Orientador: Suetônio de Almeida Meira / Banca: Suellen Ribeiro Pardo Garcia / Banca: Jos'e Roberto Nogueira / Resumo: O presente trabalho tem como objetivo principal apresentar a definição e propriedades de progressões geométricas de 2º grau, geralmente não trabalhadas no estudo de sequências numéricas, que é iniciado no 1º Ano do Ensino Médio. Para isto, é realizado um estudo de casos gerais para sequências e séries de números reais, para posteriormente, exibir aplicações do conceito no Ensino Médio. Inicialmente é apresentado ao aluno as definições e propriedades de sequências e séries, que requer um estudo mais aprofundado uma vez que é um assunto de maior complexidade para aplicação em turmas de ensino médio. Tais propriedades são utilizadas como ferramentas para o desenvolvimento posterior de progressões aritméticas e geométricas, tanto de 1ª como de 2ª ordem. Uma vez definidas as progressões, atividades sobre o assunto são aplicadas aos alunos para que os mesmos dissertem sobre suas facilidades e dificuldades encontradas na resolução / Abstract: The present work has as main objective to present the definition and properties of geometric progressions of 2nd degree, usually not worked in the study of numerical sequences, that is initiated in the 1st Year of High School. For this, a study of general cases for sequences and series of real numbers is carried out, later, to show applications of the concept in High School. Initially the definitions and properties of sequences and series are presented to the student, which requires a more in-depth study since it is a subject of greater complexity for application in high school classes. These properties are used as tools for the later development of arithmetic and geometric progressions, both 1st and 2nd order. Once the progressions are defined, activities on the subject are applied to the students so that they tell about their facilities and difficulties found in the resolution / Mestre

Orientador: Guillermo Rafael Beltran Navarro / Resumo: A Formação Corumbataí é uma unidade sedimentar pelítica a psamo-pelítica de idade permiana, pertencente à Supersequência Gondwana I da Bacia do Paraná, sobre a qual poucos estudos foram realizados quanto à proveniência e suas implicações paleoambientais. Este trabalho visa preencher estas lacunas, apresentando correlações de composição e de proveniência entre seções aflorantes da Formação Corumbataí nos município de Rio Claro (SP), Santa Rosa de Viterbo (SP) e Mineiros (GO), e uma seção aflorante da Formação Serra Alta (Permiano da Bacia do Paraná, correlacionável com a base da Formação Corumbataí) no município de Cesário Lange (SP), bem como suas implicações paleoclimáticas, paleogeográficas e possíveis implicações na compreensão dos mecanismos de abertura do Atlântico Sul. Os dados mostram que as rochas permianas sobrejacentes à Formação Irati que ocorrem nas áreas de estudo são classificadas quimicamente com mais frequência como “wackes” e litoarenitos, formados por sedimentos derivados predominantemente de rochas sedimentares e/ou metassedimentares e ígneas ácidas, com a região de Cesário Lange discordando das demais regiões por indicar contribuição exclusiva de rochas supracrustais. Em se tratando das amostras da Formação Corumbataí, a maturidade química e textural aumenta de norte em direção a sul, bem como o grau de submissão dos sedimentos originais ao processo de reciclagem sedimentar. As rochas sedimentares foram depositadas em ambientes tectonicamente quiescentes, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Corumbataí Formation is a pelitic to psammo-pelitic sedimentary unit of Permian age, belonging to the Gondwana I Supersequence of the Paraná Basin, about which few studies have been conducted regarding its provenance and its paleoenvironmental implications. This work aims to fill these gaps, presenting correlations of composition and provenance between outcropping sections of the Corumbataí Formation in the municipalities of Rio Claro (SP), Santa Rosa de Viterbo (SP) and Mineiros (GO), and an outcropping section of the Serra Alta Formation (Permian of the Paraná Basin, correlated with the base of the Corumbataí Formation) in the municipality of Cesário Lange (SP), as well as its paleoclimatic and paleogeographic implications and possible implications in the understanding of the opening mechanisms of the South Atlantic. The data show that the Permian rocks overlying the Irati Formation that occur in the study areas are most commonly chemically classified as “wackes” and lithoarenites, formed by sediments derived predominantly from sedimentary and/or metasedimentary and acidic igneous rocks, with Cesário Lange region disagreeing with the other regions as it indicates exclusive contribution of supracrustal rocks. Regarding the Corumbataí Formation samples, the chemical and textural maturity increases from north to south, as well as the degree of submission of the original sediments to the sedimentary recycling process. The sedimentary rocks have been deposited in tectonicall... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

B. diazoefficiens CPAC 7 e B. japonicum CPAC 15 são estirpes brasileiras de Bradyrhizobium que apresentam grande relevância para o cultivo da soja, pois são capazes de fornecer nitrogênio para a produção desta leguminosa através do processo de fixação biológica de nitrogênio (FBN), uma técnica sustentável e de baixo custo. Por esse motivo, tais bactérias são de grande interesse, e seu estudo contribui na compreensão do processo complexo e orquestrado por um conjunto de genes específicos que culmina no estabelecimento da simbiose. A estirpe CPAC 7 possui maior eficiência em fixar N2 , e a CPAC 15 destaca-se pela sua competitividade. Recentemente, o genoma de cada uma foi sequenciado na tentativa de conhecer seu conteúdo gênico e identificar os fatores genéticos responsáveis pelas diferenças no desempenho simbiótico. Apesar de ter sido encontrado alguns rearranjos, os genoma mostraram-se sintênicos na sua maioria. Entretanto, o fato de haver muitas transposases ao redor dos genes, principalmente na ilha simbiótica, e devido a presença de muitos genes hipotéticos, representando uma limitação no conhecimento, nos motivou a realizar o presente estudo, onde exploramos estes dois genomas. Portanto, os objetivos deste estudo foram de definir a população de elementos de transposição (TEs) que compõe estes genomas, avaliar se os elementos completos podem estar impactando os genes de alguma forma; explorar as proteínas hipotéticas, tentando identificar novas funções que possam estar associadas com a interação soja-Bradyrhizobium e apontá-las para estudos experimentais futuros; e ainda explorar os genes exclusivos das regiões atípicas dos genomas, sendo que para isso, nós também desenvolvemos uma nova metodologia, baseada na máxima entropia (ME), que pode ser utilizada em novos estudos genômicos a partir da simples sequência nucleotídica. Todas as análises deste estudo foram realizadas in silico. Estudando os TEs, identificamos 33 novas sequências de inserção, sendo que algumas destacaram-se por terem potencial impacto nos genes associados com a simbiose destas bactérias, como nopAN, nopAG, rhcU, modC e hypB. Explorar as proteínas hipotéticas nos permitiu reduzir a porcentagem de hipotéticas dos genomas. Adicionamos novas informações à 1.204 proteínas, das quais muitas apresentaram similaridade com proteínas comprovadamente associadas com a interação planta-bactéria, em condições de simbiose e/ou patogenicidade, como proteínas envolvidas na motilidade e adesão celular, fatores de virulência, proteínas secretoras e efetoras, entre outras. Além disso, a metodologia ME, desenvolvida neste estudo com o intuito de direcionar análises genômicas para regiões atípicas, quando comparada com outras ferramentas existentes, mostrou-se superior em termos de eficiência e tempo de execução computacional. Nas regiões genômicas apontadas pela ME nos dois genomas de interesse, identificamos 269 genes exclusivos de CPAC 7 e 368 de CPAC 15, sendo que destacamos aqueles com potencial relação com as diferenças simbióticas das estirpes, como o gene fixW, noeE, rtxA e nex18. Assim, os resultados obtidos neste trabalho vêm expandir nosso conhecimento sobre os genomas destas estirpes. Destacando ainda, importantes diferenças que podem estar associadas com a habilidade simbiótica de cada bactéria. / B. diazoefficiens CPAC 7 and B. japonicum CPAC 15 are Brazilian Bradyrhizobium strains of great importance for soybean cultivation, since when in a symbiotic state they provide nitrogen for the crop through the biological nitrogen fixation process (BNF), a sustainable technique and low cost. For this reason, such bacteria represent great interest and have been widely studied, once the symbiotic establishment is a complex process and orchestrated by a specific set of genes. The CPAC 7 strain has a higher efficiency to fix N2 , while CPAC 15 stands out for its competitiveness. Recently, their genomes were sequenced in an attempt to gain knowledge about their gene content and to identify the genetic factors responsible for differences in their symbiotic performance. Despite having identified some rearrangements, the majority of genomes showed syntenic. However, the fact that there are many transposases around the genes, especially in symbiotic island, and due to the presence of many hypothetical genes, representing a limitation on knowledge, motivated us to conduct this study, which explored these two important genomes. Therefore, the objectives of this study were to define the population of transposable elements (TEs) present in these genomes and to verify whether such TEs could be impacting the genes somehow; to study the hypothetical proteins, trying to identify new features that may be associated with the soybean-Bradyrhizobium interaction and point them for future experimental studies; and to explore the exclusive genes from atypical regions of both genomes, and for that, we have also developed a new methodology, based on maximum entropy (ME), which can be used in new genomic studies. All analyzes in this study were performed in silico. Studying the TEs, we identified 33 new insertion sequences, and some stood out for having potential impact on genes associated with the symbiosis of these bacteria, such as nopAN, nopAG, rhcU, modC and hypB. As a consequence of improving the annotation of hypothetical proteins we were able to reduce the hypothetical percentage. Among these, we add new information to 1,204 proteins, many of which had similarity to proteins with involvement in the plant-bacteria interaction, in symbiosis and/or pathogenicity conditions, such as proteins involved in cell motility and adhesion, virulence factors, secretion proteins, effectors, among others. Moreover, the ME methodology developed in this study to direct genomic analysis to atypical regions, compared with other existing tools, it was superior in efficiency and execution time. In the genomic regions identified by the ME in both Bradyrhizobium genomes, we identified 269 exclusive genes of CPAC 7 and 368 of CPAC 15, we highlighted those with potential involvement with symbiotic differences of strains, as fixW, noeE, rtxA and nex18. Thus, the results obtained in this study come to expand our knowledge about the genomes of these important bacteria. Finally, differences were identified as potential targets to be associated with the symbiotic ability of each strain to be futher studied.

A comparação de sequências finitas é uma ferramenta que é utilizada para a solução de problemas em várias áreas. Comparamos sequências inferindo quais são as operações de edição de substituição, inserção e remoção de símbolos que transformam uma sequência em uma outra. As matrizes de pontuação são estruturas largamente utilizadas e que definem um custo para cada tipo de operação de edição. Uma matriz de pontuação G é indexada pelos símbolos do alfabeto. A entrada de G na linha A, coluna B mede o custo da operação de edição para substituir o símbolo A pelo símbolo B. As matrizes de pontuação induzem funções que atribuem uma pontuação para um conjunto de operações de edição. Algumas dessas funções para a comparação de duas e de várias sequências são estudadas nesta tese. Quando cada símbolo de cada sequência é editado exatamente uma vez para transformar uma sequência em outra, o conjunto de operações de edição pode ser representado por uma estrutura conhecida por alinhamento. Descrevemos uma estrutura para representar o conjunto de operações de edição que não pode ser representado por um alinhamento convencional e descrevemos um algoritmo para encontrar a pontuação de uma sequência ótima de operações de edição usando um algoritmo conhecido para encontrar a pontuação de um alinhamento convencional ótimo. Considerando três diferentes funções induzidas de pontuação, caracterizamos, para cada uma delas, a classe das matrizes para as quais as funções induzidas de pontuação são métricas nas sequências. Dadas duas matrizes de pontuação G e G\', dizemos que elas são equivalentes para uma dada função que é induzida por uma matriz de pontuação e que avalia a qualidade de um alinhamento se, para quaisquer dois alinhamentos A e B, vale o seguinte: o alinhamento A é ``melhor\'\' do que o alinhamento B considerando a matriz G se e somente se A é ``melhor\'\' do que o alinhamento B considerando a matriz G\'. Neste trabalho, determinamos condições necessárias e suficientes para que duas matrizes de pontuação sejam equivalentes. Finalmente, definimos três novos critérios para pontuar alinhamentos de várias sequências. Todos os critérios consideram o comprimento do alinhamento além das operações de edição por ele representadas. Para cada um dos critérios definidos,propomos um algoritmo e o problema de decisão correspondente mostramos ser NP-completo. / Comparison of finite sequences is a tool used to solve problems in several areas. In order to compare sequences, we infer which are the edit operations of substitution, insertion and deletion of symbols that transform one sequence into another. Scoring matrices are a widely used structure to define a cost for each type of edit operation. A scoring matrix G is indexed by symbols of an alphabet. The entry in G in row A and column B measures the cost of the edit operation for replacing symbol A by symbol B. Scoring matrices induce functions that assign a score for a set of edit operations. Some of these functions for comparing two and multiple sequences are studied in this thesis. If each symbol is edited exactly once for transforming a sequence into another, the set of edit operations can be represented by a structure called alignment. We describe a structure to represent the set of edit operations that cannot be represented by a conventional alignment and we design an algorithm to find the cost of an optimal sequence of edit operations by using a known algorithm to find the cost of an optimal alignment. Considering three different kinds of induced scoring functions, we characterize, for each one of them, the class of matrices for which the induced scoring functions are metrics on sequences. Given two scoring matrices G and G\', we say they are equivalent for a given function that is induced by a scoring matrix and that evaluates the quality of an alignment if, for any two alignments A and B of two sequences, we have the following: alignment A is ``better\'\' than B considering scoring matrix G if and only if A is ``better\'\' than B considering scoring matrix G\'. In this work, we determine necessary and sufficient conditions for scoring matrices to be equivalent. Finally, we define three new criteria for scoring alignments of several sequence. Every criterion considers the length of the alignment and the edit operations represented by it. An algorithm for each criterion is studied and the corresponding decision problem is shown to be NP-complete.

Submitted by JAIRO SANTOS DA SILVA null (jairomath@hotmail.com) on 2017-02-22T18:48:46Z No. of bitstreams: 1 Tese_Final_Jairo_Santos.pdf: 1270250 bytes, checksum: cbddf0844f67ed21da45b4dcbf48ea40 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-24T20:29:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_js_dr_sjrp.pdf: 1270250 bytes, checksum: cbddf0844f67ed21da45b4dcbf48ea40 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-24T20:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_js_dr_sjrp.pdf: 1270250 bytes, checksum: cbddf0844f67ed21da45b4dcbf48ea40 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foi mostrado recentemente que associado a um par de sequências reais (onde uma delas é uma sequência encadeada positiva) existe uma única medida de probabilidade não trivial com suporte no círculo unitário. No presente trabalho nossa principal contribuição é estudar o comportamento dessas medidas quando impomos algumas restrições de sinal e periodicidade sobre essas sequências. Precisamente, fornecemos uma estimativa para o suporte de tais medidas no caso em que a sequência que não é a sequência encadeada positiva satisfaz uma propriedade de sinal alternante. Além disso, quando esse par é tal que a sequência de parâmetros minimal da sequência encadeada positiva e a outra sequência são periódicas, mostramos que o estudo dessas medidas é completamente equivalente ao estudo de medidas associadas a coeficientes de Verblunsky periódicos: o que nos permite neste caso, apresentar, estudar e caracterizar um novo espaço de medidas no círculo unitário. Por fim, estabelecemos informações sobre o suporte essencial de medidas no caso limite periódico, isto é, quando as sequências reais associadas são limite periódicas. / It was shown recently that associated with a pair of real sequences (where one of them is a positive chain sequence) there exists a unique nontrivial probability measure supported on the unit circle. In the present work, our main contribution is to study the behavior of these measures when we impose some restrictions of sign and periodicity on these sequences. Precisely, we provide an estimate for the support of such measures in the event that the sequence which is not the positive chain sequence, satisfies an alternating sign property. Moreover, when this pair is such that the minimal parameter sequence of the positive chain sequence and the other sequence are periodic, we show that the study of these measures is completely equivalent to the study of measures associated with periodic Verblunsky coefficients: which allows us, in this case, to present, to study and to characterize a new space of measures on the unit circle. Finally, we establish information about the essential support of measures in the limit periodic case, i.e., when the associated real sequences are limit periodic.

A comparação de sequências finitas é uma ferramenta que é utilizada para a solução de problemas em várias áreas. Comparamos sequências inferindo quais são as operações de edição de substituição, inserção e remoção de símbolos que transformam uma sequência em uma outra. As matrizes de pontuação são estruturas largamente utilizadas e que definem um custo para cada tipo de operação de edição. Uma matriz de pontuação G é indexada pelos símbolos do alfabeto. A entrada de G na linha A, coluna B mede o custo da operação de edição para substituir o símbolo A pelo símbolo B. As matrizes de pontuação induzem funções que atribuem uma pontuação para um conjunto de operações de edição. Algumas dessas funções para a comparação de duas e de várias sequências são estudadas nesta tese. Quando cada símbolo de cada sequência é editado exatamente uma vez para transformar uma sequência em outra, o conjunto de operações de edição pode ser representado por uma estrutura conhecida por alinhamento. Descrevemos uma estrutura para representar o conjunto de operações de edição que não pode ser representado por um alinhamento convencional e descrevemos um algoritmo para encontrar a pontuação de uma sequência ótima de operações de edição usando um algoritmo conhecido para encontrar a pontuação de um alinhamento convencional ótimo. Considerando três diferentes funções induzidas de pontuação, caracterizamos, para cada uma delas, a classe das matrizes para as quais as funções induzidas de pontuação são métricas nas sequências. Dadas duas matrizes de pontuação G e G\', dizemos que elas são equivalentes para uma dada função que é induzida por uma matriz de pontuação e que avalia a qualidade de um alinhamento se, para quaisquer dois alinhamentos A e B, vale o seguinte: o alinhamento A é ``melhor\'\' do que o alinhamento B considerando a matriz G se e somente se A é ``melhor\'\' do que o alinhamento B considerando a matriz G\'. Neste trabalho, determinamos condições necessárias e suficientes para que duas matrizes de pontuação sejam equivalentes. Finalmente, definimos três novos critérios para pontuar alinhamentos de várias sequências. Todos os critérios consideram o comprimento do alinhamento além das operações de edição por ele representadas. Para cada um dos critérios definidos,propomos um algoritmo e o problema de decisão correspondente mostramos ser NP-completo. / Comparison of finite sequences is a tool used to solve problems in several areas. In order to compare sequences, we infer which are the edit operations of substitution, insertion and deletion of symbols that transform one sequence into another. Scoring matrices are a widely used structure to define a cost for each type of edit operation. A scoring matrix G is indexed by symbols of an alphabet. The entry in G in row A and column B measures the cost of the edit operation for replacing symbol A by symbol B. Scoring matrices induce functions that assign a score for a set of edit operations. Some of these functions for comparing two and multiple sequences are studied in this thesis. If each symbol is edited exactly once for transforming a sequence into another, the set of edit operations can be represented by a structure called alignment. We describe a structure to represent the set of edit operations that cannot be represented by a conventional alignment and we design an algorithm to find the cost of an optimal sequence of edit operations by using a known algorithm to find the cost of an optimal alignment. Considering three different kinds of induced scoring functions, we characterize, for each one of them, the class of matrices for which the induced scoring functions are metrics on sequences. Given two scoring matrices G and G\', we say they are equivalent for a given function that is induced by a scoring matrix and that evaluates the quality of an alignment if, for any two alignments A and B of two sequences, we have the following: alignment A is ``better\'\' than B considering scoring matrix G if and only if A is ``better\'\' than B considering scoring matrix G\'. In this work, we determine necessary and sufficient conditions for scoring matrices to be equivalent. Finally, we define three new criteria for scoring alignments of several sequence. Every criterion considers the length of the alignment and the edit operations represented by it. An algorithm for each criterion is studied and the corresponding decision problem is shown to be NP-complete.

Nas últimas décadas observou-se um número crescente de relatos de infecções invasivas por Trichosporon em ambientes hospitalares, devido ao aumento da população suscetível e a melhoria dos métodos diagnósticos. Leveduras do gênero Trichosporon, depois de Candida, são as mais relacionadas à infecção fúngica invasiva em pacientes hematológicos, sendo Trichosporon asahii responsável por 90% dos casos. A identificação de espécies de Trichosporon é realizada através do sequenciamento da região IGS1 do DNA ribossomal, técnica considerada padrão-ouro. Através do estudo dos polimorfismos da região IGS1 do DNA ribossomal, diversos genótipos de T. asahii têm sido descritos, entretanto sem relação com a distribuição geográfica, perfil de suscetibilidade aos antifúngicos ou patogenicidade. O presente estudo teve como objetivo padronizar um método de análise por sequenciamento multilocus para a espécie T. asahii, definindo novos genes (loci) para melhor descrever a filogenia da espécie. Foram analisadas 21 cepas de T. asahii de diferentes origens (Brasil, Europa, Ásia) e genótipos (1,3,4,5,6,7). As sequências de genes estruturais (housekeeping genes) dos genomas de T. asahii (CBS2479 e CBS8904) disponíveis no GenBank foram alinhadas e analisadas in silico para o delineamento e avaliação dos novos primers. Após as reações de PCR e análise das sequências de DNA, quatro novos loci foram selecionados para a análise filogenética multilocus: phosphate carrier protein, topoisomerase 1 (TOP1), beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. As árvores filogenéticas demonstraram dois clados bem distintos, com altos valores de bootstraps. Além disso, os genótipos 1 e 3 foram alocados em clados diferentes. Nossos resultados sugerem uma reclassificação genética para a espécie T. asahii. Novos estudos, incluindo um maior número de cepas e outros marcadores genéticos, são necessários para melhor abordar a filogenia atual de T. asahii / In the last decades there has been a significant increase of the reported cases of invasive fungal infections by Trichosporon in hospital settings, related to the increase of the susceptible population and to the improvement of diagnostic methods. Trichosporon are the most frequent yeast related to invasive fungal infection in hematological patients after Candida, with Trichosporon asahii accounting for 90% of the cases. The gold standard method for Trichosporon species identification is the sequence analysis of the intergenic spacer region 1 (IGS1) from the ribosomal DNA. Based on the polymorphisms of the IGS region of ribosomal DNA, several T. asahii genotypes have been described, without relation with geographical distribution, antifungal susceptibility profile or pathogenicity. The objective of the study was to evaluate a multilocus sequencing method for the T. asahii species, defining new loci to better describe the phylogeny of the species. Twenty-one strains of T. asahii from different origins (Brazil, Europe, Asia) and genotypes (1,3,4,5,6,7) were analyzed. Housekeeping genes from T. asahii genomes (CBS2479 and CBS8904) available in GenBank were aligned and in silico analyses were carried out to design and evaluate the new primers. After PCR reactions and DNA sequence analysis, four new loci were selected for the multilocus plylogenetic analysis along with the IGS1 region from the rDNA: topoisomerase 1 (TOP1), phosphate carrier protein, beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. Phylogenetic trees revealed two well-distinct clades, with high bootstraps values. Moreover, IGS genotypes 1 and 3 strains were split into the different clades. Our results suggest a different genetic background for the species T. asahii. Further studies including more T. asahii strains and other genetic markers are necessary to better address the current phylogeny of T. asahii

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao), causada pelo basidiomiceto Crinipellis perniciosa, levou a total destruição da lavoura sul-baiana, previamente cultivada principalmente com variedades altamente suscetíveis, tornando o Brasil, um país tipicamente exportador de cacau em importador em poucos anos. A perda da resistência do genótipo ?Scavina 6?, única fonte de resistência reconhecida contra C. perniciosa, está associada à variabilidade genética do patógeno. Diante disto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade genética de isolados de C. perniciosa derivados de tecido infectado de Theobroma cacao (vassoura vede), originalmente coletados na Amazônia (Amazonas, Pará e Rondônia), uma região de ocorrência endêmica do fungo, usando marcadores moleculares. A identificação de relações genéticas entre isolados amazônicos e da Bahia e a possível existência de isolados geográficos também foram objetos deste trabalho. Primeiramente, a confirmação de identidade dos isolados Amazônicos foi conduzida usando amplificação e digestão da região ITS do rDNA e marcadores teloméricos. Todos os isolados avaliados foram confirmados como C. perniciosa. O primer telomérico TeloC1, previamente apresentado para discriminar o biótipo C, permitiu a separação do biótipo C dos biótipos S e L, porém, revelou variabilidade genética nos isolados de Cametá, PA e Cacaulândia, RO. Usando marcadores telomérico amplificado com o primer TeloA1R e ERIC, uma grande diversidade foi encontrada para os isolados da Região Amazônica em comparação àqueles da Bahia. Dentro dos isolados Amazônicos, a maior diversidade foi detectada para os isolados de Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia e Ariquemes) e Pará (Cametá), áreas com 11 ocorrência endêmica ou de instalação histórica (mais de 300 anos) do cacaueiro, respectivamente. Isolados coletados em municípios localizados na regiãoTransamazônica, tais como Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia e Uruará apresentaram maior similaridade com aqueles de Santarém e municípios relacionados à Belém, como Cametá, Baião e Mocajuba. Estes resultados sugerem que isolados da região Transamazônica pode ter sido originados de Belém ou Santarém, Pará. Na Bahia, houve a formação de dois grupos de isolados como previamente demonstrado. Os marcadores moleculares Microssatélites, ERIC e teloméricos foram eficientes na detecção da variabilidade genética em C. perniciosa. A diversidade genética observada auxiliará na identificação e escolha de regiões com maior diversidade de isolados para serem usados na seleção para resistência à vassoura-de-bruxa em programas de melhoramento do cacau / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Crinipellis perniciosa, devastated the producing region of Southern Bahia, previously cultivated mainly with highly susceptible cultivars, forcing Brazil, a typical exporter country to become a cocoa importer. The loss of resistance of the genotype ?Scavina 6?, the unique source of resistance against C. perniciosa has been associated with pathogen genetic variability. Thus, the objective of this study was to characterize the genetic diversity of C. perniciosa isolated derived from infected tissues of T. cacao (green-brooms), originally collected in the Amazon (Amazonas, Pará and Rondônia states), a region with endemic occurrence of the fungus, using molecular markers. The identification of the genetic relationships among the Amazonian and Bahian isolates, and the possible existence of geographical isolates were also objectives of this work. First, the identification confirmation of the Amazonian isolates was conducted using amplification and digestion of the ITS region of the rDNA and telomeric markers. All isolates evaluated were confirmed as C. perniciosa. The telomeric primer TeloC1, previously shown to discriminate the C biotype, allowed the separation of biotype C from biotypes S and L, but it revealed genetic diversity for isolates from Cametá, PA and Cacaulândia, RO. Using another telomeric marker amplified with TeloA1 primer and ERIC, a large genetic diversity was detected for isolates from the Amazon in comparison to Bahian. Within the Amazonian isolates, more diversity was detected for isolates from Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia and Ariquemes) and Pará (Cametá), areas with endemic occurrence of wild cacao or historical introduction and cultivation (over 300 years), respectively. Isolates colletected at the Transamazônica roadway, such as from Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia and Uruará presented more similarity with those from Santarém and locales nearer to Belém, such as Cametá, Baião and Mocajuba. These results suggested that isolates from the Transamazônica region might have originated from Belém or Santarém, Pará. In Bahia, there were two groups of isolates as previously demonstrated. Microsatellite, ERIC and telomeric markers were efficient in detecting the genetic variability of C. perniciosa. The genetic diversity observed will help in identifying and choosing regions with more diverse isolates to be used to screen for witches? broom resistance in cacao breeding programs

Utilizamos um formalismo de operadores e a técnica de grupo de renormalizacao de Dasgupta, Ma e Hu para analisar o efeito de distribuições inomogêneas dos parâmetros sobre o comportamento crítico de um modelo estocástico simples. O processo de contato em uma dimensão constitui talvez o modelo mais simples que apresenta uma transição de fase para um estado absorvente. Nós usamos as seqüências de Fibonacci, duplicação de período e triplicação de período para introduzir inomogeneidades aperiódicas no processo de contato unidimensional e em uma cadeia quântica de spin. Usando procedimento de grupo de renormalização de desordem forte, estabelecemos algumas relações entre propriedades dos operadores renormalizados e grandezas termodinâmicas ou médias. Fomos capazes de testar o critério de relevância de flutuações geométricas de Harris-Luck, de obter vários expoentes críticos, e de observar aspectos característicos de dinâmica lenta e oscilações log-periódicas. A sequência de triplicação de período nos leva aos expoentes = ln (7/9)/ ln (4/9), = ln (9/7)/ ln 4, = ln 3/ ln (3/2) e k = ln 2/ ln (3/2). Usamos técnicas de Monte Carlo para confirmar os resultados de grupo de renormalização. As simulações numéricas indicam a validade do critério de relevância de Harris-Luck, e corroboram o caráter universal do comportamento crítico desses sistemas aperiódicos. / We use an operator formalism and the renormalization-group technique of Dasgupta, Ma and Hu to analyze the effects of a nonhomogeneous distribution of parameters on the critical behavior of simple stochastic model system. The contact process in one dimension is perhaps the simplest model to display a phase transition to an absorbing stationary state. We use the Fibonacci, period-doubling and period-tripling sequences for introducing aperiodic inhomogeneities in the one dimensional contact process and in a quantum Ising chain. Using strong-disorder renormalization-group procedures, we establish some relations between properties of renormalized operator and of thermodynamic or mean quantities. We were able to test a well-known criterion of relevance of geometric fluctuations, to obtain a number of critical exponents, and to point out features of slow-dynamics and log-periodic oscillations. The period-tripling sequence leads to the critical exponents = ln (7/9)/ ln (4/9), = ln (9/7)/ ln 4, = ln 3/ ln (3/2) and k = ln 2/ ln (3/2). We then used Monte Carlo techniques to check renormalization-group results. The numerical simulations indicate the validity of the Harris-Luck criterion of relevance of the geometric fluctuations, and generally support the universal character of the critical behavior of these aperiodic systems.

Este trabalho foi fundamentado na articulação entre a multimodalidade e o planejamento de ensino na perspectiva do Modelo Topológico de Ensino (MTE), tendo por objetivo investigar as características multimodais do planejamento de ensino e de sua execução por professores de Química em formação inicial. Desenvolvemos a pesquisa no âmbito de um ciclo formativo ocorrido em um subprojeto do Pibid/Química durante o ano de 2016, que envolveu licenciandos e professores da educação básica. A dinâmica de ações era direcionada à Elaboração, Aplicação e Reelaboração de sequências didáticas (SD). Nesse contexto, o MTE também atuou como fundamentação teórica para: a formação dos participantes do projeto; a organização do planejamento; e a realização de sucessivas avaliações das referidas etapas do processo. Nosso desenho metodológico considerou a produção de dados em cada uma dessas etapas, assim, partimos do referencial de planejamento - o MTE - e da multimodalidade para desenvolver quadros analíticos que nos permitissem investigar o objeto de pesquisa. Selecionamos para análise uma SD elaborada por duas licenciandas, que apresentava uma variabilidade de materiais de apoio planejados, os quais identificamos que serviam predominantemente à performance do professor, com poucas inserções voltadas à manipulação das ferramentas culturais pelos próprios alunos. Na Aplicação caracterizamos a performance gestual e a proxêmica de uma licencianda por meio do registro em vídeo, identificando uma tendência de diminuição de gestos pragmáticos quando ela transitava entre os materiais de apoio lousa e tela de projeção com animação. Após a Aplicação realizamos uma entrevista por meio da técnica da Lembrança Estimulada por Vídeo e analisamos a percepção das licenciandas sobre a influência dos materiais de apoio em suas performances verbal e gestual. Constatamos uma diferença de enfoque em suas avaliações: a primeira descrevia com mais detalhes suas ações em sala de aula, destacando as formas de uso dos modos verbal e gestual; a segunda enfatizou na entrevista as limitações impostas em sua performance pelos materiais de apoio. Em resumo, nossos resultados indicam a possibilidade de intencionalmente prepa / This research was based in the articulation between the multimodality and the teaching planning, considering the perspective of the Topological Model of Teaching (TMT). We aimed to investigate the multimodal features of the teaching planning and its implementation by undergraduates of a chemistry teacher training course. The background of the research was a formative cycle developed in a project named Pibid/Química during the year of 2016, which involved undergraduates and teachers of high school level. The actions were focused on the process of Elaboration, Application and Re-elaboration of didactic sequences (DS). In this context, the TMT was the theoretical basis for: the training of the project participants; the planning organization; the successive evaluations performed through the different stages of the process. Our methodological framework considered the data produced in all these stages. Thus, we used the TMT and the multimodality for developing analytical frameworks which would allow us to investigate the object of research. We selected a DS elaborated by two undergraduates, which presented a variability of support materials planned. These support materials were focused on the teacher performance mainly, with few inserts related to the manipulation of cultural tools by high school students. In Application stage, we characterized the gestural and proxemic performances of one of the undergraduates, identifying a trend of decrease of the pragmatic gestures performed when she changed the material support from blackboard to projection screen with an animation. After Application, we interviewed the two undergraduates by using the technic of the Stimulated Video Recall for analyzing their perception about the influence of the material supports in their verbal and gestural performances. We realized a difference of focus in the evaluations: the first undergraduate described in detail her actions in classroom and highlighted the use of the gestural and verbal modes; the second one emphasized in the interview the limitations caused by the material supports in her performance. In short, the results of our investigation indicate the possibility of intentionally plan DS that are multimodal and potentializes the teacher performance in science classroom.