Submitted by Everaldo Pereira (pereira.evera@gmail.com) on 2017-05-13T15:18:47Z No. of bitstreams: 1 Natanael Tese.pdf: 10993496 bytes, checksum: 3b42f584ffb876b220f0b50a023923c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-13T15:18:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Natanael Tese.pdf: 10993496 bytes, checksum: 3b42f584ffb876b220f0b50a023923c4 (MD5) / O Sistema Aquífero Urucuia (SAU) consiste de sequências de arenitos, conglomerados e siltitos que integram um conjunto de aquíferos inter-relacionados do Grupo Urucuia, unidade neocretácea da Bacia Sanfranciscana. O estudo apresenta de maneira holística a evolução paleogeográfica e a hidrogeologia do SAU, no que concerne a determinação dos diferentes comportamentos hidrogeológicos a depender de sua posição geográfica na bacia. O SAU localiza-se na região centro-ocidental do Brasil. Em termos geológicos, é composta de nove litofácies relacionados a seis associações de fácies que representam a deposição em sistemas eólicos secos e fluviais entrelaçados. Esses sistemas registram modificações nas condições tectônicas e climáticas importantes na geração de espaço de acomodação de sedimentos e no suprimento sedimentar. Cinco sequências sedimentares foram identificadas com base no reconhecimento de superfícies regionais caracterizadas por momentos de exposição subaérea ou modificações no ambiente deposicional. Os depósitos eólicos e os tratos de sistema de baixa e alta acomodação são reconhecidos nas sequências de alta frequência e substituem os tratos de sistemas tradicionais relativos as mudanças no nível do mar eustático. As sequências desenvolvidas são segmentadas por aquitardes compostos por arenitos silicificados originados por processos diagenéticos. A presença de altos gravimétricos no substrato da bacia condiciona a geometria do SAU. A bacia hidrogeológica é assimétrica, em consequência de um eixo divisor do fluxo subterrâneo de direção aproximada N-S. Nela, é estabelecida uma evolução hidrogeoquímica segundo sistemas de fluxo local, intermediário e regional. A composição das águas subterrâneas é afetada por mudanças sistemáticas de espécies aniônicas de HCO3 para Cl e catiônica entre Ca e Na. Esses subsistemas constituem-se de arenitos com diferentes resistividades e um substrato mais condutivo representado, em sua maioria, pelo Grupo Bambuí. A espessura saturada aumenta para oeste, alcançando mais de 500 m no extremo ocidental. Nas regiões meridionais e setentrionais, a denudação é efetiva e o SAU é descontinuo e de pequena espessura. Constitui-se de aquíferos livres com baixo potencial hidrogeológico. No contexto centro-oriental, as espessuras sedimentares são maiores e o SAU possui uma configuração do tipo aquífero-aquitarde-aquífero. No extremo ocidental ocorre um aumento progressivo da profundidade da superfície potenciométrica e a implantação de aquíferos livres com níveis potenciométricos profundos. As assinaturas isotópicas das águas superficiais e subterrâneas são similares, o que indica uma interconexão hidráulica entre os reservatórios. A recarga principal ocorre pela infiltração das águas meteóricas, momento onde a composição isotópica da água subterrânea assemelha-se à da precipitação. No entanto, existe uma modificação desta composição durante as estiagens, devido ao enriquecimento isotópico causado pela evaporação. Dessa forma, a medida que se aproxima a estação chuvosa, a coluna de ar atmosférico torna-se cada vez mais saturado em vapor de água, o que resulta em uma diminuição do efeito da evaporação no fracionamento isotópico. Em geral, os processos tectônicos, sedimentares, diagenéticos e geomórficos integrados contribuíram com o estabelecimento do SAU. Em síntese, as sequências sedimentares foram desenvolvidas como reflexo intraplaca da fragmentação gonduânica e atestam a possibilidade de ocorrência de sistemas aquíferos expressivos no interior remoto continental sob as mesmas condições de evolução tectônica e climática. / ABSTRACT - The Urucuia Aquifer System (UAS) consists of sandstones, conglomerates and siltstones sequences that integrate a set of interrelated aquifers of the Urucuia Group, Upper Cretaceous unit of Sanfranciscana Basin. This study presents in a holistic way the paleogeographic evolution and hydrogeology of the UAS, regarding the determination of the different hydrogeological behaviors depending on their geographical position in the basin. The UAS is located in the central-western region of Brazil. In geological terms, it is composed of nine lithofacies related to six facies associations which represent the deposition in dry eolian system and braided rivers. These systems record the changes in the tectonic and climatic conditions, and this is important in the generation of accommodation space and in the sediment supply. Five sedimentary sequences are identified based on the recognition of regional surfaces, characterized by moments of subaerial exposure or changes in depositional environment. The eolian deposits and low- and high-accommodation system tracts are recognized in high-frequency sequences and replace the traditional systems tracts related to the eustatic changes in the sea levels. The developed sequences are segmented by aquitards composed by silicified sandstones originated by diagenetic processes. The presence of high gravimetric in the substrate basin conditions the geometry of the UAS. The hydrogeological basin is asymmetrical, as a result of a divider axis of the groundwater flow, approximately in N-S direction. In this basin, it is estabilished a hydrogeochemical evolution according to local, intermediate and regional flow systems. The composition of groundwater is affected by systematic changes of anionic species from HCO3 to Cl and cationic between Ca and Na. These subsystems are made up of sandstones with different resistivity and a more conductive substrate mostly represented by the Bambuí Group. The saturated thickness increases westwards, reaching more than 500 meters at the western end. In the southern and northern regions, the denudation is effective and the UAS is discontinuous and very little thickness. It consists of unconfined aquifers with low hydrogeological potential. In the central-eastern region, the sediments have greater thickness and the UAS has a configuration of the aquifer-aquitard-aquifer type. At the extreme West, there is a progressive increase in depth of the potentiometric surface and the implementation of unconfined aquifers with deep potentiometric levels. The isotopic signatures of surface water and groundwater are similar, what indicates a hydraulic interconnection between the reservoirs. The main recharge occurs by infiltration of rainwater, where the isotopic composition of the groundwater resembles to the precipitation. However, there is a modification of this composition during drought due to isotopic enrichment caused by evaporation. Thus, as it approaches to rainy season, the atmospheric air column becomes increasingly saturated with water vapor, which results in a decrease of the evaporation effect in the isotopic fractionation. In general, the integrated tectonic, sedimentary, diagenetic and geomorphic processes contributed to the establishment of the UAS. In summary, the sedimentar sequences were developed as intraplate reflection of the Gondwanic fragmentation and attest the possibility of significant aquifer system in a remote intra-continental setting under the same conditions of climate and tectonic evolution.

Submitted by Everaldo Pereira (pereira.evera@gmail.com) on 2017-05-16T15:20:11Z No. of bitstreams: 1 Marcio Dantas _ Dissertação.pdf: 13924387 bytes, checksum: 4d49b9382fbc42c602c7e496e3e8e345 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T15:20:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcio Dantas _ Dissertação.pdf: 13924387 bytes, checksum: 4d49b9382fbc42c602c7e496e3e8e345 (MD5) / As rochas carbonáticas têm grande interesse entre os geocientistas devido a sua importância como reservatórios de petróleo. Neste âmbito, as rochas carbonáticas da Formação Riachuelo, Bacia de Sergipe-Alagoas, auxiliam nos estudos de análogos de reservatórios, pois tem excelente seção aflorante de calcarenitos ooidais/oncoidais bioclásticos, calcirruditos, bioconstruções e calcilutitos. Os principais objetivos desta dissertação foram integrar dados de afloramentos com dados de poços, propor uma interpretação estratigráfica em alta resolução e analisar a qualidade como rochas reservatórios dos afloramentos estudados. Para isso, utilizou-se os dados do Projeto P&D “Caracterização Multiescalar em Reservatórios Carbonáticos Análogos da Bacia Sergipe-Alagoas/CAMURES-Carbonato – SEGUNDA ETAPA” , sendo 6 perfis de afloramentos que compreendem um total de aproximadamente 160 m de sucessão estratigráfica descontínua aflorante, os quais foram amostrados em seus intervalos principais e confeccionadas lâminas petrográficas para descrição das microfácies, e 3 perfis de poços, na região das cidades de Divina Pastora, Riachuelo e Laranjeiras, área central do estado de Sergipe. A aplicação da Estratigrafia de Sequências foi feita pela metodologia de Embry e Johannessen (1992), que considera como limite de sequência a Superfície Regressiva Máxima (SRM) e a discordância erosiva (não identificada), e utiliza como superfície auxiliar a Superfície Transgressiva Máxima (STM), com o auxílio dos ciclos de Karagodin (1975). Foram interpretados ciclos de alta frequência em 6ª e 5ª ordens nos afloramentos estudados e definidas as sequências elementares, e ciclos de 3ª, 4ª e 5ª ordens nos perfis de poços. A parte carbonática aflorante foi identificada no poço com o auxílio do perfil de raio-gama a uma profundidade de aproximadamente 250 m nos poços GALP e MAT. Toda a sucessão estratigráfica estudada apresenta baixa qualidade reservatório em sua seção carbonática e mista, pois em geral, tem alta microporosidade, resultado dos processos eo e mesodiagenéticos como cimentação de calcita espática, micritização e dolomitização que fecharam os poros primários. Por vezes, processos de dissolução em fase telodiagenética criaram porosidade móldica, mas que não resultam em boa porosidade efetiva. / ABSTRACT - Carbonate rocks have such a great interest by geoscientist due its importance as petroleum reservoirs. So the carbonate rocks of Riachuelo Formation, Sergipe-Alagoas Basin, give good support in the study of analogue reservoirs, because it has great outcrops sections of oolitic/oncolitic bioclastic calcarenites, calcirrudites, bioconstructions and calcilutites. The main objectives of this work is integrate outcrop data with wells data, propose a high resolution stratigraphic interpretation and analyze the quality of study rocks as reservoirs. Aiming this, data of the Project research “Caracterização Multiescalar em Reservatórios Carbonáticos Análogos da Bacia Sergipe-Alagoas/CAMURES-Carbonato – SEGUNDA ETAPA” were used, as follows 6 profile outcrops that comprises approximately 160 m of discontinuous stratigraphic section, that were sampled in key intervals and made thin sections to describe microfacies, and 3 well logs, at the area of Divina Pastora, Riachuelo e Laranjeiras cities, central area of Sergipe state. The application of Sequence Stratigraphy was done with Embry and Johannessen (1992) methodology, that considers as sequence's limit the Subaerial unconformity and the Maximum Regressive Surface, and uses Maximum Transgressive Surface as support, and the Karagodin cycles (1975). 5ª and 6ª orders high frequency cycles were interpreted in outcrops and defined them elementary sequence, and 3ª, 4ª and 5ª orders cycles in the well logs. The carbonate section of outcrop was identified at 250 m deep in the GALP and MAT well logs using gamma ray logs. All the studied section has low quality reservoir because of low porosity and low permeability inferred from thin section, and high microporosity, due eo and mesodiagenetic process like sparry calcite, micritization and dolomitization that closed primary pores. Sometimes, dissolution process in telodiagenesis creates moldic porosity but it isn't effective porosity.

Submitted by Marcos Samuel (msamjunior@gmail.com) on 2017-05-31T13:56:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - David.pdf: 1318676 bytes, checksum: 6bfd902aef196656fa74642e84ab3206 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2017-06-02T15:11:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - David.pdf: 1318676 bytes, checksum: 6bfd902aef196656fa74642e84ab3206 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T15:11:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - David.pdf: 1318676 bytes, checksum: 6bfd902aef196656fa74642e84ab3206 (MD5) / Esta dissertação se propõe a estudar temas tradicionais da matemática do ensino médio, as sequências, progressões e séries. A intenção não é apenas ser mais um material didático dentre os tantos existentes, mas se constituir em um aprofundamento de tais temas. Desta maneira, são estudadas as progressões aritméticas e geométricas, também em suas ordens superiores. Além disso, são analisadas as progressões harmônicas, aritméticogeométricas e geométrico-aritméticas, inclusive as de ordens superiores. As respectivas séries foram determinadas. Junto a isso, o uso da hist oria da matemática como agente estimulador permeou o texto e diversos problemas, alguns clássicos, outros desa adores em um nível de olimpíada matemática, foram abordados de forma a mostrar a larga aplicabilidade destes conteúdos. Em toda a abordagem, houve um cuidado de se utilizar a matemática elementar, facilitando assim o acesso do mesmo ao estudante do ensino médio.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A metodologia do “Multilocus Sequence Typing (MLST)” tornou-se uma ferramenta importante para tipagem molecular para C. albicans porque esta metodologia pode caracterizar grande número de isolados rapidamente e está isenta da interpretação subjetiva de padrões de bandas em géis de eletroforese. Este método é muito útil no entendimento da filogenia e epidemiologia de cepas de C. albicans recuperadas de infecções fúngicas invasivas. Objetivos: 1) aplicar as metodologias de MLST e Tipagem ABC para isolados de C. albicans recuperados de infecções de corrente sanguínea em hospitais terciários no Brasil e 2) determinar se cepas indistinguíveis ou diferentes foram responsáveis pelos episódios de candidemia persistente ou candidemia recorrente em isolados sequenciais de mesmo paciente. Material e Métodos: Nós aplicamos a metodologia do MLST e Tipagem ABC em isolados de C. albicans de 61 pacientes com candidemia coletados durante um estudo multicêntrico realizado em 11 hospitais públicos terciários de 9 cidades brasileiras. Também foram avaliados os isolados sequenciais de 8 pacientes com candemia persistente ou recorrente. Candidemia persistente foi definido como um episódio de fungemia com duas ou mais culturas positivas para C. albicans, em 2 ou mais dias diferentes, a despeito da contínua terapia antifúngica adotada. Candidemia recorrente foi definida como um episódio de candidemia ocorrendo ao menos 1 mês após o episódio incidente e a negativação de duas hemoculturas sequenciais após introdução da terapia antifúngica, envolvendo a mesma espécie de Candida. Resultados: Um total de 48 únicos “diploid sequence types (DSTs)” foram observados, incluindo 10 novos genótipos e 32 novos DSTs. DST 69 foi o mais comum entre os nossos isolados. Isolados clado 1 responderam a 56% da nossa coleção. O clado 3 e clado 8 foram os clados com maior número de isolados depois de clado 1, ambos respondendo por 10% das amostras. O clado 9 e clado 17 foram responsáveis por 6,5% dos isolados cada um. Isolados clado 12 responderam por 5%. Foi isolada uma única cepa (1,5%) do clado 2, clado 4, clado 16 e um isolado categorizado como “solitário”. Para Tipagem ABC, 82% dos isolados foram classificados como tipo A, seguido por tipo B com 16,5% e tipo C com 1,5%. Quanto aos pacientes com candidemia persistente ou recorrente, para todos os pacientes exceto um, verificou-se a permanência dos mesmos DSTs encontrados entre a primeira e última amostra coletada. Um único paciente com coletas sequenciais pelo período de 10 dias apresentou 3 cepas distintas discriminadas pelo MLST. Uma destas 3 cepas foi a única representante do clado 2 em nosso estudo. Conclusão: Mais de 50% dos isolados deste estudo apresentaram novos DSTs, predominando o clado 1 em 56% das amostras. Para a Tipagem ABC, 82% dos isolados foram do tipo A. Este é o primeiro estudo de nosso conhecimento a descrever infecção de corrente sanguínea por 3 cepas distintas de C. albicans documentadas no período de 10 dias. / The DNA sequence-based genotyping technique multilocus sequence typing (MLST) has emerged as an alternative typing tool for C. albicans because can characterize large numbers of isolates rapidly, and does not require the subjective interpretation of banding patterns. This methodology is a very useful tool in understanding the phylogenetics and epidemiology of C. albicans strains from invasive candidiasis. Objective: Our goal was 1) to apply MLST and ABC typing to C. albicans strains recovered from bloodstream infection from public tertiary care hospitals in Brazil and 2) determine whether indistinguishable or different strains were responsible for persistent or recurrent fungemia by performing MLST and ABC typing on sequential C. albicans isolates from the same patient. Methods: We applied MLST and ABC typing, which is based on the presence or absence of an intron in the 25S rDNA region, to C. albicans strains from 61 patients with candidemia collected during a multicenter surveillance study in 11 public tertiary care hospitals, representative of the public health system of 9 of the largest cities in Brazil. We also analyzed C. albicans strains from 8 patients with persistent or recurrent candidemia. Persistent candidemia was defined as two or more blood cultures positive for C. albicans on 2 or more separate days. Recurrent candidemia was defined as an episode of candidemia occurring at least 1 month after the apparent complete resolution of an infectious episode caused by the same Candida species. Results: A total of 48 unique profiles or diploid sequence types (DST) were observed, with 10 new sequence types (STs) and 32 new DSTs. DST 69 was the most common DST isolated. C. albicans clade 1 accounted for 56% of the collection, clade 3 and clade 8 for 10% each, clades 9 and 17 for 6.5% each, and clade 12 for 5%. Clade 2, clade 4, clade 16 and a singleton strain had 1 isolate each (1.5%). For ABC typing, 82% of the isolates were classified as type A, followed for 16.5% type B and 1.5% type C. All the patients’ strains related to persistent or recurrent candidemia but one showed the same MLST diploid sequence type (DST), ABC type and susceptibility profile to antifungals in the first and second samples. One patient with 7 samples collected sequentially over 10 days showed 3 distinct strains, well discriminated by MLST. One of the 3 strains recovered from this patient showed a single C. albicans isolate found in our total collection classified as clade 2, although clade 2 is commonly found worldwide. Conclusion: More than 50% of isolates from this study form a unique set of DSTs and clade 1 was responsible for 56% of the isolates. For ABC typing, 82% of the isolates were type A. To the best of our knowledge, this is the first study describing a blood stream infection with 3 distinct C. albicans strains in the same patient within a short period of time. / CNPq: GM/GD 142025-2005-4 / CNPq: SWE 200669/2007-9 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 maria_carvalho_ipec_mest_2012.pdf: 3003635 bytes, checksum: 510838807146764c9ee0f462f0cf0ea7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dentre as espécies de Candida não-albicans, Candida parapsilosis vem emergindo como importante patógeno de infecções fúngicas invasivas com disseminação hematogênica nas últimas décadas em diferentes continentes, principalmente, na Europa e na América Latina. C. parapsilosis foi considerada por muito tempo um complexo de três grupos distintos nomeados I, II e III. Tavanti et al (2005), baseado na tipagem da sequência multilocus (MLST), propôs o reconhecimento dos grupos II e III, como duas novas espécies: C. orthopsilosis e C. metapsilosis, respectivamente, mantendo o grupo I como C. parapsilosis stricto sensu. Até agora só tem sido possível distinguir essas três espécies por análise molecular. Métodos comerciais para testes de susceptibilidade aos antifúngicos vêm sendo utilizados para avaliar o comportamento de Candida spp. frente às drogas de uso clínico, incluindo o Etest® e o sistema Vitek® 2. Neste trabalho, estes dois métodos foram comparados ao método de referência de microdiluição em caldo pelo CLSI (M27-A3) para determinar a susceptibilidade in vitro de isolados clínicos do complexo psilosis aos fármacos antifúngicos anfotericina B, fluconazol, voriconazol e itraconazol. Um total de 53 isolados do complexo psilosis oriundos de hemoculturas obtidas de pacientes hospitalizados no município do Rio de Janeiro, entre 1998 e 2006, associados a episódios de fungemia, foram analisados Cinquenta e um isolados foram discriminados pela PCR, utilizando primers espécie-específicos, e dois isolados, pelo sequenciamento, sendo caracterizados como C. parapsilosis stricto sensu (75,4%), C. orthopsilosis (20,8%) e C. metapsilosis (3,8%). Os testes de susceptibilidade aos antifúngicos indicaram que a maioria dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu foi sensível a todos os fármacos testados. Entretanto, um único isolado de C. parapsilosis stricto sensu apresentou uma CIM = 2 [g/mL para a anfotericina B. Três isolados de C. orthopsilosis apresentaram CIM entre 2 e 8 [g/mL para o fluconazol pelo Etest® e Vitek® 2 e CIM entre 0,19 e 0,25 [g/mL para o itraconazol pelo Etest®. Os isolados de C. metapsilosis foram sensíveis a todos os fármacos testados. A concordância essencial entre Etest® ou Vitek® 2 com CLSI foi excelente (100%), exceto para o itraconazol (90,9%). Por outro lado, a concordância categórica foi 72,7% para o itraconazol pelo Etest® e 100% para os outros fármacos por ambos os métodos. Para anfotericina B, a concordância categórica foi de 100% para o Etest® e de 97,5% pelo Vitek® 2 em relação ao CLSI. Este estudo reforça a importância dos métodos Etest® e Vitek® 2 que podem ser empregados nos laboratórios rotineiros de microbiologia clínica para monitorar e detectar diferenças no perfil de susceptibilidade aos antifúngicos dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu, C. orthopsilosis e C. metapsilosis / Among non-albicans Candida species, Candida parapsilosis has emerged as an important agent of invasive fungal infections, and several cases associated with fungemia have been reported worldwide in last decade, mostly in Europe and Latin America. For many years, C. parapsilosis has been characterized as a complex composed of three genetically distinct groups (groups I, II, and III). Tavanti et al. (2005) based on multilocus sequence typing (MLST) technique, proposed the recognition of groups II and III as two different species: C. orthopsilosis and C. metapsilosis, respectively, maintaining the group I as C. parapsilosis sensu stricto. Up to now only has been possible to distinguish these three species just by molecular analysis. Commercial antifungal susceptibility methods including Etest® and Vitek® 2 system have been used to test the antifungal susceptibility of Candida spp. In this study, these methods were compared to the CLSI broth microdilution (BMD) reference method to determine in vitro susceptibility of clinical C. parapsilosis complex isolates to amphotericin B, fluconazole, voriconazole, and itraconazole. A total of 53 C. parapsilosis complex isolates from blood cultures obtained of patients who were hospitalized in the city of Rio de Janeiro between 1998 and 2006 associated with episodes of fungemia were analysed. Fifty-one isolates were discriminated by PCR using species-specific primers and two isolates by sequencing, being characterized as C. parapsilosis sensu stricto (75.4%), C. orthopsilosis (20.8%), and C. metapsilosis (3.8%). Antifungal susceptibility tests indicated that most of C. parapsilosis sensu stricto isolates were susceptible to all tested drugs. However, a single C. parapsilosis sensu stricto isolate presented MIC = 2 [g/ml for amphotericin B. Three C. orthopsilosis isolates showed MIC between 2-8 [g/ml for fluconazole by Vitek® 2 and MIC between 0.19-0.25 [g/ml for itraconazole by Etest®. C. metapsilosis isolates were susceptible to all tested drugs. The essential agreement between the Etest® or Vitek® 2 with the CLSI BMD for all drugs was excellent (100%), except for itraconazole (90.9%). The categorical agreement was 72.7% for itraconazole by Etest®, 97.5% for amphotericin B by Vitek® 2, and 100% for the other drugs by both methods compared with CLSI BMD. This study reinforces the importance of Etest® and Vitek® 2 methods in routine clinical microbiologycal laboratories to survey and detect differences in the profile of the antifungal susceptibility of C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis, and C. metapsilosis isolates.

Submitted by Gilvan Almeida (gilvan.almeida@icict.fiocruz.br) on 2016-09-20T14:28:59Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T13:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71971.pdf: 8611077 bytes, checksum: d7c7d933929609de42dfd8e3199d51cf (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), as Doenças Tropicais Negligenciadas (DTNs), como a doença de Chagas, tripanossomíase africana, entre outras, afetam cerca de 1 bilhão de pessoas no mundo. Apesar do impacto causado por estas doenças, as mesmas continuam sendo pouco estudadas. O reino Protista, ao qual os agentes etiológicos dessas doenças pertencem, incluem espécies de importância veterinária que causam muitas perdas para a indústria pecuária. Com os avanços da genética molecular, técnicas como a genotipagem estão sendo usado cada vez mais utilizadas para o estudo de protozoários parasitos. Genes ortólogos conservados em protozoários podem ser utilizados como loci para genotipagem desses protozoários, de modo a obter uma melhor caracterização interespecífica. Neste estudo, foram utilizadas técnicas de PCR singleplex e multiplex para a genotipagem de 16 espécies de protozoários de três diferentes gêneros: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (classe Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (filo Apicomplexa). Como metodologia de biologia molecular foram utilizados PCR e sequenciamento, bem como em bioinformática, onde foi utilizado filogenia molecular. Para esta finalidade, foram desenhados 39 pares de iniciadores degenerados e usados com o DNA genômico de espécies de protozoários de dois grupos: filo Apicomplexa e classe Kinetoplastea, em seguida, as reações de PCR foram realizadas a fim de padronizar as reações para um PCR multiplex. Além disso, os seguintes parasitos de importância para a saúde pública: T. cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. Vivax, foram utilizados neste trabalho A partir dos 39 pares de iniciadores, 9 pares foram selecionados compreendendo 7 loci para o presente estudo: metionil-tRNA sintetase, leucil-tRNA sintetase, seril-tRNA sintetase, subunidade U5 snRNP do spliceossomo, mismatch repair ATPase, triosefosfato isomerase e GTP-binding protein. Os testes a partir de diluições seriadas dos DNAs de Trypanosoma spp., Leishmania spp. e Plasmodium spp., onde mostraram uma sensibilidade de até 1 pg/\03BCL de DNA (para o locus Leucyl-tRNA synthetase em Trypanosoma e Leishmania). A reação inicial de PCR singleplex padronizada foi eficiente para todos os loci, o que proporcionou o desenho da reação de PCR multiplex, onde o melhor resultado foi a reação número 5, a qual foi utilizada um conjunto de iniciadores dos genes GTP-binding protein, U5 snRNP spliceosome subunit e Leucyl-tRNA synthetase, que quando integrados permitiram a genotipagem multilocus de tripanossomatídeos dos gêneros Leishmania spp. e Trypanosoma spp. A metodologia aplicada para a genotipagem destas espécies de parasitas foi bem-sucedida, e pode-se destacar após a observação de conjunto de resultados que o melhor locus em termos de especificidade, sensibilidade e fidelidade aos dados encontrados na literatura, foi Leucyl-tRNA synthetase, que apresentou resultados satisfatórios em todas as análises / According to the World Health Organization (WHO), Neglected Tropical Diseases (NTDs), examples being Chagas disease, African trypanosomiasis, among others, affect about 1 billion people in the world. However, they are little studied, despite its great impact on health. Also, they include species of veterinary importance that cause great harm to the livestock industry. The kingdom Protista, containing etiological agents of NTDs, they include species of veterinary importance and that cause great harm to the livestock industry. With advances in molecular genetics, techniques such as genotyping are being used increasingly used for the study of parasitic protozoans. Orthologous genes conserved in protozoa can be used as loci for genotyping, in order to obtain a better interspecific characterization. In this study, we used singleplex and multiplex PCR techniques for genotyping of 16 species of three different genus of protozoans: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (class Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (phylum Apicomplexa). As molecular biology methods were used PCR and sequencing of PCR fragments, as well as bioinformatics, using molecular phylogeny. For this purpose, were designed 39 degenerated primers for species of 2 groups: phylum Apicomplexa and class Kinetoplastea, then, the PCR reactions were performed with the aim of standardizing multiplex PCR reactions. Moreover, parasites of importance to public health such as Trypanosoma cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum and P. vivax were used in this study Based on the 39 pairs of primers, 9 pairs were selected comprising 7 loci for this study: methionyl-tRNA synthetase, leucyl-tRNA synthetase, seryl-tRNA synthetase, subunit U5 snRNP the spliceosome, mismatch repair ATPase, triosephosphate isomerase, and GTP- binding protein. The tests from serial dilutions of DNA from Trypanosoma spp., Leishmania spp. and Plasmodium spp., which showed a sensitivity of up to 1 pg/\03BCL DNA (for Leucyl-tRNA synthetase locus on Trypanosoma and Leishmania). The initial standardized singleplex PCR reaction was efficient for all loci, which resulted in the design of multiplex PCR reaction, where the best result was the number 5 reaction which was used a set of primers of the GTP-binding protein genes, U5 snRNP spliceosome subunit and Leucyl-tRNA synthetase, which when integrated allowed genotyping trypanosomatides multilocus of the genus Leishmania spp. and Trypanosoma spp. The methodology used for genotyping of these parasite species was successful, and can highlight after observation of the result set that the best locus in terms of specificity, sensitivity and fidelity to data found in literature, was LeucyltRNA synthetase, which showed satisfactory results in all analyzes

A deposição aptiana da margem continental brasileira é caracterizada por dois elementos principais: 1) a presença de evaporitos (halita e/ou anidrita) num ambiente definido como lago-mar (de acordo com HSÜ, 1987); e 2) uma configuração tectonossedimentar do tipo sag. A chegada do mar às bacias, antes puramente continentais, é um evento que afeta toda a margem continental do Brasil, bem como tem ocorrência global. A sua presença nas bacias da margem equatorial , em particular, na Bacia Potiguar, possui um forte relacionamento com a existência de petróleo e gás (Bertani et al., 1989). A margem sudeste da Bacia Potiguar possui um razoável cobertura sísimica tanto 2D como 3D. As unidades estratigráficas compõe esta porção da bacia são a Formação Pendência, na base, a Formação Alagamar, a Formação Açu e no topo, a Formação Jandaíra. A Formação Pendência, na realidade mais um grupo do que formação, engloba as rochas depositadas na fase riftee da bacia (Della Favera et al., 1994). A Formação Alagamar envolve os sedimentos depositados no Aptiano, os quais estarão no foco deste trabalho; é formada por três membros: Upanema, Camadas Ponta de Tubarão e Galinhos (Della Favera, 1990). A Formação Açu, do Cretáceo Superior, separa-se discordantemente da seção da Formação Alagamar e é formada principalmente por arenitos fluviais. Esta formação transiciona para a Formação Jandaíra, denatureza carbonática, que constitui o topo da sequência sedimentar. Neste trabalho serão definidos os sistemas deposicionais e respectivos controles da sequência aptiana ao longo da borda sudeste da Bacia Potiguar a partir da identificação de eletrofácies e sismofácies. Sendo assim, nesta dissertação são mostradas as sequências de 3 e 4 ordem que representam, em conjunto, a Fm. Alagamar. Foram identificadas, em perfis elétricos de diferentes poços na área de estudo pelo menos 6 sequências de 4 ordem e 3 sequências de 3 ordem, que também foram identificadas em seções sísmicas arbitrária de direção SW-NE e SE-NW interligando os poços de etudo. A partir da análise dos dados e sequências identificadas, a reconstituiçãopaleoambiental apontou para ambiente de borda de lago (lago-mar) próxima a escarpa de falha, com depósitos de leques aluviais a delta de rios entrelaçados, praias com tempestitosareno-calcíferos, laguna salgada com formação de estromatólitos e eventuais solos carbonáticos. Sendo assim, as sequências de 3 ordem identificadas representariam cada um dos membros da Fm. Alagamar (Mb. Upanema, Mb. Ponta de Tubarão e Mb. Galinhos, da base para o topo). A correlação das sequências de 4 ordem identificadas pode ser aplicada no rastreamento de corpos arenosos, reservatórios de petróleo nessa porção da bacia. / The Aptian deposits of the Brazilian continental margin are characterized by two main elements: 1) the presence of evaporites (halite and / or anhydrite) in an environment defined as lake-sea (according to Hsu, 1987), and 2) a configuration of tectonossedimentar sag type. The arrival of the sea in basins before purely continental, is an event that affects the entire continental margin of Brazil, and has overall occurrence. Their presence in the equatorial margin basins, in particular in the Potiguar Basin, has a strong relationship with the existence of oil and gas (Bertani et al., 1989). The southeastern margin of Potiguar basin has a reasonable 2D and 3D seismic coverage. The stratigraphic units in this portion of the basin are Pendencia Formation at the base, Alagamar Formation, Acu Formation and at the top, Jandaíra Formation. The PendenciaFormation, includes rocks deposited during the rifte phase (Della Favera et al., 1994). The Alagamar Formation involves sediments deposited in the Aptian, which will be the focus of this work, consists of three members: Upanema, Layers Ponta de Tubarão and Galinhos (Della Favera, 1990). Acu Formation, Upper Cretaceous, separates the Alagamar Formation by an unconformity and it consists mainly of fluvial sandstones. The Jandaira Formation from transitional phase is represented by carbonates, which is the top of the sedimentary sequence. This work will define the depositional systems and their controls on Aptian sequence along the southeastern margin of the Potiguar basin Therefore, this dissertation shows the 3rd and 4th order sequences. These sequences, together, represent the AlagamarFm. The sequences were identified in electric logs from different wells in the studied area and at least 6 sequences of 4thand3 sequences of 3rdorder were identified for each well. These 3rd order sequences were also identified in arbitrary seismic sections (SW-NE and SE-NW directions).From the analysis of the data and the identified sequences the paleo-environmental reconstruction showed the edge of the lake (lakesea) near the Carnaubais fault zone. The reconstruction also showed, sandy beachtempestites and salty laguneswith stromatolites and carbonatic soils.Thus, the 3rd order sequences identified represent each member of Alagamar Fm. (Upanema Mb, Ponta de Tubarão Mb. And Galinhos Mb.from bottom to the top). The correlation of the 4th order sequences can be applied onidentification of sandy reservoirs in this part of the basin.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4425.pdf: 4096750 bytes, checksum: d77921e33ac24b167ed701cea4759eb0 (MD5) Previous issue date: 2012-04-18 / Financiadora de Estudos e Projetos / Plant cell walls are composed of approximately 65% cellulose microfibrils and pectin. The latter is proteolytically degraded by the so-called pectinases enzymes (also known as pectinolytic enzymes). Pectinases may be either depolymerizing. They are produced by plants, filamentous fungi, bacteria, and yeast. Due to the wide commercial use of pectinase, one has testified a growing number of studies devoted to understand the activities of such enzymes. Bioinformatics tools were employed throughout this work in order to study fungal polygalacturonase (PG) under two aspects. Firstly, all stored fungal PG sequences in databases (2093) were analyzed in order to evaluate through searching for sequential motifs and phylogenetic studies the possibility to classifying the enzymes as either Endo- or Exo-PG. After excluding those with less than 70 amino acids, those that corresponded to the hypothetical protein , and those that were neither PG nor fungal PG, there were 957 sequences left. Those sequences were separated according to genus and species. For each group, multiple sequence alignments were made by using ClustalW software. The alignments were analyzed and the sequences displaying 100% identity were then expunged, thus resulting in a database of unique sequences of fungal PG. By means of the alignment, the study of structural motifs, and the construction of phylogenetic trees, one was able to classify all the sequences according to their mode of action in either Endo- or Ex-PG. Throughout the second part of our research, protein homology-modeling methods were employed while constructing a three-dimensional model of a L. gongylophorus fungal polygalacturonase, symbiont of leaf-cutting ant. The model was validated by PROCHECK, VERIFY 3D, and WHAT IF software. By analyzing the 3D model of the L. gongylophorus PG, a catalytic mechanism of the enzyme was outlined, which may take place by inverting the configuration of sugar anomeric carbon (substrate). / A parede celular de células de plantas é composta de aproximadamente 65% de rede de celulose e rede de pectato. Essa última é proteoliticamente degradada por enzimas chamadas pectinases ou enzimas pectinolíticas. As pectinases podem ser despolimerizantes ou desesterificantes e são produzidas por plantas, fungos filamentosos, bactérias e leveduras. Impulsionado pelas aplicações comerciais que pectinases representam, é crescente o estudo para o melhor entendimento sobre as atividades dessas enzimas. Ferramentas de bioinformática foram usadas neste trabalho para estudar poligalacturonases (PG) de fungos, sob dois aspectos. Na primeira parte do trabalho, todas as sequências de PG de fungos depositadas em bancos de dados (2093) foram analisadas e avaliadas quanto à possibilidade de classificação das enzimas em Endo- ou Exo-PG através de busca de motivos sequenciais e estudos filogenéticos. Após exclusão daquelas com menos de 70 aminoácidos, das que correspondiam a 'proteína hipotética' e ainda das que não eram PG ou mesmo não eram PG de fungos restaram 957 sequências. Essas sequências foram separadas por gênero e espécie e para cada grupo foram realizados alinhamentos múltiplos de sequências usando o programa ClustalW . Os alinhamentos foram analisados e as sequências com 100% de identidade foram retiradas, resultando em um conjunto de dados com 417 sequências únicas de PG de fungos. Através dos alinhamentos, do estudo de motivos estruturais e da construção de árvores filogenéticas foi possível classificar todas as sequências de acordo com seu modo de ação em Endo- ou Exo-PG. Na segunda parte do trabalho foi usado o método de modelagem por homologia na construção do modelo tridimensional de uma poligalacturonase do fungo L. gongylophorus, simbionte de formigas cortadeiras. O modelo foi validado com os programas PROCHECK, VERIFY 3D e WHAT IF. Através da análise do modelo 3D da PG do L. gongylophorus foi possível propor um mecanismo de ação da enzima, que deve ocorrer com inversão da configuração do carbono anomérico do açúcar (substrato).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Matemática, Programa de Mestrado Profissional em Matemática em Rede Nacional, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-02-28T17:35:55Z No. of bitstreams: 1 2017_FábioAlvesBarbosa.pdf: 3290907 bytes, checksum: 1b72d12d1dee2442472904338bc19d83 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-03-14T18:07:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_FábioAlvesBarbosa.pdf: 3290907 bytes, checksum: 1b72d12d1dee2442472904338bc19d83 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-14T18:07:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_FábioAlvesBarbosa.pdf: 3290907 bytes, checksum: 1b72d12d1dee2442472904338bc19d83 (MD5) Previous issue date: 2018-03-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / Este trabalho visa apresentar o assunto Sequência de Fibonacci para uma abordagem no Ensino Médio, apresentando-a com rigor matemático, envolvendo histórico, conceitos, definições, propriedades e teoremas básicos. Foi feita uma breve análise do cenário do sistema educacional brasileiro, enfatizando o Ensino Médio, e a abordagem da importância de ensinar a Matemática nesta modalidade, apresentando aos alunos aplicações práticas da disciplina, seja no cotidiano, na Natureza, artes, ciências, bem como o fundamento para o desenvolvimento de algo relevante. Por fim, foram propostas atividades que trabalhem o assunto sequência de Fibonacci e razão áurea em uma turma de ensino médio, envolvendo história da Matemática, a abordagem algébrica e teórica e aplicações. O trabalho foi desenvolvido mediante pesquisa bibliográfica e experiências vivenciadas em sala de aula em turmas de Ensino Médio. / This theory presents Fibonacci sequence subject for an approach in high school, presenting it with mathematical rigor, involving history, concepts, de_nitions, properties and basic theorems. A brief analysis of the Brazilian educational system scenario was made, emphasizing the high school, and the approach of the importance of teaching mathematics in this teaching level, presenting students with practical applications of the subject, whether in daily life, in nature, arts, sciences and the foundation for development of something relevant. Finally, it was proposed activities that deal with Fibonacci Sequence and Golden Ratio in high school classes, involving the history of mathematics, algebra and theoretical approach and application. The study was conducted by bibliographic research and experiences in the classroom in high school classes.

Orientador: Geraldo Francisco Donegá Zafalon / Banca: André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho / Banca: Rogéria Cristiane Gratão de Souza / Resumo: Com a crescente na quantidade de dados genômicos disponíveis, o alinhamento de sequências destaca-se como uma das tarefas relevantes no contexto da Bioinformática, cujos resultados são utilizados no auxílio às análises e posteriores inferências sobre esses dados. Assim, diversos algoritmos para alinhamento múltiplo de sequências baseados em diferentes heurísticas, como a de Algoritmos Genéticos, Otimização por Colônia de Formigas, Recozimento Simulado (Simulated Annealling), Busca Tabu, entre outros, foram propostos. No entanto, estudos apontam que com o uso de uma função objetivo mais adequada para aferir a qualidade do alinhamento produzido em cada caso específico, geralmente, produzem-se resultados com maior significância biológica. Além disso, o uso simultâneo de diferentes heurísticas para alinhamento múltiplo de sequências também tende a produzir melhores resultados, de modo que essa hibridização amenize as desvantagens de cada estratégia. No presente trabalho, implementou-se um escalonador automático de funções objetivo para selecionar o modelo de avaliação mais adequado para cada caso, com base na similaridade das sequências de entrada. Além disso, foi implementada uma fase de pós processamento com Otimização por Colônia de Formigas junto à MSA-GA, a fim de se refinar os alinhamentos produzidos pela ferramenta. Nos testes, pode-se verificar que o escalonador foi capaz de calcular de maneira adequada a similaridade dos conjuntos de entrada e, com isso, selecionar... / Abstract: Due the increasing of the genomic data available, the multiple sequence alignment became one of the most important tasks in Bioinformatics, whose results are used to help biologists in their analysis. Thus, many algorithms to perform multiple sequence alignment based on different heuristics have been proposed, as Genetic Algorithms, Ant Colony, Simulated Annealing, Tabu Search, among others. Nonetheless, studies show that the use of an objective function suited for each case, generally, results in alignments with more biological significance. Moreover the simultaneous use of different heuristics to perform multiple sequence alignment can produce better results, smoothing the disadvantages of each strategy. In the present work, it was developed an automatic scheduler of objective functions to select the evaluation model more suited for each case, based on the similarity of the input sequences. Moreover it was implemented into the MSA-GA tool a post-processing stage with Ant Colony, in order to refine the obtained alignments. In the tests, it can be noticed that the scheduler calculates satisfactorily the similarity of the sequence sets and selects the more suited objective function. Moreover, with the post-processing stage, it was possible to re- fine the alignments of the MSA-GA, producing better results in terms of biological significance / Mestre