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DETECÇÃO, TRANSMISSÃO E CONTROLE DE Sclerotinia sclerotiorum ASSOCIADO A SEMENTES DE SOJA / DETECTION, TRANSMISSION AND CONTROL Sclerotinia sclerotiorum ASSOCIATED WITH SOYBEAN SEEDSReis, Grazieli Frotas dos 27 February 2013 (has links)
Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-05-17T18:08:43Z
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Previous issue date: 2013-02-27 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The detection, transmission and control of Sclerotinia sclerotiorum associated with soybean seeds were as studied under laboratory conditions. The experiments were conducted in the laboratory of Phytopathology UFGD in the Dourados - MS. Aiming to evaluate the seed - seedling transmission of the pathogen, soybean seed artificially inoculated with the pathogen were mixed with healthy seeds, establishing five levels of incidence (0 , 2 , 4 , 8 and 10% ). The seeds were sown in soil + sand in plastic boxes , marking the position of the inoculated seeds. We evaluated the percentage of emergence at 7 and 15 days after sowing. The fungus was observed in all inoculated seedlings derived from seeds, even those who had no symptoms of disease. On the inoculated plants immediately adjacent to, the presence of the pathogen was about 39 % of them at 22 ° C and 16.4% at 27 ° C. In the second position, the average percentage of presence of the fungus was 23.35% and 8.75% to 22 to 27 ° C, respectively. Lots of seeds produced and marketed in Mato Grosso do Sul in 2008/2009 and 2009/2010 harvests in were analyzed for sanity by the method of the paper roll. The frequency of S. sclerotiorum ranged from 1.2% to 11.1% in 2008/2009 and 1% to 9.1% in the 2009/ 2010 harvest, whereas the incidence in 2008/2009 was between 0.25% and 0.75% in the 2009/2010 crop was 0.25%. to 1.5% Studying the in vitro susceptibility of S. sclerotiorum to fungicides: benzalkonium chloride, captan, fluazinam, fluopiram, iprodione, procymidone and thiophanate methyl in six concentrations (0.1, 0.5, 1, 2.5, 5 and 10 mg. mL-1) and five replicates, we observed lower growth rate with the use of the fungicide procymidone 0.1 μg.mL-1. From 1 μg.mL-1 the fluazinam and procymidone completely inhibited the mycelial growth and consequently the production of sclerotia of the fungus. At higher doses, the fungicides captan, fluopiram, iprodione and thiophanate methyl were effective in inhibiting the growth of S. sclerotiorum reaching 100% inhibition in miceliogênica germination, while the fungicide benzalkonium chloride inhibited only 16 % of the pathogen development without affecting the production of sclerotia. / Avaliou-se detecção, transmissão e controle de Sclerotinia sclerotiorum associados a sementes de soja. Os experimentos foram conduzidos no laboratório de Fitopatologia da UFGD em Dourados-MS. Com o objetivo de avaliar a transmissão semente-plântula do patógeno, sementes de soja inoculadas artificialmente com o patógeno foram misturadas a sementes sadias, estabelecendo-se cinco níveis de incidência (0, 2, 4, 8 e 10%). As sementes foram semeadas em solo + areia, em caixas plásticas, marcando-se a posição das sementes inoculadas. Avaliou-se a porcentagem de emergência aos 7 e 15 dias após a semeadura. O fungo foi observado em todas as plântulas oriundas de sementes inoculadas, mesmo naquelas que não apresentavam sintomas da doença. Nas plantas imediatamente ao lado das inoculadas, detectou-se a presença do patógeno em cerca e 39% delas à temperatura de 22° C, e 16,4% a 27° C. Nas plantas em segunda posição, a porcentagem média de presença do fungo foi de 23,35% e 8,75%, para 22 e 27° C, respectivamente. Lotes de sementes de soja produzidas e comercializadas no Mato Grosso do Sul nas safras 2008/09 e 2009/10 foram analisados quanto à sanidade pelo método do rolo de papel. A frequência de S. sclerotiorum variou de 1,2% a 11,1% na safra 2008/09 e 1% a 9,1% na safra 2009/10, enquanto que a incidência na safra 2008/09 ficou entre 0,25% e 0,75% e na safra 2009/10 foi de 0,25% a 1,5%. Estudando a sensibilidade in vitro de S. sclerotiorum aos fungicidas: cloreto de benzalcônio, captana, fluazinam, fluopiram, iprodiona, procimidona e tiofanato metílico em seis concentrações (0,1; 0,5; 1; 2,5; 5 e 10 μg.mL-1) e cinco repetições, observou-se menor taxa de crescimento com o uso do fungicida procimidone a 0,1 μg.mL-1. A partir de 1 μg.mL-1 os fungicidas fluazinam e procimidone inibiram por completo o crescimento micelial e por consequência a produção de escleródios do fungo. Em doses superiores, os fungicidas captana, fluopiram, iprodiona e tiofanato metílico, mostraram-se eficientes em inibir o desenvolvimento de S. sclerotiorum alcançando 100% de inibição na germinação miceliogênica, enquanto o fungicida cloreto de benzalcônio inibiu em apenas 16% o desenvolvimento do fitopatógeno, não afetando a produção de escleródios.
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Plant pathogen sensing for early disease controlHeard, Stephanie January 2014 (has links)
Sclerotinia sclerotiorum, a fungal pathogen of over 400 plant species has been estimated to cost UK based farmers approximately £20 million per year during severe outbreak (Oerke and Dehne 2004). S. sclerotiorum disease incidence is difficult to predict as outbreaks are often sporadic. Ascospores released from the fruiting bodies or apothecia can be dispersed for tens of kilometres. This makes disease control problematic and with no S. sclerotiorum resistant varieties available, growers are forced to spray fungicides up to three times per flowering season in anticipation of the arrival of this devastating disease. This thesis reports the development of the first infield S. sclerotiorum biosensor which aims to enable rapid detection of airborne ascospores, promoting a more accurate disease risk assessment and fungicide spraying regime. The sensor is designed to detect the presence of oxalic acid, the main pathogenicity factor secreted during early S. sclerotiorum ascospore germination. Upon electrochemical detection of this analyte in the biosensor, a binary output is relayed to farmer to warm him of a disease risk. This project focused on the development of a nutrient matrix which was designed to be contained within the biosensor. The role of this matrix was to promote the growth of captured airborne S. sclerotiorum ascospores and induce high levels of oxalic acid secretion. The use of the designed biological matrix to promote oxalic acid production was tested during three field trials in S. sclerotiorum artificially inoculated fields. This thesis describes the use of contemporary pathogenomics technologies to further investigate candidate genes involved in pathogenicity alongside the secretion of oxalic acid. A pre-described bioinformatics pipeline was used to predict the S. sclerotiorum secretome to identify potential effector proteins as well as explore proteins which are unique to S. sclerotiorum to be used as other novel targets for detection. GFP tagged constructs were designed to investigate the expression of the putative targets for S. sclerotiorum detection. The transcriptomes of wild type and oxalic acid deficient S. sclerotiorum strains during infection as well as during a saprotrophic stage were investigated. This study provided expression support for not only some of the unannotated genes identified in the putative secretome, but some candidate genes speculated to be involved in infection.
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Inheritance of Partial Resistance to White Mold in Field Pea (Pisum sativum L.)Tashtemirov, Behzod January 2012 (has links)
Sclerotinia sclerotiorum causes white mold and severe yield losses of pea. 484 accessions from the Pisum core collection were screened for resistance using a mini-agar plug technique. 49, 41, and 13 accessions were identified with partial resistance based on lesion expansion inhibition (LEI), nodal transmission inhibition (NTI), and both traits combined, respectively. A genetic linkage map based on F2 DNA from the cross, Lifter/PI240515, was developed with 78 markers on 9 linkage groups (LG) spanning 734 cM. Two quantitative trait loci (QTL) were identified based on phenotypic data from F2:3 and F3:4 families. A single QTL on LGIII explained 34.1% of the phenotypic variation for LEI, while a second QTL on LGII(b) explained 2.5% of the phenotypic variation for NTI. This is the first report of QTL for S. sclerotiorum resistance in pea which will be useful in development of resistant pea varieties.
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Effects of covering composted vegetable wastes on quality of compost, quality and composition of leachate, and survival of plant pathogensParé, Monique. January 1997 (has links)
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Diversity and Management of Sclerotinia sclerotiorum in Brassica spp. in Bangladeshislam, Md. Mynul 11 September 2018 (has links)
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Actinobactérias de biomas brasileiros: biodiversidade e potencial de uso na agricultura / Actinobacteria from Brazilian biomes: biodiversity and potential use in agricultureVargas Hoyos, Harold Alexander 23 February 2018 (has links)
Neste estudo foi acessada a diversidade taxonômica e potencial biológico de actinobactérias isoladas de três biomas brasileiros com atividade antagônica contra Sclerotinia sclerotiorum. No total, 354 isolados foram obtidos da Coleção de Microrganismos de Importância Agrícola e Ambiental (CMAA) da Embrapa - Meio Ambiente. A atividade antagônica contra S. sclerotiorum foi avaliada por meio de ensaio in vitro. Foram selecionados 55 isolados, que apresentaram alguma porcentagem de inibição do crescimento de S. sclerotiorum. A identificação e análise da diversidade dos isolados, usando o gene 16S rRNA, demonstrou que 49 isolados são pertences ao genêro Streptomyces, quatro ao genêro Micromonospora, um a Kocuria e um a Actinomadura. Todas as actinobactérias apresentaram compatibilidade com bactérias benéficas do solo, exceto o isolado Caat P8 35. Três isolados, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, inibiram tanto o crescimento micelial quanto a germinação de escleródios de S. sclerotiorum. Os isolados Bc V1 06 e 3AS4 apresentaram hidrólise dos meios de fósforo orgânico e inorgânico. Com a ideia de conhecer o possível mecanismo de ação para solubilização de fósforo, o extrato aquoso do isolado 3AS4 foi submetido à análise de HPLC e o perfil cromatográfico obtido foi similar ácido glucônico. A avaliação desse isolado em casa de vegetação evidenciou diferenças na altura das plantas de soja, após seis semanas, quando inoculadas com a 3AS4. A relação Parte-aérea/Raiz foi significativamente maior quando adicionado o fósforo junto com a actinobactéria. Plantas sem adição de fósforo e com o isolado 3AS4 evidenciaram desenvolvimento similar na Parte-aérea/Raiz quando comparadas com plantas inoculadas com 40 kg ha-1 de PR e SPT. A avaliação da atividade enzimática evidenciou nove isolados capazes de hidrolisar quitina e laminarina como único substrato, sendo que três deles, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, foram avaliados quantitativamente, para a atividade enzimática quitinase (β 1-4 -Nacetilglucosaminidase) os resultados foram 0.03, 0.22 e 0.16 UI respectivamente, e a atividade glucanase (β 1-3-glucanase) foi 0.23, 0.25 e 0.26 UI respectivamente. Extratos orgânicos das actinobacterias obtidos com diclorometano (26) e acetato de etila (15) demostraram inibição do crescimento do fungo, somente o isolado 1AS2a apresentou inibição na concentração de 165 μg.mL-1. Estudos espectrométricos revelaram a prescença de um composto da família das bafilomicinas como principal composto ativo. A anotação do genoma do isolado 1AS2a revelou a presença de 33 operons gênicos envolvidos em vias biossínteticas para produção de compostos antimicrobianos, nos quais um deles, apresentou 100% de similaridade para operon de sintese de bafilomicina. Estudos taxonômicos mostraram que as características filogenéticas, morfológicas e químicas do isolado 1AS2c são consistentes com o gênero Streptomyces. Entretanto, algumas diferenças no perfil taxonômico, Hibridização DNA:DNA e análise de Multilocus confirmou o isolado 1AS2cT como linhagem tipo para uma nova espécie de Streptomyces, para qual o nome Streptomyces rhizosphaericola sp. nov. Com os resultados obtidos podemos afirmar: 1. Biomas brasileros possuem uma grande diversidade taxonômica e funcional 2. Os isolados de Actinobacteria posuem capacidade antagonica contra o fungo S. sclerotiorum 3. O isolado 3AS4 posui a capacidade de solubilização de fósforo e estimulação de crescimento vegetal do em condições de casa de vegetação 4. A efetiva produção de compostos antifúngicos do isolado 1AS2a, revelados diante o uso combiando de ferramentas espectroscopicas e bioinformaticas. Considerando todo isso, existe um enorme potencial de biocontrole em isolados de Actinobactérias de diferentes biomas do Brasil que podem ser uma nova opcão para uso na agricultura. / In this study, the taxonomic diversity and biological potential of actinobacteria isolated from different Brazilian biomes with antagonistic activity against Sclerotinia sclerotiorum were accessed. In total, 354 isolates were obtained from the Embrapa - Environment Collection of Microorganisms of Agricultural and Environmental Importance (CMAA). The antagonistic activity against S. sclerotiorum was evaluated by in vitro assay. In total, 55 isolates were obtained, all isolates showed some percentage of visible growth inhibition against S. sclerotiorum. The identification and analysis of the diversity of the isolates using the 16S rRNA gene showed that 49 isolates belong to the Streptomyces genus, 4 isolates belonging to the genus Micromonospora, 1 isolated to the genus Kocuria and 1 isolated to the genus Actinomadura. All the actinobacteria showed compatibility with the soil beneficial bacteria evaluated except the isolate Caat P8 35. Three isolates, 1AS2a, Caat P555 and Caat P8 79 inhibited both mycelia and S. sclerotiorum sclerotia. The isolates Bc V1 06 and 3AS4 showed hydrolysis using organic and inorganic phosphorus media. In order to know the possible mechanism of action for solubilization of phosphorus, the aqueous extract of the 3AS4 isolate was submitted to HPLC analysis, the chromatographic profile obtained was similar to gluconic acid. Greenhouse evaluation showed differences in height of soybean plants after 6 weeks when inoculated with 3AS4. The Shoot/Root ratio was significantly higher when the phosphorus was added along with the actinobacteria. Plants with no phosphorus addition and with 3AS4 showed similar development in the Shoot/Root when compared to inoculated plants with 40 kg.ha-1 of PR and SPT. The evaluation of the enzymatic activity evidenced nine isolates efficient of hydrolyzing chitin and laminarin as the only carbon substrate, three of them; 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79 isolates (β-1-4-N-acetylglucosaminidase) was 0.03, 0.22 and 0.16 IU respectively, however, glucanase activity (β-1-3-glucanase) was 0.23, 0.25 and 0.26 IU respectively. Organic extracts of the actinobacteria obtained with dichloromethane (26) and ethyl acetate (15) demonstrated inhibition of fungus growth, only the 1AS2a isolate presented inhibition at the concentration of 165 μg.mL-1. Spectrometric studies have revealed the presence of a compound of the bafilomycins family as the main active compound. The annotation of the genome of the 1AS2a isolate revealed the presence of 33 gene operons involved in biosynthetic pathways for the production of antimicrobial compounds, in which one of them presented 100% similarity to the bafilomycin synthesis cluster. Taxonomic studies have shown that the phylogenetic, morphological and chemical characteristics of the 1AS2c isolate are consistent with the genus Streptomyces. However, some differences in the taxonomic profile, DDH and Multilocus analysis confirmed the isolated 1AS2cT as a type strain for Streptomyces, for which the name Streptomyces rhizosphaericola sp. Nov. With the results obtained we can corroborate: 1. Brazilian biomes possess a great taxonomic and functional diversity 2. Detection of the antagonism of Actinobacteria isolates against S. sclerotiorum fungus 3. Phosphorus solubilization and plant growth stimulation of 3AS4 isolate under conditions of greenhouse 4. The effective antifungal compounds production of the 1AS2a isolate, revealed in the combining use of spectroscopic and bioinformatics tools. Considering all this, there is an enormous potential for biocontrol in isolates of Actinobacteria from different Brazilian biomes that may be a new option for use in agriculture.
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Mofo branco: métodos de avaliação de suscetibilidade e expressão de genes relacionados à defesa em plantas de sojaHüller, Guilherme de Camargo 14 June 2017 (has links)
Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-08-18T19:43:08Z
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Previous issue date: 2017-06-14 / O mofo branco, causado pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum, é uma das mais importantes doenças que incidem na cultura da soja. Seu manejo se dá através de técnicas integradas como a utilização de defensivos, rotação de culturas e utilização de material menos suscetível. Porém, não há genótipos comercialmente disponíveis que apresentem elevado grau de resistência. Grande entrave na seleção de material mais resistente é a inconsistência de resultados à nível de campo, de modo que diferentes métodos vem sendo aplicados em laboratório com a finalidade de avaliar a resistência de genótipos de soja à S. sclerotioroum. Diante disso, o presente trabalho teve por objetivo verificar se diferentes métodos utilizados para acessar níveis de resistência estimulam respostas similares aos genótipos de soja, em termos de suscetibilidade. Foram empregados quatro métodos (ácido oxálico, disco de micélio na haste, micropipeta e suspensão de esporos) em quatro genótipos de soja. Os experimentos foram conduzidos em triplicata, no delineamento inteiramente casualizado com 7 repetições. A sensibilidade ao ácido oxálico foi avaliada através de uma chave de escores de murchamento, foi medida a lesão (cm) para os métodos micropipeta e disco na haste, e avaliada a severidade de ataque do patógeno para suspensão de ascósporos. Para comparação foi utilizado o ranqueamento dos genótipos dentro de cada método e também análise de expressão de genes relacionados à defesa. Os diferentes métodos analisados estimularam respostas similares aos genótipos de soja, em termos de suscetibilidade. Verificou-se que o nível de suscetibilidade dos genótipos não variou quando estes foram submetidos aos diferentes métodos. Ainda, foi observada correlação positiva entre os resultados dos diferentes métodos, porém o grau de correlação entre eles é diferente. Menor correlação observada foi entre os métodos AO e Ascósporos (coeficiente de Spearman: 0,498) ao passo que maior grau de correlação foi observado entre os métodos Micropipeta e disco na Haste (coeficiente de Spearman: 0,877). Foi observada similaridade em relação aos estímulos causados pelos diferentes métodos às plantas de soja por ocasião do contato com o patógeno e/ou fator de patogenicidade do mesmo (ácido oxálico) para expressão de genes do grupo PR-5. / The White mold, caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum, is one of the most importante disease that affect the soybean crop. The management is based on integrated practices as by applying pesticides, crop rotation and the usage of less susceptible genotypes. However, there is not a high level resistance genotype commercially available. The inconsistency of results from field trials has been the major obstacle in the selection of resistant material. For this reason, a great variety of methods have been used in laboratory to assess the soybean genotypes resistance to S. sclerotioroum. Then, the objective of this study was to evaluate different methods used to assess sensitivity levels and if they stimulate equal responses in soybean genotypes, in terms of susceptibility. Four methods were applied (oxalic acid, stem test, straw test and by appliyng spores) to four soybean gentypes. The completely randomized design was used. Experiments were conducted in triplicates, with seven replications each. The sensitivity to the oxalic acid was assessed by using a wilting score key, it was measured the size of lesion (cm) for the stem and straw test, and for the ascospore method, the severity of disease symptoms was assessed. The rank of genotypes was used to compare methods as well as the analysis of gene expression of some genes related to soybean defence. All method were shown to simulate similar responses to the soybean genotypes, in terms of susceptibility. The susceptibility level of genotypes did not change when submitted to the different methods. Also, it was shown that there is a correlation among the methods results, although the degree which it occurs is different. The methods AO and Ascospore were the ones that demonstrated lower correlation (Spearman coefficient: 0,498), whereas the stem and straw test were shown to have the highest correlation levels (Spearman coefficient: 0,877). Furthermore, it was noticed similarity in the stimuli caused in soybean plants by the different methods due to either the contact with fungus or the pathogenicity fator (oxalic acid) to express genes from PR-5 group.
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Actinobactérias de biomas brasileiros: biodiversidade e potencial de uso na agricultura / Actinobacteria from Brazilian biomes: biodiversity and potential use in agricultureHarold Alexander Vargas Hoyos 23 February 2018 (has links)
Neste estudo foi acessada a diversidade taxonômica e potencial biológico de actinobactérias isoladas de três biomas brasileiros com atividade antagônica contra Sclerotinia sclerotiorum. No total, 354 isolados foram obtidos da Coleção de Microrganismos de Importância Agrícola e Ambiental (CMAA) da Embrapa - Meio Ambiente. A atividade antagônica contra S. sclerotiorum foi avaliada por meio de ensaio in vitro. Foram selecionados 55 isolados, que apresentaram alguma porcentagem de inibição do crescimento de S. sclerotiorum. A identificação e análise da diversidade dos isolados, usando o gene 16S rRNA, demonstrou que 49 isolados são pertences ao genêro Streptomyces, quatro ao genêro Micromonospora, um a Kocuria e um a Actinomadura. Todas as actinobactérias apresentaram compatibilidade com bactérias benéficas do solo, exceto o isolado Caat P8 35. Três isolados, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, inibiram tanto o crescimento micelial quanto a germinação de escleródios de S. sclerotiorum. Os isolados Bc V1 06 e 3AS4 apresentaram hidrólise dos meios de fósforo orgânico e inorgânico. Com a ideia de conhecer o possível mecanismo de ação para solubilização de fósforo, o extrato aquoso do isolado 3AS4 foi submetido à análise de HPLC e o perfil cromatográfico obtido foi similar ácido glucônico. A avaliação desse isolado em casa de vegetação evidenciou diferenças na altura das plantas de soja, após seis semanas, quando inoculadas com a 3AS4. A relação Parte-aérea/Raiz foi significativamente maior quando adicionado o fósforo junto com a actinobactéria. Plantas sem adição de fósforo e com o isolado 3AS4 evidenciaram desenvolvimento similar na Parte-aérea/Raiz quando comparadas com plantas inoculadas com 40 kg ha-1 de PR e SPT. A avaliação da atividade enzimática evidenciou nove isolados capazes de hidrolisar quitina e laminarina como único substrato, sendo que três deles, 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79, foram avaliados quantitativamente, para a atividade enzimática quitinase (β 1-4 -Nacetilglucosaminidase) os resultados foram 0.03, 0.22 e 0.16 UI respectivamente, e a atividade glucanase (β 1-3-glucanase) foi 0.23, 0.25 e 0.26 UI respectivamente. Extratos orgânicos das actinobacterias obtidos com diclorometano (26) e acetato de etila (15) demostraram inibição do crescimento do fungo, somente o isolado 1AS2a apresentou inibição na concentração de 165 μg.mL-1. Estudos espectrométricos revelaram a prescença de um composto da família das bafilomicinas como principal composto ativo. A anotação do genoma do isolado 1AS2a revelou a presença de 33 operons gênicos envolvidos em vias biossínteticas para produção de compostos antimicrobianos, nos quais um deles, apresentou 100% de similaridade para operon de sintese de bafilomicina. Estudos taxonômicos mostraram que as características filogenéticas, morfológicas e químicas do isolado 1AS2c são consistentes com o gênero Streptomyces. Entretanto, algumas diferenças no perfil taxonômico, Hibridização DNA:DNA e análise de Multilocus confirmou o isolado 1AS2cT como linhagem tipo para uma nova espécie de Streptomyces, para qual o nome Streptomyces rhizosphaericola sp. nov. Com os resultados obtidos podemos afirmar: 1. Biomas brasileros possuem uma grande diversidade taxonômica e funcional 2. Os isolados de Actinobacteria posuem capacidade antagonica contra o fungo S. sclerotiorum 3. O isolado 3AS4 posui a capacidade de solubilização de fósforo e estimulação de crescimento vegetal do em condições de casa de vegetação 4. A efetiva produção de compostos antifúngicos do isolado 1AS2a, revelados diante o uso combiando de ferramentas espectroscopicas e bioinformaticas. Considerando todo isso, existe um enorme potencial de biocontrole em isolados de Actinobactérias de diferentes biomas do Brasil que podem ser uma nova opcão para uso na agricultura. / In this study, the taxonomic diversity and biological potential of actinobacteria isolated from different Brazilian biomes with antagonistic activity against Sclerotinia sclerotiorum were accessed. In total, 354 isolates were obtained from the Embrapa - Environment Collection of Microorganisms of Agricultural and Environmental Importance (CMAA). The antagonistic activity against S. sclerotiorum was evaluated by in vitro assay. In total, 55 isolates were obtained, all isolates showed some percentage of visible growth inhibition against S. sclerotiorum. The identification and analysis of the diversity of the isolates using the 16S rRNA gene showed that 49 isolates belong to the Streptomyces genus, 4 isolates belonging to the genus Micromonospora, 1 isolated to the genus Kocuria and 1 isolated to the genus Actinomadura. All the actinobacteria showed compatibility with the soil beneficial bacteria evaluated except the isolate Caat P8 35. Three isolates, 1AS2a, Caat P555 and Caat P8 79 inhibited both mycelia and S. sclerotiorum sclerotia. The isolates Bc V1 06 and 3AS4 showed hydrolysis using organic and inorganic phosphorus media. In order to know the possible mechanism of action for solubilization of phosphorus, the aqueous extract of the 3AS4 isolate was submitted to HPLC analysis, the chromatographic profile obtained was similar to gluconic acid. Greenhouse evaluation showed differences in height of soybean plants after 6 weeks when inoculated with 3AS4. The Shoot/Root ratio was significantly higher when the phosphorus was added along with the actinobacteria. Plants with no phosphorus addition and with 3AS4 showed similar development in the Shoot/Root when compared to inoculated plants with 40 kg.ha-1 of PR and SPT. The evaluation of the enzymatic activity evidenced nine isolates efficient of hydrolyzing chitin and laminarin as the only carbon substrate, three of them; 1AS2a, Caat P5 55 e Caat P8 79 isolates (β-1-4-N-acetylglucosaminidase) was 0.03, 0.22 and 0.16 IU respectively, however, glucanase activity (β-1-3-glucanase) was 0.23, 0.25 and 0.26 IU respectively. Organic extracts of the actinobacteria obtained with dichloromethane (26) and ethyl acetate (15) demonstrated inhibition of fungus growth, only the 1AS2a isolate presented inhibition at the concentration of 165 μg.mL-1. Spectrometric studies have revealed the presence of a compound of the bafilomycins family as the main active compound. The annotation of the genome of the 1AS2a isolate revealed the presence of 33 gene operons involved in biosynthetic pathways for the production of antimicrobial compounds, in which one of them presented 100% similarity to the bafilomycin synthesis cluster. Taxonomic studies have shown that the phylogenetic, morphological and chemical characteristics of the 1AS2c isolate are consistent with the genus Streptomyces. However, some differences in the taxonomic profile, DDH and Multilocus analysis confirmed the isolated 1AS2cT as a type strain for Streptomyces, for which the name Streptomyces rhizosphaericola sp. Nov. With the results obtained we can corroborate: 1. Brazilian biomes possess a great taxonomic and functional diversity 2. Detection of the antagonism of Actinobacteria isolates against S. sclerotiorum fungus 3. Phosphorus solubilization and plant growth stimulation of 3AS4 isolate under conditions of greenhouse 4. The effective antifungal compounds production of the 1AS2a isolate, revealed in the combining use of spectroscopic and bioinformatics tools. Considering all this, there is an enormous potential for biocontrol in isolates of Actinobacteria from different Brazilian biomes that may be a new option for use in agriculture.
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Phänotypisierung von Raps- und anderen Brassica-Genotypen zur Identifizierung von Resistenzquellen gegenüber Sclerotinia sclerotiorum / Phenotypisation of oilseed rape and other Brassica species to identify resistance sources against Sclerotinia sclerotiorumWulf, Tobias 21 July 2011 (has links)
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Phänotypisierung von Resistenzquellen und Charakterisierung von Resistenzfaktoren in Brassica-Arten gegenüber Sclerotinia sclerotiorum, dem Erreger der Weißstängeligkeit. / Phenotyping of resistance sources and characterisation of resistance factors in Brassica species to Sclerotinia sclerotiorum, the causal pathogen of the white mold disease.Höch, Kerstin 25 April 2016 (has links)
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