L’Arctique s’est réchauffé rapidement et il y a urgence d’anticiper les effets que cela pourrait avoir sur les protistes à la base de la chaîne alimentaire. Le phytoplancton de l’Océan Arctique inclut les pico- et nano-eucaryotes (0.45-10 μm diamètre de la cellule) et plusieurs de ceux-ci sont des écotypes retrouvés seulement dans l’Arctique alors que d’autres sont introduits des océans plus méridionaux. Alors que les océans tempérés pénètrent dans l’Arctique, il devient pertinent de savoir si ces communautés microbiennes pourraient être modifiées. L’archipel du Svalbard est une région idéale pour observer la biogéographie des communautés microbiennes sous l’influence de processus polaires et tempérés. Bien qu’ils soient géographiquement proches, les régions côtières entourant le Svalbard sont sujettes à des intrusions alternantes de masses d’eau de l’Arctique et de l’Atlantique en plus des conditions locales. Huit sites ont été échantillonnés en juillet 2013 pour identifier les protistes selon un gradient de profondeur et de masses d’eau autour de l’archipel. En plus des variables océanographiques standards, l’eau a été échantillonnée pour synthétiser des banques d’amplicons ciblant le 18S SSU ARNr et son gène pour ensuite être séquencées à haut débit. Cinq des sites d’étude avaient de faibles concentrations de chlorophylle avec des compositions de communauté post-efflorescence dominée par les dinoflagellés, ciliés, des alvéolés parasites putatifs, chlorophycées et prymnesiophytées. L’intrusion des masses d’eau et les conditions environnementales locales étaient corrélées avec la structure des communautés ; l’origine de la masse d’eau contribuant le plus à la distance phylogénétique des communautés microbiennes. Au sein de trois fjords, de fortes concentrations de chlorophylle sous-entendaient des activités d’efflorescence. Un fjord était dominé par Phaeocystis, un deuxième par un clade arctique identifié comme un Pelagophyceae et un troisième par un assemblage mixte. En général, un signal fort d’écotypes liés à l’Arctique prédominait autour du Svalbard. / The Arctic is warming rapidly and there is an urgent need to anticipate the effect this will have on the microbial eukaryotes at the base of the food chain. Arctic Ocean phytoplankton include pico- and nano-eukaryotes (0.45-10 μm cell size), many of these are unique ecotypes found only in the Arctic, but others are advected in from lower latitude oceans. As temperate oceans waters penetrate further into the Arctic, knowledge of whether microbial communities could be displaced is needed. Svalbard is an ideal region to address questions on microbial communities under the influence of polar and temperate processes. Although geographically close, the fjords and offshore regions surrounding Svalbard are subjected to alternate intrusions of Atlantic and Arctic waters in addition to local conditions. Eight sites were surveyed in July 2013 with the aim of identifying microbial eukaryotes at a range of depths and water masses around Svalbard. In addition to standard oceanographic variables, seawater was collected for targeted amplicon libraries based on the 18S SSU rRNA gene and rRNA using high throughput amplicon sequencing. Five of the sites had low chlorophyll concentrations with typical post bloom summer communities; dinoflagellates, ciliates, putative alveolate parasites, chlorophytes and prymnesiophytes. Intrusive water masses and local environmental conditions correlated to community structure, with the origin of the water mass contributing most to the phylogenetic distance of the microbial communities. In three of the fjords, chlorophyll concentrations were high, consistent with a bloom. One fjord was dominated by Phaeocystis, a second by a putative Arctic clade of Pelagophyceae, and the third by mixed species. Overall, a strong signal of Arctic ecotypes prevailed around Svalbard.