La présence du plomb (Pb) sous forme mobile ou en quantité importante dans les sols est indésirable car le Pb est biologiquement toxique dans l'environnement. La stabilisation ou la réduction de la quantité du Pb total dans les sols calcaires riches en éléments traces métalliques (ÉTM) peuvent être réalisées par les procédés de phyto-stabilisation ou de phyto-extraction induite, respectivement. Un essai cultural a été mené en serre pour examiner l'effet de l'ajout de soufre élémentaire (S0) combiné à la fumure minérale (N-PK) suivi de l'ajout de fortes doses d'acide sulfurique (H2SO4) sur les paramètres de croissance de la plante ainsi que sur les fractions chimiques du Pb dans le sol et l'accumulation du Pb dans les organes du saule (Salix miyabeana) cultivé dans des échantillons d'un sol (pH moyen 7,55) riche en ÉTM, développé sur roche-mère calcaire. Les résultats indiquent qu'en conditions non acides (neutres à alcalins), le saule accumule des concentrations traces de Pb (<1 mg/kg m.s., en deçà de la limite de détection) dans les feuilles. Néanmoins, une proportion du Pb présent dans le sol calcaire peut être mobilisée par les racines de la plante, particulièrement sous des conditions acides. Le Pb s'accumule en plus grande quantité dans les racines que dans les autres parties de la plante et ce, peu importe la nature des traitements du sol. Le pH du sol joue un rôle important dans le prélèvement et l'accumulation du Pb dans les parties du saule. Toutefois, une valeur du pH inférieure à 5,5 a tendance à produire un excès de prélèvement de Pb et provoque une inhibition de la croissance des feuilles ou une baisse considérable des rendements en feuilles. Ceci est à prendre en considération lorsque l'on tente d'abaisser la valeur du pH du sol calcaire riche en ÉTM en dessous de 6,5, en vue de favoriser le transfert sol-plante du Pb. / The presence of large amounts or mobile fraction of lead (Pb) in soils is undesirable because Pb is highly toxic even in minor quantity in the environment. The remediation of Pb in calcareous soils with high amount of metallic trace metals (MTE) can be achieved by phytostabilization or induced phytoextraction processes. For this purpose, a greenhouse study was carried out to determine the effects of elemental sulfur (S0) and mineral fertilizers (N-P-K) followed by the addition of high amounts of sulfuric acid (H2SO4) to cultivated soils on the soil chemical fractions of Pb, growth parameters and uptake and accumulation of Pb in willow (Salix miyabeana) grown in a calcareous soil (mean pH 7.55) rich in MTE. The results indicate that in near neutral and weak alkaline conditions, willow accumulates very small amount of Pb (<1 mg / kg d.w, below the detection limit) in the leaves. Nevertheless, some proportion of soil Pb can be mobilized by plant roots, particularly under acidic conditions. Willow accumulates more Pb in the roots than in other plant parts, regardless of the nature of soil treatments. Soil pH plays an important role in the uptake and accumulation of Pb in willow parts. However, a pH value less than 5.5 tends to produce an excess of Pb removal and causes inhibition of leaf growth or a considerable reduction in leaf yield. This is to be considered when attempting to reduce the pH value of a calcareous soil rich in MTE to less than 6.5, in order to enhance the soil-plant transfer of Pb.

Ce projet visait à caractériser la structure et la composition de la végétation de marécages isolés et riverains dans la région des Basses-terres du Saint-Laurent, dans le sud du Québec. Des inventaires de végétation ont été réalisés dans 56 marécages répartis dans deux bassins versants. Les caractéristiques physiques du sol, la micro et la macrotopographie, ainsi que l’occupation du territoire y ont été inventoriés. Des différences de composition ont été observées entre les marécages isolés et riverains, ces derniers montrant une abondance plus élevée d’herbacées latifoliées et de ptéridophytes, deux groupes de plantes associés à un bon drainage des sols. Les marécages isolés montraient une richesse et une diversité en espèces plus élevées que les marécages riverains, mais ces derniers possédaient le plus d’arbres à fort diamètre. Les résultats de cette étude suggèrent que des mesures de gestion distinctes devraient être élaborées pour ces deux types de marécages. / This project aimed to characterize the structure and composition of isolated and riparian swamps in the St. Lawrence lowlands region of southern Quebec. Vegetation surveys were made in 56 swamps distributed in two watersheds. We also collected data on soil physical characteristics, microtopography, topography and land use of those swamps. Isolated and riparian swamps showed differences in vegetation composition. Herbaceous broad-leaved plants and pteridophytes which are both associated with good soil drainage were more abundant in riparian swamp. The most important factors driving this pattern were associated with soil wetness that positively impacted plant establishment. Isolated swamps showed higher richness and diversity than riparian swamps but the latter had bigger trees. These distinctions might reflect the differences in the ecosystem services such swamps provide and suggest the need for management scenarios adapted to swamp types in order to preserve their biodiversity and associated ecosystem services.

Le manque de coordination est une importante lacune du secteur agricole, notamment en ce qui concerne la concertation horizontale des producteurs. En effet, outre les multiples imperfections de marché, la transmission des signaux du marché est brouillée par l’important délai qui existe entre la décision de produire, l’action et le résultat, ce qui fait en sorte qu’une institution est indispensable à l’organisation de la production agricole. C’est dans cette optique que le mouvement coopératif s’est développé afin de coordonner un secteur agricole alors démuni face au pouvoir de marché des acheteurs. Par contre, plusieurs problèmes internes au niveau de la gouvernance, de la capitalisation ainsi que de la préservation de l’identité coopérative ont limité le rôle de coordination de la coopération en agriculture. Ainsi, en considérant ces problématiques internes et en analysant une coopérative agroalimentaire qui connaît du succès actuellement, un nouveau modèle coopératif est développé afin de coordonner efficacement un secteur agricole canadien. Mots-clés : Coopérative, agriculture, agroalimentaire, coordination, gouvernance, capitalisation, identité coopérative, hybride, Fonterra. / The lack of coordination is an important issue in the agricultural sector, particularly in terms of horizontal coordination among producers. Indeed, in addition to the various market problems, the transmission of market signals is blurred by the important delay between the decision to produce, the action and the result. This fact implies that an institution is essential for the organization of agriculture. It is in this context that the cooperative movement has been developed to coordinate the agricultural sector against the market power of buyers. However, several internal problems in governance, capitalization and the preservation of cooperative identity have limited the role of cooperation in the coordination of agricultural sector. Therefore, considering these internal issues, and through analyzing a successful agri-food cooperative, a new cooperation model is developed to coordinate more efficiently a Canadian agricultural sector. Keywords: Cooperative, agriculture, agri-food, coordination, governance, capitalization, cooperative identity, hybrid, Fonterra.

La divergicine M35 est un peptide antimicrobien produit par une souche d'origine marine de Carnobacterium divergens M35 (C. divergens M35) et ayant une activité inhibitrice très marquée contre Listeria monocytogenes (L. monocytogenes). L'étude de son mode d'action est nécessaire à l'optimisation de son utilisation comme agent de bioconservation de certains aliments ainsi que son acceptation par l'industrie alimentaire. Afin de décrypter son mécanisme d'action, des mutants résistants à la divergicine M35 ont été développés à partir d'une souche alimentaire de L. monocytogenes LSD530 (DivM ou vD) par exposition progressive de la souche sauvage (DivS) à différentes concentrations. DivM présente une fréquence de mutation de 4xlO-2 et son phénotype de résistance est stable après 50 générations. Le profil de croissance de DivM montre plus de résistance aux lysozymes et/ou bactériocines par rapport à la souche sauvage de L. monocytogenes LSD530. Aucune différence du profil plasmidique et protéinique n'a pu être notée entre le mutant et la souche sauvage. L'étude des conséquences biologiques de la divergicine M35 (5ug/ml) sur les souches de DivS et DivM a permis de démontrer que la divergicine M35 induit la mort de la cellule par une lyse cellulaire accompagnée de l'hydrolyse d'ATP et d'un flux de potassium. L'étude de l'interaction cytologique entre la divergicine M35 et des membranes synthétiques (liposomes) a montré que la divergicine M35 n'interagit pas nécessairement avec une cible membranaire protéique spécifique. Il semble qu'une interaction électrostatique entre la divergicine M35 et la membrane est nécessaire pour causer des dommages cellulaires. D'autres mutants ont été développés contre des bactériocines de classe Ha (pédiocine PA-1 (vP) et thermophilicine B (vB)), et des bactériocines de classe I (nisine A (vA) et nisine Z (vZ)), afin de comparer leurs mécanismes de résistance avec celui de la divergicine M35. Tous les mutants développés présentent des différences au niveau du profil de croissance, de production d'acide lactique, et de l'efflux de potassium par rapport à la souche sauvage. Ces mutants présentent aussi des différences au niveau de leur sensibilité à différents antibiotiques, qui laisse présager une modification de la composition de la membrane cellulaire. L'analyse de la composition de la membrane chez tous les mutants développés montre un contenu plus élevé en acide gras saturés (C16:0 et C18:0) et un teneur plus faible en acides gras insaturés (C18:2 et C22:5) par rapport à la souche sauvage. Cette modification dans la composition de la membrane des mutants la rend plus rigide et limite les échanges des nutriments entre les milieux extra- et intracellulaire. L'étude de la résistance croisée (bactériocines/mutants) permet de conclure qu'une utilisation combinée des deux classes de bactériocines I et Ha serait nécessaire afin de limiter le développement et l'émergence des variants résistants. Finalement, une étude comparative du mode d'action des bactériocines et celui des toxines a montré que la divergicine M35 agit sur les canaux potassiques (canaux K+ ) voltage dépendants (Kv) de même que ceux activés par Ca2+ (Kca) entraînant une augmentation du flux potassique. / Divergicin M35 is an antimicrobial peptide produced by Carnobacterium divergens M35 (C. divergens M35), with a potential activity against Listeria monocytogenes (L. monocytogenes). The study of the mode action of divergicin M35 was necessary to optimise its use as a bio-conservation agent and its acceptance by the food industry. Mutant (DivM) of L. monocytogenes LSD53O was developed by a progressive exposition of the wild type strain of L. monocytogenes LSD530 (DivS) to different concentrations of divergicin M35. DivM was stable after 50 generations and its resistance frequency was estimated at 4.10"2 . No difference in total DNA and total protein profile was observed between the DivM and DivS strains. The biological conséquences of divergicin M35 on DivS and DivM strains were studied. Divergicin M35 presents an inductive effect on cellular autolysis, hydrolysis of ATP and potassium efflux. Divergicin M35 interacts with cell membrane in absence of a protein receptor probably involving electrostatic interaction. In this study, variants resistant to nisin A (vA), nisin Z (vZ), pediocin PA-1 (vP), and thermophilicin B (vB) were developed from sensitive DivS strains. Differences in acidogenous capacity, potassium efflux and growth rate were observed between DivS and ail resistant mutants. Bacteriocin resistance acquirement appeared to substantially affect the antibiogram profile of ail variants resistant strains which correlated with the compositional changes in their cell-membrane. Resistant mutants present a higher content of saturated fatty acid (Cl6:0 and Cl8:0) and a lower content of unsaturated fatty acid (Cl8:2 and C22:5) compared to the wild type stain. The cell membrane modification increases the membrane rigidity and reduces nutrients exchange between extra- and intracellular medium. The study of cross resistance between bacteriocin and mutant strains indicated that the use of combined classes I and Ha bacteriocin can limit the development of resistant strains. The comparison of the mode action of divergicin M35 and different toxins on potassium channel showed that divergicin M35 interacts with both voltage and calcium dependent potassium channel resulting in an increase of potassium efflux and consequently the amplification of inhibitory activity.

La production de paquets d’abeilles (abeilles adultes et une jeune reine) et de nucléi (petite colonie avec du couvain, des abeilles adultes et une jeune reine) assure la création de nouvelles colonies et le remplacement des colonies faibles ou mortes. Bien que ce travail soit réalisé par les apiculteurs à l’aide de diverses méthodes à travers le monde entier, les études scientifiques sur ce sujet sont rares. Au Canada, il y a besoin croissant de colonies pour remplacer et agrandir les cheptels afin de satisfaire la demande en service de pollinisation et combler les importantes pertes hivernales de colonies. L’objectif principal de notre étude était de développer une méthodologie pour produire de nouvelles colonies à la fois plus structurée et plus adaptée pour répondre au défi actuel de l’industrie apicole canadienne. Une technique de paquet d’abeilles et deux techniques de nucléi sur cadres ont été testées au Centre de Recherche en Sciences Animales de Deschambault en 2014: A) 1kg d’abeilles adultes + une jeune reine fécondée; B) un cadre de couvain + les abeilles adultes adhérentes à ce cadre + une jeune reine fécondée; et C) deux cadres de couvain + les abeilles adultes adhérentes à ces cadres + une jeune reine fécondée. Au total, 38 nouvelles colonies ont été produites. Ces colonies ont été évaluées de juillet 2014 à juin 2015, selon un ensemble de paramètres pour estimer leur force et l’infestation en varroa et nosémose. Les résultats démontrent que le développement des colonies était similaire peu importe la technique employée. Cependant, c’est la technique à un cadre de couvain (B) qui présente le meilleur potentiel de multiplication. Ce projet a également permit de confirmer que le prélèvement d’abeilles ou de couvain assure un meilleur contrôle du parasite varroa et réduit l’essaimage chez les colonies mères. / Producing package bees (adult bees and a young queen) and nuclei (small colonies, each with brood, adult bees and a young queen) is one strategy for establishing new colonies and replacing those that are weak or dead. Although beekeepers around the world commonly engage in this work using various methods, scientific literature on the subject is scarce. In Canada, there is a growing need to replace and increase colony numbers to satisfy the demand for pollination services and compensate for high winter colony mortality. The main objective of our study was to develop a methodology for producing new colonies that is both more structured and better adapted to the challenges facing today’s Canadian beekeeping industry. One package bee and two nuclei-making techniques were compared at the Deschambault Research Center for Animal Sciences in 2014: A) 1 kg of adult bees + young mated queen, B) one brood frame + adult bees covering frames + young mated queen, C) two brood frames + adult bees to covering frames + young mated queen. In total, 38 new colonies were produced. These colonies were monitored from July 2014 to June 2015, measuring a set of parameters designed to evaluate their strength as well as levels of varroa mite infestation and nosema disease infection. Results showed no significant statistical differences in the development of these colonies. However, the findings confirm that technique B) represents the best multiplication potential and that retrieving bees or brood in hives for making nuclei controls both varroa mite infestations and swarming.

L'hydrolyse enzymatique de la P-lactoglobuline (p-lg) par la trypsine permet la libération de différents peptides dont plusieurs possèdent des propriétés fonctionnelles et bioactives. Un phénomène d'agrégation inattendu a été observé durant la concentration par osmose inverse (01) d'un hydrolysat trypsique de P-lg. Des travaux récents démontrent qu'un peptide particulier, le peptide B-lg fl-8, initie l'agrégation observée dans l'hydrolysat de /?-lg floculé via le phénomène d'auto-assemblage peptidique. L'auto-assemblage peptidique est un type particulier d'agrégation selon lequel des peptides polymérisent spontanément ensemble afin de former des nanostructures bien définies comme des nanotubes, des nanofibres et des hydrogels. Le but de cette étude était d'étudier les interactions moléculaires impliquées dans le phénomène d'auto-assemblage du peptide /?-lg fl-8, d'une part en étudiant les conditions physico-chimiques qui déclenchent l'auto-assemblage et la formation de nanofibres et d'hydrogels et, d'autre part, en étudiant l'impact de la séquence d'acides aminés sur l'auto-assemblage. Les résultats ont d'abord démontré que l'auto-assemblage du peptide B-lg fl-8 était régi par les conditions de pH et par la concentration en peptide et que la force ionique ainsi que la température n'influençaient pas l'auto-assemblage. Les résultats ont aussi démontré que plusieurs interactions moléculaires (hydrophobes, électrostatiques, liens hydrogène) étaient impliquées dans l'auto-assemblage en feuillets P du peptide B-lg fl-8. Plus précisément, il a été démontré que l'extrémité hydrophobe du peptide était essentielle pour déclencher l'auto-assemblage en feuillets P et que les interactions électrostatiques provenant de l'extrémité hydrophile contribuaient considérablement à conserver un équilibre précis entre les interactions hydrophobes et électrostatiques nécessaires pour déclencher l'auto-assemblage. Globalement, les résultats démontrent qu'il est possible de concevoir à partir de l'auto-assemblage peptidique en feuillets P des hydrogels avec des propriétés particulières, de diversifier les conditions physico-chimiques qui déclenchent la formation de ces matériaux et de générer des nanostructures présentant des morphologies très différentes.

L'utilisation du biochar en agriculture permet une meilleure durabilité et productivité des cultures en améliorant la qualité et la structure du sol propice au développement de la flore microbienne, à une réduction du lessivage des nutriments et à une diminution des émissions de gaz à effet de serre. L'objectif de ce projet était d'évaluer l'impact du biochar (10 % v/v) pour six types de substrats biologiques sur la rétention en nutriments, l'activité biologique du sol et les émissions de gaz à effet de serre pour une culture de tomates (Solanum lycopersicum) sous serre. Les résultats ont montré que l'amendement en biochar a généré une meilleure réserve minérale et activité microbienne du sol, une réduction de 30 % des pertes de NO3-, une diminution des flux de CO2 et aucun impact sur les émissions de N2O. Somme toute, l'amendement en biochar des substrats biologiques a amélioré la durabilité de la culture.

La restauration écologique des tourbières se définit comme l’ensemble des procédés permettant d’assister à la régénération d’une tourbière qui a été dégradée, endommagée ou détruite. La gamme des tourbières perturbées qui nécessitent des actions de restauration est très diversifiée. L’étude de la régénération naturelle des écosystèmes perturbés a fréquemment été utilisée pour développer des méthodes de restauration qui sont adaptées aux types spécifiques de ces écosystèmes. Une compréhension plus complète des trajectoires de régénération, des contraintes environnementales et de dispersion, ainsi que des interactions interspécifiques, est directement reliée au développement de méthodes de restauration et à l’amélioration de nos connaissances sur la réponse des espèces et des communautés à des changements environnementaux. Cette thèse étudie la régénération de la végétation, plus spécialement des bryophytes, ainsi que les facteurs influençant leur régénération dans trois cas problématiques de restauration des tourbières perturbées. Premièrement, la régénération des communautés de bryophytes a été étudiée en fonction des conditions environnementales dans 28 tourbières minérotrophes des Territoires du Nord-Ouest et de l’Alberta ayant brûlé il y a un, deux ou cinq ans. Un changement de dominance a été observé entre les bryophytes pionnières (couvert moyen passant de 16 à 11 %) et les bryophytes de succession tardive (3 à 27 %) entre la 2e et la 5e année après le feu. La répartition et l’abondance des espèces de bryophytes semblent être contrôlées par leurs différences de capacité de régénération en lien avec leur stratégie d’histoire de vie, leur niche écologique et l’effet variable de la biomasse carbonisée. L’intégration de la notion de niche écologique chez les bryophytes de succession tardive ainsi que l’utilisation des espèces ayant un fort potentiel de régénération (comme Aulacomnium palustre et Ptychostomum pseudotriquetrum) devraient être considérées lors de l’élaboration des plans de restauration des tourbières minérotrophes. Deuxièmement, la régénération des sphaignes a été étudiée dans 25 sites donneurs (tourbières ombrotrophes où la végétation de surface a été récoltée pour servir de matériel de réintroduction) sur une chronoséquence de 17 ans en fonction des conditions environnementales et des pratiques de récolte. Les sphaignes dans les sites donneurs se régénèrent en moyenne en 10 ans, quoique des différences mineures dans la composition et l’abondance des espèces ont été observées entre les sites donneurs et les tourbières naturelles. Les espèces pionnières (p. ex., Eriophorum vaginatum), compétitives (p. ex., Sphagnum rubellum) et préférentielles des microhabitats plus humides (p. ex., Chamaedaphne calyculata) étaient plus abondantes dans les sites donneurs. Les pratiques de récolte avaient l’effet le plus important sur la régénération de la végétation, suggérant qu’il est possible d’accélérer la reprise des sphaignes en adoptant des pratiques de récolte appropriées. Des pratiques responsables consistent à éviter les sites donneurs très humides et la récolte durant le milieu de l’été lorsque les mousses ont un plus faible potentiel de régénération et lorsque le risque d’enlisement de la machinerie est élevé. Troisièmement, la régénération et le développement de tapis de sphaignes ont été étudiés dans deux types de tourbières restaurées et colonisées par des plantes pionnières de type graminoïde (Cypéracées). Dans le premier cas, le Carex aquatilis dominait un fen modérément riche restauré et formait des communautés denses avec beaucoup de litière. Dans le deuxième cas, l’Eriophorum angustifolium était dominant avec un faible couvert de litière dans une tourbière à sphaignes restaurée où la densité de la plante graminoïde avait été contrôlée par coupe répétée. Il a été démontré que l’effet des plantes graminoïdes sur les tapis de sphaignes était déterminé par leur litière plutôt que par la structure de la plante elle-même. En raison de l’ombre créée par la litière compacte, la présence d’une communauté dense d’une plante graminoïde accumulant beaucoup de litière comme Carex aquatilis ne semble pas être bénéfique pour développer des tapis de sphaignes productifs. La décision de contrôler les plantes graminoïdes pour accroitre le développement des tapis de sphaignes devrait prendre en considération, bien sûr, le couvert de la plante (non requis si le couvert moyen < 30 %), mais aussi sa forme de croissance (moins essentiel lorsque la plante pousse en tige unique), de même que ses potentiels d’accumulation de litière et d’envahissement (p. ex., Phragmites australis, Scirpus cyperinus). En somme, en plus de répondre spécifiquement à trois cas problématiques de restauration de tourbières perturbées, cette thèse fournit une compréhension améliorée des processus de régénération naturelle des écosystèmes de tourbières et des facteurs qui les influencent. Les résultats ont un lien direct avec le développement d’outils pour la restauration et avec l’approfondissement de nos connaissances sur les réponses des organismes et des communautés végétales aux changements de l’environnement. / The ecological restoration of peatland is defined as all the processes permitting the regeneration of a peatland that has been degraded, damaged or destroyed. The landscape settings and types of peatlands that require restoration actions is very diverse. The study of natural regeneration of disturbed ecosystems has frequently been used to develop restoration methods that are adapted to specific types of ecosystems. A comprehensive assessment of regeneration trajectories and the environmental and dispersal constraints, as well as the interspecific interactions is directly related to the development of restoration methods and the improvement of our knowledge on the response of species and communities to environmental changes. This thesis studies the regeneration of vegetation, especially of bryophytes, and the factors influencing their regeneration in three problematic cases of restoring disturbed peatland. Firstly, the regeneration of bryophyte communities was studied against a range of environmental conditions in 28 minerotrophic peatlands in the Northwest Territories and Alberta that had burned one, two or five years ago. A shift of dominance between pioneer (mean cover from 16 to 11 %) and late successional bryophytes (from 3 to 27 %) was observed between the second and fifth year after the fire. Bryophyte distribution and abundance were controlled by the species difference in terms of regeneration capacity related to their life history strategy, habitat niche, and the variable effect of the burned biomass. The integration of the ecological niche concept for late successional bryophytes and the use of species with a high potential of regeneration (such as Aulacomnium palustre and Ptychostomum pseudotriquetrum) should be considered during the elaboration of restoration plans of minerotrophic peatlands. Secondly, the regeneration of Sphagnum mosses was studied in 25 donor sites (peatlands where surface vegetation was harvested to supply reintroduction material) on a chronosequence of 17 years according to environmental conditions and harvesting practices. It takes on average 10 years for Sphagnum mosses in donor sites to recover, though minor differences in the species composition and abundance was observed between donor sites and natural peatlands. Pioneer species (e.g., Eriophorum vaginatum), competitive species (e.g., Sphagnum rubellum) and preferential species of wet microhabitats (e.g., Chamaedaphne calyculata) were more abundant in donor sites. Harvesting practices had the greatest effect on the regeneration of donor sites, suggesting that it is possible to speed up Sphagnum regeneration by choosing appropriate management practices. Best practices would be avoiding very wet donor sites and harvesting in the midsummer should be avoided when mosses are at their lowest regeneration potential and when the risk of machinery sinking is high. Thirdly, the regeneration and development of the Sphagnum carpets were studied in two experiments conducted in two types of restored peatlands colonized by pioneer graminoid plants (Cyperaceae). In the first experiment, Carex aquatilis dominated a moderately rich restored fen and formed dense communities with a lot of litter. In the second experiment, Eriophorum angustifolium was dominant with a low cover of litter in a restored cutover Sphagnum-dominated bog where the graminoid plant cover was controlled by repeated mowing. It was demonstrated that the effect of graminoid plants on the Sphagnum carpet was determined by the litter rather than by the structure of the plant itself. Because of the shade created by the dense litter, the presence of a community of a graminoid plant that accumulates a lot of litter such as Carex aquatilis is not beneficial for the formation of productive Sphagnum carpets. The decision to control graminoid plants to enhance the growth of Sphagnum carpets should consider the cover of the plant (not necessary when mean cover < 30 %), but also its life form (less necessary when the plant grows in unique stem), its litter accumulation and potential for invasion (e.g. Phragmatis australis, Scirpus cyperinus). In conclusion, this thesis, in addition to specifically address these three problematic cases, provides a more comprehensive assessment of the processes of natural regeneration of peatland ecosystems and of driving factors. The results have a direct link with the development of tools for the restoration of peatlands and with a deeper understanding of the responses of plants and communities to environmental changes.

Les profils métabolomiques d’acides aminés (AA) sanguins d’individus obèses présentent des niveaux élevés d’acides aminés à chaîne ramifiée (AACR) possiblement en lien avec une altération des enzymes de leur catabolisme dans le tissu adipeux. Nous avons étudié les profils d’AA sanguins associés à l’obésité viscérale et aux facteurs de risque cardiométabolique ainsi que l’expression des gènes et l’abondance protéique des enzymes du catabolisme des AACR dans les tissus adipeux d’un échantillon de femmes ayant divers degrés d’adiposité. Nous avons démontré que les femmes obèses présentaient des niveaux d’AACR, de glutamate et de tyrosine augmentés. De plus, les taux circulants d’AACR étaient associés positivement aux marqueurs d’homéostasie du glucose et d’adiposité totale et sous-cutanée tandis que le glutamate et l’acylcarnitine C3 étaient associés positivement à l’aire de tissu adipeux viscéral et aux niveaux de triglycérides sanguins. L’expression et l’abondance protéique des enzymes du catabolisme des AACR étaient abaissées dans le tissu adipeux omental des femmes obèses. Les résultats de cette étude suggèrent que les concentrations sanguines d’AACR, de tyrosine et de glutamate sont plus élevées chez les individus obèses. Cette élévation des taux plasmatiques pourrait être associée à une diminution de l’expression et de l’abondance protéique des enzymes responsables du catabolisme des AACR, principalement observée dans les tissus adipeux omentaux des individus obèses. / Metabolomic profiling of obese individuals revealed high blood levels of branched-chain amino acids (BCAA) possibly linked to altered adipose tissue BCAA catabolism. We examined plasmatic AA profiling linked with visceral obesity and cardiometabolic risk factors as well as gene expression and protein abundance of BCAA-catabolizing enzymes in adipose tissue of lean-to-obese women. We showed that obese women had significantly higher circulating BCAA, glutamate and tyrosine levels. Moreover, circulating BCAA levels were positively related to glucose homeostasis variables in addition to total and subcutaneous adiposity markers while glutamate and C3 acylcarnitine levels were positively associated with visceral adipose tissue area and triglycerides. Obese women had lower expression and protein levels of BCAA-catabolizing enzymes in visceral adipose tissue specifically. The results of this study suggest that plasma concentrations of BCAA, tyrosine and glutamate are elevated in obese individuals. This could be associated with a reduction in expression and protein abundance of BCAA-catabolizing enzymes mainly observed in omental adipose tissue of obese individuals.

Les carotenoides et polyphenols de la peau et la chair du cantaloupe ont été identifiés par CLHP et CLUP, respectivement. Des conditions optimales d'extraction éthanolique ont été déterminées pour maximiser d'extraction des caroténoïdes totaux (TC). Une durée d'extraction de 2 heures à une température de 50 °C s'est avérée optimale pour la chair alors celle pour la peau était 2 heures à 30 °C. Les valeurs de TC de la peau et de la chair, mesurées par CLHP, ont été 0,33 mg/g et 0,22 mg/g de poudre sèche, respectivement. Le caroténoïde prédominant dans la chair était le p-carotène, tandis que le caroténoïde majeur de la peau était la lutéine. Différents types de flavonoïdes, acides hydroxybenzoïque et hydroxylcinnamic ont été identifiés. La valeur de polyphenols totaux de la peau a été plus élevée que dans la chair. Les paramètres optimaux de laboratoire pour l'extraction éthanolique de caroténoïdes ont été utilisés dans l'échelle pilote pour valider les résultats de laboratoire et produire un produit riche en caroténoïdes.