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Níveis de seleção: uma avaliação a partir da teoria do \"gene egoísta\" / Levels of Selection: an evaluation from the theory of selfish geneMaria Rita Spina Bueno 10 December 2008 (has links)
Esta dissertação de mestrado aborda a controvérsia em torno de qual é o nível biológico no qual a seleção natural atua, com ênfase na proposta de Richard Dawkins do gene egoísta e nas questões que surgem em torno da mesma. Examina-se um panorama de questões de filosofia da biologia abordadas a partir do problema dos níveis nos quais a seleção natural atua. Esperamos que ao avaliar o impacto da teoria do gene egoísta na problemática evolutiva, consigamos compreender sua importância. O objetivo deste trabalho é filosófico, delineando as questões e clarificando alguns termos do debate, sem se propor a tomar partido por uma ou outra posição. O primeiro capítulo apresenta as origens históricas do debate, partindo do ponto de vista original de Charles Darwin no qual o indivíduo era a entidade efetivamente selecionada. Em seguida, buscamos entender como novas questões empíricas, em especial a busca de explicações biológicas para o altruísmo, conduziram a propostas de seleção de grupo. No segundo capítulo delineamos como o desenvolvimento da genética possibilitou que um novo nível de seleção fosse proposto: o gene, e acompanhamos a exposição de Dawkins sobre o ponto de vista do gene egoísta, em especial a partir de seus dois livros mais relevantes sobre o tema: O gene egoísta e O fenótipo estendido. O terceiro capítulo examina diversas aproximações filosóficas no contexto de resposta à pergunta: o que é uma unidade de seleção?. Nosso estudo é consistente com a tese de que as forças seletivas atuam simultaneamente em diversos níveis. / This Masters thesis studies the controversy over what is the biological level in which natural selection takes place. Emphasis is given to Richard Dawkins proposal of the selfish gene and to the issues that arise therefrom, which include many questions in the philosophy of biology. We hope that by assessing the impact that the theory of the selfish gene has had on the problems of evolution, one may understand its importance. The aim of this study is philosophical, raising questions and clarifying the terms of the debate, without taking side on one or another position. The first chapter presents the historical origins of the debate, starting with the original view of Charles Darwin that the individual is the entity that is effectively selected. We then set out to understand how new empirical problems, specifically the search for biological explanations for altruism, led to proposals of group selection. In the second chapter, we depict how the development of genetics allowed that a new level of selection be proposed: the gene. We analyze Dawkins exposition of the point of view of the selfish gene, especially in the two most important books on the subject: The selfish gene and The extended phenotype. The third chapter examines several philosophical approaches to the question what is a unit of selection?. Our study is consistent with the thesis that selective forces act simultaneously in different levels.
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Isolamento e seleção de rizobactérias promotoras do crescimento de plantas de milho / Isolation and selection of plant growth-promoting rhizobacteria in maizeBrandao, Edgar Moreira 27 December 1989 (has links)
O presente estudo teve como objetivo avaliar a capacidade de promoção do crescimento de plantas de milho, através da inoculação das sementes com diferentes isolados de bactérias fluorescentes pertencentes ao gênero Pseudomonas, caracterizada ecologicamente como Rizobactérias Promotoras do Crescimento de Plantas (RPCPs). Foram isoladas bactérias fluorescentes de rizosfera de milho, marcadas genéticamente através da obtenção de mutantes espontâneos resistentes à rifampicina e àcido nalidíxico, com o intuito de avaliar a capacidade de colonização dos isolados em condições de solo natural. Testou-se também a utilização da estreptomicina como marcador, porém mutantes resistentes ao referido antibiótico não apresentaram diferenças na capacidade de colonização, bem como na promoção do crescimento. Experimentos em casa de vegetação foram realizados em amostras de Areias Quartzosas, Série Ribeirão Claro naturais (RC NAT) e de Terra Roxa Estruturada, Série Luiz de Queiroz - naturais (LQ NAT) e esterilizadas (LQ EST). Para efeito de comparação foram introduzidas nos experimentos isolados de RPCPs com eficiência previamente comprovada. Avaliou-se também a capacidade de promoção do crescimento em diferentes épocas do ciclo da cultura. Com relação à capacidade de promoção do crescimento foram observadas variações de acordo com o isolado utilizado e a condição do solo. No solo LQ NAT, observou-se antecipação de emergência de plântulas em 3 dias, quando comparados ao controle, devido à inoculação dos isolados 42RN e 136RN. O crescimento das plantas de milho foi afetado pela introdução dos isolados 41RN e 136RN aos 75 e 90 dias após a semeadura / This research was carried out in order to study the potential to promote maize growth by seed inoculation with different strains of fluorescent pseudomonads, ecologically characterized as plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR). Rhizosphere colonizing bacteria were isolated from freshly harvested, field-grown maize roots, and antibiotic-resistant strains were selected for resistence to rifampicin and nalidixic acid, for monitoring the colonization, after introduction into natural soil. Strains with spontaneous streptomycin resistance were evaluated, but no difference between the colonization capacities of the strains and plant growth-promoting was observed. The soils used in the greenhouse experiments were a non sterilized (natural) Quartz Sand, serie Ribeirão Claro (RC NAT) and Terra Roxa Estruturada, serie Luiz de Queiróz, sterilized (LQ EST) and nonsterilized (LQ NAT). Eficient PGPR strains, obtained from different researchers were included in the experiments. Promotion in seedling emergence and the effect on plant-growth promotion during the plant cycle were evaluated. Plant-growth promotion was variable, accordding to soil conditions and pseudomonads strain. Bacterial strains 41RN and 136RN antecipated in there days the emergence promotion in LQ NAT soil, but no effect was observed in LQ EST soil. In the time-course experiment the strains 41RN and 136RN affected plant growth-promotion after 75 and 90 days
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Coeficientes de caminhamento entre caracteres da parte aérea e do sistema radicular em guaraná (Paullinia cupana var. Sorbilis) / Path coefficients between above ground and root system characters in Guaraná" (Paullinia cupana var. sorbilis)Nascimento Filho, Firmino Jose do 09 September 1988 (has links)
O presente trabalho teve como finalidade melhorar o padrão de seleção de mudas de guaraná (Paullinia cupana var. Sorbilis) propagadas vegetativamente. Essa melhoria consistiu em considerar uma variável básica do sistema radicular entre as características da parte aérea envolvidas nesta região. Neste sentido, foi estimada a magnitude da variabilidade genética em dezoito caracteres da parte aérea, sete caracteres do sistema radicular e o peso seco total da muda, em trinta seis clones de guaraná pertencentes ao banco de germoplasma da Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual de Manaus - UEPAE/Manaus-EMBRAPA. Após detectar uma ampla variabilidade genética entre os clones para os diferentes caracteres avaliados, estimaram-se as correlações genotípicas entre sete variáveis selecionadas, sendo: cinco da parte aérea, uma do sistema radicular e o peso seco total da muda. As variáveis da parte aérea foram consideradas levando-se em conta os coeficientes de determinação genotípica e facilidades nas suas medições. De acordo com um diagrama de causas-efeitos, previamente estabelecido, excluindo apenas o peso seco total das mudas, efetuou-se os desdobramentos das correlações em efeitos diretos e indiretos através da análise de caminhamento. Baseado nestes resultados, e considerando os altos coeficientes de correlações e os altos efeitos diretos e indiretos via as variáveis explicativas concluiu-se que o diâmetro basal do ramo foi o caráter mais correlacionado para a seleção indireta do sistema radicular. Assim, foi possível incluí-lo como mais uma característica na melhoria do padrão de seleção de mudas / The present work was carried out with an objective to improve the pattern of selection of vegetatively propagated young plants of guaraná (Paullinia cupana var. Sorbilis). This improvement was consisted in consideration of one basic variable off root system among above ground characters which were involved in the selection. In this sense, the magnitude of genetic variabilities of eitheen above ground characters, seven root system characters and six clones which belong to the germoplasm bank of UEPAE (Unidade de Execução de Pesquisas de Âmbito Estadual), EMBRAPA, in Manaus. After finding out an ample genetic variability in the all characters of these clones, genotypical correlations were estimated among seven selected variables which consist of five of above ground characters, one of root system and a total dry weight of young plant. The variables of above ground characters were calculated taking into consideration genotypical coefficient of determination and easiness of measurement. According to a diagram of causes-effects established previously, excluding only a total dry weight of young plant, the correlations were divided into direct and indirect effects through path analysis. Based on these results and, considering high coefficients of correlation and high direct and indirect effects, through explicatory variables, it was concluded that the diameter of basic part of stem is the most correlated character to indirect selection of root system . Thus, it was possible to include root system as one more character in improvement of the pattern of selection of young plants of guaraná
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Estudo da qualidade da madeira para produção de celulose relacionada a precocidade na seleção de um híbrido Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla / Study of wood quality for the cellulose production related to the precocity of a Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla hybrid selectionAlencar, Gláucia Soares Barbosa de 08 May 2002 (has links)
O presente trabalho analisou a relação das características da madeira e polpa resultante, com a idade, visando a seleção precoce de materiais genéticos destinados a plantios em escala comercial. A madeira utilizada foi a de um híbrido (Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla) obtida a 1, 2, 3, 4, 5, 6 e 7 anos pós-plantio. As características ensaiadas foram: densidade básica, percentagem de casca (volume e peso), dimensões das fibras, composição química e parâmetros da polpação Kraft (rendimento depurado, teor de rejeitos, número kappa e relações). Para este último objetivo, as madeiras de cada uma das idades foram cozidas com cinco cargas de álcali ativo: 13, 14, 15, 16 e 17%, mantendo-se constantes as outras variáveis de cozimento. Observou-se uma relação positiva entre a densidade básica e a idade. O modelo de variação longitudinal para densidade básica da árvore e semelhante para todas as idades com valores mais elevados na base e valores mínimos entre 25 e 50% da altura comercial. Da mesma forma, os modelos de variação da percentagem de casca, tanto em volume como em peso, no sentido base-topo, foram semelhantes aos obtidos para densidade básica e independentes da idade do material. Quanto às dimensões das fibras, para comprimento e espessura das paredes das fibras, notou- se uma tendência definida de aumento conforme o aumento da idade. As outras dimensões, largura e diâmetro do lume, não apresentaram modelos definidos de variação com a idade. Da mesma forma, a composição química não apresentou padrões definidos de variação com a idade. Notou-se quanto aos parâmetros da polpação um efeito diferenciado de cada uma das idades para as distintas cargas de álcali ativo. Os melhores resultados foram obtidos com baixa carga de álcali ativo (13 e 14%) a partir da idade de 4 anos. A influência da carga alcalina, independentemente da idade do material, mostrou uma tendência de reduzir o rendimento depurado e respectivo número kappa. / The present work analyzed the wood and resulting pulp characteristics related to the age, aiming at the precocious selection of genetic materials destined to commercial scale planting. Wood from a hybrid (Eucalytpus grandis x Eucalytpus urophylla) obtained at 1, 2, 3, 4, 5, 6 and 7 cycle years was employed. The studied characteristics were: basic density, bark percentage (volume and weight), fiber dimensions, chemical composition and Kraft pulping parameters (depurated yield, rejeds rote, kappa number and relations). For the later objective, wood from each age were cooked with five active alkali charges: 13, 14, 15, 16 e 17%, keeping the other cooking variables constant. A positive relation between the basic density and the age was observed. The longitudinal variation model for the tree basic density is similar for all of the ages showing higher values at the base, and minimum values between 25 e 50 percent of the comercial height. In the same way, the variation models for the bark percentage, either in volume as in weight, in the base-top direction, were similar to the ones obtained for the basic density and independent from the material age. As for the fiber dimensions, concerning the fiber walls length and thickness, it seemed to exist a trend of increase according to the increasing in age. The other dimensions, width and lumen diameter, did not present defined variation models related to age. Also the chemical composition did not present defined variation patterns with age. Regarding the pulping parameters, a differentiated effect of each of the ages, for the distinct active alkali charges, was observed. The best results were obtained with low active alkali charge (13 and 14 percent), starting at the age of 4 years. The alcaline charge influence, independent from the material age, showed a clear trend to reduce the depurated yield and respective kappa number.
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Parâmetros genéticos para características indicadoras de eficiência reprodutiva e produtiva de ovinos da raça Santa Inês /Ono, Rafael Keith. January 2015 (has links)
Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Leonardo de Oliveira Seno / Banca: Francisco Ribeiro de Araújo Neto / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: As características ligadas à eficiência reprodutiva são as que apresentam maior valor econômico na maioria dos sistemas de criação de carne ovina, pois estão intimamente ligadas à disponibilidade do produto final. Estimativas confiáveis de parâmetros genéticos são essenciais para a definição de índices de seleção e para determinar a resposta correlacionada sobre as demais características presentes no índice de seleção. Assim, esse trabalho teve por objetivo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para características reprodutivas em ovinos da raça Santa Inês. Foram utilizados dados de 4.742 ovelhas pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético da raça Santa Inês da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos em parceria com a Universidade de São Paulo. Para o estudo foram consideradas as características: Idade ao primeiro parto (IPP), Intervalo de partos (IDP), Número de cordeiros nascidos por ovelha parida (NCN), Número de cordeiros desmamados por ovelha parida (NCD) e Habilidade de criação por ovelha parida (HC) definido como a razão entre NCN e NCD. Os componentes de (co)variância foram estimados por meio de análises bivariadas, sob modelo animal linear para IPP e IDP e limiar (threshold) para as demais características, utilizando o método da amostragem de Gibbs do programa THRGIBBS1F90. O número de iterações, tamanho do descarte e intervalo de descarte considerados foram 1.500.000, 500.000 e 250, respectivamente. As herdabilidades estimadas à posteriori foram de 0,239 ± 0,053 para IPP, 0,056 ± 0,022 para IDP, 0,098 ± 0,047 para NCN, 0,016 ± 0,01 para NCD e 0,019 ± 0,011 para HC. As correlações genéticas estimadas à posteriori entre as características variaram -0,62 entre NCN e HC a 0,82 entre NCD e HC. As correlações fenotípicas à posteriori entre IPP e IDP e cada uma com as demais características foram de baixa magnitude, próximas a... / Abstract: Reproductive efficiency traits are of significant economic importance as they relate to the source income of sheep meat enterprise. Reliable genetic parameters are essential for selection index design and to determine the correlated response to selection that will occur in other traits in a selection index. Thus, the aim of this study was to estimate (co)variance components and parameter genetics for reproductive traits in Santa Inês sheep. Data included records of 4,742 Santa Inês sheep from Santa Inês Breeding Program of Sergipe State Sheep and Goats Breeders Association and University of São Paulo. In the first part, studied traits were age at first lambing (AFL), Lambing Interval (LI), Litter size at birth per ewe lambing(LSB), Litter size at weaning per ewe lambing and Ewe rearing ability per ewe lambing (RA) defined as lambs weaned per lamb born. The (co)variance components were estimated by bivariate analysis using Gibbs sampling methodology with THRGIBBS1F90 software and number of iterations, length of burn-in and sampling interval were 1,500,000, 500,000 and 250, respectively. For AFL and LI, a linear model was applied and for LSB, LSW and RA, a threshold model. Posterior means of heritability were 0.239 ± 0.053 for AFL, 0.056 ± 0.022 for LI, 0.098 ± 0.047 for LSB, 0.016 ± 0.01 for LSW and 0.019 ± 0.011 for RA. Posterior means of genetic correlation among reproductive traits ranged from -0.62 between LSB and RA to 0,82 between LSW and RA. Posterior means of phenotypic correlation between AFL and LI and each one among the others were low, close to zero. The phenotypic correlation were positive and medium between LSB and LSW (0.44 ± 0.02), medium and negative between LSB and RA (0.37 ± 0.02) and were high and positive between LSW and RA (0.98 ± 0.00). Reasonable genetic progress can be obtained in sexual precocity using age at first lambing as selection criteria. Large influences of environmental effects on LI, LSB ... / Doutor
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Predição genômica para o peso ao sobreano via norma de reação em bovinos de corte /Oliveira, Daniele Portela de. January 2016 (has links)
Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Banca: Newton Tamassia Pégolo / Banca: Francisco Ribeiro de Araújo Neto / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A expansão dos programas de melhoramento de gado de corte buscam animais com maior peso ao abate em idades mais jovens associados a diversidade de climas aumentou o interesse por estudos com interação genótipo ambiente (G x A). Uma alternativa para identificar animais de maior potencial genético em idade jovens é a inclusão das informações genômicas nas avaliações genéticas. Com este trabalho objetivou-se analisar modelos de normas de reação com a inclusão da informação genômica por meio da matriz de relacionamento com pedigree e genótipos e identificar regiões genômicas associadas com o peso ao sobreano. Foram utilizados registros de peso de bovinos da raça Nelore com aproximadamente 520 dias de idade. Foram genotipados 5.091 animais com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip). As estimativas dos componentes de variância foram obtidas pela máxima verossimilhança restrita para os modelos com a matriz A-1 e H-1. Para comparar a habilidade de predição dos métodos no gradiente ambiental (GA) foram calculadas: a correlação entre o valor genômico (GEBV) e o fenótipo predito; a correlação foi dividida pela raiz quadrada da herdabilidade referente ao GA. A população de validação foi composta por animais nascidos entre 2009 e 2011. Os resultados das análises de associação genômica ampla foram apresentados com base na proporção de variância explicada em janelas de 200 SNPs adjacentes, e foram consideradas as duas janelas de maior valor. No Capítulo 2, os GAs foram considerados por fazenda e ano de nascimento dos animais. Os resultados para os parâmetros genéticos indicam que houve G x A, e que o modelo com a matriz H foi, em média, 19% superior ao modelo com a matriz A. Os cromossomos 14 e 27 se destacaram nos GAs. No capítulo 3, foi utilizado um processo iterativo proposto na literatura na definição dos GA. Os resultados dos componentes... / Abstract: The growing of beef cattle breeding programs and the demand for animals for slaughter at young ages related with variety of climates conduced researches in genotype environmental interaction (GxE). The way to choose the top animals in young ages is include the genomic information on genetic evaluations. The aim of this study was to examine reaction norm models with genomic information by the relationship matrix with pedigree plus genotypes and looking for related genes with the yearling weight. The yearling weights from Nellore animals with about 520 days of age were used. A total of 5.091 animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip). The variance components were estimated through restricted maximum likelihood with A -1 and H -1 matrix. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the predicted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability for each GA. Genotyped animals born between 2009 and 2011 were the test population. The results of the genome association analysis (GWAS) have been presented based on the proportion of variance explained by windows of 200 adjacent SNPs; and the top of two windows were studied. In chapter 2 the environmental gradients (EG) were composed by farm and birth age effects. Estimates of genetic parameters suggest the GxE; and the model with H matrix was 19% higher compared with the model with only pedigree on relationship matrix. Chromosomes 14 and 27 were the most important on the EG. In chapter 3 the EG were based on iterative process proposed in prior researches. The results of variance components for intercept and slope were almost the same for both models. The CSDM3 was the most important gene identified on reaction norm slope, because it was found in beef cattle before / Doutor
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Ferramentas de seleção para uniformidade de produção em tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) /Velasco, Ángel de Jesús Lázaro January 2017 (has links)
Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danisio Prado Munari / Banca: Carlos Antonio Lopes de Oliveira / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: Há evidências na literatura que a uniformidade das características fenotípicas dos peixes, entre outros animais, pode ser afetada por componentes genéticos, além de fatores ambientais. Maior uniformidade na despesca é desejada, a fim de reduzir a competição entre os animais e, assim, ter uma produção mais homogênea, visando maior retorno financeiro da atividade. O objetivo deste estudo foi estimar se as variâncias residuais do peso e comprimento à despesca de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) são afetadas por componentes genéticos, para avaliar a possibilidade de seleção para uniformidade de produção. Empregou-se o modelo hierárquico linear generalizado duplo (DHGLM) para calcular os componentes de variância, os parâmetros de herdabilidade, coeficientes de variação e correlações genéticas para peso (não transformado e com transformação Box-Cox) e comprimento à despesca. Foi utilizado um total de 8.725 informações fenotípicas de tilápias provenientes de 271 famílias da linhagem GIFT (Malásia), criados na estação experimental de piscicultura da Universidade Estadual de Maringá. Os resultados apoiaram a hipótese de heterogeneidade genética da variância residual para peso e comprimento à despesca, e a oportunidade de seleção medida através do coeficiente genético de variação da variância residual. Além disso, observou-se a necessidade de um grande número de filhos para a obtenção de estimativas precisas do mérito genético para variação residual, conforme indicado pelas est... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: There is evidence in the literature that the uniformity of phenotypic traits of fish, among other animals, can be affected by genetic components, as well as environmental factors. Greater uniformity is desired in order to reduce competition among animals and thus have a more uniform production, aiming a greater financial return of the activity. The objective of this study was to assess if the residual variance of the weight and harvest length of the Nile tilapia (Oreochromis niloticus) is affected by a genetic component, to evaluate the possibility of selection for uniformity of production. The double hierarchical generalized linear model was used to estimate the components of variance, heritability, coefficients of variation and genetic correlation for weight (untransformed and with Box-Cox transformation) and harvest length. Phenotypic records of 8,725 individuals from 271 families were analyzed. The results supported the existence of genetic heterogeneity of residual variance on harvest weight and length, and the opportunity to select for increasing uniformity. Moreover, the low heritability estimates showed the necessity of high number of progeny for an accurate estimate of the genetic merit for the residual variance. The Box-Cox transformation of harvest weight reduced the dependency among its mean and variance. The transformation reduced but did not eliminate the genetic heterogeneity of residual variance, highlighting its presence beyond the scale effect. / Mestre
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Ferramentas de seleção para uniformidade de produção em bovinos da raça Nelore /Iung, Laiza Helena de Souza January 2018 (has links)
Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Coorientador: Herman Arend Mulder / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Gerson Antonio de Oliveira Júnior / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduc... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Diversificação e hibridação em um anuro endêmico do cerrado : genética, morfologia e comportamento /Nali, Renato Christensen. January 2016 (has links)
Orientador: Cynthia Peralta de Almeida Prado / Banca: Paula Cabral Eterovick / Banca: Cinthia Aguirre Brasileiro / Banca: Milton Cezar Ribeiro / Banca: Celio Fernando Baptista Haddad / Resumo: A configuração da paisagem e as características fenotípicas associadas ao reconhecimento de parceiros podem influenciar na estrutura genética das populações e nos processos de diversificação de uma espécie. Além disso, interações reprodutivas entre espécies distintas podem alterar a história evolutiva de linhagens com a formação de híbridos viáveis. Para investigar essas interações complexas, estudamos o anuro Bokermannohyla ibitiguara, uma espécie com reprodução prolongada, cantos elaborados, corte complexa, fêmeas seletivas e machos agressivos/territoriais. A espécie é endêmica do Cerrado e tem reprodução associada à vegetação ripária dentro e fora do Parque Nacional da Serra da Canastra (PNSC), uma zona de contato com o congênero B. sazimai. Amostramos vários riachos e desenvolvemos microssatélites para analisar a influência da topografia e cobertura vegetal na diferenciação genética. Comparamos, em seguida, morfologia e cantos através da área de distribuição e examinamos os papéis da seleção sexual, deriva genética e adaptação acústica a ambientes florestados (Hipótese da Adaptação Acústica; HAA) na diferenciação acústica. Testamos também a hipótese de que B. ibitiguara e B. sazimai podem hibridizar devido a semelhanças fenotípicas. Indivíduos de B. ibitiguara mostraram diferença genética significativa entre riachos, exceto naqueles dentro do Parque, os quais apresentaram maiores níveis de riqueza alélica e heterosigozidade. A diferenciação genética foi melhor explicada p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Landscape configuration and phenotypic characteristics linked with mating recognition may influence population genetic structure and diversification processes. Moreover, reproductive interactions among different species may alter the evolutionary history of lineages with the formation of viable hybrids. To investigate these complex interactions we studied the treefrog Bokermannohyla ibitiguara, a species with prolonged reproduction, complex calls, elaborate courtship, choosy females and territorial/aggressive males. It is endemic to the threatened Brazilian Cerrado and breeds in streams associated with riparian forests within and outside the Serra da Canastra National Park (SCNP), a contact zone with the congener B. sazimai. We sampled many streams and developed microsatellite markers to analyze the roles of topography and land cover on genetic differentiation. We then compared morphology and calls throughout the range and examined the roles of sexual selection, genetic drift, and acoustic adaptation to forested habitats (Acoustic Adaptation Hypothesis; AAH) on call differentiation. We also tested the hypothesis that B. ibitiguara and B. sazimai may hybridize due to phenotypic similarities. Individuals of B. ibitiguara showed significant genetic differentiation among streams, except those within the Park, which had higher levels of allelic richness and heterozygosity. Genetic differentiation was best explained by topographic complexity, as were some within-population genetic measures. Calls varied more than morphology, suggesting stronger selective pressures on this behavioral phenotype. Acoustic traits associated with individual discrimination and/or female attraction showed significant population differences. Neither genetic differentiation nor riparian forest cover (the AAH) explained... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Seleção de descritores na caracterização de germoplasma de Paspalum através de componentes principais / not availableStrapasson, Elizabeth 02 June 1997 (has links)
Este estudo teve como objetivo selecionar os descritores botânico-agronômicos que melhor se prestam para caracterizar acessos das espécies paspalum guenoarum e paspalum plicatulum. Através de componentes principais, baseando-se nos artigos de Jolliffe (1972 e 1973). Foram avaliados 15 descritores reprodutivos, 22 vegetativos e 21 agronômicos, sendo que os agronômicos compreenderam 7 descritores para a avaliação anual, 7 descritores para a avaliação de inverno e 7 descritores para a avaliação de verão. Após a seleção de descritores reprodutivos, vegetativos e agronômicos separadamente, foi realizada uma análise de componentes principais considerando estes caracteres conjuntamente. A fim de se proceder a uma nova seleção. O método utilizado permitiu uma redução de 53%, 68% e 43%. Dos descritores reprodutivos, vegetativos e agronômicos, respectivamente, do conjunto inicialmente considerado. Como descritores importantes destacaram-se: PR, CE, EFL (reprodutivos), DIPB, CMB, LMBBASE (vegetativos) e PORMSANO, DIVERAO (agronômicos), o que representa um descarte de 86% do total de descritores utilizados na caracterização dos acessos. Verificou-se também que os descritores agronômicos por serem mais influenciados por fatores ambientais tiveram uma menor participação nesta caracterização, uma vez que dos oito descritores selecionados, seis foram reprodutivos e vegetativos. Para os descritores vegetativos o método de descarte não foi tão satisfatório quanto para os demais, devendo-se ressaltar que suas estimativas podem não ter refletido com boa exatidão as associações existentes entre os mesmos tendo em vista o pequeno número de acessos (26) e a quantidade elevada de descritores (22) considerados. O método de componentes principais mostrou-se útil para selecionar os descritores mais importantes na descrição da variabilidade presente na coleção de acessos do germoplasma estudado / not available
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