El documento digital no refiere asesor / Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica el patrón de sensibilidad/resistencia de bacterias según los urocultivos de pacientes hospitalizados por infección urinaria en el Hospital Central de la Fuerza Aérea del Perú, durante el periodo Julio – Diciembre 2013. El estudio es observacional, prospectivo de corte transversal. Se estudiaron a 112 pacientes hospitalizados por ITU en el servicio de medicina del HCFAP. Para el análisis descriptivo se empleó frecuencias absolutas y relativas, así como gráficos circulares, barras y de líneas. La edad promedio de los pacientes hospitalizados por ITU fue de 75,8 años siendo más frecuentes aquellos de 60 a 90 años, predominó el sexo femenino. Las bacterias aisladas más comunes según urocultivo fueron la Escherichia coli (39,4%), Escherichia coli BLEE (26,3%) y Klebsiella pneumoniae spp (7,1%). La E. coli mostró alta sensibilidad frente a Cefotaxima (97,2 %) y Nitrofurantoina (94,4%) mientras que fue más resistente con el Ácido Nalidíxico (74,3%); asimismo la E. coli BLEE fue más sensible con Ertapenem (100%) y más resistente frente Ampicilina/sulbactam (92%); a su vez Klebsiella tuvo mayor sensibilidad frente Amikacina (77,8%) y mayor resistencia con el Ácido Nalidíxico (100%). En el patrón de sensibilidad bacteriana según la edad y sexo se identificó que la bacteria Escherichia coli mostró mejor sensibilidad frente una mayor variedad de fármacos. La Fosfomicina fue el antibiótico con quien esta bacteria mostró más alta sensibilidad en los tres grupos etareos al igual que en los pacientes de sexo femenino y masculino. En el patrón de resistencia bacteriana según la edad se identificó que la bacteria Escherichia coli BLEE reveló mejor resistencia frente una mayor diversidad de antibióticos. La Ampicilina/Sulbactan fue el antimicrobiano con quien esta bacteria mostró más alta resistencia en todos los grupos etareos. Respecto al sexo del paciente tanto Escherichia coli BLEE y Klebsiella presentaron una mayor resistencia frente a una mayor cantidad de antibióticos en ambos sexos. Se concluye que durante el periodo de estudio se determinó que la Escherichia coli mostró alta sensibilidad frente a Cefotaxima y Nitrofurantoina mientras que fue más resistente al Ácido Nalidíxico; así mismo la Escherichia coli BLEE fue más sensible con Ertapenem y más resistente frente Ampicilina/sulbactam; por último Klebsiella tuvo mayor sensibilidad frente Amikacina y mayor resistencia con Ácido Nalidíxico. / Trabajo académico

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina los genes qnr en aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido. El estudio es de tipo transversal, descriptivo y prospectivo. El presente trabajo se realizó en el Laboratorio de Epidemiologia Molecular y Genética (LEMYG) del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) Lima- Perú. La población fue Aislamientos clínicos de enterobacterias productoras de BLEE del cepario obtenido del proyecto N° 3300066 anexo 3201, realizado en el Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN) durante el 2012. Los aislamientos de enterobacterias fueron sembrados en medio Agar Tripticasa de Soya y Mac Conkey, para posteriormente realizar el estudio fenotípico de sensibilidad a quinolonas por el método de Kirby Bauer, también se obtuvo ADN bacteriano, el mismo que se almacenó a -20 °C para el estudio de PCR en el LEMYG. Los resultados obtenidos son que se trabajó con un total de 138 aislamientos que cumplían con los criterios de selección requeridos, se halló una frecuencia de qnrB de 44%, qnrS de 56% y ningún gen qnrA. Se concluye que la frecuencia de los genes qnr en enterobacterias que poseen betalactamasas de espectro extendido es de 62%. / Tesis

Evalúa el uso de antimicrobianos de uso restringido en pacientes hospitalizados en el Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins en los servicios: medicina interna, UCI, pediatría UCI y pediatría general en el año 2017. Determina cuatro indicadores: 1) prevalencia de prescripción de ATMR, 2) promedio de ATMR prescritos y porcentaje de prescripción en combinación de ATMR por paciente, 3) porcentaje de prescripción de ATMR con base clínica o de laboratorio no específicos y con base microbiológica, y 4) los ATMR y diagnósticos presentados en mayor frecuencia. Realiza un estudio descriptivo, observacional, transversal y retrospectivo, EUM tipo prescripción – indicación. El material de recolección son dos fichas: ficha ATMR-S (ATMR por servicio) y ficha ATMR-P (ATMR por paciente), se recabó la información de las historias clínicas y prescripciones de un total de 418 pacientes durante 21 días considerando los 27 ATMR del listado de medicamentos con restricción de uso del HNERM. Los resultados obtenidos muestran una prevalencia de prescripción de ATMR de 41%; un promedio de 2 ATMR prescritos por paciente y 56% de pacientes recibieron terapia combinada de ATMR; la prescripción con base en exámenes microbiológicos fue 51% y el 49% con base única en exámenes clínicos o de laboratorio no específicos; el 34% son diagnósticos relacionado a sepsis respiratoria y el 14% a infección del tracto urinario; de 316 ATMR prescritos se presentan con mayor frecuencia: meropenem, vancomicina, ceftriaxona e imipenem + cilastatina con 21%, 19%, 13% y 12% respectivamente. / Tesis

Identifica y determina la prevalencia de los genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like y blaOXA-58-like, que codifican las carbapenemasas de tipo OXA, las cuales son consideraras clínicamente relevantes en el Acinetobacter baumannii. Se analizaron 51 aislamientos de Acinetobacter baumannii con perfil de resistencia a carbapenémicos provenientes del Laboratorio Clínico de un Hospital Nacional de Referencia en Lima de diciembre 2017 – marzo 2018. Se determinó fenotípicamente la presencia de carbapenemasas por el método de inactivación de los carbapenémicos seguido de la identificación genotípica de los genes del tipo OXA de mayor importancia clínica la cual se realizó por PCR multiplex los genes blaOXA-23-like, blaOXA-24-like y blaOXA-58-like. Se obtuvieron fenotípicamente 51/51 (100%) pruebas positivas para la presencia de carbapenemasas en las cuales se identificaron genéticamente la presencia de 38/51 (74,5%) blaOXA-24- like y 5/51 (9,8%) blaOXA-58-like. Un solo gen en 33/51 (64,7%) cepas corresponden a blaOXA-24-like y 2 genes en 5/51 (9,8%) cepas corresponden a blaOXA-24-like y blaOXA-58-like; no se detectó la presencia de genes codificantes blaOXA-23-like. Se concluye que el 100% de las cepas recolectadas, evaluadas a través del método MIC*, son productoras de enzimas carbapenemasas; así mismo el 38/51 (74,5%) de estas cepas portaban genes codificantes de blaOXA- 24-like y blaOXA-58-like siendo el gen blaOXA-24-like el más prevalente. Finalmente en el presente estudio no se detectó la presencia de genes codificantes blaOXA-23-like. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / El documento digital no refiere asesor / Determina la incidencia de resistencia y sensibilidad de los microorganismos patógenos más frecuentes en los cultivos y antibiogramas de los pacientes de la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales del Hospital Nacional Dos de Mayo, durante el periodo 2009-2011. Es un estudio descriptivo, transversal, retrospectivo, realizado en el Hospital Nacional Dos de Mayo, que comprendió desde enero del 2009 al 31 de diciembre del 2011. Se revisó las historias clínicas de 106 neonatos con todos los cultivos positivos (hemocultivos, urocultivos y otros cultivos), de los pacientes hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales que cumplieron los criterios de inclusión y exclusión. Los datos se recolectaron en fichas adhoc y la información fue ingresada a una base de datos en el software SPSS versión 20.0, se realizaron análisis descriptivos en frecuencia de presentación, porcentajes, promedios, desviación estándar, según las variables en estudio. Durante el periodo de enero del 2009 al 31 de diciembre del 2011 en el Hospital Nacional Dos de Mayo se reportaron 106 neonatos con todos los cultivos positivos (hemocultivos, urocultivos y otros cultivos), de los pacientes hospitalizados en la Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales. Como hallazgos en los antibiogramas encontramos en los pacientes hospitalizados en la UCIN 48.98% de S. epidermidis, 20.41% ; se observó mayor resistencia a gérmenes con las penicilinas y ampicilinas llegando incluso al 100% y mayor sensibilidad a vancomicina y ceftazidima hasta con el 100% en la mayoría de los resultados; con antecedentes de factores de riesgo en mayor frecuencia fue ITU materna como los controles prenatales insuficientes, seguido de neonatos que presentaron como antecedentes RPM, SALAM, ictericia así como asfixia perinatal. La frecuencia de gérmenes aislados en hemocultivos según la edad gestacional presentándose mayor frecuencia de muestras con Staphylococcus epidermidis como germen aislado con 30.61% para recién nacidos a término, seguido de Staphylococcus epidermidis con 17.35% para recién nacidos pretérmino. Indica que existe relación estadística (P<0.05) entre el germen aislado y la edad gestacional de pacientes neonatos. Así mismo se observó la frecuencia de gérmenes aislados en hemocultivos según el sexo, presentándose mayor frecuencia de muestras con Staphylococcus epidermidis como germen aislado con 36.73% para el sexo masculino, seguido de Staphylococcus sp. con 16.33% para el mismo sexo mientras que en el sexo femenino se presentó mayor frecuencia de muestras con Staphylococcus epidermidis 12.24%. Indica que existe relación estadística (P<0.01) entre el germen aislado y el sexo de pacientes neonatos. También se encontró la frecuencia de gérmenes aislados según el peso al nacimiento presentándose mayor frecuencia de muestras con Staphylococcus epidermidis como germen aislado con 18.37% para peso adecuado al nacimiento, seguido de Staphylococcus epidermidis con 14.29% para bajo peso al nacimiento. Indica que no existe relación estadística (P>0.05) entre el germen aislado y el peso al nacimiento de pacientes neonatos. En este estudio la frecuencia de los gérmenes aislados fue S. epidermidis 48.98%, seguido de Staphylococcus sp. 20.41%, Streptococcus 6.12%, Enterobacter sp.6.12%; también en este estudio observamos mayor resistencia a las penicilinas 100% y ampicilinas 100%, y con una sensibilidad del 100% a antibióticos como vancomicina y ceftazidima. La elevada resistencia de los microorganismos aislados y su tendencia ascendente corrobora la emergencia de esta problemática en nuestra institución. / Trabajo de investigación

Resistance to antimicrobials is a well-known phenomenon leading to difficulties in the treatment of infectious diseases. The genetic determinants of such resistance are in general well understood: plasmids, transposons, insertion sequences and integrons are the most frequently related genetic elements. The word epigenetics refers to changes in the phenotype or in the gene expression caused by mechanisms other than underlying DNA sequence. In some cases these changes can remain for generations. Serratia marcescens is an enterobacterium characterized by its natural (intrinsic) resistance to most antibiotics. It is also a relevant opportunistic pathogen which has been involved in several pathologies such as urinary tract infections, prostheses infections, cellulitis, bacteremia and others. P. aeruginosa is a Gram-negative bacterium considered one of the major nosocomial pathogens worldwide. It causes several infections such as wound and burn infections as well as respiratory tract infections mostly affecting cystic fibrosis patients. An increasing prevalence of infections caused by multidrug-resistant (MDR) isolates has been reported in many countries and is actually a cause of concern. Both, P. aeruginosa and S. marcescens are relevant nosocomial pathogens. Some of the classic antimicrobials used to treat these pathogens are out-of-date and several of the new drugs available have already become targets for bacterial mechanism of resistance. Environmental conditions exert high pressure not only in the selection of genes encoding resistance to antibiotics or integron fixation in bacterial genomes or plasmids and other mobile elements transmission, but also in the expression of these potentialities that leads to resistance. Thus the role of epigenetics remains to be investigated. In addition it is well known that bacteria causing infections are naturally forming part of biofilms instead the planktonic way of life normally assumed to be in laboratory conditions. The aim of this thesis was the study of unconventional mechanisms of antimicrobial resistance contributing to MDR phenotypes in both S.marcescens and P. aeruginosa. Also the exploration of changes in antimicrobial susceptibilities of Serratia marcescens in the last 50 years by comparing isolates collected between 1945 and 1950, and current isolates. ¬The main conclusions obtained from this study are: 1. The resistome of Serratia marcescens did not change significantly during the antibiotic era. 2. Antibiotic withdrawing tends to restore original susceptible phenotypes, irrespective to the molecular mechanism involved in resistance. 3. None of Serratia strains studied presented integrons, any extended spectrum ß-lactamases. 4. Phenotypically determination of susceptibilities of old strains inactive during the last 60 years have confirmed results obtained by metagenomics i.e. the genes of resistance already existed before antibiotics discovery and use. 5. Multiresistant Pseudomonas aeruginosa harbored class 1 integrons containing a cassette encoding aminoglycoside adenylyltransferase (aadB). 6. Multiresistant Pseudomonas aeruginosa overexpressed MexAB-OprM and MexXY efflux machinery. 7. CCCP use should be avoided in experiments performed with P. aeruginosa and probably in other aerobic bacteria. 8. Meropenem induces the formation of aberrant long rods which can survive, accumulate less antibiotic than normal bacteria, and can revert to normal forma when antibiotic pressure disappears. 9. Colistin, the last therapeutic option to fight against Pseudomonas infections in cystic fibrosis patients, is normally active although cases of resistance have arisen recently. 10. Resistance to colistin seems to be mediated by lipopolysaccharide singular properties. 11. Colistin induces injuries in lipid bilayers, which can be studied by means of planar black lipid bilayer techniques. Preliminary results showed the ability of colistin to induce transient channels in the bilayers, with some dependence to voltage. 12. Recovery of susceptibility to imipenem is slower than acquision of resistance, since the selective advantage conferred by imipenem resistance in the presence of the antimicrobial is strong whereas OprD expression is likely evolutionarily advantageous only under certain and unknown environmental conditions. / Es van explorar els mecanismes no convencionals de resistència als agents antimicrobians que contribueixen a l’aparició de fenotips multiresistents en els bacteris Gram-negatius Serratia marcescens i Pseudomonas aeruginosa. Es van examinar també els canvis en la susceptibilitat als agents antimicrobians en S. marcescens durant els darrers 50 anys, comparant soques aïllades entre els anys 1945-1950 y soques actuals. ¬Les principals conclusions obtingudes d’aquest estudi són les següents: 1. El resistoma de Serratia marcescens no ha canviat significativament des de l’era pre-antibiòtica fins l’actualitat. 2. La retirada dels antibiòtics tendeix a recuperar els fenotips de susceptibilitat originals, independentment del mecanisme molecular implicat en la resistència. 3. Cap de las soques de Serratia estudiades va presentar integrons ni tampoc ß-lactamases d’espectre estès. 4. La determinació fenotípica de les susceptibilitats de las soques “antigues” de Serratia inactives durant 60 anys ha confirmat els resultats obtinguts mitjançant metagenòmica, és a dir, els gens de resistència als antibiòtics ja existien amb anterioritat al descobriment i ús dels antibiòtics. 5. En les soques clíniques de P. aeruginosa multiresistents es va detectar un integró de classe 1 que contenia el cassette gènic aadB, que codifica l’enzim aminoglicòsid 2’-O- adeniltransferasa, que confereix resistència a gentamicina, tobramicina i kanamicina. 6. Les soques multiresistents de P. aeruginosa van sobreexpressar els sistemes de reflux MexAB-OprM i MexXY-OprM. 7. L’ús de l’inhibidor de bombes de reflux CCCP s’hauria d’evitar als experiments realitzats amb P. aeruginosa i probablement amb altres bacteris de metabolisme aeròbic. 8. El meropenem indueix la formació de llargs bacils aberrants capaços de sobreviure en presència de l’antibiòtic. Aquests bacils acumulen menys antibiòtic que els bacteris normals, i poden revertir a la forma normal quan s’elimina la pressió selectiva. 9. La colistina, la última alternativa terapèutica per lluitar contra P. aeruginosa en pacients amb fibrosis quística, és normalment efectiva, encara que recentment han sorgit casos de resistència a aquest agent antimicrobià. 10. La resistència a colistina sembla estar causada per propietats singulars del lipopolisacàrid. 11. La colistina produeix danys en les membranes lipídiques que poden ser estudiats mitjançant tècniques de Black lipid bilayer. Estudis preliminars van mostrar la capacitat de la colistina para induir canals transitoris en les bicapes lipídiques, amb certa dependència de voltatge. 12. La recuperació de la susceptibilitat a l’imipenem en P. aeruginosa és més lenta que l’adquisició de resistència, donat que l’avantatge selectiva conferida per la resistència a l’imipenem en presència de l’agent antimicrobià és forta, mentre que l’expressió d’ OprD és probablement avantatjosa solament sota certes i desconegudes condicions ambientals. / Se exploraron los mecanismos no convencionales de resistencia a agentes antimicrobianos que contribuyen a la aparición de fenotipos multiresistentes en las bacterias Gram-negativas Serratia marcescens y Pseudomonas aeruginosa. Se examinaron también los cambios en la susceptibilidad a los agentes antimicrobianos en S. marcescens en los últimos 50 años, comparando cepas aisladas entre los años 1945-1950 y cepas actuales. ¬Las principales conclusiones obtenidas de este estudio son las siguientes: 1. El resistoma de Serratia marcescens no ha cambiado significativamente desde la era pre-antibiótica hasta la actualidad. 2. La retirada de los antibióticos tiende a recuperar los fenotipos de susceptibilidad originales, independientemente del mecanismo molecular implicado en la resistencia. 3. Ninguna de las cepas de Serratia estudiadas presentó integrones ni tampoco ß-lactamasas de espectro extendido. 4. La determinación fenotípica de las susceptibilidades de las cepas “antiguas” de Serratia inactivas durante 60 años ha confirmado los resultados obtenidos mediante metagenómica, es decir, los genes de resistencia a los antibióticos ya existían con anterioridad al descubrimiento y uso de los antibióticos. 5. En las cepas clínicas de P. aeruginosa multiresistentes se detectó un integrón de clase 1 que contenía el cassette génico aadB, que codifica la enzima aminoglicósido 2’-O- adeniltransferasa, que confiere resistencia a gentamicina, tobramicina y kanamicina. 6. Las cepas multiresistentes de P. aeruginosa sobreexpresaron los sistemas de reflujo MexAB-OprM y MexXY-OprM. 7. El uso del inhibidor de bombas de reflujo CCCP se debería evitar en los experimentos realizados con P. aeruginosa y probablemente con otras bacterias de metabolismo aeróbico. 8. El meropenem induce la formación de largos bacilos aberrantes capaces de sobrevivir en presencia del antibiótico. Estos bacilos acumulan menos antibiótico que las bacterias normales, y pueden revertir a la forma normal cuando se elimina la presión selectiva. 9. La colistina, la última alternativa terapéutica para luchar contra P. aeruginosa en pacientes con fibrosis quística, es normalmente efectiva, aunque recientemente han surgido casos de resistencia a este agente antimicrobiano. 10. La resistencia a colistina parece estar mediada por propiedades singulares del lipopolisacárido. 11. La colistina produce daños en las membranas lipídicas que pueden ser estudiados mediante técnicas de Black lipid bilayer. Estudios preliminares mostraron la capacidad de la colistina para inducir canales transitorios en las bicapas lipídicas, con cierta dependencia de voltaje. 12. La recuperación de la susceptibilidad al imipenem en P. aeruginosa es más lenta que la adquisición de resistencia, dado que la ventaja selectiva conferida por la resistencia al imipenem en presencia del agente antimicrobiano es fuerte, mientras que la expresión de OprD es probablemente ventajosa sólo bajo ciertas y desconocidas condiciones ambientales.

Determina la resistencia microbiana y capacidad de formar biopelículas de las cepas de Staphylococcus aureus y Listeria monocytogenes aisladas de carnes frescas provenientes de tres mercados de Lima Metropolitana. Por eso se recolectaron 60 muestras que se distribuyó en tres grupos de 20 muestras de carne fresca (10 de pollo y 10 de cerdo) por cada mercado y se realizó el respectivo análisis microbiológico para identificarlos. Luego, se determinó la sensibilidad antimicrobiana por el método de Kirby Bauer según la CLSI y la formación de biopelículas por el método de microtitulación en placa, según las recomendaciones de Stepanovic et al. Se encontró incidencia de 75% para S. aureus y 13,33% para L. monocytogenes. Las cepas de S. aureus, presentaron resistencia a la penicilina (75,56%) y tetraciclina (28,89%); 97,78% al sulfametoxazol-trimetoprim, 82,22% para gentamicina y ciprofloxacino y 77,78% a la clindamicina. El 75% de las cepas de L. monocytogenes presentaron una resistencia a la clindamicina y ninguna presentó resistencia a la ampicilina, penicilina, tetraciclina, sulfametoxazol-trimetoprim, gentamicina, eritromicina y vancomicina. Se determinó que 33,33% de las cepas de S. aureus tienen capacidad fuerte, 28,89% capacidad moderada, 33,33% capacidad débil y 4,45% no tenían capacidad de formar biopelículas. En el caso de las cepas de L. monocytogenes, 100% presentó capacidad débil de formar biopelículas. / Tesis