A l'heure de l'acquisition de données à haut débit concernant le métabolisme cellulaire et son évolution, il est absolument nécessaire de disposer de modèles permettant d'intégrer ces données en un ensemble cohérent, d'en interpréter les variations métaboliques révélatrice, les étapes clefs où peuvent s'exercer des régulations, voire même d'en révéler des contradictions apparentes mettant en cause les bases sur lesquelles le modèle lui-même est construit. C'est ce type de travail que j'ai entrepris à propos de données expérimentales obtenues dans le laboratoire biologique sur le métabolisme de cellules tumorales en réponse à un traitement anti-cancéreux. Je me suis attachée à la modélisation d'un point particulier de ce métabolisme. Il concerne le métabolisme des glycérophospholipides qui sont de bons marqueurs de la prolifération cellulaire. Les phospholipides constituent l'essentiel des membranes d'une cellule et l'étude de leur synthèse (en particulier chez les cellules de mammifères) est de ce fait un sujet important. Ici, nous avons pris le parti de mettre en place un modèle mathématique par équations différentielles ordinaires, qui est essentiellement basé sur des équations hyperboliques (Michaelis-Menten), mais aussi sur des cinétiques type loi d'action de masse et diffusion. Le modèle, composé de 8 équations différentielles, donc de 8 substrats d'intérêt, comporte naturellement des paramètres inconnus in vivo, et certains dépendents des conditions cellulaires (différentiations de cellules, pathologies, . . .). Le modèle sépare la structure du réseau métabolique, l' ́écriture de la matrice de stoechiométrie, celles des équations de vitesse et enfin des équations différentielles. Le modèle choisi est le modèle murin (souris/rat), parce qu'il est lui-même un modèle de l'homme. Plusieurs conditions sont successivement considérées pour l'identification des paramètres, afin d'étudier les liens entre la synthèse de phospholipides et le cancer : - le foie sain du rat, - le mélanome B16 et le carcinome de la lign ́ee 3LL chez la souris, respectivement sans traitement, en cours de traitement 'a la Chloroéthyl-nitrosourée et après traitement, - enfin le mélanome B16 chez la souris sous stress de privation de méthionine. En résumé, ce travail fourni une interprétation nouvelle des données expérimentales en montrant le rôle essentiel de la PEMT et la nature superstable de l'état sta- tionnaire de fonctionnement du réseau métabolique des phospholipides lors de la cancérogènèse et du traitement des cancers. Il montre bien l'avantage de l'utilisation d'un modèle mathématique dans l'interprétation de données métaboliques complexes.

In this thesis, we presented three main types of analyses of metabolism, most of which involved symbiosis: metabolic dialogue between a trypanosomatid and its symbiont, comparative analyses of metabolic networks and exploration of metabolomics data. All of them were essentially based on genomics data where metabolic capabilities were predicted from the annotated genes of the target organism, and were further refined with other types of data depending on the aim and scope of each investigation. The metabolic dialogue between a trypanosomatid and its symbiont was explored with functional and evolutionary goals which included analysing the classically defined pathways for the synthesis of essential amino acids and vitamins, exploring the genome-scale metabolic networks and searching for potential horizontal gene transfers from bacteria to the trypanosomatids. The comparative analyses performed focused on the common metabolic capabilities of different lifestyle groups of bacteria and we proposed a method to automatically establish the common and the group-specific activities. The application of our method on metabolic stories enumeration to the yeast response to cadmium exposure was a validation of this approach on a well-studied biological response to stress. We showed that the method captured well the underlying knowledge as it extracted stories allowing for further interpretations of the metabolomics data mapped into the genome-scale metabolic model of yeast

L'IASB est à la recherche de normes comptables à la fois acceptées et bien fondées théoriquement. Cette cohérence interne (" internal consistency ") des normes comptables recherchée par l'IASB vise à établir un ensemble de principes et de règles comptables qui soit dénué de contradictions logiques dans le sens des théories comptables normatives. La question de la cohérence et de la mesure de la cohérence d'un système comptable fait l'objet de nombreuses discussions dans la littérature internationale. La présente thèse a pour objet de présenter une étude approfondie du concept anglo-saxon de " consistency ". Grâce à une comparaison systématique de la comptabilité en Allemagne et en France la pensée systémique qui sous-tend un système comptable est identifiée comme facteur d'influence essentiel pour le développement d'une compréhension nationale de la comptabilité et du concept de " consistency ". Il sera notamment démontré que le droit comptable allemand et le droit comptable français ne sont pas des exemples types d'un modèle comptable européen et que la pensée systémique inhérente à un système comptables influence fondamentalement l'harmonisation de la comptabilité nationale avec les IFRS .

Les systèmes de santé sont confrontés à l'heure actuelle aux défis que sont la demande croissante de soins, la diminution de la démographie médicale et les contraintes budgétaires de plus en plus importantes. La télémédecine apparaît comme une innovation majeure permettant de surmonter ces défis grâce à l'utilisation des nouvelles technologies de l'information et de la communication. Elle est définie comme une forme de coopération dans l'exercice médical mettant en rapport à distance, entre eux ou avec un patient, un ou plusieurs professionnels de santé. L'intégration de la télémédecine au sein du système sanitaire existant est envisagée dans ce travail de recherche comme l'incorporation d'un système technologique innovant au sein d'un système complexe organisationnel de santé. Notre problématique consiste alors à fournir une aide efficace à la réussite de cette intégration. Cette question sous-tend trois grandes interrogations : Comment construire de nouveaux processus permettant l'intégration d'une nouvelle technologie dans une organisation existante ? Comment concevoir les modèles de partage de la valeur économique pour réussir cette intégration ? Comment définir les stratégies à mobiliser pour déployer cette intégration ? Pour concevoir des processus en fonction de la création de valeurs souhaitées par chacune des parties prenantes du système de télémédecine, nous proposons la méthode OCSM (Organizational Complex System Modeling). Nous l'appliquons pour concevoir deux processus : un processus de téléexpertises dermatologiques et un processus de téléconsultations spécialisées avec une identification du parcours de soins des patients à travers différents types d'établissements d'une région. Pour concevoir de nouveaux modèles de partage de la valeur économique, nous préconisons la méthode FFM (Financial Flow Modeling). Nous avons conçu un outil adossé à cette méthode qui calcule le solde des marges de chacune des parties prenantes. Nous appliquons cette méthode pour modéliser les flux économiques entre les parties prenantes du système de télémédecine. Des hypothèses de partage de la valeur peuvent ainsi être testées. Ce travail a notamment permis de définir un exemple de modèle économique pérenne pour de futurs déploiements. Pour modéliser le comportement d'un système en lien avec son environnement nous utilisons la méthode SDM (System Dynamics Modeling). Nous proposons ainsi une modélisation en Dynamique des Systèmes de notre cas d'étude de la région Picardie. Différents scénarii de déploiement de processus y sont simulés et analysés. Ce modèle est réutilisable pour d'autres régions françaises. De ce fait, ce travail nous permet de formuler des recommandations à l'échelle nationale pour le déploiement de systèmes de télémédecine. Nous avons suivi une démarche de recherche-action pour répondre simultanément aux problématiques de terrain et à la nécessité de réaliser une contribution scientifique. Trois projets de télémédecine dans les régions Ile-de-France, Picardie et Centre ont alimenté et validé nos modèles démontrant leur généricité dans le milieu médical. Ce travail nous permet plus généralement de préconiser l'utilisation simultanée des méthodes OCSM, FFM et SDM pour intégrer efficacement un système innovant au sein d'un système complexe organisationnel.

Cette thèse est articulée autour de trois risques financiers que sont : la liquidité, la contagion et le risque systémique. Ces derniers sont au centre de toutes les attentions depuis la crise de 2007-08 et resteront d'actualité à la vue des évènements que rencontrent les marchés financiers. Le premier chapitre de cette thèse présente un facteur de liquidité de financement obtenu par l'interprétation d'un phénomène de contagion en termes de risque de liquidité de marché. Nous proposons dans le second chapitre, une méta-mesure de cette liquidité de marché. Cette dernière tient compte de l'ensemble des dimensions présentes dans la définition de la liquidité en s'intéressant à la dynamique de plusieurs mesures de liquidité simultanément. L'objectif du troisième chapitre est de présenter une modélisation des rendements du marché permettant la prise en compte de la liquidité de financement dans l'estimation de la DCoVaR. Ainsi, ce travail propose une nouvelle mesure du risque systémique ayant un comportement contracyclique. Pour finir, nous nous intéressons à l'hypothèse de non-linéarité de la structure de dépendance entre les rendements de marché et ceux des institutions financières. Au cœur de la mesure du risque systémique, cette hypothèse apparait contraignante puisqu'elle n'a que peu d'impact sur l'identification des firmes les plus risquées mais peut compliquer considérablement l'estimation de ces mesures.

La métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un échantillon provenant d'un environnement naturel. Cette discipline récente s'attache à étudier les génomes de différents organismes provenant d'un même milieu. La métagénomique pose de nouvelles questions, tant d'un point de vue biologique qu'informatique. Les masses de données générées par les études métagénomiques et la complexité des milieux étudiés nécessitent de développer de nouvelles structures de données et de nouveaux algorithmes dédiés. Parmi les différentes approches existantes en métagénomique, la métagénomique comparative consiste à comparer plusieurs métagénomes afin d'en connaitre les divers degrés de similarité. Lorsque cette comparaison se base uniquement sur le contenu brut des échantillons, sans faire appel à des connaissances externes, on parle de métagénomique comparative de novo. L'objectif des travaux que nous proposons est de développer une méthode permettant d'extraire les séquences similaires entre deux jeux de données métagénomiques, où chaque jeu peut être composé de centaines de millions de courtes séquences d'adn. La comparaison proposée consiste à identifier les séquences d'un premier jeu similaires à au moins une séquence d'un second jeu. Afin d'être rapide et économe en mémoire, l'implémentation de notre méthode a nécessité la conception d'une nouvelle structure d'indexation, basée sur le filtre de bloom. Le logiciel final, nommé Compareads, a une consommation mémoire faible (de l'ordre de quelques go) et peut calculer l'intersection de deux échantillons de 100 millions de séquences chacun en une dizaine d'heures. Notre méthode est une heuristique qui génère un faible taux de faux positifs. Le logiciel Compareads est dédié à l'analyse de grands jeux de données métagénomiques. À l'heure actuelle, il est le seul outil capable de comparer de tels jeux. Compareads a été appliqué sur plusieurs projets métagénomiques. Notre outil produit des résultats robustes, biologiquement exploitables et en accord avec diverses méthodes fondamentalement différentes. Il est actuellement utilisé de manière intensive sur les échantillons provenant de l'expédition tara oceans. Sur ce projet, notre méthode a permis de mettre en évidence que les grands systèmes océaniques influent sur la répartition globale des microorganismes marins.

Cette thèse porte sur l'analyse du changement systémique en République de Moldavie. Elle mobilise la problématique du capital social, au sens de Pierre Bourdieu, afin d'analyser la diversité de stratégies et de trajectoires des " intellectuels " - définis au sein de la société moldave de type soviétique par la possession d'un diplôme d'études supérieures ou supérieures incomplètes et par l'accomplissement d'un travail non manuel - dans le post-socialisme. Appuyant les résultats de deux enquêtes de terrain, par questionnaire et par entretien semi-directif, ce travail met en avant l'idée que cette diversité peut dégager les traits caractéristiques du type de capitalisme post-socialiste moldave. Il rompt ainsi avec une vision téléologique et universaliste d'un système pour le penser selon ses propres particularités institutionnelles, historiques, politiques, culturelles, etc. S'inscrivant dans une démarche socio-historique et conjuguant différents champs des sciences sociales, cette thèse propose alors une lecture comparative entre la trajectoire de ces " intellectuels ", de 1980 à 2000, période couvrant trois régimes spécifiques d'accumulation : un propre à la fin du système socialiste de type traditionnel, un autre propre au système socialiste réformateur, et un troisième relevant du système post-socialiste moldave. Elle montre que les tensions engendrées par les différents régimes d'allocation et de distribution des ressources peuvent être régulées par le volume du capital social accumulé par les individus. La problématique du capital social apparaît ainsi centrale, permettant de voir comment s'articulent la dynamique institutionnelle et l'action sociale.

L'objectif de cette thèse est de proposer une démarche méthodologique de conception d'un modèle de simulation de systèmes de production qui intègre une représentation des comportements distribués et cognitifs des acteurs décisionnels, et dont l'intérêt est de permettre d'étudier la pertinence de changements organisationnels dans ces systèmes. En effet, l'analyse des conditions d'évolution des systèmes de production et de leur contexte a permis de mettre en relief le besoin de " réactivité " pour faire face à un environnement de moins en moins stable et prévisible et devant lequel l'organisation doit chercher des alternatives à un fonctionnèment planifié, prédictif, figé et séquentiel. Les réponses organisationnelles des entreprises à ces sollicitations s'expriment par un mouvement vers la fleXIbilité et l'intégration, et passent par un rapprochement entre la structure décisionnelle et la structure physique. Pour mettre en évidence cette nouvelle réalité, nous proposons un processus de modélisation qui débute par la construction d'un modèle conceptuel de compréhension des organisations, basé sur une représentation des processus de décision, et sur une formalisation des phénomènes d'orientation des comportements décisionnels. En parallèle, nous analysons les concepts associés à la problématique des systèmes multi-agents, systèmes qui étudient l'émergence de comportements collectifs résultant de l'activité coopérative de plusieurs entités autonomes "intelligentes" sur lesquelles l'expertise est répartie. Ces études convergent vers un modèle de simulation issu des techniques de simulation à événements discrets, dans lequel nous intégrons une modélisation du système décisionnel à base d'agents. Enfin, l'implémentation de ce modèle sera basée sur des techniques de simulation orientée objets (objets actifs, programmation concurrente), et sera validée sur deux exemples, l'un pédagogique et conceptuel, 1 'autre industriel.

La société de consommation dans laquelle nous évoluons est génératrice de beaucoup de pollutions notamment de déchets. Cette croissance exponentielle de détritus nous amène à reconsidérer nos habitudes de consommation et notre vision du système actuel. C'est dans une réelle prise de conscience des dégâts occasionnés que nous pourrons agir pour améliorer ces failles dans un but optimisation et de performances. C'est pourquoi nous avons choisi d'étudier la gestion des déchets afin de pouvoir répondre à ces objectifs et proposer des scénarios de gestion et de traitement des déchets adaptés aux territoires étudiés. Pour mener à bien cette étude, nous nous sommes intéressés à l'île de la Réunion permettant ainsi à contribuer au développement des territoires insulaires. Autour de cette problématique, nous nous sommes attachés principalement à développer une démarche méthodologique permettant de composer différents scénarios de déchets. Afin de réaliser la création des scénarios, nous avons mis en œuvre un outil de simulation et de modélisation de traitement et de gestion des déchets. Pour cela, nous avons développé une méthode, une approche descriptive qui nous permet de présenter de manière intelligible toutes les entités qui composent le système de traitement des déchets ainsi que les flux de matière et d'énergie qui interfèrent avec les systèmes observés. Nous commençons par une phase d'identification où toutes les entités observées (flux et systèmes) sont clairement définies, nous poursuivons la description par une phase de caractérisation où nous définissons et renseignons tous les paramètres d'observation des flux et des systèmes. Sur cette base, nous avons mis au point un outil de simulation de gestion et de traitement des déchets. La conception de l'outil nécessite donc une connaissance précise des éléments constituant chacun des niveaux d'observation étudiés. Cette observation du système par l'observation des flux nous a permis de mettre en évidence les phases de traitement autour des étapes de stockage, de transport et de transformation. C'est notamment au travers de ces indices qu'il nous a été possible d'identifier les paramètres de gestion à considérer afin de répondre à nos problématiques de coûts et d'environnement. À ce stade, l'outil permet une acquisition de données détaillées à toutes les phases de gestion afin d'établir un certain nombre de scénarii de gestion des déchets. Une fois les scénarios mis en œuvre dans l'outil, une analyse multicritères développée à partir de l'outil de calcul PROMETHEE est réalisée afin permettre le classement des différentes alternatives possibles dans un but d'aide à la décision. Cette analyse s'est avérée pertinente dans le choix des meilleurs scénarios de gestion et de traitement des déchets. Et nous permet de conduire une réflexion la moins orientée possible afin d'assurer une bonne crédibilité des choix et décisions à retenir. / Today's consumer society is generating a lot of pollution and waste . The exponential growth of garbage must lead us to rethink the way we consume and the way we consider the current system. Raising awareness of the damage is the best way to improve the situation so as to achieve better and more efficient results. That is why we chose to study waste management, to answer these objectives and to establish waste management scenarios adapted to a specific territory, here Reunion Island. Thereby, this study will contribute to the general development of insular territories. For the study, we have implemented a methodology allowing us to build waste management scenarios. To create these, we have developed a simulation and modelization tool for waste treatment and waste management. The methodology is organized in two parts: i) A description phase and ii) A quantification phase for each scenario of waste management. i) The description phase enables us to know and classify all the entities that compose the waste treatment system as well as raw flow and energy flow. For this, each part of a scenario can be divided into elementary components to simplify their creation. ii) The quantification phase is operational once all flows and entities are identified. This phase consists in defining and quantify all the parameters (flows and entities).Afterwards, we have developed a simulation and modelization tool for waste treatment and waste management to create scenarios. Each scenario requires environmental, economic and social parameters. At this stage, we can collect data for all management phases and establish a panel of scenarios. After scenarios are integrated in the tool, we can do a multi-criteria analysis to classify all possible alternatives that will help decision making. This analysis has proved relevant for choosing the best management and waste treatment scenarios. It also allows us to conduct a study that is as little oriented as possible, so as to ensure the reliability of the choices and decisions that will be selected.

Une nouvelle théorie du cancer s’est récemment imposée dans la communauté scientifique. Selon cette dernière, les cancers se développeraient à partir d’une sous-population bien particulière de cellules cancéreuses, appelées « cellules souches cancéreuses » (CSC). Les partisans de la théorie des CSC soutiennent que les rechutes seraient causées par ces cellules, plus aptes à échapper aux thérapies classiques. En conséquence, ils soutiennent que l’élimination de toutes les CSC, dans un cancer donné, est nécessaire et suffisante pour guérir le patient. Dans cette thèse, je propose d’examiner cette stratégie thérapeutique de ciblage des CSC et je montre que sa capacité à guérir les cancers dépend de la façon dont on envisage la nature de la propriété souche. En effet, les cellules souches cancéreuses sont définies par la possession de la propriété souche, c’est-à-dire par leur capacité à s’auto-renouveler et à se différencier. Cependant, cette propriété elle-même reste obscure quant à sa nature. S’agit-il d’une propriété catégorique ou d’une disposition ? Une cellule non-souche (cancéreuse ou non) peut-elle acquérir la propriété souche et sous quelle condition ? En me basant sur une analyse de la littérature scientifique, je montre que quatre conceptions distinctes de la nature de la propriété souche sont aujourd’hui possibles et que, si la théorie des CSC est vraie, déterminer la nature exacte de la propriété souche est capital pour le traitement des cancers. / A new theory of cancer has recently gained importance in the scientific community. According to this theory, cancers develop from a particular sub-population of cancer cells, named “cancer stem cells” (CSCs). The proponents of the CSC theory argue that relapses are caused by CSCs because they escape classical therapies. Consequently, they claim that eliminating all the CSCs of a given cancer is a necessary and sufficient condition to cure the patient. In this dissertation, I scrutinize this therapeutic strategy and I argue that its ability to cure cancers will depend on our understanding of the nature of stemness. Indeed, cancer stem cells are characterized by this property, that is, the capacity to self-renew and to differentiate. However, the nature of stemness is rather obscure. Is it a categorical property or a disposition? Can a non-stem cell (cancerous or not) acquire stemness, and under which conditions? On the basis of analysis survey of the scientific literature, I distinguish four possible concepts of the nature of stemness. I contend that if the CSC theory is true, determining the exact nature of stemness is essential for cancers treatments.