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Determinação das regiões de recombinação em haplotipos atipicos de pacientes com anemia falciforme

Vieira, Alexandra Patricia Zilli 20 April 2000 (has links)
Orientador: Fernando Ferreira Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-26T13:55:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_AlexandraPatriciaZilli_M.pdf: 4771481 bytes, checksum: c93f606d7341691886c4410b37598910 (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: O complexo da globina beta humana compreende uma região de 70 kb e contém numerosos polimorfismos. O conjunto desses polimorfismos está em desequilíbrio de ligação com o gene da globina 'beta POT. S' e são denominados de haplótipos. O estudo desses haplótipos mostrou que a mutação da globina 'beta POT. S' teve origens independentes em diferentes regiões. Essas regiões dão a denominação aos haplótipos, desta forma os haplótipos clássicos são Bantu, Benin, Senegal, Camarões e Indiano. Nesse estudo foram caracterizados, do ponto de vista molecular, 13 pacientes que apresentaram haplótipos atípicos. Este estudo possibilitou a caracterização desses haplótipos e, nos casos de recombinação, permitiu identificar a região do provável ponto de quebra. Os haplótipos foram determinados pela análise dos seguintes sítios para RFLP: XMn I - 5' gene 'gama G', Hind III- 'psi G' e 'psi A', Hinc II - 'psi beta', Hinf I - 5' 'beta' e Ava II - 'beta'. Adicionalmente, foram selecionadas 3 regiões de repetições de dinucleotídeos, ao longo do "cluster" da globina beta - no interior do LCR-HS2 (repetição de TA), entre o LCR e o gene 'epsilon' (repetição CA) e no interior, do segundo intron do gene 'gama G' (repetição TG). Essas regiões foram analisadas por PCR radioativo e observadas em gel de poliacrilamida desnaturante. Regiões microsatélites são comumente usadas como marcadores polimórficos, porém seu papel funcional é fracamente documentado. Além disso, foram estudadas outras seqüências: 3 localizadas em uma região de 8 kb entre LCR-HS2 e o gene 'epsilon'; uma localizada 5' do gene 'beta' e outra localizada 3' do gene 'beta', no sítio hipersensível 3' (HS3'), por SSCP não radioativo. Foram também caracterizadas por sequenciamento a região de repetição localizada entre LCR e o gene 'epsilon' (repetição CA) e também uma região de repetição localizada na posição ¿530 5' do gene 'beta'- (AT)xTy. Em 8 dos 13 alelos analisados, o ponto de quebra da recombinação ocorreu dentro de uma região de 2 kb entre LCR e gene 'epsilon' - 7 alelos revelaram. um haplótipo híbrido Bantu/Benin e 1 revelou o híbrido Bantu/Senegal. Em 3 outros casos nós observamos dois pontos de quebra no mesmo alelo - um localizado dentro de uma região de 2 kb entre LCR e o gene 'epsilon' e o segundo localizado entre os genes 'delta' e 'beta'. ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Human beta globin gene complex spans a region of 70 kb and contains numerous sequence variants. Alleles within the cluster of polymorphic sites stretching from 5' of the 'epsilon'-globin gene to 3' of 'psi' 'beta'-globin gene show strong linkage disequilibrium; similar linkage disequilibrium exists for the alleles in the cluster of sites from 5'of the 'beta' globin gene to 17 kb downstream. No linkage disequilibrium exists between these two subclusters. The 9 kb region between the 5' and 3' clusters has therefore been proposed as a recombination "hot-spot". This study intends to investigate if the length of the repeats is haplotype specific and to narrow the 'beta' globin cluster in order to characterize the most approximate breakpoint. We described 13 sickle cell patients with at least one recombinant allele. 'Beta' haplotypes were derived from the following RFLPs in the 'beta¿ globin gene cluster: XMn I - 5' 'gama SOB. G', Hind III - 'gama SOB. G' and 'gama SOB. A', Hinc II -'psi' 'beta', Rinc II - 3' 'psi' 'beta', Rinf I - 5' 'beta' and Ava II 'beta'. RFLPs were analyzed using restriction enzyme analysis of DNA thât was specifically amplified by the PCR. Furthermore, we selected 3 short tandem repeats (STR) throughout the 'beta' globin cluster - within the LCR - HS2 (TA repeat), between LCR and 'epsilon' gene (CA repeat), and within the second intron (lVS2) of the 'gama SOB. G' (TG repeat). These sequences were analyzed by radiolabeled PCR and observed in denaturing polyacrilamide gel. These microsatellites are commonly used as polymorphic markers but their potential functional role is poorly documented. ln addition, we analyzed other sequences - three sequences located within a region of 8 kb between 'beta'LCR-HS2 (second DNase I hypersensitive site within the, beta locus control region) and 'epsilon' gene, one located 5'of the 'beta' globin gene and one located. ... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Clinica Medica / Mestre em Clinica Medica
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Modelos matematicos para a previsão de recombinações sitio-especifico do DNA

Rocha, Andrea Santos Leite da 22 April 2004 (has links)
Orientador : Reginaldo Palazzo Jr / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:33:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_AndreaSantosLeiteda_M.pdf: 3658632 bytes, checksum: 1d4fe7c8c888bc70780adf35f2c02241 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Esta dissertação trata da aplicação de métodos polinomiais e topológicos que além de permitir uma classificação rigorosa das moléculas de DNA que formam Nós e Catenanes indicando a estrutura das moléculas relacionadas, são capazes de distingüir entre um número muito grande de Nós e Catenanes qual deverá surgir como produto da recombinação. A motivação principal para esta pesquisa foi o fato de que através da aplicação desses métodos polinomiais e topológicos foram construídos alguns modelos matemáticos capazes de prever os produtos da recombinação. Neste trabalho, tais modelos são construídos da seguinte maneira: No caso de recombinação que possui sítios com repetições diretas, emprega-se a técnica polinomial baseada nas experiências com a enzima resolvase Tn3 para determinar os produtos deste tipo de recombinação; No caso de recombinação que possui sítios com repetições inversas, aplica-se a té<;nica polinomial baseada nas experiências com a enzima integras e para determinar os produtos deste tipo de recombinação / Abstract: This work deals with the application of polynomial and topological methods that in addition to allowing a rigorous classification of DNA molecules forming knots and catenanes, indicate the structure of the related molecules. The power of topological methods lies in the ability to distinguish alternative models by predicting which ones, among an often astronomic number of knots and catenanes, should arise as products of the recombination. The main motivation for this research was the fact that through the application of this polynomial and topological methods some mathematical models are built; these models are capable to predict the products of the recombination. 1n the case of recombination that has sites with direct repetitions, we use the polYl1omial method, which is based on laboratory experiments using resolvase Tn3 enzyme to determine the products of this type of recombination. 1n the case of recombination that has sites with inverted repetitions, we use the polynomial method, which is based on laboratory experiments using integrase enzyme to determine the products of this type of recombination / Mestrado / Mestre em Engenharia Elétrica
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Caracterizações topologica, geometrica e algebrica dos produtos da recombinação do DNA atraves dos modelos Tangle e frações continuas

Faria, Luzinete Cristina Bonani de 29 July 2004 (has links)
Orientador: Reginaldo Palazzo Junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:09:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Faria_LuzineteCristinaBonanide_M.pdf: 3925570 bytes, checksum: 2aed52215bf626bef90df6f45edf1f51 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Nesta dissertação ao apresentamos um procedimento para a determinação rigorosa das estruturas topologica, geometrica e algebrica das moleculas de DNA formando Nos e Catenanes, que surgem como produtos de recombinação, e com isso indicando a estrutura das moleculas relacionadas. Este procedimento faz uso dos conceitos da classificação de tangles e Nos racionais. A partir destas aplicações, apresentamos uma proposta de modelos matematicos, o modelo tangle e a descrição algebrica via frações continuas, capazes de prever os produtos da recombinação com sitios repetidos inversamente, baseando-se nas experiencias realizadas por Cozzarelli et. ali. com as enzimas resolvase Tn3 e integrase / Abstract: In this work we present a technique to determine rigorously the topologic, geometric and algebraic structure of the DNA molecules forming knots e catenanes that arise as products of the recombination, and so indicating the structure of related molecules. This procedure is based on the concepts of rational knots and rational tangles classification. From these applications, we propose two mathematical models, the tangle model and the algebraic description via continued fractions, which are capable to predict the products of the recombination with inversely repeated sites based on laboratory experiments realized by Cozzarelli et. ali., using resolvase tn3 and integrase enzymes / Mestrado / Telecomunicações e Telemática / Mestre em Engenharia Elétrica
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Análise molecular da proteína HC-Pro (Helper Component-Proteinase) e seu papel na relação patógeno-hospedeiro

Frangioni, Desiré Spada dos Santos [UNESP] 29 November 2006 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-11-29Bitstream added on 2014-06-13T19:24:02Z : No. of bitstreams: 1 frangioni_dss_dr_botfca.pdf: 2302780 bytes, checksum: a3bab8cdfaa8a760d70900c13de09d8d (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O gênero Potyvirus é um dos maiores dentre os vírus de planta com genoma composto por RNA. O genoma dos potyvirus codifica um único polipeptídeo que é processado por três proteinases virais que originam todas as proteínas necessárias para complementar o ciclo da infecção. A proteína HC-Pro (Helper Component proteinase) é uma dessas proteínas multifuncionais que está envolvida na amplificação do genoma, transmissão por afídeo, movimento sistêmico e local, supressão do silenciamento gênico e proteólise. Nesse trabalho, foi realizada a substituição funcional de parte da região codificadora da HC-Pro do Lettuce mosaic virus (LMV) com a porção correspondente à HC-Pro do Potato virus Y (PVY), com o objetivo de melhor compreender os papéis dessa proteína no ciclo de infecção dos potyvirus. O LMV e o PVY diferem tanto em patogenicidade quanto em círculo de hospedeiros. O LMV infecta, principalmente, espécies da família Asteraceae (alface) enquanto o PVY infecta Solanaceae. Para avaliar o efeito de tal substituição na infectividade, dois vírus quiméricos foram construídos: um clone infeccioso de LMV contendo a HC-Pro selvagem do PVY (estendendo-se dos aminoácidos 1 a 352) e um segundo clone contendo a HC-Pro de PVY com mutação no motivo conservado IGN (mutado para RPN). Os vírus recombinantes e o LMV selvagem foram inoculados via biobalística em folhas de plântulas de alface cv. Trocadero (suscetível ao LMV). A presença e a natureza das progênies virais... / The genus Potyvirus is one of the largest genera of plant RNA viruses. The potyvirus genome encodes a single polypeptide that is processed by three viral proteinases to yield all viral proteins needed for the infection cycle. One of these proteins is the multifunctional helper component proteinase (HC-Pro), which is involved in genome amplification, aphid transmission, local and systemic movement, suppression of gene silencing and proteolysis. To gain further understanding of the roles of this protein in the Potyvirus life cycle, the functional replacement of the HC-Pro coding region of Lettuce mosaic virus (LMV) with its corresponding counterpart of Potato virus Y (PVY) was performed. These viruses differ both in pathogenicity and in host range. LMV infects mainly Asteraceae while PVY infects Solanaceae. To assess the functional requirement of a homologous HC-Pro in infectivity, two different chimeric viruses were constructed i. e: a full-length LMV containing a wild type PVY HC-Pro (1aa to 352aa) and a full-length LMV containing a PVY HC-Pro with a mutation in the IGN motif (exchanged to RNP). The chimeras, and wild type LMV, were inoculated by biolistic in young lettuce plants. The presence and nature of viral progenies were checked by RT-PCR amplification followed by sequencing. All recombinant viruses were infectious and displayed systemic infection although the symptoms were weak when compared to the wild type LMV. The viruses accumulation were evaluated by differential cycles in the RT-PCR. The LMV wild type was amplified by 30 cycles while the chimerics viruses needed 40 cycles. Therefore this result indicating that the chimeric viruses titer were lower than LMV wild type. The results 4 described here demonstrated that the main biological functions of HC-Pro can be accomplished by heterologous protein.

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