Made available in DSpace on 2016-02-26T14:51:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JulianaSanchesNieri.pdf: 1833195 bytes, checksum: 6cdfd71d35246c3553d0b5ac5cce201d (MD5) Previous issue date: 2011-03-18 / This paper aims to present a didactic intervention applied to an educational institution located in the city of Douradina MS. This intervention refers to the application of a didactic sequence (henceforth DS) about the school dissertation genre. Thus, the general objective of this research is to prove that the DS, combined with textual/interactive correction and checklists, favors the teaching of textual genres in the school environment, since it is a teaching tool potentiating / catalyzing the teaching of textual production. As theoretical basis, the research has the support on the work of the Geneva group of language teaching (Dolz, Schneuwly, Pasquier et al.) and Bronckart's epistemology social interactionist (2003, 2006), as well as the dialogic conception of language proposed by Bakhtin (2003 [1979]). In the analysis of the corpus texts of school dissertation genre, produced by students in the 3rd year of the high school from ―Escola Estadual Barão do Rio Branco‖ action, discursive and linguistic-discursive capabilities are evaluated in the written productions. The intervention shows that the teaching through DS favors a higher language proficiency of students in the textual genre production. / O presente trabalho apresenta uma intervenção didática aplicada a uma instituição de ensino localizada no município de Douradina MS. Tal intervenção refere-se à aplicação de uma Sequência Didática (doravante SD) referente ao gênero dissertação escolar. Assim, o objetivo geral dessa pesquisa é o de averiguar que a SD, aliada à correção textual-interativa e as listas de controle, favorece o ensino dos gêneros textuais no ambiente escolar, já que constitui uma ferramenta didática potencializadora/catalisadora do ensino da produção textual. Como aporte teórico, a pesquisa apoia-se nos trabalhos do grupo genebrino de didática de línguas (Dolz, Schneuwly, Pasquier et al.) e epistemológica sociointeracionista de Bronckart (2003, 2006), assim como na concepção dialógica da linguagem proposta por Bakhtin (2003 [1979]). Na análise do corpus textos do gênero dissertação escolar produzidos por alunos do 3º ano do Ensino Médio da Escola Estadual Barão do Rio Branco avaliam-se as capacidades de ação, discursivas e linguístico-discursivas das produções escritas. A intervenção permite concluir que o ensino por meio de SD favorece maior proficiência linguística dos alunos na produção do gênero em foco.

Submitted by Neusa Fagundes (neusa.fagundes@unioeste.br) on 2017-09-29T14:43:50Z No. of bitstreams: 1 Eliane_Beck2017.pdf: 1558220 bytes, checksum: bf34f2f7c7625c473cd6366f91a46a13 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-29T14:43:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eliane_Beck2017.pdf: 1558220 bytes, checksum: bf34f2f7c7625c473cd6366f91a46a13 (MD5) Previous issue date: 2017-03-17 / This research takes as an object of reflection and analysis the classroom environment and more specifically, the 'class', the moment the teacher puts the teaching work in practice. Based on studies and empirical knowledge about the subject, some questions stand out as guiding elements of the present investigation: how the teacher imagines his classroom and where that imaginary comes from, what he teaches beyond systematized knowledge and if he passes value judgments in this activity. In order to deal with this problematization, it is sought to investigate some conceptions that guide the teacher formation process towards the concepts about "class", "student" and "content". The general objective is to see if there is any gap between what theachers say that a lesson would be and what, in recorded lessons, these teachers have performed as practice. In the perspective of reaching the proposed objective, the research is based on the conception that every sequence of statements offers possibilities of interpretation. Having as theoretical reference the Discourse Analysis of the French Line, the analyzes are based on these theoretical assumptions, such as the notions of Subject and Social, Ideological and Discursive Formation, among others, that are brought to the discussion. The corpus of the research consists of discursive sequences resulting from interviews and class recordings of six teachers from an educational institution. In general, the teacher and the student are considered as representatives of determined places in the structure of a social formation, which allows constructing interpretations without the pretension of generalizations. / Esta pesquisa toma como objeto de reflexões e análise o ambiente da sala de aula e mais especificamente, a „aula‟, momento em que o professor coloca em prática o trabalho docente. A partir de estudos e de conhecimento empírico sobre a temática, alguns questionamentos se destacaram como elementos norteadores da presente investigação: como o professor imagina sua aula e de onde vem esse imaginário, o que ele ensina para além dos conhecimentos sistematizados e se ele passa juízos de valor nesta atividade. Com o intuito de trabalhar esta problematização, busca-se investigar algumas concepções que norteiam o processo de formação do professor, no que diz respeito aos conceitos sobre “aula”, “aluno” e “conteúdo”. O objetivo geral é investigar se há algum intervalo entre o que dizem os professores sobre o que seria uma aula e o que, em aulas gravadas, esses professores realizam como prática. Na perspectiva de alcançar o objetivo proposto, a pesquisa baseia-se na concepção de que toda sequência de enunciados oferece lugar à interpretação. Tendo como referencial teórico a Análise do Discurso de Linha Francesa, pautam-se as análises nestes pressupostos teóricos, como as noções de Sujeito e de Formação Social, Ideológica, Discursiva e Imaginária, dentre outros, que são trazidos para a discussão. O corpus da pesquisa constitui-se de sequências discursivas resultantes de entrevistas e gravações de aula de seis professores de uma instituição de ensino superior privada, de um curso de Administração. De modo geral, consideram-se o professor e o aluno como representantes de lugares determinados na estrutura de uma formação social, o que permite construir interpretações sem a pretensão de generalizações.

Submitted by Neusa Fagundes (neusa.fagundes@unioeste.br) on 2017-10-02T13:23:28Z No. of bitstreams: 1 Eliane_Beck2017.pdf: 1558229 bytes, checksum: 53042589a2321673b3f93428c7dfd5ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T13:23:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eliane_Beck2017.pdf: 1558229 bytes, checksum: 53042589a2321673b3f93428c7dfd5ff (MD5) Previous issue date: 2017-03-17 / This research takes as an object of reflection and analysis the classroom environment and more specifically, the 'class', the moment the teacher puts the teaching work in practice. Based on studies and empirical knowledge about the subject, some questions stand out as guiding elements of the present investigation: how the teacher imagines his classroom and where that imaginary comes from, what he teaches beyond systematized knowledge and if he passes value judgments in this activity. In order to deal with this problematization, it is sought to investigate some conceptions that guide the teacher formation process towards the concepts about "class", "student" and "content". The general objective is to see if there is any gap between what theachers say that a lesson would be and what, in recorded lessons, these teachers have performed as practice. In the perspective of reaching the proposed objective, the research is based on the conception that every sequence of statements offers possibilities of interpretation. Having as theoretical reference the Discourse Analysis of the French Line, the analyzes are based on these theoretical assumptions, such as the notions of Subject and Social, Ideological and Discursive Formation, among others, that are brought to the discussion. The corpus of the research consists of discursive sequences resulting from interviews and class recordings of six teachers from an educational institution. In general, the teacher and the student are considered as representatives of determined places in the structure of a social formation, which allows constructing interpretations without the pretension of generalizations. / Esta pesquisa toma como objeto de reflexões e análise o ambiente da sala de aula e mais especificamente, a „aula‟, momento em que o professor coloca em prática o trabalho docente. A partir de estudos e de conhecimento empírico sobre a temática, alguns questionamentos se destacaram como elementos norteadores da presente investigação: como o professor imagina sua aula e de onde vem esse imaginário, o que ele ensina para além dos conhecimentos sistematizados e se ele passa juízos de valor nesta atividade. Com o intuito de trabalhar esta problematização, busca-se investigar algumas concepções que norteiam o processo de formação do professor, no que diz respeito aos conceitos sobre “aula”, “aluno” e “conteúdo”. O objetivo geral é investigar se há algum intervalo entre o que dizem os professores sobre o que seria uma aula e o que, em aulas gravadas, esses professores realizam como prática. Na perspectiva de alcançar o objetivo proposto, a pesquisa baseia-se na concepção de que toda sequência de enunciados oferece lugar à interpretação. Tendo como referencial teórico a Análise do Discurso de Linha Francesa, pautam-se as análises nestes pressupostos teóricos, como as noções de Sujeito e de Formação Social, Ideológica, Discursiva e Imaginária, dentre outros, que são trazidos para a discussão. O corpus da pesquisa constitui-se de sequências discursivas resultantes de entrevistas e gravações de aula de seis professores de uma instituição de ensino superior privada, de um curso de Administração. De modo geral, consideram-se o professor e o aluno como representantes de lugares determinados na estrutura de uma formação social, o que permite construir interpretações sem a pretensão de generalizações.

Esta dissertação versa sobre o ensino de Sequências e Séries na educação básica. A questão é entender em que medida o uso da Teoria dos Registros de Representação Semiótica se mostra favorável à criação de atividades que sejam propícias à aprendizagem dos alunos. Foram elaboradas dez atividades sobre Sequências e Séries e foi feita uma aplicação de quatro destas atividades com alunos de 1a série do ensino médio. Com esta aplicação, procurou-se buscar evidências de que o uso de diversos registros de representação semiótica favorecem a aprendizagem dos alunos em Matemática. Como escopo secundário, buscamos também investigar a concepção de infinito que os alunos manifestaram durante a aplicação das atividades. Antes, porém, buscamos na história da Matemática diferentes maneiras de como filósofos e matemáticos concebiam e utilizavam o infinito. Visto que Sequências e Séries também são assunto tratados no ensino superior, foram abordadas algumas dificuldades de transição ensino básico/ensino superior tendo em vista diferenças culturais entre os dois níveis de ensino. Concluímos que o uso de materiais concretos para representação de objetos matemáticos se mostrou favorável à compreensão dos alunos e a concepção de infinito dos alunos está predominantemente ligada a ideia de infinito potencial. / The subject of this research is about teaching and learning sequences and series in primary education. The research question is to understand how favorable is the use of the theory of semiotic representation registers to create activities that help students to learn. Were created ten activities about sequences and series and four of these were chosen to be used in a classroom with 1st year students of a secondary school. By observing these activities being used in classroom, evidences were searched to evaluate if including different semiotic representation registers facilitates student\'s learning on mathematics. As a secondary aim, the student\'s infinity conception is investigated in the classroom. We also researched mathematics\' history to find different conceptions adopted by philosophers and mathematicians on infinity. As sequences and series are also studied in college, some transition difficulties (from High School to College) were discussed considering cultural differences between the two educational levels. It was concluded that concrete teaching materials to the students\' comprehension and the students\' concept of infinity is mainly linked to potential infinity.

Orientador: Anna Christina Bentes da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Estudos da Linguagem / Made available in DSpace on 2018-08-25T12:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariano_RafaelaDefendi_M.pdf: 5297623 bytes, checksum: e3025203a614cc57031fbb2da965c6ee (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Na presente pesquisa, procuramos investigar em que medida os recursos do nível textual são formatados e, de certa forma, formatam as situações de uso. Para tanto, analisamos as ações de textualização empreendidas pelos participantes do programa midiático "Manos e Minas", veiculado pela TV Cultura. Em função de um de nossos objetivos específicos ser o de demonstrar como um olhar para as ações de textualização empreendidas pelos participantes desse programa midiático pode nos auxiliar na percepção da estruturação composicional dos textos analisados, selecionamos os marcadores discursivos e as sequências textuais como unidades de análise. Para proceder, então, à análise dessas unidades, assumimos a noção de marcadores discursivos (doravante, MDs) da perspectiva textual-interativa e a noção de sequência textual proposta por Adam (2008). O corpus selecionado para análise é composto de três amostras do programa de auditório "Manos e Minas". Esse programa midiático pode ser considerado como lugar estratégico na televisão brasileira, uma vez que "Manos e Minas" se coloca como um programa de representação e de valorização de um campo de não-prestígio social e cultural: a periferia. A partir de nossas análises, observamos, no programa "Manos e Minas", relações de mútua constitutividade existentes entre (i) o emprego de certas sequências textuais e determinadas situações comunicativas desenhadas para atingir certos objetivos mais gerais do programa e entre (ii) a emergência de algumas sequências textuais e os papéis sociais específicos desempenhados pelos sujeitos dentro da estrutura de participação do programa. Também observamos que os MDs nesse programa parecem desempenhar um papel fundamental na estruturação dos microtextos produzidos pelos participantes do programa. De modo geral, podemos dizer que nossas análises deram visibilidade às inúmeras possibilidades de combinação de tipos e ações textuais, combinações estas que, em geral, são conectadas por meio de MDs. Por fim, podemos concluir que a textualidade constitutiva da produção discursiva analisada é plasmada pelas relações sociais estabelecidas entre os participantes do programa. A interação entre os interlocutores no "Manos e Minas" é fortemente marcada por um caráter fático e colaborativo, reforçado pela presença significativa dos MDs interacionais e pelo desenvolvimento de sequências textuais do tipo dialogal / Abstract: On this present research, we aim to investigate the extent in which textual-level resources are formatted and, somewhat, format the usage situations. To do that, we analyze the textualizing actions undertook by participants in media production "Manos e Minas", transmitted by TV Cultura. As one of our goals is to demonstrate how a deep look for the textualizing actions undertook by participants of this media production can help us to understand the compositional structuring of analyzed texts, we selected discourse markers and textual sequences as the analysis units. To proceed to the analysis of these units, we adopted discourse markers concept (from now on DMs) from textual-interactive perspective, and textual sequence concept proposed by Adam (2008). The corpus selected for analysis is composed from three samples of auditorium production "Manos e Minas". This media production can be seen as strategical spot on Brazilian television once "Manos e Minas" is situated as a production for representation and valorization of a social e cultural non-prestige field: the peripherie. From our analysis, we observed in "Manos e Minas" production an mutual constitution between (i) the use of certain textual sequences and communicative situations designed to reach more general objectives of the show; and (ii) the outbreak of certain textual sequences and the specific social roles played by subjects within the structure of participation on this auditorium TV show. We also observed that DMs on this show seems to play a critical role structuring micro texts produced by participants on the show. Overall, we can say that our analysis put into visibility the multiple combination possibilities of textual types and actions, which are generally connected through DMs. Finally, we can conclude that the textuality which constitutes this discursive production is shaped by social relationships established by its speakers. The interaction between speakers in "Manos e Minas" production is strongly marked by an phatic and collaborative nature, reinforced by significative presence of interactional DMs and development of dialogue sequences / Mestrado / Linguistica / Mestra em Linguística

Orientador: Anete Pereira de Souza. / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:31:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DaSilva_CarlaCristina_D.pdf: 7310053 bytes, checksum: 1acc7f4e6eb7811b25670f85f9563217 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A seringueira (Hevea brasiliensis), espécie nativa da Amazônia, é a maior fonte de borracha natural do mundo. Programas de melhoramento genético da seringueira têm sido cruciais para a obtenção de caracteres desejáveis. Entretanto, o ciclo de melhoramento da seringueira é muito longo (cerca de 30 anos), tornando-se essencial o desenvolvimento de novas técnicas de avaliação precoce. As bibliotecas de cDNA e Expressed Sequence Tags (ESTs) são ferramentas muito importantes em biologia molecular: possibilitam identificar genes preferencialmente expressos em tecidos ou tipos celulares e também são valiosas fontes de marcadores polimórficos, instrumentos poderosos para genotipagem e mapeamento molecular. O uso de marcadores derivados de ESTs permite construir mapas funcionais, nos quais são posicionados genes transcritos ou regiões próximas aos genes. Este tipo de mapeamento é importante para estudos de associação gene-característica, e identificação de genes candidatos. Este trabalho objetivou a construção de bibliotecas de cDNA de diferentes tecidos (painel, látex e folha) e tratamentos (exposição ao frio e infecção controlada por Microcyclus ulei) de seringueira para desenvolver sequências EST e marcadores moleculares gene-direcionados a partir destas sequências, para aumentar a saturação de um mapa integrado baseado em microssatélites, no qual identificaram 18 quantitative trait loci (QTLs) para características de crescimento, construído previamente em nosso laboratório. Foram sequenciados 10.464 clones, gerando 8.551 ESTs de alta qualidade que agrupadas formaram 5.211 unigenes. Destes, 3.582 (68,7%) apresentam similaridade com uma proteína hipotética ou expressa. Foram desenvolvidos 173 marcadores EST-SSR e 43 marcadores SNP para H. brasiliensis. 150 EST-SSRs (87%) podem estar associados a genes funcionais, e 98,8% foram transferidos para outras espécies de Hevea, sugerindo que o gênero seja um complexo formado pelas diferentes espécies. Os SNPs foram identificados em 13 ESTs similares a proteínas de resposta a estresse, desenvolvimento e síntese de látex. Seis sequências foram abundantes nas bibliotecas de exposição ao frio e análises de expressão demonstraram que a expressão de cinco sequências aumentou durante o experimento, principalmente a expressão de duas sequências que foi aumentada mais de 70 vezes. Dos EST-SSRs desenvolvidos, 46 foram genotipados na população segregante F1 com 270 indivíduos, e estes marcadores foram adicionados ao mapa genético de seringueira, totalizando 330 marcadores. O programa OneMap foi usado para a construção do mapa que possui 3.068,9 cM de extensão e 22 grupos de ligação (LGs). Cinco locos foram mapeados em regiões QTL, e os transcritos de três são similares a proteínas de resposta a estresse e desenvolvimento. Estes locos podem ser genes candidatos para estudos relacionados a características de crescimento em seringueira. Até o momento, este é o primeiro trabalho em seringueira que combina análises de ESTs de diferentes tecidos e tratamentos, e análises sobre a exposição a baixas temperaturas, em vários genótipos de seringueira. Os novos marcadores adicionados ao mapa poderão auxiliar na identificação de genes de interesse e de QTLs para outras características de importância agronômica. Os vários marcadores gene-direcionados desenvolvidos serão utilizados para mapeamento e posicionamento de possíveis genes em outras populações de mapeamento que estão sendo avaliadas no Laboratório de Análise Genética e Molecular / Abstract: Rubber tree (Hevea brasiliensis), native species of the Amazon, is world¿s major source of natural rubber. Rubber tree breeding programs have been fundamental for the selection of desirable traits. However, the breeding cycle is time consuming (around 30 years), which makes the development of new techniques for early evaluation a necessity. cDNA libraries and Expressed Sequence Tags (ESTs) are very important tools in molecular biology: they enable the identification of genes preferentially expressed in tissues or cellular types and are also a valuable resource of polymorphic markers, powerful instruments for genotyping and molecular mapping. The use of EST-derived markers allows the construction of functional maps, wherein expressed genes or regions near genes are positioned. This type of mapping is important for gene-trait association studies and candidate genes identification. The present study aimed at the construction of cDNA libraries from different tissues (panel, latex and leave) and treatments (cold exposure and Microcyclus ulei controlled infection) of rubber tree for the development of EST sequences and gene-targeted molecular markers, to raise the saturation of a microsatellite-based integrated genetic map previously constructed in our laboratory, in which 18 quantitative trait loci (QTLs) related to growth traits were identified. Sequencing of 10.464 clones generated 8,551 high quality ESTs that were clustered into 5,211 unigenes. Among these, 3,582 (68.7%) showed similarity to a hypothetical or expressed protein. A total of 173 EST-SSR and 43 SNP markers were developed for H. brasiliensis. 150 SSRs (87%) could be associated with functional genes, and 98.8% were transferred to other Hevea species, suggesting that the genus is a complex formed by different species. The SNP markers were identified in 13 ESTs that showed similarity to stress response, development and latex biosynthesis proteins. Six sequences were highly abundant in the cold exposure libraries and expression analyses demonstrated that five sequences were up-regulated during the exposure, with emphasis to two sequences with more than 70-fold increase in expression. From the developed EST-SSRs, 46 were genotyped in the segregating F1 population comprised of 270 plants. These markers were added to the genetic map, which know contains a total of 330 markers. The OneMap software was used for the map construction that now has 3,068.9 cM and 22 linkage groups. Five loci were mapped into QTLs, and transcripts of three of them present similarity to proteins involved in stress response and developmental processes. These loci may be candidate genes for studies related to rubber tree growth traits. To our knowledge, this is the first work in rubber tree that combines analyses of ESTs from different tissues and treatments, and to analyze sequences under cold stress, in several H. brasiliensis genotypes. The new positioned markers may help in the identification of genes of interest and QTLs for other agronomic important traits. The several gene-targeted markers developed here will be used in the mapping and positioning of possible genes in other mapping populations that are now being evaluated at Genetics and Molecular Analysis Laboratory / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Zanoni Dias / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-22T15:29:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_AndreAtanasioMaranhao_D.pdf: 2248939 bytes, checksum: b57ed5328b80a2fc7f36d1509558e756 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Alinhamento de seqüências é, reconhecidamente, uma das tarefas de maior importância em bioinformática. Tal importância origina-se no fato de ser uma operação básica utilizada por diversos outros procedimentos na área, como busca em bases de dados, visualização do efeito da evolução em uma família de proteínas, construção de árvores filogenéticas e identificação de motifs preservados. Seqüências podem ser alinhadas aos pares, problema para o qual já se conhece algoritmo exato com complexidade de tempo O(l2), para seqüências de comprimento l. Pode-se também alinhar simultaneamente três ou mais seqüências, o que é chamado de alinhamento múltiplo de seqüências (MSA, do inglês Multiple Sequence Alignment ). Este, que é empregado em tarefas como detecção de padrões para caracterizar famílias protéicas e predição de estruturas secundárias e terciárias de proteínas, é um problema NP - Difícil. Neste trabalho foram desenvolvidos métodos heurísticos para alinhamento múltiplo de seqüências de proteína. Estudaram-se as principais abordagens e métodos existentes e foi realizada uma série de implementações e avaliações. Em um primeiro momento foram construídos 342 alinhadores múltiplos utilizando a abordagem progressiva. Esta, que é uma abordagem largamente utilizada para construção de MSAs, consiste em três etapas. Na primeira delas é computada a matriz de distâncias. Em seguida, uma árvore guia é gerada com base na matriz e, finalmente, o MSA é construído através de alinhamentos de pares, cuja ordem é definida pela árvore. Os alinhadores desenvolvidos combinam diferentes métodos aplicados a cada uma das etapas. Para a computação das matrizes de distâncias foram desenvolvidos dois métodos, que são capazes também de gerar alinhamentos de pares de seqüências. Um deles constrói o alinhamento com base em alinhamentos locais e o outro utiliza uma função logarítmica para a penalização de gaps. Foram utilizados ainda outros métodos disponíveis numa ferramenta chamada PHYLIP. Para a geração das árvores guias, foram utilizados os métodos clássicos UPGMA e Neighbor Joining. Usaram-se implementações disponíveis em uma ferramenta chamada R. Já para a construção do alinhamento múltiplo, foram implementados os métodos seleção por bloco único e seleção do par mais próximo. Estes, que se destinam a seleção xiii do par de alinhamentos a agrupar no ciclo corrente, são comumente utilizados para tal tarefa. Já para o agrupamento de um par de alinhamentos, foram implementados 12 métodos inspirados em métodos comumente utilizados - alinhamento de consensos e alinhamento de perfis. Foram feitas todas as combinações possíveis entre esses métodos, resultando em 342 alinhadores. Eles foram avaliados quanto à qualidade dos alinhamentos que geram e avaliou-se também o desempenho dos métodos, utilizados em cada etapa. Em seguida foram realizadas avaliações no contexto de alinhamento baseado em consistência. Nesta abordagem, considera-se MSA ótimo aquele que estão de acordo com a maioria dos alinhamentos ótimos para os n(n ? 1)/2 alinhamentos de pares contidos no MSA. Alterações foram realizadas em um alinhador múltiplo conhecido, MUMMALS, que usa a abordagem. As modificações foram feitas no método de contagem k-mer, assim como, em outro momento, substituiu-se a parte inicial do algoritmo. Foram alterados os métodos para computação da matriz de distâncias e para geração da árvore guia por outros que foram bem avaliados nos testes realizados para a abordagem progressiva. No total, foram implementadas e avaliadas 89 variações do algoritmo original do MUMMALS e, apesar do MUMMALS já produzir alinhamentos de alta qualidade, melhoras significativas foram alcançadas. O trabalho foi concluído com a implementação e a avaliação de algoritmos iterativos. Estes se caracterizam pela dependência de outros alinhadores para a produção de alinhamentos iniciais. Ao alinhador iterativo cabe a tarefa de refinar tais alinhamentos através de uma série de ciclos até que haja uma estabilização na qualidade dos alinhamentos. Foram implementados e avaliados dois alinhadores iterativos não estocásticos, assim como um algoritmo genético (GA) voltado para a geração de MSAs. Nesse algoritmo genético, implementado na forma de um ambiente parametrizável para execução de algoritmos genéticos para MSA, chamado ALGAe, foram realizadas diversas experiências que progressivamente elevaram a qualidade dos alinhamentos gerados. No ALGAe foram incluídas outras abordagens para construção de alinhamentos múltiplos, tais como baseada em blocos, em consenso e em modelos. A primeira foi aplicada na geração de indivíduos para a população inicial. Foram implementados alinhadores baseados em blocos usando duas abordagens distintas e, para uma delas, foram implementadas cinco variações. A segunda foi aplicada na definição de um operador de cruzamento, que faz uso da ferramenta M-COFFEE para realizar alinhamentos baseados em consenso a partir de indivíduos da população corrente do GA, e a terceira foi utilizada para definir uma função de aptidão, que utiliza a ferramenta PSIPRED para predição das estruturas secundárias das seqüências. O ALGAe permite a realização de uma grande variedade de novas avaliações / Abstract: Sequence alignment is one the most important tasks of bioinformatics. It is a basic operation used for several procedures in that domain, such as sequence database searches, evolution effect visualization in an entire protein family, phylogenetic trees construction and preserved motifs identification. Sequences can be aligned in pairs and generate a pairwise alignment. Three or more sequences can also be simultaneously aligned and generate a multiple sequence alignment (MSA). MSAs could be used for pattern recognition for protein family characterization and secondary and tertiary protein structure prediction. Let l be the sequence length. The pairwise alignment takes time O(l2) to build an exact alignment. However, multiple sequence alignment is a NP-Hard problem. In this work, heuristic methods were developed for multiple protein sequence alignment. The main approaches and methods applied to the problem were studied and a series of aligners developed and evaluated. In a first moment 342 multiple aligners using the progressive approach were built. That is a largely used approach for MSA construction and is composed by three steps. In the first one a distance matrix is computed. Then, a guide tree is built based on the matrix and finally the MSA is constructed through pairwise alignments. The order to the pairwise alignments is defined by the tree. The developed aligners combine distinct methods applied to each of steps. Then, evaluations in the consistency based alignment context were performed. In that approach, a MSA is optimal when agree with the majority along all possible optimal pairwise alignments. MUMMALS is a known consistency based aligner. It was changed in this evaluation. The k-mer counting method was modified in two distinct ways. The k value and the compressed alphabet were ranged. In another evaluation, the k-mer counting method and guide tree construction method were replaced. In the last stage of the work, iterative algorithms were developed and evaluated. Those methods are characterized by other aligner's dependence. The other aligners generate an initial population and the iterative aligner performs a refinement procedure, which iteratively changes the alignments until the alignments quality are stabilized. Several evaluations were performed. However, a genetic algorithm for MSA construction stood out along this stage. In that aligner were added other approaches for multiple sequence alignment construction, such as block based, consensus based and template based. The first one was applied to initial population generation, the second one was used for a crossover operator creation and the third one defined a fitness function / Doutorado / Ciência da Computação / Doutor em Ciência da Computação

Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T14:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonin_MarianaFerreira_D.pdf: 2371085 bytes, checksum: d7c915d664efeec24397b855164c65b9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas são responsáveis por doenças que podem causar grandes perdas econômicas em diversas culturas. Esses fitopatógenos têm sido objeto de diversos estudos taxonômicos resultando em significativas alterações na classificação em nível inter e infraespecífico. O presente estudo teve por objetivo caracterizar taxonomicamente bactérias do gênero envolvendo: (1) diferenciação e análises filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas; (2) esclarecimento da posição taxonômica de linhagens classificadas como Xanthomonas sp.; (3) diferenciação de patovares da espécie X. campestris; (4) desenvolvimento de primers específicos para X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. O par de primers rpoB2F/rpoB3R, desenhado a partir de sequências do gene rpoB, foi empregado em experimentos de amplificas;ao utilizando-se DNAs de 26 espécies do gênero Xanthomonas e os produtos de amplificas;ao (800 pb) foram digeridos com diversas endonucleases. Os perfis de restrição obtidos com a utilização da enzima Hae III permitiram a diferenciação da maioria das espécies, incluindo os patógenos de mesmo hospedeiro como X. albilineans e X. sacchari (patogênicas à cana-de-açúcar); X. cucurbitae . e X. melonis (patogênicas ao melão); X. vesicatoria, X. gardneri e X. euvesicatoria/X. perforans (patogênicas ao tomateiro). Ainda, os produtos de amplificação do gene rpoB foram seqüenciados e a árvore filogenética construída a partir destas sequências também possibilitou a diferenciação das espécies do gênero, indicando que o gene rpoB pode ser considerado um marcador molecular eficiente para o estudo das relações filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas. Os DNAs de linhagens classificadas como Xanthomonas sp. também foram analisados por meio de experimentos de amplificação com primers específicos para a espécie X. axonopodis, de hibridizas;ao DNA-DNA, e analise de multilocus utilizando-se sequências dos genes rpoB, rpoA, atpA, recA e região espaçadora 16S-23S DNAr. Os resultados mostraram que as linhagens de X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae e X. sp. pv. paulliniae pertencem a espécie X. axonopodis, entretanto, não foi possível definir a posição taxonômica das linhagens de X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti e X. sp. pv. eucalypti, embora várias ferramentas tenham sido utilizadas. Assim, somente estudos complementares deverão ser conduzidos visando esclarecer a classificação dessas linhagens. Nesse estudo também foram analisadas as espécies X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. Visando a diferenciação dos patovares da espécie X. campestris, os DNAs destas linhagens foram submetidos a experimentos de PCR-RFLP do gene rpoB e as digestões duplas utilizando-se Cfo I/Mbo I. Os resultados permitiram a diferenciação dos patovares X.c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae e X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Ainda, os dados obtidos nas amilises do gene rpoB permitiram o desenvolvimento de primers específicos para as espécies X. campestris, patogênicas as crucíferas (rpoB2F/xcamR) e X. translucens, patogênicas a gramíneas e cereais (trans1F/trans2R). Alem disso, amilises de sequências da região espaçadora 16S-23S DNAr possibilitaram o desenho do par de primers mecF/mecR, especifico para X. cucurbitae e X. melonis, espécies patogênicas ao melão. A especificidade destes primers foi confirmada em experimentos de amplificação utilizando-se DNAs de algumas bactérias de diferentes gêneros isoladas de mesma espécie de plantas hospedeiras. O nível de sensibilidade da técnica de PCR utilizando-se os primers desenvolvidos foi de 0,1 pg para rpoB/xcam, de 0,01 ng para trans1F/trans2R e de 1 pg para mecF/mecR / Abstract: Xanthomonas species are responsible for diseases causing economic losses in many crops. These phytopathogens have been subject of several taxonomic studies resulting in significant changes at interespecific or infraspecific level. This study aimed the taxonomic characterization of Xanthomonas species including: (1) differentiation and phylogenetic analysis of Xanthomonas species; (2) clarification of taxonomic position of strains classified as Xanthomonas sp.; (3) differentiation of the pathovars of X. campestris; ( 4) development of specific primers for X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis. The rpoB2F/rpoB3R primers, designed from rpoB gene sequences, were employed in amplification experiments using DNAs from 26 species of Xanthomonas genus and the products (800 bp) were digested with different restriction enzymes. Profiles using Hae III allowed to differentiate the most species of the genus, including pathogens the affect the same plant host as X. albilineans e X. sacchari (pathogenic to sugarcane); X. cucurbitae e X. melonis (pathogenic to melon); X. vesicatoria, X. gardneri and X. euvesicatoria/X. perforans (pathogenic to tomato). Amplification products of the rpoB gene were sequenced and the phylpgenetic tree constructed from these sequences also allowed the differentiation of the Xanthomonas species, indicating that the rpoB gene can be used as an efficient molecular marker for phylogenetic relationships studies within the Xanthomonas genus. DNA of the strains classified as Xanthomonas sp. were also analysed by the amplification experiments using specific primers for X. axonopodis species, DNA-DNA hybridization and multilocus sequence analysis of the genes rpoB, rpoA, atpA, recA and intergenic spacer region 16S-23S rDNA. Results showed that the strains of X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae and X. sp. pv. paulliniae belong to X. axonopodis species, however, it was not possible to define the taxonomic position of X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti and X. sp. pv. eucalypti, although different approaches have been used. Thus, further studies should be conducted in order to clarify their classification. In this study X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis were also analyzed. In order to differentiate the pathovars of the X. campestris specie, the DNAs of these strains were submitted to PCR-RFLP analysis of the rpoB gene and the double digestions using Cfo I/Mbo I allowed the differentiation of the pathovars X. c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae and X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Also, the data obtained in the rpoB gene analysis allowed the development of specific primers for the species X. campestris, pathogenic to crucifers (rpoB2F/xcamR) and X. translucens, pathogenic to grasses and cereals (trans1F/trans2R). Furthermore, intergenic spacer 16S-23S rDNA sequences analysis enabled the development of the mecF/mecR primers, specific for X cucurbitae and X melonis, both pathogenic to melon. The specificity of these primers was confirmed by amplification experiments using DNAs from bacteria belonging to different genera pathogenic to the same plant hosts. Sensitivity level of the PCR technique using the primers developed was 0,1 pg for rpoB/xcam, 0,01 ng for trans1F/trans2R and 1 pg for mecF/mecR / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2513_1.pdf: 9993503 bytes, checksum: 7f2f26805cfbc368b688b42e8b937da3 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis / Este trabalho apresenta os resultados integrados dos estudos bioestratigráfico, paleoecológico e paleoambiental com base em palinomorfos, tendo como objeto de pesquisa oito afloramentos de uma seção carbonática. Estas rochas são exploradas com finalidade comerciais pelas pedreiras Nassau, Poty, Cipasa, Zebu, Cimepar-CD, Cigra, Engenho Garapu e São Clemente, correspondentes as Formações Gramame (Maastrichtiano) e Maria Farinha (Paleoceno), essa última presente apenas na porção mais superior da pedreira Poty. Estes afloramentos estão localizados entre as cidades de Recife e João Pessoa, na bacia da Paraíba, nordeste do Brasil. O principal objetivo da presente dissertação é caracterizar palinologicamente os afloramentos em análise, reconhecer as biozonas e interpretar os paleoambientes de sedimentação, evidenciando o limite Cretáceo/Terciário (K/T), a única seção aflorante no Brasil. Foram analisadas 85 amostras, de forma que cada uma representa um ciclo de mudstone e mudstones shally, em camadas com litologias específicas, possuidoras de maior conteúdo orgânico, onde é mais provável a obtenção destes fósseis. A partir das análises palinológicas efetuadas em cada afloramento foram determinadas as associações predominantes em cada seção estudada e o reconhecimento das principais formas guias. Além da análise palinológica clássica foram efetuados estudos relativos à abundância, diversidade, equitabilidade, dominância, análise de agrupamento e relações estatísticas entre estes elementos palinológicos. A partir da palinoestratigrafia, foram identificadas para a Formação Gramame a Superzonoza Crassitricolporites brasiliensis P-450, Zona Tricornites elongatus P-470 (Regali et al, 1974c) e Zona Proteacidites longispinosum, P-480 ( Regali et al, 1974c). (Regali et al, 1974c), correspondentes ao Maastrichtiano. No Paleoceno, foram reconhecidas a Superzona Proxapertites operculatus P-500 (Regali et al, 1974c) e a Zona Hystrichosphaeridium caiobensis PP-510. No limite K/T, no contato entre as Formações Gramame e Maria Farinha, cerca de 30% da população total das espécies de dinoflagelados sofreram extinção, sugerindo que, de forma geral, os dinoflagelados parecem não terem sido significativamente afetados pela redução da diversidade biótica na passagem K/T. A partir da análise paleocológica com base em alguns parâmetros como abundância, diversidade, dominância, equitabilidade, as razões estatísticas entre os grupos, e associações, foi possível inferir que durante o Maastrichtiano, a bacia da Paraíba, estava submetida a uma fase transgressiva em um ambiente de mar aberto, caracterizado como nerítico externo/batial superior, onde o influxo de terrígenos, em geral, era reduzido. Foram individualizados, a partir da distribuição da diversidade dos palinomorfos e a partir das razões de riqueza específica, os Tratos de Sistema Transgressivo e Mar Alto para a Formação Gramame. Durante o Paleoceno Inferior, passa a dominar uma fase regressiva e um ambiente nerítico médio, onde se observa um aumento significativo do influxo de terrígenos. Esse aumento relativo na proporção de formas continentais sugere que esta sequência foi depositada ainda num trato de mar alto

Orientador: Dessislava H. Kochloukova / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-07T18:15:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_ClaudenirFreire_D.pdf: 1150293 bytes, checksum: 63045fd15f6ef421699cbcf26de55d92 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Neste trabalho estudamos grupos abstratos finitamente gerados G que são extensões cindidas de um grupo abeliano A por um grupo Q nilpotente de classe 2. Mostramos que se G tem tipo homológico F P3, então o quociente G/N também tem tipo homológico F P3 onde N é o fecho normal do centro de Q em G. Observamos que não existe classificação quando G pode ter tipo FP3, nem classificação para tipo F P2 ou ser finitamente apresentável. Por causa disso nós trabalhamos com um quociente especifico de G. Ainda fica em aberto se cada quociente de G tem tipo FP3 quando G tem tipo FP3. Observamos que isso vale quando G é grupo metabeliano, nesse caso a teoria de Bieri-Strebel pode ser aplicada / Abstract: We study abstract finitely generated groups G that are split extensions from A abelian group by Q nilpotent group of class two. We show that if G has homological type FP3 then the quotient group GjN has homological type FP3 too, where N is the normal closure of the center of Q in G. Since there is no classification when G is of type FP3, nor when G is of type FP2 or finitely presented we work with one specific quotient. It is an open problem whether every quotient of G has type F P3. This holds if G is a metabelian group and in this case the Bieri-Strebel theory applies / Doutorado / Doutor em Matemática