Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2015-2016 / Le touladi est une espèce de salmonidé exploitée de manière importante par la pêche sportive. Cette pêche est entre autres supportée par des populations d’écotypes planctivore et piscivore utilisant des niches écologiques différentes. Cependant, les connaissances concernant la divergence évolutive entre ces deux écotypes demeurent pour l’instant très limitées. Cette étude visait à investiguer les bases génomiques de la divergence adaptative entre ces écotypes à partir d’analyses morphologiques (géométrie morphométrique, mesures linéaires et morphométrie des branchiospines) et d’analyses génétiques (3925 marqueurs de type «polymorphisme nucléotidique simple») effectuées sur un total de 367 touladis provenant de 12 lacs. Les résultats ont démontré une divergence morphologique potentiellement reliée à l’exploitation de niches écologiques différentes, une forte divergence génomique neutre entre les différentes populations de touladi et une divergence génomique potentiellement adaptative entre les écotypes. Ces résultats pourront servir à améliorer les mesures de gestion du touladi actuellement en place. / Lake Trout is an important salmonid species exploited by sport fishing. This fishery is supported by planktivorous and piscivorous Lake Trout populations, that use different ecological niches. Nevertheless, knowledge about evolutionary divergence between these two ecotypes remains scarce. The goal of this study was to investigate the genomic basis of the adaptive divergence between these two Lake Trout ecotypes using morphological analyses (geometric morphometrics, linear measurements and gill rakers morphometry) and genetic analyses (3 925 single nucleotide polymorphism markers) performed on a total of 367 Lake Trout from 12 lakes. The results demonstrated a morphological divergence that is potentially related to the use of different ecologial niches, a strong neutral genomic divergence between populations and a potentially adaptive genomic divergence between ecotypes. The results of this study could be used to improve management policies for this species.