O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

Submitted by Marcelo Andrade Silva (marcelo.andradesilva@ufpe.br) on 2015-03-09T14:28:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T14:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / A presença de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) e a expressão variante dos genes das citocinas IFN-α1, IFN-γ e do receptor IFN-α r1 em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite B (HBV), podem ser considerados fatores etiopatogênicos relacionados aos níveis séricos do HBV, resultando em complicações da doença. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo verificar a associação entre as frequências genotípicas e proporções alélicas dos genes IFNG, IFNA1, IFNAR1 em relação aos níveis de expressão desses genes e à carga viral do HBV, em pacientes com infecção crônica pelo HBV sem tratamento antiviral. Foi realizado um estudo de caso-controle com amostras de sangue total de 208 indivíduos (94 pacientes com infecção crônica e 114 indivíduos imunes ao HBV) no período de outubro de 2012 a agosto de 2013, no ambulatório de hepatologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco (HC/UFPE) e no Hospital Escola Dr. Helvio Auto da Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas (HEHA/UNCISAL). Para a identificação dos polimorfismos foi utilizada a PCR em tempo real (qPCR) de acordo com técnica de alta resolução de melting (HRM). A quantificação da carga viral e a expressão absoluta dos genes IFNG (-5 A>G), IFNA1 (-2 C>T), IFNAR1 (-97 T>C) foram realizadas por qPCR. Em todos os pacientes com infecção crônica pelo HBV os níveis de expressão foram menores para o gene IFNA1 (mediana=2,56x10-1ηg/μL), em relação aos genes IFNG (mediana=4,54x105ηg/μL) e IFNAR1 (mediana=6,92x109ηg/μL), e a média de carga viral foi de 3,2 log10. Pacientes com genótipo heterozigoto IFNA1(-2) CT e alelo polimórfico IFNA1 (-2) T apresentaram maiores chances de desenvolver proteção pelo HBV quando comparados a indivíduos imunes com genótipo IFNA1(-2) CC e alelo tipo selvagem C, respectivamente (IFNA1 CT/CC: OR=0,45; p=0,01 e IFNA T/C: OR=0,54; p<0,01). Em pacientes com infecção crônica e genótipo tipo selvagem TT do IFNAR1, os baixos níveis de expressão do gene desse receptor, quando comparado aos outros genótipos, explicam em 40% os altos níveis de carga viral desses pacientes (r2=0,40 | p=0,04) conferindo um risco para o desenvolvimento da cronicidade. Para o genes IFNG(-5) não foi observada diferença estatisticamente significante entre os níveis de expressão e os genótipos. Assim, a presença da variante polimórfica do gene IFNA1 (-2) em pacientes com infecção crônica, pode estar associada à proteção da cronicidade quando comparada ao grupo controle. Os altos níveis de expressão do gene IFNAR1 e baixos níveis de IFNA1 podem contribuir para a cronicidade nestes indivíduos. Os pacientes que com genótipo polimórfico IFNA1 (-2) CT e alelo T apresentaram maior proteção para a cronicidade pelo HBV.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Infection with hepatitis A virus (HAV) occurs worldwide and is the most common cause of acute viral hepatitis. The highest prevalence of this infection is seen where low standards of sanitation are adopted. Acquired primarily by the fecaloral route, HAV infection is easily disseminated, either by person-to-person contact or by ingestion of contaminated food or water. The HAV is a extremely steady non-enveloped particle, which comprises a single stranded plus-sense RNA with approximately 7,5 kb. The objective of this study was to develop, based into VP1 gene sequence, a DNA probe from the HAV genome by RTPCR to detect the virus. A 783 bp amplicon of HAV genome (Brazilian standard strain HAF-203), amplified by RT-PCR was labelled by coupling of alkaline phosphatase enzyme from Gene ImagesTM AlkPhos DirectTM System (Amersham). Specificity was determined by dot blot hybridization of RNA from standard strain HAF-203 and DNA of the own amplicon. To asses the sensitivity of detection hybridization was done in serially diluted up to 1 pg of purified viral RNA. Sewage water samples were artificially ontaminated with dilutions up to 10 PFU/mL of the virus. The particles were precipitated with amonium sulfate and the total RNA obtained by treatment with proteinase k and phenol:chloroform. Samples were transferred to a nylon membrane by dot blot and hybridized according to labelling system manufacturer s instructions. Dots were detected in spots containing 1 pg of purified RNA, just like the amplicon. The DNA probe did not hybridize to total DNA prepared from BoHV-1, XL2B DNA and Human total RNA. The probe hybridized to samples containing up to 100 PFU/mL of the virus. This results showed the probe specificity and sensitivity level is sufficient to detect the virus in environmental samples, making this technique able to be used in environmental molecular monitoring of the virus. / Infecção pelo vírus da hepatite A (HAV) acontece mundialmente e é a causa mais comum de hepatites virais agudas. A prevalência mais alta desta infecção é observada onde baixos padrões de serviço de saúde pública são adotados. Adquirida principalmente pela rota fecal-oral, a infecção por HAV é disseminada facilmente, através de contato de pessoa-para-pessoa ou por ingestão de comida ou água contaminada. O HAV é uma partícula não envelopada, extremamente estável que possui RNA fita simples de sentido positivo com aproximadamente 7,5 kb. O objetivo deste estudo foi desenvolver, baseado na seqüência do gene VP1, uma sonda de DNA a partir do genoma de HAV por RT-PCR para detectar o vírus. Um amplicon de 783 bp do genoma de HAV (amostra padrão HAF-203), amplificado por RT-PCR foi marcado pela enzima fosfatase alcalina do sistema Gene ImagesTM AlkPhos DirectTM (Amersham). A especificidade foi determinada por hibridização em dot blot com RNA da amostra padrão brasileira HAF-203 e DNA do próprio amplicon. Para testar a sensibilidade de detecção por hibridização foi realizada diluição seriada até 1 pg de RNA viral purificado. Foram contaminadas artificialmente amostras de água de esgoto com diluições até 10 PFU/mL do vírus. As partículas foram precipitadas com sulfato de amônia e RNA total obtido através de tratamento com proteinase k e fenol:clorofórmio. Amostras foram transferidas para uma membrana de nylon por dot blot e hibridizadas de acordo com as instruções do fabricante do sistema. A sonda detectou amostras nos poços contendo até 1 pg de RNA purificado, da mesma forma que o amplicon. A sonda de DNA não hibridizou com DNA preparado de BoHV-1, XL2B DNA e RNA total Humano. A sonda hibridizou com amostras que contêm até 100 PFU/mL do vírus. Estes resultados mostram que a os níveis de especificidade e sensibilidade da sonda é suficiente para detectar o vírus em amostras ambientais, tornando esta técnica aplicável no monitorando molecular ambiental do vírus.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:23:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:24:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-07T12:24:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-07T12:24:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Iaci G. Fortes.pdf: 3341230 bytes, checksum: 5cf680c1f700af06ff6e5e563e9b7748 (MD5) Previous issue date: 2015-09-29 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Introduction: Hepatitis C infection (HCV) is presented as both acute and chronic and most often is asymptomatic, it presents several risk factors that may vary across population groups and the definition of infection is still a challenge reflecting in blood banks which can be detected by the marker antibody against HCV (anti-HCV) and HCV NAT (detection of HCV nucleic acids). Objective: To trace the epidemiological profile and the molecular characteristics of HCV infection in candidates for blood donation the Blood Center of Roraima. Methods: positive or indeterminate anti-HCV candidates were selected by the 2nd sample collection attendance as routine. It was collected results of the screening of blood donation and 2nd sample. And new sample collected for quantification of HCV RNA by Abbott RealTimeTM HCV Assay platform and applied epidemiological questionnaire. Results: Candidates for blood donation had the characteristics, young people aged 18-29 years (63.6%) of males (72.7%), single (50.0%), from the capital Boa Vista, and 54.5% were repeat donors, with evidence of exposure to risk factors (surgical procedures, hygiene objects sharing, etc.); 21 candidates to blood donation obtained positive results or indeterminate for anti-HCV and one result with NAT detectable HCV screening of the donation. In the 2nd sample test anti-HCV, 12 were reagents, 9 non-reactive, 1 indeterminate and NAT undetectable. In no sample was detectable HCV RNA. Conclusion: It is suggested that these donors are low viral load being impossible to detect or plasma clearance or anti-HCV results from the screening of blood donation can be false positives. / Introdução: A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) apresenta-se na forma tanto aguda quanto crônica e na maioria das vezes é assintomática, apresenta diversos fatores de risco que podem variar entre os grupos populacionais e a definição de infecção ainda é um desafio, refletindo em bancos de sangue onde pode ser detectada pelos marcadores anticorpo contra o HCV (anti-HCV) e NAT HCV (detecção de ácidos nucléicos do HCV). Objetivo: Traçar o perfil epidemiológico e as características moleculares da infecção pelo HCV em candidatos a doação de sangue do Hemocentro de Roraima. Métodos: Candidatos anti-HCV positivo ou indeterminado foram selecionados mediante o comparecimento de coleta de 2ª amostra como de rotina. Foi coletado resultados da triagem da doação de sangue e 2ª amostra. E coletado nova (3ª amostra) amostra para quantificação de RNA HCV pela plataforma Abbott RealTimeTM HCV Assay e aplicado questionário epidemiológico. Resultados: O grupo de candidatos a doação de sangue foi constituído por jovens entre 18-29 anos (63,6%), predomínio de do sexo masculino (72,7%), solteiros (50,0%), todos procedentes da capital Boa Vista, e cerca de 54,5% não eram doadores de primeira vez, com evidências de exposição a fatores de risco (procedimentos cirúrgicos, compartilhamento de objetos de higiene, entre outros); 21 candidatos a doação de sangue obtiveram resultados positivo ou indeterminado para anti-HCV e 1 resultado com NAT HCV detectável na triagem da doação. No teste de 2ª amostra para anti-HCV, 12 foram reagentes, 9 não reagentes e 1 indeterminado e NAT de 2ª amostra indetectável. Em nenhuma amostra foi possível detectar RNA HCV. Conclusão: Sugere-se que estes doadores se encontram com carga viral baixa sendo impossível a detecção ou clearence plasmático ou resultados anti-HCV provenientes da triagem da doação de sangue podem ser falso-positivos

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-11-27T19:29:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2014-12-01T14:46:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-01T14:46:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ágabo Macêdo da Costa e Silva- 2014.pdf: 1890977 bytes, checksum: 8a4d7bcee9ab084556c93c3c72e6a9f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Hepatitis C represents a public health problem worldwide. Hepatitis C virus (HCV) is classified into seven genotypes and many subtypes. Besides their epidemiological importance, these genotypes have influence on the response to hepatitis C treatment, as well as other factors related to the virus and its host, such as polymorphisms upstream of interleukin (IL) 28B locus. Despite the importance of these factors in the response to treatment of hepatitis C, there are no data regarding the subject in the Midwest Region of Brazil. The present study aimed to identify the genotypes of HCV among patients attended at a reference laboratory in Goiânia-GO, and also to assess response to treatment of patients infected with genotype 1 with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV), with emphasis on the polymorphism upstream of IL28B gene (rs 12979860). For HCV genotyping, a cross-sectional study was conduct in an anti-HCV positive patients in a reference laboratory in Goiânia-GO, during in a period of 10 years (2003 to 2012) (n = 1300). From January/2012 to December/2013 (n = 101), a cohort was conduct among patients infected with HCV genotype 1 treated with PEG-IFN and RBV in order to evaluate treatment response. Patients were interviewed and blood samples collected for detection of viral RNA by polymerase chain reaction (PCR) with primers complementary to the region 5’ noncoding (NC) of HCV. All HCV RNA positive samples were genotyped by line probe assay – LiPA, and the samples typed as 1a/1b, 2 and 4 were sequenced in the NS5B region of the viral genome. The analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) rs12979860 C/T was performed by restriction fragment length polymorphism (RFLP). Of the 1300 samples tested for HCV RNA, 894 were positive. Among these, genotypes 1 (76.3%), 2 (1.9%), 3 (21.6%) and 4 (0.2%) were found. These data show the predominance of genotype 1, followed by 3 and 2, and support the results of other studies in Goiânia. In addition, genotype 4 was found in the studied population. Regarding to SNP rs12979860 C/T, the TC genotype was the most common (57.4%), followed by CC (23.8%) and TT (18.8%). The rate of sustained virologic response (SVR) was 28.7%, being higher in individuals with the CC genotype (54.2%) when compared to those with CT and TT genotypes (22.4% and 15.8%, respectively). These results indicate that analysis of SNP rs12979860 is an important predictor of SVR following PEG-IFN and RBV treatment in patients infected with HCV genotype 1 in our region. / A hepatite C representa um problema de saúde pública mundial. O vírus da hepatite C (HCV) é classificado em sete genótipos e vários subtipos. Além da importância epidemiológica, os genótipos desse vírus influenciam a resposta ao tratamento da hepatite C, assim como outros fatores relacionados ao vírus e ao hospedeiro, como o polimorfismo relacionado ao gene da interleucina (IL) 28B. Apesar da importância desses fatores na resposta ao tratamento da hepatite C, não existem dados sobre o tema na Região Centro-Oeste. O presente estudo teve como objetivos identificar os genótipos do HCV em pacientes atendidos em laboratório de referência em Goiânia-GO e avaliar a resposta ao tratamento com interferon peguilado (PEG IFN) e ribavirina (RBV) em portadores do genótipo 1, com ênfase no polimorfismo relacionado ao gene IL28B (rs 12979860). Foi realizado um estudo de corte transversal para genotipagem do HCV em pacientes anti-HCV reagentes atendidos em laboratório de referência em Goiânia-GO, em um período de 10 anos (2003 a 2012) (n = 1300). Entre janeiro/2012 e dezembro/2013 (n = 101), foi formada uma coorte de portadores do genótipo 1 do HCV submetidos ao tratamento da hepatite C com PEG IFN e RBV, para avaliação de sua resposta. Os pacientes foram entrevistados e amostras sanguíneas coletadas para detecção do RNA viral por reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores complementares a região 5’ não codificante (NC) do HCV. Todas as amostras RNAHCV positivas foram genotipadas por line probe assay – LiPA, e as tipadas como 1a/1b, 2 e 4 foram sequenciadas para a região NS5B do genoma viral. A análise do single nucleotide polymorphism (SNP) rs12979860 C/T foi realizada por restriction fragment length polymorphism (RFLP). Das 1300 amostras testadas para RNA-HCV, 894 foram positivas, sendo identificados os genótipos 1 (76,3%), 2 (1,9%), 3 (21,6%) e 4 (0,2%). Estes dados mostram o predomínio do genótipo 1, seguido do 3 e 2, e corroboram os de outros estudos realizados em Goiânia, com a adição do genótipo 4 na população estudada. Em relação ao SNP rs12979860 C/T, o genótipo TC foi o mais frequente (57,4%), seguido por CC (23,8%) e TT (18,8%). A taxa de resposta virológica sustentada (RVS) foi de 28,7%, sendo superior nos portadores do genótipo CC (54,2%) em relação aos genótipos TC e TT (22,4% e 15,8%, respectivamente). Estes resultados indicam que a análise do SNP rs12979860 é importante preditor de RVS ao tratamento com PEG IFN e RBV em pacientes infectados com o genótipo 1 do HCV em nossa região.

Orientadores: Clarice Weis Arns, Luciana Konecny Kohn / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T21:48:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bastos_JulianaCristinaSantiago_M.pdf: 1673040 bytes, checksum: 1234828d961406573d21b2476f1f1800 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O vírus da Hepatite C (família Flaviviridae, gênero Hepacivirus) é causador de infecções crônicas em humanos, que podem evoluir para quadros de cirrose hepática e carcinoma hepatocelular. Até o momento, não há vacina disponível contra essa infecção e o tratamento disponível é caro, tem eficácia limitada e gera uma vasta gama de efeitos secundários, o que dificulta a continuidade do tratamento. Como esse vírus não replica eficientemente em cultura de células e em animais, o vírus da diarréia viral bovina é utilizado como modelo substituto para ensaios de avaliação de atividade antiviral e em ensaios de mecanismo de ação. A partir de invertebrados e micro-organismos marinhos, foram preparados extratos e frações, e algumas substâncias foram isoladas para a avaliação da sua possível atividade antiviral. Dos 422 testados, 5% foram considerados promissores e, destes, 20% mostraram-se ativos apresentando uma proteção de mais de 97% às células frente ao vírus. Os melhores resultados foram obtidos dos extratos produzidos a partir das amostras de esponjas Hyrtios sp. (BA07ES-56: PI=99%, IS=25), Aaptos sp. (BA07ES-59: PI=99%, IS=8,25) e de bactérias Bacillus sp. (555: PI=98%, IS>18; 584: PI=98%, IS=27) isoladas da esponja Petromica citrina. Os extratos e compostos promissores foram capazes de atuar em diversas etapas do ciclo replicativo viral (adsorção, penetração, etapas intracelulares do ciclo replicativo e também inativação da partícula viral), levando à sua interrupção quase completa nas condições analisadas. Desse modo, diversas substâncias presentes nesses organismos estudados são ativas e podem levar ao desenvolvimento de fármacos que garantam uma terapia alternativa para o tratamento da hepatite C / Abstract: The Hepatitis C virus (family Flaviviridae, genus Hepacivirus) causes chronic infections in humans, which can develop to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. This represents a major public health problem worldwide. To this moment, there is no vaccine available against this infection and the treatment available is expensive, has limited efficacy and generates a wide range of side effects, making it difficult to continue the treatment. All this reflects the need to seek new agents with antiviral action against this virus. As this virus does not replicate efficiently in cell culture and in animals, bovine viral diarrhea virus is used as a surrogate model for screening assays of antiviral activity, and mechanism of action assays. From marine invertebrates and micro-organisms isolated from them, extracts and fractions were prepared, and substances were isolated for assessment of their possible antiviral activity. Of the 422 tested, 5% were considered promising, and of these, 20% were active presenting a protection percentage of more than 97%. The best results were obtained from the extracts produced from the samples of sponge Hyrtios sp. (BA07ES-56: IP=99%, SI=25), Aaptos sp. (BA07ES-59: IP=99%, SI=8,25) and bacteria Bacillus sp. (555: IP=98%, SI>18; 584: IP=98%, SI=27) isolated from the sponge Petromica citrina. The promising extracts and compounds acted in several stages of viral replicative cycle (adsorption, penetration, intracellular steps of the replicative cycle and also inactivation of the viral particle). Thus, various substances are active and may lead to the development of drugs which ensure an alternative therapy for the treatment of hepatitis C / Mestrado / Microbiologia / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:29:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3568_1.pdf: 1259756 bytes, checksum: 154e32efaf8689e0a040b7294e125441 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O vírus da hepatite B (HBV) está classificado em oito genótipos, A H, com prevalências distintas em diferentes áreas geográficas. As divergências intergenotípicas foram definidas arbitrariamente como uma variação nucleotídica superior a 8% na seqüência completa do genoma viral. Naturalmente são encontradas variantes das regiões pré-S/S, pré-core/C e P. A mutação na região pré-core, G1896A geralmente é descrita em indivíduos portadores de infecções pelo HBV com ausência de HBeAg (antígeno e do vírus da hepatite B) e replicação viral ativa, apesar da presença de anti HBe. Enquanto, que a detecção das mutações na região basal do promotor core (BCP), A1762T e G1764A, independem do perfil HBeAg/anti-HBe. O objetivo deste estudo foi investigar os genótipos e a presença de mutações pré-core G1896A e BCP A1762T e G1764A no HBV, analisando carga viral, perfil HBeAg/anti-HBe e nível sérico de alanina aminotransferase (ALT) em pacientes portadores de infecções pelo HBV. Foi realizado um estudo transversal descritivo envolvendo pacientes encaminhados pelos Centros de Referências em Hepatites Virais do Estado de Alagoas, Brasil, durante o período de setembro de 2006 a abril de 2008. Foram selecionados 119 pacientes com HBsAg e anti-HBc positivos, entre os quais, 2,5% (3) tinham o diagnóstico de hepatite aguda, 69,7% (83) de portador assintomático e 27,8% (33) de hepatite crônica. As amostras de sangue foram submetidas aos procedimentos de extração e amplificação do genoma viral visando o seqüenciamento parcial do gene S e da região pré-core. O DNA HBV foi detectado em 70,6% (84/119) dos pacientes, e os genótipos foram identificados em 95,2% (80/84). O genótipo A em 92,5% (74/80), seguido do genótipo C em 5,0% (4/80) e 1,25% (1/80) para ambos os genótipos D e F. No genótipo A, a presença de timina/citosina na posição 1858 foi identificada em 50% (13/26) das seqüências analisadas, a mutação G1896A em 3,8% (1/26) e as mutações BCP A1762T e G1764A em 52,4% (11/21). A pesquisa demonstrou que o genótipo A foi predominante em Alagoas, Brasil e a maioria das infecções apresentou carga viral reduzida, concentração sérica normal da ALT e soroconversão do HBeAg para anti-HBe, caracterizando a fase residual da infecção crônica pelo HBV. O estudo também revelou a circulação de mutantes pré-core e BCP do genótipo A. As mutações BCP foram detectadas equitativamente nos portadores assintomáticos e com hepatite crônica, independentemente da carga viral e nível sérico de ALT

A infecção pelo HEV é reconhecida como um considerável problema de saúde pública em diversas regiões do mundo. Embora caracterizada como uma infecção benigna com um curso evolutivo autolimitado, recentes estudos têm mostrado sua evolução para cronicidade em indivíduos imunocomprometidos. Além disso, tem sido verificado que nesses indivíduos a infecção crônica pelo HEV pode evoluir para fibrose hepática progressiva, culminando com o desenvolvimento de cirrose. Não existem dados acerca da prevalência da infecção pelo HEV em pacientes infectados pelo HIV no Brasil, onde a circulação deste vírus tem sido demonstrada em diversos grupos de indivíduos imunocompetentes e, até mesmo, em alguns animais provenientes de diferentes regiões do país. Com base nisso, este trabalho teve como objetivo estimar a prevalência de marcadores sorológicos e moleculares da infecção pelo HEV, bem como a padronização de uma PCR em tempo real para a detecção e quantificação da carga viral do HEV na população de soropositivos da cidade de São Paulo. Foram incluídos neste estudo soro e plasma de pacientes infectados pelo HIV (n=354), que foram divididos em grupos de acordo com a presença ou ausência de coinfecção pelos vírus das hepatites B (HBV) e C (HCV). Essas amostras foram coletadas entre 2007 e 2013. Anticorpos anti-HEV IgM e IgG foram pesquisados pela técnica de ELISA (RecomWell HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®), e, em alguns casos, confirmados por Immunoblotting (RecomLine HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®). Todas as amostras foram submetidas à pesquisa de HEV RNA através da PCR em tempo real padronizada. Cerca de 72% dos indivíduos avaliados pertenciam ao sexo masculino. A média de idade entre a população analisada foi de 48,4 anos. Os anticorpos anti-HEV IgM e IgG foram encontrados em 1,4% e 10,7% dos indivíduos dessa população, respectivamente. Apenas dois pacientes apresentaram positividade simultânea para anti-HEV IgM e IgG. Não houve diferença estatisticamente relevante quanto à presença de marcadores sorológicos nos grupos de estudo. Além disso, foi detectado o HEV RNA em 10,7% das amostras analisadas, entre as quais, seis apresentaram simultaneamente algum marcador sorológico (5 anti-HEV IgG e 1 IgM). A presença deste marcador foi predominante no grupo de pacientes com coinfecção pelo HCV. Através deste trabalho pôde-se constatar, portanto, que o HEV é circulante entre a população de infectados pelo HIV em São Paulo, e que o seguimento desses pacientes se faz necessário dado a possibilidade de progressão para infecção crônica e cirrose / HEV infection is recognized as a significant public health problem in different world regions. Although initially characterized as a benign infection with selflimited course, recent studies have showing its evolution to chronicity in immunocompromised individuals. Furthermore, in these individuals the chronic infection can develop progressive liver fibrosis leading to cirrhosis. There are no data regarding prevalence of HEV infections in HIV- infected patients in Brazil, where the circulation of this virus has been demonstrated in different individuals groups and in some animals from different regions of the country. Based on this, this study aimed to assess the prevalence of serological and molecular makers of HEV infection and the standardization of real-time PCR for the detection and quantification of HEV viral load in HIV-infected individuals in São Paulo. Serum and plasma samples of HIV-infected patients (n=354), collected between 2007 and 2013, were included and organized in groups of co-infection (HIV/ HBV, HIV/HCV and HIV/ HBV/ HCV) and HIV mono-infection. Antibodies anti-HEV IgM and IgG were detected by ELISA (RecomWell HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®), and in some cases confirmed by immunoblotting (RecomLine HEV IgM/ IgG - MIKROGEN®). All samples were submitted to research HEV RNA by real-time PCR. About 72% of the patients were male. The mean age of this population was 48.4 years. The anti-HEV IgM and IgG antibodies were found in 1.4% and 10.7%, respectively. Only two patients presented simultaneous anti-HEV IgM and anti- HEV IgG. There was no statistically significant difference in the presence of serological makers among the HIV infection groups. In addition, HEV RNA was detected in 10.7% of samples and six of these samples presented simultaneously a serological maker (5 anti-HEV IgG and 1 IgM). The presence of this maker was more frequent in the co-infection HIV/ HCV group. Through this work, we observed that HEV is circulating among the HIV-infected population in São Paulo, and the monitoring these patients is necessary because of the possibility progression to chronic infection and cirrhosis

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-13T12:37:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_SoroprevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1302818 bytes, checksum: de787f10ea1d81e3ce4054f5c39d04d1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-01T14:10:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_SoroprevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1302818 bytes, checksum: de787f10ea1d81e3ce4054f5c39d04d1 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-01T14:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_SoroprevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1302818 bytes, checksum: de787f10ea1d81e3ce4054f5c39d04d1 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2008 / Segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS), existem no mundo, aproximadamente, 350 milhões de pessoas infectadas cronicamente pelo VHB e outras 170 milhões com infecção crônica pelo VHC. Assim, o presente trabalho teve como objetivo verificar a incidência da infecção pelos VHB e VHC e analisar possíveis fatores de risco entre 365 mulheres profissionais do sexo no Estado do Pará, sendo 32 participantes em Augusto Corrêa, 99 em Barcarena, 175 em Belém e 59 em Bragança. Destas participantes foram colhidas amostras de sangue , sendo os plasmas analisados por meio de um ensaio imunoenzimático e características epidemiológicas foram coletadas por meio de um questionário epidemiológico. Os resultados revelaram uma prevalência da infecção pelo VHB de 63,6%, sendo que para o HBsAg foi de 1,1% e para o anti-HBc de 61,9%. A soroprevalência do anti-VHC foi de 7,7% e, no que se refere à sororreatividade ao VHB e VHC simultaneamente foi de 4,4%. Entre as participantes, a imunização ao VHB foi observada em apenas 4,7% e 29,0% demonstraram suscetibilidade à infecção pelo VHB e VHC. Houve uma correlação significativa entre a soropositividade para os marcadores virais do VHB com a baixa renda familiar, o desconhecimento de doença hepática sob forma de hepatite e o uso ocasional do preservativo nas relações sexuais. Entretanto, não houve essa correlação entre as variáveis epidemiológicas com a sororreatividade para o marcador do VHC. Assim, as prevalências de infecção pelo VHB e o VHC na população de mulheres profissionais do sexo do Estado do Pará revelam padrão de intensa circulação desses vírus nessa população. / According to the World Health Organization (WHO), there are approximately 350 million people worldwide who are chronically infected with HBV and another 170 million with chronic infection by the HCV. The present this paper had the objective to estimate the incidence of the infection by the HBV and the HCV and to analyze possible risk factors among 365 female sex workers in the State of Pará: 32 participants in Augusto Corrêa, 99 in Barcarena, 175 in Belém and 59 in Bragança. Blood samples were collected and the plasmas were analyzed by means of an immunoenzymatic assay and the epidemiological characteristics were collected by the application of a epidemiological questionnaire. The results showed a prevalence of infection by the HBV of 63,6%, the HBsAg was 1,1% and the anti-HBc was 61,9%. The seroprevalence of the anti-VHC was of 7,7% and the seropositivity to HBV and HCV simultaneously was of 4,4%. Among the participants, the immunization to HBV was observed in just 4,7% and 29,0% demonstrated susceptibility for infection by HBV and HCV. There was a significant correlation among seropositivity to the viral markers of HBV with the income family, history of previous hepatitis and the use of condoms in the sexual relations. However, this difference was not observed among the epidemiological factors with the seropositivity HCV viral marker. Thus, the prevalences of infection by the HBV and the HCV in the population of female sex workers of the State of Pará indicate a pattern of intense viruses circulation in that population.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-12T15:54:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PrevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1005605 bytes, checksum: 8b971a1eeb5490e131265031a676d0b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T16:46:55Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_PrevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1005605 bytes, checksum: 8b971a1eeb5490e131265031a676d0b2 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T16:46:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_PrevalenciaInfeccaoVirus.pdf: 1005605 bytes, checksum: 8b971a1eeb5490e131265031a676d0b2 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Organização Mundial de Saúde (OMS) calcula que existam mais de 350 milhões de pessoas no mundo infectadas de forma crônica pelo Vírus da hepatite B (VHB) e cerca de 180 milhões de pessoas com o Vírus da hepatite C (VHC), além de, aproximadamente, 40 milhões de pessoas vivendo com o HIV-1. Estima-se que entre dois e quatro milhões são co-infectados pelo VHB e que entre quatro e cinco milhões são co-infectados pelo VHC. A partir dessas informações, o presente estudo teve como objetivo avaliar a soroprevalência da co-infecção pelo VHB e pelo VHC em pessoas portadoras do HIV-1 e/ou com SIDA/AIDS da cidade de Belém, entre os usuários da URE-DIPE. As amostras foram testadas para a presença de marcadores da infecção pelo VHB (HBsAg, HBeAg, anti-HBs, anti-HBc, anti-HBc/IgM e anti-HBe) e VHC (anti-VHC) por meio de ensaios imunoenzimáticos. O grupo estudado foi composto por 170 homens (56,7%) e 130 mulheres (43,3%), sendo que 30% não chegaram a cursar o primeiro grau completo e apresentam renda familiar de até 3 salários mínimos. A co-infecção HIV-1/VHB foi detectada em 91 (30,3%), cinco (1,7%) apresentaram co-infecção HIV-1/VHC, e seis (2%) mostraram-se infectados pelo VHB e VHC. Em sete (2,7%), foi possível mostrar evidência de vacinação prévia ao VHB. Não foi possível mostrar diferença estatística entre os valores de carga viral e de contagem de linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+ com a presença de anticorpos na duplo (HIV-1/VHC) e na triplo infecção (HIV-1/VHB/VHC), porém foi mostrado significância estatística entre os valores de carga viral e contagem de linfócitos T CD8+ entre os co-infectados HIV-1/VHB. / The World Health Organization (WHO) estimates that 350 million persons are currently infected with Hepatitis B virus, 180 millions carry Hepatitis C virus and that approximately 40 millions are persistently infected with Human immunodeficiency virus 1. It is thought that two to four million of the HIV-1 infected persons are co-infected with HBV and that four to five millions carry also HCV. The present study aimed to estimate the seroprevalence of HBV and HCV co-infections among persons who are HIV-1 infected and/or presenting AIDS, residing in Belem, among those attended in a Reference Unit (URE-DIPE) of the State Health Department. Serum samples were tested for the presence of HBV (HBsAg, HBeAg, anti-HBs, anti-HBc, anti-HBc/IgM and anti-HBe) and HCV (antibodies to HCV) infections using enzyme immuno assays. The population group involved 170 males (56.7%) and 130 females (43.3%), 30% of them without the first grade of education and a familial income of no more than three minimum wages. HIV-1/HBV co-infection was detected in 91 individuals (30.3%), five (1.7%) were HIV-1/HCV co-infected and six (2%) showed evidences for previous infections with the three agents. Vaccination with HBV was detected in seven individuals (2.7%). There was no statistical significance between the association of values of viral load and T CD4+ and CD8+ lymphocyte counts with antibodies to either HIV-1/HCV or HIV-1/HBV/HCV infected individuals. Statistical significance was shown to occur between T CD8+ lymphocyte counts and the presence of HIV-1/HBV co-infection.