeiro/Espirito Santo which will probably reflect on its conservation status. These results supports the definition of the four management areas (Franciscana Management Area - FMAs) previously suggested by Secchi and associates in 2003, and point out the importance of this definition to the conservation of the genetic diversity of the species. / A toninha, Pontoporia blainvillei é o único representante atual da família de odontocetáceos Pontoporiidae. Esta espécie ocorre ao longo da costa atlântica da América do Sul, entre Itaúnas, Espírito Santo e o Golfo Nuevo, Península Valdés, Argentina. A principal ameaça à espécie são as capturas acidentais em redes de pesca, que em algumas localidades chegaram a atingir o número de 1000 capturas anuais. Nos últimos anos, um número crescente de estudos tem revelado a existência de variações genéticas consideráveis ao longo da distribuição geográfica de P. blainvillei. Visando colaborar para uma melhor compreensão dessa estruturação existente, novas informações moleculares foram analisadas, incluindo o sequenciamento da região controladora do DNA mitocondrial e 11 loci de microssatélites de 253 indivíduos ao longo da costa brasileira, uruguaia e argentina. Para as análises do DNA mitocondrial foram incluidas sequências previamente depositadas no GenBank, totalizando 512 sequências. Os resultados obtidos a partir dos dois marcadores moleculares revelam uma clara diferenciação da espécie em três grupos principais: 1) Rio de Janeiro/Espírito Santo, 2) São Paulo/Paraná e norte de Santa Catarina, e 3) Sul de Santa Catarina, Rio Grande do Sul, Uruguai e Argentina. O estudo também apontou estimativas preocupantes no que se refere ao tamanho efetivo de algumas populações, em especial à do Rio de Janeiro/Espirito Santo e consequentemente ao seu status de conservação. Os resultados corroboram a definição das quatro áreas de manejo (Franciscana Management Areas – FMAs) previamente sugeridas por Secchi e colaboradores em 2003, e ressaltam a importância desta definição para a Conservação da diversidade genética da espécie.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438925-Texto+Completo-0.pdf: 2580010 bytes, checksum: 0e9447a94974bf6d2f3258aa956986f9 (MD5) Previous issue date: 2012 / The autochthonous transmission of schistosomiasis in Rio Grande do Sul was confirmed for the first time in 1998, establishing the southernmost focus in Americas. Although no morphological differences were detected in a previous study, the investigation of biological characteristics of the parasite in the current study showed some peculiarities that may be relevant for a better understanding of transmission dynamics in the Esteio focus and adequacy of control measures. The epidemiological study of this focus led to the development of a diagnostic method, Helmintex, more sensitive than the traditional methods for detecting small number of eggs shed in the patients’ feces. In this method eggs are isolated through magnetic interaction with paramagnetic beads and this mechanism could be related to the presence of iron in the eggshell. Schistosoma mansoni worms ingest large amounts of blood and requires specialized metabolic pathway for iron elimination. When analyzed by energy dispersive spectroscopy iron and small crystal structures probably magnetite were identified in the eggshell.The presence of structures with potentially magnetizing properties led to the magnetic characterization of Schistosoma eggs and demonstration of ferromagnetic and paramagnetic behavior. Eggs were also analyzed to see if other helminth eggs compositional differences were related to different taxonomic groups and habitat types. These findings stimulate further research on the metabolic pathway involving iron, development of new treatment modalities and diagnostic tools. / A transmissão autóctone da esquistossomose no município de Esteio, Rio Grande do Sul foi confirmada pela primeira vez em 1998, constituindo o foco mais meridional das Américas. Embora não tenham sido detectadas diferenças morfológicas do parasito em estudo prévio, a abordagem das características biológicas neste trabalho evidenciou algumas peculiaridades, tais como a baixa infectividade do miracídios e a alta taxa de infecção unissexual por machos, que podem ter importância para uma melhor compreensão da dinâmica de transmissão no foco de Esteio e adequação das medidas de controle. O estudo epidemiológico do foco conduziu ao desenvolvimento de um método de diagnóstico, Helmintex, mais sensível que os métodos coprológicos clássicos para detectar o baixo número de ovos eliminados nas fezes dos pacientes. O método utiliza a interação magnética com microesferas paramagnéticas para o isolamento dos ovos. O mecanismo de interação dos ovos com o campo magnético poderia estar relacionado com a presença de ferro na casca do ovo. O Schistosoma mansoni ingere grande quantidade de sangue e necessita de rota metabólica especializada para eliminação do ferro. O objetivo do trabalho foi investigar a presença de ferro na casca do ovo por análise por espectroscopia por dispersão de energia.Os resultados possibilitaram a identificação do elemento químico ferro presente no ovo, além de pequenas estruturas cristalinas, provavelmente magnetita. A presença de estruturas com propriedades magnéticas suscetíveis de magnetização foram motivo para caracterização magnética dos ovos de Schistosoma com o encontro de comportamento ferromagnético e paramagnético. Também foram analisados ovos de outros helmintos para verificar se diferenças composicionais dos ovos estavam associadas a diferentes grupos taxonômicos e tipos de habitat. Os achados estimulam novas investigações sobre a rota metabólica envolvendo o ferro, desenvolvimento de novas modalidades de tratamento e recursos diagnósticos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:37:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlexandreDP_DISSERT.pdf: 2669873 bytes, checksum: 768ddb6435beee3197dde790bf6b26de (MD5) Previous issue date: 2010-03-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / Four areas are known as of frequent usage by Guiana dolphins (Sotalia guianensis) in the south coast of Rio Grande do Norte state, northeast Brazil: Tabatinga, Pipa, Lagoa de Guara?ras and Baia Formosa. This extension of 40 km of shoreline is under increasing anthropogenic impacts due to continuous development of the coastal areas and vessel traffic. The objective of this study was to investigate aspects of population biology and habitat use of the population of Sotalia guianensis in the south coast of Rio Grande do Norte. It was applied the photo-identification technique and posterior methods of capture-recapture for population estimation (POPAN extension in MARK). The distribution, movement and site fidelity of the dolphins were analyzed trough the geographic information system (GIS) and group characteristics and behavior trough non-parametric statistics. Field work was conducted on board a 10m motor vessel from March 2008 to March 2009. Photo-identification effort was 329h with 113h of direct observation of the dolphins. The population estimatives for each area: Tabatinga: 75 (63-92); Pipa 105 (88-129); Lagoa de Guara?ras: 27 (18-54) e Baia Formosa: 112 (89-129) individuals. Total population estimative was: 223 (192 a 297). High site fidelity was detected for only part of the population (<15%) as low site fidelity and transients individuals were also detected (>20%). It was observed frequent movements between Tabatinga, Lagoa de Guara?ras and Pipa, but not Ba?a Formosa. This suggests a division in two communities along this shore extension: one in Pipa and other in Ba?a Formosa. Group size was small, most groups with up to 10 dolphins. The areas were use intensively, only in Lagoa de Guara?ras dolphins were not seen in all field trips. Lagoa de Guara?ras is an area used by small groups exclusively for foraging. In Tabatinga and Pipa dolphins concentrated close to the shore, in the inner sector of the area and the main activity is also foraging. Significant larger groups were seen in socializing behavior but there was no difference in group size between the inner and external sectors of the area. The presence of calves and juveniles were significant greater in the inner areas of Tabatinga and Pipa, confirming the hypothesis that these beaches are also used for parental care. In Baia Formosa dolphins concentrated in the outer sector and foraging was also predominant. Significant larger groups were seen in the outer sector, mainly engaged in mixed behaviors of travel/foraging, possibly in some kind of group foraging. Calves and juveniles were significant more present in the outer sector where group size was also larger. In general there was no difference in area usage and period of the day. Sotalia guianensis has characteristics that make the species vulnerable to human activities such as small population concentrated in patches of suitable habitats restrict to coastal areas. We hope that this study bring new information for the species and help for the adequate management of the area in order to assure the presence of the dolphins as well as its behavior pattern and gene flow betweencommunities. / Quatro ?reas s?o conhecidas como de freq?ente uso pelo boto-cinza (Sotalia guianensis) no litoral sul do Rio Grande do Norte: Tabatinga, Pipa, Lagoa de Guara?ras e Ba?a Formosa. Esta extens?o de 40km de costa est? sob crescente impacto antr?pico devido ao aumento de constru??es e tr?fego de embarca??es. Este estudo teve por objetivos investigar aspectos populacionais e o uso do h?bitat de uma popula??o de Sotalia guianensis no litoral sul do Rio Grande do Norte. Foi empregada a t?cnica de foto-identifica??o e posteriormente m?todos de captura-recaptura para as estimativas populacionais (extens?o POPAN do programa MARK). A movimenta??o e grau de fidelidade dos indiv?duos foram investigados utilizando sistema de informa??o geogr?fica e an?lises estat?sticas n?o param?tricas. As coletas de campo foram realizadas a bordo de uma embarca??o entre mar?o de 2008 a mar?o de 2009. No total foram 329h de esfor?o de foto-identifica??o e 113h de esfor?o efetivo nas quatro ?reas estudadas. As estimativas foram: Tabatinga: 75 (63-92); Pipa 105 (88-129); Lagoa de Guara?ras: 27 (18-54) e Ba?a Formosa: 112 (89-129) indiv?duos. A popula??o total estimada foi: 223 (192 a 297). A fidelidade a ?rea foi alta por apenas parte da popula??o (<15%), sendo tamb?m observados indiv?duos de fidelidade baixa e transientes (>20%). Foi constatada grande movimenta??o de indiv?duos das ?reas de Tabatinga, Lagoa de Guara?ras e Pipa, mas n?o de Ba?a Formosa, o que sugere uma divis?o de duas comunidades diferentes ao longo do litoral uma em Pipa e outra em Ba?a Formosa. O tamanho dos grupos foi pequeno, com grupos mais freq?entes at? 10 animais. O forrageio foi predominante e os animais usaram a ?rea intensivamente, apenas na Lagoa de Guara?ras os indiv?duos n?o foram vistos todos os dias. A Lagoa de Guara?ras ? um local exclusivo de forrageio de grupos pequenos. Grupos maiores foram visto fora da lagoa, pr?ximo ? entrada. Em Pipa e Tabatinga os animais se concentraram nas enseadas, principalmente em forrageio. Grupos maiores foram vistos em socializa??o, mas n?o houve diferen?as no tamanho dos grupos quando comparado as enseadas com setores mais externos. J? em Ba?a Formosa os animais se concentraram mais no setor externo. Nestas ?reas os grupos maiores estavam engajados em comportamentos de deslocamento e forrageio. A presen?a de imaturos foi maior nas enseadas em Tabatinga e Pipa, confirmando a sugest?o destas enseadas serem importante para o cuidado parental. No geral, n?o houve diferen?as quanto ao per?odo do dia que os animais usaram os diferentes setores das ?reas. Sotalia guianensis apresenta v?rias caracter?sticas que a tornam vulner?vel, como pequenas popula??es concentradas em manchas de h?bitat favor?vel ao longo da costa. Espera-se que os dados deste trabalho, al?m de oferecer novas informa??es para o conhecimento te?rico da esp?cie, sirvam de subs?dios para um manejo adequado da ?rea no sentido de assegurar a perman?ncia dos animais na ?rea, seu padr?o comportamental natural e o fluxo gen?tico entre as comunidades

As cabras Crespas constituem-se em um ecótipo caprino encontrado no extremo Sul do Brasil, fenotipicamente similar à raça Angorá. Cruzamentos com outras raças, pressões seletivas de manejo e do ambiente, conferem a estes indivíduos características fenotípicas diferenciadas. O principal objetivo deste trabalho foi estimar a variabilidade genética nas populações de cabras Crespas do Rio Grande do Sul, e a relação destas com outras raças caprinas criadas na região e com a raça Angorá (proveniente da Argentina), através de marcadores moleculares de DNA nuclear e mitocondrial. A amostra (n=162) foi composta por indivíduos provenientes das raças Alpina (n=10), Anglo Nubiana (n=21), Boer (n=19), Saanen (n=20), e Angorá (n=28), além de 64 indivíduos de Crespas (cinco rebanhos). Foram analisados fragmentos de 696 pb da região controladora de mtDNA, além de 11 loci de microssatélites. Para o locus mitocondrial, as análises indicaram a existência de 61 sítios variáveis, a partir dos quais foram definidos 37 haplótipos (Hd=0,930 e Pi=0,0124). Com relação aos loci de microssatélites, encontrou-se um número médio de alelos de 9,6 e heterozigosidade média observada de 0,52. Ao que se refere a fluxo gênico entre as raças, o menor valor de RST foi verificado entre a raça Crespa e a Saanen (0,13) enquanto que o maior valor de FST (0,42) foi verificado entre Crespa e Angorá. Uma AMOVA foi realizada nas populações do ecótipo Crespa onde a maior parte da variação total corresponde a diferenças entre indivíduos (89,04%) e somente 10,96% é resultante de diferenças entre as populações. Análises de estrutura populacional (STRUCTURE) mostraram uma diferenciação genética significativa entre as raças, bem como em relação ao ecótipo Crespa. O padrão de diferenciação genética foi representado por uma análise de componentes principais (PCA) baseada na frequência dos alelos das seis raças caprinas, o PC1 resultou em 29,47% da diversidade genética total e o PC2 em 23,94% (p>0,05). O eixo PC1 demonstrou a grande proximidade entre as raças Angorá e Boer e a maior distância destas com relação à Crespa. Assim, os resultados sugerem que além de características morfológicas (fenotípicas) diferenciadas, a cabra Crespa apresenta também diferenciação genética das outras raças criadas hoje no Sul do Brasil, não tendo sua origem confirmada na raça Angorá. Essas informações, aliadas a continuidade deste estudo, serão de grande importância na tomada de decisão quanto à conservação deste ecótipo em isolamento reprodutivo, assim como na determinação de sua posição filogenética dentre os caprinos, com vistas à proposição de uma nova raça nativa para o sul do Brasil. / Crespas goats are an ecotype found in Southern Brazil, phenotypically similar to the Angora breed. Crosses with other breeds, selective pressures and environmental management, make these individuals phenotypically differentiated. The main objectives of this research were to estimate the genetic variability in populations of Crespas goats, and their relationship to other goat breeds created in this region, even as the Angora (from Argentina), using molecular markers of nuclear and mitochondrial DNA. The total sample (n = 162) comprised individuals from the Alpine race (n = 10), Anglo-Nubian (n = 21), Boer (n = 19), Saanen (n = 20) and Angora (n = 28), and 64 individuals of Crespas goats (five livestock). We analyzed 696 bp fragments of control region mtDNA, as well as 11 microsatellite loci. Analyses showed the existence of the 61 variable site, from which were defined 37 haplotypes (Hd = 0.930 and π= 0.0124). Concernig to microsatellite loci, we found a mean number of alleles of 9.6 and average observed heterozygosity of 0.52. For the gene flow estimates between races, the lowest value of RST was found between Crespa and Saanen (0.133) while the highest value of FST (0.422) was found between Crespa and Angora. An AMOVA was performed on populations of the ecotype Crespa where most of the total variation corresponds to differences between individuals (89.04%) and only 10.96% from differences between populations. Analysis of population structure (STRUCTURE) showed a significant genetic divergence between races, as well as in relation to the ecotype Crespa. The pattern of genetic differentiation was represented by a principal component analysis (PCA) based on the frequency of alleles of six goat breeds. The PC1 resulted in 29.47% of the total genetic diversity in 23.94% and PC2 (p>0.05). The PC1 axis showed a great similarity between the Angora and Boer breeds and greater distance from the Crespa. Thus, the complete results suggest that, in addition the morphological (phenotypic) differentiation, the goat Crespa also presents genetic differentiation from other races raised today in southern Brazil, and has not confirmed its origin from the Angora breed. This information, combined with the continuity of this study will be of great importance in decision making regarding the conservation of this ecotype in reproductive isolation, as well as in determining its phylogenetic position among the goats, with a view to the proposition of a new breed native to southern Brazil.

Neste trabalho estudamos a competição cíclica entre três cepas da bactéria Escherichia coli. O modelo para esta competição consiste em um autômato celular estocástico com dois tipos distintos de vizinhança, utilizadas para reproduzir os resultados de um experimento biológico com e sem mistura dos indivíduos. Mostramos existir em tal modelo um novo fator determinante no resultado final da competição: o tamanho da rede utilizada nas simulações. Observamos duas fases no modelo, que dependem do tamanho da rede utilizado nas simulações, sendo cada fase caracterizada pela sobrevivência de uma cepa. Mostramos que tal dependência ´e um efeito robusto perante o uso de diferentes formas de interações de longo alcance, e que o tamanho de rede onde ocorre a passagem de uma fase para outra é alterado pelos parâmetros do modelo. Ao estudar sistematicamente as fases em função dos parâmetros associamos a dependência no tamanho da rede utilizada `a ocorrência de um período de quase-extinção da cepa vencedora na aproximação de campo médio. Tal período de quase-extinção é gerado precisamente pelo caráter cíclico da competição, o que sugere que ele pode ser uma característica geral de modelos de competição cíclica. Propomos neste trabalho uma nova abordagem para modelar tal competição utilizando equações diferencias parciais. No modelo proposto foi possível observar a coexistência das três cepas ao utilizar um coeficiente de difusão pequeno, que simula as interações locais do experimento biológico. Introduzimos mistura entre os indivíduos, que a partir de uma certa frequência gera a extinção de duas cepas conforme esperado. O modelo proposto pode ser aplicado a outras situações de interesse. / We study a competition model between three strains of the bacteria Escherichia coli. The model for this competition is a stochastic cellular automata with two different neighbourhoods, which reproduces very well the effect that the use of mixture has over the final outcome of the competition. Here we show a new factor responsible for determining the final outcome of competition: the lattice size. We observed two different phases in the model, which depends on the lattice size used in simulations, each phase represents the surviving of one strain. We showed that such dependence related to the lattice size is a robust effect when we used different long-range interactions, and that the lattice size where its change from one phase to another one is strongly affected by the competition parameters. When we studied the phase dependence in function of competition parameters, we associated its occurrence to a quasi-extinction period of the winner strain in the mean field approximation. Such quasi-extinction period is generated by the cyclic nature that this competition presents, which suggest that it can be a general feature of cyclic competition models. We also propose a new model based on partial differential equations to describe cyclic competition. Under local interactions, our model predicts coexistence of the three strains when it has a small diffusion coefficient, that simulates the local interactions in the biological experiment. We also implemented a mixture process between the individuals, that above one frequency generates the extinction of two strain as it was expected. The new model proposed can be applied to describe other interest situations.