El virus Dengue (VDEN) es el responsable de más de 50-100 millones de casos anualmente en el mundo. La infección del dengue es causada por cuatro serotipos (VDEN-1, VDEN-2, VDEN-3 y VDEN-4) y el espectro de la enfermedad varía desde una fiebre indiferenciada, fiebre hemorrágica por dengue (FHD), síndrome de shock por dengue, y muerte. Información epidemiológica liga el desarrollo de FHD con una infección secundaria y además sugiere que ciertas cepas son más virulentas que otras. En 2001, aparecieron los primeros casos de FHD asociados con VDEN-2 en la costa del Perú. En el 2010 ocurrió un brote en Iquitos con casos severos convirtiéndose en el más largo en la historia de la región. Sin embargo estudios orientados en determinar el origen distribución y diversidad genética de cepas peruanas de VDEN-2 durante los diez últimos años no han sido realizados. Para atender este vacío de conocimiento en la epidemiología del VDEN-2 en Perú, extractos de ARN de 30 aislamientos virales en células C6/36 (Aedes albopictus) fueron procesados por RT-PCR. Secuencias del gen de la envoltura (E) fueron determinadas y comparadas con muestras globales de VDEN-2. El análisis filogenético reveló la circulación de dos genotipos en Perú: Americano (hasta el 2000) y Americano/Asiático (2000- 2010). Adicionalmente se identificaron cepas variantes del genotipo Americano/Asiático distribuidos en dos clados principales (1 y 2) que ingresaron al Perú por la costa norte (Ecuador) y por la selva (Brasil o Bolivia). Con el aparente incremento de la virulencia relacionada a cepas Americano/Asiático del clado 2, nuestros resultados soportan la necesidad de un continuo monitoreo de cepas emergentes de nuevos variantes o genotipos de dengue que podrían estar asociados a casos severos de la enfermedad. Palabras claves: Arbovirus, Dengue 2, Americano/Asiático y relación filogenética.

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Bruno Moreira Carneiro / Banca: Laura Cristina Sichero Vetorazzo / Banca: Maurício Lacerda Nogueira / Resumo: A hepatite C é a inflamação do fígado decorrente da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV), frequentemente evolui para quadros crônicos, sendo considerada mundialmente a maior causa de cirrose e carcinoma hepatocelular. O tratamento padrão com PEG-IFN e ribavirina não é efetivo contra alguns genótipos do HCV, possui alto custo e efeitos colaterais severos. Portanto, novos tratamentos vêm sendo buscados. A cafeína vem sendo associada a um efeito benéfico sobre várias doenças hepáticas incluindo a melhora da bioquímica anormal do fígado, cirrose e carcinoma hepatocelular. A cafeína atua diretamente desacelerando a progressão da fibrose, além de melhorar a função de vias celulares hepáticas, dentre elas vias utilizadas durante o ciclo replicativo do HCV. Embora a cafeína tenha demonstrado efetividade no controle de doenças hepáticas e interação direta com vias celulares utilizadas pelo HCV, não há na literatura correlação direta entre o efeito da cafeína e as etapas do ciclo replicativo do HCV. Assim, o presente estudo propôs estabelecer a relação direta entre a cafeína e sua capacidade inibitória sobre as diferentes etapas do ciclo replicativo completo do HCV. Para esse estudo foram utilizados o replicon subgenômico SGR-JFH-FEO, os replicons completos FL-J6/JFH-5′C19Rluc2AUbi e JFH-1 e a linhagem celular Huh-7.5. A expressão viral foi avaliada por ensaios de Luciferase, Western Blotting, Imunofluorescencia indireta e qPCR. A cafeína demonstrou inibição da replicação viral em todos os níveis avaliados, apresentando IC50 de 0.7263 mM e atingindo em concentrações seguras, inibição máxima da replicação de HCVcc em torno de 79 %. A cafeína demonstrou ainda inibição de 30 % sobre a entrada quando aplicada em conjunto ao sobrenadante infeccioso. Entretanto, essa inibição dobra quando há a exposição das partículas à cafeína previamente à introdução em cultura de células, ... / Abstract: Hepatitis C is the liver inflammation arising from hepatitis C virus (HCV) infection, often evolves to chronic conditions and has been considered the major world cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Standard treatment using PEG-IFN and ribavirin is not effective against some HCV genotypes, besides that it has high cost and severe side-effects. Therefore, new treatments have been sought. Caffeine has been found to have beneficial effect in several liver disorders, including the improvement of abnormal liver biochemistry, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Caffeine acts directly by delaying fibrosis, beyond improving the function of liver cellular pathways and interfering with pathways used by the HCV replication cycle. Although, the caffeine showed positive effects for liver disorders and a direct interaction with cell pathways used by HCV, there is no evidence of a direct correlation between caffeine and HCV replication cycle. Thus, the current study proposed to establish the direct relationship between caffeine and different steps of HCV replication cycle. To this study, it was used the subgenomic replicon SGR-JFH-FEO, the full-length replicons FL-J6/JFH-5′C19Rluc2AUbi and JFH-1; and Huh-7.5 cell line. The viral expression was evaluated by Luciferase, Western blotting, Indirect immunofluorescence and qPCR. The caffeine demonstrated to be able to inhibit viral replication on different stages of viral replication, demonstrating an IC50 value of 0.7263 mM and reaching on safe concentrations, HCVcc maximal replication inhibition around 79 %. Caffeine demonstrated also 30 % of inhibition on viral entry on host cells when tested in combination with infectious supernatant. Moreover, this inhibition increased two fold when particles were exposed to caffeine before introduction on cell culture, possibly, indicating an interaction between caffeine and viral proteins. On the other hand, there is no influence of caffeine on viral ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-04Bitstream added on 2014-11-10T11:57:43Z : No. of bitstreams: 1 000791002_20160804.pdf: 831737 bytes, checksum: 6d599cf0a39dfb64c011d1df5972e520 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-08-05T12:20:23Z: 000791002_20160804.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-05T12:20:58Z : No. of bitstreams: 1 000791002.pdf: 2689653 bytes, checksum: be72cf076309570a9dea496746ea9be2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A hepatite C é a inflamação do fígado decorrente da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV), frequentemente evolui para quadros crônicos, sendo considerada mundialmente a maior causa de cirrose e carcinoma hepatocelular. O tratamento padrão com PEG-IFN e ribavirina não é efetivo contra alguns genótipos do HCV, possui alto custo e efeitos colaterais severos. Portanto, novos tratamentos vêm sendo buscados. A cafeína vem sendo associada a um efeito benéfico sobre várias doenças hepáticas incluindo a melhora da bioquímica anormal do fígado, cirrose e carcinoma hepatocelular. A cafeína atua diretamente desacelerando a progressão da fibrose, além de melhorar a função de vias celulares hepáticas, dentre elas vias utilizadas durante o ciclo replicativo do HCV. Embora a cafeína tenha demonstrado efetividade no controle de doenças hepáticas e interação direta com vias celulares utilizadas pelo HCV, não há na literatura correlação direta entre o efeito da cafeína e as etapas do ciclo replicativo do HCV. Assim, o presente estudo propôs estabelecer a relação direta entre a cafeína e sua capacidade inibitória sobre as diferentes etapas do ciclo replicativo completo do HCV. Para esse estudo foram utilizados o replicon subgenômico SGR-JFH-FEO, os replicons completos FL-J6/JFH-5′C19Rluc2AUbi e JFH-1 e a linhagem celular Huh-7.5. A expressão viral foi avaliada por ensaios de Luciferase, Western Blotting, Imunofluorescencia indireta e qPCR. A cafeína demonstrou inibição da replicação viral em todos os níveis avaliados, apresentando IC50 de 0.7263 mM e atingindo em concentrações seguras, inibição máxima da replicação de HCVcc em torno de 79 %. A cafeína demonstrou ainda inibição de 30 % sobre a entrada quando aplicada em conjunto ao sobrenadante infeccioso. Entretanto, essa inibição dobra quando há a exposição das partículas à cafeína previamente à introdução em cultura de células, ... / Hepatitis C is the liver inflammation arising from hepatitis C virus (HCV) infection, often evolves to chronic conditions and has been considered the major world cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Standard treatment using PEG-IFN and ribavirin is not effective against some HCV genotypes, besides that it has high cost and severe side-effects. Therefore, new treatments have been sought. Caffeine has been found to have beneficial effect in several liver disorders, including the improvement of abnormal liver biochemistry, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Caffeine acts directly by delaying fibrosis, beyond improving the function of liver cellular pathways and interfering with pathways used by the HCV replication cycle. Although, the caffeine showed positive effects for liver disorders and a direct interaction with cell pathways used by HCV, there is no evidence of a direct correlation between caffeine and HCV replication cycle. Thus, the current study proposed to establish the direct relationship between caffeine and different steps of HCV replication cycle. To this study, it was used the subgenomic replicon SGR-JFH-FEO, the full-length replicons FL-J6/JFH-5′C19Rluc2AUbi and JFH-1; and Huh-7.5 cell line. The viral expression was evaluated by Luciferase, Western blotting, Indirect immunofluorescence and qPCR. The caffeine demonstrated to be able to inhibit viral replication on different stages of viral replication, demonstrating an IC50 value of 0.7263 mM and reaching on safe concentrations, HCVcc maximal replication inhibition around 79 %. Caffeine demonstrated also 30 % of inhibition on viral entry on host cells when tested in combination with infectious supernatant. Moreover, this inhibition increased two fold when particles were exposed to caffeine before introduction on cell culture, possibly, indicating an interaction between caffeine and viral proteins. On the other hand, there is no influence of caffeine on viral ...

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Cintia Bittar Oliva / Coorientador: Ana Carolina Gomes Jardim / Banca: Ana Carolina Bernardes Terzian / Banca: Paola Jocelan Scarin Provazzi / Resumo: A Hepatite C, causada pelo vírus da Hepatite C (HCV), afeta cerca de 170 milhões de pessoas em todo o mundo. O HCV pertence à família Flaviviridae e gênero Hepacivirus, possuí genoma de RNA fita simples de polaridade positiva que codifica uma poliproteína posteriormente clivada por proteases virais e do hospedeiro, resultando em 10 proteínas virais. O tratamento atual, baseado na administração de Interferon e dos novos antivirais de ação direta, possuí um alto custo e a resposta virológica sustentada varia de acordo com o genótipo viral. Acridonas, um grupo de compostos extraído de fontes naturais, mostrou potencial ação antiviral contra o HCV, entretanto sua possível atividade antiviral foi pouco explorada em cultura de células. Dessa forma, esse estudo visou avaliar a influência de 14 acridonas sintéticas no ciclo replicativo do HCV. Os compostos foram triados utilizando a linhagem celular Huh 7.5 expressando estavelmente o replicon subgenômico SGR-JFH1-FEO. Células foram incubadas na presença e ausência de compostos por 72 horas. Viabilidade celular e níveis de replicação foram obtidos por ensaios de MTT e expressão de luciferase, respectivamente. A acridona Fac4 apresentou uma inibição de replicação de aproximadamente 90 % a 50 µM, com 100 % de viabilidade celular. O Fac4 foi selecionado para a realização dos experimentos seguintes. O efeito de Fac4 nas etapas de replicação e entrada viral foi avaliado em células Huh 7.5 infectadas com partículas virais de HCV JFH1 produzidas em laboratório (HCVcc). Fac4 inibiu a replicação do JFH1 em aproximadamente 70 %, enquanto que na etapa de entrada nenhum efeito foi observado. A expressão da proteína viral NS5A foi avaliada pelo ensaio de Western Blotting e não foi detectada na amostra tratada com Fac4, corroborando os resultados anteriores. Apesar desses resultados, nenhum efeito inibitório... / Abstract: Hepatitis C, caused by Hepatitis C Virus (HCV), affects about 170 million people worldwide. HCV belongs to Flaviviridae family and Hepacivirus genus, has a positive single stranded RNA genome that codifies a polyprotein, which is cleaved by host and viral proteases, resulting in 10 viral proteins. The current treatment, based on Interferon and the new Direct Acting Antivirals, has a high cost and variable response rates according to the virus genotype. Acridones, a group of compounds extracted from natural sources, showed potential antiviral actions against HCV, however their possible antiviral activity have been poorly explored in cell culture. Thus, this study aimed to evaluate the influence of a panel of 14 synthetic acridones on HCV life cycle. The compounds were screened using Huh 7.5 cell line expressing the HCV subgenomic replicon SGR-JFH1-FEO. Cells were incubated in the presence and absence of compounds for 72 hours. Cell viability and replication levels were accessed by MTT and luciferase assays, respectively. The Acridone Fac4 presented a replication inhibition of approximately 90 % at 50 µM and 100 % of cell viability and was selected for the follow-up experiments. The effect of Fac4 was evaluated in the replication and entry steps using Huh 7.5 cells infected with viral particles from JFH-1 strain produced in laboratory (HCVcc). Fac4 inhibited the replication of JFH-1 by approximately 70 %, while no effect was observed on virus entry. The expression of the viral protein NS5A was evaluated by Western Blotting assay and was undetectable in Fac4 treated sample, corroborating previous results. Despite these results, no inhibitory effect was observed against genotype 3 replication. Some acridones are known to intercalate in dsRNA molecules, which are replication intermediates, disrupting replication. We performed a dsRNA intercalation assay in order to test if this ... / Mestre

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica los genotipos circulantes del VHC en el Perú durante el periodo 2010 – 2012. Se realiza un estudio exploratorio descriptivo. Se identifican 52 muestras con serología reactiva e indeterminada a anticuerpos anti-VHC, se utiliza el kit INNOTEST® HCV Ab, y se realiza la confirmación con un inmunoblot INNO-LIATM HCV Score, ambos kits de la marca INNOGENETICS®. Sólo se procesan 44 muestras mediante varias pruebas de PCR con diferentes juegos de cebadores dirigidos a la región NS5b y Core. El secuenciamiento es realizado por el método de Sanger, se utilizan secuencias de referencia del GenBank para la limpieza, alineamiento y construcción del árbol filogenético. Las secuencias se analizan con los programas ClustalX, Sequencher v.5.4.1, BioEdit y Mega v.6. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Estudia la organización genómica y la variabilidad genética del virus del amarillamiento de la papa y del virus T de la papa mediante secuenciación del ARN de interferencia. Para ello, se utilizaron accesiones de papa y yacón de la colección del banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP). El virus del amarillamiento de la papa (PYV) presentó del 86 % al 95 % de identidad de secuencia de aminoácidos y nucleótidos con ilarvirus de Fragaria chiloensis latent virus (FCILV), respectivamente. Los análisis filogenéticos de dominios conservados de los aislamientos de PYV procedentes de Perú y Ecuador, el aislado de Smallanthus sonchifolius “yacón” y el FCILV indicaron que pertenecen al género Ilarvirus, familia Bromoviridae. Sin embargo, las diferencias en las secuencias y el rango de hospederos sugieren que los aislados pueden separarse en subgrupos o cepas. El virus T de la papa (PVT) ha sido reportado en Perú y Bolivia, también infecta ulluco, oca y mashua pero aún no se han determinado los síntomas. Los análisis filogenéticos de cepas de Perú, Chile y Bolivia respaldan la relación del PVT con la familia Betaflexiviridae pero difieren en el género. Presenta el primer reporte de la secuencia completa del genoma de PYV, a la vez brinda información molecular y filogenética para determinar el género de PVT. / Tesis

Identifica las fuentes de alimentación en mosquitos colectados en áreas endémicas de arbovirosis en el Departamento de Loreto utilizando herramientas moleculares, y evalúa la presencia de arbovirus en tales mosquitos. De enero a marzo del 2009, los mosquitos son recolectados en las provincias de Alto Amazonas y Datem del Marañón, utilizando trampas de luz CDC, cebo humano y mochilas aspiradoras. Un total de 125 mosquitos colectados con evidencia de sangre son identificados usando claves dicotómicas, homogenizados individualmente, sometidos a extracción de DNA y amplificación de PCR utilizando 3 sets de primers consenso dirigidos al gen del citocromo b de mamíferos, aves y reptiles. El rendimiento del ensayo molecular es previamente validado usando DNA extraído de sangre de vertebrados conocidos. Se obtienen amplicones de PCR en 115 (92%) mosquitos, y son secuenciados para identificar al potencial hospedero. Psorophora albigenu, Ochlerotatus. serratus y Och. fulvus tienen comportamiento de alimentación ecléctico, Culex (Melanoconiom) vomerifer y Cx. (Aedinus) amazonensis se alimentan de ratas espinosas. Cx. (Mel.) dunni y Cx. (Mel.) occosa se alimentan de un gato y un oso perezoso respectivamente. Ps. cingulata, Mansonia humeralis, Anopheles oswaldoi s.l, An. benarrochi tienen comportamientos antropofílicos. Éste es el primer estudio que identifica fuentes de alimentación en Cx. (Mel.) spp., Ps.albigenu, Och. serratus, Och. fulvus, y que soporta sus roles como vectores en el ciclo de transmisión de alfavirus en la Cuenca Amazónica del Perú. / Tesis

Resumo: A composição de quasiespécies do vírus da Hepatite C (HCV) pode ter implicações importantes com relação à persistência viral e à resposta a terapia baseada em Interferon. A região NS5A completa foi analisada para avaliar se a composição de quasiespécies do HCV 1a/1b está relacionada à resposta ao tratamento combinado de interferon peguilado (PEGIFN) e ribavirina. Seiscentos e noventa seqüências correspondentes a região não estrutural 5A (NS5A) completa foram geradas a partir de amostras coletadas antes, durante a após a administração da terapia de pacientes respondedores, não respondedores e respondedores ao final do tratamento. Este estudo apresenta evidências de que a homogeneidade da composição de quasiespécies, e a baixa complexidade e diversidade da região NS5A em amostras préterapia estão associados à resposta virológica sustentada. Portanto, a alta diversidade e complexidade de quasiespécies podem fornecer ao vírus melhores oportunidades de evadir a terapia antiviral. Análises filogenéticas não demonstraram o agrupamento das seqüências de acordo os padrões específicos de resposta ao tratamento. Contudo, o agrupamento distinto de seqüências pré e pós-terapia foi observado, sugerindo que um processo adaptativo ocorreu durante o período analisado. Adicionalmente, a dinâmica evolutiva da composição de quasiespécies demonstrou estar sob pressão seletiva purificadora ou purificadora relaxada, o que é condizente com a população de quasiespécies diversificada no pré-terapia, seguida de um aumento em freqüência de quasiespécies predominantes nas amostras pós-tratamento, provavelmente devido a conferirem alguma vantagem ao vírus. Estes resultados sugerem que a diversidade de quasiespécies da região NS5A pode ser importante para o entendimento dos mecanismos de baixa resposta virológica sustentada em pacientes com Hepatite C crônica / Abstract: The quasispecies composition of Hepatitis C virus (HCV) could have important implications with regard to viral persistence and response to interferon-based therapy. The complete NS5A was analyzed to evaluate whether the composition of NS5A quasispecies of HCV 1a/1b is related to responsiveness to combined interferon pegylated (PEG-IFN) and ribavirin therapy. Six hundred and ninety full-length NS5A sequences were generated from samples collected before, during and after treatment from virological sustained responder, non-responder and the end-of-treatment responder patients. This study provides evidence that homogeneity of quasispecies composition, low diversity and less complexity of the NS5A region pre-therapy are associated with viral clearance. Therefore, higher diversity and complexity of quasispecies could offer the virus a better opportunity of evading anti-viral therapy. Phylogenetic relationships concerning complete NS5A sequences obtained from patients did not demonstrate clustering associated with specific response patterns. However, distinctive clustering of pre/post-therapy sequences was observed, suggesting that an evolutionary process occurred during the time course examined. In addition, the evolution of quasispecies over time was subjected to purifying or relaxed purifying selection. This could explain the initial diversified composition of quasispecies at baseline, followed by an increase in the frequency of a predominant quasispecies in 'after treatment' samples of non-responders and end-of-treatment responders, probably because it offers some advantage for the virus. These results suggest that quasispecies diversity of the NS5A region could be important for elucidating the mechanism underlying treatment failure in patients infected with chronic hepatitis C / Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Isabel Maria Vicente Guedes Carvalho-Mello / Banca: Camila Malta Romano / Banca: Jonny Yokosawa / Banca: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Fátima Pereira de Souza / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:03:27Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_dr_sjrp.pdf: 1650863 bytes, checksum: 6ecdc00802358d3e90fac9c3024108d4 (MD5) / A composição de quasiespécies do vírus da Hepatite C (HCV) pode ter implicações importantes com relação à persistência viral e à resposta a terapia baseada em Interferon. A região NS5A completa foi analisada para avaliar se a composição de quasiespécies do HCV 1a/1b está relacionada à resposta ao tratamento combinado de interferon peguilado (PEGIFN) e ribavirina. Seiscentos e noventa seqüências correspondentes a região não estrutural 5A (NS5A) completa foram geradas a partir de amostras coletadas antes, durante a após a administração da terapia de pacientes respondedores, não respondedores e respondedores ao final do tratamento. Este estudo apresenta evidências de que a homogeneidade da composição de quasiespécies, e a baixa complexidade e diversidade da região NS5A em amostras préterapia estão associados à resposta virológica sustentada. Portanto, a alta diversidade e complexidade de quasiespécies podem fornecer ao vírus melhores oportunidades de evadir a terapia antiviral. Análises filogenéticas não demonstraram o agrupamento das seqüências de acordo os padrões específicos de resposta ao tratamento. Contudo, o agrupamento distinto de seqüências pré e pós-terapia foi observado, sugerindo que um processo adaptativo ocorreu durante o período analisado. Adicionalmente, a dinâmica evolutiva da composição de quasiespécies demonstrou estar sob pressão seletiva purificadora ou purificadora relaxada, o que é condizente com a população de quasiespécies diversificada no pré-terapia, seguida de um aumento em freqüência de quasiespécies predominantes nas amostras pós-tratamento, provavelmente devido a conferirem alguma vantagem ao vírus. Estes resultados sugerem que a diversidade de quasiespécies da região NS5A pode ser importante para o entendimento dos mecanismos de baixa resposta virológica sustentada em pacientes com Hepatite C crônica / The quasispecies composition of Hepatitis C virus (HCV) could have important implications with regard to viral persistence and response to interferon-based therapy. The complete NS5A was analyzed to evaluate whether the composition of NS5A quasispecies of HCV 1a/1b is related to responsiveness to combined interferon pegylated (PEG-IFN) and ribavirin therapy. Six hundred and ninety full-length NS5A sequences were generated from samples collected before, during and after treatment from virological sustained responder, non-responder and the end-of-treatment responder patients. This study provides evidence that homogeneity of quasispecies composition, low diversity and less complexity of the NS5A region pre-therapy are associated with viral clearance. Therefore, higher diversity and complexity of quasispecies could offer the virus a better opportunity of evading anti-viral therapy. Phylogenetic relationships concerning complete NS5A sequences obtained from patients did not demonstrate clustering associated with specific response patterns. However, distinctive clustering of pre/post-therapy sequences was observed, suggesting that an evolutionary process occurred during the time course examined. In addition, the evolution of quasispecies over time was subjected to purifying or relaxed purifying selection. This could explain the initial diversified composition of quasispecies at baseline, followed by an increase in the frequency of a predominant quasispecies in ‘after treatment’ samples of non-responders and end-of-treatment responders, probably because it offers some advantage for the virus. These results suggest that quasispecies diversity of the NS5A region could be important for elucidating the mechanism underlying treatment failure in patients infected with chronic hepatitis C