Made available in DSpace on 2016-04-29T14:23:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Rodrigheri Ioste.pdf: 3892568 bytes, checksum: d4b25a166ea46de0a3b7edfbfeab6923 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / The objective of this study is to deeply understand the techniques currently used in optimal alignment of DNA sequences, focused on the strengths and limitations of these methods. Analyzing the feasibility of creating a new logical approach able to ensure optimal results , taking into account existing problems in optimal alignment as: (i ) the numerous alignment possibilities of two sequences , ( ii ) the great need for space and memory the machines, ( ii ) processing time to compute the optimal data and (iv ) exponential growth. This study allowed the beginning of the creation of a new logical approach to the global optimum alignment, showing promising results in higher scores with less need for calculations where the mastery of these new techniques can lead to use search of excellent results in the global alignment optimal in large data bases / O objetivo deste estudo é entender profundamente as técnicas utilizadas atualmente no alinhamento ótimo de sequências de DNA e analisar a viabilidade da criação de uma nova abordagem lógica capaz de garantir o resultado ótimo, levando em consideração os problemas existentes no alinhamento ótimo como: (i) as inúmeras possibilidades de alinhamento de duas sequências, (ii) a grande necessidade de espaço e memória das máquinas, (ii) o tempo de processamento para computar os dados ótimos e (iv) seu crescimento exponencial. O presente estudo permitiu o início da criação de uma nova abordagem lógica para o alinhamento ótimo global, demonstrando resultados promissores de maiores pontuações com menos necessidades de cálculos, onde o domínio destas novas técnicas pode conduzir à utilização da busca de resultados ótimos no alinhamento global de sequências biológicas em grandes bases de dados

A enorme quantidade de dados que vem sendo gerada por tecnologias modernas de biologia representam um grande desafio para áreas como a bioinformática. Há uma série de programas disponíveis para a análise destes dados, mas que nem sempre são compreendidos o suficiente para serem corretamente aplicados, ou ainda, há problemas que requerem o desenvolvimento de novas soluções. Neste trabalho, nós apresentamos a análise de dados de duas das principais fontes de dados em larga escala: microarrays e sequenciamento. Na primeira, avaliamos se a estatística do método Rank Products (RP) é adequada para a identificação de genes diferencialmente expressos em estudos de doenças complexas, cujo uma das características é a heterogeneidade genética entre indivíduos com o mesmo fenótipo. Na segunda, desenvolvemos uma ferramenta chamada hunT para buscar por genes alvos do fator de transcrição T - um importante marcador de mesoderma com papel chave no desenvolvimento de vertebrados -, através da identificação de sítios de ligação para o T em suas sequências reguladoras. O desempenho do RP foi testado usando dados simulados e dados reais de um estudo de fissura lábio-palatina não-sindrômica, de autismo e também de um estudo que avalia o efeito da privação do sono em humanos. Nossos resultados mostraram que o RP é uma solução eficiente para detectar genes consistentemente desregulados em somente um subgrupo de pacientes, que esta habilidade é mantida com poucas amostras, mas que o seu desempenho é prejudicado quando são analisados poucos genes. Obtivemos fortes evidências biológicas da eficiência do método nos estudos com dados reais através da identificação de genes e vias previamente associados às doenças e da validação de novos genes candidatos através da técnica de PCR quantitativo em tempo real. Já o programa hunT identificou 4.602 genes de camundongo com o sítio de ligação para o domínio do T, sendo alguns deles já demonstrados experimentalmente. Identificamos 32 destes genes com expressão alterada em um estudo onde avaliamos o transcriptoma da diferenciação in vitro de células tronco embrionárias de camundongo para mesoderma, sugerindo a participação destes genes neste processo sendo regulados pelo T / The large amount of data generated by modern technologies of biology provides a big challenge for areas such as bioinformatics. In order to analyze these data there are several computer programs available; however these are not always well understood enough to be correctly applied. Moreover, there are problems that require the development of new solutions. In this work, we present the data analysis of two main high-throughput data sources: microarrays and sequencing. Firstly, we evaluated whether the statistic of Rank Products method (RP) is suitable for the identification of differentially expressed genes in studies of complex diseases, which are characterized by the vast genetic heterogeneity among the individuals affected. Secondly, we developed a tool named hunT to search for target genes of T transcription factor - an important mesodermal marker that plays a key role in the vertebrate development -, by identifying binding sites for T in their regulatory sequences. The RP performance was tested using both simulated and real data from three different studies: non-syndromic cleft lip and palate, autism and sleep deprivation effect in Humans. Our results have shown that RP is an effective solution for the identification of consistently deregulated genes in a subgroup of patients, this ability is maintained even with few samples, however its performance is impaired when only few genes are analyzed. We have obtained strong biological of effectiveness of the method in the studies with real data by not only identifying genes and pathways previously associated with diseases but also corroborating the behavior of novel candidate genes with the real-time PCR technique. The hunT program has identified 4,602 mouse genes containing the binding site for the T domain, some of which have already been demonstrated experimentally. We identified 32 of these genes with altered expression in a study which evaluated the transcriptome of in vitro differentiation of mouse embryonic stem cells to mesoderm, suggesting the involvement of these genes in this process regulated by T

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-04-12T14:01:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_TextoLitararioSala.pdf: 1141075 bytes, checksum: 88389ee93f1f72e9116ff57208b1e881 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-04-12T14:02:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_TextoLitararioSala.pdf: 1141075 bytes, checksum: 88389ee93f1f72e9116ff57208b1e881 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-12T14:02:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_TextoLitararioSala.pdf: 1141075 bytes, checksum: 88389ee93f1f72e9116ff57208b1e881 (MD5) Previous issue date: 2016-04-04 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho tem como propósito maior o resgate do gênero poema em sala de aula. Resultou da necessidade de se dar a devida importância a esse gênero, relegado muitas vezes ao segundo plano em nossas escolas, local em que se privilegiam os textos narrativos em prosa. Por conta desse distanciamento das atividades com poesia em sala de aula, é que resolvemos elaborar este trabalho, a fim de aprimorar nossos conhecimentos sobre o gênero poema, além de proporcionar aos nossos alunos o ensino de uma literatura voltada para o letramento literário. A fim de que esse distanciamento fosse eliminado, propusemo-nos a elaborar um material baseado em sequências didáticas envolvendo o gênero poema. Foram elaboradas quatro sequências didáticas com o objetivo de serem desenvolvidas na Escola Estadual Dom Alberto Gaudêncio Ramos em turmas regulares do nono e oitavo anos. Essas sequências didáticas receberam as seguintes denominações temáticas; i. Canção do Exilio e suas intertextualidades; ii. Poemas de amor; iii. Poemas de reflexão social; iv. Poemas: imagens e sentidos. Como suporte teórico para a realização deste trabalho, seguimos os ensinamentos de alguns estudiosos, a exemplo de Cosson (2014), Gebara (2002), Candido (1995), Kleiman (2004), Koch (2012), entre outros. Pensamos em compor nosso trabalho subdividindo-o em três etapas. A primeira etapa ocupa-se da fundamentação teórica. Também é apresentado nessa etapa um levantamento sobre a presença do gênero poema nos livros didáticos, bem como se visualiza o tratamento que os manuais escolares dispensam a esse gênero literário. A segunda etapa aborda os aspectos relacionados ao poema como ritmo, metro, verso e seus níveis de significação, as unidades expressivas: linguagem direta e linguagem figurada, linguagem figurada espontânea e linguagem figurada elaborada, palavras figuradas e suas modalidades (os tipos de imagem), além de se trabalhar com outros níveis ou aspectos estruturais do poema como os níveis lexical, sintático e o semântico. Na terceira etapa apresentamos quatro sequências didáticas que trazem sugestões de atividades para trabalharmos com poemas em sala de aula. / This project has as main purpose the rescue of the poem genre in the classroom. It resulted from the need to give importance to this genre, often relegated to the background in our schools, where they give privilege to narrative prose. Because of this detachment of activities with poetry in class, we decided to prepare this work in order to improve our knowledge of the poem genre, as well as provide our students a literature teaching focused on literary literacy. In order to eliminate this detachment, we set out to develop a material based on didactic sequences involving the poem genre. It was elaborated four didactic sequences in order to be developed in the State School Archbishop Gaudencio Alberto Ramos in regular classes of ninth and eighth year. These didactic sequences received the following thematic denominations; i. Song of the Exile and its intertextuality; ii. Love poems; iii. Poems of social reflection; iv. Poems: images and senses. As theoretical support for this work, we follow the teachings of some scholars, like Cosson (2014), Gebara (2002), Candido (1995), Kleiman (2004), Koch (2012), among others. We think of writing our work by sub-dividing it into three stages. The first stage deals with the theoretical basis. It is also presented in this step a survey of the poem genre presence in textbooks as well as the view of the treatment that textbooks dispense to this literary genre. The second stage covers the aspects related to the poem as rhythm, meter, verse and their significance levels, the expressive units: direct language and figurative language, spontaneous figurative language and elaborate figurative language, word pictures and its modalities (image types) in addition to working with other levels or structural aspects of the poem as the lexical level, syntactic and semantic. In the third stage it is presented four didactic sequences that bring suggestions of activities to work with poetry in class.

A origem dos novos genes é um processo importante para a evolução dos organismos, pois ela fornece fontes singulares para a inovação evolutiva. As abordagens que mostram como esses novos genes surgem e adquirem novas funções no curso da evolução são de fundamental importância, por exemplo, elas podem ajudar a correlacionar mutações com alterações metabólicas, fisiológicas e/ou morfológicas, indicando quais mutações podem ser importantes funcionalmente. Recentemente, uma nova abordagem, nomeada de filoestratigrafia, foi desenvolvida para estabelecer origem evolutiva dos genes. Neste método a emergência de novas sequências de um nó filogenético particular em uma linhagem ancestral-descente é inferida geralmente utilizando algoritmos de similaridade. No presente trabalho, nós fizemos uma pesquisa filoestratigráfica de dois bancos de dados de domínios proteicos, CATH e Pfam, para todas as entradas humanas descrevemos a origem dos domínios e arquiteturas humanas. Também realizamos uma nova abordagem para refinar os resultados por Male-PSI-BLAST, em um estudo de caso dos domínios príons e ADHs. A análise das duas bases de dados mostrou que existiram três períodos importantes de aparecimento de domínios proteicos humanos: a origem do organismo celular, Eucarioto e Euteleostomi, nos quais há um elevado número de surgimento de novos genes na linhagem ancestral-descente de humanos. Quando analisamos o aparecimento de arquiteturas, elas são evidentemente mais recentes que o aparecimento de domínios, embora, em seu conteúdo, possa haver domínios muito antigos misturados com domínios novos. Não notamos nenhuma tendência de acréscimo de novos domínios para arquiteturas que compreendem domínios antigos ou recentes. Para medir o grau de versatilidade de domínio, nós utilizamos a frequência ponderada de bigrama, uma combinação específica de dois domínios adjacentes. O teste de correlação de Spearman mostrou que existe uma baixa correlação negativa entre a idade de domínios e índices de versatilidade. Em um estudo de caso, demonstramos que é possível caracterizar descontinuidades evolutivas nos resultados de Male-PSI-BLAST entre domínios que surgiram a partir de outros. Pela primeira vez, a origem de todos os domínios e arquiteturas proteicas presentes nas bases de dados estudadas foi descrita, fornecendo um cenário evolutivo que pode ser mais explorado a partir das abordagens aqui desenvolvidas. / The origin of new genes is an important process for the evolution of organisms because they provide singular sources for evolutionary innovation. The approaches that show how these new genes arise and acquire new functions in the course of evolution are of fundamental importance: they can help to correlate mutations with metabolic, physiological, and morphological changes, indicating which mutations are likely to be functionally important. Recently, a new approach, named phylostratigraphy, was developed to establish the evolutionary origin of the genes. In this method the emergence of novel sequences at a particular phylogenetic node in a descendent-ancestor lineage is infer usually by using the similarity search algorithm. In the present work, we did a phylostratigraphical search of two protein domain databases, CATH and Pfam, for all human entries and depicted the origin of human domains and architectures. We also conducted a new approach to refine results by Male-PSI-BLAST in a case study of prions and ADH\'s domains. The analysis of two databases showed that there are three important periods of appearance of human gene domains: the origin of cellular organism, Eukaryote, and Euteleostomi appear to be important for production of new genes at the ancestor-descendent lineages that lead to the human species. However, when we analyze the appearance of architectures, they are by far more recent than the appearance of domains, although they might contain very ancient domains mixed with recent ones. We did not notice a bias of addition of new domains to architectures comprising either ancient or recent domains. To measure the degree of domain versatility, we used the weighted bigram frequency, where bigram is defined as a specific combination of two adjacent domains. The Spearman correlation test showed that there is a low negative correlation between the age of domains and versatility indexes. In the study of case, we have demonstrated that it is possible to characterize evolutionary ruptures in results of Male-PSI- BLAST between domains that emerged from others. For the first time the origin of all protein domains and architectures was depicted, providing an evolutionary scenario that can be further explored.

Este estudo descreve e analisa Sequências Didáticas voltadas para educação étnicoracial e a implementação da lei 10639/03. Em aulas da disciplina Língua Portuguesa, ministradas em escolas públicas, estudantes de ensino médio e ensino fundamental produziram textos sobre algumas representações do negro brasileiro: racismo em situações cotidianas, racismo na TV brasileira e o mito do Saci. Trata-se de uma pesquisa-ação, na qual, as reflexões de adolescentes a partir de situações-problema formam o grande objeto de estudo. O conceito de Sequências Didáticas utilizado foi desenvolvido pelos autores suíços Dolz, Noverraz e Schneuwly. O ensino de língua materna está centrado nos gêneros textuais, conforme estabelecem os Parâmetros Curriculares Nacionais e explicam autores brasileiros filiados aos conceitos de Mikhail Bakhtin. Cada uma das temáticas raciais será examinada em diálogo com pesquisas que trataram especificamente daquele aspecto. Ao longo da obra, contribuições de autores como Kabengele Munanga, Nilma Lino Gomes e Antônio Sérgio Guimarães estarão presentes para melhor compreensão e interpretação das relações raciais no Brasil. / This study describes and analyses Didactic Sequences oriented to the ethnic/racial education and to the implementation of Law n. 10.639/2003. In Portuguese classes taught at public schools, high and elementary students have produced texts on the representation of black Brazilians: everyday racism, racism on Brazilian TV, and the myth of the Saci. This is an action research project in which teenagers reflections on problematic situations are taken as the main study object. The concept of Didactic Sequences adopted here was developed by the Swiss authors Dolz, Noverraz and Schneuwly. Mother-tongue teaching is focused on textual genres, as set up by the National Curriculum Parameters and pointed out by Brazilian writers who have embraced Mikhail Bakhtins theories. Each one of the racial topics will be examined under the light of researches which dealt with that particular issue. All along this paper, mentions of authors such as Kabengele Munanga, Nilma Lino Gomes, and Antônio Sérgio Guimarães promote the comprehension and interpretation of racial relations in Brazil.

A deposição aptiana da margem continental brasileira é caracterizada por dois elementos principais: 1) a presença de evaporitos (halita e/ou anidrita) num ambiente definido como lago-mar (de acordo com HSÜ, 1987); e 2) uma configuração tectonossedimentar do tipo sag. A chegada do mar às bacias, antes puramente continentais, é um evento que afeta toda a margem continental do Brasil, bem como tem ocorrência global. A sua presença nas bacias da margem equatorial , em particular, na Bacia Potiguar, possui um forte relacionamento com a existência de petróleo e gás (Bertani et al., 1989). A margem sudeste da Bacia Potiguar possui um razoável cobertura sísimica tanto 2D como 3D. As unidades estratigráficas compõe esta porção da bacia são a Formação Pendência, na base, a Formação Alagamar, a Formação Açu e no topo, a Formação Jandaíra. A Formação Pendência, na realidade mais um grupo do que formação, engloba as rochas depositadas na fase riftee da bacia (Della Favera et al., 1994). A Formação Alagamar envolve os sedimentos depositados no Aptiano, os quais estarão no foco deste trabalho; é formada por três membros: Upanema, Camadas Ponta de Tubarão e Galinhos (Della Favera, 1990). A Formação Açu, do Cretáceo Superior, separa-se discordantemente da seção da Formação Alagamar e é formada principalmente por arenitos fluviais. Esta formação transiciona para a Formação Jandaíra, denatureza carbonática, que constitui o topo da sequência sedimentar. Neste trabalho serão definidos os sistemas deposicionais e respectivos controles da sequência aptiana ao longo da borda sudeste da Bacia Potiguar a partir da identificação de eletrofácies e sismofácies. Sendo assim, nesta dissertação são mostradas as sequências de 3 e 4 ordem que representam, em conjunto, a Fm. Alagamar. Foram identificadas, em perfis elétricos de diferentes poços na área de estudo pelo menos 6 sequências de 4 ordem e 3 sequências de 3 ordem, que também foram identificadas em seções sísmicas arbitrária de direção SW-NE e SE-NW interligando os poços de etudo. A partir da análise dos dados e sequências identificadas, a reconstituiçãopaleoambiental apontou para ambiente de borda de lago (lago-mar) próxima a escarpa de falha, com depósitos de leques aluviais a delta de rios entrelaçados, praias com tempestitosareno-calcíferos, laguna salgada com formação de estromatólitos e eventuais solos carbonáticos. Sendo assim, as sequências de 3 ordem identificadas representariam cada um dos membros da Fm. Alagamar (Mb. Upanema, Mb. Ponta de Tubarão e Mb. Galinhos, da base para o topo). A correlação das sequências de 4 ordem identificadas pode ser aplicada no rastreamento de corpos arenosos, reservatórios de petróleo nessa porção da bacia. / The Aptian deposits of the Brazilian continental margin are characterized by two main elements: 1) the presence of evaporites (halite and / or anhydrite) in an environment defined as lake-sea (according to Hsu, 1987), and 2) a configuration of tectonossedimentar sag type. The arrival of the sea in basins before purely continental, is an event that affects the entire continental margin of Brazil, and has overall occurrence. Their presence in the equatorial margin basins, in particular in the Potiguar Basin, has a strong relationship with the existence of oil and gas (Bertani et al., 1989). The southeastern margin of Potiguar basin has a reasonable 2D and 3D seismic coverage. The stratigraphic units in this portion of the basin are Pendencia Formation at the base, Alagamar Formation, Acu Formation and at the top, Jandaíra Formation. The PendenciaFormation, includes rocks deposited during the rifte phase (Della Favera et al., 1994). The Alagamar Formation involves sediments deposited in the Aptian, which will be the focus of this work, consists of three members: Upanema, Layers Ponta de Tubarão and Galinhos (Della Favera, 1990). Acu Formation, Upper Cretaceous, separates the Alagamar Formation by an unconformity and it consists mainly of fluvial sandstones. The Jandaira Formation from transitional phase is represented by carbonates, which is the top of the sedimentary sequence. This work will define the depositional systems and their controls on Aptian sequence along the southeastern margin of the Potiguar basin Therefore, this dissertation shows the 3rd and 4th order sequences. These sequences, together, represent the AlagamarFm. The sequences were identified in electric logs from different wells in the studied area and at least 6 sequences of 4thand3 sequences of 3rdorder were identified for each well. These 3rd order sequences were also identified in arbitrary seismic sections (SW-NE and SE-NW directions).From the analysis of the data and the identified sequences the paleo-environmental reconstruction showed the edge of the lake (lakesea) near the Carnaubais fault zone. The reconstruction also showed, sandy beachtempestites and salty laguneswith stromatolites and carbonatic soils.Thus, the 3rd order sequences identified represent each member of Alagamar Fm. (Upanema Mb, Ponta de Tubarão Mb. And Galinhos Mb.from bottom to the top). The correlation of the 4th order sequences can be applied onidentification of sandy reservoirs in this part of the basin.

Submitted by Roselaine Santos De Morais (morais_roselaine@hotmail.com) on 2018-11-23T01:58:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final.pdf: 6644535 bytes, checksum: c2604a9569fe179a19e3ac2aecd59592 (MD5) / Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Falta a capa. - Página de rosto: falta a cidade e o estado. Veja o modelo no site da seção de pós-graduação: http://igce.rc.unesp.br/index.php#!/instituicao/diretoria-tecnica-academica/secao-tecnica-de-pos-graduacao/ ou https://drive.google.com/file/d/1a7VK766HL8ElEHAWicmVeX-S7ZU-xehY/view - Ficha catalográfica está incorreta: favor elaborar pelo site da biblioteca: https://www.biblioteca.unesp.br/ficha/ Agradecemos a compreensão. on 2018-11-23T12:36:41Z (GMT) / Submitted by Roselaine Santos De Morais (morais_roselaine@hotmail.com) on 2018-11-23T13:15:58Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Final 2.pdf: 6534212 bytes, checksum: 07130515ef9670dfc137892b556ee98f (MD5) / Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Falta a capa: a versão digital deve ser idêntica à versão impressa. Por gentileza, digitalize a capa e coloque no início do arquivo. Agradecemos a compreensão. on 2018-11-23T15:39:06Z (GMT) / Submitted by Roselaine Santos De Morais (morais_roselaine@hotmail.com) on 2018-11-23T16:23:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação final 3.pdf: 6550039 bytes, checksum: c8d84089602862585f768088467276f0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-11-23T18:29:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morais_rs_me_rcla.pdf: 6519614 bytes, checksum: a25c60d2a9597aa0b03f2b5513cf1220 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T18:29:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morais_rs_me_rcla.pdf: 6519614 bytes, checksum: a25c60d2a9597aa0b03f2b5513cf1220 (MD5) Previous issue date: 2018-10-26 / Inspirada na Modelagem Matemática proposta por Bassanezi, mas entusiasmada com a possibilidade de aplicação proposta por Burak, neste trabalho busquei entender como o estudo das Recorrências Lineares de Primeira Ordem poderia contribuir para a construção de modelos matemáticos, em especial, fórmulas inerentes à Matemática Financeira, com alunos da 1ª série do Ensino Médio, utilizando, para isso, Matemática acessível aos mesmos e inteiramente imersa em um tema único e em suas ramificações, envolvendo no processo, simultaneamente, aprendizagem matemática – símbolos, algoritmos e técnicas de resolução –, interação entre a Matemática desenvolvida e a realidade do aluno – contexto sociocultural –, auxílio da tecnologia – Excel e Geo- gebra para observação de regularidades e compreensão dos processos e interpretação dos dados, além de Word e Power Point para escrita e apresentacão da atividade, respectivamente –, o desenvolvimento do aluno como protagonista de seu processo de aprendizagem e, por fim, a interdisciplinaridade. Os resultados foram tão positivos que repercutiram na comunidade escolar e culminaram no convite feito pela Diretoria de Ensino de Piracicaba para que o trabalho fosse adaptado para exposição em uma competição de pesquisas nos moldes de Iniciacão Científica na Universidade Metodista de Piracicaba – Unimep. / Inspired by the mathematical modeling proposed by Bassanezi, but enthusiastic about the possibility of application proposed by Burak, in this work I tried to understand how the study of Linear Recurrences of First Order could contribute to the construction of mathematical models, especially formulas inherent to Financia lMathematics, with students of the 1st grade of the High School, using, for this, Mathematics accessible to them and entirely immersed in a single theme and its ramifications, involving in the process simultaneously mathematical learning - symbols, algorithms and resolution techniques - interaction between developed mathematics and student reality - sociocultural context -, technology assistance - Excel and Geogebra for observation of regularities and understanding of processes and interpretation of data, in addition to Word and Power Point for writing and presentation of the activity, respectively -, the development of the student as the protagonist of their learning process and, finally, interdisciplinarity. The results were so positive that they reverberated in the school community and culminated in the invitation made by the Teaching Board of Piracicaba so that the work was adapted for exhibition in a competition of research in the form of Scientific Initiation at the Methodist University of Piracicaba - Unimep.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-10T17:08:26Z No. of bitstreams: 1 ALAN CARLOS BAIA DOS SANTOS - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2015..pdf: 514416 bytes, checksum: d8457c84d59d8f7ec7033999105c2f07 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-10T17:08:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ALAN CARLOS BAIA DOS SANTOS - DISSERTAÇÃO PPGMAT 2015..pdf: 514416 bytes, checksum: d8457c84d59d8f7ec7033999105c2f07 (MD5) Previous issue date: 2015-02 / CNPq / Para ler o resumo deste trabalho recomendamos o download do arquivo, uma vez que o mesmo possui fórmulas e caracteres matemáticos que não foram possíveis trascreve-los aqui. / To read the summary of this work we recommend downloading the file, since it has formulas and mathematical characters that were not possible to transcribe them here.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2008. / Submitted by Jaqueline Oliveira (jaqueoliveiram@gmail.com) on 2008-12-04T18:50:12Z No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JanMendoncaCorrea.pdf: 1697042 bytes, checksum: 1f33d862081703c73ca93cae5ea50d48 (MD5) / Approved for entry into archive by Georgia Fernandes(georgia@bce.unb.br) on 2009-02-12T17:40:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JanMendoncaCorrea.pdf: 1697042 bytes, checksum: 1f33d862081703c73ca93cae5ea50d48 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-02-12T17:40:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JanMendoncaCorrea.pdf: 1697042 bytes, checksum: 1f33d862081703c73ca93cae5ea50d48 (MD5) / O alinhamento de seqüências biológicas é uma das operações mais básicas em bioinformática, tendo por objetivo determinar a similaridade entre as seqüências. A solução deste problema envolve geralmente a comparação de seqüências através de programação dinâmica. Este tipo de comparação gera resultados ótimos mas possui complexidade quadrática de tempo, justificando métodos para sua aceleração em hardware como o FPGA. Na presente tese foram projetadas arquiteturas wavefront em FPGA utilizando espaço linear para três diferentes algoritmos. O primeiro algoritmo foi o de Smith-Waterman. Ele foi implementado na forma de um vetor wavefront e foi utilizado na aceleração da fase inicial de um algoritmo de alinhamento. Esta arquitetura foi capaz de recuperar o maior escore e posição em espaço linear. Esta arquitetura foi sintetizada em FPGA e o melhor resultado da arquitetura foi 246,9 vezes mais rápido que em software, demonstrando a utilidade da arquitetura. A seguir, foi projetada uma arquitetura para a recuperação do escore ótimo do algoritmo de programação dinâmica DIALIGN também em espaço linear. Foram obtidos resultados até 383,41 vezes superiores ao programa em software. Para recuperar o alinhamento ótimo no DIALIGN é necessário espaço quadrático. Assim, foi projetada uma variante do DIALIGN capaz de recuperar o alinhamento de duas seqüências em espaço linear. Após a implementação em hardware, os resultados obtidos foram até 141,38 vezes mais rápido que a implementação em software. ______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The alignment of biological sequences is one of the more basic operations in bioinformatics. Its purpose is to find the similarity between sequences. The solution to this problem generally involves sequence comparison through dynamic programming. This kind of comparison yields optimal results but has quadratic time complexity thus justifying its hardware acceleration in FPGA. In this thesis, linear space wavefront architectures were designed in FPGA for three different algorithms. The first algorithm was Smith-Waterman. It was implemented in a wavefront array and utilized to accelerate the initial phase of a sequence alignment algorithm. This architecture was able to retrieve the largest score and its position in linear space. It was synthesized in FPGA and the best result was 246,9 times faster than software, showing the appropriateness of the architecture. Also, an architecture to retrieve the optimal DIALIGN score in linear space was designed. The results were up to 383,41 times better than software. The retrieval of the optimal alignment for DIALIGN needs quadratic space. Therefore, a variant for the DIALIGN dynamic programming algorithm was proposed to retrieve the alignment in linear space. This variant was implemented in hardware and the results were up to 141,38 times faster than the software implementation.

Submitted by Everaldo Pereira (pereira.evera@gmail.com) on 2017-02-20T00:38:20Z No. of bitstreams: 1 dissertação_Karla Pacheco_.pdf: 8868034 bytes, checksum: aa29bea16349d260dfecbb07030188cc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T00:38:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertação_Karla Pacheco_.pdf: 8868034 bytes, checksum: aa29bea16349d260dfecbb07030188cc (MD5) / ABSTRACT - Sequence Stratigraphy is a tool of stratigraphic analysis where the basins infill is divided into genetically related successions separated by unconformities and their correlative conformities, and characterized by their aggradacional, progradacional or retreogradacional sedimentation patterns. In the present paper, the basic scheme of sequence stratigraphy, developed for the Phanerozoic since the late 1980's, is tentatively applied to a Proterozoic succession. The application test was developed for the metasedimentary rocks of the northern part of the Espinhaço Supergroup, which extends in a south-to north direction from the states of Minas Gerais to Bahia, and consists of rocks from the Meso-Proterozoic age formed by faulted and metamorphosed sandstones, quartzites, conglomerates, shales, phyllites and acidic and basic volcanic rocks. The study area is outcropping in the polygon formed by the counties of Macaúbas, Boquira and Canatiba, in the central region of Bahia state, Brazil. The study was based on field data acquisition and on the description of stratigraphic proles, forming the basis for facies and depositional systems analysis. Based on the interpretation of the results and the general definition of hierarchy, which led to the recognition of a relationship between successions of different hierarchical levels, the study resulted in the recognition of three first-order sequences, four second-order sequences and four third-order sequences for the studied interval. It is suggested that the application of the sequence stratigraphy tool to Precambrian metasedimentary successions is possible and effective regarding both well and outcrop data. / A Estratigrafia de sequências é o estudo das sucessões estratigráficas a partir da divisão do preenchimento de uma bacia em pacotes geneticamente relacionados e separados por discordâncias ou suas concordâncias correlativas. O presente estudo foi realizado através da produção de perfis e análises de fácies e, embora o esquema básico da Estratigrafia de Sequências tenha sido desenvolvido para o Fanerozóico, desde a década de oitenta demonstrou-se sua aplicabilidade ao Proterozóico, o que foi testado nas rochas do Supergrupo Espinhaço, aflorantes na serra do Espinhaço Setentrional entre o polígono formado pelas localidades Macaúbas, Boquira e Canatiba-Ba. A Serra do Espinhaço estende-se de sul para norte desde o estado de Minas Gerais e é formada por rochas de idade proterozóica constantes de arenitos, quartzitos, conglomerados, argilitos, filitos e rochas vulcânicas ácidas e básicas, falhadas e metamorfisadas. Com base na interpretação dos resultados obtidos e utilizando a de nição genérica do conceito de hierarquia, que implica na existência de uma relação entre a estrutura de níveis hierárquicos, sugeriu-se três sequências de primeira ordem, quatro sequências de segunda ordem e quatro sequências de terceira ordem para o intervalo estudado. Comprova-se que é possível e eficaz a aplicação da ferramenta Estratigrafia de Sequências em terrenos Precambrianos utilizando-se dados de afloramentos.