Orientador: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T15:18:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo_TaniaKawasakide_M.pdf: 2044257 bytes, checksum: 88ecc1c41da8ad27c2eef91360a2d656 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A patogênese das fendas orais envolve tanto fatores genéticos como ambientais. Mutações que causam fenda labiopalatal (FL±P) em camundongos apontam diretamente para genes candidatos em humanos. Por exemplo, as FL±P foram descritas em modelos animais deficientes ou com mutações nos genes TFAP2A e BMP4, sendo que mutações neste último foram detectadas em casos de FL±P não sindrômica na população chinesa. Os dois genes citados também estão associados, em modelos animais, a alterações da morfogênese de outros órgãos. Objetivou-se investigar o envolvimento dos genes BMP4 e TFAP2A na etiologia da FL±P em uma amostra de pacientes brasileiros por meio de reação em cadeia da polimerase (PCR), digestão com enzima HphI (PCR-RFLP) e sequenciamento direto. A casuística foi composta por 45 indivíduos, classificada, clinicamente, de acordo com a International Clearinghouse for Birth Defects and Surveillance and Ressearch (ICBDSR 2007). Com a finalidade de comparar com a literatura, utilizou-se a divisão em dois grupos: FL±P sindrômica (20 casos), FL±P não sindrômica (25 casos). A análise estatística foi feita com o teste do qui-quadrado. A substituição 538T®C (rs17563) no gene BMP4, anteriormente descrita como associada à FLP na população chinesa e em alguns indivíduos com microforma de FLP, foi encontrada em 34 (75,5%) indivíduos. Utilizou-se grupo controle de 169 indivíduos normais, sem casos de fendas orofaciais em três gerações e sem ascendência oriental. Não houve diferença significativa na freqüência dos genótipos e alelos do polimorfismo rs17563 no gene BMP4 entre os casos com FL±P e o grupo controle (p=0,3347, OR=0,718255, 95%CI, 0,4-1,27). Entretanto, para que a análise estatística seja conclusiva, é necessário aumento do número amostral. Alterações de sequência no gene TFAP2A, descritas como polimorfismos em base de dados genômicos, foram identificadas em cinco casos. Deste modo, não existem evidências de que os genes TFAP2A e BMP4 estejam envolvidos na gênese de FL±P nesta amostra. / Abstract: Information regarding research throughout the years shows that the pathogenesis of cleft lip and palate (CL±P) involves genetic and environmental factors. Mutations that cause CL±P in mice point directly to candidate genes in humans, as TFAP2A and BMP4 gene. The phenotype of animal models with mutations in these genes included clefts. Mutations in BMP4 have also been detected in cases of nonsyndromic CL±P in the Chinese population. Considering this, the aim of our study is to investigate the involvement of BMP4 and TFAP2A genes in the etiology of CL±P in the Brazilian population. Mutation screening by direct sequence and enzyme digestion with HphI (PCR-RFLP) were applied. Casuistry was composed by 45 patients, clinically classified by International Clearinghouse for Birth Defects and Surveillance and Ressearch (ICBDSR 2007). To compare with the literature, they were divided in syndromic CL±P (20 cases) and nonsyndromic CL±P (25 cases). Statistical analysis was performed using the chi square. The sample included 45 individuals, separated into two groups: The substitution 538T ® C (rs17563) in the BMP4 gene, previously described as associated with CL±P in the Chinese population and in some individuals with microforms of CLP was found in 34 (75.5%) subjects. A control group of 169 normal subjects, which had no cases of orofacial clefts in three generations and no Oriental ascendancy, was used. There was no significant difference in frequency of genotypes and alleles of rs17563 polymorphism in the gene BMP4 between cases with CL ± P and the control group (p = 0.3347, OR = 0.718255, 95% CI, 0.4 to 1.27). However, further studies with larger samples are necessary to elucidate this aspect. At TFAP2A gene was detected two single nucleotide polymorphisms. Thus, there is no evidence of involvement of TFAP2A and BMP4 genes in the CL±P in this sample. / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Carlos Eduardo Steiner, Carmen Silvia Bertuzzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T18:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlin_MarceloPaschoalete_M.pdf: 1614647 bytes, checksum: 62e5b428719069b2b173ab2baf51970f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A transformação de glicogênio em glicose acontece através de reações químicas realizadas por enzimas específicas e uma deficiência em uma delas leva ao acúmulo de glicogênio, resultando em distúrbios hereditários conhecidos como doenças de depósito de glicogênio (GSD, da sigla em inglês), ou glicogenoses. A glicogenose tipo I (GSDI), responsável por mais de 90% dos casos, é causada pela deficiência de G6Pase, enzima chave na homeostase da glicose sanguínea. Seu complexo enzimático é constituído por duas subunidades (catalítica e translocase) que determinam os subtipos Ia e Ib. A GSDIa, também conhecida como doença de von Gierke, é a mais comum das GSDI com 80 a 90% dos casos e corresponde a uma deficiência na sub-unidade catalítica da G6Pase. A GSDIb é a segunda forma mais prevalente e mais grave. É resultante da deficiência da glicose-6-fosfato translocase que transporta a glicose-6-fosfato para o lúmen do retículo endoplasmático, onde a unidade catalítica da G6Pase está situada. Em ambas, a deficiência enzimática é o resultado de mutações genéticas nos genes que codificam estas enzimas, conhecidos respectivamente como G6PC e G6PT1. O diagnóstico bioquímico é recomendável caso se queira desvendar e recomendar modalidades de tratamento, porém não fornece informação suficiente para a determinação do subtipo envolvido. Para essa diferenciação é necessário análise enzimática da G6Pase. Como essa enzima não é expressa em tecidos como fibroblastos ou linfócitos, sua aferição só é possível por procedimento cirúrgico, através de biópsia hepática. Nesse contexto, a clonagem do cDNA do G6PC e G6PT1 possibilitou o rastreamento de mutações responsáveis pelos subtipos Ia e Ib, o que permite a alternativa de um diagnóstico menos invasivo baseado em técnicas de biologia molecular através de amostras de sangue. No presente estudo, treze pacientes com sintomas clínicos sugestivos de GSDIa e Ib foram investigados através do sequenciamento genético. Foram detectadas para o gene G6PC cinco alterações, incluindo, três mutações de ponto (G68R, R83C e Q347X) e dois polimorfismos (c.511G>A e c.1176T>C), todos previamente descritos. Já para o gene G6PT1 foram encontradas quatro alterações: uma mutação de ponto conhecida (G149E), uma inserção do tipo frameshift inédita na literatura especializada (c.1338_1339insT) e dois polimorfismos (c.1287G>A e c.1076-28C>T). A frequência das mutações em nosso meio é semelhante à observada na literatura, na qual a mutação R83C também é a mais frequente. Além disso, o presente estudo acrescentou a descrição de uma nova mutação. A pesquisa de ambos os genes deve ser considerado na investigação dessa condição para definir os subtipos envolvidos, pois no caso de ausência de alterações no gene 6PC, sugere-se o rastreamento no gene G6PT1. O estudo molecular dessa condição abre a possibilidade do diagnóstico precoce que é importante para estabelecer um tratamento correto aos pacientes, evitando o surgimento de complicações tardias e melhorando a qualidade de vida. Além disso, contribui para o aconselhamento genético adequado do casal podendo confirmar a estimativa do isco entre os próximos filhos e, eventualmente, permitir diagnóstico pré-natal por nálise de mutação / Abstract: Glucose transformation into glycogen is mediated by specific enzymes and a deficiency in one of them may cause glycogen accumulation, resulting in hereditary disorders known as glycogen storage diseases (GSD), or glycogenosis. Glycogenosis type I (GSDI), responsible for more than 90% of cases, is caused by deficiency of the glucose-6-phosphatase (G6Pase), the key enzyme in blood glucose homeostasis. Its enzyme complex consists of two subunits (catalytic and transporter) that determine subtypes Ia and Ib. GSDla, also known as von Gierke disease, is the most common GSDI responsible for 80 to 90% of cases and corresponds to a deficiency in the catalytic subunit of G6Pase. GSDIb is the second most prevalent but also the most severe, resulting from deficiency of lucose-6- phosphate translocase that transports glucose-6-phosphate into the lumen of the endoplasmic reticulum, where the catalytic unit of G6Pase is located. In both types, enzymatic deficiency results from genetic mutations in the genes that codify these enzymes, known as G6PC and G6PT1. Biochemical essay for GSDI is useful to confirm the diagnosis and to recommend treatment, however it does not allow the determination of the disease subtype. For this differentiation, enzymatic analysis of G6Pase is necessary. Since this enzyme is not expressed in tissues such as fibroblasts or lymphocytes, activity determination is only possible by liver biopsy. In this context, the cDNA cloning of G6PC and G6PT1 allowed the screening of mutations responsible for subtypes Ia and Ib, which gives the alternative of a less invasive diagnosis based on molecular biology techniques, using blood samples. In this study, thirteen patients with clinical symptoms suggestive of GSDIa and Ib were investigated through genetic sequencing. Five changes were detected in G6PC, including three known point mutations (G68R, R83C and Q347X) and two polymorphisms (c.511G> A and c.1176T>C). Concerning the G6PT1 gene, four changes were found: a known point mutation (G149E), a novel frameshift insertion (c.1338_1339insT) and two polymorphisms (c.1287G>A and c.1076-28C>T). The frequency of mutations in this population is similar to that observed in the literature, in which R83C is also the most frequent. Additionally, this study added a description of a new mutation. As result of this study, molecular analysis of both genes should be considered in he investigation of individuals with this GSDI in order to define the subtypes involved. Molecular analysis of G6PC and G6PT1 genes enable the achievement of positive diagnosis of GSDIa and Ib, securely without the need for liver biopsy. It also allows the differentiation of types and subtypes, which is not possible by the biochemical diagnosis. Finally, the identification of the mutation provides an additional tool for the genetic counseling (and eventually prenatal diagnosis) of the parents and other family members / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Domingos da Silva Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T15:47:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tiba_MoniqueRibeiro_D.pdf: 3934673 bytes, checksum: 211302f7129afd8376ba9096064a21c4 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Escherichia coli tem sido isolada, com certa freqüência, apresentando antígenos flagelares (H) que não são reconhecidos por nenhum dos anti-soros disponibilizado pelo mais importante centro de referência de E. coli, The International Escherichia and Klebsiella Centre (WHO) do Statens Serum Institut, Copenhague, Dinamarca. Atualmente são reconhecidos 53 antígenos "H" e, nos últimos 29 anos, nenhuma modificação ocorreu na lista dos antígenos flagelares associados à Escherichia coli. Isto posto, os objetivos deste trabalho foram identificar os antígenos flagelares das cepas de E. coli que expressam H não tipável (HNT) e que apresentam fatores de virulência associados à diferentes enteropatias. Esta identificação foi realizada inicialmente, pela reação em cadeia da polimerase (PCR) do gene fliC, responsável pela proteína flagelina, das 53 amostras padrões para os antígenos H e das 20 amostras HNT (H não-tipável). Em seguida, os amplicons foram digeridos por enzimas de restrição e daquelas amostras que apresentaram perfis de restrições distintos daqueles observados para as amostras padrões de antígeno H, foram produzidos soros em coelhos. Foram realizados testes de titulação frente aos 53 antígenos padrões, frente ao antígeno homólogo e frente aos antígenos das amostras HNT. As seqüência gênicas das amostras HNT, obtidas na reação de sequenciamento, foram comparadas aos diferentes genes de fliC armazenados no banco de dados do "National Center for Biotecnology Information" (NCBI) através do sistema BLAST, e o programa ClustalW foi utilizado para alinhamento das seqüências. Os resultados demonstraram que estas amostras apresentaram similaridade com antígenos padrões, entretanto, elas não possuem a mesma seqüência nucleotídica e também não reagiram fenotipicamente com o anti-soro esperado. Os dados obtidos permitem concluir que no conjunto de amostras estudado, treze amostras apresentaram antígeno flagelar diferente daqueles já descritos na literatura, quando utilizado as técnicas de PCR e/ou sorologia. / Abstract: Escherichia coli has been isolated frequently, showing flagellar antigens that are not recognized by any of the antisera, provided by the most important reference center of E. coli, The International Escherichia and Klebsiella Centre (WHO) of the Statens Serum Institute, Copenhagen, Denmark. Are currently recognized 53 H antigens and in the last 29 years, no change occurred in the list of flagellar antigens associated with Escherichia coli. The objectives of this study were to identify the flagellar antigens of E. coli that do not express non-typeable H antigens and presenting the virulence factors associated with different diseases. This identification was performed initially by gene amplification of the fliC, (flagellin protein) by the polymerase chain reaction (PCR) in all 53 standards E. coli strains for the H antigens and 20 non-typeable H-antigens E. coli strains, being then, the amplicons were digested by restriction enzymes. Anti-sera were produced in rabbits, those strains that showed different restriction profiles of these patterns observed for the nontypeable H antigens E. coli strains. Agglutination testes were carried out against the 53 antigens standards, against the homologous antigen and H antigens of the non-typeable strains. DNA sequences were compared to different fliC genes stored in the database of the National Center for Biotecnology Information (NCBI) through the BLAST, and ClustalW program was used to align the sequences. The results showed that although these strains have homology with a standard H-antigen, they do not have the same nucleotide sequence and did not phenotypically reacted with the antiserum expected. The data obtained showed that thirteen strains had a different H antigen those already described in the literature when used the techniques of PCR-RFLP and/or serology. / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T12:53:52Z No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T12:54:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T12:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Daniella Vieira Cândida - 2017.pdf: 1821838 bytes, checksum: a4d863f3de465899a5c2160c17565020 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Abstract: In 2013, common bean plants of the cultivar Pérola were found in an experimental field belonging to Embrapa Arroz e Feijão Lat. 16 ° 28 '00 "(S); Long. 49 ° 17 '00 "(W); (GO) presenting leaf distortion, mosaic and blistering. The sample analysis by electron microscopy detected the presence of typical Comovirus genus viral particles, thus, the identification of the virus species through sequencing became essential and the search for control alternatives, due to the damage potential of Bean rugose mosaic virus (BRMV) to bean production fields. Therefore, the present work had as objectives: (1) the molecular characterization of BRMV-GO, an isolate from common bean and (2) the search for bean accessions resistant to this viral species. For germplasm selection, 172 accessions were analyzed by means of mechanical inoculation and visualization of symptoms at 5, 21 and 30 days after inoculation. The range of hosts was analyzed by inoculation of 15 typical indicator species. Soya plants (Cv. Savana, Cv. Cristalina, Cv. Doko and Cv. Conquista) and pea (Cv. Mikado and Cv. Triofin) were also analyzed for reactions to BRMV-GO. Leaves of the infected plants were used for detection of BRMV-GO through RT-PCR. Of the 172 analyzed accessions, 168 behaved as susceptible, 3 accessions: BGF0011750 (cv. Mulatinho), BGF0000880 (cv. Rico 23) and BGF0001083 (cv Rico 23) reacted to BRMV-GO with vein and petioles necrosis followed by death; 1 access, BGF0003174 cv. IPA5047, showed a hypersensitivity reaction. The two species of the indicator Chenopodium amaranticolor and C. quinoa reacted with local necrotic lesions and no systemic infection confirmed by RT-PCR. Soybean plants reacted as susceptible and all pea plants showed tip burning. For molecular characterization, complete genome sequencing was performed by Sanger method using the primer walking strategy, the 5 'and 3' ends were obtained by RACE method. Genome sizes were 5906 nucleotides with a 1856 amino acid polyprotein for RNA 1 and 3688 nucleotides with a polypeptide of 1096 amino acids for RNA 2. The nucleotide identity between BRMV-GO and BRMV-Paraná isolates was 92.7% for RNA 1 and 90.5% for RNA 2. The highest percentage of identity obtained by amino acids sequence alignment of the polymerase (RdRp) and the capsid protein (CP) was 63% (RdRp) and 66% (CPs) with Bean pod mottle virus (BPMV), however, the ICTV delimits 80% (RdRp) and 75% (CP) identity to be part of the Comovirus genus, however, these results agree with the results obtained in another work with a Paraná isolate, corroborating that BRMV is a distinct species among this genus. Phylogenetic analysis of regions RdRp and CPs showed that BRMV-GO and BRMV-Paraná do not have significant differences and revealed higher indexes of identity with BPMV, both for RNA 1 and RNA 2. The complete sequences of RNA 1 and RNA 2 were deposited on Genbank under accession numbers KY622124, KY622125, respectively. / Resumo: Em 2013, plantas de feijão-comum da cultivar Pérola foram observadas em um campo experimental da Embrapa Arroz e Feijão Lat. 16° 28’ 00”(S); Long. 49° 17’ 00”(W); (GO) apresentando deformação foliar, mosaico em desenho e bolhosidade. A análise das amostras por microscopia eletrônica detectou a presença de partículas virais típicas do gênero Comovirus, sendo assim necessária a identificação da espécie do vírus através de sequenciamento e a busca por alternativas para o controle, devido ao potencial de dano da espécie Bean rugose mosaic virus (BRMV) para a cultura do feijão. Por isso, o presente trabalho teve como objetivos: (1) a caracterização molecular do isolado BRMV-GO, proveniente de feijoeiro e (2) a busca por acessos de feijoeiro resistentes à essa espécie viral. Para a seleção de germoplasma, 172 acessos foram analisados por meio de inoculação mecânica e visualização dos sintomas aos 5, 21 e 30 dias após a inoculação. A gama de hospedeiras foi analisada mediante inoculação de 15 espécies indicadoras típicas. Plantas de soja (cv. Savana, cv. Cristalina, cv. Doko e cv. Conquista) e ervilha (cv. Mikado e cv. Triofin) também foram analisadas quanto à reação ao BRMV-GO. Folhas das plantas infectadas foram usadas para detecção de BRMV-GO via RT-PCR. Dos 172 acessos analisados, 168 se comportaram como suscetíveis, 3 acessos: BGF0011750 (cv. Mulatinho), BGF0000880 (cv. Rico 23) e BGF0001083 (cv. Rico 23) reagiram ao BRMV-GO com necroses nas nervuras e pecíolos seguida de morte; 1 acesso, BGF0003174 cv. IPA5047, apresentou reação de hipersensibilidade. As duas espécies de indicadoras Chenopodium amaranticolor e C. quinoa reagiram com lesões locais necróticas não ocorrendo infecção sistêmica confirmada por meio de RT-PCR. As plantas de soja foram suscetíveis e todas as plantas de ervilha apresentaram queima do topo. Para a caracterização molecular, o sequenciamento completo do genoma foi realizado pelo método de Sanger usando a estratégia primer walking, as extremidades 5’ e 3’ foram obtidas pelo método RACE. Os tamanhos dos genomas foram de 5906 nucleotídeos com uma poliproteína de 1856 aminoácidos para RNA 1 e para RNA 2 foi de 3688 nucleotídeos com uma poliproteína de 1096 aminoácidos. A identidade de nucleotídeos entre os isolados BRMV-GO e BRMV-Paraná foi de 92,7 % para RNA 1 e 90,5% para RNA 2. A maior porcentagem de identidade obtida através do alinhamento de sequências de aminoácidos da polimerase (RdRp) e da proteína do capsídeo (CP) foi de 63% (RdRp) e 66% (CPs) com Bean pod mottle virus (BPMV), entretanto, o ICTV delimita para membros do gênero Comovirus uma identidade de 75% para aminoácidos (CPs) e 80% para a RdRp, no entanto, esses resultados estão de acordo com os resultados obtidos em outro trabalho com um isolado do Paraná, corroborando que BRMV é uma espécie distinta dentro do gênero. As análises filogenéticas das regiões RdRp e CPs mostraram que BRMV-GO e BRMV-Paraná não possuem diferenças significativas e revelou maiores índices de identidade com BPMV, tanto para o RNA 1 como para o RNA 2. As sequências completas do RNA 1 e RNA 2 foram depositadas no Genbank com os números de acesso KY622124, KY622125, respectivamente.

Os rotavírus do grupo A (RVA) são importantes causadores de diarreias virais em crianças e animais jovens de diferentes espécies, com impactos na saúde pública e animal. Visando contribuir para o entendimento e prevenção das rotaviroses assim como suas possíveis relações zoonóticas, caracterizou-se os 11 segmentos de dsRNA de rotavírus codificadores das proteínas estruturais e não estruturais presentes em amostras fecais positivas de suínos coletadas nos anos de 2012-2013, em 2 estados brasileiros. Mediante o emprego de RT-PCR, sequenciamento nucleotídico e análises filogenéticas, todos os segmentos genéticos oriundos de 12 amostras de RVA detectados em suínos foram analisados e comparados com os de outras amostras descritas previamente. As sequências obtidas para os genes codificadores das proteínas NSP2, NSP3 e VP6 contemplaram a open reading frame (ORF) completa do gene, enquanto que a ORF parcial foi determinada para os genes codificadores das proteínas VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 e NSP6. Os genotipos de rotavírus suíno provenientes das regiões amostradas concordam com os mais frequentemente descritos nesta espécie animal, apresentando, assim, uma matriz genética suína com a maioria dos segmentos pertencentes à constelação genotípica 1, com exceção dos genes codificadores das proteínas VP6 e NSP1, os quais foram os genotipos I5 e A8, respectivamente. Apesar de predominar o genotipo 1 (Wa-like) nas sequências deste estudo, a análise genômica sugere a existência de uma variação intragenotípica no genoma do rotavírus do grupo A atualmente circulante nas populações suína amostradas dos estados de São Paulo e Mato Grosso. Adicionalmente, buscou-se identificar os aminoácidos relacionados com a adaptação dos rotavírus no hospedeiro e assinaturas genéticas que distinguissem RVA suíno e humano. Para isso, as sequências obtidas neste estudo foram comparadas com outras cepas de RVA detectadas nestas duas espécies e pertencentes ao genotipo 1 (Wa-like) disponíveis no Genbank. Como resultados foram encontrados mais de 75 sítios de mudanças deaminoácidos que diferenciam RVA suíno e humano além de sítios de substituiçãopresentes em algumas proteínas virais que frequentemente covariaram entre elas. Estes resultados proporcionam um maior entendimento da diversidade viral circulante em unidades de produção suína e uma melhor compreensão dos animaiscomo reservatórios genéticos de cepas de rotavírus emergentes em humanos. / Group A rotaviruses (RVA) are leading causes of viral diarrhea in children and in the young of many animals species with impacts on public and animal health. To contribute to the understanding and prevention of rotaviruses as well as its possible zoonotic relationships, it was characterized the 11 segments of dsRNA rotavirus encoding the structural and nonstructural proteins present in positive fecal samples from pigs collected in the years 2012-2013 in 2 Brazilian states. Using RT-PCR, nucleotide sequencing, and phylogenetic analyses, all gene segments from 12 RVA samples detected in pigs were analyzed and compared with the other samples as described previously. The sequences obtained for the NSP2, NSP3, and VP6 coding genes covered the complete open reading frame (ORF), while the partial ORF was determined for the VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 and NSP6 coding genes. The genotypes of porcine rotavirus from the sampled regions agree with the most frequently reported in this species, presenting thus a porcine-RVA-like backbone with most segments being designated as constellation genotype 1, with the exception of the VP6 and NSP1 coding genes, which were genotypes I5 and A8, respectively. Although genotype 1 (Wa-like) sequences were predominant in this study, the genomic analysis suggests the existence of a intragenotypic variation in group A rotavirus genome currently circulating in swine populations sampled in the states of São Paulo and Mato Grosso. In addition, we sought to identify the amino acids related to the adaptation of rotavirus in the host and genetic signatures that distinguish RVA pig and human. For this, the sequences obtained in this study were compared with other strains of RVA detected in these two species, belonging to genotype 1 (Wa-like) available in Genbank. The following results were found more than 75 sites of amino acid changes that differentiate RVA pig and human as well as substitution sites present in some viral proteins that often covaried between them. These results provide a greater understanding of the current viral diversity in swine production units and a better understanding of animals as genetic reservoirs emerging rotavirus strains in humans.

Introdução: Os vírus parainfluenza são importante causa de infecções respiratórias. Na população pediátrica a doença característica associada com HPIV-1 e 2 é a laringotraqueobronquite, enquanto que o HPIV-3 está associado com a pneumonia e bronquiolite. Objetivos: Realizar a análise molecular do fragmento do gene da HN. Métodos: Foram analisados aspirados nasofaríngeos coletados entre 1995 a 2005, de crianças com doença respiratória aguda. A detecção dos HPIV 1, 2 e 3 foi realizada por multiplex RT-PCR. Posteriormente, o fragmento de gene HN foi amplificado, sequenciado e, a análise molecular foi realizada. Resultados e discussão: Um total de 6% amostras foram positivas para HPIV, sendo o HPIV-3 o vírus mais prevalente durante todos os anos estudados, o que corresponde a 80% dos casos positivos, seguido por HPIV-1 (15%) e, HPIV-2 (7%). A maioria das mutações observadas foram silênciosas, no entanto, algumas alterações de aminoácidos foram verificadas em áreas conservadas dos HPIV-3 e HPIV-2, e alterações em sítios potencias de N-glicosilação também foram observados. / Introduction: In paediatric population the characteristic illness associated with HPIV-1 and -2 is laryngotracheobronchitis, whereas HPIV-3 is associated with pneumonia and bronchiolitis. There are 5 virus distributed in two distinct genus: Respirovirus (HPIVI-1 and HPIV-3) and Rubulavirus (HPIV-2, HPIVI-4A and HIVI-4B). Objectives: To carry out the molecular analysis of the fragment of the HN gene. Methods: Nasopharyngeal aspirates from infants with acute respiratory illness collected from 1995 to 2005, were analyzed. The detection of HPIV 1, 2 and 3 were performed by multiplex RT-PCR and the fragment of HN gene was amplified, sequenced and, the molecular analysis was carried out. Results and discussion: A total of 6% samples were positive for HPIV. The HPIV-3 was the most prevalent virus during, corresponding to 80% of positive cases, followed by HPIV-1 with 15% and HPIV-2 7%. Most mutations observed were silent in all PIVs, however, some amino acids alterations in conserved areas, verified in PIV-3 and PIV-2, and alterations in N-glicosilation sites were observed.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar astrovírus em amostras fecais coletadas de crianças com e sem diarréia, em São Paulo, Brasil, e divididas em dois grupos, EPM e HU, de acordo com a origem. A detecção foi realizada utilizando-se RT-PCR, com primers específicos. Os resultados para as amostras EPM mostram que 66/234 (28,2%) foram positivas para astrovírus. Para as amostras HU, 18/187 (9,6%) foram positivas. A genotipagem foi realizada com a técnica de nested/RT-PCR. De 66 amostras positivas (EPM), 19 (28,7%) foram caracterizadas como HAstV-1, 4 (6,0%) como HAstV-2, 2 (3,0%) como HAstV-3, 1 (1,5%) como HAstV-5 e 3 (4,5%) como HAstV-8. Das 18 positivas do HU, 1 (5,5%) amostra foi caracterizada como HAstV-1, 7 (38,8%) como HAstV-2 e 1 (5,5%) como HAstV-8. As amostras genotipadas em ambos os grupos foram submetidas ao seqüenciamento de nucleotídeos para confirmação dos resultados. Detecção e genotipagem de astrovírus em casos de diarréias pediátricas são técnicas são importantes e descrevem como esse vírus está circulando em São Paulo, Brasil. / The purpose of this study was to characterize astrovirus in faecal samples collected from children with and without diarrhea in São Paulo city, Brazil, and grouped into two distinct groups, EPM and HU. Detection was carried out using RT-PCR with specific primers. Results for EPM set showed that 66/234 (28,2%) were positive. In the HU set of samples, 18/187 (9,6%) were positive for astrovirus. Genotyping was carried out with nested/RT-PCR. Out of 66 astrovirus positive EPM samples, 19 (28,7%) were characterized as HAstV-1, 4 (6,0%) as HAstV-2, 2 (3,0%) as HAstV-3, 1 (1,5%) as HAstV-5 and 3 (4,5%) as HAstV-8. Among 18 astrovirus positive HU samples, 1 (5,5%) was characterized as HAstV-1, 7 (38,8%) as HAstV-2 and 1 (5,5%) as HAstV-8. Genotyped samples were confirmed by nucleotide sequencing. Detection and genotyping of astrovirus in pediatric diarrhea are important and describes how this virus is circulating in São Paulo, Brazil.

Estudou-se Microsporum gypseum de diferentes fontes regiões geográficas do Brasil.Os fungos foram isolados do solo, de animais e obtidos em coleções de cultura. Em 692 amostras de solo e a taxa de recuperação foi de 19,2%. A atividade queratinolítica e elastinolítica foi avaliada quantitativamente em 138 amostras de M. gypseum. A biotipagem molecular foi realizado através da técnica de PCR-RFLP com a enzima MvaI. O seqüenciamento da região ITS1 do rDNA foi realizado em amostras representativas. M. gypseum de amostras clínicas e do solo mostraram diferenças quantitativas significantes na expressão das enzimas. A PCR-RFLP para a região ITS1 não mostrou diferença. Pelo seqüenciamento foram obtidas duas espécies sexuadas (A. gypseum e A. incurvatum). As atividades enzimáticas sugerem um importante papel na patogenicidade e uma provável adaptação desta espécie de fungo ao parasitismo animal. A análise dos resultados pode auxiliar a identificação e o conhecimento de mecanismos de virulência destes fungos. / Microsporum gypseum from different geographical sources and regions of Brazil were studied. The fungi were isolated from the soil, animals and obtained in collections of culture. In 692 samples of soil, the recovery rate was 19.2%. The keratinolytic and elastinolytic activities were quantitatively performed on 138 samples of M. gypseum. The molecular biotyping was carried out by the technique of PCR-RFLP with the enzyme MvaI. The sequencing of the region ITS1 rDNA was carried out on representative samples. Samples of M. gypseum from clinical isolates and from soil showed significant quantitative differences in the expression of enzymes. The PCR-RFLP for the ITS1 region showed no difference. For the sequencing was obtained two sexual species (A. gypseum and A. incurvatum). The enzyme activities suggest an important role in pathogenicity and a likely adjustment of this kind of parasitic fungus to feed. The results may help the identification and knowledge of mechanisms of virulence of these fungi.

A doença de Charcot-Marie-Tooth (CMT) é desordem hereditária do sistema nervoso periférico, caracterizada por fraqueza dos membros inferiores, atrofia muscular e perda sensitiva. CMTX é doença ligada ao cromossomo X a qual corresponde aproximadamente 10% das famílias com CMT, sendo a segunda causa mais frequente da doença, após a duplicação 17p11.2-p12. Neste estudo analisamos 66 pacientes com CMT, negativos para duplicação 17p, por método de DHPLC, confirmado por sequenciamento direto. Foram identificadas seis mutações, em que quatro destas não foram descritas. Desta maneira confirmou uma frequência de mutações em torno de 9% no gene da Cx32. Portanto, nesta pesquisa do gene da Cx32 com CMT demonstrou que em uma população brasileira teve um comportamento mutacional semelhante ao das demais populações estudadas. / The Charcot-Marie-Tooth (CMT) is inherited disorder of the peripheral nervous system characterized by weakness of the lower limbs, muscular atrophy and sensory loss. CMTX is X-linked disease which accounts for approximately 10% of families with CMT, the second most frequent cause of disease after duplication 17p11.2-p12. This study analyzed 66 patients with CMT, negative for duplication 17p, by method of DHPLC, confirmed by direct sequencing. We identified six mutations, four of which were not described. In this way confirmed a mutation frequency of around 9% in the Cx32 gene. Therefore, this research Cx32 gene with CMT showed that in a Brazilian population had a mutational behavior similar to that of other populations studied.

Dentre os vários marcadores genéticos existentes, alguns SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) podem estar associados à determinação de uma série de características fenotípicas (cor de pele, olhos e cabelos, estatura, forma do rosto, espessura do fio de cabelo) tendo sua predição um grande valor nas investigações forenses. Dentre os principais genes conhecidos por controlarem a pigmentação humana, através da produção da melanina, o SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) e o MC1R (melanocortin 1-receptor) apresentam um papel fundamental na melanogênese. O advento do sequenciamento de nova geração permitiu o processamento de várias regiões genômicas e indivíduos simultaneamente, aumentando a disponibilidade e precisão de dados de genomas completos, como alcançado em estudos como o 1000 Genomes Project. Nossas análises preliminares demonstraram que os dados de Fase 3 do 1000 Genomes são muito mais confiáveis do que as versões anteriores. Com esses dados, obtidos para 26 populações globais, foram realizadas análises populacionais (diversidade haplotípica, desequilíbrio de ligação, redes de haplótipo e de variância molecular) para os genes MC1R e SLC24A5 a fim de se compreender melhor seus padrões de diversidade, correlacionando-os à prováveis eventos de seleção natural que tenham moldado sua história evolutiva, como por exemplo a intensidade da radiação UV nas diferentes regiões geográficas. Alguns padrões foram encontradas entre os grupos africano, europeu e asiático, de acordo com a história evolutiva já descrita para estes grupos. Apesar disso, foi observado um padrão claro de varredura seletiva para o SLC24A5 nos resultados obtidos, como o alto desequilíbrio de ligação e baixa diversidade haplotípica. As análises da diversidade do SLC24A5 associadas com as zonas de incidência UV, no entanto, não apresentaram uma correlação clara entre a intensidade da radiação UV e a diversidade haplotípica / Among the various existing genetic markers, some SNPs may be associated with the determination of a series of phenotypic characteristics (skin, eyes and hair color, height, face shape, hair thickness) and its prediction could have a great value in forensic investigations. Among the major genes known to control human pigmentation through melanin production, SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) and MC1R (melanocortin-1 receptor) have a major role in melanogenesis. The advent of next-generation sequencing has enabled processing of several individuals and genomic regions simultaneously while increasing the availability and accuracy of whole genomes data, such as 1000 Genomes Project has achieved. Our preliminary analysis showed that Phase 3 data from the 1000 Genomes are far more reliable than previous versions. Using this data, obtained for 26 global populations, several analyzes were performed (haplotype diversity, linkage disequilibrium, haplotype networks and molecular variance) for MC1R and SLC24A5 in order to better understand their diversity patterns, correlating them to natural selection events which may have shaped their evolutionary history, such as UV radiation intensity in different geographical regions. Some patterns were found between African, European and Asian groups, according to the evolutionary history already described for these groups. Nevertheless, a strong pattern of selective sweep was observed for SLC24A5 in our data, such as high linkage disequilibrium and low haplotype diversity. Analysis of SLC24A5 diversity associated to UV, however, did not show a clear correlation between the UV radiation intensity and haplotype diversity