Au cours du développement tumoral, le système immunitaire est constamment exposé aux antigènes tumoraux, mais le plus souvent dans un contexte non-inflammatoire qui favorise l'induction d'une tolérance envers ces antigènes. La tolérance peut être médiée par des mécanismes passifs (ignorance, anergie ou délétion des clones spécifiques de la tumeur) ou actifs, pour lesquels les lymphocytes T régulateurs (Tregs) jouent un rôle prépondérant. Les lymphocytes T (LT) CD4+ sont la source principale des Tregs mais présentent également des fonctions antitumorales directes et indirectes. Les connaissances actuelles sur le rôle des LT CD4+ au cours du développement tumoral proviennent en grande partie d'études de modèles murins de tumeurs transplantées. Cependant, l'inflammation initiée lors de l'inoculation de ces tumeurs due à une mort cellulaire importante favorise la présentation persistante par le MHC-II des antigènes tumoraux dans un environnement inflammatoire artificiel. Nous tentons ici de contourner ce problème en utilisant deux modèles murins différents: le premier est un modèle de tumeur transplantée dans lequel un néoantigène de classe II (DBY) est induit à distance du moment de l'inoculation de la tumeur. Le deuxième est un modèle d'adénocarcinome pulmonaire induit génétiquement exprimant l’epitope DBY, dans lequel la tumorigenèse est initiée par l'expression d’un oncogène associée à la délétion d’un gène suppresseur de tumeurs. La réponse antitumorale des LT CD4+ est suivie par le transfert de LT CD4+ spécifiques de DBY "Marilyn". Dans le modèle de tumeur transplantée, nous montrons que l'apparition d'un néoantigène dans une tumeur bien établie n'est pas ignorée par le système immunitaire. Bien au contraire, le néoantigène arrive au ganglion drainant la tumeur et induit une activation efficace des cellules Marilyn, qui prolifèrent, produisent de l'IFN-γ et recirculent jusqu'à la tumeur. En revanche, malgré une activation efficace des LT CD4+, les tumeurs ne sont pas rejetées. Dans le modèle génétiquement induit, nous montrons que des néoantigènes exprimés dès le début du développement tumoral, arrivent jusqu'au ganglion drainant la tumeur en quantité suffisante pour induire l'activation et la prolifération des LT CD4+, mais que cette activation est non-optimale et ne permet qu'une faible migration vers le site de la tumeur. En revanche, une partie des cellules Marilyn acquièrent l'expression de FOXP3 ainsi qu'une signature transcriptomique de Tregs et ce dès les stades précoces du développement tumoral, tandis que le reste des cellules Marilyn présentent un phénotype anergique (CD44hiCD73hiFR4hi). L'administration de CpG n'empêche pas la conversion en Treg des cellules Marilyn, malgré l'augmentation de la maturation des cellules dendritiques dans le poumon et le ganglion drainant la tumeur. La déplétion des Tregs de l'hôte en revanche inhibe cette conversion et favorise l'activation des cellules Marilyn en cellules effectrices compétentes, capables de migrer jusqu'au site tumoral. Enfin, les cellules Marilyn, lorsqu'elles sont activées hors du ganglion drainant la tumeur échappent à l'inhibition induite par la tumeur et deviennent des cellules effectrices compétentes. Ainsi, dans un modèle tumoral reproduisant le développement naturel progressif des tumeurs humaines, un état de tolérance est induit par la tumeur. Cette tolérance est dépendante des Tregs présents dans le ganglion drainant la tumeur, qui confèrent une tolérance aux LT CD4+ naïfs arrivant dans le ganglion. / During tumor development, the immune system is persistently exposed to tumor-associated antigens, frequently in a non-inflammatory context, favoring the establishment of tolerance. Passive (ignorance, anergy or deletion of tumor-specific T cells) or active mechanisms mediated by regulatory T cells (Tregs) may be involved in tolerance. CD4+ T cells are the main source of Tregs but they also display indirect and direct antitumor activity. So far, the contribution of CD4+ T cells during tumor development has been mainly addressed in murine transplanted tumor models. However, in these models the artificial inflammation associated with the presence of dying tumor cells at the time of tumor inoculation favors a long-lasting MHC-II-restricted tumor antigen presentation in an artificial inflammatory context. Here, we addressed this issue using two different models: a transplanted one in which the MHC-II neoantigen (DBY) is induced long after tumor implantation and a genetically engineered mouse (GEM) model of lung adenocarcinoma also expressing the DBY epitope, in which malignant transformation results from both the expression of an oncogene and the deletion of a tumor suppressor gene. Tumor-specific CD4+ T cell response was followed by transfer of naive DBY-specific Marilyn CD4+ T cells. In the transplanted tumor model, we found that the appearance of a neoantigen in established tumors was not ignored by the immune system. On the contrary, the neoantigen reached the tumor-draining lymph node (TdLN) and induced efficient priming of Marilyn cells that proliferated, produced IFN-γ, and recirculated to the tumor site. However, despite efficient induction of a tumor-specific CD4+ T cell response, tumors were not rejected. In the GEM model, we found that starting at the early tumor stages, neoantigens were expressed and reached the TdLN in sufficient amount to induce activation and proliferation of naive Marilyn T cells. However, this priming was suboptimal and resulted in a weak migration to the tumor site. Instead, some of the activated Marilyn cells acquired the expression of FOXP3 and a Treg gene signature while the remaining FOXP3- cells displayed a CD44hiCD73hiFR4hi anergic phenotype. CpG administration did not revert the Marilyn Treg conversion despite reinforcing dendritic cell maturation in the lung and the TdLN. Depletion of the host Treg compartment however, inhibited this conversion and favored Marilyn cell activation into full-blown effector cells able to migrate to the tumor site. Finally, Marilyn cells that were primed at distance of the TdLN, escaped tumor induced inhibition and became full effectors. Thus, in a tumor model reproducing the natural development of slowly growing human tumors, a tumor-associated dominant tolerance is established in the lymph node draining the tumor. This state of unresponsiveness is highly dependent on the presence of Treg cells in the TdLN, conferring tolerance to incoming tumor-specific naive CD4+ T cells.

L’utilisation des convertisseurs de puissance dans les applications de transport électrique à base de pile à combustible ouvre les portes de recherche sur la problématique de leur fiabilité puisqu’un défaut dans ces circuits pourrait provoquer une panne ou un disfonctionnement se répercutant sur l’ensemble de la chaine de traction. Le convertisseur statique considéré est un hacheur élévateur à six bras parallèles et entrelacés à fréquence de découpage égale à 100kHz ayant un gain en tension élevé (égal à 5). Il comporte avec le choix des éléments passifs une ondulation de courant d’entrée faible et interface une pile à combustible de 21kW (70V, 300A) et une charge résistive de 350V (valeur proche des réseaux comportant des batteries Li-ion). Ces systèmes incorporent des interrupteurs de puissance semi-conducteurs qui sont les composants les plus fragiles et qui sont soumis à des contraintes électriques et thermiques sévères pour les applications automobiles. L’utilisation de la technologie en carbure de silicium pour ces cellules semi-conductrices élémentaires accompagne un réel besoin industriel des filières de développement des systèmes miniaturisés et intègre les préoccupations des constructeurs automobiles autour de la mise en œuvre opérationnelles des technologies innovantes embarquées et fiables. En effet, cette technologie des composants semi-conducteurs, dit «grand-gap», est à coup sûr un candidat sérieux pour optimiser l’efficacité énergétique et l’intégration de puissance des convertisseurs, pour pile à combustible, plus robustes vis-à-vis des contraintes de l’usage transport. Dans mes travaux de thèse, les défauts de type court-circuit et circuit-ouvert d’interrupteurs de puissance en carbure de silicium sont alors considérés pour satisfaire la continuité de service et annuler l’influence de cette dégradation d’une part sur la source électrochimique et d’autre part sur la charge. Les méthodes de détection proposées sont des méthodes simples et non intrusives. Elles utilisent la tension drain et source VDS de l’interrupteur de puissance comme indicateur de défaut pour juger de la présence d'un court-circuit ou un circuit-ouvert. Le principe de détection consiste à comparer la tension VDS à une tension seuil paramétrable (à fixer pour le composant en carbure de silicium). Une fois la phase inductive défectueuse est identifiée, un processus de de gestion des défauts par la commande est mis en œuvre. Dans le cas de court-circuit une stratégie de soulagement par la commande est appliquée pour adoucir la coupure de courant de la branche inductive en défaut. Puis suivra l’isolation de cette ligne via des interrupteurs spécifiques qui supportent une ouverture du circuit à fort courant (exemple: fusible ultra-rapide) et une reconfiguration par la commande du convertisseur de puissance (passage de 6 à 6-i phases, avec i nombre de défauts). Dans le cas de circuit-ouvert, qui un défaut qui isole automatiquement le bras défectueux, si aucune action préventive n’est planifiée la continuité de service est assurée mais à plus d’ondulations de courant sur les bras du convertisseur statique. Pour éviter cet effet, la reconfiguration par la commande est nécessaire. / The use of power converters in fuel cell electrical transport applications drives research to study the problem of their reliability, since a fault in these circuits could cause a breakdown or a malfunction that affects the entire system of the powertrain. The converter under consideration is a six-phase interleaved boost converter operating in unidirectional power flow in continuous conduction mode with a 100 kHz switching frequency and a high voltage gain (equal to 5). It allows, with the choice of passive elements, a low input current ripple and interfaces a 21kW fuel cell (70V, 300A) and a resistive load of 350V (value close to the networks with batteries Li-ion). These systems contain semiconductor power switches which are the most fragile components and are subject to severe electrical and thermal stresses for automotive applications. The use of silicon carbide technology for these semiconductor components accompanies a real industrial need for development of a miniaturized system and integrates the concerns of manufacturers of electric vehicles around the implementation of innovative, embedded and reliable technologies. Indeed, this technology of semiconductor components is certainly a serious candidate to optimize the energy efficiency and power integration of converters, for fuel cells, more robust against constraints of the transport use. In my thesis work, switch short-circuit and switch open-circuit faults of silicon carbide power switches are considered to satisfy the continuity of service and to cancel the influence of this degradation on both the fuel cell source and the charge. The proposed detection methods are simple and non-intrusive. They use the drain to source voltage VDS of the power switch as a fault indicator to judge the presence or not of a short-circuit or an open-circuit switch fault. The detection principle consists in comparing the VDS voltage with a configurable threshold voltage (to fix it for the silicon carbide component). Once the faulty inductive phase is identified, a fault management process by the control is implemented. In the case of switch short-circuit fault, firstly a control strategy is applied to soften the break of current of the faulty inductive phase. After faulty phase isolation using specific switches that support breaking of the high-current circuit (example: high-speed fuse) and a reconfiguration by the control of the power converter (transition from 6 to 6-i phases, with i number of faults). In the case of switch open-circuit fault, which automatically isolates the defective phase, if any preventive action is planned the continuity of service is ensured but to more current ripple on the arms of the DC/DC converter. To avoid this effect, reconfiguration by the command is necessary.

Les réactions allergiques telles que les réactions d’hypersensibilité de contact (HSC) sont un problème de santé publique. Il s’agit d’une réaction inflammatoire aiguë qui survient suite à des expositions répétées d’une molécule allergisante avec la peau et dans laquelle les cellules dendritiques (DC) jouent un rôle essentiel. Les composés chimiques tels que le dinitrochlorobenzène (DNCB) ou le cinnamaldéhyde (CinA), responsables d'HSC, sont capables d’induire un stress chimique et de produire des espèces réactives de l’oxygène (ERO). Parmi les voies de détoxication en réponse aux xénobiotiques, la voie Nrf2/Keap1 est une voie centrale connue pour la détection de composés électrophiles. A l’état basal et en absence de stress, Nrf2 est couplé à son répresseur cytosolique Keap1 qui assure sa dégradation via le protéasome. En présence d’un stress chimique, Nrf2 transloque dans le noyau et induit l’expression des gènes antioxydants [hème-oxygénase 1 (ho-1), NADPH quinone oxydoréductase (nqo1), glutathione-s-transférase (gst)]. En absence de Nrf2, nous avons montré que le DNCB et le CinA induisent la mort cellulaire des DC via l'activation des caspases impliquées dans la voie mitochondriale ou intrinsèque de l'apoptose. Cette mort cellulaire induite par le DNCB est ERO dépendante tandis que celle induite par le CinA est moins sensible à la production des ERO. En présence de Nrf2, la survie des DC est régulée par l'expression de bcl-2, un gène antiapoptotique, et des gènes antioxydants. Nrf2 semblerait activer ou réprimer la transcription des gènes et ce en fonction de la molécule testée, du temps de traitement. Par ailleurs, nous avons également montré que Nrf2 joue un rôle clef dans les phases de sensibilisation et d'élicitation de la réaction d'HSC mais également au cours de l'irritation. Des transferts adoptifs de DC ont permis de montrer le rôle clef de Nrf2 dans la DC au cours de l'HSC. Enfin, notre étude montre que Nrf2 régule les Treg au niveau du tissu cutané et participe à la tolérance cutanée. / Allergic reactions such as contact hypersensitivity (CHS) are a problem of public health occurring after repeated exposures to contact sensitizers. CHS is a common skin disease involving dendritic cells (DC) playing a key role in this pathology. Contact sensitizers, like dinitrochlorobenzene (DNCB) or cinnamaldehyde (CinA) are known to induce reactive oxygen species (ROS) production. The Nrf2/Keap1 pathway is central for detoxification. In the absence of a chemical stress, Keap1 associates with Nrf2 and leading to its degradation. In the presence of an electrophilic compound like contact sensitizers, Keap1’s conformation is modified leading to Nrf2 translocation to the nucleus and transcription of its target genes [heme-oxygénase 1 (ho-1), NADPH quinone oxydoreductase (nqo1), glutathione-s-transferase (gst)]. We showed, for the first time, that Nrf2 controls the loss of mitochondrial membrane potential and caspase-3/7 activity in DC activated by contact sensitizers. In the absence of Nrf2, DNCB and CinA induced DC apoptosis via caspase activation involved in intrinsic pathway of apoptosis also called ‘mitochondrial pathway’. This apoptosis was mainly mediated by the production of ROS in response to DNCB. However, ROS faintly control CinA-induced cell death. We also showed that Nrf2 controls the transcription of the anti-apoptotic gene bcl-2 in response to DNCB or CinA and also the transcription of immune related and antioxidant genes that could be implicated in DC apoptosis.Otherwise, we also showed that Nrf2 plays a key role in sensitization and elicitation phases of CHS and even in the irritation phase. Adoptive transfer experiments showed that Nrf2 plays a crucial role in DC during CHS.Finally, we showed that Nrf2 regulates skin Treg and participates to skin tolerance.

Les cellules tueuses naturelles (NK) sont régulées par des récepteurs activateurs et inhibiteurs. La plupart des récepteurs inhibiteurs reconnaisse des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de classe I, et protège les cellules saines des phénomènes d'auto-immunité médiés par les cellules NK. Cependant, certains récepteurs activateurs, incluant le récepteur killer cell Ig-like receptor (KIR) 2DS1, reconnaissent aussi des ligands CMH de classe I. Cela pose la question de savoir comment les cellules NK qui expriment des récepteurs activateurs deviennent tolérantes au soi. Nous avons cherché à déterminer si la présence de HLA-C2, le ligand du récepteurs 2DS1, peut induire les cellules NK qui expriment le 2DS1 à développer un état de tolérance au soi. Indépendamment de la présence ou de l'absence du ligand HLA-C2 dans le donneur, une activité anti-HLA-C2 a été identifiée in vitro dans certains clones NK 2DS1-positifs. La fréquence des clones NK avec réactivité anti-HLA-C2 était élevée parmi les donneurs homozygotes pour HLA-C1. De façon étonnante, nous n'avons pas constaté de différence statistiquement significative dans la fréquence de cytotoxicité anti-HLA-C2 entre les donneurs HLA-C2 hétérozygotes et les donneurs sans ligand HLA-C2. Par contre, les donneurs HLA-C2 homozygotes montrent une fréquence réduite de clones NK avec réactivité anti-HLA-C2 par rapport aux autres donneurs. Clones 2DS1-positifs qui co-expriment des KIR inhibiteurs spécifiques des molécules HLA de classe I du soi n’étaient pas communément cytotoxiques, et la cytotoxicité anti-HLA-C2 était limité presque exclusivement à des clones positifs seulement pour 2DS1 (« single positive » 2DS1 clones). Nous avons aussi identifié des clones 2DS1 « single positive » avec réactivité anti-HLA-C2 dans des patients recevant une greffe de cellules souches hématopoïétiques à partir de donneurs 2DS1. Ces résultats montrent que plusieurs cellules NK avec réactivité anti-HLA-C2 sont présentes dans des donneurs 2DS1 soit hétérozygotes soit homozygotes pour HLA-C1. En revanche, les clones 2DS1-positifs obtenus par des donneurs homozygotes pour HLA-C2 sont fréquemment tolérants aux antigènes HLA-C2. / NK cells are regulated by inhibiting and activating cell surface receptors. Most inhibitory receptors recognize MHC-class I antigens, and protect healthy cells from NK cell-mediated auto-aggression. However, certain activating receptors, including the human killer cell Ig-like receptor (KIR) 2DS1, also recognize MHC-class I. This raises the question of how NK cells expressing such activating receptors are tolerized to host tissues. We investigated whether the presence of HLA-C2, the cognate ligand for 2DS1, induces tolerance in 2DS1-expressing NK cells. Anti-HLA-C2 activity could be detected in vitro in some 2DS1 positive NK clones irrespective of presence or absence of HLA-C2 ligand in the donor. The frequency of anti-HLA-C2 reactivity was high in donors homozygous for HLA-C1. Surprisingly, there was no significant difference in frequency of anti-HLA-C2 cytotoxicity in donors heterozygous for HLA-C2 and donors without HLA-C2 ligand. However, donors homozygous for HLA-C2 had significantly reduced frequency of anti-HLA-C2 reactive clones as compared to all other donors. 2DS1 positive clones that express inhibitory KIR for self-HLA class I were commonly non-cytotoxic, and anti-HLA-C2 cytotoxicity was nearly exclusively restricted to 2DS1 single positive clones lacking inhibitory KIR. 2DS1 single positive NK clones with anti-HLA-C2 reactivity were also present post-transplantation in HLA-C2 positive recipients of hematopoietic stem cell transplants from 2DS1 positive donors. These results demonstrate that many NK cells with anti-HLA-C2 reactivity are present in HLA-C1 homozygous and heterozygous donors with 2DS1. In contrast, 2DS1 positive clones from HLA-C2 homozygous donors are frequently tolerant to HLA-C2.

La durée de vie utile résiduelle (RUL) peut être simplement définie comme une prédiction du temps restant pendant lequel un système est capable d'exécuter sa fonction prévue ; elle est mesurée à partir de l'instant présent jusqu'à la défaillance finale. Cette durée prévue dépend principalement de l'état de détérioration des composants du système et de leurs conditions de fonctionnement futures prévues. Ainsi, la prédiction de la RUL est un processus incertain et son contrôle n'est pas une tâche triviale. En général, le but de la prévision de la RUL est d'influencer la prise de décision pour le système. Dans cette thèse, on a présenté un cadre compréhensible pour le contrôle de la RUL. Les incertitudes du modèle ainsi que les perturbations du système ont été prises en compte dans le cadre proposé. Des questions telles que le traitement de l'incertitude et l'inclusion d'objectifs RUL dans la stratégie de contrôle sont étudiées, depuis la modélisation jusqu'à une architecture de contrôle globale finale. On a montré que l'on peut prédire la RUL à partir d'une estimation appropriée de la détérioration et d'hypothèses sur les conditions de fonctionnement futures. Les systèmes d'entraînement par friction sont utilisés pour illustrer l'utilité de l'architecture globale susmentionnée. Pour ce type de système, le frottement est à la fois source du mouvement et source de la détérioration. Ce double caractéristique de frottement est une motivation pour contrôler automatiquement la détérioration du système en maintenant un compromis entre les exigences de mouvement et les valeurs RUL souhaitées. Dans cette thèse, un nouveau modèle orienté contrôle pour les systèmes d'entraînement par friction, qui inclut un modèle dynamique de la détérioration, est proposé. Le degré de détérioration est considéré en fonction de l'énergie dissipée, à la surface de contact, pendant la transmission mécanique de puissance. Une approche est proposée pour estimer l'état actuel de la détérioration d'un système d'entraînement par friction. L'approche est basée sur un Filtre de Kalman Etendu (EKF en anglais) qui utilise un modèle augmenté incluant le système mécanique dynamique et la dynamique de détérioration. L'EKF fournit également des intervalles qui incluent sûrement la valeur de détérioration réelle avec une valeur de probabilité. Une nouvelle architecture de commande de la RUL est proposée, elle comprend : un système de surveillance de l'état de détérioration (par exemple l'EKF proposé), un estimateur de l'état de fonctionnement du système, un système de commande de la RUL et un principe actionneur de la RUL. L'estimateur des conditions de fonctionnement est basé sur l'hypothèse qu'il est possible de quantifier certaines caractéristiques des exigences de mouvement, par exemple le rapport cyclique des couples moteur. Le contrôleur RUL utilise une fonction de coût qui pondère les exigences de mouvement et les valeurs RUL souhaitées pour modifier un filtre à paramètres variables, utilisé ici comme principe actionneur RUL. Le principe actionneur RUL est basé sur une modification des couples exigés, provenant d'un éventuel système de contrôle de mouvement. Les résultats préliminaires montrent qu'il est possible de contrôler la RUL, selon le cadre théorique proposé. / Remaining Useful Lifetime (RUL) can be simply defined as a prediction of the remaining time that a system is able to perform its intended function, from the current time to the final failure. This predicted time mostly depends on the state of deterioration of the system components and their expected future operating conditions. Thus, the RUL prediction is an uncertain process and its control is not trivial task.In general, the purpose for predicting the RUL is to influence decision-making for the system. In this dissertation a comprehensive framework for controlling the RUL is presented. Model uncertainties as well as system disturbances have been considered into the proposed framework. Issues as uncertainty treatment and inclusion of RUL objectives in the control strategy are studied from the modeling until a final global control architecture. It is shown that the RUL can be predicted from a suitable estimation of the deterioration, and from hypothesis on the future operation conditions. Friction drive systems are used for illustrating the usefulness of the aforementioned global architecture. For this kind of system, the friction is the source of motion and at the same time the source of deterioration. This double characteristic of friction is a motivation for controlling automatically the deterioration of the system by keeping a trade-off, between motion requirements and desired RUL values. In this thesis, a new control-oriented model for friction drive systems, which includes a dynamical model of the deterioration is proposed. The amount of deterioration has been considered as a function of the dissipated energy, at the contact surface, during the mechanical power transmission. An approach to estimate the current deterioration condition of a friction drive system is proposed. The approach is based on an Extended Kalman Filter (EKF) which uses an augmented model including the mechanical dynamical system and the deterioration dynamics. At every time instant, the EKF also provides intervals which surely includes the actual deterioration value which a given probability. A new architecture for controlling the RUL is proposed, which includes: a deterioration condition monitoring system (for instance the proposed EKF), a system operation condition estimator, a RUL controller system, and a RUL actuation principle. The operation condition estimator is based on the assumption that it is possible quantify certain characteristics of the motion requirements, for instance the duty cycle of motor torques. The RUL controller uses a cost function that weights the motion requirements and the desired RUL values to modify a varying-parameter filter, used here as the RUL-actuating-principle. The RUL-actuating-principle is based on a modification of the demanded torques, coming from a possible motion controller system. Preliminary results show that it is possible to control de RUL according to the proposed theoretical framework.

Les vecteurs viraux dérivés du virus adéno-associé (AAV) apparaissent depuis deux décennies, comme des outils efficaces pour le transfert de gène in vivo. Cependant, malgré une faible immunogénicité et une absence de toxicité in vivo, leur optimisation requiert encore un effort important vers une meilleure compréhension de leur biologie et, en particulier, de leur interaction avec le système immunitaire. Au cours de ce travail de thèse, nous avons utilisé une méthode de sélection dirigée in vitro dans le but d’obtenir un variant de capside capable de transduire efficacement un type cellulaire non-permissif aux vecteurs AAV : les cellules dendritiques (DC). En effet, ces cellules jouent un rôle primordial dans l’établissement de la réponse immunitaire et, par conséquent, dans la persistance de l’expression du transgène in vivo. Cette technologie, très répandue dans la communauté AAV, a permis de sélectionner un variant de capside aux propriétés très intéressantes. La mutation sélectionnée, caractérisée in vitro comme induisant une instabilité de la capside, a permis d’identifier et de surmonter un point de blocage majeur dans le processus de transduction des DC par les vecteurs AAV consistant dans l’étape de décapsidation du génome du vecteur dans le noyau cellulaire. De manière intéressante, le variant obtenu exhibe un avantage en terme de transduction non seulement dans les DC mais aussi dans différents modèles de cellules primaires humaines (e.g. HUVEC) ou animales (OBC), peu ou pas permissive à l’AAV. De plus, des expériences de transfert de gène in vivo réalisées dans un modèle murin, indiquent que le variant sélectionné conduit à une meilleure expression du transgène, possiblement due à la mise en place d’un processus de tolérisation. Les propriétés remarquables de ce variant de capside, font de lui un candidat intéressant pour des applications médicales. / Vectors derived from the Adeno-associated virus (AAV) have emerged as an efficient system for in vivo gene transfer. However, despite their low immunogenicity and good tolerance in vivo, a better characterization of the host-AAV interaction is required to be able to fully exploit AAV’s potential fora gene therapy or gene vaccination. In this PhD project, we have used an in vitro directed evolution strategy to select an AAV capsid variant able to transduce human dendritic cell (DC), a non-permissive cell type which plays a critical role in the initiation of immune responses and, consequently, on the persistence of the expression of transgene in vivo. This procedure allowed us to identify an AAV variant characterized by a decreased stability of the capsid in vitro. The use of this mutant as a vector to transduce human DC resulted in an improved uncoating of the vector genome in the cell nucleus, thus identifying this step as major barrier toward DC transduction. Interestingly, the selected variant also displayed an increased transduction efficiency not only in DC but also in different primary human and animal cell types, poorly or non-permissive to AAV. Finally, when injected in mice, this AAV variant resulted in a higher expression of the transgene, associated to a low level of immune responses, suggesting the induction of tolerant state. The remarkable features suggest that our selected variant capsid is a promising candidate for medical applications.

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Le phytomanagement est une méthode de gestion de sites pollués basée sur la capacité des plantes à séquestrer les polluants. L’utilisation de symbiotes fongiques peut représenter un atout afin d’augmenter la production de biomasse. Les endophytes bruns septés (DSE) pourraient stimuler la croissance végétale et augmenter leur protection contre les éléments-traces-métalliques (ETM). Cette thèse se déroule dans le cadre du projet LORVER et vise à comprendre l’interaction « plantes-DSE-sols pollués ». A ces fins, des champignons DSE isolés de racines de peupliers issues de sols pollués par des ETM ont été caractérisés. Ils appartiennent aux genres Leptodontidium, Phialophora, Cadophora et Phialocephala. Trois de ces souches ont ensuite été inoculées à des plantes en présence d’ETM. Dans certains cas, la croissance végétale a été stimulée et une augmentation de la teneur en chlorophylles, en P et en K, ou une réduction de la teneur en Cd dans les parties aériennes ont été mises en évidence. Puis, la souche la plus efficace sur la croissance végétale, Cadophora sp. Fe06, a été utilisée dans un double inoculum avec une souche endomycorhizienne, chez du ray-grass en présence d’ETM. Cette association diminue la teneur en Cd dans les feuilles. Enfin, les mécanismes impliqués dans la tolérance aux ETM chez les DSE ont été examinés via le criblage d’une banque de mutants d’insertions aléatoires, et via l’étude du rôle de la mélanine. Ce travail met en évidence que l’utilisation de DSE, de part leur capacité à coloniser de nombreuses plantes dans différents sols et à stimuler leur croissance, pourrait représenter un atout considérable pour des opérations de phytomanagement / Phytomanagement is a handling method of contaminated sites based on the ability of plants to sequester pollutants. Fungi could favor plant growth in contaminated sites but were far less studied in the context of phytomanagement. Dark septate endophytes (DSE) were reported to improve plant tolerance against metallic trace elements (TE). The present work is part of the LORVER project and aims to understand the “plant-DSE-TE”. DSE were isolated from poplar roots growing on TE-contaminated soils and characterized. They belong to Leptodontidium, Phialophora, Cadophora and Phialocephala genera. Three strains were inoculated to birch and poplar in TE-contaminated soils. Leptodontidium sp. improved plant growth with an increase in chlorophyll, P and K concentrations, whereas Cadophora sp. decreased Cd concentration in shoots of birch. Then, Cadophora sp. Fe06, was used with an endomycorrhizal fungus, to co-inoculate ryegrass in a TE-polluted soil. The co-inoculation leads to the decrease of Cd concentration in shoots. Finally, the mechanisms involved in TE-tolerance by DSE were studied through the screening of a library of Leptondontidium sp. insertional random-mutants and an evaluation of the role of melanin against TE stress. The present work highlights the complexity of the interactions between DSE and plants under TE stress. These interactions were influenced by different parameters including plant species, DSE strains, and soil properties. Nevertheless, the ability of DSE to colonize a broad spectrum of plants in different soils and to promote plant growth, suggest that DSE could represent a substantial benefit for the fungus-assisted phytomanagement of polluted soils

Théologien du Grand Siècle, minor de la République des Lettres, Isaac Papin (1657-1709) est né calviniste. Il appartient à l'École théologique dite de Saumur : fils spirituel du théologien novateur Claude Pajon (son oncle), il adopte les théories de ce dernier sur la grâce et, lecteur de Spinoza dès 1681, développe une conception originale de la tolérance à une période d’effervescence sur cette question dans la pensée protestante. Au moment de la révocation de l'édit de Nantes, Papin rejoint le Refuge : il est alors proche de citoyens des Lettres comme Jacques Lenfant, Jean Le Clerc et Pierre Bayle. Il s’installe d'abord en Angleterre où il est ordonné prêtre de l'Église anglicane puis se rend aux Provinces-Unies, puis dans le Saint-Empire où il tente de s'installer comme pasteur d'une Église wallonne. Son identité de novateur déclenche l'opposition de l'orthodoxe Pierre Jurieu (déjà ennemi de Pajon) qui l'empêche d'atteindre son but. Il décide alors de se convertir et revient en France en 1690, où il passe au catholicisme grâce à Bossuet. Jusqu’alors nomade huguenot de la République des Lettres, Papin se mue en catholique sédentaire dans sa ville natale, Blois : il devient l'un des acteurs de la controverse antiprotestante et se rapproche du jansénisme grâce à l’un de ses amis,également pasteur calviniste converti. En associant histoire sociale des réseaux théologiques et religieux et histoire des idées et des controverses, cette biographie intellectuelle retrace la trajectoire théologique particulière d’un converti du Grand Siècle passé de l’humanisme réformé de Saumur à un jansénisme entre Nicole et Quesnel. / Theologian of the Grand Siècle, minor of the Republic of Letters, Isaac Papin (1657-1709) was born Calvinist. He belongs to the so-called theological school “École de Saumur” : spiritual son of pioneering theologian Claude Pajon (his uncle), he adopts his theories on grace and, as Spinoza reader from 1680, he develops an original design of tolerance during a boom period on this issue in Protestant thought. At the time of the Revocation of the Edict of Nantes, Papin joins the Refuge : he is then close to Letters’ citizens such as Jacques Lenfant, Jean Le Clercand Pierre Bayle. He first moves to England where he is ordained priest of the Anglican Church. Then he goes to the United Provinces and to the Holy Empire, where he tries to settle as a pastor of a Walloon Church. His innovative identity triggers opposition from the Orthodox Pierre Jurieu (Pajon’s former enemy) that prevents him from reaching his goal. He decides to convert and returns to France in 1690, where he becomes a Catholic under the authority of Bossuet. Until then nomadic Huguenot of the Republic of Letters, Papin turns into a sedentary Catholic in his hometown, Blois.He becomes one of the actors of the anti-Protestant controversy and approaches the Jansenism thanks to a friend who is also a converted Calvinist pastor. By combining social history of theological and religious networks and history of ideas and controversies, this intellectual biography traces the particular path of a theologian converted of the Grand Siècle, from reformed humanism of Saumur to Jansenism, between Nicole and Quesnel.

L’impartialité constitue une condition et un élément essentiels du concept de justice ; mais en quoi consiste-t-elle précisément ? Les théories de justice contemporaines tendent à l’aborder en termes strictement politiques, en laissant de côté ou en limitant ses aspects épistémologiques et moraux. Ce travail se propose d’exposer, d’analyser et de discuter de manière critique la manière dont Thomas Nagel aborde à nouveaux frais, à partir de sa thèse du conflit des perspectives, l’idée d’impartialité en termes à la fois épistémologiques, moraux et politiques. L’impartialité est en effet d’abord une affaire de jugement objectif et rationnel ; mais un tel jugement doit aussi tenir compte de la division des points de vue personnels et impersonnels en nous, ainsi que du pluralisme des raisons et des valeurs qu’elle engendre. Le concept d’impartialité requiert alors un examen attentif de cette division des perspectives, et des types ou degrés d’objectivité qui seraient possibles dans les débats tant moraux que politiques. Peut-on dégager des critères, des conditions, une méthode de l’impartialité ? Comment la garantir, au niveau moral mais aussi en termes politiques et distributifs ? Et quels principes, raisons ou valeurs une justice pleinement impartiale peut-elle avancer et promouvoir de manière cohérente et légitime ? À travers notre examen des thèses, originales et hybrides, de Thomas Nagel, nous défendons la nécessité de remonter à ces conditions et questions fondamentales afin d’élaborer une conception satisfaisante et réaliste de la justice impartiale. Une telle conception prend avec Nagel un visage libéral, démocratique, pluraliste et fortement égalitarien, qui est certes proche des théorisations de Rawls ou Scanlon, mais est façonné à partir de thèses originales et hybrides offrant des alternatives novatrices. Ces thèses, affinées et modifiées par Nagel au cours des années et souvent non encore traduites en français, n’avaient encore pas fait l’objet d’une étude francophone et spécialisée dans les débats contemporains autour des théorisations de la justice. Dans notre travail, nous en analysons les facettes épistémologiques, métaéthiques, éthiques, politiques et économiques, en mettant en perspective les conceptions de Nagel par rapport à celles des penseurs modernes et contemporains dont il se démarque, et en dégageant la manière dont ces thèses se combinent, se complètent, se limitent respectivement aussi parfois. À partir de l’analyse de ces différentes thèses, nous avançons des éléments de discussion critique et des prolongements du concept d’impartialité qui en résulte, ainsi que du type de justice sociale – libérale, pluraliste, fortement égalitarienne – qu’il porte. Nous défendons la perspective réaliste et rationaliste de Nagel, son refus de toute forme d’utopie et sa conception plurielle, hybride mais exigeante de l’impartialité, tout en prenant au sérieux les difficultés que ces thèses soulèvent et les points de blocage auxquels Nagel se heurte. Mais nous considérons que ces difficultés peuvent trouver, dans les options envisagées par Nagel et dans les éléments de critique que nous avançons dans notre thèse, des solutions ou du moins des pistes de résolution qui constituent autant de perspectives stimulantes pour prolonger l’effort philosophique au sujet de la justice, de l’impartialité et de l’équité, dans et pour le monde d’aujourd’hui. / Impartiality is an essential condition and element of the concept of justice. But what exactly is impartiality in itself? Contemporary theories of justice tend to approach it in strictly political terms, and to leave aside or to limit its epistemological and moral aspects. This work offers to expose, analyse and critically discuss the way Thomas Nagel, from his conception of the conflict of perspectives, renews the approach to the idea of impartiality in epistemological, moral and political terms. Indeed impartiality is first a matter of objective and rational judgment; but such a judgement must also take into account the division of personal and impersonal points of view within us, as well as the pluralism of reasons and values it creates. The concept of impartiality then requires a scrutiny of this division of perspectives, and of the types or degrees of objectivity that could be possible in both moral and political debates. Can we determine impartiality’s criteria, conditions or method? How are we to guarantee it, morally but also politically and distributively? Which principles, reasons or values can a fully impartial justice consistently and legitimately advance or promote? Through our examination of Thomas Nagel’s original and hybrid conceptions, we defend the necessity of going back to these fundamental conditions and questions in order to elaborate a satisfying and realistic conception of impartial justice. Such a conception takes in Nagel’s approach a liberal, democratic, pluralistic and strongly egalitarian shape. It is surely close to Rawls’ or Scanlon’s theorizations of justice, but it is based on original and hybrid theses that offer innovative alternatives. These theses, which Nagel refined and modified over years and which, for most of them, have not yet been translated into French, had not until then been studied in France with a specialized focus on contemporary debates around theories of justice. In our work, we analyse their epistemological, metaethical, ethical, political and economic aspects, while putting into perspective Nagel’s conceptions in relation to those of modern and contemporary thinkers whom he stands out. We also show and explain how his theses combine, complete but also sometimes limit each other. With this analyse, we offer elements of critical discussion and possible extensions of the concept impartiality hence built, as well as of the type of social justice – liberal, pluralist, strongly egalitarian – that it carries. We defend the realist and rationalist perspective of Nagel, his refusal of any form of utopia and his plural, hybrid but demanding conception of impartiality. We also take seriously the difficulties his theses raise and the blockings Nagel faces. But we consider that these difficulties can find, in the options he explores and in the critical elements we suggest in our dissertation, solutions or at least possible resolutions that constitute as many stimulating perspectives to pursue the philosophical effort about justice, impartiality and equity, within and for our actual world.