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Apenas muito recentemente estratégias genômicas e pós-genômicas têm sido utilizadas em estudos de espécies arbóreas importantes na silvicultura. Nos países tropicais, a exemplo do Brasil, as espécies de eucalipto são especialmente importantes nos plantios comerciais principalmente destinados à indústria de papel e celulose. O eucalipto é caracterizado por elevadas taxas de crescimento e alta adaptabilidade resultante da interação de mecanismos moleculares e processos metabólicos ainda pouco conhecidos. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo principal o estabelecimento de perfis transcricionais comparativos para folhas e para o xilema em formação de árvores de Eucalyptus grandis. grandis. O uso do método SAGE permitiu analisar 5864 genes dos quais 2247 (38%) puderam ser identificados. Foram encontrados 464 genes diferencialmente expressos, sendo 47 exclusivamente expressos na região cambial e 64 nas folhas. Além disso, as estratégias adotadas na identificação tags-genes permitiram que as SAGE tags fossem eficientemente utilizadas na diferenciação de isoformas gênicas tecido-específicas e de localização celular específica. Genes relacionados à fotossíntese, fotorrespiração e destoxificação celular foram preferencialmente encontrados na biblioteca SAGE de folhas, enquanto genes relacionados à síntese da parede celular, organização do citoesqueleto e respiração, foram preferencialmente expressos na biblioteca SAGE de madeira. Os níveis de expressão dos transcritos sugeriram a ocorrência de possíveis mecanismos de controle transcricional comum para grupos de genes funcionalmente relacionados e foram também utilizados para sugestão de genes e processos que representam alvos potenciais para o melhoramento do eucalipto. / Recently genomic and post-genomic strategies have been used to study important tree species in planted forests. In the tropical countries, like Brazil, Eucalyptus species are especially important in commercial plantations destined for the paper and cellulose industry. Eucalyptus species are characterized by their high growth rates and great adaptability resulting from the interaction between molecular mechanisms and metabolic processes that are still uncharacterized. Thus, the main goal of this work was the comparison of the transcriptional profiles from leaves and the cambial region of Eucalyptus grandis trees. The use of SAGE allowed the evaluation of 5864 expressed tags of which 2247 (38%) could be identified. 464 differentially expressed tags were indicated, of which 47 were exclusively expressed in the cambial region library and 64 in the leaf library. Furthermore, the strategies used in the tag mapping process allowed an efficient use of the SAGE tags to distinguish gene isoforms with tissue-specific and/or specific cell localizations. Genes related to photosynthesis, photorespiration and cellular detoxification were preferentially found in the SAGE leaf library, while genes involved in cell wall biosynthesis, cytoskeletal organization and respiration were preferentially expressed in the developing xylem. Transcript expression levels suggested the presence of a common transcriptional control for a few functionally related genes, for example, some lignin related genes. Importantly, transcript expression levels were also used for the identification of target genes and processes potentially useful in future Eucalyptus breeding programs.

Ce mémoire porte sur l’expérience de la maternité des Ouagalaises et son évolution. Il s’intéresse au déroulement de la première grossesse, de l’accouchement et de l’entrée en maternité de deux générations de femmes. Privilégiant une approche holistico-inductive en méthodologie qualitative, notre recherche s’est appuyée sur 31 entretiens semi-directifs avec des Ouagalaises, sur 15 d’heures d’observation participante à la maternité ainsi que sur 10 d’entretiens semi-directifs avec des sages-femmes. Les résultats de l’analyse montrent que le savoir de la maternité se transmet toujours de génération en génération, et qu’il demeure encore fortement encadré par les aînées. Toutefois, les transformations en cours dans le système de santé et dans la société burkinabè ne sont pas sans incidence dans la capitale. Les jeunes femmes étant plus renseignées en matière de santé reproductive, elles ont davantage reconnu les signes de la grossesse et le début des douleurs de l’accouchement. Les accompagnantes n’ayant plus accès à la salle d’accouchement et le pouvoir des sages-femmes s’agrandissant, l’expérience de l’accouchement se modifie. Bien que les vieilles femmes n’aient plus le même contrôle sur les parturientes durant l’accouchement, leur influence est toutefois toujours très importante pendant la période post-partum. Les femmes de la jeune génération n’étant généralement pas encore mariées ou installées dans leur propre maison au moment de la grossesse, la promiscuité avec leur belle-mère à l’issue de l’accouchement augmente et le pouvoir de cette dernière est plus important qu’il ne l’était à l’époque de la génération précédente. / This thesis explores the maternity experience of women from Ouagadougou and its evolution through time. It focuses on the unfolding of the first pregnancy, the delivery process and the entrance in maternity for two generations of women. Using a analytic induction approach in qualitative methodology, our research is based on 31 semi-directed discussions with woman, 15 hours of participative observation on maternity, and, on 10 semi-directed interviews with mid wives. The results of the analysis demonstrate that the accumulated knowledge surrounding maternity, has always been transmitted from generation to generation [among woman,] and that it’s still largely influenced by the elderly. However, the transformations happening in the burkinabé society and most importantly in their health care system, is having an impact on this ‘sharing of knowledge.’ Young woman are now receiving more information on their reproductive health, and are more inclined to recognize both, the signs of pregnancy, and the on-set of labour. Because the old women doesn’t have access to the delivery room, and because of the mid wives’ growing power, the birth process of the women is changing. Even though the elderly women don’t have the same influence over their parturients during the delivery process, their impact is still present during the post-partum period. Countless of these young urban women are now residing with their mother-in-law, translating into increased power of the mother-in-law in many facets of the pregnancy. This exertion of power is now more noticeable than ever before compared to any prior generation.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Dans cette thèse, nous proposons des modèles et des méthodes dédiés à des taches de compréhension de l'image. En particulier, nous nous penchons sur des approches de type noyau de Fisher pour la classification d'images et la localisation d'objets. Nos études se répartissent en trois chapitres. En premier lieu, nous proposons de nouveaux descripteurs d'images construits sur des modèles non-iid de l'image. Notre point de départ est l'observation que les régions locales d'une image sont souvent supposées indépendentes et identiquement distribuées (iid) dans les modèles de type sacs-de-mots (SdM). Nous introduisons des modèles non-iid en traitant les paramètres du SdM comme des variables latentes, ce qui rend interdépendantes toutes les régions locales. En utilisant le noyau de Fisher, nous encodons une image par le gradient de sa log-vraisemblance par rapport aux hyper-paramètres du modèle. Notre représentation implique naturellement une invariance à certaines transformations, ce qui explique pourquoi de telles approches ont été courronnées de succès. En utilisant l'inférence variationnelle, nous étendons le modèle de base pour inclure un mélange de gaussiennes sur les descripteurs locaux, et un modèle latent de sujets pour capturer la structure co-occurente des mots visuels. Dans un second temps, nous présentons un système de détection d'objet reposant sur la représentation haute-dimension d'images par le vecteur de Fisher. Pour des raisons de complexité en temps et en espace, nous utilisons une méthode récente à base de segmentation pour engendrer des hypothèses de détection indépendantes des classes, ainsi que des techniques de compression. Notre principale contribution est une méthode pour produire des masques de segmentation potentiels, afin de supprimer le bruit du descripteur dû à l'arrière plan. Nous montrons que repondérer les descripteurs locaux de l'image en fonction de ces masques améliore significativement la performance en détection. Troisièmement, nous proposons une approche semi-supervisée pour la localisation d'objets. L'entrainement supervisé usuel de détecteurs d'objets nécessite l'annotation de boites englobantes des instances de ces objets. Ce processus coûteux est évité en apprentissage semi-supervisé, lequel ne nécessite que des étiquettes binaires indiquant la présence ou l'absence des objets. Nous suivons une approche d'apprentissage à instance multiple en alterne itérativement entre entrainer un détecteur et inférer les positions des objets. Notre contribution principale est une procédure multi-état d'apprentissage à instance multiple, qui évite à l'apprentissage de se focaliser prématurément sur des positions d'objets erronnées. Nous montrons que cette procédure est particulièrement importante lorsque des représentations haute-dimensions comme le vecteur de Fisher sont utilisées. Pour finir, nous présentons dans l'appendice de cette thèse notre travail sur l'identification de personnes dans des vidéos télévision non-contrôlées. Nous montrons qu'une distance adaptée au casting peut être apprise sans étiqueter d'exemple d'apprentissage, mais en utilisant des paires de visages au sein d'un même chemin et sur plusieurs chemins se chevauchant temporellement. Nous montrons que la métrique apprise améliore l'identification de chemins de visages, la reconnaissance et les performances en regroupement.

L'enfant de la natalité (Arendt) est libre, le monde s'ouvre à lui dès sa naissance : il peut commencer une nouvelle histoire, et donner sa chance à l'humanité.Mais le petit humain, prématuré dans sa forme même, est séparé brutalement de ses enveloppes, de son double placentaire, de l'utérus maternel. Il est jeté au mon-de (Heidegger) dans l'angoisse de sa finitude et s'il ne rencontrait dans l'instant même de sa naissance ses médiateurs humains, en premier lieu sa mère, il ne pourrait affronter le négatif, l'Autre, et ne survivrait pas.Pour que s'ouvre l'espace de la naissance, pour que la mère puisse accueillir son enfant à travers les épreuves de séparation, pour qu'elle puisse laisser venir la langue maternelle, et que puisse s'incarner l'esprit dans ce nouveau-venu, elle doit pouvoir rencontrer elle aussi les médiateurs de la naissance. Certains s'évanouissent après avoir permis ce passage d'un état à un autre, d'autres persistent sous la forme d'un double --protecteur ou menaçant--. Ils accompagnent chaque naissance et le commencement de toute vie humaine. Les mythes et les rites les reconnaissent dans toutes les cultures.Cependant la médecine technicienne contemporaine qui s'est emparée de la naissance redoute la séparation, le travail du négatif, et pratique le déni, celui de la grossesse, de l'autre femme, des médiateurs de la naissance. Elle s'appuie sur l'expertise technique et mathématique, sur l'imagerie et la statistique pour créer un double imaginaire de l'enfant, celui du projet de la science, immortel et par-fait, masqué par le projet parental.La sage-femme traverse ces espaces, elle connaît les médiateurs. Fille de la médecine mais aussi guérisseuse ou sorcière elle pratique la maïeutique, l'art d'accoucher les corps et leurs âmes. Son art est difficile, sa sagesse est indicible, elle passe d'un monde à l'autre au risque de disparaître, broyée par l'arraisonnement de la Technique triomphante, aspirée par la démesure du désir de l'homme qui voudrait se créer lui-même ou par la tentation des arrière-mondes qui la condamne à rester en marge dans l'ombre archaïque des mystères.

Thesis (M. En.)--Miami University, Institute of Environmental Sciences, 2004. / Title from first page of PDF document. Includes bibliographical references (p. 31).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-10-05Bitstream added on 2014-06-13T19:21:42Z : No. of bitstreams: 1 mendiburu_cf_dr_sjrp.pdf: 1598889 bytes, checksum: aabab02662f822fd33d6f9740c1b5a84 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Famerp - Pab / O subtipo Anemia Refrataria com Excesso de Blastos (AREB) representa cerca de 30% dos casos de Síndromes Mielodisplásicas (SMD). Os pacientes apresentam uma sobrevida media de poucos meses e risco alto de progressão para Leucemia Mielóide Aguda. As bases moleculares da doença não estão elucidadas. O objetivo do presente trabalho foi investigar a expressão gênica das células da medula óssea (MO) de pacientes com AREB. Foi gerada a primeira biblioteca SAGE de AREB, ao diagnostico, a partir de amostras de MO de seis pacientes. A comparação entre as bibliotecas AREB e normal evidenciou genes diferencialmente expressos. Cinco genes hipo-expressos, TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO e MSH2, e outros cinco hiper-expressos, MIF, RHOG, ICAM3, CHI3L1 e NOTCH1 foram selecionados para validação nas amostras coletadas ao diagnostico e dos mesmos pacientes após seis meses do diagnóstico, por PCR em tempo real. O padrão de expressão dos cinco genes hipo-expressos e dois hiper-expressos, MIF e RHOG foi confirmado, ao diagnostico, em 60% dos pacientes. Os genes NUMB e RHOG mostraram o mesmo padrão de expressão após seis meses de evoluçlão da doença, enquanto o gene. NOTCH1 apresentou hiper-expressão em duas amostras. Os dados aqui obtidos mostram que a criação da biblioteca SAGE de AREB permite o estudo de genes possivelemente envolvidos na origem e evolução da doença. As células da MO de pacientes com AREB apresentam um perfil de expressão gênica diferente das celulas de MO normal. Os genes TXNIP, SGPL1, NUM e, FOXO3, e MSH2, MIF e RHOG, estão hipo e hiper-expressos, respectivamente, ao diagnóstico. NUMB e RHOG mantêm seu padrão de expressão após seis meses, mas NOTCH1 parece aumentar sua expressão após este período.,Estes resultados devem ser confirmados em um número maior de amostras, no entanto, demonstram que a expressão alterada dos genes FOXO3, NUMB, SGPL1, TXNIP, MSH2... / The refractory anemia with excess blast (RAEB) subtype represents approximately 30% of Myelodysplastic Syndrome (MDS) cases. Patients with RABE have survival rates of a few months and a high risk for progression to acute myeloid leukemia. The molecular basis of the disease is not elucidated yet. This study aimed at analyzing the gene expression profile of bone marrow (BM) cells in patients with RAEB. We created the first SAGE library of RAEB at diagnosis using the BM cells of six patients. A comparison between RAEB and normal SAGE libraries show differentially expressed genes. Five under-expressed genes, TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO3 and MSH2 and five over-expressed genes, MIF, RHOG, ICAM3, CHI3L1 and NOTCH1, were selected for validation using real time PCR with samples collected at diagnosis and samples from the same patients collected six months after diagnosis. The pattern of expression of the five under-expressed genes and two overexpressed genes (MIF and RHOG) was validated at diagnosis in 60% of the patients. The NUMB and RHOG genes show the same expression pattern six months after diagnosis. NOTCH1 continued over-expressed in two samples six months after diagnosis. Our results show that the creation of the RAEB SAGE library allowed an analysis of genes passively involved in the genesis and progression of disease. BM cells from patients with REAB show a different gene expression profile to normal BM. The TXNIP, SGPL1, NUMB, FOXO3, and MSH2 genes are under-expressed and MIF and RHOG are over-expressed at diagnosis. NUMB and RHOG conserved their expression pattern six months after diagnosis and NOTHC1 gene increase its expression in this period. However, the results should be confirmed in studies with a larger number of cases with abnormal expressions for the FOXO3, NUMB, SGPL1, TXNIP, MSH2, MIF, RHOG and NOTCH1 genes. As these genes may play a role in the pathogenesis and progression... (Complete abstract click electronic access below)

Dans cette thèse, nous proposons des modèles et des méthodes dédiés à des taches de compréhension de l'image. En particulier, nous nous penchons sur des approches de type noyau de Fisher pour la classification d'images et la localisation d'objets. Nos études se répartissent en trois chapitres. En premier lieu, nous proposons de nouveaux descripteurs d'images construits sur des modèles non-iid de l'image. Notre point de départ est l'observation que les régions locales d'une image sont souvent supposées indépendentes et identiquement distribuées (iid) dans les modèles de type sacs-de-mots (SdM). Nous introduisons des modèles non-iid en traitant les paramètres du SdM comme des variables latentes, ce qui rend interdépendantes toutes les régions locales. En utilisant le noyau de Fisher, nous encodons une image par le gradient de sa log-vraisemblance par rapport aux hyper-paramètres du modèle. Notre représentation implique naturellement une invariance à certaines transformations, ce qui explique pourquoi de telles approches ont été courronnées de succès. En utilisant l'inférence variationnelle, nous étendons le modèle de base pour inclure un mélange de gaussiennes sur les descripteurs locaux, et un modèle latent de sujets pour capturer la structure co-occurente des mots visuels. Dans un second temps, nous présentons un système de détection d'objet reposant sur la représentation haute-dimension d'images par le vecteur de Fisher. Pour des raisons de complexité en temps et en espace, nous utilisons une méthode récente à base de segmentation pour engendrer des hypothèses de détection indépendantes des classes, ainsi que des techniques de compression. Notre principale contribution est une méthode pour produire des masques de segmentation potentiels, afin de supprimer le bruit du descripteur dû à l'arrière plan. Nous montrons que repondérer les descripteurs locaux de l'image en fonction de ces masques améliore significativement la performance en détection. Troisièmement, nous proposons une approche semi-supervisée pour la localisation d'objets. L'entrainement supervisé usuel de détecteurs d'objets nécessite l'annotation de boites englobantes des instances de ces objets. Ce processus coûteux est évité en apprentissage semi-supervisé, lequel ne nécessite que des étiquettes binaires indiquant la présence ou l'absence des objets. Nous suivons une approche d'apprentissage à instance multiple en alterne itérativement entre entrainer un détecteur et inférer les positions des objets. Notre contribution principale est une procédure multi-état d'apprentissage à instance multiple, qui évite à l'apprentissage de se focaliser prématurément sur des positions d'objets erronnées. Nous montrons que cette procédure est particulièrement importante lorsque des représentations haute-dimensions comme le vecteur de Fisher sont utilisées. Pour finir, nous présentons dans l'appendice de cette thèse notre travail sur l'identification de personnes dans des vidéos télévision non-contrôlées. Nous montrons qu'une distance adaptée au casting peut être apprise sans étiqueter d'exemple d'apprentissage, mais en utilisant des paires de visages au sein d'un même chemin et sur plusieurs chemins se chevauchant temporellement. Nous montrons que la métrique apprise améliore l'identification de chemins de visages, la reconnaissance et les performances en regroupement. / In this dissertation, we propose models and methods targeting image understanding tasks. In particular, we focus on Fisher kernel based approaches for the image classification and object localization problems. We group our studies into the following three main chapters. First, we propose novel image descriptors based on non-i.i.d. image models. Our starting point is the observation that local image regions are implicitly assumed to be identically and independently distributed (i.i.d.) in the bag-of-words (BoW) model. We introduce non-i.i.d. models by treating the parameters of the BoW model as latent variables, which renders all local regions dependent. Using the Fisher kernel framework we encode an image by the gradient of the data log-likelihood with respect to model hyper-parameters. Our representation naturally involves discounting transformations, providing an explanation of why such transformations have proven successful. Using variational inference we extend the basic model to include Gaussian mixtures over local descriptors, and latent topic models to capture the co-occurrence structure of visual words. Second, we present an object detection system based on the high-dimensional Fisher vectors image representation. For computational and storage efficiency, we use a recent segmentation-based method to generate class-independent object detection hypotheses, in combination with data compression techniques. Our main contribution is a method to produce tentative object segmentation masks to suppress background clutter in the features. We show that re-weighting the local image features based on these masks improve object detection performance significantly. Third, we propose a weakly supervised object localization approach. Standard supervised training of object detectors requires bounding box annotations of object instances. This time-consuming annotation process is sidestepped in weakly supervised learning, which requires only binary class labels that indicate the absence/presence of object instances. We follow a multiple-instance learning approach that iteratively trains the detector and infers the object locations. Our main contribution is a multi-fold multiple instance learning procedure, which prevents training from prematurely locking onto erroneous object locations. We show that this procedure is particularly important when high-dimensional representations, such as the Fisher vectors, are used. Finally, in the appendix of the thesis, we present our work on person identification in uncontrolled TV videos. We show that cast-specific distance metrics can be learned without labeling any training examples by utilizing face pairs within tracks and across temporally-overlapping tracks. We show that the obtained metrics improve face-track identification, recognition and clustering performances.

Orientadores: Carmem Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T04:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ortega_ManoelaMarques_D.pdf: 8882093 bytes, checksum: 7322fec26906786406c5385e9ac32926 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O mieloma múltiplo (MM) é uma doença neoplásica caracterizada pelo acúmulo de plasmócitos na medula óssea (MO) com conseqüente osteólise, comprometimento da hematopoese e da síntese das imunoglobulinas normais e com a produção de imunoglobulina monoclonal ou de seus fragmentos. A sobrevida observada para pacientes com a doença varia de alguns meses a dez anos ou mais, o que impõe a busca de fatores prognósticos para a identificação de grupos que devam receber tratamento mais agressivo para o controle da doença. As anormalidades do cariótipo foram descritas, em geral, como fatores com valor prognóstico desfavorável. Por outro lado, não se encontram suficientemente estabelecidos os valores prognósticos das anormalidades numéricas do cromossomo 17 e das deleções e mutações do gene p53 em pacientes com MM. Frente ao exposto, estes constituíram os objetivos deste estudo. Para cumprir tais objetivos, foram avaliados 60 pacientes com MM no período de março de 1999 a dezembro de 2000. A avaliação das anormalidades numéricas do cromossomo 17 foi realizada por meio da análise citogenética convencional e do método de hibridização in situ com fluorescência (FISH), enquanto que a avaliação das deleções do gene foi realizada por meio do método FISH. As mutações do gene p53 foram investigadas por meio da reação em cadeia da polimerase, do polimorfismo de conformação em hélice simples e de seqüenciamento. Não foram identificadas mutações do gene p53 em qualquer dos pacientes incluídos no estudo. Em contraste, as deleções do gene, predominantemente monoalélicas, foram identificadas em 15,7% deles. Observamos ainda, que os pacientes com a deleção do gene p53 apresentaram menor probabilidade de sobrevida do que aqueles sem a deleção do gene (P= 0,0006). A mediana dos tempos de sobrevida global de pacientes do primeiro grupo foi menor do que a observada em pacientes do segundo grupo (7,5 e 17,0 meses, respectivamente; P= 0,05). Frente a estes resultados, pudemos concluir que a deleção do gene p53 constituiu um fator preditivo de menor sObrevida,em nossos casos / Abstract: Multiple myeloma (MM) is a neoplastic disease characterized by the accumulation of plasma cells in the bone marrow (BM) with consequent osteolysis, comprimising hematopoiesis and the synthesis of normal immunoglobins and the production of monoclonal immunoglobin or its fragments. The survival observed for patients with the disease varies from a few months to ten years or more, which makes the search for prognostic factors for the identification of groups which require more aggressive treatment for the control of the disease. Abnormalities of the karyotype have been described, in general, as factors with desfavorable prognostic value. On the other hand, the prognostic values of the numerical abnormalities of chromosome 17, and of the deletions and mutations of the p53 gene have not been sufficientJy established as prognostic values in patients with MM.Thus, these were the objectives of this study. To view these objectives, 60 patients with MM were evaluated in the period of March, 1999 to December, 2000. The evaluation of the numerical abnormalities of chromossome 17 was performed by cytogenetic analysis and by the fluorescence in situ hybridization method (FISH), whilst the evaluation of p53 deletions was performed by FISH. The evaluation of p53 gene mutations was carried out using polymerase chain reaction, single strand conformation polymorphism and the sequencing. No mutations in the p53 gene were detected in any of the patients enroled in the study. In contrast, deletions of the gene, predominantly monoallelic, were identified in 15.7% of them. Furthermore, we observed that patients with p53 deletions demonstrated a lower probability of survival than those without gene deletion (P=0.0006). The median survival time of the patients of the first group was lower than that observed in the second group of patients (7.5 and 17.0 months, respectively; P= 0.05). From these results, we may condude that deletion of the p53 gene constituted a predictive factor of shorter survival, in our cases / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica