Orientador: Anete Pereira de Souza / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T10:48:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Benchimol-Reis_LucianaLasry_M.pdf: 5539731 bytes, checksum: c88bbc5da0a46f44533e4f3e227b95c9 (MD5) Previous issue date: 1996 / Mestrado / Genetica Vegetal / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Humberto de Araujo Rangel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-22T00:14:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Passos_LuizAugustoCorrea_M.pdf: 4565119 bytes, checksum: d608dc3c2e23911864f8e44643485adf (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Importantes pesquisadores mostraram nas décadas de 30 e 40, que a constituição genética dos animais de experimentação, é fundamental para o estudo da resposta imune. Por esta razão, o uso de camundongo de mesma linhagem mantidos em diferentes laboratórios deve permitir a obtenção de resultados universais e que possam ser reproduzidos. Isto é possível apenas com linhagens padronizadas e monitoradas geneticamente, de forma que alterações no genoma provenientes de contaminações ou mutações, possam ser detectadas. A inexistência de linhagens certificadas e padronizadas do ponto de vista genético no país, exigiu o estabelecimento de novas colônias e de condições para a monitoração das linhagens utilizadas na pesquisa biomédica em geral e particularmente em imunologia. Para atingir este objetivo realizamos o presente trabalho que visou implantar a partir de linhagens certificadas: colônias de fundação mantidas com procedimentos operacionais padronizados; bando de embriões para perpetuação das características originais; banco de DNA para programas de monitoração genética. A partir da consolidação destas metodologias e utilizando a técnica de PCR na ampilificação de microsatélites polimórficos presentes em moléculas de DNA de alto peso molecular, foi realizada uma análise do perfil genético para as linhagens de camundongos CBA, BALB/c, C54BL/6, C3H]He e A/J, oriundas de cinco instituições que mantém programas de pesquisa na área de imunologia. Os resultados obtidos com os primers Crp, Igh-V, D3Mit49, D17Mit16, Igh, Ngfg, Plau e D16Mit5, mostraram que as linhagens CBA das instituições A e B e BALB/c da instituição D, apresentaram resultados diferentes dos animais oriundos do Instituto Pasteur utilizados como padrão. Os dados atestam a não identidade genérica para algumas das linhagens testadas e apontam para a necessidade de um levantamento nacional associado ao estabelecimento de programas de monitoramento periódico em colonias de biotérios brasileiros / Abstract: Not informed. / Mestrado / Imunologia / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Mauro Faber de Freitas Leitão / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-26T10:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zacarchenco_PatriciaBlumer_M.pdf: 17769563 bytes, checksum: 08109a10c7352f9e406cf56e29bd58d9 (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: Nos últimos anos, em nível internacional, o microrganismo Bacillus sporothermodurans (BSP) vem sendo isolado a partir de leite processado pelo sistema UAT/UHT (Ultra Alta TemperaturalUltra High Temperature). Também no Brasil, mais recentemente, o microrganismo foi isolado a partir de amostras de leite UAT produzido em unidades industriais do Estado de São Paulo e Paraná. As amostras contaminadas apresentaram contagens em torno de 105UFC/ml sem evidências maiores de alterações organolépticas. No entanto, nestas condições, o leite UAT fica fora dos padrões exigidos pela legislação para o produto quanto a contagem de microrganismos aeróbios mesófilos, que é de 102UFC/ml(portaria SVSIMS n12451/97). Na primeira parte desta pesquisa, procurou-se avaliar e otimizar a metodologia para detecção de BSP, usando-se como referência a cepa DSMZ 10599, da Coleção Alemã de Microorganismos e Culturas Celulares (Deutsche Sammlug von Mikroorganismen und Zellkulturen). Em uma primeira etapa, avaliou-se qualitativa e quantitativamente o desempenho do ágar Infusão de Cérebro e Coração (BHI), ágar Padrão de Contagem (PCA) e o ágar Nutriente (NA) na contagem de BSP. Além disso, comparou-se as técnicas de inoculação em profundidade (pour p/ate) e espalhamento superficial (spread plate). Os melhores resultados foram obtidos pelo uso do ágar BHI (colônias mais diferenciadas e com melhor crescimento) e o uso da técnica de espalhamento superficial (maior uniformidade e crescimento das colônias). Numa segunda etapa formulou-se o meio diferencial (ágar BHI-E), com base na adição de 1g/I de esculina e 0,5gl1 de citrato férrico amoniacal, permitindo, assim, a melhor caracterização das colônias de BSP pelo seu enegrecimento e formação de halo escuro pela hidrólise da esculina. Numa terceira etapa, comprovou-se que a adição destes componentes não ocasionou quaisquer efeitos inibitórios comparativamente ao ágar BHI. Finalmente, numa última etapa, avaliou-se a eficiência da ágar BHI-E na diferenciação de BSP frente a outros Bacillus spp de ocorrência comum em produtos lácteos, caso de Bacillus cereus, Bacillus subtilis e Bacillus firmus. Na segunda parte da pesquisa, analisaram-se 100 amostras de leite UAT de 3 regiões do Brasil (Centro-Oeste, Sudeste e Sul) utilizando o ágar BHI-E desenvolvido na primeira fase. Verificou-se que 45% das amostras estavam fora dos padrões da Portaria SVS/MS no 451/97 e que 55% delas apresentavam esporos mesófilos termo-resistentes. Isolaram-se 300 colônias que hidrolisaram esculina e tinham aspecto semelhante às colônias do Bacillus sporothermodurans em ágar BHI-E. A maior parte dos isolados apresentou morfologia típica e produzia oxidase, sendo que poucos não fermentaram a glicose. Vinte e quatro cepas, da segunda etapa da pesquisa, tiveram o seu DNA cromossômico avaliado pelo método RAPD ("random amplified polymorphic DNA"). Os perfis de DNA obtidos permitiram dividí-Ias em 3 grupos que apresentaram perfiJde DNA muito semelhantes ao do BSP. / Abstrat: Bacillus sporothermodurans - BSP - has been isolated worldwide in milk processed by the ultra high temperature system (UHT-milk). More recently BSP has also been isolated in Brazil, partieularly in industrial samples processed in São Paulo and Paraná states. Ali the samples showed total counts around 105cfu/ml without any organoleptie ehanges. However based on Brazilian microbiological standards (Portaria SVS/MS nQ451/97) fixing a limit of 1& cfu/ml, the samples were eonsidered inadequate, being rejected. The objective of the first part of this research was the evaluation and improvement of the methodology for Bsp detection, employing as reference the strain DSMZ 10599 from Germany Colection of Microorganisms and Cells Cultures (Deutsche Sammlug von Mikroorganismen und Zellkulturen). In a first step, the performanee of Brain Heart Infusion agar (BHI agar), Total Plate Count Agar (PCA) e Nutrient agar (NA) were comparatively evaluated, considering tooa the inoculation methods (pour plate compared to spread plate). The results showed the best performance of BHI agar with more uniform and better growth of Bsp, the same being valid eoncerning the use of spread plate compared to the pour plate method. In a seeond step, it was formulated a differential medium named BHI-E agar, based on addition of 19/1 of esculin and 0,5gl1 of ferrie ammonium eitrate; with this modification, BSP showed typical black colonies with a black halo due to esculin hydrolisis. In a third step, it was concluded that BHI-E agar did not show any inhibitory effect when compared to BHI agar. Finally, in a last step, BHI-E agar was evaluated in relation to the other Bacillus spp commonly found em milk products, particularly Bacillus cereus, Bacillus subtilis and Bacillus firmus. In the second part of the research work, a total of 100 comercial samples of UHT milk produced in 3 different Brazilian regions (Center-east, southern and southeast) were analysed using BHI-E agar previously developed and tested. The results showed that 45% of the examined samples did not attend the Brazilian standards (Portarja SVS/MS nQ451197)and 55% were contamined with mesophilic thermoresistant bacterial species. A total of 300 esculin positive cultures were isolated with morphological and cultural aspects similar to BSP besides being oxidase positive but generally showing a slow glucose fermenting activity. Twenty four strains isolated at the second part of this research were sub-tiped by molecular typing (RAPO). These 24 strains could be separated in 2 groups according to their ONA pattern. The profiles of 3 groups were very similar to that ONA pattern of Bacillus sporothermodurans (BSP). / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos

Orientadores: Vera Lucia Gil da Silva Lopes, Maricilda Palandi de Mello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T15:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_SandraReginaDantas_M.pdf: 26790774 bytes, checksum: ce3306013ced98a59f9c38c685eef04f (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A Síndromede Saethre-Chotzen(SSC,Acrocefalossindactiliatipo 111) é uma heredopatia autossômica dominante, com alta penetrância e expressividade variável, sendo craniossinostose um de seus principais sinais clínicos. Mutações nos genes FGFR1-FGFR3 e Twist são causas conhecidas de craniossinostoses, a primeira por aumento da expressão e a última por haploinsuficiência. O gene Twist foi mapeado na região 7p21 e algumas deleções e translocações balanceadas, bem como mutações no exon 1 deste gene, têm sido descritas nas formas de craniossinostose associadas a SSC. Quatro famílias brasileiras com ACS 111foram avaliadas do ponto de vista dismorfológico e rastreadas para mutações no gene Twist. O protocolo de investigação incluiu exame dismorfológico dirigido, estudo de imagem (radiografia de crânio, tórax, coluna vertebral, tomografia computadorizada de crânio e ultrassonografia abdominal), estudo citogenético com bandamento G e seqüenciamento direto de DNA dos produtos de PCR amplificados para o exon 1 do gene Twist, nos indivíduos que apresentavam ao menos um sinal clínico desta condição. Ao exame, observou-se importante variabilidade de características faciais, incluindo assimetria facial (20/24), braquicefalia (16/24), orelhas com acentuação do ramo da hélice (15/24) e implantação baixa (13/24), hipoplasia malar (13/24), ponte nasal proeminente (13/24), implantação baixa dos cabelos na fronte (12/24), ptose palpebral (12/24).Achados adicionais incluiram sindactilia cutânea parcial dos artelhos (18/24), clinodactilia do 50 dedo (13/24), háluces alargados (13/24). Somente em umafamília observou-se sindactilia cutânea total, entre o 20 e 30 artelhos. Sete indivíduos apresentaram radiografia de crânio com craniossinostose bicoronal, um, craniossinostose unicoronal e dois com forame parietal bilateral. O sinal da prata batida apareceu nos oito casos. A radiografia de tórax em dois indivíduos mostrou fusão parcial dos 10 e 20 arcos costais à esquerda e na radiografia de coluna lombo-sacra dois casos apresentaram espinha bífida lombar. O exame de cariótipo dos propósitos de cada família foi normal e o estudo molecular nãodetectou alterações no exon 1 do gene Twist. Esse estudo reforça a importância da avaliação dismorfológica em SSC e sugere que o emprego de outras técnicas de biologia molecular poderia contribuir para elucidar o papel do gene Twist nos achados clínicos desta casuística. Além disso, os dismorfismos detectados poderiam, ainda, ser decorrentes de outros genes envolvidos na regulação do desenvolvimento craniofacial e de membros / Abstract: Saethre-Chotzensyndrome(acrocephalosyndactyly type 111)is an autosomal dominant craniosynostosis condition, with high penetrance and variable expressivity. Mutations in the Fgfr1-Fgfr3 and Twist genes are known to cause craniosynostosis, the former by constitutive activation and the latter by haploinsufficiency. The Twist gene maps to 7p21 and mutations in the gene have been reported in the SCS form of craniosynostosis. The aims of this study were characterize the dysmorphological variability and mutations in exon 1 of Twist gene using direct sequencing in four Brazilian famílies presenting SCS. Twenty-four patients were included in our study, diagnosed as having features of Saethre-Chotzen syndrome. The phenotypic characteristics of ali patients were inventoried. Also, a DNA test had been performed and their genotype was noted. Facial features, present were facial asymmetry (20/24), brachycephaly (16/24), small ear with prominent crura (15/24), maxillary hypoplasia (13/24), lowset ears (13/24), and ptosis of the eyelids (12/24), lowset frontal hairline (12/24), ocular hypertelorism (11/24). Additional findings included partial hands and feet cutaneous syndactyly (18/24), clinodactyly (13/24), and broad great toes (13/24); in one family was observed total cutaneous syndactyly in feet. Skull X-rays were abnormal in 8 patients in which it was performed;partiaI fusionof 1st and 2ndribs wasdetectedin 2 individuaisand 2 had lumbar spina bifida. Chromossomal analysis on GTG-banding were normal. The analysis was carried out by direct DNA sequencing of PCR amplified products for exon 1 in the proband of each family. No Twist mutations were found. In conclusion, this four SCS famílies may have mutations in other genes of the same developmental pathway. This study reinforces the importance of the dysmorphological evaluation in patients with craniosynostosis, as well as ali their famílies, especially ACS 111,in which inter and intrafamilial variability make the diagnosis more difficult / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T01:22:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kitamura_TatianePedroso_M.pdf: 3832022 bytes, checksum: 173dd22fe017d7e26abc70190145ad5f (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A Aids é causada pelo Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 (HIV-1). A infecção por este vírus tem diminuído significativamente entre a população pediátrica nos últimos anos, devido à atenção especial do Governo Brasileiro a pacientes infectados pelo HIV-1, entre eles as gestantes. A transmissão perinatal do HIV-1 pode ocorrer durante a gestação, na hora do parto ou após o parto, através do aleitamento materno. O diagnóstico da infecção pelo HIV-1 em adultos e em crianças com idade superior a 18 meses é usualmente estabelecido por ensaios sorológicos que identificam anticorpos específicos contra o HIV-1. Entretanto, o recém - nato adquire os anticorpos maternos da classe IgG, durante a gestação, o que pode levar a um diagnóstico falso-positivo nessa criança. O Ministério da Saúde no Brasil recomenda que o diagnóstico em crianças com idade inferior a 18 meses, seja feito através de técnicas de biologia molecular, pois estes detectam partículas virais e não os anticorpos contra o HIV-1. Um teste bastante eficiente é a reação em cadeia da polimerase (PCR), por ser um método de diagnóstico precoce, rápido, sensível, e que pode ter sua sensibilidade e especificidade elevada ainda mais com a realização de uma segunda reação de amplificação ("Nested-PCR"). A PCR detecta fragmentos - alvo do genoma viral, porém, para que as realizações das amplificações sejam satisfatórias, é necessária uma quantidade de sangue considerada de grande volume para recém - natos. Com base na necessidade de um diagnóstico precoce do HIV-1 e de uma melhor qualidade da amostra em pequenos volumes sangüíneos, este projeto teve como objetivo principal, a padronização da técnica de extração do DNA através de amostras sangüíneas colhidas em papel filtro, com utilização do kit FTA Cards (Life Technologies). Para confirmação da eficácia do método proposto foi realizada a técnica da "Nested-PCR", já previamente padronizada no laboratório onde foi desenvolvida a pesquisa, a partir de sangue periférico colhido com EDTA. Para a realização da PCR e "Nested-PCR" foram utilizados quatro pares de "primers" externos (PCR) e internos ("Nested-PCR") para genes que flanqueiam regiões conservadas do HIV-1 (gene gag, gene pol e duas regiões do gene env). Foram analisados 71 pacientes, sendo: 43 crianças com suspeita de infecção perinatal pelo HIV-1, 11 crianças e 14 adultos soropositivos (para controle positivo da reação) e 03 crianças negativas para infecção pelo HIV-1 (controle negativo da reação). Os resultados obtidos mostraram concordância entre os dois métodos de extração estudados, confirmando dados da literatura, onde há a afirmação de que a extração de DNA colhido em papel filtro é uma técnica que pode ser aplicada com sucesso para a realização da "Nested-PCR" em diagnóstico de crianças com suspeita de infecção perinatal pelo HIV-1 / Abstract: AIDS is caused by the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). The infection by this virus in significantly falling between pediatric patients in the last years, mainly because the special interest of the Brazilian Government to the HIV-1 infected patients, especially the pregnant woman. The perinatal HIV-1 transmission may occur during the pregnancy, at the time of the birth, or after the birth during breast feeding. The diagnosis of HIV-1 infection in adults and children older than 18 months is usually defined by serological assays, which identify specific antibodies against HIV-1. However, the newborn acquire the IgG maternal antibodies during the pregnancy, which can result in a false positive diagnosis. The Brazilian Department of Health suggests that the diagnosis in patients younger than 18 months old could be defined with molecular biology, because these tests usually detects viral particles and not the HIV-1 antibodies. A very efficient test, the polimerase chain reaction (PCR), can define the diagnosis precocious, quick and sensible, and, in addiction, the performance of a second amplification reaction ('Nested-PCR") may elevate the sensibility and specificity of this test. The PCR detects fragments of the viral genoma, however, to obtain satisfactory amplifications, it is necessary a large volume of blood of the newborn. Based on the necessity of precocious diagnosis of HIV-1 and better quality of small blood volume sample, this project aim to standardize the technique of DNA extraction of blood sample obtained with filter paper, with the utilization of FTA Card kits (Life Technologies). To confirm the accuracy of this proposed method, it was applied the "Nested-PCR" technique, previously standardized in our laboratory, based on peripheral blood obtained with EDTA. To perform the PCR and "Nested-PCR", there were utilized four pairs of external (PCR) and internal ("Nested-PCR") primers to genes which flank conserved regions of HIV-1 (gag gene, pol gene and two regions of the env gene). There were studied 71 patients: 43 children with suspicious HIV-1 perinatal infection, 11 children and 14 adults, who were HIV-1 seropositive, and three children HIV-1 negative (control group). The results showed concordance between the two extraction methods studied, corroborating with the literature, which affirms that the DNA extraction obtained with filter paper is a technique that could be applied with success to perform "Nested-PCR" to the diagnosis of children with suspicious HIV-1 perinatal infection / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T01:45:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcon_GlauciaEliseteBarbosa_D.pdf: 1525115 bytes, checksum: 32cd34f59e0339dac228f175c23fb443 (MD5) Previous issue date: 2007 / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Ana Paula de Souza Pardo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-14T23:49:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_NailaFrancisPaulode_D.pdf: 4618139 bytes, checksum: 5b6009780de9c20dba293517d2d3eb6c (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A doença periodontal crônica é caracterizada pela inflamação e destruição dos tecidos periodontais, podendo levar à perda dos dentes. Está claro que a periodontite é influenciada pela genética do hospedeiro, constituição do biofilme bucal e o hábito de fumar. Sabe-se que a interleucina 8 (IL-8) é a principal molécula atrativa de neutrófilos. Essas células são as primeiras a chegar aos locais inflamados e além de realizar fagocitose, participam também da destruição do tecido periodontal. Sabe-se também que os patógenos que causam a periodontite são reconhecidos por proteínas receptoras de membrana denominadas receptores Toll-like (TLR), que uma vez acionados iniciam a resposta imune inata. IL8 e TLRs são expressos constitutivamente por células bucais e estão superexpressos na periodontite. Em particular, a IL-8 está ainda aumentada em indivíduos com periodontite crônica fumantes. A expressão gênica é controlada por diferentes mecanismos, incluindo a metilação de DNA. A metilação em dinucleotídeos CpG presentes em promotores de genes inibe a expressão do gene, podendo silenciar por completo a expressão gênica. Assim, o objetivo deste estudo foi analisar o padrão de metilação no DNA nas regiões promotoras dos genes IL8, TLR2 e TLR4 em células bucais e sanguíneas de indivíduos com periodontite crônica fumantes e não fumantes. Também, analisar os níveis de transcritos destes genes quando encontrado diferença no padrão de metilação entre os grupos, a fim de associar o padrão de metilação com a transcrição gênica. Amostras de DNA foram purificadas de células da mucosa bucal, de tecido gengival e tecido sanguíneo de indivíduos saudáveis e com periodontite crônica fumantes e não fumantes. A metilação no gene IL8 foi investigada pela transformação com bissulfito de sódio seguida pela técnica de PCR Específica para Metilação. A análise de metilação nos genes TLR2 e TLR4 foi realizada utilizando o método de Digestão Enzimática Sensível à Metilação. Após o tratamento pelo bissulfito de sódio (IL8) ou digestão enzimática (TLRs), DNA foi amplificado por PCR, submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida 10% corado pelo SYBR Gold. Os níveis de transcritos foram analisados utilizando PCR Quantitativo. A análise estatística foi realizada pelo teste de x2 e Kruskal-Wallis para metilação e expressão gênica, respectivamente. A correlação entre metilação versus expressão foi realizada a partir do teste de coeficiente não linear de Spearman. Os resultados indicam que para células epiteliais da mucosa bucal, a frequência de desmetilação no gene da IL8 é maior no grupo periodontite crônica, independente do hábito de fumar, em comparação ao grupo saudável (p<0,0001). Não foram detectadas diferenças no padrão de metilação no tecido gengival e sanguíneo entre os grupos. Foram encontrados maiores níveis de transcritos de IL-8 no grupo periodontite em comparação ao grupo saudável (p=0,007), entretanto, não há relação entre o padrão de metilação e expressão gênica (p>0,05). Para o gene TLR2, não foram detectadas diferenças no padrão de metilação entre os grupos em nenhum tecido estudado (p>0,05). Para o gene TLR4, foi encontrada massiva desmetilação na mucosa bucal e para tecido gengival a desmetilação foi ainda maior, principalmente dentro do grupo periodontite (p=0,03). / Abstract: Chronic periodontal disease is characterized by inflammation and destruction of periodontal tissues, culminating in teeth loss. It is clear that periodontitis is influenced by host genetic, biofilm, and smoking habit. There are some important molecules involved on the pathogenesis of periodontitis. Interleukin (IL-8) is responsible for inducing chemotaxis, which is the directed migration of neutrophil to a site of inflammation. Neutrophil contributes to the elimination of the infecting bacteria and tissue destruction. Infecting bacteria are recognized by transmembrane receptors called Toll-like receptors (TLR), which recognized molecular pattern of microorganisms. The recognition of a variety of microorganisms components by individual TLRs induces innate immune responses. IL8 and TLRs are constitutively expressed by buccal cells and they are upregulated during periodontitis. Genetic transcription is regulated by different pathways, including DNA methylation. Methylation in CpG dinucleotides of gene promoters downregulates the levels of transcription and may even silence the gene transcription completely. So, the objective of this study was to analyze the pattern of DNA methylation in the promoter region of IL8, TLR2 and TLR4 genes in oral cells and blood tissue from healthy subjects and subjects with chronic periodontitis smokers and non-smokers. We also investigated the levels of mRNA expressed when different methylation status were found amoung groups. DNA samples were purified from buccal mucosa, gingival tissue and blood tissue of healthy subjects and subjects with chronic periodontitis smokers and non-smokers. Methylation of IL8 gene was investigated using sodium bisulphite modification followed by Methylation Specific PCR. Methylation analysis of TLRs genes were performed using Specific Methylation-Sensitive Restriction Enzymes. After sodium bisulphate modification (IL8) or enzymatic digestion (TLR2 and TLR4), DNA was amplified by PCR and the results were visualized after electrophoresis on 10% polyacrylamide gels stained by SYBR Gold. Levels of mRNA were analised using Real Time PCR. The statistical analysis was performed using the test of x2 and Kruskal-Wallis test for methylation status and gene expression, respectively. The correlation among methylation status versus gene expression was performed using no linear coefficient test of Spearman. The results indicate that frequency of IL8 gene demethylation is higher in individuals with chronic periodontitis, independent of smoking habit, than healthy group (p<0.0001). Differences were not detected in the methylation status in gingival tissue and blood tissue among the groups. Higher levels of IL-8 mRNA are expressed in periodontitis group than healthy group (p=0.007), however, we did not observe a relationship between IL8 gene methylation and gene expression. No significant difference was observed for TLR2 gene promoter among groups in all studied tissues (p>0.05). TLR4 gene promoter showed massive demethylation in oral mucosa and for gingival tissue it was even higher, mainly in periodontitis group (p=0.03). / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-10T19:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sampaio_AnaMaria_M.pdf: 6064318 bytes, checksum: 48e117e585e9ab62265d2b877c289d84 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O Herpesvirus Humano 5 (HHV-5), Herpesvirus Humano 6 (HHV-6) e o Herpesvírus Humano 7 (HHV-7), são vírus universais pertencentes à subfamília betaherpesvirinae, e apresentam alta prevalência na população brasileira. Em adultos saudáveis, após infecção primária, esses vírus permanecem latentes, podendo ser reativados em um período de imunossupressão, como acontece em pacientes submetidos a transplantes, o que pode causar complicações graves, que vão desde rejeição de enxertos ao óbito. Esse estudo visou a monitorização da co-infecção pelo HHV-5, HHV-6 e HHV-7 em pacientes submetidos a transplante hepático no Hospital das Clínicas da UNICAMP e a correlação dos dados obtidos com o impacto clínico nesse grupo de pacientes para compreender melhor os aspectos que envolvem a infecção ativa pelo HHV-5, HHV-6, HHV-7 e suas inter-relações, utilizando técnicas laboratoriais que fazem diagnóstico precoce de infecção ativa, avaliação da terapia antiviral específica e prevenção da doença causada por esses vírus. Foram monitorizados 53 pacientes transplantados hepáticos através de testes de antigenemia e NESTED-PCR (N-PCR) em sangue periférico para a detecção do HHV-5, NESTED-PCR em sangue periférico para a detecção do HHV-6, NESTED-PCR em soro para detecção do HHV-7, que foram realizadas no pré-operatório e periodicamente no pós-operatório. Com essa metodologia 33/53 (62,3%) dos pacientes apresentaram infecção ativa por HHV-5, 21/53 (39,6%) por HHV-6 e 23/53 (43,4%) por HHV-7. A co-infecção ocorreu em 8/53 (15,1%) para HHV-5/HHV-6, e 5/53 (9,4%) para HHV-5/HHV-7, 2/53 (3,8%) por HHV-6/HHV-7, e 1/5 (1,9%) pelos três vírus estudados (HHV-5/HHV-6/HHV-7). Apresentaram infecções oportunistas 31/53 (58,5%) dos pacientes estudados, e destes 21/31 (39,6%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-5, 14/31 (26,4%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-6, e 11/31 (20,8%) tiveram infecção ativa isoladamente por HHV-7. Os resultados obtidos e os inúmeros estudos sobre o impacto clínico da detecção e tratamento desses betaherpsvírus em pacientes transplantados hepáticos mostram a importância de estudarmos sua prevalência, métodos diagnósticos e seu impacto clínico em nosso meio / Abstract: The human herpesvirus 5, human herpesvirus 6 e human herpesvirus 7 to the ß-herpesvirus subfamily of the Herpesviridae family. They show a hight prevalence in the population. Many times the infection remains assintomatic in healthy adults and can be reactivated from immunosuppression period especially after organ transplantation, as it happens to patients that underwent an organ transplantation, though it can cause several complication that are since allograft rejection to mortality. This study shows the monitoring of concurrent infection by HHV-5, HHV-6 and HHV-7 in patients that had been undergone to liver transplantation and the results among them with the clinic impact in this infection by HHV-5, HHV-6 and HHV-7 and its concurrent, using lab tecnique that present an early diagnostic of the active infection, management of specific therapy antiviral and prevention of the deseases caused by these virus. Fifty three patients posttranplanted were assisted though antigenemia and nested-pcr tests in peripheral blood to detection of HHV-5, and N-pcr in peripheral blood to detection of HHV-6 and N-pcr in serum to detection of HHV-7 that were done during before transplantation and always in the posttransplantation in these patients and its medical record analysis. The antigenemia to the HHV-6 and HHV-7 was (standard) for the first part of the test and the part is in the standard time. With this methodological, 62,3% of the patients showed active infection by HHV-5, 39,6% by HHV-6 and 43,4% by HHV-7, 15,1% of the patients, showed ( co-infection) HHV-5 and HHV-6, 9,4% by HHV-5/HHV-7, 3,8% by HHV-6/HHV-7 and 1,9% by three virus (HHV-5/HHV-6/HHV-7). 58,5% of the patients studied showed opportunistics infections, and 39,6% showed isoled active infection by HHV-5, (26,4%) showed isoled active infection by HHV-6 and (20,8%) showed isoled active infection by HHV-7. (58,5%) showed oportunites infection , 29% showed any kind of allograft rejection, 44,4% showed active infection by HHV-5, 44,4% showed active infection by HHV-6 and 33,3% by HHV-7. Human herpesvírus (HHV) 6 and 7 are novel members of the ß-herpesvirus family that maintain latency in the human host after primary infection. Reactivation from latency and/or increased degree of viral replication occurs during periods of immune dysfunction. The clinical effect of HHV-6 and HHV-7 reactivation in recipients of liver transplats is now being reconized. A gronving body of evidence suggests that the more important effect of HHV-6 and HHV-7 reactivation on the outcomes of liver transplantation may be mediated indirectly by their interactions with the other ß-herpesvirus - cytomegalovirus (HHV-5) we conducted a prospective study in fifthy three liver transplant patients to detect active infection by HHV-5, 6 and 7, using Nested PCR and antigenemia tests. Active infection with HHV-5 was detected in 62,3% by HHV-6 in 39,6% and 43,4% by HHV-7. Co- infection by HHV-5/HHV-6 occured in 15,1% of the patients, by HHV-5/HHV-7 in 9,4%, by HHV-6/HHV-7 in 3,8% and by HV-5/HHV-6/HHV-7 in 1,9%. Fivety eigth percent of the patients studied showed opportunistics infections, of this 39,6% had isolated active infection by HHV-5, 26,4% isolated active infection by HHV-6 and 20,8% isolated active infection by HHV-7. In conclusion, HHV-5, HHV-6 and HHV-7 active infection, are frequent in liver transplant patients and early diagnose to prevent clinical impact are necessary / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Valeria Maia de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T21:04:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Crespim_Elaine_M.pdf: 1613061 bytes, checksum: 0510cf7cad319e1cd26f150b983f83bd (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A abordagem tradicional empregada em estudos de Microbiologia Ambiental, baseada em métodos de isolamento seletivo e cultivo de microrganismos em laboratório, embora seja útil para a determinação do potencial fisiológico dos organismos isolados, é inadequada para a realização de uma caracterização abrangente da comunidade microbiana destes ambientes ou para detectar microrganismos de difícil cultivo ou que vivem em consórcios. O emprego de técnicas moleculares em estudos de comunidades microbianas, as quais envolvem o isolamento direto de DNA a partir de amostras ambientais, a amplificação de genes conservados pela técnica de PCR e a análise de seqüências de rDNA 165, tem demonstrado resultados promissores em Ecologia Microbiana, uma vez que permite identificar organismos de ambientes naturais sem a necessidade de cultivo dos mesmos. A detecção de microrganismos com potencial para biodeterioração, biodegradação e biocorrosão encontrados em depósitos petrolíferos é de grande importância na medida em que estes organismos podem estar relacionados com a perda da qualidade do petróleo nos reservatórios e etapas subseqüentes de exploração (extração, . armazenamento e refino). O presente trabalho teve como objetivos desenvolver um método molecular para a detecção rápida de grupos específicos de microrganismos degradadores de hidrocarbonetos e avaliar a sua distribuição e abundância em diferentes amostras de óleo e água de formação provenientes de depósitos petrolíferos da bacia de Campos (RJ). Nossos resultados revelaram a presença dos grupos Bacíllus spp., Streptomyces spp., Achromobacter xy/osoxidans, Bacíllus pumilus, Micrococcus spp. e Dietzia spp. nas amostras de petróleo estudadas. Alguns destes microrganismos apresentaram ampla ocorrência, embora em baixa abundância, nas amostras dos cinco poços avaliados, independentemente do grau de biodegradação dos óleos e condições de pro{undidade e temperatura dos reservatórios. O desenvolvimento de um método molecular para a rápida detecção de grupos de microrganismos potencialmente biodegradadores em amostras ambientais seria extremamente útil como uma ferramenta de apoio para a avaliação da qualidade do óleo em reservatórios de produção / Abstract: The traditional approach used in Environmental Microbiology studies, based on selective isolation and cultivation methods, although very useful for determination of the physiological potential of the isolated organisms, is inadequate for a broad characterization of the microbial community in these environments, since it does not allow the recovery of fastidious microorganisms or the ones that live in consortia. The use of molecular techniques in microbial community studies, which involve the direct DNA isolation from environmental samples, amplification of conserved genes by PCR and sequence analysis, has shown promising results in Microbial Ecology, as it allows the identification of organisms trom natural environments without the need of cultivation. The detection of microorganisms with potential for biodeterioration, biodegradation and biocorrosion in petroleum deposits is of great importance, as these organisms may be related to a decrease in petroleum quality in the reservoirs and subsequent exploration steps (extraction, storage and refining). The present work aimed at developing a molecular method for the rapid detection of specific groups of hydrocarbondegrading microorganisms and evaluating their distribution and abundance in different oil and formation water samples originated trom petroleum reservoirs in the Campos basin (RJ). Our results revealed the presence of the target groups Bacillus spp., Streptomyces spp., Achromobacter xylosoxidans, Bacillus pumilus, Micrococcus spp. and Dietzia spp. in the environmental samples under study. Some of these microorganisms were of broad occurrence, although in low abundance, in ali the five samples trom the petroleum wells analyzed, in spite of the oil biodegradation levei and depth and temperature conditions. The development of a molecular method for the rapid detectión of specific groups of biodegrading microorganisms in environmental samples would be extremely useful as a supporting toei for the evaluation of oil. quality in the production reservoirs / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Sergio Tadeu Martins Marba / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-11T12:12:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kallas_SheiladeLima_M.pdf: 1394129 bytes, checksum: 6a73ee8e82058acb673cea32eee2b643 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Os objetivos do estudo foram determinar a prevalência da infecção congênita por citomegalovírus em recém-nascidos internados na unidade de internação neonatal do CAISM-UNICAMP, avaliar a eficácia da Nested-PCR para citomegalovírus em sangue estocado em papel filtro e descrever variáveis epidemiológicas da população estudada. Foi realizado um estudo epidemiológico transversal, onde foram selecionados recém-nascidos internados na unidade de internação neonatal durante o período de 01 de Abril de 2005 a 30 de Junho de 2006. Foram coletadas amostras de urina dos recém-nascidos e calculada a prevalência da infecção congênita por CMV pelo método diagnóstico da Nested PCR. Para validação do teste diagnóstico, foram coletados, concomitantemente com a urina, amostras de sangue dos recém-nascidos, estocados em papel filtro, e realizada a Nested-PCR. Os resultados da Nested-PCR em papel filtro foram comparados com os da urina e foram calculados sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivo e negativo. Dados epidemiológicos da população foram colhidos pela revisão de prontuários. Foram obtidos os seguintes resultados: sensibilidade 75% , especificidade 99,4%, valores preditivos positivo 60,0% e negativo 99,7%. A prevalência da infecção congênita por CMV foi de 1,2%. A média de idade materna foi de 25,5 anos. A maior parte das mães, 40,9%, foram procedentes de Campinas; 86,3% delas realizaram pré-natal, 96,2% das que realizaram o pré-natal não realizaram sorologia para CMV, 65,3% dos partos foram por cirurgia cesariana, sendo que em 46% das cesáreas a indicação foi sofrimento fetal agudo. Sobre os recém-nascidos, 74,3% deles eram pré-termos, 57% pesavam menos que 2 kg, sendo a média de idade gestacional de 34,2 semanas. Concluimos que a prevalência da infecção congênita foi baixa e que o método diagnóstico Nested-PCR em sangue estocado em papel filtro teve alta especificidade e moderada sensibilidade / Abstract: The aims of this study were: to determine the prevalence of congenital infection by cytomegalovirus in newborn patients of the intensive neonatal care unit of the CAISM-UNICAMP Hospital; to evaluate the efficacy of Nested PCR diagnostic test in blood stored on filter paper and to describe epidemiological characteristics of this population. A cross section study was made including newborns admitted in the intensive care unit from April first, 2005 to June 30, 2006. Urine samples were collected from newborns and the prevalence was determined by Nested-PCR. To evaluate the efficacy of Nested PCR in blood stored on filter paper, the Nested-PCR in urine samples were compared to those in blood samples. Sensibility, specificity, positive and negative predictive values were calculated. Epidemiological characteristics of the population were described. The following results were observed: sensibility: 75%; specificity: 99, 4%; positive predictive values: 60, 0% and negative predictive values: 99,7%. The prevalence of congenital cytomegalovirus infection, calculated by Nested-PCR in urine samples was 1,2% in this period. The average of mother age was 25,5 years old.The most of mothers (40,9%) were from Campinas; 86,3% of them had prenatal care; 96,2% of the mothers who had prenatal care didn¿t had CMV serology; 65,3% of the delivery were by caesarean, and the reason of caesarean was acute fetal suffering in 46%. The newborn characters were: 74,3% were premature babies, 57% had weight less than 2 kilograms and the average of birth age was 34,2 weeks. We concluded that the prevalence of the congenital infection by CMV was low and that Nested PCR diagnostic test in blood stored on filter paper is highly specific and moderately sensible / Mestrado / Saude da Criança e do Adolescente / Mestre em Saude da Criança e do Adolescente