Made available in DSpace on 2015-02-27T17:39:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 44.pdf: 1010144 bytes, checksum: 1cbcb330900b0f5162dfcade1c16d471 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Existem inúmeras doenças que podem ser consideradas de risco para a medicina veterinária e para saúde pública entre elas se destaca a Influenza A. O agente etiológico desta enfermidade é um vírus pertencente a família Orthomyxoviridae, gênero Influenzavirus A. Vários animais, inclusive os cães, estão inseridos na cadeia epidemiologia desta enfermidade. O sucesso epidemiológico do vírus influenza deve-se ao surgimento de novas variantes antigênicas, devido à elevada frequência de rearranjo genético e as consequentes modificações antigênicas nas glicoproteínas de superfície viral. Os freqüentes rearranjos genéticos, a ocorrência recente de surto de influenza canina e os resultados de estudos envolvendo o vírus influenza em cães vêem despertando a atenção das autoridades sanitárias de diversos países, devido à capacidade adaptativa desse vírus e o estreito contato do homem com os cães. Em virtude da inexistência de dados que evidencie a circulação do vírus influenza em cães no Brasil, o presente trabalho teve como objetivo a detecção de anticorpos contra aos subtipos H3N8, H2N2 e H1N1 do vírus influenza A em cães oriundos da zona oeste da cidade do Rio de Janeiro. Do total de 304 soros analisados pela prova de HI, 70,4% apresentaram reatividade com títulos entre 10 e ≤80 para o subtipo H3, 30,6% para o subtipo H2 e 48,% positivos para o subtipo H1. Os resultados obtidos tornam evidente a circulação desses subtipos entre os caninos, ressaltando a necessidade de uma maior vigilância sanitária, do estabelecimento de rotina diagnóstica e epidemiológica da influenza canina, alertando as autoridades sanitárias responsáveis sobre o risco de possíveis surtos de influenza entre os caninos e os possíveis problemas que possam advir para os criadores, proprietários e para saúde pública. / Existem inúmeras doenças que podem ser consideradas de risco para a medicina veterinária e para saúde pública entre elas se destaca a Influenza A. O agente etiológico desta enfermidade é um vírus pertencente a família Orthomyxoviridae, gênero Influenzavirus A. Vários animais, inclusive os cães, estão inseridos na cadeia epidemiologia desta enfermidade. O sucesso epidemiológico do vírus influenza deve-se ao surgimento de novas variantes antigênicas, devido à elevada frequência de rearranjo genético e as consequentes modificações antigênicas nas glicoproteínas de superfície viral. Os freqüentes rearranjos genéticos, a ocorrência recente de surto de influenza canina e os resultados de estudos envolvendo o vírus influenza em cães vêem despertando a atenção das autoridades sanitárias de diversos países, devido à capacidade adaptativa desse vírus e o estreito contato do homem com os cães. Em virtude da inexistência de dados que evidencie a circulação do vírus influenza em cães no Brasil, o presente trabalho teve como objetivo a detecção de anticorpos contra aos subtipos H3N8, H2N2 e H1N1 do vírus influenza A em cães oriundos da zona oeste da cidade do Rio de Janeiro. Do total de 304 soros analisados pela prova de HI, 70,4% apresentaram reatividade com títulos entre 10 e ≤80 para o subtipo H3, 30,6% para o subtipo H2 e 48,% positivos para o subtipo H1. Os resultados obtidos tornam evidente a circulação desses subtipos entre os caninos, ressaltando a necessidade de uma maior vigilância sanitária, do estabelecimento de rotina diagnóstica e epidemiológica da influenza canina, alertando as autoridades sanitárias responsáveis sobre o risco de possíveis surtos de influenza entre os caninos e os possíveis problemas que possam advir para os criadores, proprietários e para saúde pública.

O presente trabalho aborda como questão central o desfecho das gestações expostas ao vírus Influenza A (H1N1) e, consequentemente, ao seu tratamento com o fármaco oseltamivir durante a pandemia do ano 2009. O vírus influenza A H1N1 é produto de vários rearranjos genéticos entre cepas dos vírus influenza previamente circulantes, alguns destes exclusivos de suínos ou de aves, e que se tornaram capazes de infectar humanos. A epidemia de influenza A (H1N1) teve início no México, e expandiu-se rapidamente para países do mundo inteiro, sendo declarada pandemia pela Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente dois meses após o aparecimento dos primeiros casos. As gestantes são consideradas um grupo de risco para complicações graves relacionadas ao vírus influenza H1N1, com grande morbidade e mortalidade observadas em epidemias anteriores do vírus Influenza. Quanto aos efeitos sobre o embrião-feto, os estudos a respeito do potencial teratogênico do vírus influenza ainda são limitados. A literatura não demonstrou, até o momento, efeitos adversos desse vírus sobre o embrião-feto. O tratamento específico consiste no uso de inibidores da neuraminidase, zanamivir e oseltamivir, dos quais apenas o último está disponível no Brasil. O objetivo geral da tese é avaliar as gestações expostas ao vírus H1N1 e submetidas ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. Os objetivos específicos são comparar gestantes expostas e não-expostas ao vírus Influenza A H1N1 quanto aos desfechos maternos e perinatais; avaliar os potenciais efeitos adversos da medicação em gestantes expostas ao oseltamivir; e avaliar a saúde e o desenvolvimento neuropsicomotor das crianças expostas durante a gravidez ao oseltamivir. Foi realizado um estudo de coorte prospectivo não controlado que avaliou gestantes com exposição ao vírus H1N1 e ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. A amostra consistiu nas 589 gestantes com sintomas suspeitos de Influenza A notificadas no Sistema de Informação de Agravos de Notificação - Influenza (SINAN-Influenza banco de dados do estado do Rio Grande do Sul). Os seguimentos de 424 gestantes foram realizados por contato telefônico, visita domiciliar, dados de prontuário médico ou Declaração de Nascido Vivo, por uma equipe treinada. . Foram obtidos 243 resultados de exames de PCR (polymerase chain reaction). Houve 163 (67%) casos confirmados de H1N1 e 80 (33%) Influenza não-H1N1. Houve 24 óbitos maternos, sendo 18 em H1N1. Houve 8 natimortos, sendo 5 filhos de gestantes expostas ao H1N1. Não houve diferença nos desfechos perinatais. Apenas um caso de malformação congênita (fenda palatina) foi observado em um bebe não exposto ao oseltamivir. Uso de oseltamivir foi identificado em 221 pacientes. Dessas, 86 gestantes apresentaram PCR positivo para Influenza A (H1N1) e 51 estavam no grupo não- H1N1. Reações adversas foram relatadas em 92 (42%) gestantes. Houve um maior número de reações adversas relatadas em pacientes não-H1N1 após o uso do oseltamivir. Ocorreram menos óbitos maternos (7,2%) nas que receberam oseltamivir comparativamente a 34,7% das mulheres que não foram tratadas (OR: 0,14, IC95%: 0,04-0,42, p=0,0003). Da mesma forma a frequência de natimortos foi menor (2,2%) nas tratadas, em comparação a 13,0% das não tratadas (OR: 0,15, IC95%: 0,03-0,89, p=0,03). Atrasos afetando dois ou mais marcos do desenvolvimento foram relatados em 10 (19,2%) de 52 crianças expostas ao oseltamivir durante o período gestacional e seguidas por no mínimo 36 meses. Essa frequência está acima do esperado para a população brasileira (15%). Em conclusão, espera-se que o presente trabalho seja capaz de contribuir para um melhor entendimento a respeito do potencial teratogênico do vírus Influenza A (H1N1) e de seu tratamento com o fármaco oseltamivir. Estudos futuros serão decisivos no estabelecimento de condutas clínicas no que diz respeito ao tratamento e manejo geral dessa condição nesse grupo específico de pacientes. / The present investigation approaches as central issue the outcomes of pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and, consequently, to its treatment with the drug oseltamivir during the pandemic in the year 2009. The Influenza A H1N1 virus is the product of multiple genetic rearrangements among strains of influenza that had previously been circulating. Some of these were unique to swine and birds and became capable of infecting humans. The influenza A (H1N1) epidemic began in Mexico and rapidly spread to other countries around the world and was declared a pandemic by the World Health Organization (WHO) approximately two months after the first cases appeared. Pregnant women are considered to be a group at risk of serious complications related to the H1N1 influenza virus, with high morbidity and mortality observed in previous Influenza virus epidemics. As for effects on the embryo/fetus, there are still few studies on the teratogenic potential of the influenza virus. The literature has not demonstrated, so far, adverse effects of this virus on the embryo/fetus. The specific treatment is the use of the neuraminidase inhibitors, zanamivir and oseltamivir, of which only the latter is available in Brazil. The general aim of this work is to evaluate pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and submitted to treatment with Oseltamivir Phosphate. Specific objectives are to compare pregnant women exposed and not exposed to the Influenza A H1N1 virus as on maternal and perinatal outcomes; evaluate potential adverse effects of medication in pregnant women exposed to oseltamivir; and evaluate the health and neurodevelopment in children exposed during pregnancy to oseltamivir. We performed an uncontrolled prospective cohort study that evaluated pregnancies with exposure to the H1N1 Influenza virus and its treatment with Oseltamivir Phosphate. The sample consisted of 589 pregnant women with suspected symptoms of Influenza A who were reported in the Information System for Notifiable Diseases - Influenza (SINAN-Influenza, Rio Grande do Sul Database). Follow-up of 424 pregnancies was conducted via telephone, home visit, medical records or Live Birth Certificate, by a trained team. PCR (polymerase chain reaction) was performed in 243 individuals. There were 163 (67%) confirmed cases of H1N1 and 80 (33%) non-H1N1 Influenza virus. There were twenty-four maternal deaths, 18 of these were H1N1+ patients. Eight stillbirths were reported, five of these were for H1N1+ pregnant women. There were no differences in perinatal outcomes. Only one cleft palate was reported in a newborn whose mother did not use oseltamivir. Use of oseltamivir phosphate was identified in 221 patients. Of this, there were 86 confirmed cases of Influenza A (H1N1) and 51 non-H1N1 Influenza virus. Adverse reactions were reported in 92 (42%) pregnancies. There were a higher number of adverse effects reported in non-H1N1 patients after the use of oseltamivir. There were fewer maternal deaths (7.2%) in those who received oseltamivir compared to 34.7% of women who were not treated (OR: 0.14, CI95%: 0.04-0.42, p=0.0003). Similarly, the frequency of stillbirth was lower (2.2%) in treated as compared to 13.0% of the untreated women (OR: 0.15, CI95%: 0.03- 0.89, p=0.03). Developmental delay in two or more skills was reported in 10 (19.2%) of 52 children exposed prenatally to oseltamivir and followed for at least 36 months. This rate is above of expected for the Brazilian population (15%). In conclusion, it is expected that this work can contribute to a better understanding towards the potential teratogenic effect of Influenza A (H1N1) virus and its treatment with oseltamivir. Future studies will be decisive to the establishment of clinical practices about treatment and general management of this condition in this specific group of patients.

LEMOS, Daniele Rocha Queiroz. Cenários de pandemia de Influenza A (H1N1) 2009 no Ceará : padrões de morbimortalidade. 2013. 124 f. Dissertação (Mestrado em Saúde Pública) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2013. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-08-05T11:31:19Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_drqlemos.pdf: 1594395 bytes, checksum: 4f8bebd5eeb3cfc329bf36d47719a9ce (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-08-06T11:51:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_drqlemos.pdf: 1594395 bytes, checksum: 4f8bebd5eeb3cfc329bf36d47719a9ce (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-06T11:51:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_drqlemos.pdf: 1594395 bytes, checksum: 4f8bebd5eeb3cfc329bf36d47719a9ce (MD5) Previous issue date: 2013 / Influenza is an acute infectious disease of viral origin, universal distribution, which affects the respiratory tract. According to statistics from the World Health Organization (WHO), about 5-15% of the world population is infected with influenza virus annually. In March 2009, with change in the pattern of occurrence of influenza in Mexico, influenza virus A (H1N1), a quadruple recombinant never seen before, was identified by analyzing samples of nasopharyngeal secretions from symptomatic American children, confirming the epidemiological link with the cases in Mexico (CDC / Atlanta, 2009) and months, with sustained transmission from person to person and involvement of various countries and nations, was sparked a new pandemic. OBJECTIVES - The objectives of this study were to describe the temporal evolution, characterize the patterns of morbidity and mortality in different periods and to identify factors associated with the occurrence and severity of deaths in different phases of pandemic Influenza A (H1N1) 2009 in Ceará. METHODS - This study is a descriptive, retrospective study of cases reported and confirmed pandemic influenza (H1N1) 2009 in the state of Ceará, in the years 2009 and 2010. RESULTS AND DISCUSSION - The pandemic occurred in three small waves, one at retention phase, characterized by mild, with rapid resolution. The second two waves, the mitigation phase, with more severe cases, higher rates of hospitalization, all patients who required intensive care (ICU) and all patients who died. 615 cases were reported, 144 of these were confirmed. 55.5% were female, 30% were mixed race, 72.5% of the cases had some serious comorbidity and 40 patients required hospitalization. Hospital mortality was 20%, and mortality in the ICU was 66%. Were significant for evolution to cure or death issues related to the demand for medical care, delay in initiation of antiviral therapy, obesity, low education, use of mechanical ventilation and be hospitalized in hospitals with specialized care. CONCLUSION - The data analysis of this study allowed in-depth knowledge about the pattern of morbidity and mortality caused by pandemic influenza A (H1N1) 2009 in the state of Ceará. The study suggests that pandemic influenza A (H1N1) 2009 in this region of Brazil was magnitude lower compared to other states in other regions of the country with low incidence but high mortality rates in ICU patients. / A gripe é uma doença infecciosa aguda de origem viral, de distribuição universal, que acomete o trato respiratório. Segundo estatísticas da Organização Mundial da Saúde (OMS), cerca de 5 a 15% da população mundial se infecta com o vírus da influenza anualmente. Em março de 2009, com mudança no padrão da ocorrência da influenza no México, o vírus da influenza A (H1N1), um quádruplo recombinante nunca antes visto, foi identificado através da análise de amostras de secreção de nasofaringe de crianças americanas sintomáticas, confirmando o vínculo epidemiológico com os casos no México (CDC/Atlanta, 2009) e em meses seguintes, com a transmissão sustentada de pessoa para pessoa e acometimento de vários países e nações, foi deflagrada uma nova pandemia. OBJETIVOS - Os objetivos deste estudo foram descrever a evolução temporal, caracterizar os padrões de morbi-mortalidade e identificar os fatores associados à ocorrência de gravidade e óbitos nas diferentes fases da pandemia de Influenza A (H1N1) 2009 no Ceará. MÉTODOS - Trata-se de estudo descritivo, retrospectivo, dos casos notificados e confirmados de influenza pandêmica (H1N1) 2009, no Estado do Ceará, nos anos de 2009 e 2010. RESULTADOS E DISCUSSÃO - A pandemia deu-se em três pequenas ondas, uma na fase de contenção, caracterizada por casos leves, com resolução rápida. As duas segundas ondas, na fase de mitigação, com casos com maior gravidade, maior taxa de hospitalização, a totalidade de pacientes que necessitaram de cuidados intensivos (UTI) e todos os pacientes que evoluíram para óbito. Foram notificados 615 casos, destes 144 foram confirmados. 55,5% eram do sexo feminino, 30% eram pardos, 72,5% dos casos graves possuíam alguma comorbidade e 40 pacientes necessitaram de hospitalização. A letalidade hospitalar foi de 20% e a letalidade em UTI foi de 66%. Foram significantes para evolução para cura ou óbito aspectos relacionados à procura por assistência médica, atraso no início da terapia antiviral, obesidade, ter baixa escolaridade, uso de ventilação mecânica e ser hospitalizado em hospitais com atendimento especializado. CONCLUSÃO - A análise dos dados do presente estudo permitiu conhecimento aprofundado acerca do padrão de morbi-mortalidade causado pela pandemia de influenza A (H1N1) 2009 no Estado do Ceará. O estudo sugere que a pandemia de influenza A (H1N1) 2009 nesta região do Brasil teve magnitude menor se comparado a outros estados de outras regiões do país, com baixa incidência, porém altas taxas de letalidade em pacientes internados em UTI.

O presente trabalho aborda como questão central o desfecho das gestações expostas ao vírus Influenza A (H1N1) e, consequentemente, ao seu tratamento com o fármaco oseltamivir durante a pandemia do ano 2009. O vírus influenza A H1N1 é produto de vários rearranjos genéticos entre cepas dos vírus influenza previamente circulantes, alguns destes exclusivos de suínos ou de aves, e que se tornaram capazes de infectar humanos. A epidemia de influenza A (H1N1) teve início no México, e expandiu-se rapidamente para países do mundo inteiro, sendo declarada pandemia pela Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente dois meses após o aparecimento dos primeiros casos. As gestantes são consideradas um grupo de risco para complicações graves relacionadas ao vírus influenza H1N1, com grande morbidade e mortalidade observadas em epidemias anteriores do vírus Influenza. Quanto aos efeitos sobre o embrião-feto, os estudos a respeito do potencial teratogênico do vírus influenza ainda são limitados. A literatura não demonstrou, até o momento, efeitos adversos desse vírus sobre o embrião-feto. O tratamento específico consiste no uso de inibidores da neuraminidase, zanamivir e oseltamivir, dos quais apenas o último está disponível no Brasil. O objetivo geral da tese é avaliar as gestações expostas ao vírus H1N1 e submetidas ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. Os objetivos específicos são comparar gestantes expostas e não-expostas ao vírus Influenza A H1N1 quanto aos desfechos maternos e perinatais; avaliar os potenciais efeitos adversos da medicação em gestantes expostas ao oseltamivir; e avaliar a saúde e o desenvolvimento neuropsicomotor das crianças expostas durante a gravidez ao oseltamivir. Foi realizado um estudo de coorte prospectivo não controlado que avaliou gestantes com exposição ao vírus H1N1 e ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. A amostra consistiu nas 589 gestantes com sintomas suspeitos de Influenza A notificadas no Sistema de Informação de Agravos de Notificação - Influenza (SINAN-Influenza banco de dados do estado do Rio Grande do Sul). Os seguimentos de 424 gestantes foram realizados por contato telefônico, visita domiciliar, dados de prontuário médico ou Declaração de Nascido Vivo, por uma equipe treinada. . Foram obtidos 243 resultados de exames de PCR (polymerase chain reaction). Houve 163 (67%) casos confirmados de H1N1 e 80 (33%) Influenza não-H1N1. Houve 24 óbitos maternos, sendo 18 em H1N1. Houve 8 natimortos, sendo 5 filhos de gestantes expostas ao H1N1. Não houve diferença nos desfechos perinatais. Apenas um caso de malformação congênita (fenda palatina) foi observado em um bebe não exposto ao oseltamivir. Uso de oseltamivir foi identificado em 221 pacientes. Dessas, 86 gestantes apresentaram PCR positivo para Influenza A (H1N1) e 51 estavam no grupo não- H1N1. Reações adversas foram relatadas em 92 (42%) gestantes. Houve um maior número de reações adversas relatadas em pacientes não-H1N1 após o uso do oseltamivir. Ocorreram menos óbitos maternos (7,2%) nas que receberam oseltamivir comparativamente a 34,7% das mulheres que não foram tratadas (OR: 0,14, IC95%: 0,04-0,42, p=0,0003). Da mesma forma a frequência de natimortos foi menor (2,2%) nas tratadas, em comparação a 13,0% das não tratadas (OR: 0,15, IC95%: 0,03-0,89, p=0,03). Atrasos afetando dois ou mais marcos do desenvolvimento foram relatados em 10 (19,2%) de 52 crianças expostas ao oseltamivir durante o período gestacional e seguidas por no mínimo 36 meses. Essa frequência está acima do esperado para a população brasileira (15%). Em conclusão, espera-se que o presente trabalho seja capaz de contribuir para um melhor entendimento a respeito do potencial teratogênico do vírus Influenza A (H1N1) e de seu tratamento com o fármaco oseltamivir. Estudos futuros serão decisivos no estabelecimento de condutas clínicas no que diz respeito ao tratamento e manejo geral dessa condição nesse grupo específico de pacientes. / The present investigation approaches as central issue the outcomes of pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and, consequently, to its treatment with the drug oseltamivir during the pandemic in the year 2009. The Influenza A H1N1 virus is the product of multiple genetic rearrangements among strains of influenza that had previously been circulating. Some of these were unique to swine and birds and became capable of infecting humans. The influenza A (H1N1) epidemic began in Mexico and rapidly spread to other countries around the world and was declared a pandemic by the World Health Organization (WHO) approximately two months after the first cases appeared. Pregnant women are considered to be a group at risk of serious complications related to the H1N1 influenza virus, with high morbidity and mortality observed in previous Influenza virus epidemics. As for effects on the embryo/fetus, there are still few studies on the teratogenic potential of the influenza virus. The literature has not demonstrated, so far, adverse effects of this virus on the embryo/fetus. The specific treatment is the use of the neuraminidase inhibitors, zanamivir and oseltamivir, of which only the latter is available in Brazil. The general aim of this work is to evaluate pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and submitted to treatment with Oseltamivir Phosphate. Specific objectives are to compare pregnant women exposed and not exposed to the Influenza A H1N1 virus as on maternal and perinatal outcomes; evaluate potential adverse effects of medication in pregnant women exposed to oseltamivir; and evaluate the health and neurodevelopment in children exposed during pregnancy to oseltamivir. We performed an uncontrolled prospective cohort study that evaluated pregnancies with exposure to the H1N1 Influenza virus and its treatment with Oseltamivir Phosphate. The sample consisted of 589 pregnant women with suspected symptoms of Influenza A who were reported in the Information System for Notifiable Diseases - Influenza (SINAN-Influenza, Rio Grande do Sul Database). Follow-up of 424 pregnancies was conducted via telephone, home visit, medical records or Live Birth Certificate, by a trained team. PCR (polymerase chain reaction) was performed in 243 individuals. There were 163 (67%) confirmed cases of H1N1 and 80 (33%) non-H1N1 Influenza virus. There were twenty-four maternal deaths, 18 of these were H1N1+ patients. Eight stillbirths were reported, five of these were for H1N1+ pregnant women. There were no differences in perinatal outcomes. Only one cleft palate was reported in a newborn whose mother did not use oseltamivir. Use of oseltamivir phosphate was identified in 221 patients. Of this, there were 86 confirmed cases of Influenza A (H1N1) and 51 non-H1N1 Influenza virus. Adverse reactions were reported in 92 (42%) pregnancies. There were a higher number of adverse effects reported in non-H1N1 patients after the use of oseltamivir. There were fewer maternal deaths (7.2%) in those who received oseltamivir compared to 34.7% of women who were not treated (OR: 0.14, CI95%: 0.04-0.42, p=0.0003). Similarly, the frequency of stillbirth was lower (2.2%) in treated as compared to 13.0% of the untreated women (OR: 0.15, CI95%: 0.03- 0.89, p=0.03). Developmental delay in two or more skills was reported in 10 (19.2%) of 52 children exposed prenatally to oseltamivir and followed for at least 36 months. This rate is above of expected for the Brazilian population (15%). In conclusion, it is expected that this work can contribute to a better understanding towards the potential teratogenic effect of Influenza A (H1N1) virus and its treatment with oseltamivir. Future studies will be decisive to the establishment of clinical practices about treatment and general management of this condition in this specific group of patients.

O presente trabalho aborda como questão central o desfecho das gestações expostas ao vírus Influenza A (H1N1) e, consequentemente, ao seu tratamento com o fármaco oseltamivir durante a pandemia do ano 2009. O vírus influenza A H1N1 é produto de vários rearranjos genéticos entre cepas dos vírus influenza previamente circulantes, alguns destes exclusivos de suínos ou de aves, e que se tornaram capazes de infectar humanos. A epidemia de influenza A (H1N1) teve início no México, e expandiu-se rapidamente para países do mundo inteiro, sendo declarada pandemia pela Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente dois meses após o aparecimento dos primeiros casos. As gestantes são consideradas um grupo de risco para complicações graves relacionadas ao vírus influenza H1N1, com grande morbidade e mortalidade observadas em epidemias anteriores do vírus Influenza. Quanto aos efeitos sobre o embrião-feto, os estudos a respeito do potencial teratogênico do vírus influenza ainda são limitados. A literatura não demonstrou, até o momento, efeitos adversos desse vírus sobre o embrião-feto. O tratamento específico consiste no uso de inibidores da neuraminidase, zanamivir e oseltamivir, dos quais apenas o último está disponível no Brasil. O objetivo geral da tese é avaliar as gestações expostas ao vírus H1N1 e submetidas ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. Os objetivos específicos são comparar gestantes expostas e não-expostas ao vírus Influenza A H1N1 quanto aos desfechos maternos e perinatais; avaliar os potenciais efeitos adversos da medicação em gestantes expostas ao oseltamivir; e avaliar a saúde e o desenvolvimento neuropsicomotor das crianças expostas durante a gravidez ao oseltamivir. Foi realizado um estudo de coorte prospectivo não controlado que avaliou gestantes com exposição ao vírus H1N1 e ao tratamento com Fosfato de Oseltamivir. A amostra consistiu nas 589 gestantes com sintomas suspeitos de Influenza A notificadas no Sistema de Informação de Agravos de Notificação - Influenza (SINAN-Influenza banco de dados do estado do Rio Grande do Sul). Os seguimentos de 424 gestantes foram realizados por contato telefônico, visita domiciliar, dados de prontuário médico ou Declaração de Nascido Vivo, por uma equipe treinada. . Foram obtidos 243 resultados de exames de PCR (polymerase chain reaction). Houve 163 (67%) casos confirmados de H1N1 e 80 (33%) Influenza não-H1N1. Houve 24 óbitos maternos, sendo 18 em H1N1. Houve 8 natimortos, sendo 5 filhos de gestantes expostas ao H1N1. Não houve diferença nos desfechos perinatais. Apenas um caso de malformação congênita (fenda palatina) foi observado em um bebe não exposto ao oseltamivir. Uso de oseltamivir foi identificado em 221 pacientes. Dessas, 86 gestantes apresentaram PCR positivo para Influenza A (H1N1) e 51 estavam no grupo não- H1N1. Reações adversas foram relatadas em 92 (42%) gestantes. Houve um maior número de reações adversas relatadas em pacientes não-H1N1 após o uso do oseltamivir. Ocorreram menos óbitos maternos (7,2%) nas que receberam oseltamivir comparativamente a 34,7% das mulheres que não foram tratadas (OR: 0,14, IC95%: 0,04-0,42, p=0,0003). Da mesma forma a frequência de natimortos foi menor (2,2%) nas tratadas, em comparação a 13,0% das não tratadas (OR: 0,15, IC95%: 0,03-0,89, p=0,03). Atrasos afetando dois ou mais marcos do desenvolvimento foram relatados em 10 (19,2%) de 52 crianças expostas ao oseltamivir durante o período gestacional e seguidas por no mínimo 36 meses. Essa frequência está acima do esperado para a população brasileira (15%). Em conclusão, espera-se que o presente trabalho seja capaz de contribuir para um melhor entendimento a respeito do potencial teratogênico do vírus Influenza A (H1N1) e de seu tratamento com o fármaco oseltamivir. Estudos futuros serão decisivos no estabelecimento de condutas clínicas no que diz respeito ao tratamento e manejo geral dessa condição nesse grupo específico de pacientes. / The present investigation approaches as central issue the outcomes of pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and, consequently, to its treatment with the drug oseltamivir during the pandemic in the year 2009. The Influenza A H1N1 virus is the product of multiple genetic rearrangements among strains of influenza that had previously been circulating. Some of these were unique to swine and birds and became capable of infecting humans. The influenza A (H1N1) epidemic began in Mexico and rapidly spread to other countries around the world and was declared a pandemic by the World Health Organization (WHO) approximately two months after the first cases appeared. Pregnant women are considered to be a group at risk of serious complications related to the H1N1 influenza virus, with high morbidity and mortality observed in previous Influenza virus epidemics. As for effects on the embryo/fetus, there are still few studies on the teratogenic potential of the influenza virus. The literature has not demonstrated, so far, adverse effects of this virus on the embryo/fetus. The specific treatment is the use of the neuraminidase inhibitors, zanamivir and oseltamivir, of which only the latter is available in Brazil. The general aim of this work is to evaluate pregnancies exposed to the Influenza A (H1N1) virus and submitted to treatment with Oseltamivir Phosphate. Specific objectives are to compare pregnant women exposed and not exposed to the Influenza A H1N1 virus as on maternal and perinatal outcomes; evaluate potential adverse effects of medication in pregnant women exposed to oseltamivir; and evaluate the health and neurodevelopment in children exposed during pregnancy to oseltamivir. We performed an uncontrolled prospective cohort study that evaluated pregnancies with exposure to the H1N1 Influenza virus and its treatment with Oseltamivir Phosphate. The sample consisted of 589 pregnant women with suspected symptoms of Influenza A who were reported in the Information System for Notifiable Diseases - Influenza (SINAN-Influenza, Rio Grande do Sul Database). Follow-up of 424 pregnancies was conducted via telephone, home visit, medical records or Live Birth Certificate, by a trained team. PCR (polymerase chain reaction) was performed in 243 individuals. There were 163 (67%) confirmed cases of H1N1 and 80 (33%) non-H1N1 Influenza virus. There were twenty-four maternal deaths, 18 of these were H1N1+ patients. Eight stillbirths were reported, five of these were for H1N1+ pregnant women. There were no differences in perinatal outcomes. Only one cleft palate was reported in a newborn whose mother did not use oseltamivir. Use of oseltamivir phosphate was identified in 221 patients. Of this, there were 86 confirmed cases of Influenza A (H1N1) and 51 non-H1N1 Influenza virus. Adverse reactions were reported in 92 (42%) pregnancies. There were a higher number of adverse effects reported in non-H1N1 patients after the use of oseltamivir. There were fewer maternal deaths (7.2%) in those who received oseltamivir compared to 34.7% of women who were not treated (OR: 0.14, CI95%: 0.04-0.42, p=0.0003). Similarly, the frequency of stillbirth was lower (2.2%) in treated as compared to 13.0% of the untreated women (OR: 0.15, CI95%: 0.03- 0.89, p=0.03). Developmental delay in two or more skills was reported in 10 (19.2%) of 52 children exposed prenatally to oseltamivir and followed for at least 36 months. This rate is above of expected for the Brazilian population (15%). In conclusion, it is expected that this work can contribute to a better understanding towards the potential teratogenic effect of Influenza A (H1N1) virus and its treatment with oseltamivir. Future studies will be decisive to the establishment of clinical practices about treatment and general management of this condition in this specific group of patients.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

Made available in DSpace on 2016-03-10T13:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 paola_silva_ioc_dout_2015.pdf: 5954809 bytes, checksum: 02b143793e3dbd017a0d95c668d3108c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A primeira detecção do vírus Influenza A (H1N1)pdm09 no Brasil aconteceu em maio de 2009, e foi seguida de uma extensa disseminação por toda a população brasileira, com grande impacto em morbidade e mortalidade. Para entender a dinâmica molecular do Influenza A (H1N1)pdm09 no país, a presente tese reuniu sete trabalhos que abordaram a análise filogenética deste agente viral durante e após o período pandêmico (2009 a 2014) e buscou indentificar polimorfismos virais associados à virulência e à resistência ao antiviral Oseltamivir (OST). Para isso, as metodologias realizadas foram o sequenciamento dos genes de hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA) utilizando a metodologia de Sanger e a metodologia de pirosequenciamento para detectar polimorfismos de base única (SNPs). Nossos resultados revelaram a circulação de nove grupos filogenéticos ao longo dos cinco anos do estudo, indicando uma substituição temporal dos grupos e ocasionalmente uma estratificação geográfica. No entanto, nenhum dos grupos filogenéticos identificados foram associados com um pior prognóstico da infecção por influenza. Ao contrário do que foi observado em estudos anteriores, as mutações K-15E e Q310H no gene HA não se associaram ao aumento de virulência, mesmo na infecção de indivíduos imunocomprometidos. Por outro lado, polimorfismos no resíduo 222 da HA, que caracterizaram a presença de quasispecies virais, mostraram uma forte associação com a gravidade da infecção, especialmente em gestantes. Nesta tese, também realizamos a vigilância de marcadores de resistência no gene NA. Entre as amostras analisadas encontramos sete vírus com a mutação H275Y e dois com S247N, esses marcadores estão relacionados com a diminuição de sensibilidade ao antiviral OST Entre as amostras resistentes, a grande maioria foi detectada na região Sul do Brasil, em pacientes que não receberam OST. Isto sugere uma possível transmissão sustentada do vírus resistentes no país. Embora variantes H275Y resistentes apresentem baixa aptidão viral, a propagação deste vírus pode ocorrer com o ganho de mutações permissivas nos genes HA ou NA. No Brasil, o vírus que circulam desde 2011 apresentaram mutações V241I e N369K no gene NA, que foram, teoricamente, associadas a uma maior aptidão viral da variante resistente. Diante disso, cinco anos após a pandemia observamos que o vírus A (H1N1)pdm09 está estabelecido na população humana com várias substituições genéticas quando comparado com a sequencia da cepa vacinal A/California/07/2009. A maioria destas substituições parecem não ocasionar uma maior gravidade da infecção, e esta pode ser atribuída a outros fatores, tais como fatores genéticos do hospedeiro. Por fim, considerando o risco de surgimento e disseminação de vírus resistentes é importante reforçar o monitoramento viral e também realizar estudos para novas drogas antivirais / The Influenza A (H1N1)pdm09 virus was first detecte d in May 2009 in Brazil and later resulted in an extensive spread throughout the Brazilian pop ulation with a severe impact on morbidity and mortality. To understand the molecular dynamic of ( H1N1)pdm09 virus in Brazil this thesis grouped seven papers which approached the phylogenetic reco nstruction of the virus during and after the pandemic period (2009 to 2014) and the genomic iden tification of viral polymorphisms associated with virulence or antiviral resistance to Oseltamivir (O ST). For this, we performed genome sequencing, focusing especially on the hemagglutinin (HA) and n euraminidase (NA) genes using conventional Sanger sequencing and PyroMark 96ID to detect singl e nucleotide polymorphisms (SNPs). Our results showed that in Brazil nine (H1N1)pdm09 phylogenetic groups circulated along the five years of the study, indicating a temporal repl acement of groups and ocasionally a geographic stratification. However, no phylogenetic group seem ed to be associated with a worse clinical outcome. The increased virulence observed in previous studie s with a 2009 group bearing the genetic markers K-15E and Q310H was not confirmed in our analyses, even evaluating an immunocompromised population. On the other hand, polymorphysms at pos ition 222 of HA gene, which characterized the presence of viral quasispecies, showed an associati on with increased virulence in brazilian samples, especially in pregnant women. In this study we also performed surveillance of resistance markers at the NA gene. From the analysed samples we found sev en viruses with H275Y and two with S247N mutation, that diminish the sensibility to oseltami vir (OST). Among the resistant samples, the large majority was detected in the Southern region of Bra zil in patients that did not receive OST. This suggests a possible sustained transmission of resis tant virus in the country. Although resistant H275Y variants have low viral fitness, the spread of this virus can occur with the gain of permissive mutati ons in the HA or NA genes. In Brazil, viruses circulati ng since 2011 presented mutations V241I and N369K in the NA gene, which were theoretically associated with greater viral fitness. Five years after the pandemic we observed that A (H 1N1)pdm09 is established in the population with genetic substitutions in all gene s egments when compared to the vaccine strain A/California/07/2009. We demonstrated that the majo rity of those substitutions did not increase the severity of infection. The worst clinical outcomes may be attributed to other factors, such as genetic host factors. Finally, considering the risk of emer gence and spread of resistant viruses it is importa nt to strengthen viral surveillance and also carry out studies for new antiviral drugs

O vírus da influenza tipo A (VIA) é um importante agente em rebanhos suínos ao redor do mundo. Alguns subtipos do vírus podem ser transmitidos entre espécies diferentes, como aves, homem e suínos, proporcionando o aumento de mutações genômicas e de novas cepas circulantes. Os suínos são considerados hospedeiros de "mixagem", uma vez que possuem receptores para cepas de aves, de humanos e suínos. A doença clínica em suínos é caracterizada por quadro respiratório agudo e brando, com duração de 5 a 7 dias. Em rebanhos de reprodutores – como as Unidade Produtoras de Leitões (UPL) – um surto epidêmico de influenza pode levar o estabelecimento de uma infecção endêmica com duração de semanas a meses, sem produção de sinais clínicos evidentes. Protocolos de biosseguridade vêm sendo incorporados e padronizados pelas agroindústrias, visando prevenir a introdução de doenças infecciosas em rebanhos. Entretanto, existem lacunas no conhecimento dos fatores associados à biosseguridade em rebanhos de matrizes suínas brasileiras e sua relação com doenças infecciosas. Por essa razão, um estudo transversal foi realizado para estimar a soroprevalência do VIA em matrizes de UPL e explorar práticas de biosseguridade associadas à presença de anticorpos contra o vírus da influenza. Ao todo, foram amostradas 404 matrizes em 21 granjas. O diagnóstico sorológico foi realizado pelo ELISA (protocolo in house). Todas as amostras positivas pelo ELISA foram testadas usando a inibição de hemaglutinação (IH) para diagnosticar a presença de H1N1pdm2009, H1N2 e H3N2 como subtipos de vírus influenza. As informações sobre práticas de biosseguridade foram obtidas através da aplicação de um questionário. A associação entre o resultado do diagnóstico do ELISA de cada uma das matrizes amostradas e as práticas de biosseguridade da propriedade foi feitas através de um modelo de Regressão de Poisson Robusta, estimando a Razão de Prevalência (RP) como medida da associação. A prevalência estimada de anticorpos anti-VIA nas matrizes foi de 63,9% (IC 95%: 55% - 72%), sendo que todas as granjas tiveram resultados positivos. A frequência dos subtipos nas matrizes usando IH foi 51,9% para H1N1, 27,8% H1N2 e 0,6% H3N2. Coinfecções entre H1N1 e H1N2 foram observadas em 19 granjas. As práticas de biosseguridade associadas significativamente com a presença de anticorpos (p-valor <0,05) foram a "presença de tela anti-pássaros" (RP = 0,75) e "local de aclimatação para leitoas" (RP = 0,57) como fatores protetivos e "reposição externa de leitoas" (RP = 1,38) como associada a uma maior prevalência do vírus da influenza suína. Foi possível verificar que a soroprevalência do VIA nas matrizes comerciais da população estudada é alta, indicando que os animais são frequentemente expostos ao patógeno, e que algumas medidas de biosseguridade estão associadas com a ocorrência da doença, fornecendo subsídios técnicos sobre a importância dos protocolos de biosseguridade para a promoção da saúde do plantel. / Influenza A virus (IAV) is an important infectious agent in pig herds across the globe. Some subtypes of this virus can be transmitted between different species, such as birds, human and pig, increasing genomic mutations and evolving of new circulating strains. Pigs are considered "mixed vessel" for influenza A, since they have cell receptors for birds, humans and pigs strains. The clinical disease in pigs is characterized by an acute and mild respiratory disease, lasting from 5 to 7 days. In breeding herds such as sow farms, an epidemic outbreak of influenza can lead to the establishment of an endemic infection lasting weeks to months without clinical signs. Biosecurity procedures were incorporated and standardized by the agroindustry in order to prevent both the introduction and dissemination of infectious diseases. However, there are gaps in the knowledge about what biosecurity factors are associated with infectious diseases in Brazilian herds. For this reason, a cross-sectional study was carried out to estimate IAV seroprevalence in sows and assess which biosecurity practices are associated with the prevalence of influenza virus antibodies. Four hundred forty-four sows were sampled from 21 farms. Serological assays were performed using an ELISA test (in-house protocol). All ELISA positive samples were tested using the hemagglutination inhibition test (HI) to identify the presence of H1N1pdm2009, H1N2 and H3N2 subtypes. Information of biosecurity practices was obtained through the application of a questionnaire. Association between ELISA diagnostic result of each sampled sow and biosecurity practices was assessed using a robust Poisson regression and the Prevalence Ratio (PR) was used as the measure of association. The estimated prevalence of anti-IAV antibodies in sows was 63.9% (95% CI: 55% - 72%), and all farms had at least one seropositive sow s. The frequency of subtypes using HI was 51.9% for H1N1, 27.8% for H1N2 and 0.6% for H3N2. Co-infections with H1N1 and H1N2 were observed in 19 farms. Biosecurity practices such as "presence of bird-proof" (PR = 0.75), and "presence of an acclimatization unit" (PR = 0.57), protective ones, and "external replacement of gilts" (PR = 1.38), which was positively associated with the IAV prevalence, were statistically significant in the final model (p-value <0.05). It was possible to verify that IAV seroprevalence is high and some biosecurity procedures were associated with the serologic status, offering technical subsidies about the importance of the biosecurity for the herd heath.