O avanço tecnológico teve como consequência a geração e o armazenamento de quantidades abundantes de dados. Para conseguir extrair o máximo de informação possível dos dados tornou-se necessária a formulação de novas ferramentas de análise de dados. Foi então introduzido o Processo de Descoberta de Conhecimento em Bancos de Dados, que tem como objetivo a identificação de padrôes válidos, novos, potencialmente úteis e compreensíveis em grandes bancos de dados. Nesse processo, a etapa responsável por encontrar padrões nos dados é denominada de Mineração de Dados. A acurácia e eficiência de algoritmos de mineração de dados dependem diretamente da quantidade e da qualidade dos dados que serão analisados. Nesse sentido, atributos redundantes e/ou não-informativos podem tornar o processo de mineração de dados ineficiente. Métodos de Seleção de Atributos podem remover tais atributos. Nesse trabalho é proposto um algoritmo para seleção de atributos e algumas de suas variantes. Tais algoritmos procuram identificar redundância por meio do agrupamento de atributos. A identificação de atributos redundantes pode auxiliar não apenas no processo de identificação de padrões, mas também pode favorecer a compreensibilidade do modelo obtido. O algoritmo proposto e suas variantes são comparados com dois algoritmos do mesmo gênero descritos na literatura. Tais algoritmos foram avaliados em problemas típicos de mineração de dados: classificação e agrupamento de dados. Os resultados das avaliações mostram que o algoritmo proposto, e suas variantes, fornecem bons resultados tanto do ponto de vista de acurácia como de eficiência computacional, sem a necessidade de definição de parâmetros críticos pelo usuário / The technological progress has lead to the generation and storage of abundant amounts of data. The extraction of information from such data has required the formulation of new data analysis tools. In this context, the Knowledge Discovery from Databases process was introduced. It is focused on the identification of valid, new, potentially useful, and comprehensible patterns in large databases. In this process, the task of finding patterns in data is usually called Data Mining. The efficacy and efficiency of data mining algorithms are directly influenced by the amount and quality of the data being analyzed. Redundant and/or uninformative features may make the data mining process inefficient. In this context, feature selection methods that can remove such features are frequently used. This work proposes a feature selection algorithm and some of its variants that are capable of identifying redundant features through clustering. The identification of redundant features can favor not only the pattern recognition process but also the comprehensibility of the obtained model. The proposed method and its variants are compared with two feature selection algorithms based on feature clustering. These algorithms were evaluated in two well known data mining problems: classification and clustering. The results obtained show that the proposed algorithm obtained good accuracy and computational efficiency results, additionally not requiring the definition of critical parameters by the user

Sinais de pressão seletiva têm sido descritos em vários genes. Dentre esses, os genes do sistema imune parecem ser um importante alvo de seleção natural. Diversos estudos têm demonstrado a atuação de pressões seletivas também modulando o padrão de diversidade de regiões reguladoras. Populações Ameríndias possuem uma história evolutiva relativamente recente, com processos demográficos marcantes e novos desafios ambientais trazendo diferentes pressões seletivas. Dessa forma, elas oferecem ótimas oportunidades para estudos de seleção natural. Com o intuito de ampliar os conhecimentos sobre como a seleção natural vem atuando nas populações humanas, o presente estudo propôs uma análise populacional de três loci de função imunológica, caracterizados previamente como alvos de seleção, em populações Ameríndias: dois pertencentes ao complexo KIR (KIR2DL4 e KIR3DL1/S1) e regiões regulatórias do gene HLA-G. Evidências de ação de seleção balanceadora em populações Ameríndias foram encontradas para os genes KIR2DL4 e KIR3DL1/S1. Para KIR3DL1/S1 foram observadas evidências de seleção natural atuando em dois níveis diferentes de variação: (1) para a ausência e presença dos alótipos KIR3DL1 e KIR3DL1/S1 e (2) para a manutenção de diferentes linhagens do alótipo KIR3DL1/S1. Comparações da diversidade do gene KIR2DL4 com marcadores autossômicos mostram que os processos demográficos têm um importante papel na modulação da variabilidade genética observada nessas populações, mas não explicam todos os padrões de variação encontrados. Os resultados de análises das regiões promotora e 3\'UTR do gene HLA-G mostraram evidências de seleção balanceadora atuando na região promotora em populações Ameríndias e na região 3\'UTR em uma população européia. Além disso, análises dessas duas regiões conjuntas mostraram que essas estão altamente associadas e dois haplótipos divergentes em alta freqüência foram encontrados, os quais podem estar relacionados com diferentes atividades reguladoras. Análises dos SNPs encontrados nas regiões reguladoras do HLA-G não mostraram associação com diferenças nos níveis de expressão da molécula. Esse resultado sugere que mais do que SNPs individuais, a combinação desses SNPs em diferentes haplótipos é responsável pela variação dos níveis de expressão da molécula HLA-G. / The diversity of several genes has been explained by the action of natural selection. Among them, the immune system genes are highlighted. In addition, several studies have demonstrated the action of selective pressure modulating the diversity of regulatory regions. Amerindian populations have a relatively recent evolutionary history, with remarkable demographic processes and new environmental challenges with different selection pressures. Therefore, those populations are excellent candidates for studies of natural selection. In order to broaden the knowledge of how natural selection has been acting in human populations, this study proposed a population analysis of three loci, previously characterized as targets of selection in Amerindian populations: two from the KIR complex (KIR2DL4 and KIR3DL1/S1) and regulatory regions of HLA-G. Evidence of action of balancing selection in Amerindian populations was found for KIR2DL4 and KIR3DL1/S1 genes. For KIR3DL1/S1 gene were observed evidences of natural selection acting on two different levels of variation: (1) absence and presence of KIR3DL1 and KIR3DL1/S1 allotypes and (2) maintenance of different strains of KIR3DL1 allotype. Correlations between the diversity of KIR2DL4 and autosomal markers show that the demographic processes have an important role in modulating the genetic variation observed in these populations, but do not explain all the variation patterns found. The results of analysis of promoter regions and 3\'UTR of the HLA-G gene revealed evidence of balancing selection acting at the promoter region in Amerindian populations and at the 3\'UTR region in a European population. Furthermore, the analysis of these two regions together showed that t both are highly related and divergent haplotypes at high frequency were found, which may be related to different regulatory activities to maintain a balance of high and low expression of the gene. Analyses of SNPs found in the regulatory regions of HLA-G were not associated with differences in expression levels of the molecule. Together, these results suggest that the effetcs

O presente trabalho teve como objetivo avaliar novilhos resultantes da seleção genética de diferentes linhagens da raça Canchim (5/8 Charolês, 3/8 Zebu), recriados a pasto e terminados em confinamento, em relação ao consumo alimentar, desempenho, emissão de metano entérico, características de carcaça e cortes cárneos. O experimento foi desenvolvido na Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, unidade Pecuária Sudeste, São Carlos/SP. Foram utilizados 46 novilhos da raça Canchim (15 meses, 291 kg de peso vivo), 13 pertencentes a linhagem antiga, 20 a linhagem nova e 13 provenientes do acasalamento entre estas linhagens. A linhagem antiga é mantida como rebanho fechado desde 1953 e foi formada com base em 53 touros Charoleses importados da França, já a linhagem nova teve origem a partir de 1990 com a utilização de touros Charoleses de diferentes origens (Argentina, Brasil, Estados Unidos, França, Inglaterra), e a partir de 1998, com o acasalamento entre as duas linhagens formou-se a linhagem cruzada. Durante a recria a pasto (165 dias), os animais foram alojados em uma área de pastagem (Panicum maximum cv. Tanzânia), onde o manejo adotado foi o de pastejo rotacionado com lotação variável, para as medidas de desempenho foram executadas pesagens a cada 33 dias, e a mensuração da emissão de metano entérico através da técnica do gás traçador hexafluoreto de enxofre realizada em 12 animais da linhagem antiga e 12 da nova. No período de terminação em confinamento, os animais foram dispostos em 4 baias e receberam alimentação ad libitum durante 105 dias, o ganho de peso foi medido a cada 28 dias e para a mensuração de emissão de metano os mesmos animais avaliados a pasto, tiveram acesso ao sistema automatizado GreenFeed®. No momento do abate, foram coletadas informações sobre o peso de carcaça quente, e após 24 horas de resfriamento em câmara fria, o peso da carcaça fria, do traseiro especial, dianteiro e ponta de agulha e na desossa os pesos individuais dos cortes cárneos comerciais. A linhagem nova mostrou-se superior a antiga no período de recria nas variáveis de ganho médio diário, conversão e eficiência alimentar, não se diferenciando dos cruzados. Durante a terminação em confinamento, foi observado o mesmo em relação ao ganho médio diário, já em relação ao consumo, a linhagem nova e os cruzados apresentaram maiores ingestões de alimento comparados à linhagem antiga, enquanto a conversão alimentar dos animais cruzados apresentou maior valor comparados às das linhagens. Na recria a pasto, para se obter maiores ganhos de peso, melhor conversão alimentar e eficiência alimentar, devem ser utilizados animais resultantes de processos de seleção genética. A seleção genética para características de desempenho produtivo não garante animais com menores emissões de metano em condições de pastejo. Nos animais em fase de terminação em confinamento, o maior ganho de peso, melhor conversão alimentar e melhor acabamento de carcaça são obtidos através da utilização de animais resultantes de processos de seleção genética. O mesmo tipo de seleção para características de desempenho produtivo em confinamento leva a maiores consumos diários de alimento e consequentemente a maiores emissões de metano diárias. / The objective of this study was to evaluate steers resulting from the genetic selection of different Canchim (5/8 Charolais, 3/8 Zebu) lineages, rearing to pasture and finished in feedlot, in relation to feed intake, performance, enteric methane emission, carcass traits and retail cuts. The experiment was carried out at the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Southeast Livestock, São Carlos / SP. A total of 46 Canchim steers (15 months, 291 kg live weight) were used, 13 from the ancient lineage, 20 from the new lineage and 13 from the mating between these lineages. The ancient lineage is kept as a closed herd since 1953 and was formed by 53 Charolais bulls imported from France. The new lineage originated from 1990 with the use of Charolais bulls from different origins (Argentina, Brazil, the United States, France, England), and from 1998 the crossed lineage was formed with the mating between the two lineages. During grazing (165 days), the animals were housed in an pasture area (Panicum maximum cv. Tanzania), where the management used was rotational grazing with variable stocking, for the performance measures were performed weighing every 33 days, and the measurement of the enteric methane emission through the sulfur hexafluoride tracer gas technique was performed in 12 animals of the ancient and 12 of the new lineage. In feedlot the animals were housed in 4 pens and fed ad libitum for 105 days. The weight gain was measured every 28 days and as for the measurement of methane emission the same animals evaluated on pasture had access to the GreenFeed® automated system. Information on the hot carcass weight was collected at the time of slaughter and after 24 hours of cooling in the cold chamber, the weights of the cold carcass, of the special hind, fore and spare ribs, and the individual weights of the retail cuts in boning. The new lineage was superior to the ancient one in the rearing period in the variables of average daily gain, conversion and feed efficiency, not differing from the animals crossed. During feedlot, it was observed the same in relation to the average daily gain, already in relation to intake, the new lineage and the crossbreeds presented higher feed intakes compared to the ancient lineage while the feed conversion of the crossed animals presented higher value compared with the new and ancient lineages. In pasture recreating, in order to obtain greater weight gains, better feed conversion and feed efficiency, animals resulting from genetic selection processes must be used. Genetic selection for performance traits does not guarantee animals with lower methane emissions under grazing conditions. For feedlot animals, the highest weight gain, better feed conversion and better carcass finishing are obtained through the use of animals resulting from genetic selection processes. The same type of selection for traits of performance in feedlot leads to higher daily feed intake and consequently to higher daily methane emissions.

O transporte de materiais radioativos deve ser realizado em embalados capazes de suportar tanto condições normais, quanto acidentais de transporte. O objetivo deste trabalho foi a seleção de materiais que possam viabilizar a fabricação de um embalado para o transporte de substâncias que sejam fontes de alta radioatividade, em especial o Mo-99, cujo produto do decaimento radioativo é o Tc-99m, utilizado para fins diagnósticos na medicina nuclear. Para tanto, foi realizada a seleção dos possíveis materiais que podem ser utilizados para a fabricação de um embalado, com o auxílio do programa CES EduPack e a metodologia desenvolvida por Ashby. O programa ESTAR foi utilizado para verificar a ocorrência de radiação de freamento e o programa XCOM para o cálculo do coeficiente de atenuação da radiação gama de alguns dos materiais selecionados para compor a blindagem do embalado. Posteriormente, a espessura necessária para a blindagem da radiação foi calculada. A partir dos resultados obtidos, os materiais selecionados como candidatos potenciais para a fabricação da blindagem foram as ligas de tungstênio. Com relação à parte do embalado que oferece isolamento térmico e proteção ao impacto, destacam-se as madeiras, os aglomerados e os compensados. No que concerne ao revestimento interno e externo, os materiais selecionados se concentram nos aços. / The transport of radioactive materials must be done in packages able to withstand both normal and accidental conditions of transport. The aim of this work was the material selection that can enable the manufacture of a package for the transport of substances which are of high radioactivity sources, especially Mo-99, whose radioactive decay product is Tc-99m, used for diagnosis purposes in nuclear medicine. For this, the selection of possible materials that can be used for the manufacture of the main parts of the package was performed with the aid of CES Edupack program and the methodology developed by Ashby. The ESTAR program was used to check occurrence of Bremsstrahlung and the XCOM program was used to calculate the attenuation coefficient of gamma radiation from some of the selected materials for the shield. After, the thickness needed for the radiation shielding was calculated. From the results, the materials selected as potential candidates for the manufacture of the shielding was the tungsten alloys. Related to the thermal insulation and the impact protection, woods, plywoods and particleboards stand out. With regard to internal and external recipients, the selected materials focus on steels.

Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-03-15T14:26:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TAUANEFERNANDES.pdf: 776976 bytes, checksum: 358dd4206f290b5e1e35c011e7b4fcf5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T14:26:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TAUANEFERNANDES.pdf: 776976 bytes, checksum: 358dd4206f290b5e1e35c011e7b4fcf5 (MD5) Previous issue date: 2015-10-23 / The objective was to verify the presence of genetic polymorphisms calpastatin gene (CAST) and Calpain gene (CAPN) and analyze associations between carcass characteristics and quality of sheep meat. 47 Pantanal sheep and 40 sheep race without properly set were used. Blood samples were collected from 87 sheep and genomic DNA was extracted using organic solvents. Reactions were performed by polymerase chain reaction (PCR) for both markers. For CAST marker was used to PCR- RFLP technique with the MspI restriction enzyme, and the CAPN marker was used PCR-SSCP technique. The most frequent genotypes for the MM were cast (74%) and MN (25%) and the CAPN were AA (51.5%) and AB (17.5%). For sheep group undefined breed the AA genotype was significantly associated the following characteristics: hot carcass yield; Cold carcass yield; Brightness of the Longissimus dorsi; Semimembranosus shear strength and shear strength of the Longissimus dorsi, AB genotype was significantly associated to the characteristics of: hot carcass yield; Cold carcass yield; Brightness of the Longissimus dorsi; Water retention capacity of Semimembranosus and Semimembranosus shear force. Finally the AA genotype was significantly associated to yield hot carcass characteristics and capacity of the Longissimus dorsi water retention. For the Pantanal sheep Group AA genotype was significantly associated to water retention capacity of the Longissimus dorsi. The AB genotype was significantly associated to the characteristics of: color; Yellow pigments (b) of the Longissimus dorsi and ribeye area. For the Pantanal sheep MN genotype was significantly associated to the characteristics of: hot carcass weight and cold carcass weight. These associations indicate the productive potential of these animals. In this respect there is little information available serve new studies to understand the association of CAST and CAPN gene with carcass characteristics and meat quality, making the use of these markers an indispensable tool for selection and conservation of animals presented genes. / Objetivou-se verificar a presença dos polimorfismos genéticos do gene da Calpastatina (CAST) e do gene da Calpaína (CAPN) e analisar associações entre as características de carcaça e qualidade da carne de ovinos. Foram utilizados 47 ovinos pantaneiros e 40 ovinos sem raça propriamente definida. Amostras de sangue foram coletadas de 87 ovelhas e o DNA genômico foi extraído utilizando solventes orgânicos. Foi realizada reações da cadeia da Polimerase (PCR) para ambos marcadores. Para o marcador CAST foi utilizada a técnica PCR-RFLP com a enzima de restrição MspI, e para o Marcador CAPN foi utilizada a técnica de PCR-SSCP. Os genótipos para o CAST foram: MM, MN e NN; e para o CAPN foram: AA, AB, AC, BB. Os genótipos mais frequentes para o CAST foram MM (74%) e MN (25%) e para o CAPN foram AA (51,5%) e AB (17,5%). Para o grupo de ovinos Sem Raça Definida o genótipo AA mostrou associação significativa as seguintes características: Rendimento de carcaça quente; Rendimento de carcaça fria; Luminosidade do Longissimus dorsi; Força de cisalhamento do Semimembranosus e Força de cisalhamento do Longissimus dorsi, O genótipo AB apresentou associação significativa para as características de: Rendimento de carcaça quente; Rendimento de carcaça fria; Luminosidade do Longissimus dorsi; Capacidade de Retenção de água do Semimembranosus e Força de cisalhamento do Semimembranosus. Por fim o genótipo AC apresentou associação significativa para as características de Rendimento de carcaça quente e Capacidade de Retenção de água do Longissimus dorsi. Para o grupo de ovinos pantaneiros de genótipo AA mostrou associação significativa para Capacidade de Retenção de água do Longissimus dorsi. O genótipo AB apresentou associação significativa para as características de: Cor; Pigmentos amarelos (b) do Longissimus dorsi e Área de olho de lombo. Para os ovinos pantaneiros o genótipo MN apresentou associações significativas para as características de: Peso de carcaça quente e peso de carcaça fria. Essas associações indicam o potencial produtivo destes animais. Sobre este aspecto há poucas informações disponíveis novos estudos serviriam para compreender a associação do gene CAST e CAPN com características da carcaça e qualidade de carne, tornando o uso desses marcadores uma ferramenta indispensável pra seleção animal e conservação dos genes apresentados.

Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-04-27T18:06:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) ELAINEGALDEIA.pdf: 962237 bytes, checksum: 3b41ec5db03122e7d9c0c481589f9ffc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T18:06:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) ELAINEGALDEIA.pdf: 962237 bytes, checksum: 3b41ec5db03122e7d9c0c481589f9ffc (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / The experiment was conducted on the premises of the Federal University of Grande Dourados –UFGD, Dourados-MS, from November 2012 to November 2013 were studied in 19 genotypes of forage grasses, and 17 accessions of Paspalum spp., Urochloa brizantha. Palisade, and Panicum maximum cv. Tanzania. The aim of the study was to characterize the genotypes in relation to anatomical attributes and chemical composition of leaf blades and from these assessments discriminate the most promising materials as the qualitative potential, in order to support the improvement program. The experimental design was a randomized complete block with five replications. There were three cuts of forage for evaluations. The mean anatomical and chemical characteristics were compared by the Scott-Knott test at 5% probability by the computer program SAEG (2007). Analysis of linear correlation between chemical and anatomical characteristics were obtained using the computer application (SAS 2007). Considering the levels of CP, NDF and digestibility of forage materials that deserve mention were BRA23566, BRA1112 and BRA22540 with CP concentration high and low NDF and high IVDMD. Based on studies of anatomical characterization genotypes that were stood BRA23566, BRA23558, BRA1112, BRA22811. It was concluded that the most promising genotypes regarding the qualitative potential would be the BRA23566 and BRA1112 and that would be needed further evaluation of the chemical composition of the cell wall to indicate which components influence the low digestibility of the genotypes tested. / O experimento foi conduzido nas dependências da Universidade Federal da Grande Dourados - UFGD, Dourados-MS, no período de novembro de 2012 a maio de 2013. Estudaram-se 19 genótipos de gramíneas forrageiras, sendo 17 acessos de Paspalum spp., Urochloa brizantha cv. Marandu, e Panicum maximum cv. Tanzânia-1. O objetivo do trabalho foi caracterizar os genótipos quanto aos atributos anatômicos e de composição química das lâminas foliares e a partir dessas avaliações discriminar os materiais mais promissores quanto ao potencial qualitativo, a fim de subsidiar o programa de melhoramento. O delineamento experimental utilizado foi de blocos casualizados com cinco repetições. Realizaram-se três cortes da forragem para as avaliações. As médias das características anatômicas e químicas foram comparadas pelo teste de Scott-Knott a 5% de probabilidade por meio do programa computacional SAEG (2007). As análises de correlação linear entre as características químicas e anatômicas foram obtidas utilizando-se o aplicativo computacional SAS (2007). Considerando os teores de PB, FDN e a digestibilidade da forragem, os materiais que merecem destaque foram BRA23566, BRA1112 e BRA22540 com teores de PB alto e baixo FDN e elevada DIVMS. Com base nos estudos de caracterização anatômica os genótipos que se destacaram foram BRA23566, BRA23558, BRA1112, BRA22811. Conclui-se que os genótipos mais promissores quanto ao potencial qualitativo seriam o BRA23566 e BRA1112 e que seriam necessárias outras avaliações da composição química da parede celular para indicar quais os componentes que influenciaram na baixa digestibilidade dos genótipos avaliados.

Este estudo teve por objetivo verificar as variáveis somato-motoras dos atletas de atletismo do Estado do Rio Grande do Sul, nas categorias pré-mirim (12 e 13 anos de idade), mirim (14 e 15 anos de idade) e menor (16 e 17 anos de idade), em ambos os sexos. Os atletas da amostra (63 do sexo masculino e 48 do sexo feminino) foram divididos em 3 grupos de provas: potência de membros inferiores (PMI), potência de membros superiores (PMS) e resistência (R), seguindo como critério os resultados obtidos em competições no ano de 2001. Foram realizadas 11 medidas somáticas, incluindo estatura, envergadura, massa corporal, pregas de adiposidade subcutâneas, diâmetros e perímetros. O somatotipo foi determinado de acordo com o método de Heath-Carter. Entre os testes utilizados, estão o teste do quadrado (agilidade), salto horizontal (força explosiva de membros inferiores), corrida de 20 metros (velocidade), arremesso de medicine ball de 2 kg (força explosiva de membros superiores), teste de sentar e alcançar – “sit and reach” (mobilidade articular), sit-ups (força-resistência abdominal 60 segundos). Para descrever os resultados foi utilizado a estatística descritiva usual, com médias e desvios-padrão; para as análises inferenciais, foi utilizada a analise de variância ANOVA. O programa estatístico utilizado foi o SPSS 8.0. No sexo feminino os resultados foram muito semelhantes, sugerindo um grupo muito homogêneo entre as atletas. Os atletas do sexo masculino apresentaram diferenças estatísticas, principalmente entre as categorias pré-mirim e mirim e entre as categorias pré-mirim e menor. As diferenças entre as categorias mirim e menor foram mínimas. Recomenda-se uma atenção maior para a variável de flexibilidade que apresentou valores inferiores aos das avaliações do Projeto Esporte Brasil (PROESP-BR). As variáveis somáticas são os principais fatores para a determinação dos grupos de provas, quando os atletas ingressam na categoria pré-mirim. Na mesma categoria,houve diferenças estatisticamentesignificantes em relação às variáveis motoras entre os grupos de provas (PMI, PMS, R).

Este estudo teve como objetivo selecionar os descritores botânico-agronômicos que melhor se prestam para caracterizar acessos das espécies paspalum guenoarum e paspalum plicatulum. Através de componentes principais, baseando-se nos artigos de Jolliffe (1972 e 1973). Foram avaliados 15 descritores reprodutivos, 22 vegetativos e 21 agronômicos, sendo que os agronômicos compreenderam 7 descritores para a avaliação anual, 7 descritores para a avaliação de inverno e 7 descritores para a avaliação de verão. Após a seleção de descritores reprodutivos, vegetativos e agronômicos separadamente, foi realizada uma análise de componentes principais considerando estes caracteres conjuntamente. A fim de se proceder a uma nova seleção. O método utilizado permitiu uma redução de 53%, 68% e 43%. Dos descritores reprodutivos, vegetativos e agronômicos, respectivamente, do conjunto inicialmente considerado. Como descritores importantes destacaram-se: PR, CE, EFL (reprodutivos), DIPB, CMB, LMBBASE (vegetativos) e PORMSANO, DIVERAO (agronômicos), o que representa um descarte de 86% do total de descritores utilizados na caracterização dos acessos. Verificou-se também que os descritores agronômicos por serem mais influenciados por fatores ambientais tiveram uma menor participação nesta caracterização, uma vez que dos oito descritores selecionados, seis foram reprodutivos e vegetativos. Para os descritores vegetativos o método de descarte não foi tão satisfatório quanto para os demais, devendo-se ressaltar que suas estimativas podem não ter refletido com boa exatidão as associações existentes entre os mesmos tendo em vista o pequeno número de acessos (26) e a quantidade elevada de descritores (22) considerados. O método de componentes principais mostrou-se útil para selecionar os descritores mais importantes na descrição da variabilidade presente na coleção de acessos do germoplasma estudado / not available

Os genes HLA (Antígenos leucocitários humanos) estão localizados no Complexo Principal de Histocompatibilidade humano (o MHC), e possuem os maiores níveis de variação do genoma, com milhares de alelos, altas taxas de heterozigose e diversidade nucleotídica. No presente estudo, nosso objetivo foi a identificação dos principais alvos da seleção natural nos genes HLA. Para isso, propusemos duas abordagens que resultaram na redação de dois manuscritos. Na primeira abordagem, nós testamos a hipótese de que os principais alvos da atuação da seleção natural nas moléculas HLA seriam os aminoácidos que compões os sítios que ancoram os peptídeos antigênicos (os bolsões B e F da região de ligação de peptídeos (PBR)). Para isso, utilizamos um conjunto de dados de 6.435 e 6.409 indivíduos genotipados para os genes HLA-A e -B respectivamente, gerados para o 13º Workshop Internacional de Histocompatibilidade (IHW) e pertencentes a 55 populações espalhadas por todos os continentes. Nós estimamos a diversidade nucleotídica (&PI;) das sequências que codificam para os bolsões B e F e comparamos esses dados com os obtidos de outros bolsões da PBR. Concomitantemente, utilizamos a classificação de alelos dos locos HLA-A e -B em supertipos, que são agrupamentos alélicos com similaridades nos perfis de ligação de peptídeos, devido a semelhanças em aminoácidos específicos dos bolsões B e F. Nós descrevemos os padrões observados de variação dos supertipos e desenvolvemos um teste de hipótese onde comparamos os estimadores observados de diferenciação populacional (Gst) e diversidade genética (taxa de heterozigose (He) e número de alelos (k)) com os obtidos a partir de 10.000 réplicas constituídas por agrupamentos aleatórios de alelos. O bolsão B foi a região que apresentou os maiores níveis de diversidade no gene HLA-B (p <0,00001, teste de soma de ranques de Mann-Whitney) e boa parte de sua variação está estruturada entre os supertipos desse mesmo loco. Além disso, os padrões observados de variação nos supertipos de HLA-B não foram reproduzidos pelos agrupamentos aleatórios de alelos (com 98 % das simulações apresentando valores de Gst menores do que os observados, utilizando as amostras africanas, europeias e asiáticas). Esse resultado indicou que os supertipos e consequentemente as especificidades do bolsão B estão significativamente estruturas entre as populações, um indicativo de adaptações locais aos patógenos específicos de diferentes regiões geográficas. Esses mesmos padrões não foram reproduzidos na análise do loco HLA-A, pois boa parte da variação no PBR desse gene não está localizada nos bolsões B e F. Além disso, as simulações envolvendo os supertipos de HLA-A reproduziram mais frequentemente os padrões observados de variação, indicando que os bolsões B e F não são os principais alvos da seleção nesse gene, ou que os níveis de seleção em HLA-A sejam menores dos atuantes em HLA-B. Na segunda abordagem, o nosso principal objetivo foi a identificação de genes que contribuíram para a adaptação local das populações nativas das Américas, que teria ocorrido durante o recente processo de colonização desse continente. Nós sequenciamos os exons 2 e 3 dos loci de classe I HLA-B e -C e o exon 2 do loco de classe II -DRB1 em 635, 524 e 568 indivíduos, respectivamente, pertencentes a 32 populações nativas do continente Americano. Os dados de sequência foram utilizados na estimativa das frequências alélicas, taxa de heterozigose (He), grau de compartilhamento de alelos entre populações (medido pela distância de Prevosti) e desvios de neutralidade utilizando o teste D de Tajima. Nós também comparamos os padrões de variação das taxas de heterozigose obtidas a partir dos loci HLA ao longo do continente com os obtidos a partir de um conjunto de 61 microssatélites espalhados ao longo do genoma, permitindo-nos a diferenciação dos padrões provavelmente gerados pela história demográfica ou seleção natural. O loco HLA-B apresentou o maior número de pares de populações em que não observamos compartilhamento de alelos (44 pares contra 4 e 6 para os loci HLA-C e -DRB1, respectivamente) sendo que a região leste da América do Sul (SAE) foi a que apresentou os menores níveis de compartilhamento de alelos com outras regiões das Américas (39 dos 44 pares de populações continham uma população SAE). Essa maior diferenciação do gene HLA-B nas populações SAE é uma consequência da presença de alelos exclusivos dessa região, originados por eventos de conversão genica e/ou recombinação envolvendo alelos presentes em outras regiões do continente. As populações SAE também apresentaram níveis elevados de variação para o gene HLA-B, resultado evidenciado pela falta de correlação entre a diminuição da taxa de heterozigose e o aumento da distância em relação ao Estreito de Bering (r2 = -0,1117, p > 0,05), o que contrasta com a tendência geral observada nos microssatélites e genes HLA -C e -DRB1 (r2 = -0,1957, -0,2261 e -0,2637, respectivamente (p < 0,05)). Finalizando, as populações SAE apresentaram valores de D de Tajima maiores (p <0,001, teste de soma de ranques de Mann-Whitney) e mais significativos (p < 0,0000005, aplicando um teste binomial exato) no loco HLA-B, quando comparadas às populações das outras regiões. Essas diferenças entre regiões geográficas não foram observadas nos genes HLA-C e -DRB1, corroborando a explicação seletiva para o aumento da frequência dos alelos de HLA-B originados por conversão gênica/recombinação em resposta aos novos desafios ambientais das regiões tropicais na América do Sul. As conclusões obtidas a partir de ambas as abordagens do presente trabalho apontam o gene HLA-B como o principal alvo da seleção natural, uma vez que esse loco concentra as maiores evidências de atuação de seleção natural recente quando comparado aos demais genes HLA analisados. Nós também demonstramos com as análises intragênicas que o bolsão B do PBR de HLA-B concentra por boa parte das diferenças observadas entre as populações, implicando em diferenças nos perfis de apresentação de peptídeos entre essas mesmas populações, o que pode ser interpretado como um indicativo de adaptações locais aos conjuntos de patógenos presentes em distintas regiões geográficas / The Classical HLA genes (Human Leucocyte Antigens) are located in the human Major Histocompatibility Complex (the MHC) and present the highest levels of variation on the Human genome, with thousands of alleles associated with high levels of heterozygosis and nucleotide diversity. In the present study, our goal was the identification of the main targets of natural selection on the HLA genes. We proposed two different approaches to address this issue resulting in two manuscripts. At the first approach, we performed an intragenic analysis, verifying if the amino acids at the peptide-binding region (PBR) anchor positions (the B and F pockets) exhibit higher evidences of evolution under natural selection when compared with the remaining regions of the HLA molecules. To do so, we used a dataset generated for the 13th International Histocompatibility Workshop (IHW), composed by 6,435 and 6,409 individuals genotyped for HLA-A and -B respectively, belonging to 55 populations scattered along all the continents. We measured the levels of nucleotide diversity (&pi;) of the sequences coding for the B and F pockets and compared them with the remaining PBR pockets. Concomitantly, we applied the supertype classification which consists in groups of HLA-A and -B alleles which bind overlapping sets of peptides, as a consequence of sharing specific amino acids at B and F pockets and described the patterns of supertype variation in the observed data. Next, we developed a hypothesis test in which the observed patterns of population differentiation (Gst) and variability (heterozygosity (He) and number of alleles (k)), using the supertype definition, were compared with 10,000 replicates of random assigned groups of alleles. At the HLA-B locus, the B pocket presented the highest levels of variation (p < 0.00001, Wilcoxon rank sum test) and concentrated most of the differences between supertypes. Our simulations results revealed that the reassignment of alleles into random groups could not reproduce the observed patterns of population differentiation (with 98% of the simulations presenting Gst values smaller than the observed, using the African, European and Asiatic samples), indicating that supertypes and more specifically the B pocket specificities are significantly structured among populations, which could be an indicative of adaptations to local pathogens. We did not observe the same patterns at the HLA-A locus which presented relative lower levels of variation at B and F pockets when compared with the remaining PBR regions, and simulated values of Gst and He which often reproduced the observed data. At the second approach, our main objective was the identification of genes that contributed for local adaptation on Native American Populations because of the relatively recent colonization of the new American environments. We sequenced the exons 2 and 3 of the HLA-B and -C class I loci and the exon 2 of the -DRB1 class II locus in 635, 524 and 568 individuals, respectively, belonging to 32 different Native American Populations scattered along all the Americas. We estimated the allele frequencies, expected heterozygosity (He), degree of allelic sharing between populations (measured by the Prevost\'s Distance) and departure from neutral expectation using the Ewens-Watterson (EW) and Tajima\'s D test. Concomitantly, we used a dataset of 61 microsatellites scattered along the genome as a demographic control, comparing the degree of variation of the heterozygosity along the continent. The HLA-B locus showed the highest number of pairs of populations in which we did not observe any sharing of alleles (44 pairs against 4 and 6 for HLA-C and -DRB1 loci, respectively) and the Eastern South American (SAE) region was the one presenting the smallest levels of allelic sharing with other American regions at this locus (39 out the 44 pair of populations contained a SAE population). The presence of exclusive gene conversion and/or recombination alleles accounts for the higher differentiation of SAE populations at the -B locus. The -B locus also exhibited a higher level of variation at SAE populations which was evidenced

Resistência a Exserohilum turcicum ( Pass. ) Leonard & Suggs, agente etiológico da"queima"das folhas de milho ou helminthosporiose, é um problema importante a ser considerado no melhoramento do milho. Este trabalho teve por objetivo avaliar, em condições de casa-de-vegetação, os efeitos de um ciclo de seleção recorrente fenotípica em progênies de milho pipoca Composto Indígena para E. turcicum, e a reação de diferentes variedades de milho a isolados do patógeno procedentes de várias regiões do pais. Para a obtenção de inóculo, o patógeno foi cultivado em meio de cultura LCH ( lactose - caseina hidrolisada) e incubado a &#177; 21° C, na ausência de luz por 10 dias. A inoculação das plantas foi feita depositando-se 0,5 ml de suspensão de conídios, padronizada para 5 x 103 conídios/ml, no cartucho de plantas no estádio de 4 a 5 folhas verdadeiras. As avaliações para as reações das plantas ao patógeno foram realizadas 14 dias apôs a inoculação, utilizando-se como critério o tipo de reação apresentado plantas. Os resultados para os testes das progênies de milho pipoca Composto Indígena revelaram que, em um ciclo de seleção recorrente fenotípica, foram verificadas diferenças significativas nos níveis de resistência a E. turcicum; tendo sido detectados também ganhos consideráveis nos níveis de resistênciadas progênies quando comparadas com a população original. Os isolados de E. turcicum testados comportaram-se diferentemente quando inocula dos nos diferentes hospedeiros. Através da cultivar de milho comum Iw, com resistência monogênica, foi possível detectar diferentes raças de E. turcicum, sendo -que determinados isolados do patógeno causaram lesões necróticas do tipo suscetível neste hospedeiro, enquanto que outros não. A cultivar F352, com resistência multigênica a E. turcicum, apresentou um alto nível de resistência a todos os isolados testados. O Composto Indígena apresentou segregação para tipos de reação quando inoculada separadamente com os diferentes isolados, revelando altos níveis de resistência aos isolados testados / The purpose of this work was to evaluate, under green house condition, the effect of a phenotypic recurrent selection cicle in progenies of popcorn Composto Indígena, for resistance to E. turcicum (Pass.), and to study the variability of the pathogen. For the production of inoculum, the pathogen was cultivated on lactose-casein-hydrolysate agar medium (LCH), incubated at 21°C, in the absence of light during 10 (ten) days. The inoculation of the plants was made by depositing 0,5 ml of suspension of conidia standardized to 5 x 103 conidia/ml, in the leaf whorl of the plants in a stage of 4 to 5 crue leaves. The evaluation of the reactions of the plants to the pathogen was performed 14 days after the inoculation, using as criterion the type of reaction shown by the plants. The results obtained for the progeny tests of the popcorn lines obtained from Composto Indígena showed that in a phenotypic recurrent selection cicle significant differences were found in the levels of resistance to E. turcicum. A considerable increase in resistance of progenies in relation to the original population was observed. The isolates of E. turcicum um tested behaved differently when inoculated in the distinct hosts. Through the common corn cultivar Iw, with monogenic resistance, it was possible to detect different E. turcicum um races. Some isolates of the pathogen caused a susceptible type reaction caracterized by necrotic lesions in this host, while for other isolates this same host showed a resistance reaction caracterized by clorotic flecks or no reaction at all. The cultivar F-352, with multigenic resistance to E. turcicum, showed a high level of resistance to all the isolates tested.The Composto Indígena showed segregation in relation to types of reaction when inoculated separatedly with the different isolates, showing high level of resistance to the isolates tested