Orientador: Wesley Rodrigues Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T16:39:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leiner_NataliaOliveira_D.pdf: 1793051 bytes, checksum: 67b783e1e2d52a03688d55890fd30fc8 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Diversos fatores influenciam os padrões de uso de espaço de pequenos mamíferos, tais como estrutura de hábitat, riscos de predação e período reprodutivo. O objetivo desse estudo foi investigar a influência de tais fatores sobre o uso de espaço de roedores e marsupiais em diferentes escalas. No primeiro capítulo, analisamos a estrutura das comunidades de pequenos mamíferos não-voadores que ocorrem em fragmentos florestais e em áreas em restauração, e investigamos quais componentes do hábitat influenciam a composição de espécies dessas comunidades. De forma geral, os resultados mostraram que a composição de espécies é um reflexo das preferências que as espécies apresentam por determinados componentes do hábitat, de forma que características estruturais da vegetação e sensibilidade das espécies às alterações determinam a estrutura das comunidades de pequenos mamíferos nos hábitats amostrados. No segundo capítulo, testamos a hipótese de que a importância de diferentes fatores na seleção de hábitats por Marmosops incanus e Marmosops paulensis depende da escala de observação, e a hipótese de que o uso de hábitat funciona como um mecanismo para garantir a coexistência dessas duas espécies, de forma que essas espécies devem selecionar diferentes componentes do hábitat e/ou apresentar segregação no uso vertical do espaço. Os resultados demonstraram que ambas as espécies selecionam os fragmentos florestais pela presença de maior complexidade estrutural e sub-bosque denso, variável que também influenciou a distribuição dessas espécies na escala do meso-hábitat. Na escala mais fina, do micro-hábitat, foram detectados padrões contrastantes de seleção para cada espécie. Enquanto M. incanus preferiu locais com maior estruturação vertical entre 0.5 e 1.0 m, M. paulensis não apresentou padrões claros de seleção de hábitat. Esse resultado aponta a influência da escala de observação nos padrões de seleção de hábitat. Apesar das espécies não apresentarem segregação na seleção de componentes do hábitat, houve segregação no uso vertical do espaço e a abundância das espécies foi negativamente correlacionada, apoiando em parte a segunda hipótese. No terceiro capítulo, corroboramos a hipótese de que a cobertura de gramíneas determina o uso de hábitat e os padrões de forrageamento por espécies de roedores. Sugerimos que a seleção por áreas com maior cobertura vegetal está relacionada com a diminuição dos riscos de predação durante o forrageamento. Por fim, no quarto capítulo analisamos a organização espacial de machos e fêmeas de M. paulensis durante o ano. Os resultados indicaram que as fêmeas apresentam uma estratégia territorial que parece estar associada à distribuição e previsibilidade dos recursos alimentares, e não ao período reprodutivo e a presença de filhotes. / Abstract: Several factors may influence habitat selection and spatial organization of small mammals, such as habitat structure, predation risks and reproductive activity. The goal of this study was to evaluate the role of these factors on space use patterns of rodents and marsupials at multiple scales. In the first chapter, we evaluated community structure of non-volant small mammals inhabiting forest fragments and restored sites, and discussed which habitat components influenced species composition of these communities. Our results showed that species composition reflects species habitat selection, in a way that habitat structure and ability to occupy disturbed sites determine species composition and community structure in the sampled habitats. In the second chapter, we evaluated the hypotheses that 1) Marmosops habitat selection is scale dependent and 2) in order to coexist, M. incanus and M. paulensis should partition habitat use, through differential use of habitat components and/or segregation in the use of vertical strata. Both M. incanus and M. paulensis occurred almost exclusively at forest fragments, due to higher structural complexity and the presence of a dense and low understory, which also determined the distribution of these species inside the fragments. At a smaller, mesohabitat scale, both species selected areas providing dense understorey, especially vertical obstruction 0-0.5 m above ground. At a finer, micro-habitat scale, we detected contrasting patterns for each species. At this scale, M. incanus preferred places with higher plant cover and higher vertical obstruction 0.5-1.0 m above ground, while M. paulensis presented no evident pattern of habitat selection. Although our results failed to find selection for different habitat variables between M. incanus and M. paulensis, we found an inverse numerical association between species and segregation in the use of vertical strata, thus partially supporting the second hypothesis. In the third chapter, we confirmed the hypothesis that rodent habitat use and foraging behavior is determined by grass cover. We suggested that small rodents avoid foraging in reduced cover sites due to high perceived predation risks. Finally, the fourth chapter evaluated the spatial organization of M. paulensis males and females. As expected, evidence demonstrated that M. paulensis presents a promiscuous mating system, with females defending territories and males moving between these areas, as a strategy to maximize reproductive success. The occurrence of territoriality in females seems to be determined by the distribution and predictability of food resources, rather than reproductive activity and the presence of young. / Doutorado / Doutor em Ecologia

As variáveis biológicas de muitos seres vivos apresentam ritmos diários, em paralelo ao dia e à noite do ambiente. A maioria desses ritmos não é uma mera reação aos estímulos cíclicos do ambiente: eles são ritmos circadianos gerados endogenamente por um temporizador interno - o oscilador circadiano - que sustenta uma ritmicidade com período diferente de 24 horas na ausência de pistas ambientais, mas se sincroniza para um período de 24 horas quando exposto ao ambiente cíclico. Em mamíferos, o oscilador circadiano se localiza no cérebro e pode ser sincronizado pelo ciclo diário de claridade e escuridão (ciclo CE) do dia e da noite transmitido através das retinas. Animais subterrâneos passam boa parte do tempo abaixo da terra, onde as condições ambientais variam menos que na superfície. Em razão disso, questiona-se até que ponto estes animais mantêm ritmos circadianos e se seus osciladores circadianos se baseiam no ciclo CE para se sincronizar com o ambiente. Procuramos responder essas questões nos roedores subterrâneos da espécie Ctenomys cf. knighti (tuco-tucos). Em campo, realizamos observações visuais diretas para registrar o padrão temporal de exposição à luz. Em laboratório, construímos a Curva de Resposta de Fase (CRF), que consiste em medir indiretamente a resposta do oscilador circadiano a estímulos luminosos em diferentes momentos do dia. Por fim, recorremos a simulações computacionais de um modelo matemático de oscilador, para integrar os dados anteriores. Verificamos, em campo, que os tuco-tucos se expõem, diariamente, a pulsos de luz irregularmente distribuídos nas horas claras do dia levantando alguns questionamentos sobre sua capacidade como sincronizador dos ritmos em campo. Contudo, a CRF nos indicou que o sistema circadiano dos tuco-tucos responde a estímulos luminosos de forma semelhante aos animais não-subterrâneos. Nós verificamos 3 hipóteses: ou a informação da exposição à luz em campo é suficiente para sincronizar o oscilador circadiano, apesar da aparente irregularidade; ou a CRF do tuco-tuco possui alguma característica que facilita a sincronização pelo regime observado de exposição à luz; ou seu sistema circadiano se baseia em outra pista temporal do ambiente para se manter sincronizado. Nossas simulações computacionais indicaram que a primeira hipótese é a mais provável, visto que os padrões de exposição à luz simulados, como aqueles observados em campo, com o mínimo de informação temporal, ainda assim são suficientes para sincronizar os osciladores. Em conjunto, nossos dados indicam que o ciclo claro-escuro tem um papel importante na sincronização dos ritmos circadianos dos tuco-tucos na natureza. / Daily rhythms are found in the biological variables of many organisms, in parallel to the environmental day and night. Most of those rhythms are not mere reactions to the cyclic stimulus of the environment. They are actually circadian rhythms, endogenously generated by an internal timer, the circadian oscillator, which sustains a non-24-hour rhythm under constant conditions, but is synchronized to a 24-hour period when exposed do a cyclic environment. In mammals, this oscillator is located in the brain, and can be synchronized by the daily light-dark cycle (LD cycle) of day and night. Subterranean animals remain most of the time in an underground habitat, where environmental conditions vary less markedly than aboveground. Therefore, there are doubts whether these animals maintain circadian rhythms and whether their circadian oscillators rely on the LD cycle for environmental synchronization. We attempted to answer those questions in subterranean rodents of the species Ctenomys cf. knighti (tuco-tucos). In the field, we performed direct visual observations to assess their temporal pattern of light-exposure. In the lab, we build the Phase Response Curve (PRC), which consists in an indirect measurement of the circadian oscillator responses to light stimuli applied at different times of the day. Finally, computer simulations of an oscillator model were used to integrate these previous data. We verified that tuco-tucos expose themselves to light pulses that are irregularly distributed through day-light hours, raising some questions about its validity as an environmental synchronizer. However, the PRC results indicated that the tuco-tucos circadian system responds to light stimuli in a way similar to non-subterranean animals. We then verified three hypothesis: either the light-exposure temporal information was enough for the synchronization of the circadian system, despite its apparent irregularity; or the tuco-tuco\'s PRC present some feature that facilitates the synchronization by the observed light-exposure regimen; or the tuco-tuco\'s circadian system rely on another environmental temporal cue to maintain its synchronization. Our computer simulations support the first hypothesis, given that the simulated regimens, despite being little informative in the temporal sense, were still sufficient to synchronize the simulated oscillators. Together, our data indicate that the light-dark cycle plays an important role in the synchronization of the tuco-tucos\' circadian rhythms in nature.

A síntese dos hormônios esteroides é feita através da ação de um complexo enzimático chamado citocromo P450. As enzimas 3β-HSD (3β-hidroxiesteroide desidrogenase), P450c17 (citocromo P450 17α-hidroxilase/17,20-liase) e P450arom (citocromo P450 aromatase), fazem parte desse complexo e são responsáveis pela síntese dos hormônios progestágenos, andrógenos e estrógenos, espectivamente. Essas enzimas já foram identificadas em inúmeros tecidos, inclusive em embriões em período pré-implantação. Por isso, acredita-se que o blastocisto seja uma fonte de produção de progesterona e estrógeno, hormônios essenciais para implantação e manutenção da gestação. Em roedores, as informações sobre a capacidade esteroidogênica dos embriões são controversas e também restritas apenas a estudos com espécies laboratoriais. Para trazer mais informações sobre a capacidade esteroidogênica em blastocistos de roedores utilizamos o preá (Galea spixii), uma espécie de roedor silvestre encontrada nas regiões de Caatinga e Semiárido do Nordeste brasileiro e muito utilizado na alimentação de famílias de baixa renda como fonte proteica. Diante o exposto, o objetivo deste trabalho é fazer um apanhado histórico sobre os dados publicados a cerca da capacidade dos embriões de diversas espécies de produzir os hormônios esteroides além de identificar e quantificar a expressão das enzimas esteroidogênicas em embriões de preá através das técnicas de imunohistoquímica e PCR em tempo real. As análises morfológicas indicam que o desenvolvimento inicial do preá se assemelha com os demais roedores, porém o tempo de desenvolvimento difere das espécies usadas em laboratório. As marcações da imunohistoquímica foram positivas nos tecidos maternos, mas os embriões não tiveram marcação para nenhuma das três enzimas do estudo. No entanto, os dados obtidos pelo PCR indicam que os genes CYP11, CYP17 e CYP19 foram expressos nos embriões e, portanto, o concepto de G. spixii tem capacidade de produzir hormônios esteroides, assim como visto em várias outras espécies que já foram estudadas / The synthesis of steroid hormones is made through the action of an enzyme complex called cytochrome P450. 3β-HSD (3β-hydroxysteroid dehydrogenase), P450c17 (cytochrome P450 17 α-hydroxylase/17,20-lyase) and P450arom (cytochrome P450 aromatase), are present in this complex and are are responsible for the synthesis of progestins, androgens and estrogens hormones, respectively. These enzymes have been identified in numerous tissues, including embryos in pre-implantation period. Therefore, it is believed that the blastocyst is a source of production of progesterone and estrogen, hormones essential for the implementation and maintenance of pregnancy. In rodents, the information about the steroidogenic capacity of embryos are controversial and confined to studies with laboratory species. To get more information about the steroidogenic capacity in blastocysts of rodents we used the spix yellow-toothed cavy (Galea spixii), a species of wild rodent found in the northeastern of Brazil, and used in the feeding of low-income families as a source of protein. On the above, the aim of this work is to make a historic about the data published about the ability of embryos of various species to produce steroid hormones and identify and quantify the expression of steroidogenics enzymes in embryos of spix yellow-toothed cavy by immunohistochemical and real-time PCR techniques. The morphological analyses indicate that the G. spixii early development resembles other rodents, but development time differs from the species used in laboratory. The immunohistochemical stainning was positive in maternal tissues, but the embryos did not have stainnig for any of the three enzymes of the study. However, the data obtained by PCR indicate that CYP11, CYP17 and CYP19 genes were expressed in embryos and, therefore, the concept of G. spixii has capacity to produce steroid hormones, as seen in several other species that have been studied

Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-06-20T19:39:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Simone_Almeida_Dissertação_Final.pdf: 1285080 bytes, checksum: ae68783a7585bbb48bdaef2e7ffa3dde (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-06-20T19:40:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Simone_Almeida_Dissertação_Final.pdf: 1285080 bytes, checksum: ae68783a7585bbb48bdaef2e7ffa3dde (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-20T19:40:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Simone_Almeida_Dissertação_Final.pdf: 1285080 bytes, checksum: ae68783a7585bbb48bdaef2e7ffa3dde (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Em grande parte dos estudos sobre ocupação de nicho em comunidades ou populações a variabilidade individual não é levada em consideração. Entretanto as diferenças de habitat e disponibilidade de recurso também teriam influência nas variações individuais, em médio e longo prazo, causando efeitos relevantes na diversificação e especiação de espécies animais, uma vez que afetam a estabilidade da população. A especialização individual então seria uma forma de reduzir a competição intraespecífica em resposta à diversos fatores, como: variações ambientais, pressões ecológicas e polimorfismos de recursos. Indivíduos se tornam mais oportunistas quando a competição intraespecífica é alta e recursos preferidos são escassos. Esta mudança deve resultar em aumento da amplitude da dieta para os indivíduos, já que eles acrescentam presas não utilizadas anteriormente ao seu repertório. Como resultado, a amplitude de nicho da população como um todo deve aumentar são estruturalmente menos complexas do que as florestas naturais, porém seus efeitos variam de acordo com cada grupo ecológico, papel funcional e requisitos ecofisiológico. Ainda são poucos os estudos sobre estas alterações ambientais decorrentes desta monocultura sobre a fauna de florestas tropicais. No presente estudo, caracterizamos a dieta do roedor Hylaeamys megacephalus e avaliamos o grau de variação individual na dieta em função dos dois habitats inseridos no Bioma Amazônico. A dieta dos espécimes de H. megacephalus é composta por 18 itens alimentares, dos quais 12 são de origem animal e oito de origem vegetal, sendo apenas um item exclusivo de Floresta. Os itens “Fibra de dendê” (FOi% = 44%) e “Sementes inteiras” (FOi% = 40%) apresentarem maior frequência de ocorrência entre os indivíduos coletados em habitats de Plantio de palmeira de dendê, porém “Polpa do fruto do dendê” (IA% = 85.4%) foi o item mais importante na dieta. Os dados observados demonstram que os ambientes, tanto de Plantio como o de Floresta, afetam na especialização individual da população de Hylaeamys megacephalus. / In most studies on niche, occupation in individual variability to communities or populations is not taken into consideration. However, habitat differences and resource availability would also have influence on individual variations in medium and long term, causing significant effects on the diversification and speciation of animal species, since they affect the stability of the population. Individual specialization would then be a way to reduce the intraspecific competition in response to several factors, such as environmental variations, ecological pressures and resource polymorphisms. Individuals become more opportunistic when the intraspecific competition is high and preferred resources are scarce. This change should result in increased amplitude diet for individuals, since they add companies not previously used to his repertoire. As a result, the niche breadth of the population as a whole must increase are structurally less complex than natural forests, but their effects vary according to each ecological group, functional role and ecophysiological requirements. There are few studies on these environmental changes resulting from this monoculture on the tropical forest fauna. In the present study, we characterized the diet of rodent Hylaeamys megacephalus and evaluate the degree of individual variation in the function of the two diet inserted habitats in the Amazon biome. The diet of H. megacephalus specimens consists of 18 food items, 12 of which are animal-eight of plant origin, and only one unique item Forest. The items "palm fiber" (FOi% = 44%) and "whole seeds" (FOi% = 40%) have higher frequency of occurrence among individuals collected in palm plantation habitats, but "fruit squash palm "(IAi% = 85.4%) was the most important item in the diet. The observed data show that the environments, both plantation as forest affect the individual expertise of the population of Hylaeamys megacephalus.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-14T20:42:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfluenciaTamanhoNinhada.pdf: 1712678 bytes, checksum: 20ff9d3d23dbf3106b406a77b22971f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-15T13:14:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfluenciaTamanhoNinhada.pdf: 1712678 bytes, checksum: 20ff9d3d23dbf3106b406a77b22971f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-15T13:14:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfluenciaTamanhoNinhada.pdf: 1712678 bytes, checksum: 20ff9d3d23dbf3106b406a77b22971f3 (MD5) Previous issue date: 2012 / Tem sido proposto que o envelhecimento está associado à alteração inflamatória no sistema nervoso central de roedores, mas não se sabe se as mudanças microgliais induzidas pelo envelhecimento são afetadas pelo ambiente pós-natal associado ao tamanho da ninhada. Por outro lado a camada molecular do giro denteado tem sido reconhecida como o alvo principal do input da via perfurante cuja integridade sináptica é essencial para formação de memória da identidade e da localização espacial de objetos. No presente trabalho investigamos se as mudanças morfológicas microgliais induzidas pelo envelhecimento são influenciadas por mudanças no tamanho da ninhada no início da vida. Para avaliar essas questões, ratos da variedade Wistar amamentados em ninhadas de 6 ou 12 filhotes por nutriz foram mantidos sedentários em grupos de 2-3 do 21o dia pós-natal em diante. Aos 4 (adulto) ou aos 23 (velho) meses de idade, os animais foram submetidos a testes de memória espacial e de reconhecimento da forma de objetos, sacrificados, perfundidos com fixador aldeídico e tiveram seus cérebros processados para imunomarcação seletiva para microglias/macrófagos com anticorpo anti Iba-1. A seguir uma fração representativa das células imunomarcadas da camada molecular do giro denteado foi reconstruída em três dimensões usando o programa Neurolucida e as características morfológicas de cada célula foram quantificadas com o software Neuroexplorer. Foi encontrado que os animais mantidos em gaiolas padrão de laboratório durante toda a vida apresentaram déficits de memória espacial independente da idade e não importando o tamanho da ninhada. Por outro lado todos os indivíduos idosos não importando o tamanho da ninhada tiveram sua memória de reconhecimento de objeto prejudicada. A análise da morfologia microglial revelou que a área e o perímetro do corpo celular e o volume dos ramos parecem ser afetados mais intensamente pelo envelhecimento e que essa alteração é mais acentuada nos animais de ninhada grande. Além disso, observou-se retração e espessamento dos ramos nos animais velhos em maior proporção nos animais de ninhadas grandes. Tomados em conjunto os resultados sugerem que a memória espacial parece ser mais suscetível ao processo de envelhecimento do que a memória de reconhecimento de objeto e que essas mudanças estão associadas a efeitos distintos sobre o soma e o padrão de ramificação das microglias da camada molecular dos animais maduros e idosos. / It has been proposed that aging is associated with neuroinflammation in the central nervous system but it is not known whether microglial changes induced by aging are affected by early in life effects of litter size. On the other hand the molecular layer of dentate gyrus has been recognized as the main target of the perforant pathway, whose synaptic integrity is essential for the recognition memories of identity and spatial location. In the present report we investigated if aging cognitive decline and microglial morphological changes in the molecular layer are influenced by litter size changes early in life and aging. To assess these questions Wistar rats suckled in litters of six or 12 pups/mother were raised sedentarily in groups of 2-3 from the 21st post-natal day onwards. At four (mature adult) or 23 (aged) months of age were submitted to spatial memory and object identity recognition tests, sacrificed, perfused with aldehyde fixatives and had their brains processed for selective microglia/macrophages immunolabeling with anti-IBA-1 antibodies. A representative sample of the immunolabeled cells in the molecular layer of dentate gyrus was analyzed after three-dimensional reconstruction with Neurolucida software (Microbright Field Inc.) and morphological features of each cell were quantified by Neuroexplorer (Microbright Field Inc.). It was found that Wistar rats maintained all life in standard laboratory cages showed spatial memory deficits in both mature and aged subjects no matter the litter size. On the other hand all aged subjects independent of the litter size had their object recognition identity memory impaired. Microglial morphological analysis revealed that cell soma area and perimeter and branches volume seem to be more intensely affected by aging and that these changes are mainly associated with animals from large litters. In addition it was observed important shrinkage and thickening of the microglial branches in aged individuals in higher proportion in the group from large litters. Taken together the results suggest that spatial memory seems to be more susceptible to the aging process than object recognition and that these changes are associated with distinct effects on the soma and branching patterns of microglia of molecular layer from young and aged subjects.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-23T18:01:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-04-24T14:16:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-24T14:16:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) Previous issue date: 2013 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os roedores formam uma das mais numerosas e antigas ordens da classe Mammalia. Na América do Sul, a ordem Rodentia compreende cerca de 42% das espécies de mamíferos, sendo que desta parcela mais de 50% pertencem a família Cricetidae, que inclui a subfamília Sigmodontinae. O gênero Hylaeamys está agrupado na tribo Oryzomyini e corresponde a um dos 10 novos gêneros propostos para espécies e grupos de espécies dentro de Oryzomys. Hylaeamys corresponde ao “grupo megacephalus”, sendo constituído pelas espécies H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. perenensis, H. oniscus, H. tatei e H. yunganus distribuídas na Venezuela, Trinidad, Guianas, Paraguai e no Brasil, em áreas de floresta tropical amazônica, mata atlântica e cerrado. Este trabalho visa analisar marcadores cromossômicos em duas espécies do gênero Hylaeamys, fornecendo dados que auxiliem na sua caracterização taxonômica e citogenética. Foram trabalhadas dezenove amostras de Hylaeamys megacephalus (HME) e quatro de Hylaeamys oniscus (HON). HME apresenta 2n=54 e HON, 2n=52. Os resultados obtidos por bandeamentos G, C e por hibridização in situ, com sondas de cromossomo total de Hylaeamys megacephalus permitiram determinar as características cromossômicas das espécies em estudo, além de permitir uma análise comparativa entre as mesmas e em relação a Cerradomys langguthi, observando assim suas homeologias e diferenças cariotípicas. As duas espécies de Hylaeamys diferem por um rearranjo tipo fusão/fissão cêntrica onde HON apresenta a associação 14/19 de HME. Esta associação é compartilhada com CLA com inversão (19/14/19). Este trabalho é um marco para estudos de filogenia cromossômica do gênero Hylaeamys. / Rodents are one of the largest and oldest orders of the class Mammalia. In South America, the order Rodentia compromises about 42% of mammal species, and from this more than 50% belong to the family Cricetidae, which includes the subfamily Sigmodontinae. The genus Hylaeamys is inserted in the tribe Oryzomyini and corresponds to one of 10 new genera proposed for species and species groups within Oryzomys. Hylaeamys is the equivalent of "megacephalus group", and consists of the species H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. perenensis, H. oniscus, H. tatei and H. yunganus, distributed in Venezuela, Trinidad, Guyana, Paraguay and Brazil, in areas of the Amazon rain forest, Atlantic rainforest and savannah. This study aims to analyze chromosomal markers in two species of the genus Hylaeamys, providing data to assist in its taxonomic and cytogenetic characterization. Nineteen samples of Hylaeamys megacephalus (HME) and four samples of Hylaeamys oniscus (HON) were analyzed. HME has 2n = 54 and HON, 2n = 52. The results obtained by G- and C-banding and Fluorescent In Situ Hybridization with whole chromosome probes from Hylaeamys megacephalus made it possible to determine the chromosomal characteristics of the species studied, as well as allowing a comparative analysis between them, and in comparison with Cerradomys langguthi, observing homeologies and karyotypic differences. The two species of Hylaeamys differ by a centric fission/fusion rearrangement in which HON shows the association of the pairs 14/19 of HME. This association is shared with CLA with an inversion (19/14/19). This work is an achievement for phylogeny and chromosomal studies on the genus Hylaeamys.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-10-24T22:26:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T12:07:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T12:07:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiversidadeMorfologicaMolecular.pdf: 1763991 bytes, checksum: 7d9363da6ddd4e5c4aae342977f823d8 (MD5) Previous issue date: 2010 / Os roedores arborícolas do gênero Oecomys possuem distribuição reconhecida para áreas de floresta tropical e subtropical da América Central e do Sul, e compreendem 17 espécies atualmente reconhecidas, além de duas descritas, mas não nomeadas, reconhecidas em estudos prévios. Destas, apenas seis têm ocorrência esperada para a Amazônia oriental brasileira. A delimitação das espécies com base apenas em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao gênero e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Na única revisão taxonômica para o gênero, realizada há 50 anos, foram reconhecidas apenas duas espécies politípicas. Desde então, vários trabalhos envolvendo análises morfológicas, moleculares e cariotípicas têm demonstrado que há uma maior diversidade de espécies em Oecomys, resultando em descrições de espécies novas e revalidações de espécies anteriormente sinonimizadas. Este trabalho buscou caracterizar a variação morfológica e a diversidade molecular das espécies com ocorrência na Amazônia oriental brasileira. Para isto, empregamos análises filogenéticas com base no gene mitocondrial citocromo-b a fim de definir clados que representassem espécies, para as quais descrevemos a morfologia externa e craniana. Como resultado, reconhecemos 11 espécies com ocorrência para o leste da Amazônia brasileira, das quais cinco são esperadas para a região (Oecomys auyantepui, O. bicolor, O. paricola, O. rex e O. rutilus), duas são registradas pela primeira vez para o bioma Amazônia (Oecomys catherinae e O. cleberi) e quatro espécies são novas ou não reconhecidas como válidas atualmente, aqui denominadas Oecomys sp. A, Oecomys sp. B, Oecomys sp. C e Oecomys sp. D. Além disso, corroboramos estudos moleculares prévios em que Oecomys bicolor é um complexo de espécies, com base na alta taxa de divergência nucleotídica apresentada (7,5 %). Observamos dimorfismo sexual e variação ontogenética na morfometria craniana da espécie Oecomys paricola, e para efeito de comparação extrapolamos estas variações para as demais espécies tratadas aqui. Sugerimos também uma hipótese filogenética entre as espécies do gênero a partir de 653 pb do gene citocromo-b, sendo esta a filogenia mais abrangente para Oecomys publicada até o momento, devido ao elevado número de espécies incluídas (11 das 16 espécies atualmente reconhecidas e sete prováveis novas espécies) e a amplitude geográfica das amostras aqui utilizadas. / The arboreal rice rats, genus Oecomys, are distributed in tropical and subtropical areas from Central and South America, with 17 currently recognized species and another two species already described in earlier studies but still unnamed. Six of these species are expected to occur in eastern Brazilian Amazon. Because defining the species limits inside Oecomys based only on morphological characters is a complicated task, many nominal taxa have already been associated to the genus, and different taxonomic arrangements have been proposed by specialists. Despite of this taxonomic instability, there is only one taxonomic review for the genus carried out 50 years ago, in which only two polytypical species were recognized. However, several recent studies based on morphological, molecular and karyotypical data have been showing that the species diversity inside Oecomys is largely underestimated, resulting in recent descriptions of new taxa or revalidation of previously synonymized species. This work aimed to assess the species diversity inside this genus in the eastern Brazilian Amazon by investigating the molecular and morphological variation in regional specimens. We employed phylogenetic analysis based on cytochrome-b in order to define clades that may represent species, and described the external and cranial morphology of these recognized species. As a result, we recognized 11 species in the eastern Amazonian forest in Brazil, of which five are already expected to occur in this area (Oecomys auyantepui, O. bicolor, O. paricola, O. rex, and O. rutilus), two are recorded for the first time in the biome Amazonia (Oecomys catherinae and O. cleberi), and the four are either new or not currently recognized species (i.e. synonyms), herein referred as Oecomys sp. A, Oecomys sp. B, Oecomys sp. C, and Oecomys sp. D. Moreover, we suggest that Oecomys bicolor is a species complex, based in the high nucleotide divergence we found (7.5 %), corroborating previous molecular studies. We observed sexual dimorphism and ontogenetic variation on cranial morphometry in the species Oecomys paricola, and for comparison purposes we treated all other species herein studied as exhibiting this kind of dimorphism. We also suggest a phylogenetic hypothesis among the species of this genus based on 653 bp of cytochrome-b. This is the most comprehensive phylogeny for Oecomys published to date, due to the great number of species included in the analysis (11 of the 16 currently recognized species plus seven probably new species), and the wide-ranging geographic area included in our sample.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.

Made available in DSpace on 2016-08-15T20:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarlosMOJ_DISSERT.pdf: 8750562 bytes, checksum: c01db92c52429e80de70f7b4ee39c9bb (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Studies on wild animal morphology serve as the theoretical basis for the management and conservation of different species, because they provide the necessary information for the implementation of measures which help in the keeping of these animals in captivity, in their natural habitat or even in the reintroduction to the original habitat. Studies about the morphology of cutias approach the various systems, but not a single study makes reference to both topography and structure arrangement of their salivary glands. Thus, this work sought to macro and microscopically describe the larger salivary glands of cutias. Ten adult animals were utilized to develop the methods related to the macroscopic aspect of the glands itself, as well as light microscopy, electronic transmission microscopy and electronic scanning microscopy. Four larger salivary glands were identified in the studied animals: parotid glands, submandibular glands, zygomatic glands and sublingual glands. The glands presented themselves as being tubulo-acinar, containing ducts of extremely varied sizes in their parenchyma. With the exception of the parotid glands, which were strictly serous, the others were mixed. In the same manner, only the submandibular glands bore grainy ducts. The cutias exposed four pairs of larger salivary glands; these animals may fulfill the needs of a model for studies concerning the undergone anatomical changes made by rodents to adapt to the various habitats of the planet / Estudos acerca da morfologia de animais silvestres servem de subsídio para trabalhos de manejo e preservação de diferentes espécies, pois fornecem informações para a tomada de medidas que auxiliem na manutenção destes em cativeiro, na preservação em habitat natural ou mesmo para ações voltadas a reintrodução ao habitat de origem. Estudos referentes à morfologia de cutias abordam os diversos sistemas, mas nenhum faz referência à arquitetura ou estrutura de suas glândulas salivares. Assim este trabalho objetivou descrever macro e microscopicamente as glândulas salivares maiores de cutias. Foram utilizados dez animais adultos, para o desenvolvimento de metodologias relativas à macroscopia propriamente dita das glândulas, microscopia de luz, microscopia eletrônica de transmissão e microscopia eletrônica de varredura. Foram identificadas quatro glândulas salivares maiores nos animais estudados, denominadas parótida, mandibular, zigomática e sublingual. As glândulas apresentaram-se como sendo do tipo tubuloacinares e contendo em seu parênquima ductos dos mais variados tamanhos. Com exceção da glândula parótida, que era estritamente serosa, as demais eram mistas. Da mesma forma, apenas a glândula mandibular foi identificada a presença de ducto do tipo granuloso. Apresentando as cutias os quatro pares de glândulas salivares maiores, estes animais podem servir de modelo para os estudos acerca das mudanças anatômicas sofridas pelos roedores para se adaptar aos diversos habitat do planeta

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-04-27T15:32:09Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1846108 bytes, checksum: fb9211d08b5d703a2c5cc6f6f58d918c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-27T15:32:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1846108 bytes, checksum: fb9211d08b5d703a2c5cc6f6f58d918c (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Plague is a zoonosis whose reservoir system is composed by communities of small mammals in foci that are independent in time and space. The small mammals’ assemblage of a focus is one of the factors that regulates the fluctuations on the transmission cycle through composition variance and population parameters of each species. The comprehension of the structure and dynamics of the reservoir system of a plague focus can be a predictive tool to foresee risk of epizootic events. The present dissertation analysed the Borborema Plateau Plague focus through a zoonosis and community ecology by studying the small mammals that compose the reservoir system. The first chapter demonstrates through theory that Plague is a complex ecological entity, with several models created to explain its dynamics, although the current knowledge has a bias caused by the epidemiological surveillance models. The second chapter performs an analysis of beta-diversity on the focus, with data from a field survey in Alagoa Grande and Areia, municipalities within the focus, with 3640 traps/night of sampling effort; recovery of data from vigilance campaigns from the Health District of Garanhuns in 1981, Museum registries and literature records; obtaining 30 localities with 29 species registered. The analysis indicated high compositional dissimilarity between localities (beta-diversity > 0.9), with dominance of turnover, but confirmed the unity of the small mammal metcommunity in the Borborema Plateau. The findings in this chapter recovered a partition in the small mammal community between the peridomestic and sylvatic habitats, with beta-diversity of 0.517. The analyses weren’t capable of delimitate the focus solely by its reservoir system. The chapter also introduces the concept of metafocus, areas with geographically restricted activity within the whole expansion of the focus, controlled by a series of variables, as a theoretical possibility to explain the focus’ activity pattern. The third chapter reports the epidemiological surveillance action performed in the two municipalities from within the focus, in the state of Paraíba, capturing 45 individuals, obtaining 27 samples for PCR and bacteriology, and 7 samples for serum analysis. With all test results being negative, the quiescence period in the focus is reaffirmed, but the vigilance measures must go on, as foci might reemerge after long innactive periods, and the current situation of epidemiologic transition. / Peste é uma zoonose cujo sistema reservatório é composto por comunidades de pequenos mamíferos em focos independentes no tempo e espaço. A comunidade de pequenos mamíferos tem papel importante na regulação e mediação das flutuações do ciclo de transmissão através de sua composição e parâmetros populacionais das espécies. A compreensão da estrutura e dinâmica da comunidade de pequenos mamíferos de um foco de peste é uma ferramenta preditora para o risco de eventos epizoóticos. A presente dissertação analisou o foco de Peste da Chapada da Borborema por uma perspectiva de ecologia de zoonoses e comunidades, através de seu sistema reservatório visando responder duas perguntas: há partição da comunidade de pequenos mamíferos entre peridomicílio e remanescentes nativos? E, qual é o perfil pestoso dos ambientes peridomiciliar e selvático. O primeiro capítulo demonstra que a Peste pode ser considerada uma entidade ecológica complexa, com diversos modelos para explicar sua dinâmica, embora ainda incompletos, dado o viés amostral causado pela rotina de vigilância. O segundo capítulo realiza uma análise de beta-diversidade no foco; através de coletas em campo em Alagoa Grande e Areia, municípios circunscritos ao foco, com esforço total de 3640 armadilhas/noite; resgate do registro histórico das coletas de pequenos mamíferos na região através de fichas de atividade de vigilância em zoonoses da Regional de Saúde de Garanhuns em 1981, Livros do Tombo de duas coleções e registros da literatura; obtendo 30 localidades com registro de 29 espécies. As coletas em campo e as coletas da Regional de Saúde foram suficientes em amostrar a fauna do local, tendo a riqueza registrada condizente com a projeção do estimador Chao 1. As análises indicaram alta dissimilaridade composicional entre as localidades (betadiversidade > 0.9), com dominância do turnover, mas confirmaram a unidade da metacomunidade do Planalto da Borborema. Os achados do capítulo resgataram uma partição da comunidade de pequenos mamíferos entre o ambiente peridomiciliar e os remanescentes de vegetação nativa, com uma beta-diversidade de 0.517. O foco não é delimitável à partir apenas do sistema reservatório. Apresenta-se também a noção do metafoco, locais de atividade pontual e difusa dentro do território total do foco, com regime controlado por uma combinação de fatores ambientais ótimos, como uma possibilidade teórica para explicar a atividade do foco. O terceiro capítulo faz um inquérito epidemiológico nos dois municípios circunscritos ao foco no estado da Paraíba amostrados no capítulo anterior, capturando 45 indivíduos em campo, dos quais se obteve amostras para análises bacteriológicas e moleculares (27) e sorologia (7). Com todos os resultados negativos, temos a reafirmação do período quiescente do ciclo de transmissão, mas alertando que a quiescência não descarta as medidas de vigilância, dado que os focos podem reemergir, e o panorama epidemiológico mundial alerta para um período de transição zoonótica.