Dans le contexte de la transition agraire actuellement en cours en Indonésie, les paysages se transforment rapidement, généralement aux dépens de la forêt. En 2010, le district de Bungo présente une mosaïque paysagère, qui combine des vestiges de forêts à des agroforêts à hévéa et à durian, et à des plantations monospécifiques de palmier à huile et d’hévéa. Les agroforêts sont de plus en plus converties en plantations par les agriculteurs, dans l’espoir d’améliorer leurs revenus. Cette évolution repose sur l’implication de différentes catégories d’acteurs – population, gouvernements, secteur industriel – qui partagent un intérêt commun dans le développement économique du district. Cette thèse analyse en détails les dynamiques de conversion des agroforêts à hévéa en plantations monospécifiques de palmier à huile et d’hévéa. Une approche multiscalaire et transdisciplinaire a été suivie pour articuler les différentes échelles spatiales et sociales, du champ cultivé à la famille étendue, du village au district, et au contexte international. Les communautés locales souhaitent intensifier leurs pratiques agricoles, et participent volontairement et activement au développement des plantations monospécifiques, en particulier du palmier à huile. La conservation des forêts et des agroforêts dans l’intérêt général n’est pas une de leurs préoccupations, mais bien celle de la communauté internationale, représentée par des organisations non gouvernementales et des conventions internationales sur la préservation de l’environnement. / In the wider context of the agrarian transition in Indonesia, changes in landscapes are happening very quickly and generally at the expense of forested lands. In 2010, Bungo district presents a landscape mosaic, combining remnant forest patches to rubber and durian agroforests and monoculture plantations of oil palm and rubber. Agroforests are increasingly converted into monoculture plantations by farmers, in intend to enhance their income. This evolution rests on the investment of different categories of stakeholders – population, governments, industrial sector - who share a common interest in the economic development of the district. This thesis analyses in details the dynamics of rubber agroforests conversion to rubber and oil palm monoculture plantations. A multi-scale and transdiciplinary approach was used to articulate different spatial and social scales, from the cultivated plot to the extended family, from the village to the district, and to the broader international context. Local communities are willing to intensify their agricultural practices, and voluntarily participate in the development of monoculture plantations, in particular of oil palm. The conservation of forests and agroforests in not their concern, but one of the international community, represented by non governmental organizations and international conventions for the preservation of the environment.

Invasões biológicas são consideradas uma das maiores ameaças atuais à biodiversidade global. O cão doméstico é hoje o carnívoro mais abundante no mundo, e tem invadido áreas de vegetação nativa, podendo causar impactos negativos à fauna silvestre através da predação, competição e transmissão de doenças. A partir de dois extensos bancos de dados obtidos através de armadilhas fotográficas, esta dissertação pretende contribuir com o entendimento das causas e consequências da invasão por cães domésticos de remanescentes florestais e agroflorestas na Mata Atlântica. A dissertação está organizada em dois capítulos. No primeiro, usamos dados obtidos em duas paisagens rurais do Planalto Atlântico de São Paulo com diferentes proporções de florestas remanescentes, e (1) descrevemos o tipo de manejo e as características dos cães que visitam fragmentos florestais, (2) comparamos, entre estas paisagens, a frequência e horário de visitas e o tamanho de grupos de cães invasores assim como os fatores determinantes da intensidade de invasão, e (3) investigamos o impacto da intensidade de invasão sobre a distribuição de mamíferos silvestres de maior porte. No segundo capítulo, usamos dados obtidos em um mosaico agroflorestal do Sul da Bahia, e (4) verificamos se a conversão de florestas nativas em agroflorestas e a intensificação das agroflorestas favorecem a invasão por cães domésticos, e (5) se a invasão por estes animais está mais associada à presença humana nas agroflorestas do que nas florestas. Em conjunto, os resultados dessa dissertação sugerem que: (1) a intensidade da invasão por cães em paisagens antropizadas de Mata Atlântica é altíssima, tanto em termos do número de indivíduos e de visitas como em termos do número de sítios ocupados; (2) a invasão é favorecida pelo tipo de manejo dos animais, que são em grande parte criados soltos, e parece estar fortemente associada à presença do homem; (3) a intensidade de invasão afeta negativamente a distribuição de um maior número de espécies de mamíferos de maior porte do que a perda de 40% de floresta na paisagem; (4) características dos remanescentes florestais associadas à perda de habitat (quantidade e qualidade dos remanescentes) são mais importantes que a pressão de propágulo para determinar a intensidade da invasão; (5) a intensificação do manejo de agroflorestas acentua a invasão. Visto que a intensificação de agroflorestas e de outros sistemas agrícolas vem se acentuando globalmente e que, apesar da diminuição das taxas de desmatamento das florestas tropicais nos últimos anos, a maior parte das áreas remanescentes é constituída de vegetação degradada ou secundária, a quantidade de áreas susceptíveis à invasão e os danos causados por cães domésticos devem aumentar no futuro. / Biological invasions are considered one of the most important threats to global biodiversity. Domestic dogs, the most abundant carnivore in the world, are known to invade areas of native vegetation and impact wildlife through competition, predation and disease transmission. Drawing on two extensive dataset obtained through camera-trapping, this dissertation intends to contribute to the understanding of the causes and consequences of the invasion by domestic dogs of forests fragments and agroforests in the Atlantic Forest. The dissertation is organized into two chapters. In the first chapter, we use data from two rural landscapes of São Paulo Atlantic Plateau with different proportions of remaining forests, and (1) describe the management and the characteristics of dogs that visit forest fragments, (2) compare, between these landscapes, the frequency and time of visits, the size of groups of invading dogs, and the drivers of invasion intensity, and (3) investigate the impacts of invasion intensity on the distribution of native large mammals. In the second chapter, using data from an agroforestry mosaic in southern Bahia, we investigate (4) if the conversion of native forests into agroforests and agroforestry intensification favor the invasion by dogs, and (5) if invasion by these animals is more associated with human presence in agroforests than in forests. Our findings highlight that: (1) the intensity of the invasion by dogs in human-modified landscapes in the Atlantic Forest is extremely high, both in terms of the number of individuals and of visits and in terms of the number of occupied sites; (2) invasion is favored by the type of management, with dogs kept free, and seems to be strongly associated with the presence of humans; (3) invasion intensity negatively affects the distribution of a larger number of large mammals than the loss of 40% of forest in the landscape; (4) characteristics of forest fragments associated with habitat loss (quantity and quality of remnants) are more important than propagule pressure to determine the intensity of invasion; (5) management intensification in agroforests intensifies invasion. As intensification of agroforestry and other agricultural systems has increased globally and, despite the decrease in the rates of deforestation in recent years, most tropical forest remnants consist of degraded or secondary vegetation, the amount of areas susceptible to invasion and the damages caused by domestic dogs should increase in the future.

Invasões biológicas são consideradas uma das maiores ameaças atuais à biodiversidade global. O cão doméstico é hoje o carnívoro mais abundante no mundo, e tem invadido áreas de vegetação nativa, podendo causar impactos negativos à fauna silvestre através da predação, competição e transmissão de doenças. A partir de dois extensos bancos de dados obtidos através de armadilhas fotográficas, esta dissertação pretende contribuir com o entendimento das causas e consequências da invasão por cães domésticos de remanescentes florestais e agroflorestas na Mata Atlântica. A dissertação está organizada em dois capítulos. No primeiro, usamos dados obtidos em duas paisagens rurais do Planalto Atlântico de São Paulo com diferentes proporções de florestas remanescentes, e (1) descrevemos o tipo de manejo e as características dos cães que visitam fragmentos florestais, (2) comparamos, entre estas paisagens, a frequência e horário de visitas e o tamanho de grupos de cães invasores assim como os fatores determinantes da intensidade de invasão, e (3) investigamos o impacto da intensidade de invasão sobre a distribuição de mamíferos silvestres de maior porte. No segundo capítulo, usamos dados obtidos em um mosaico agroflorestal do Sul da Bahia, e (4) verificamos se a conversão de florestas nativas em agroflorestas e a intensificação das agroflorestas favorecem a invasão por cães domésticos, e (5) se a invasão por estes animais está mais associada à presença humana nas agroflorestas do que nas florestas. Em conjunto, os resultados dessa dissertação sugerem que: (1) a intensidade da invasão por cães em paisagens antropizadas de Mata Atlântica é altíssima, tanto em termos do número de indivíduos e de visitas como em termos do número de sítios ocupados; (2) a invasão é favorecida pelo tipo de manejo dos animais, que são em grande parte criados soltos, e parece estar fortemente associada à presença do homem; (3) a intensidade de invasão afeta negativamente a distribuição de um maior número de espécies de mamíferos de maior porte do que a perda de 40% de floresta na paisagem; (4) características dos remanescentes florestais associadas à perda de habitat (quantidade e qualidade dos remanescentes) são mais importantes que a pressão de propágulo para determinar a intensidade da invasão; (5) a intensificação do manejo de agroflorestas acentua a invasão. Visto que a intensificação de agroflorestas e de outros sistemas agrícolas vem se acentuando globalmente e que, apesar da diminuição das taxas de desmatamento das florestas tropicais nos últimos anos, a maior parte das áreas remanescentes é constituída de vegetação degradada ou secundária, a quantidade de áreas susceptíveis à invasão e os danos causados por cães domésticos devem aumentar no futuro. / Biological invasions are considered one of the most important threats to global biodiversity. Domestic dogs, the most abundant carnivore in the world, are known to invade areas of native vegetation and impact wildlife through competition, predation and disease transmission. Drawing on two extensive dataset obtained through camera-trapping, this dissertation intends to contribute to the understanding of the causes and consequences of the invasion by domestic dogs of forests fragments and agroforests in the Atlantic Forest. The dissertation is organized into two chapters. In the first chapter, we use data from two rural landscapes of São Paulo Atlantic Plateau with different proportions of remaining forests, and (1) describe the management and the characteristics of dogs that visit forest fragments, (2) compare, between these landscapes, the frequency and time of visits, the size of groups of invading dogs, and the drivers of invasion intensity, and (3) investigate the impacts of invasion intensity on the distribution of native large mammals. In the second chapter, using data from an agroforestry mosaic in southern Bahia, we investigate (4) if the conversion of native forests into agroforests and agroforestry intensification favor the invasion by dogs, and (5) if invasion by these animals is more associated with human presence in agroforests than in forests. Our findings highlight that: (1) the intensity of the invasion by dogs in human-modified landscapes in the Atlantic Forest is extremely high, both in terms of the number of individuals and of visits and in terms of the number of occupied sites; (2) invasion is favored by the type of management, with dogs kept free, and seems to be strongly associated with the presence of humans; (3) invasion intensity negatively affects the distribution of a larger number of large mammals than the loss of 40% of forest in the landscape; (4) characteristics of forest fragments associated with habitat loss (quantity and quality of remnants) are more important than propagule pressure to determine the intensity of invasion; (5) management intensification in agroforests intensifies invasion. As intensification of agroforestry and other agricultural systems has increased globally and, despite the decrease in the rates of deforestation in recent years, most tropical forest remnants consist of degraded or secondary vegetation, the amount of areas susceptible to invasion and the damages caused by domestic dogs should increase in the future.