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Surveillance et contrôle de la Peste des Petits Ruminants : apports de la modélisation / Peste des Petits Ruminants surveillance and control : Use of modeling

Waret, Agnès 19 July 2011 (has links)
La Peste des Petits Ruminants est une maladie contagieuse virale négligée affectant principalement les caprins et les ovins et qui continue son expansion malgré l'existence de moyens de diagnostic et de vaccins efficaces. Le développement d'approches épidémiologiques et économiques avec des outils d'aide à la décision tels que les modèles semble indispensable dans ce contexte si on vise à l'amélioration de sa surveillance et de son contrôle, ainsi qu'à la mobilisation des bailleurs. L'objectif de ce travail est d'y apporter une contribution originale dans un contexte africain où les données ne sont pas toujours disponibles ou faciles à collecter. Plusieurs approches de modélisation complémentaires sont abordées dont un modèle déterministe à compartiments (SEIR), un modèle de régression logistique et un modèle basé sur la théorie des réseaux sociaux. La pertinence de très hauts niveaux de vaccination et d'une surveillance active par sérologie telle qu'habituellement préconisée dans les pays du ‘Sud', dont les systèmes de production sont les seuls véritablement menacés, est discutée. Dans le cas de l'Ethiopie, un système de surveillance passif syndromique est envisagé avec une concentration possible des efforts de sensibilisation à la maladie au niveau des points de pâturages. Concernant la répartition temporelle et spatiale du niveau vaccinal à appliquer, la mise en place de ‘barrières' vaccinales en lien avec la géographie du pays est suggérée comme pouvant optimiser la pratique actuelle de vaccination en urgence autour des foyers déclarés lorsque les ressources sont disponibles. L'intégration de l'écologie de la maladie et l'utilisation complémentaire aux modèles mathématiques de l'analyse phylogéographique offrent des perspectives intéressantes mais restent encore un défi ; la prise en compte de critères socio-économiques est par contre une priorité pour parfaire notre approche. / Peste des Petits Ruminants (PPR) is a neglected viral contagious disease of sheep and goats. It has a widespread distribution that continues to expand despite good diagnostic tests and vaccines. Considering this and with the aim to improve surveillance and control of the disease and to attract funding for this, it would be necessary to develop epidemiological and economic approaches including decision tools such as models. The objective of this work is to contribute to such improvements in an African context where data are hardly available or collecting them is a challenge. Various complementary modeling approaches are reported among which a compartmental model (SEIR), a logistic model and a model based on social network theory. The relevance of very high vaccination levels and of active surveillance based on serology as usually recommended worldwide is discussed for developing countries which are the only ones truly threatened by PPR. In the case of Ethiopia, a passive syndromic surveillance system is being considered, enhancing disease awareness at grazing points. Regarding the spatial and temporal distribution of the vaccination level to be administered, ring vaccination making the best use of the country's topography is suggested to enhance effectiveness of the actual practice that consists of outbreak emergency vaccination when resources are available. Including the ecology of the disease and linking phylogeographical analysis to the existing mathematical models offers interesting perspectives but remains a challenge. However, taking into account socio-economic criteria should be a priority to fine-tune our approach.
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Methods to improve zoonotic disease surveillance in poor rural settings : the example of highly pathogenic avian influenza (A) H5N1 in Southeast Asia / Comment améliorer l'efficacité de la surveillance passive des zoonoses en zones rurales : exemple de la grippe avaire H5N1 en Asie du Sud-Est

Goutard, Flavie Luce 02 April 2015 (has links)
La propagation en Asie, Europe et Afrique du virus Influenza Aviaire hautement pathogène (IAHP) H5N1, l'épidémie de A/H1N1pdm en 2009, l'émergence de l'Influenza faiblement pathogène (IAFP), mais zoonotique, H7N9 en Chine en 2013 et la circulation récente de l'IAHP H5N8 en Europe, montrent que l'évolution permanente de ces virus chez les oiseaux, les humains et les porcs, pause un risque en santé humaine et animale au niveau mondial. Au cours des 10 dernières années, des efforts ont été fait pour renforcer les capacités en santé publique et vétérinaire. Malgré tout, le virus IAHP H5N1 reste endémique dans certains pays où il peut passer inaperçu dans les populations de volailles mais provoquent des cas humains. Ces pays sont caractérisés par une majorité de leur population vivant en zones rurales, une absence de systèmes de santé primaire et des secteurs de santé inefficaces.La surveillance passive (évènementielle) des maladies animales et humaines est souvent la seule méthode réalisable dans les milieux ruraux. Produisant une information incomplète, biaisée ou transmise avec des délais importants, elle a besoin d'être amélioré par des approches nouvelles mis en œuvre dans un cadre « One Health » prenant en compte les interfaces entre humains, animaux et environnement. Nous avons donc dans cette thèse conçu et/ou appliqué de nouvelles méthodes d'évaluation, de conception ou d'amélioration de la notification des cas d'IAHP H5N1 chez l'animal et chez l'homme en Asie du sud-est.Nous avons en premier examiné différentes alternatives d'évaluation. Nous avons appliqué des arbres de scénario (stochastique) pour modéliser et évaluer le système de surveillance de l'IAHP H5N1 en Thaïlande dans les systèmes traditionnels de productions avicoles. Nous avons estimé la sensibilité de la surveillance passive à 50 % (IC95 % 0,04-0,75) pour une détection maximale de 3 fermes infectées. Cela a montré l'utilité de cette méthode pour prouver l'absence de maladie dans les pays à ressources limitées. Par des méthodes participatives, nous avons impliqué les « agents communautaires de santé animale » dans leur propre évaluation et développé une nouvelle grille, qui comprend des indicateurs de succès utilisés par les agents eux-mêmes.Dans la seconde partie, nous avons examiné les méthodes pour améliorer la conception et l'efficacité de la surveillance passive. Nous avons appliqué la grille, pour évaluer 251 agents villageois dans trois provinces du Cambodge. La grille nous a permis de noter leur niveau d'activité et d'analyser, par régression logistique, les facteurs qui influencent l'obtention d'un score élevé. Puis, nous avons mis en place une étude pilote pour tester la déclaration par texto (SMS) auprès de 112 participants de 68 villages. L'objectif était de détecter des pics de mortalité et d'identifier plus rapidement les foyers de maladies infectieuses. Nous avons enfin utilisé l'analyse décisionnelle multicritère (MCDA) pour cartographier les risques de diffusion de l'IAHP H5N1 chez les volailles et les populations humaines en Thaïlande et au Cambodge, afin de renforcer la surveillance dans les zones à risque.En conclusion de ce travail, nous avons effectué une analyse comparative de deux environnements socio-économiques contraints : le Cambodge et Madagascar. Nous avons analysé les recherches mises en œuvre par le CIRAD (Centre Français de recherche pour le développement International) et ses partenaires dans ces 2 pays au cours de projets effectués ces 10 dernières années. L'objectif était de montrer comment de nouvelles approches pour les systèmes de surveillance peuvent être transférées entre différents pays aux contextes difficiles. A partir de cela, de nouvelles perspectives sont proposées. / The latest events such as the spread over Asia, Europe and Africa of the Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) virus H5N1, the epidemic of A/H1N1pdm in 2009, the emergence of the Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI) but zoonotic virus H7N9 in China in 2013 and the recent circulation of HPAI H5N8 in Europe, show that the permanent evolution of influenza virus in birds, humans and pigs is exposing the world to the risk of new strains with unpredictable consequences in public and animal health. In the last 10 years, a lot of efforts have been put in the improvement of capacity of animal and public health systems. However the disease is now endemic in several countries where the virus goes often undetected within the poultry population resulting in sporadic human cases and mortality. These countries are characterized by a large proportion of their population living in rural areas with poor incomes, a lack of primary care system and inefficient public or veterinary health sectors.Passive surveillance is often the only type of method feasible in poor rural settings in human and animal surveillance. With often incomplete, biased or delayed information this method will benefit from new methods of evaluation or new design concepts that could be implemented within a “One Health” framework to take into account the interfaces between human, animals and environment. We have in this thesis conceived and/or applied new methodologies for the evaluation, the design or the improvement of volunteer case-reporting of human or animal HPAI H5N1 in South-east Asia.We have first looked at different options of evaluation. We have applied stochastic scenario tree to model and assess the surveillance system of HPAI H5N1 in Thailand in backyard and free-range poultry production systems. We have estimated the sensitivity of the passive surveillance at 50% (CI95% 0.04-0.75) for a maximum detection of 3 infected farms, and showing the usefulness of this method to demonstrate freedom of disease in countries with limited resources. Thanks to participatory methods, we have involved Village Animal Health Workers (VAHWs) in their own evaluation and developed a new criteria grid, which includes local indicators of success developed and used by the VAHWs themselves.In a second part, we have considered methods to improve the design and the efficiency of passive surveillance. We have applied the grid conceived previously, to evaluate 251 VAHWs in three provinces of Cambodia. The grid allowed us to give a score to their level of activity and to analyse through logistic regression the factors influencing the most “good score”. Then we have implemented a pilot-study to test the use of SMS reporting from 112 participants from 68 villages, the objective was to detect peaks of mortality, to identify more rapidly outbreaks of infectious diseases. In a final section we have used multiple criteria decision analysis (MCDA) to map the risk of diffusion of HPAI H5N1 in poultry and in human, in order to adjust and reinforce the surveillance in the zones with greater risk of occurrence of the disease in Thailand and Cambodia.To conclude this work about tools and methods to improve surveillance systems in remote areas, we have done a comparative analysis of two challenging environments, Cambodia and Madagascar. We have done a cross analysis of the researches implemented by CIRAD (French Research Centre for International Development) in these countries during research projects implemented over the past decade. The objective was to show how new approaches for surveillance systems could be transferred between different countries with difficult socioeconomic environments and to propose new perspectives.
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Les représentations fictionnelles de la surveillance. Dystopies contemporaines de la redite a l'innovation / Fictional Representations of Surveillance. Contemporary Dystopias from repetition to innovation

Jeannin, Hélène 10 December 2010 (has links)
Une quinzaine d'oeuvres provenant de champs artistiques et culturels différents [littérature et cinéma] réunies par un dénominateur commun, seront soumises à notre questionnement : existe-t-il un idéal type de société sous surveillance ? A travers l'usage de la taxinomie et une approche comparatiste, nous dresserons une typologie des images comme éléments clés des représentations. Au système de multiplication de référents symboliques interne à chaque oeuvre s'ajoute celui d'un réseau de correspondances visuelles exogène basé sur un référentiel d'images quasi immuable. Les oeuvres se révèlent riches en sens et en symboles. Les nombreuses images convoquées par l'écrivain par le biais de métaphores ou autres tropes, rejoignent celles du réalisateur. Une étude transversale aboutit à un répertoire de codifications visuelles portant sur des univers imaginaires. On constate ainsi par ce biais un processus incessant de recyclage d'idées et d'histoires, qui se muent en standard et permettent de capturer une audience de plus en plus internationale, tout en forgeant un imaginaire social qui s'instaure par contagion. Les propos servis sont sérieux. L'ensemble dissémine une vision du monde qui obéit le plus souvent au principe de rationalisation, censé de s ' inscrire dans un ordre du contrôle et de la manipulation. Jaillissent des mondes nouveaux, comme porteurs de révélations quasi universelles. Nos auteurs [de science-fiction] s'inscrivent dans une longue tradition [l'utopie]. Mais la pression du genre, des motifs obligés et des conventions, n'entame pas leur capacité au renouveau, et la redite n'est pas un frein à l'innovation. / About fifteen works from different artistic and cultural backgrounds [literature and cinema], and sharing a common denominator, will be submitted to our questioning: is there an ideal type of society under surveillance? Through the use of taxonomy and a comparatist approach, we will draw up a typology of images as key elements of our representations. The system of multiplying symbolic referents inherent in each work completes a network of visual exogenous correspondence based on a relatively steady image referential. Works prove to be rich, both in meaning and symbol. The many images used by the writer, by means of metaphors or other tropes, meet that of a fiction director. A transversal study leads to a directory of visual codifications bearing upon imaginary worlds. This is how we observe an incessant process of recycling ideas and stories, that evolve into standards, thus enabling to capture the eye of an ever more international public, while forging a social imaginary world, settling in by way of contagion. The topics dealt with are serious. As a whole, they disseminate a vision of the world that obeys, most of the time, a rationalization principle that is supposed to be in line with control and manipulation. New worlds arise, bringing out universal eye-openers. Our [science-fiction] authors fall in with a long tradition [utopia]. But the genre, via obligated topics and conventions, do not for as much pressure one to diminish their capacity for renewal, and repetition does not curb their innovation.
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Epidémiologie de la dengue et son importance socio-économique au Cambodge – Facteurs d’adoption d’un vaccin contre la dengue / Socio-economic burden and epidemiology of dengue fever in Cambodia - Factors for adoption of a potential vaccine against dengue

Vong, Sirenda 11 October 2011 (has links)
La dengue est une préoccupation mondiale majeure en santé publique, touchant principalement les jeunes enfants en Asie du sud est. Les vaccins contre la dengue sont actuellement en développement. Des études coût-efficacité seront nécessaires en cas d'introduction d'un nouveau vaccin. Pour cela, il est indispensable d’obtenir des informations sur le coût économique lié à la dengue (qui sont relativement rares) et des données précises sur l'incidence de la maladie, ceci afin de fournir des estimations solides quant à l'importance de la dengue dans les régions endémiques.Ce travail de thèse propose une approche méthodologique par laquelle le Ministère de la Santé devrait envisager lors de l'évaluation de la pertinence et de la faisabilité de l'adoption d’un vaccin contre la dengue par les programmes de nationaux de vaccination, particulièrement dans les pays en voie de développement ; le Cambodge par exemple. Nous avons mis en place des études prospectives d'incidence de la dengue sur plusieurs années, réalisées dans la population générale, incluant un large éventail de groupes d'âge. Les résultats de ces études ont été comparés avec les données de surveillance nationale réunis dans la même région en calculant des facteurs de multiplication afin d’estimer la sous-déclaration. D'autres études de coûts de la maladie ont été menées pour estimer le poids financier la dengue sur plusieurs années et d'identifier les groupes vulnérables. Cette approche a également permis de mieux comprendre l'épidémiologie de la dengue dans le pays, dont certaines caractéristiques sont nécessaires pour évaluer la faisabilité de l'introduction d’un nouveau vaccin contre la dengue. Les résultats rapportés dans cette thèse vont permettre (1) d’initier à partir des données cambodgiennes des simulations de coût-efficacité à partir des caractéristiques attendues du vaccin et (2) de développer un modèle dynamique afin de permettre aux autorités nationales d'analyser les études de coût-efficacité en tenant compte des spécificités immunologiques et épidémiologiques des pays concernés. Si un vaccin efficace et fiable est disponible à un prix abordable, son adoption par le programme national de vaccination serait probablement rentable pour le Cambodge mais répondrait surtout à un problème d'inéquité sociale. / Dengue is a major public health concern worldwide, particularly in young children in Southeast Asia. Dengue vaccines are currently in development and policymakers need appropriate economic studies to determine their potential financial and public health impact. Alongside economic assessment, accurate disease incidence data are required to provide robust estimates of disease burden across the regions where dengue is endemic. This thesis proposes a methodological approach by which the Ministry of Health should consider when assessing feasibility of adoption dengue vaccines, with specific reference to developing country settings, e.g. Cambodia. We implemented prospective dengue incidence studies over several years, performed in a general population and include a wide range of ages. The results of these studies were compared with national surveillance data gathered in the same region by calculating multiplication factors to estimate underreporting on several years. Additional prospective cost of illness study was conducted to generate accurate economic burden of disease estimates over several years and identify vulnerable groups. This strategy also allowed better understanding of the epidemiology of dengue in Cambodia, of which some characteristics are needed to evaluate the feasibility of introducing dengue vaccine. Designing cost-effectiveness studies before a vaccine has been fully evaluated requires assumptions about variables such as efficacy and effectiveness, dosage and costs. Our next step will be to determine the threshold price – sensitivity analyses - for a vaccine to be cost-effective rather than assigning a specific cost, because it is difficult to predict cost for a vaccine that has not been marketed. Should this vaccine be safe and affordable enough, the adoption of the new vaccine into a National Immunization Programme would probably be cost-effective but, above all, a matter of social equity.
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Développement d'un système de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses à partir des données des laboratoires de microbiologie de la région PACA / Development of a system for epidemiological surveillance of infectious diseases using data from microbiology laboratories in the PACA region

Huart, Michaël 22 November 2016 (has links)
Les maladies infectieuses posent un problème majeur de santé publique à travers le monde. En effet, les maladies infectieuses étaient la cause en 2004 de près de 15 millions de décès, que ce soit pour des pathogènes émergents, des pathogènes connus de l’homme depuis de nombreuses années ou encore des pathogènes ré-émergents (Estimation 2004 de l’OMS). Ce nombre a diminué. Cette évolution à la baisse touche la plupart des maladies infectieuses, mais une augmentation reste du domaine du possible comme l’a démontré la récente épidémie d’Ebola. Pour lutter contre ces maladies infectieuses, de nombreux outils de surveillance épidémiologique ont vu le jour à travers le monde. Ces systèmes ont pour but de détecter et d’identifier le plus précocement possible des évènements épidémiques favorisant l’alerte auprès des autorités compétentes et la mise en place de contre-mesures. L’objectif de notre travail a été de construire et de développer un système de surveillance épidémiologique à partir des données de laboratoire de microbiologie de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA). Ce système doit nous permettre d’identifier de possibles évènements anormaux de façon hebdomadaire à partir des données des différents laboratoires participants. Le système de surveillance nous a par la suite permis de déclarer plusieurs alertes auprès de l’Agence Régionale de Santé (ARS) PACA, de valoriser notre travail par des publications et enfin de valoriser le travail des laboratoires en leur transmettant une rétro-information contenant les principales alarmes de la semaine. / Infectious diseases are a major public health problem worldwide. Indeed, infectious diseases were the cause in 2004 to nearly 15 million deaths, whether for emerging pathogens, pathogens known to man for many years or even re-emerging pathogens (2004 Estimation of WHO). It has fallen since we moved, for example, 1.27 million cases of malaria in 2004 to 854,600 in 2013. This downward trend affecting most infectious diseases, but an increase is still the realm of possibility as the demonstrated by the recent outbreak of Ebola.To fight against these infectious diseases, many epidemiological surveillance tools have emerged worldwide. These systems are designed to detect and identify as early as possible of possible epidemic events to promote the warning to the competent authorities and the establishment of counter-measures. The objective of our work was to build and develop an epidemiological surveillance system from the microbiology laboratory data of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA). This system should enable us to identify possible abnormal events weekly data from the different participating laboratories. The monitoring system has enabled us later to declare several warnings from the Regional Health Agency (ARS) PACA, enhance our work through publications and finally to promote the work of laboratories by providing them a feedback containing the main alarms of the week.The development and automation of the system through the creation of an IT platform developed within the Mediterranean Institute University Hospital Infection (IHU) and by increasing the number of participants and the extension of this system to other regions in France or other countries.
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La surveillance et le maintien de la discipline dans l'enseignement secondaire public : des maîtres d'études du 19ème siècle aux dispositifs d'aujourd'hui : une fonction problématique / urveillance and maintenance of discipline in secondary public schools : from supervisors of the 19th century to nowadays system : an underrated position

Amrouche, Morad 11 December 2015 (has links)
Notre thèse interroge la place et le statut de la fonction de surveillance dans les établissements secondaires publics dont elle est demeurée le parent pauvre au regard des missions de formation et de transmission. Pourquoi, en dépit de son caractère indispensable, est-elle si peu valorisée et n’est-elle pas devenue une profession ? Incontestablement, la fonction de surveillance et le maintien de la discipline dans leur évolution ont subi des mutations. Or, de quelle nature sont-elles ? A quels mécanismes de fonctionnement et finalités éducatives répondent-elles ? Et qu’en résulte-t-il de leurs influences sur les pratiques professionnelles des surveillants actuels ? Pour répondre à ces questions, la thèse adopte une approche socio-historique, à savoir une exploration historique de la fonction de surveillance, articulée à une étude sociologique de caractère empirique de la réalité contemporaine de la surveillance et du maintien de la discipline. Elle a pour cadre conceptuel et théorique l’analyse institutionnelle. L’identification et l’analyse des évolutions concernant la surveillance et le maintien de la discipline montrent que ces derniers ont connu des régressions mais aussi des innovations inédites. Au 19e siècle, l’enseignement secondaire reposait sur l’internat dont la fonction de surveillance et de maintien de la discipline en était la cheville ouvrière alors qu’étaient décriées leurs compétences éducatives et le régime disciplinaire vertical répressif et coercitif dont ils étaient l’incarnation. Les tentatives de leur revalorisation visaient la suppression du « dualisme » entre la fonction de surveillance et le professorat. La réforme issue de la commission Ribot (1898) réussira ce rapprochement mais la fonction et le maintien de la discipline en sortiront déqualifiés. Toutefois, au 20e siècle, convaincus que l’avenir de la fonction ne sera pas la voie du professorat, la surveillance et le maintien de la discipline investiront le champ éducatif en s’inspirant des méthodes de l’Education nouvelle où le cadre disciplinaire est celui de l’autodiscipline. Cependant, face aux conservatismes mais également en raison de la cohabitation antagonique d’un pouvoir disciplinaire vertical des adultes et celui transversal des élèves, les expériences en la matière demeureront vaines. La fonction actuelle s’inscrit dans l’accompagnement social qui répond à une « souffrance » alors qu’émergent paradoxalement au sein de l’institution scolaire des dispositifs coercitifs impliquant des institutions dont les pratiques professionnelles de leurs acteurs rejoignent celles des surveillants. Il s’agit bien là d’un contrôle social, notamment, depuis que la notion de lutte contre la violence et l’insécurité s’est substituée à celle de maintien de la discipline. Au total, le principal résultat de notre thèse réside dans la mise en lumière de l’évolution de la fonction de surveillance dans l’enseignement secondaire public, considérée sur un siècle et demi, à l’intersection de sa finalité éducative, de sa place au sein de l’institution scolaire et des logiques sociales qui la sous-tendent. / Our thesis questions the way surveillance and order are maintained in secondary public schools, but also the reasons why supervising positions have remained under looked. Why these latter, singular and essential, are not valued and a real career path? Undeniably, the surveillance position and maintenance of discipline have changed along the way. But what kind of changes ? To what operating mechanisms and educational goals do they respond to ? What impact do they have on current supervisors professional behavior? To answer that, this thesis has a socio-historic approach with institutional Analysis as conceptual and theoretical framework. The identification and analysis of developments on the supervision and maintenance of discipline show that they have experienced regressions but also unprecedented innovations. In the 19th century, secondary education was based on boarding schools, in which surveillance and maintenance of discipline was the cornerstone even though their educational skills and the repressive and coercive vertical disciplinary regime they embodied was being decried. Attempts at their revaluation sought the removal of "dualism" between the surveillance function and teaching staff. The reform from the Ribot commission achieved this reunion but the position and maintenance of discipline were unqualified. Yet, in the 20th century, convinced that the future of this position will not be through teaching, surveillance and maintenance of discipline will enter education inspired by methods from New Education, where the disciplinary framework is a self-government. However, against conservatism but also because of the antagonistic coexistence of a vertical disciplinary power by adults and transversal by students, experiences in this area will remain unsuccessful. The current position is part of social support that responds to a "suffering" while paradoxically emerge within the school institution coercive systems involving institutions whose professional practices join those of supervisors. It is indeed social control, especially since the concept of fighting violence and insecurity has taken over maintenance of discipline. Thus, the interest of our thesis is to shine a light on the evolving state of surveillance and maintenance of discipline so that their functional logic, education purposes and matter of their right place and role are made intelligible.
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Conformal anomaly detection : Detecting abnormal trajectories in surveillance applications

Laxhammar, Rikard January 2014 (has links)
Human operators of modern surveillance systems are confronted with an increasing amount of trajectory data from moving objects, such as people, vehicles, vessels, and aircraft. A large majority of these trajectories reflect routine traffic and are uninteresting. Nevertheless, some objects are engaged in dangerous, illegal or otherwise interesting activities, which may manifest themselves as unusual and abnormal trajectories. These anomalous trajectories can be difficult to detect by human operators due to cognitive limitations. In this thesis, we study algorithms for the automated detection of anomalous trajectories in surveillance applications. The main results and contributions of the thesis are two-fold. Firstly, we propose and discuss a novel approach for anomaly detection, called conformal anomaly detection, which is based on conformal prediction (Vovk et al.). In particular, we propose two general algorithms for anomaly detection: the conformal anomaly detector (CAD) and the computationally more efficient inductive conformal anomaly detector (ICAD). A key property of conformal anomaly detection, in contrast to previous methods, is that it provides a well-founded approach for the tuning of the anomaly threshold that can be directly related to the expected or desired alarm rate. Secondly, we propose and analyse two parameter-light algorithms for unsupervised online learning and sequential detection of anomalous trajectories based on CAD and ICAD: the sequential Hausdorff nearest neighbours conformal anomaly detector (SHNN-CAD) and the sequential sub-trajectory local outlier inductive conformal anomaly detector (SSTLO-ICAD), which is more sensitive to local anomalous sub-trajectories. We implement the proposed algorithms and investigate their classification performance on a number of real and synthetic datasets from the video and maritime surveillance domains. The results show that SHNN-CAD achieves competitive classification performance with minimum parameter tuning on video trajectories. Moreover, we demonstrate that SSTLO-ICAD is able to accurately discriminate realistic anomalous vessel trajectories from normal background traffic.
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Institucionalização da vigilância em saúde do município de Campinas (SP) na perspectiva da análise institucional sócio-histórica / Institutionalization of the health surveillance in the city of Campinas (SP) through the perspective of the socio-historical institutional analysys

Garcia, Rosana Aparecida, 1964- 27 August 2018 (has links)
Orientador: Solange L'Abbate / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:47:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Garcia_RosanaAparecida_D.pdf: 5581875 bytes, checksum: 00e9d86de7ff28079b760ab5c21a818d (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A Vigilância em Saúde é entendida aqui, como uma instituição - conceito base para a Análise Institucional (AI). Seu processo de institucionalização nos remete à história da Saúde Pública, impactando no atual modelo de gestão e nas ferramentas de trabalho utilizadas em sua contemporaneidade. Considerando que a Vigilância em Saúde tem raízes e processos a partir deste modelo conceitual, há um impacto na prática e estratégias utilizadas pelos sujeitos que dela fazem parte, marcada, muitas vezes, por modelos verticalizados e pouco participativos. O objetivo deste estudo foi estudar a trajetória da Vigilância em Saúde de Campinas (SP) na perspectiva da Análise Institucional sócio-histórica, buscando uma compreensão de sua gênese histórica, social e teórica e seu processo de institucionalização (duração, temporalidade e historicidade). Neste sentido, a proposta da análise institucional na vertente sócio-histórica fundamenta-se na necessidade de ampliação do conhecimento acerca de fatos no passado, mas que ainda possuem repercussão no presente. Foram utilizados alguns conceitos chave da Análise Institucional, como analisador, implicação e instituição ¿ desdobrando em seus momentos instituído, instituinte e institucionalização. Esse estudo teve natureza qualitativa, teórico e empírico, com base em entrevistas semiestruturadas e pesquisa documental. As entrevistas iniciais ¿ chamados de "entrevistas disparadoras" ¿ foram realizadas com os sujeitos que participaram dos processos iniciais de municipalização, descentralização e regionalização da Vigilância em Campinas. Em seguida foram entrevistados outros gestores e trabalhadores dos serviços de saúde que vivenciaram a história mais recente da Vigilância. A maioria das entrevistas foram gravadas e posteriormente transcritas e enviadas aos entrevistados para que acrescentassem ou retirassem o que julgassem importantes. Após a análise dos das entrevistas e de alguns documentos que trouxeram alguns eventos realizados pela Vigilância de Campinas, o grupo entrevistado foi convidado para duas oficinas de restituição para debate sobre os achados e construção do texto. O trabalho demonstrou que o modelo atual de Vigilância não insere o sujeito dentro de suas ações e nem considera seu contexto social. Tendo esse pressuposto como modelo, as estratégias utilizadas pela Vigilância são predominantemente normativas e administrativas, mais ligadas à tecnologia dura e dura-leve, ou seja, pouco se trabalha com as relações intersubjetivas que estão diretamente relacionadas com a missão da Vigilância. O modelo de Vigilância de Campinas, apesar do protagonismo dos sujeitos, mantem pouca articulação com a sociedade e controle social. Os desafios percebidos são relacionados a investir nas tecnologias leves (relacionais) no sentido de incluir os diferentes sujeitos no processo de Vigilância. A possibilidade de intercessão entre suas práticas e a sociedade, deve ser motivada por um desejo de dar autonomia aos sujeitos que protagonizarão mudanças dentro da instituição / Abstract: The Health Surveillance is understood in this thesis as an institution ¿ base concept for the Institutional Analysis. Its process of institutionalization refers to the history of Public Health, presenting an impact in the present model of management and in the work settings utilized in its contemporaneity. Since Health Surveillance has its roots and processes departing from this theoretical model, there is an impact in the practices and strategies used by the subjects who are part of it; this impact is marked very often by verticalized and non-participative models. The objective of this project was to study the journey of the Health Surveillance in Campinas (SP) in the perspective of the socio-historic Institutional Analysis, aiming at a comprehension of its historic, social and theoretical genesis and its process of institutionalization (duration, temporality and historicity). Thus, the institutional analysis purpose in the social-historical field is based in the need of spreading the knowledge about past facts but which still have repercussion until the present. Some key-concepts of the Institutional Analysis were used as analyzer, implication and institution ¿ reshaping its moments as instituted, instituter and institutionalization. This study has a qualitative, theoretical and empirical nature and it is based on semi-structured interviews and document research. The early interviews ¿ so called "triggering interviews" ¿ were made with the subjects who participated in the early processes of municipalization, decentralization and regionalization of the Health Surveillance in Campinas. Following this part other managers and health workers who lived the recent history were interviewed. Most of the interviews was recorded and then transcripted and sent to the interviewees for them to add or erase any information they could judge important. After the analysis of the interviews and some documents which brought up events made by the Health Surveillance, the interviewed group was invited for two restitution workshops for a debate about the discovers and the construction of the text. The work showed that the present model of Health Surveillance is not inclusive in its actions nor considers peoples social contexts. Having this assumption model, the strategies used by the Health Surveillance are mainly based on rules and administration and are more connected to the hard and hard-soft technology, that means that very few works are done about the inter-subjetive relations that are directly related to the mission of the Health Surveillance. The model of Health Surveillance, although its subjects are protagonists, keeps few articulation with the society and its control. The challenges observed are relational to investing in soft technologies (related) in a way that it includes different subject in the process. The possibility of interception between its practices and society must be motived by a desire of giving independence to the subjects who were protagonists in the changes inside of the institution / Doutorado / Ciências Sociais em Saúde / Doutora em Saúde Coletiva
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Méthodes d'analyse de données de surveillance épidémiologique : application au réseau Sentinelles / Methods for epidemiological surveillance data analysis : application to the Sentinelles network (France)

Souty, Cécile 04 July 2016 (has links)
Les réseaux de surveillance en santé humaine reposent souvent sur des professionnels de santé (fournisseurs) volontaires organisés en réseau, qui rapportent les cas de maladie observés dans leur patientèle. Les caractéristiques de ces fournisseurs, leur répartition spatiale et leur participation ne peut pas être contrôlée: ils ne constituent pas un échantillon aléatoire. La représentativité est un point important lorsque l'information collectée n'est pas exhaustive, elle assure que le réseau fournit une représentation précise de la population touchée. Dans cette thèse, on s'intéresse aux méthodes de réduction du biais des estimations produites par un réseau de surveillance reposant sur des données fournies par un échantillon de professionnels de santé volontaires. Les travaux reposent sur l'expérience en France du réseau de médecin généralistes Sentinelles. L'estimateur de Horvitz-Thompson a été utilisé pour réduire le biais des estimations grâce à la définition des probabilités d'inclusion reposant sur la différence d'activité des médecins participants et non-participants. Nous avons également étudié l'impact de l'échantillonnage spatial des médecins grâce à des données simulées. Nous montrons l'utilisation de poids de sondage incluant la densité médicale locale permet de s'affranchir des variations temporelle et spatiale des fournisseurs. Enfin, les différentes méthodes de redressement proposées ont été appliquées pour l'estimation annuelle de l'efficacité du vaccin anti-grippal. Les différents travaux montrent l'apport de méthodes statistiques appropriées à l'utilisation de données collectées en médecine générale pour informer précisément les acteurs de santé publique. / Disease surveillance networks are usually based on a group of health professionals or institutions which monitor one or more diseases. These data providers report cases seen among their patients. The characteristics of these providers, their spatial distribution and their participation to the network cannot be controlled: they are not a random sample of health professionals. Representativeness must be considered in networks where collected information are not exhaustive. It ensures that the network could provide an accurate representation of the population affected by the disease. In this thesis, we are interested in estimation methods for data produced by a surveillance network based on voluntary participation. The different works are based on the experience of the French practice-based Sentinelles network.The Horvitz-Thompson estimator was used to reduce the bias of incidence estimates. Inclusion probabilities were based on the difference in activity of participating and non-participating general practitioners in surveillance. We also study the impact of the spatial sampling of professionals participating to a surveillance network. By a simulation study, we show that sample weights based on local medical density eliminates the temporal and spatial variations of the providers. We ultimately applied these adjustments to estimate influenza vaccine effectiveness using data provided by GPs participating to the French Sentinelles network.These works show the contribution of appropriate statistical methods for epidemiological data collected in primary care to accurately inform public health authorities.
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Contribution à l’amélioration des systèmes de surveillance par l’interconnexion : application à trois maladies de la filière équine / Contribution to the Improvement of Surveillance Systems Using Interconnection : Application in Three Equine Diseases

Amat, Jean-Philippe 14 December 2016 (has links)
De nombreuses maladies infectieuses animales et zoonotiques font l’objet d’une surveillance chez l’animal. Dans certaines filières animales, plusieurs réseaux ou dispositifs sont mis en place sans qu’ils ne soient reliés ni coordonnés. De plus dans certains cas, plusieurs dispositifs surveillent les mêmes maladies mais de manière indépendante. Cette absence d’articulation peut conduire à un défaut d’efficacité des efforts de surveillance et à un coût global plus élevé. Notre travail s’est fixé pour objectif d’étudier en quoi l’interconnexion entre des dispositifs de surveillance déjà existants pourrait améliorer la surveillance des maladies infectieuses et comment mettre en œuvre une telle interconnexion.Pour tenter de répondre à cet objectif, nous avons pris comme support d’application trois systèmes de surveillance présents en France ayant pour objet des maladies infectieuses équines : l’anémie infectieuse des équidés, l’artérite virale équine et la métrite contagieuse équine. Nous avons adopté une démarche en trois étapes. Tout d’abord, une évaluation quantitative de la sensibilité de la surveillance a été menée à l’aide d’une méthode de capture-recapture. Deuxièmement nous avons évalué de manière semi-quantitative et comparative l’organisation et le fonctionnement général des trois systèmes de surveillance en identifiant les pistes d’interconnexion les plus pertinentes. Troisièmement, un atelier participatif réunissant une trentaine d’acteurs sanitaires et professionnels a été conduit afin d’évaluer et de hiérarchiser les solutions d’interconnexion. Ces travaux ont permis de fournir une vision claire et détaillée des qualités et des défauts des systèmes de surveillance. Ils ont aussi abouti à des recommandations d’interconnexion concrètes, ayant recueilli une adhésion large de la part des acteurs de la surveillance et de la filière, et pour lesquelles les bénéfices attendus et les niveaux de faisabilité, d’acceptabilité et de priorité ont été évalués. Ces travaux successifs ont également permis d’impliquer progressivement dans le processus un grand nombre d’acteurs et de bénéficiaires de la surveillance sanitaire équine. Afin d’enrichir cette démarche de préparation et d’accompagnement à la mise en œuvre d’une interconnexion, nous proposons d’y intégrer à l’avenir des travaux complémentaires éventuellement à conduire selon les besoins recensés, tels que des évaluations économiques, sociales ou multicritères. / Numerous animal and zoonotic infectious diseases are monitored in animals. In many animal industries, several epidemiological surveillance systems or components are implemented but neither connected nor coordinated. Furthermore, in some cases, several components monitor the same diseases in an independent way. This lack of coordination may impair the efficiency of the surveillance and increase the global costs. Our objective was to investigate how the interconnection between existing surveillance systems could improve the infectious diseases surveillance and how to implement such an interconnection.To address this question, we studied three French surveillance systems of equine infectious diseases: equine infectious anaemia, equine viral arteritis and equine contagious metritis. We used a three-step approach. First, we evaluated quantitatively the surveillance sensibility by using a capture-recapture method. Secondly, we assessed in a semi-quantitative and comparative way the organization and operation of the three systems and we identified the most relevant ways for interconnection. Thirdly, we organized a participative workshop gathering thirty stakeholders involved in equine healthcare and/or equine industry to estimate and prioritize the ways of interconnection. These studies have accurately underlined the strengths and weaknesses of the surveillance systems and they have resulted in practical recommendations of interconnection. The professionals from equine industry and the specialists in epidemiological surveillance involved in this work have approved and supported these recommendations. Feasibility, acceptability, priority and expected benefits of the recommendations were estimated. Our successive works have allowed to gradually involve numerous actors and beneficiaries of the surveillance in the interconnection process. In order to improve and enhance this approach -designed to help the preparation and the implementation of an interconnection- we propose to include optional complementary studies, such as economic, social and/or multicriteria evaluations.

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