Les performances de reproduction des vaches laitières se sont dégradées parallèlement à l’augmentation de leurs performances de production. L’intense sélection réalisée sur la production laitière est tenue responsable de cela. Chaque étape du processus de reproduction a été affectée : les anomalies de cyclicité ovarienne sont plus fréquentes dans la population actuelle, la durée et l’intensité des chaleurs ont diminué drastiquement, et les échecs de gestation sont plus fréquents. La littérature s’accorde sur le fait que la reproduction est affectée parce que la majeure partie des ressources est investie dans la production laitière. L’objectif de cette thèse de doctorat est d’étudier l’intérêt d’une stratégie de sélection alternative basée sur un fort potentiel génétique de taux butyreux et protéique sur la robustesse des vaches laitières.Les hypothèses testées étaient que par rapport aux vaches à fort potentiel de production laitière, celles à fort potentiel de taux butyreux et protéique (i) exportent moins d’énergie dans le lait et donc préservent leur réserves corporelles, (ii) ont de meilleures aptitudes à se reproduire. Nos résultats montrent que les vaches à fort potentiel de taux butyreux et protéique ont un retour de cyclicité plus précoce, une expression des chaleurs similaire mais plus d’échecs de gestation que celles à fort potentiel de production laitière. Ces résultats intrigants suggèrent que les étapes de la reproduction sont partiellement découplées sur le plan génétique. Sélectionner les vaches laitières sur les taux butyreux et protéique dans le but d’amé / Reproductive performance of dairy cows has been declining while their milk production was improving. The strong genetic selection that was applied on milk production is considered to be responsible for this. Each step of the reproductive process has been impacted: abnormal ovarian activity is more common in the current population, the duration and intensity of oestrus has dramatically decreased and the occurrence of pregnancy failures has increased. The consensus in the literature is that reproduction is impaired because dairy cows are investing most of their resources in milk production. The aim of this Ph.D. thesis is to explore the effect of alternative selection strategies based on milk fat and protein content on robustness of dairy cows. Our hypotheses were that at similar genetic merit for milk solids yield, compared to cows with high genetic merit for milk yield,dairy cows with high genetic merit for fat and protein contents (i) are exporting less energy in milk and are consequently safeguarding their body reserve; (ii) have better reproductive performance (earlier resumption of ovarian activity, more intense oestrus, better ability to ensure pregnancy). Our results suggest that cows selected for production through high fat and protein content instead of high milk yield would resume ovarian activity earlier, have similar oestrus intensity but more pregnancy failures. These intriguing results suggest that the steps of the reproductive process are genetically partly disentangled. Selecting dairy cows for fat and protein content is not a promising way to improve repro

Les systèmes d’élevage répondant aux principes de l’agroécologie doivent pouvoir s’adapter aux variations de leur environnement, en particulier parce qu’ils sont pensés pour maximiser l’utilisation des ressources locales et minimiser l’utilisation d’intrants. La composante animale des systèmes d’élevage peut dans ce contexte représenter un levier d’adaptation aux perturbations de l’environnement et contribuer à la pérennité des systèmes. Ainsi, produire des connaissances qui permettront de sélectionner des animaux robustes c’est-à-dire capables de se maintenir et de maintenir leurs performances dans un environnement changeant est actuellement un objectif prioritaire de la recherche en zootechnie. Peu de méthodes d’évaluation scientifique de la robustesse des animaux d’élevage ont été développées, et la seule méthode opérationnelle à ce jour, basée sur l’étude statique d’une seule fonction (l’approche norme de réaction) est remise en question. L’objectif de cette thèse est de proposer un cadre d’évaluation opérationnel de la robustesse, c’est-à-dire utilisable en élevage. Dans ce but, nous nous sommes focalisés sur le modèle vache laitière et avons mené deux démarches complémentaires, l’une basée sur l’analyse de données issues de fermes expérimentales de l’INRA et visant à évaluer les aptitudes biologiques des vaches à gérer les compromis (trade-offs) entre fonctions biologiques (lactation, reproduction et survie) en environnement stable puis perturbé. La seconde démarche est basée sur des enquêtes auprès d’éleveurs laitiers en vue de caractériser les stratégies de conduite (objectifs et seuils de performances) qui relèvent de la recherche d’adéquation animal-système et contribue à la robustesse des animaux. Enfin un travail de synthèse a permis d’intégrer les contributions respectives des deux approches dans la conception du cadre d’évaluation de la robustesse, ceci afin qu’il puisse être manipulable par l’ensemble des acteurs de la recherche, du terrain et du développement. Ce cadre opérationnel propose que la robustesse des vaches laitières soit évaluée en confrontant les aptitudes biologiques des animaux exprimées dans un environnement donné, aux stratégies de conduite des éleveurs. Pour ce faire, il convient 1/ de caractériser les trajectoires productives des vaches laitières sur la base de l’expression des compromis entre fonctions biologiques en situation stable et perturbée, 2/ de les confronter aux objectifs et les seuils de performances des éleveurs, 3/ d’analyser l’adéquation entre les profils de performances exprimés par l’animal et les profils de priorisation des performances des éleveurs, 4/ de prendre en compte les complémentarités entre animaux pour passer au niveau troupeau. Des indicateurs de fitness des animaux (longévité, nombre de descendants dans le troupeau) permettent de valider cette analyse. / Agroecological livestock farming systems have to be able to adapt to environmental variability because they are designed to maximize the use of local resources and minimize the use of inputs. The animal component of livestock farming systems could represent a lever to adapt to environmental disturbances and contribute to systems durability. Thus, producing scientific knowledge allowing the selection of robust animals, able to maintain and maintain their performances in a fluctuating environment is one main stake for farming system research. Few methods have been developed to assess robustness in farm animals, and the only operational measurement (reaction norm) that relies only on the analysis of one function at a given time is currently turned into question. This thesis objective is to propose an operational assessment framework of robustness, that is to say, usable on the field. To that end, we focused on the dairy cow model and carried two complementary approaches, one based on the analysis of data collected from INRA experimental units, aiming at assessing biological aptitudes of dairy cows to manage trade-offs between function (lactation, reproduction and survival) in stable and disturbed environments. The second approach is based on data collected during interviews with dairy farmers in order to characterize their management strategies (objectives and performance thresholds) associated with the search of the animal-system balance contributing to animals’ robustness. Finally, a synthesis integrated the respective inputs of the two approaches in the assessment framework of robustness, in order to make it usable by actors from research, farms and development. This operational framework suggests that robustness of dairy cows should be assessed by comparing biological aptitudes of the animals expressed in a given environment, with the management strategies of farmers. It requires, 1/ to characterized productive trajectories of dairy cows including trade-offs between function in stable and disturbed environment, 2/ to compare them with performance objective and thresholds of farmers, 3/ to analyze the balance between the performances profiles expressed by the animal and the profiles of performances prioritization of farmers, 4/ account for complementarities between animals to step up to the herd level. Animals’ fitness indicators (longevity, number of descendants) are used to validate the analysis

Les vaches laitières en transition sont sensibles aux infections utérines en raison de l'immunité compromise autour du vêlage et de la contamination bactérienne importante dans l'utérus immédiatement après le vêlage. Les vaches atteintes d'infections utérines sont plus susceptibles de développer d'autres maladies périnatales, ce qui entraîne une baisse de la production de lait et une diminution de la fertilité. L'infertilité liée aux infections utérines est devenue la principale cause d'élimination d'une vache du troupeau. Jusqu'à présent, il n'y a pas eu d'approches efficaces pour traiter les infections utérines. Environ 90 % des vaches laitières subissent une contamination bactérienne post-partum de l'utérus. La plupart des vaches sont capables d'éliminer l'infection en 8 semaines au cours du processus d'involution, mais jusqu'à 20 % des vaches développent une métrite, qui est une infection de toute la paroi utérine ; et dans certains troupeaux, 30 à 50 % des vaches développent une endométrite, qui est une infection de la paroi interne de l'utérus. Il a été indiqué que le microbiome et les facteurs immunitaires innés de l'appareil reproducteur ont un effet sur la maladie utérine post-partum, mais le microbiome reproducteur bovin et son effet sur la fertilité suivante ne sont pas bien compris. Les maladies sont négativement corrélées aux performances de reproduction et, combinées au taux d'incidence élevé, elles sont coûteuses pour les agriculteurs. Les études traditionnelles basées sur la culture sont biaisées en faveur des bactéries qui se développent dans un environnement de laboratoire. Dans ce projet, la diversité bactérienne vaginale et utérine pendant la période d'attente volontaire a été étudiée par des méthodes de microbiologie moléculaire, principalement l'ARNr 16S et le séquençage de nouvelle génération. L'objectif de cette étude est d'étudier les variations du microbiote et des facteurs immunitaires innés tels que les populations IL1, IL8 et AGP pendant la période d'attente volontaire. L'objectif de la présente étude était de caractériser les communautés bactériennes de l'appareil reproducteur et la quantité de cytokines avant le vêlage et après le vêlage chez les vaches ayant développé ou non une endométrite. . De plus, notre deuxième objectif de la présente étude était de décrire la réponse immunitaire innée locale cellulaire et humorale lors de la cervicite clinique dans l'utérus et les échantillons vaginaux dans les périodes pré et post-partum des vaches laitières. Pour l'étude prospective de cohorte, un total de 61 vaches multipares ont été prélevées avec une cytobrosse dans le vagin 7 jours avant le vêlage (J-7) et dans l'utérus 7 jours (J+7), 21 jours (J+21), et 35 jours (J+35) après vêlage. Des échantillons de vaches en bonne santé (n = 11) et de vaches atteintes d'endométrite (n = 11) ont été traités pour l'extraction d'ADN et les gènes de séquençage de l'ARNr 16S. La diversité alpha du microbiote utérin n'était pas significantment différente entre les groupes sains et malades. La diversité β n'était pas différente au niveau de l'UTO au cours de la même période d'échantillonnage entre les vaches saines et les vaches atteintes d'endométrite, mais le microbiote utérin était différent entre les groupes trois semaines après le vêlage. Les vaches malades avaient une abondance relative moindre de Firmicutes et de Bacteroidetes que les vaches en bonne santé et les vaches atteintes d'endométrite avaient une plus grande abondance relative d'Actinobacteria que les vaches en bonne santé. T. pyogenes, Peptoniphilus et Helcococcus étaient nettement plus abondants chez les vaches atteintes d'endométrite clinique. De plus, les concentrations d'interleukine 1α (IL1), d'interleukine 8 (IL8) et de glycoprotéine acide α1 (AGP) ont été déterminées. Les cas de CC avec des signes cliniques au temps +5w tels que des pertes vaginales purulentes et une endométrite subclinique ont montré la production de cytokines la plus élevée. En conclusion, le post-partum de 3 semaines est un point critique pour évaluer les cytokines et les protéines de phase aiguë ; où la variation d'IL1 et d'IL8 a gardé une relation directe avec le nombre et la fonction des neutrophiles. / Transition dairy cows are more susceptible to uterine infections due to the compromised immunity around calving and substantial bacterial contamination in the uterus immediately after calving. Cows with uterine infections are at higher odds of developing other periparturient diseases, resulting in lower milk production and impaired fertility. Infertility related to uterine infections has become the main reason for a cow to be culled from the herd and therapeutic approaches to treat uterine infections. Currently, about 95 are of limited success. Approximately 90% of dairy cows exhibit contamination in the uterine cavity during the first 2 weeks following calving. Up to 40% of dairy cows still have contamination in the genital tract 3 weeks after calving. When infection or inflammation persists in the uterus beyond 4 weeks postpartum, the infected uterus is associated with infertility. The microbiome and innate immune factors of the reproductive tract have been indicated to have an effect on postpartum uterine disease, however the bovine reproductive microbiome and its effect on fertility is not well understood. Diseases are negatively correlated to reproductive performance, and in combination with the high incidence rate, they are costly for the farmers. Traditional culture based studies are biased towards bacteria that thrive in a laboratory environment. In this project, the vaginal and uterine bacterial diversity during voluntary waiting period (time between parturition and the time at which the cow os first eligible for insemination) were investigated by molecular microbiology methods, primarily 16S rRNA next generation sequencing. The objective of the present study was to characterize the reproductive tract bacterial communities and the number of cytokines before and after calving in cows that developed or not endometritis. Also, the present study aimed to describe the innate immune response such as IL1, IL8 and AGP in the uterus and vaginal in the pre- and post-partum periods of dairy cows with clinical cervicitis. For the cohort prospective study, a total of 61 multiparous cows were sampled with a cytobrush in the vagina 7 days before calving (D-7) and in the uterus 7 days (D+7), 21 days (D+21), and 35 days (D+35) after calving. Samples of healthy cows (n=11) and cows with endometritis (n=11) were processed for DNA extraction and sequencing of the 16S rRNA gene. Alpha-diversity of uterine microbiota was not significantly different between healthy and endometritis groups. Microbiota composition (β diversity) was significantly different between healthy and endometritis cows three weeks after calving. Diseased cows, but not at the other sampling times. Disease cows had lower relative abundance of Firmicutes and Bacteroidetes and greater abundance of Actinobacteria than healthy cows. Trueperella spp, Peptoniphilus spp. and Helcococcus spp. were significantly more abundant in disease dairy cows. Additionally, in three weeks after calving the concentrations of interleukin 1α (IL1), interleukin 8 (IL8) and α1-acid glycoprotein (AGP) were determined. Cows with clinical and subclinical endometritis at time +5w (5 wks after calving) showed the highest cytokine production compared to the other sampling time ( -1week, +1 week and+3 weeks).

La reproduction est un pilier majeur de la productivité des fermes laitières. Dans ce contexte, il est pertinent d’identifier à l’avance les animaux à risque d’avoir des performances en reproduction sous-optimales, surtout si un traitement efficace est disponible pour améliorer ces performances. Les endométrites clinique et subclinique sont des conditions définies selon leur impact sur les performances en reproduction subséquentes et donc, des outils très intéressants de surveillance de la santé utérine. Le premier objectif de cette étude était de déterminer simultanément des seuils diagnostiques pour les endométrites clinique (diagnostiquée par le Metricheck) et subclinique (diagnostiquée par la cytologie endométriale ou par l’estérase leucocytaire) selon leur impact sur les performances en reproduction à la première saillie. L’écoulement vaginal purulent a été identifié comme seuil pour l’endométrite clinique, alors que les seuils identifiés pour l’endométrite subclinique ont été un pourcentage de polymorphonucléaires de 6% à la cytologie et une « forte quantité de leucocytes » à l’estérase leucocytaire. Le second objectif de l’étude était d’évaluer l’effet d’un traitement intra-utérin de céphapirine sur les performances à la première saillie des animaux sains et atteints d’endométrite. Aucun effet du traitement n’a été observé chez les vaches saines ou atteintes d’endométrite clinique, alors qu’une tendance à l’amélioration des performances a été associée au traitement chez celles atteintes d’endométrite subclinique. L’anovulation post-partum prolongée pourrait altérer l’efficacité du traitement de céphapirine, surtout chez les vaches atteintes d’endométrite clinique. / Reproduction is a major concern in the dairy industry. In this context, it is relevant to have an early identification of cows at risk of altered subsequent reproductive performance, especially if a treatment is available and effective to improve this performance. Clinical and subclinical endometritis are defined based on their impact on reproductive performance and are interesting tools for reproductive tract health surveillance. The first objective of this research project was to determine simultaneously diagnostic criteria for clinical (diagnosed by Metricheck) and subclinical (diagnosed by endometrial cytology or leukocyte esterase testing) endometritis based on their impact on reproductive performance at first service. Clinical endometritis was defined as presence of purulent vaginal discharge whereas subclinical endometritis was defined as presence of ≥ 6% of polymorphonuclear cells using endometrial cytology or the presence of “large amount of leukocytes” using leukocyte esterase testing. The second objective of this research project was to determine the effect of an intrauterine infusion of cephapirin on the reproductive performance at first service in cows with clinical endometritis, subclinical endometritis, and in cows unaffected by endometritis. Cephapirin treatment had no effect on first service pregnancy risk in unaffected cows or in cows affected by clinical endometritis. However, there was a tendency of a positive effect of the treatment in cows affected by subclinical endometritis. Presence of prolonged postpartum anovulation in cows may reduce the efficacy of the cephapirin treatment, especially in cows affected by clinical endometritis.

Le syndrome vache à terre (SVT) est rencontré chez la vache laitière et est une condition d’urgence à évolution rapide où le pronostic est réservé à sombre. Les seuls tests complémentaires disponibles actuellement nécessitent l’utilisation des services d’un laboratoire commercial. La présence d’hypoperfusion locale et systémique ainsi que de lésions cardiaques à la nécropsie rend potentiellement intéressant le dosage de la lactatémie (LAC) et de la troponinémie (cTnI) sanguine. Ces deux biomarqueurs pouvant être analysés à l’aide d’appareils portatifs. L’objectif de la présente étude était d’évaluer la valeur pronostique de la LAC et de la cTnI dosées à la ferme, directement au chevet de la vache laitière atteinte de SVT. Le pourcentage d’issue négative (mort ou euthanasie) à sept jours suivant l’inclusion (d7) était de 63.1 %. La lactatémie n’était pas associée au pronostic vital de l’animal lors de SVT. Par contre, une valeur sanguine de cTnI >0.7 ng/mL était associée à une issue négative à d7 (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative respectivement de 54.1 %, 78.4 %, 82.0 % et 48.3 %). L’utilisation d’un modèle de régression logistique multivariable a montré que cette hypertroponinémie était associée à un risque d’issue négative à d7 5.5 fois (IC95%: 2.1-14.6) plus grand que le groupe présentant une cTnI ≤ 0.07 ng/mL. De plus, les animaux ayant une FC >100 BPM étaient 3.7 fois plus à risque (IC95%: 1.5-10.2) de subir une issue négative à d7 que ceux présentant une FC≤100 BPM. / Downer cow syndrome (DCS) is observed in dairy cattle and is an emergency condition that progresses rapidly and whose prognosis is reserved to poor. The only available complementary tests require the services of a commercial laboratory. The presence of local and/or systemic hypoperfusion, along with the presence of cardiac lesions at necropsy renders the dosage of lactatemia (LAC) and cardiac troponin I (cTnI) in the blood potentially interesting. These two biomarkers being measurable through the analysis of portable equipment, the present study objective was to evaluate the prognostic value of measuring LAC and cTnl directly at the side of the dairy cow affected by DCS. The percentage of negative outcome (death or euthanasia; NO) seven days following the study inclusion (d7) was 63.1%. LAC was not associated with the prognosis of the animal suffering from DCS. However, a blood cTnl value of ˃0.7ng/mL was associated with a NO before d7 (sensitivity, positive and negative predictive values of 54.1, 78.4, 82.0, and 48.3%, respectively). The use of a logistic multivariable model demonstrated that hypertroponinemia was associated with a NO risk 5.5 greater (95%CI: 2.1-14.6) by d7 than animals presented with a blood cTnl value of ≤ 0,07ng/mL. The animals presenting a HR > 100BPM were 3.7 times more at risk (95%CI: 1.5-10.2) of exiting the herd by d7 than the animals with a HR of ≤ 100BPM.

Le développement et la survie de l’embryon dépendent des nutriments fournis par les sécrétions utérines. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer l’effet de la surovulation (SOV) sur la bactériologie et cytologie utérine et sur les paramètres biochimiques utérin et sérique et leurs effets sur le nombre d’embryons transférables (ET). Deux groupes de vaches Holstein (groupe I, non lactante, n=7 et groupe II, lactante, n=28) ont été respectivement induites en chaleur ou surovulées et ensuite inséminées. Au jour 7 du cycle œstral (J7) et lors du jour de la récolte (JR), un prélèvement individuel de sang et de liquide de lavage utérin a été fait pour l’analyse du statut bactériologique et cytologique de l’utérus et la mesure de la concentration de plusieurs paramètres biochimiques présélectionnés. Les embryons récoltés ont été évalués selon les critères de l’IETS. La SOV a donnée une moyenne de 7.39 ± 6.22 ovocytes/embryons dont 3.32 ± 4.81 ET. Il n’y avait pas de variation significative de la bactériologie et cytologie utérine des deux groupes entre J7 et JR. La concentration sérique de l’urée (P=0.0001), d’E2 (P=0.006); la concentration utérine du Glu (P=0.002), de Ck (p=0.0007), de LDH (P <0.0001), de PT (P=0.004), de P4 (P=0.008), de PGFM (P<0.0001) du groupe I et la concentration sérique de P4 (P<0.0001), de PGFM (P<0.0001); la concentration utérine de LDH (P=0.002), de PGFM (P<0.0001) du groupe II ont été significativement élevées à JR qu’à J7. La concentration utérine et sérique de l’urée (P<0.0001 et P<0.0001), de LDH (P<0.0001 et P=0.008), la concentration sérique de P4 (P=0.0002) et la concentration utérine de PT (P=0.0003) à JR du groupe II étaient différente du groupe I. Il n’y avait pas d’association entre la bactériologie et cytologie utérine et le nombre d’ET. Cependant, le nombre d’ET a été positivement corrélé avec la concentration sérique d’IGF-1 à J7 (r=0.45; P=0.001) et la concentration sérique de P4 à JR (r=0.43; P<0.05) et négativement corrélé avec la concentration utérine et sérique de PGFM à la fois à J7 (r=-0.54; P<0.005 et r=-0.67; P<0.001) et à JR (r=-0.48; P<0.01 et r=-0.57; P<0.002). Ces résultats suggèrent que la SOV induit des changements au niveau sérique et utérin qui affectent le nombre d’ET récoltés. / The developing embryo is dependent on the nutrients provided by the oviduct and the uterine fluid. The objectives of this study were to determine the effect of SOV on uterine bacteriology and cytology, on serum and uterine biochemical parameters and consequently on the number of TE. Non-lactating (n=7) and lactating (n=28) Holstein cows were synchronized for estrus and superovulated respectively and were inseminated twice. Uterine bacteriology and cytology and various uterine and serum biochemical parameters were measured at day 7 of estrus cycle (D7, starting day of the SOV protocol) and at the designated day of embryo recovery (DER). Harvested embryos were evaluated according to IETS’s criteria. Superovulated cows produced an average of 7.39 ± 6.22 ova/embryos of which 3.32 ± 4.81 were TE. There were no significant variations of uterine bacteriology and cytology between D7 and DER within the two groups. Serum urea (P=0.0001), E2 (P=0.006); uterine Glu (P=0.002), Ck (P=0.0007), LDH (P<0.0001), TP (P=0.004), P4 (P=0.008), PGFM (P<0.0001) in group I and serum P4 (P<0.0001), PGFM (P<0.0001); uterine LDH (P=0.002), PGFM (P<0.0001) in group II were significantly higher at DER than at D7. At DER, group I was different to group II’ uterine and serum urea (P<0.0001 and P<0.0001), LDH (P<0.0001 and P=0.008), PGFM (P=0.002 and P=0.009), serum P4 (P=0.0002) and uterine TP (P=0.0003). There was no association between uterine bacteriology and cytology and the number of TE. However, TE was positively correlated with serum IGF-1 at D7 (r=0.45; P=0.001) and P4 at DER (r=0.43; P<0.05) and negatively correlated with both serum and uterine PGFM respectively at D7 (r=-0.54; P<0.005 and r=-0.67; P<0.001) and DER (r=-0.48; P<0.01 and r=-0.57; P<0.002). The present results infer that changes following SOV in both serum and uterine secretion may affect the number of TE.

Dans les élevages laitiers d’aujourd’hui, les déplacements de la caillette sont parmi les conditions chirurgicales les plus souvent rencontrées. Le pronostic pour ces pathologies est cependant très différent que l’on soit en présence d’une dilatation de la caillette à droite (DCD) ou d’un volvulus de la caillette (VC). En pratique, la distinction en période préopératoire entre ces deux conditions est difficile. Afin de limiter les pertes économiques associées aux DCD/VC, l’identification et la réforme précoce des animaux ayant le plus grand risque d’avoir une mauvaise évolution postopératoire deviennent des enjeux de premier plan. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer la valeur pronostique de la L-lactatémie (LAC) mesurée à la ferme en préopératoire à l’aide d’un appareil portatif chez des vaches souffrant de DCD ou VC et de suggérer des seuils de LAC cliniquement significatifs. Nos résultats indiquent que la LAC est un bon indicateur pronostique lors de DCD/VC. Une LAC ≤ 2 mmol/L est un bon indicateur de succès chirurgical et s’avère très utile pour appuyer la décision d’opérer l’animal (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative de respectivement 76.2, 82.7, 53.3 et 93.1%). Par ailleurs, il n’y a aucun avantage économique à effectuer une chirurgie chez des vaches commerciales souffrant de DCD/VC qui ont une LAC ≥ 6 mmol/L (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative de respectivement 28.6, 97.5, 75 et 84%). Par conséquent, ces animaux devraient, dans la plupart des cas, être réformés en raison de la probabilité élevée qu’ils aient une mauvaise évolution postopératoire. / Abomasal displacement is among the most commonly encountered surgical disorder in modern dairy herds. Prognosis, however, varies widely among type of abomasal displacement, and preoperative diagnostic may be difficult to assess. To control the economic loss associated with abomasal disorders, especially right displaced abomasum (RDA) and abomasal volvulus (AV), early identification and culling of animals at higher risk of developing a surgical failure (SF) would be of interest. The objectives of this study were to determine the prognostic value of preoperative L-lactate concentration (LAC) measured on farm with a portable clinical analyzer for cows with RDA or AV, and to suggest LAC clinical relevant decision thresholds. Our results showed that LAC was correlated with the prognosis of RDA/AV. A LAC ≤ 2 mmol/L seemed to be good indicator of surgical success and would be useful to support a surgical decision (sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of 76.2, 82.7, 53.3 and 93.1%; respectively). On the other hand, there is no economic advantage to perform a surgery on commercial cows with RDA/AV that have LAC ≥ 6 mmol/L and these animals should potentially be culled according to their high probability of SF (sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of 28.6, 97.5, 75 and 84%; respectively).

La reproduction est un pilier majeur de la productivité des fermes laitières. Dans ce contexte, il est pertinent d’identifier à l’avance les animaux à risque d’avoir des performances en reproduction sous-optimales, surtout si un traitement efficace est disponible pour améliorer ces performances. Les endométrites clinique et subclinique sont des conditions définies selon leur impact sur les performances en reproduction subséquentes et donc, des outils très intéressants de surveillance de la santé utérine. Le premier objectif de cette étude était de déterminer simultanément des seuils diagnostiques pour les endométrites clinique (diagnostiquée par le Metricheck) et subclinique (diagnostiquée par la cytologie endométriale ou par l’estérase leucocytaire) selon leur impact sur les performances en reproduction à la première saillie. L’écoulement vaginal purulent a été identifié comme seuil pour l’endométrite clinique, alors que les seuils identifiés pour l’endométrite subclinique ont été un pourcentage de polymorphonucléaires de 6% à la cytologie et une « forte quantité de leucocytes » à l’estérase leucocytaire. Le second objectif de l’étude était d’évaluer l’effet d’un traitement intra-utérin de céphapirine sur les performances à la première saillie des animaux sains et atteints d’endométrite. Aucun effet du traitement n’a été observé chez les vaches saines ou atteintes d’endométrite clinique, alors qu’une tendance à l’amélioration des performances a été associée au traitement chez celles atteintes d’endométrite subclinique. L’anovulation post-partum prolongée pourrait altérer l’efficacité du traitement de céphapirine, surtout chez les vaches atteintes d’endométrite clinique. / Reproduction is a major concern in the dairy industry. In this context, it is relevant to have an early identification of cows at risk of altered subsequent reproductive performance, especially if a treatment is available and effective to improve this performance. Clinical and subclinical endometritis are defined based on their impact on reproductive performance and are interesting tools for reproductive tract health surveillance. The first objective of this research project was to determine simultaneously diagnostic criteria for clinical (diagnosed by Metricheck) and subclinical (diagnosed by endometrial cytology or leukocyte esterase testing) endometritis based on their impact on reproductive performance at first service. Clinical endometritis was defined as presence of purulent vaginal discharge whereas subclinical endometritis was defined as presence of ≥ 6% of polymorphonuclear cells using endometrial cytology or the presence of “large amount of leukocytes” using leukocyte esterase testing. The second objective of this research project was to determine the effect of an intrauterine infusion of cephapirin on the reproductive performance at first service in cows with clinical endometritis, subclinical endometritis, and in cows unaffected by endometritis. Cephapirin treatment had no effect on first service pregnancy risk in unaffected cows or in cows affected by clinical endometritis. However, there was a tendency of a positive effect of the treatment in cows affected by subclinical endometritis. Presence of prolonged postpartum anovulation in cows may reduce the efficacy of the cephapirin treatment, especially in cows affected by clinical endometritis.

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) cause la maladie de Johne, une maladie chronique et incurable affectant les ruminants partout dans le monde. Plusieurs pays ont mis en place des programmes de contrôle afin de prévenir la transmission entre et au sein des troupeaux. Afin d’arriver à prévenir et contrôler cette maladie, une bonne compréhension des facteurs de risque impliqués dans la transmission est essentielle. Des tests diagnostiques performants et à coût abordable sont aussi nécessaires afin de détecter la présence du MAP et/ou les animaux infectés. L’objectif de la première étude était de réviser systématiquement la littérature scientifique concernant les facteurs de risque associés à la transmission du MAP aux génisses laitières. La présence d’une association significative entre les facteurs de risque concernant l’environnement néonatal, le colostrum, le lait, le logement des veaux et le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes et la transmission du MAP a été compilée de 23 articles. Le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes est le facteur de risque le plus important dans la transmission du MAP. L’objectif de la seconde étude était d’évaluer la relation entre le nombre d’échantillons de l’environnement positifs pour le MAP et la prévalence individuelle d’excrétion fécale dans les troupeaux laitiers entravés du Québec. Le nombre de cultures positives d’échantillons de l’environnement s’est avéré associé à la prévalence individuelle d’excrétion fécale du MAP. Une association significative a été trouvée entre la présence d’une forte charge bactérienne dans un échantillon de fumier individuel et la détection du MAP dans l’environnement. / Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) causes Johne’s disease, a chronic and incurable enteric disease of ruminants that has a worldwide distribution. Many countries have implemented control programs to prevent transmission between and within herds. For these to be efficient, knowledge of the risk factors involved in transmission is essential. Efficient and cost effective diagnostic tests are also necessary to detect presence of MAP. The objective of the first study was to systematically review the scientific literature concerning risk factors associated with MAP transmission to dairy calves. Presence of a significant association between risk factors concerning neonatal environment, colostrum, milk, housing of calves and contact of calves with adult cow feces and MAP transmission were recorded from 23 articles. The contact of calves with adult cow feces appeared to be the most important risk factor in MAP transmission. The 5 categories of risk factors are linked one to each other. The objective of the second study was to evaluate the relation between the number of positive samples for MAP in the environment and the prevalence of individual fecal shedding in Québec tie-stall dairy herds. The number of positive cultures of environmental samples was associated with the prevalence of individual fecal shedding of MAP. A significant association was found between presence of a heavy bacterial load in an individual fecal sample and environmental detection of MAP.

Le développement et la survie de l’embryon dépendent des nutriments fournis par les sécrétions utérines. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer l’effet de la surovulation (SOV) sur la bactériologie et cytologie utérine et sur les paramètres biochimiques utérin et sérique et leurs effets sur le nombre d’embryons transférables (ET). Deux groupes de vaches Holstein (groupe I, non lactante, n=7 et groupe II, lactante, n=28) ont été respectivement induites en chaleur ou surovulées et ensuite inséminées. Au jour 7 du cycle œstral (J7) et lors du jour de la récolte (JR), un prélèvement individuel de sang et de liquide de lavage utérin a été fait pour l’analyse du statut bactériologique et cytologique de l’utérus et la mesure de la concentration de plusieurs paramètres biochimiques présélectionnés. Les embryons récoltés ont été évalués selon les critères de l’IETS. La SOV a donnée une moyenne de 7.39 ± 6.22 ovocytes/embryons dont 3.32 ± 4.81 ET. Il n’y avait pas de variation significative de la bactériologie et cytologie utérine des deux groupes entre J7 et JR. La concentration sérique de l’urée (P=0.0001), d’E2 (P=0.006); la concentration utérine du Glu (P=0.002), de Ck (p=0.0007), de LDH (P <0.0001), de PT (P=0.004), de P4 (P=0.008), de PGFM (P<0.0001) du groupe I et la concentration sérique de P4 (P<0.0001), de PGFM (P<0.0001); la concentration utérine de LDH (P=0.002), de PGFM (P<0.0001) du groupe II ont été significativement élevées à JR qu’à J7. La concentration utérine et sérique de l’urée (P<0.0001 et P<0.0001), de LDH (P<0.0001 et P=0.008), la concentration sérique de P4 (P=0.0002) et la concentration utérine de PT (P=0.0003) à JR du groupe II étaient différente du groupe I. Il n’y avait pas d’association entre la bactériologie et cytologie utérine et le nombre d’ET. Cependant, le nombre d’ET a été positivement corrélé avec la concentration sérique d’IGF-1 à J7 (r=0.45; P=0.001) et la concentration sérique de P4 à JR (r=0.43; P<0.05) et négativement corrélé avec la concentration utérine et sérique de PGFM à la fois à J7 (r=-0.54; P<0.005 et r=-0.67; P<0.001) et à JR (r=-0.48; P<0.01 et r=-0.57; P<0.002). Ces résultats suggèrent que la SOV induit des changements au niveau sérique et utérin qui affectent le nombre d’ET récoltés. / The developing embryo is dependent on the nutrients provided by the oviduct and the uterine fluid. The objectives of this study were to determine the effect of SOV on uterine bacteriology and cytology, on serum and uterine biochemical parameters and consequently on the number of TE. Non-lactating (n=7) and lactating (n=28) Holstein cows were synchronized for estrus and superovulated respectively and were inseminated twice. Uterine bacteriology and cytology and various uterine and serum biochemical parameters were measured at day 7 of estrus cycle (D7, starting day of the SOV protocol) and at the designated day of embryo recovery (DER). Harvested embryos were evaluated according to IETS’s criteria. Superovulated cows produced an average of 7.39 ± 6.22 ova/embryos of which 3.32 ± 4.81 were TE. There were no significant variations of uterine bacteriology and cytology between D7 and DER within the two groups. Serum urea (P=0.0001), E2 (P=0.006); uterine Glu (P=0.002), Ck (P=0.0007), LDH (P<0.0001), TP (P=0.004), P4 (P=0.008), PGFM (P<0.0001) in group I and serum P4 (P<0.0001), PGFM (P<0.0001); uterine LDH (P=0.002), PGFM (P<0.0001) in group II were significantly higher at DER than at D7. At DER, group I was different to group II’ uterine and serum urea (P<0.0001 and P<0.0001), LDH (P<0.0001 and P=0.008), PGFM (P=0.002 and P=0.009), serum P4 (P=0.0002) and uterine TP (P=0.0003). There was no association between uterine bacteriology and cytology and the number of TE. However, TE was positively correlated with serum IGF-1 at D7 (r=0.45; P=0.001) and P4 at DER (r=0.43; P<0.05) and negatively correlated with both serum and uterine PGFM respectively at D7 (r=-0.54; P<0.005 and r=-0.67; P<0.001) and DER (r=-0.48; P<0.01 and r=-0.57; P<0.002). The present results infer that changes following SOV in both serum and uterine secretion may affect the number of TE.