Die Stanzbiopsie ist ein etabliertes minimalinvasives Verfahren im Rahmen der interventionellen Diagnostik, bei der Proben menschlichen Gewebes für histologische Untersuchungen zur Erkennung bzw. zum Nachweis u. a. karzinogener Gewebe entnommen werden. Zur Gewebeentnahme wird ein zweiteilig aufgebautes Nadelsystem in das Zielgewebe eingeschossen. Bei der Beobachtung dieses Prozesses sind auffällige Nadelablenkungen des Systems erkennbar. Ursächlich dafür sind die an der Nadelspitze unsymmetrisch angreifenden Kräfte in Verbindung mit der geringen Biegesteifigkeit des Nadelsystems. Im Rahmen eines öffentlich geförderten Projektes konnten an realitätsnahen Gewebephantomen experimentelle Untersuchungen zur Quantifizierung der Nadelablenkungen durchgeführt sowie ein mathematischer Ansatz zur Simulation dieses Effekts entwickelt werden. Darauf aufbauend wurde ein neuer Nadelschliff entwickelt, der eine wesentliche Verbesserung des aktuellen Status bringt. / Biopsy is an established method of the minimally invasive medicine to take human tissue samples for examination determining the presence or extent of a disease. Frequently applied method to detect a prostate or breast cancer is the punch biopsy. The components of the used devices include an inner needle with a notch sampling the tissue and an outer cannula to cut the tissue. During the biopsy, the doctor inserts the needle system into the human tissue under supervision by sonography to support the needle steering. After pushing the trigger, the components of the needle system move successively and penetrate the desired area. The device consists of a two-part spring mechanism to generate the needle movement. Observations of the needle movement by a highspeed camera shows a considerable deflection of the needle tip which makes tapping and tissue sampling more difficult. This is caused by unbalanced forces acting on the needle tip and the low bending stiffness of the needle. Publicly financed experimental studies in the quantification of the needle deflection were undertaken and a mathematical approach for the simulation of these effects was developed. The model, which consists of a flexible needle and a parameterized tissue model, is implemented in the multibody simulation software Recurdyn.

Exercise training promotes a beneficial endothelial cell (EC) phenotype and results in conduit vessel adaptation. The specific underlying mechanisms have been proposed (shear stress, circumferential stress, hypoxia, metabolic) but are yet to be fully elucidated. This thesis investigated the predominant stimuli responsible for conduit vessel adaptation with training. Further, it developed a method of in situ EC extraction to allow for determination of the cellular and molecular mechanisms underpinning these adaptations. The methodology utilised two-dimensional (2D) Doppler ultrasound, strain gauge plethysmography, immunocytochemistry and RT-qPCR to provide insight in to vascular characteristics, predominantly of the brachial artery and peripheral EC. Long-term repeated isometric forearm muscle contractions as performed by well-trained rock climbers promoted greater resting, peak (in response to 5 min ischaemia) and maximal (in response to ischaemic exercise) brachial artery diameters compared with controls. This structural response is dependent upon confounders associated with exercise additional to shear stress as evidenced by the lack of brachial artery remodelling in response to 8 weeks of ischaemic preconditioning (IPC). A transient increase in flow-mediated dilation (FMD)% was observed following 6 weeks exposure to IPC, which became significant when controlled for baseline artery diameter, despite an absence of augmentation following long-term (≥ 8 weeks) exposure to a shear stimulus. This is in line with the suggested timeline of conduit vessel adaptation to exercise training of a transient increase in function at 2-4 weeks. Underpinning molecular mechanisms responsible were not determined but may be further investigated given that the endovascular biopsy technique was developed and improved in this thesis. The endovascular biopsy successfully yields approximately 2100 ± 1700 EC per sample, providing sufficient material for determination of expression of both mRNA (RT-qPCR) and protein (immunocytochemistry). Specifically, type 2 diabetics (T2DM) with symptomatic cardiac abnormalities exhibited augmented eNOS mRNA and protein in brachial artery EC as compared with non-diabetic controls with symptomatic cardiac abnormalities. In conclusion, this thesis demonstrates that although shear stress promotes a transient trend for enhancement in function of the peripheral conduit arteries, additional factors are required for long-term structural adaptations. Further, the endovascular biopsy technique offers a novel method of extracting and analysing EC for genes and proteins of interest to vascular health. The use of this technique to decipher the underlying cellular and molecular mechanisms involved in vascular adaptations with exercise requires further investigation.

Orientador: Julio Lopes Sequeira / Banca: Lousiane de Carvalho Nunes / Banca: Noeme Sousa Rocha / Resumo: A biópsia uterina é uma ferramenta valiosa utilizada na avaliação da fertilidade da égua. 0 objetivo deste trabalho foi estudar a relação entre a presença de miofibroblastos, a expressão da MMP-2 e a intensidade do processo fibrótico nas endometrites crônicas das éguas. Foram utilizadas 60 biópsias uterinas de éguas provenientes da rotina do Hospital Veterinário da FMVZ - UNESP, Campus de Botucatu. Biópsias endometriais classificadas histologicamente de acordo com Kenney e Doig (1986) e segundo as definições de Ricketts e Alonso (1991) para endometrite cronica infiltrativa e endometrose. A avaliação dos graus de fibrose endometrial foi feita par meio dos métodos histoquímicos Tricrômico de Masson e Picrosirius Red. A expressão da MMP-2 assim como a expressão de actina de músculo liso α dos miofibroblastos foi avaliada utilizando-se tecnica imunoistoquímica. A quantidade de colágeno na fibrose endometrial foi maior nas regiões periglandulares, perivasculares e no estrato esponjoso, predominando o colágeno do tipo I. Tanto no endométrio hígido como nas endometrites crônicas foi observada imuno-reatividade para as enzimas estudadas. A α-SMA e a MMP-2 estão envolvidas nos processos fibróticos endometriais das éguas uma vez que estas enzimas aumentam em expressão e intensidade de reação conforme o grau de endometrite. / Abstract: Uterine biopsy is a valuable tool for evaluation of mare's fertility. The aim of this work was to study the relation between the presence of myofibroblasts, the expression of MMP-2 and the intensity of fibrotic process in chronic endometritis in mares. Sixty mare's uterine biopsies from the Veterinary Hospital routine of FMVZ-UNESP, Campus of Botucatu, were used. Biopsies of chronic endometrites were classified according to Kenney and Doig (1986) and definitions Ricketts & Alonso (1991) for chronic infiltrative endometrites and endometrosis. Evaluations of endometrial fibrotic levels were done by histochemical methods. Masson and Picrosirius Red Tricromio. The expression of MMP-2 as the expression of myofibroblasts straight α- smooth muscle actin was evaluated using immunohistochemical techniques. The collagen concentration in fibrotic endometrium was higher at periglandular, perivascular and stratum spongiosum regions with collagen type I predominance. Imnunoreactivity of α-SMA and MMP-2 was detected in healthy endometrium as in severe chronic endometritis. The a- SMA and MMP-2 showed variation in expression and reaction was more intense in the normal and chronic affected endometrium and may plays a hole in the endometrial fibrotic process. / Mestre

The relatively low cost of Next-Generation Sequencing (NGS) has enabled researchers to generate large amounts of sequencing data in order to identify disease-causing mutations and to assemble simple genomes. However, NGS has inherent limitations due to the short DNA read lengths and high error rate associated with the technique. The short read lengths of NGS prevent the assembly of genomes with long stretches of repetitive DNA, and the high error rate prevents the accurate detection of rare mutations in heterogeneous populations such as tumors and microbiomes. I have co-developed new NGS methods to overcome these challenges. In order to increase the effective read length of NGS reads, local de novo assembly of short reads into long contigs can be achieved through the use of Paired-End Restriction-site Associated DNA Sequencing (RAD-PE-Seq). With the RAD-PE method, I sequenced a stickleback fosmid and generated contigs with an N50 length of 480 nucleotides. In order to eliminate false-positive mutations caused by the high error rate of NGS, the Paired-End Low Error Sequencing (PELE-Seq) method was developed, which uses numerous quality control measures during the sequencing library preparation and data analysis steps in order to effectively eliminate sequencing errors. Control testing of the PELE-Seq demonstrates that the method completely eliminates false-positive mutations at sequencing read depths below 20,000X coverage, compared to a ~20% false-positive rate obtained with previous methods. The high accuracy of the PELE-Seq method allows for the detection of ultra-rare mutations in a genome, which was previously impossible with NGS. This dissertation includes previously published and unpublished co-authored material.

Introdução: Biopsia de próstata com único fragmento comprometido geralmente associa-se a um câncer de próstata (CaP) pequeno e de baixo risco. O objetivo é avaliar e comparar os achados patológicos dos pacientes com único versus múltiplos fragmentos comprometidos à biopsia que foram submetidos a prostatectomia radical (PR) e correlacioná-los com CaP de baixo risco. Material e Métodos: Foram avaliados 249 pacientes com único fragmento comprometido à biopsia (grupo 1) e 250 pacientes com múltiplos fragmentos (grupo 2) que foram submetidos a PR. Os grupos foram pareados de acordo com idade, peso da próstata, níveis de antígeno prostático específico (PSA) e estadio clínico. Foram avaliadas a concordância do escore de Gleason (EG), margem cirúrgica positiva (MCP), extensão extraprostática (EEP) e invasão de vesículas seminais (IVS). Também foram avaliadas a influência do número de fragmentos biopsiados e do peso prostático. Resultados: EG da biopsia foi idêntico ao EG pós-PR em 55% no grupo 1 e 45% no grupo 2 (p = 0,028). Biopsias com 12 ou mais fragmentos mostraram maior concordância em ambos os grupos quando comparadas aos com menos de 12 fragmentos (p = 0,01 no grupo 1). Subgraduação foi a discrepância mais comum no EG (35% no grupo 1 e 50% no grupo 2), com uma proporção maior no grupo 1 quando menos de 12 fragmentos foram biopsiados (p = 0,007). O grupo 1 apresentou menores taxas de MCP (20,9% vs 37,6%, p < 0,001), de EEP (10% vs 26%, p < 0,001) e IVS (6% vs 13,2%, p = 0,006). As taxas de MCP, EEP e IVS aumentaram com o aumento de EG em ambos os grupos. No grupo 1, biopsias com menos de 12 fragmentos obtiveram maiores taxas de MCP em relação as com 12 ou mais fragmentos (37% vs. 16%, p < 0,001), e esta diferença não ocorreu no grupo 2 (p = 0,69). No grupo 1, pacientes com EG >= 8 tiveram 3,5 vezes mais chance de estar associado com MCP quando comparados àqueles com EG <= 6 (p = 0,03). No grupo 1, EEP e IVS não tiveram diferenças de acordo com o EG (p = 0,273 e p = 0,95, respectivamente). Entretanto, o grupo 2 teve maior proporção de EEP com EG=7 quando comparado ao EG <= 6 (OR = 3,1, p < 0,001) e maior proporção de IVS no EG=7 quando comparado ao EG <= 6 (OR = 3,1, p < 0,004). No grupo 1, 67,3% dos tumores não palpáveis tornaram-se tumores de maior risco (pT2c-pT3). Analisando apenas tumores não palpáveis no grupo 1 com EG <= 6 à biopsia (156 pacientes), notamos que 106 (67,9% de cT1) progrediram para pT2c-pT3. Conclusão: Pacientes com CaP com um fragmento comprometido à biopsia, embora apresentem achados patológicos favoráveis em relação ao grupo com múltiplos fragmentos positivos, ainda têm taxas consideráveis de supergraduação do EG, pT2c-pT3, MCP, EEP e IVS. Estes achados são mais evidentes em biopsias com alto EG e menos de 12 fragmentos. Os resultados sugerem que pacientes com único fragmento comprometido à biopsia não devam, categoricamente, serem classificados sempre como portadores de CaP de baixo risco / Introduction: Single positive core at prostate biopsy is usually associated with small and low risk prostate cancer (PCa). The aim is to evaluate and compare the pathological findings in single versus multiple positive cores patients who underwent radical prostatectomy (RP) and correlates them with low risk PCa. Material and Methods: We evaluated 249 single core patients (Group 1) and 250 with multiple cores (Group 2) who underwent RP. The groups were matched according to age, prostate weight, PSA and clinical stage. We evaluated the Gleason score (GS) concordance, positive surgical margin (PSM), extraprostatic extension (EPE) and seminal vesicle invasion (SVI) between the groups. We also evaluated the influence of the number of fragments sampled and the prostate weight. Results: GS biopsy was identical to RP GS in 55% in group 1 and 45% in group 2 (p = 0,028). Biopsies with 12 or more cores showed higher concordance in both groups than less than 12 cores (p = 0,01 in group 1). Undergrading was the most common GS discrepancy (35% in group 1 and 50% in group 2), with a higher proportion in group 1 when less than 12 fragments were sampled (p = 0,007). Group 1 had lower PSM rate (20,9% vs 37,6%, p < 0,001), less EPE (10% vs 26%, p < 0,001) and SVI (6% vs 13,2%, p = 0,006). PSM, EPE and SVI rates increased with increasing GS in both groups. In group 1, biopsies with less than 12 cores have higher PSM rates than 12 or more cores (37% vs 16%, p < 0,001), and we found no difference in group 2 (p = 0,69). In group 1, a patient with GS >= 8 was 3,5 times more likely associated with PSM than GS <= 6 (p = 0,03). In Group 1, EPE and SVI did not have any difference according the GS (p = 0,273 and p = 0,95, respectively). However, group 2 have higher rate of EPE in GS 7 than among GS <= 6 (OR = 3,1, p < 0,001) and higher rate of SVI in GS 7 than among GS <= 6 (OR = 3,1, p < 0,004). In group 1, a total of 67,3% with nonpalpable tumors became greater risk tumors (pT2c-pT3). Analyzing only nonpalpable tumors in group 1 with a GS <= 6 at biopsy (156 patients), we noted that 106 (67,9% of cT1) progressed to pT2c-pT3. Conclusion: Single core PCa, although they have favorable pathological features than the multiple positive cores PCa, still have considerable rates of overgraduated GS, pT2c-pT3, PSM, EPE and SVI. These findings are even more evident in biopsies with high GS and less than 12 fragments. The results suggest that single core patients should not categorically be classified always as having a low risk PCa

INTRODUÇÃO: O diagnóstico do câncer de próstata em pacientes com níveis séricos do antígeno prostático específico persistentemente elevados após biópsia prostática negativa representa um grande desafio para urologistas e patologistas. A baixa especificidade do antígeno prostático específico e a baixa sensibilidade da biópsia prostática guiada por ultra-som são os maiores obstáculos observados na prática clínica. Apesar do uso de diversos métodos para prever a presença de câncer na glândula, nenhum deles tem precisão absoluta, obrigando os pacientes a realizar novas biópsias. Neste contexto, a descoberta de novos marcadores diagnósticos para o câncer da próstata tornase necessária. OBJETIVO: Avaliar o valor diagnóstico da expressão de seis genes no tecido prostático de pacientes com câncer de próstata clinicamente localizado. MÉTODOS: O estudo consistiu na análise de 50 pacientes com diagnóstico de câncer da próstata, submetidos à prostatectomia radical por doença localizada. A seleção dos genes foi baseada em um estudo prévio que utilizou a tecnologia de microarray (Agilent Technologies 44k whole human genome, two-color) em pacientes com câncer de próstata, divididos de acordo com as características clínico-patológicas. Entre os 4.147 genes com expressão diferenciada entre os casos de câncer de próstata, seis genes (PSMA, TMEFF2, GREB1, TH1L, IgH3 e PGC) foram selecionados. Estes genes foram então testados quanto a seu valor diagnóstico no câncer da próstata através da técnica de reação em cadeia da polimerase quantitativa com transcriptase reversa. Na primeira etapa do estudo, amostras de tecido maligno de 33 pacientes com câncer de próstata foram avaliadas. O grupo controle foi composto de nove pacientes com hiperplasia benigna da próstata. Na segunda etapa do estudo foram analisadas amostras de tecido benigno dos demais 17 pacientes com câncer da próstata. O mesmo grupo controle foi utilizado para comparação. RESULTADOS: A análise demonstrou que o PSMA estava super-expresso (em média nove vezes) e o PGC sub-expresso (em média de 1,3 x 10-4 vezes) no tecido neoplásico de todos os casos de câncer quando comparados com os casos de hiperplasia benigna. Os demais genes demonstraram um padrão de expressão variado, não permitindo a diferenciação entre os tecidos malignos e benignos. Quando estes resultados foram testados no tecido prostático benigno dos pacientes com câncer, o PGC manteve o mesmo padrão de expressão em todos os casos e o PSMA, apresentou-se super-expresso em 88% dos pacientes (média de 12 vezes), em relação aos casos de hiperplasia benigna. CONCLUSÃO: A combinação da super-expressão do PSMA e sub-expressão do PGC no tecido prostático pode representar uma evidência objetiva de presença de Cap. Análises clínicas prospectivas adicionais são necessárias para confirmar estes resultados / Introduction and objective: Prostate cancer (PCa) diagnosis in men with persistently increased PSA after a negative initial prostate biopsy has become a great challenge for urologists and pathologists. Despite the use of several methods to increase the sensitivity of prostate biopsy, the false-negative rates remain substantial, leading many patients to undergo repeated procedures. We analyzed the diagnostic value of six genes in the prostatic tissue of patients with clinically localized PCa, in order to predict the presence of cancer. Methods: The study was comprised by 50 patients with clinically localized PCa who underwent radical prostatectomy. Gene selection was based on a microarray analysis of patients with PCa. Among the 4,147 genes with different expressions between two groups, six genes (PSMA, TMEFF2, GREB1, TH1L, IgH3 and PGC) were selected. These genes were tested for its cancer diagnostic role using the quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) method. In the first part of the study, malignant tissue samples from 33 patients were analyzed, and in the second part we analyzed benign tissue samples of the other 17 patients with PCa. The control group was comprised of prostatic tissue samples of patients with benign prostatic hyperplasia (BPH). Results: The analysis of malignant prostatic tissue by qRTPCR showed that PSMA was over-expressed (mean nine times) and PGC was under-expressed (mean 1.3 x 10-4 times) in all cases when compared to BPH. The other four tested genes showed a variable expression pattern not allowing a differentiation between benign and malignant cases. When we tested these results in the benign prostate tissues from patients with PCa, PGC maintained the expression pattern, and PSMA, despite over-expression in most cases (mean 12 times), two cases (12%) presented under-expression. Conclusions: PGC under-expression and PSMA over-expression in the tissue may represent an objective evidence of prostate cancer and constitute a powerful adjunctive method in patients with negative prostate biopsy. Further prospective clinical analyses are necessary to confirm theses results

O objetivo do trabalho foi avaliar a técnica de biópsia retal em equinos e as alterações histopatológicas encontradas na mucosa retal em animais clinicamente saudáveis e em animais com alterações do trato gastrintestinal. Foram utilizados 32 equinos divididos em três grupos: 10 animais clinicamente saudáveis (grupo 1), sete animais com alterações do trato gastrintestinal com diagnóstico estabelecido (grupo 2) e 15 animais com manifestações clínicas inespecíficas do trato gastrintestinal (grupo 3). Os equinos do grupo 1 foram biopsiados duas vezes, a segunda biópsia sendo realizada 48 horas após a primeira. As biópsias retais foram realizadas com os animais em estação, utilizando-se pinça de biópsia tipo jacaré. As amostras de mucosa retal foram coradas por hematoxilina-eosina (HE), azul de alciano com ácido periódico de Schiff a 2,5% e azul de toluidina. No grupo 1, não foram observadas diferenças significativas entre a primeira e a segunda biópsia, mas três equinos apresentaram pequenas alterações que podem ser decorrentes da palpação retal. Na primeira avaliação, sete animais desse grupo apresentaram padrão semelhante, permitindo estabelecer um padrão de normalidade histológica para a mucosa retal: epitélio superficial preservado; criptas uniformes e alinhadas perpendicularmente à superfície com grande número de células caliciformes com mucinas ácidas em maior quantidade; linfócitos intra-epiteliais na superfície do epitélio em número de até 15 linfócitos para cada 100 colonócitos; pequeno número de linfócitos, plasmócitos e eosinófilos infiltrando a lâmina própria e a submucosa. Os outros três equinos deste grupo apresentaram um aumento na intensidade das células inflamatórias (discreto a moderado na intensidade de linfócitos e plasmócitos na lâmina própria e submucosa, e moderado na intensidade dos eosinófilos na submucosa). Os equinos do grupo 2, todos com síndrome cólica, apresentaram as seguintes alterações histopatológicas: proctite linfoplasmocítica simples (4/7) e proctite eosinofílica (1/7). No grupo 3 (12 equinos com diarreia crônica e três com emagrecimento progressivo), apenas um animal apresentou mucosa retal com padrão de normalidade. Nos outros animais foram observadas: proctite linfoplasmocítica simples (6/15), proctite erosiva (3/15), proctite linfoplasmocítica com aumento de neutrófilos (2/15), proctite eosinofílica (2/15), proctite linfoplasmocítica com aumento de neutrófilos e eosinófilos (1/15) e infiltração por linfócitos atípicos/linfoma (1/15). Concluiu-se que: a técnica de biópsia retal avaliada é de fácil execução e segura; embora algumas alterações histológicas possam ser observadas na mucosa retal de equinos clinicamente saudáveis, causadas ou não por palpação retal, há um padrão de normalidade que deve ser usado para a avaliação de equinos com alterações gastrintestinais; apenas em alguns casos as alterações histológicas encontradas na mucosa retal em equinos permitem um diagnóstico definitivo, mas elas podem direcionar o raciocínio diagnóstico em outros, sendo este um importante exame complementar a ser indicado em casos de equinos com alterações gastrintestinais inespecíficas. / The purpose of this study was to asses the rectal biopsy techique in horses and the histopathological changes found in the rectal mucosa in clinically healthy animals and in animals with clinical signs of intestinal disorders. 32 horses were divided into three groups: 10 animals clinically healthy (group 1), seven animals with gastrointestinal disorders with an established diagnosis (group 2) and 15 animals with nonspecific clinical manifestations of the gastrointestinal tract (group 3). The horses in group 1 had two biopsies, the second biopsy was performed 48 hours after the first. Rectal biopsies were performed on the animals station, using alligator biopsy forceps. The samples of rectal mucosa were stained with hematoxylin end eosin (HE), alcian blue PAS pH 2.5% and toluidine blue. In group 1, no significant differences between the first and second biopsy were observed, but three horses showed small changes that may result from rectal palpation. In the first evaluation, seven animals of this group showed a similar pattern, establishing a standard of normality for histological rectal mucosa: Surface epithelial preserved; crypts of uniform length, diameter and perpendicular arrangement to the surface with acid mucins strongly dominated over neutral mucins in the goblet cell population; intraepithelial lymphocytes in the surface of the epithelium with sparse population of approximately 15 cells per stretch of 100 epithelial cells; sparse individual lymphocytes, plasma cells and eosinophils infiltrating the lamina propria and submucosa. The other three horses in this group had an increase in the intensity of inflammatory cells (mild to moderate in intensity of lymphocytes and plasma cells in the lamina propria and submucosa, and moderate intensity of eosinophils in the submucosa). The horses in group 2, all with colic syndrome, showed the following pathological changes: simple lymphocyticplasmacytic proctitis (4/7) and eosinophilic proctitis (1/7). In group 3 (12 horses with chronic diarrhea and three with progressive weight loss), only one animal showed rectal mucosa with normal histology. It was observed in the other animals: simple lymphocytic-plasmacytic proctitis (6/15), erosive proctitis (3/15), lymphocyticplasmacytic proctitis with increased neutrophils (2/15), eosinophilic proctitis (2/15), lymphocytic-plasmacytic proctitis with increased neutrophils and eosinophils (1/15) and atypical lymphocytes infiltration/lymphoma (1/15). It was concluded that: the rectal biopsy technique evaluated is effective and safe; although some histological changes can be observed in the rectal mucosa of clinically healthy horses, whether or not caused by rectal palpation, there is a normal range that should be used to the evaluation of horses with gastrointestinal disorders; only in some cases the histological changes found in the rectal mucosa in horses allow a definitive diagnosis, but they can lead to a diagnostic logic in others, which is an important complementary test to be indicated in cases of horses with nonspecific gastrointestinal disturbances.

Apesar do grande desenvolvimento das biotecnologias da reprodução animal, como a produção in vitro de embriões (PIV), o diagnóstico genético pré-implantacional (PGD) ainda é aplicado com restrição na rotina da transferência de embriões em animais. Os recentes avanços da genômica têm permitido associar características fenotípicas com informações moleculares, possibilitando a realização da seleção assistida por marcadores moleculares. O objetivo do presente estudo foi de realizar o PGD de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP (BeadChip/6.909 SNP). A pequena quantidade de DNA genômico (gDNA) obtida na biópsia embrionária é a principal limitação para a análise de grande número de SNP. Dessa forma, a metodologia de amplificação total do genoma (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemanha) foi utilizada para aumentar a quantidade de gDNA da biópsia e permitir a análise de milhares de SNP simultaneamente. Foram utilizados 88 embriões bovinos PIV, submetidos à micromanipulação pela técnica de microaspiração, possibilitando a formação de 3 grupos com diferentes números de células biopsiadas: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) >100 - blastocisto eclodido (n=23). Todas as amostras foram submetidas ao mesmo protocolo de WGA e 4&micro;L de cada amostra foram utilizados para a genotipagem em plataforma iScan/Illumina. A qualidade dos genótipos foi avaliada pela análise do Call Rate (CR), 10o percentil do GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) e Alelle Drop Out (ADO). O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para investigar diferenças na distribuição das variáveis entre os grupos. O coeficiente de correlação de postos de Spearman revelou correlação significativa entre todas as variáveis. Os resultados apresentaram correlação positiva entre o CR e GC10 (0,99/P<0,001), enquanto as taxas de ADI e ADO apresentaram correlação negativa com o CR e CG10 (ADI/CR: - 0,87; ADI/GC10:-0,88; ADO/CR:-0,87; ADO/GC10:-0,86), com P<0,001 para todas as variáveis. O teste de Kruskal-Wallis apontou para diferença significativa em todas as variáveis analisadas (CR, GC10, ADI e ADO) entre os 3 grupos de biópsias (G1, G2 e G3). O CR médio foi de 59,26%, 78,47% e 95,97%, para G1, G2 e G3, respectivamente. Foi desenvolvido programa computacional (mendelFix) baseado na Lei da Segregação, para inferência dos genótipos não determinados baseado no genótipo do progenitores, aumentando o CR dos grupos 1, 2 e 3 para 79,69%, 88,20% e 97,28%, respectivamente. Os resultados do presente estudo permitem concluir que é possível realizar a genotipagem de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP com amostras submetidas ao protocolo WGA/MDA, mas o número de células obtidas na biópsia embrionária afeta a qualidade da genotipagem. A associação das biotecnologias descritas no presente trabalho permite a aplicação da seleção assistida por marcadores moleculares em embriões bovinos, contribuindo para acelerar ainda mais o processo de melhoramento genético animal. / Despite the great development of animal reproduction biotechnology, such as embryo in vitro production (IVP), preimplantation genetic diagnosis (PGD) is still applied with restraint in animals embryo transfer. Recent advances in genomics have associated phenotypic characteristics with molecular information, allowing the development of marker assisted selection. The aim of this study was to perform PGD in bovine embryos using high-throughput SNP platform (BeadChip/6,909 SNP). The small amount of genomic DNA (gDNA) obtained from embryo biopsy is the main limitation for the high-density SNP analysis. Thus, the Whole Genome Amplification (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Germany) was used to increase the amount of gDNA from embryo biopsy and allow the analysis of thousands SNP simultaneously. Eighty-eight IVP bovine embryos were subjected to micromanipulation by microaspiration, allowing the formation of three groups with different numbers of biopsied cells: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) > 100 - hatched blastocyst (n = 23). All samples were subjected to the same WGA protocol, and 4&micro;L of each sample were used for genotyping on iScan/Illumina platform. The genotyping quality was assessed using the Call Rate (CR), 10th percentile GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) and Alelle Drop Out (ADO). Kruskal-Wallis test was applied to investigate differences in the distribution of variables among groups. Spearman`s rank correlation coefficient revealed a significant correlation between all variables. The results showed a positive correlation between CR and GC10 (0.99/P <0.001), while ADI and ADO rates were negatively correlated with CR and CG10 (ADI/CR: -0.87; ADI/GC10: - 0.88; ADO/CR: -0.87; ADO/GC10: -0.86), P<0.001 for all variables. Kruskal Wallis pointed to significant differences in all variables (CR, GC10, ADO and ADI) among the 3 groups of biopsies (G1, G2 and G3). The CR average was 59.26%, 78.47% and 95.97% for G1, G2 and G3, respectively. Was developed a script (mendellFix) based on the \"Law of Segregation\", for inference of not determined genotypes based on the parents genotypes, thus increasing the CR of group 1, 2 and 3 to 79.69%, 88.20% and 97 28%, respectively. The results of this study show that it is possible to perform the genotyping of bovine embryos in highthroughput SNP platform with samples subjected to WGA/MDA protocol, but the number of cells obtained by embryo biopsy affects the quality of genotyping. The association of biotechnologies described in this work allows the application of marker-assisted selection in bovine embryo, contributing to further accelerate the process of animal breeding.

O presente estudo teve como objetivos avaliar a sensibilidade, a especificidade e a acurácia da Punção Aspirativa por Agulha Fina (PAAF) em nódulos submucosos da cavidade bucal e da região de cabeça e pescoço como ferramenta auxiliar de diagnóstico. Foram selecionados 50 pacientes consecutivamente que procuraram a Clínica da Disciplina de Estomatologia Clínica da FOUSP, portadores de lesões em boca e em região de cabeça e pescoço. O material obtido pela PAAF foi enviado a um mesmo patologista apenas com o diagnóstico clínico e após a emissão do laudo da PAAF o laudo do anátomo patológico era emitido servindo como padrão ouro. Após os cálculos, o resultado da sensibilidade foi de 75%, a especificidade foi de 96%, a acurácia foi de 58,8%, o valor preditivo positivo foi de 86% e o valor preditivo negativo foi de 93%. A significância foi estabelecida para 5% e o teste usado foi o teste de Kappa com valor de P<0,001 e um teste qui-quadrado, com valor de P=0,788. Pela análise dos resultados a PAAF teve uma alta sensibilidade para identificar lesões malignas, uma alta especificidade para identificar lesões benignas e uma baixa acurácia para se obter um diagnóstico definitivo. / The objectives of this present study are to evaluate the sensitivity, specificity and accuracy of Fine Needle Aspiration Biopsy (FNAB) in submucous nodules of oral cavity and nodules of head and neck region as an auxiliary tool of diagnoses. 50 patients that looked for the Clinic of the Discipline of Oral Stomatology of FOUSP were consecutively selected, carrying lesions in the oral cavity and the head and neck region. The material obtained by FNA was sent to only one pathologist with the clinical diagnosis and after the emission of FNAB report the biopsy report was emitted serving as the gold standard. After the calculation, the results of sensibility was 75%, the specificity was 96%, the accuracy was 58,8%, the positive predict value was 86% and the negative predict value was 93%. The significance was established for 5% and the tests used was Kappa with P<0,001 and a Chi-square with a P value of 0,778.With the results analysis the FNAB had a high sensibility to identify malignant lesions, a high specificity to identify benign lesions and a low accuracy to obtain final diagnoses.

Neste estudo foi realizada a caracterização das propriedades acústicas e a construção de um protótipo de phantom de mama para treinamento de biópsia guiada por ultra-som. Uma importante propriedade deste phantom é a capacidade de ser reconstruído termicamente após ter sido perfurado durante treinamento e/ou sofrido algum dano mecânico. Para tanto, foi desenvolvido um sistema de reciclagem especialmente para o phantom. Dentre os materiais avaliados, a parafina gel apresentou-se estável, nas condições experimentais propostas, tais como, temperatura ambiente entre 22 e 26oC, densidade de 0,85 g/cm3 para a amostra com concentração de 4%, a qual é inferior a do tecido mole ( 1g/cm 3), sendo então empregada em estudos seguintes. O material simulando tecido foi obtido adicionando microestrutura espalhadora (pó de vidro) à substância parafina gel. A caracterização do material foi realizada por duas técnicas de medidas acústicas; a primeira usando o modo amplitude (modo-A) e a segunda o modo brilho (modo-B). O coeficiente de atenuação, para o modo-A, observado para este material, numa faixa de freqüência dos ultra-sons diagnósticos (entre 1 e 10 MHz) foi de 0,75 dB/cm/MHz, equivalente ao indicado pela literatura para tecido biológico mole. A velocidade do som avaliada foi de 1431,2 m/s a uma temperatura de 22oC. Esse valor de velocidade está abaixo da velocidade média do tecido mamário, que é de 1510 m/s, estando mais próximo daquele encontrado para a gordura, 1470 m/s. A atenuação no modo brilho foi estudada comparando-se as diversas atenuações relativas das imagens fornecidas pelas amostras, estando inversamente correlacionadas com a atenuação encontrada no modo amplitude. A velocidade do som também foi avaliada por essa técnica obtendo-se um valor médio de 1416,1 m/s para as amostras estudadas. Partículas espalhadoras sólidas de 45 - 75 µm de diâmetro permitiram que os níveis de espalhamento se aproximassem do tecido mole humano. O phantom simula uma mama em posição de supino, apresentando um diâmetro de 12 cm e uma altura de 6 cm. No seu interior foram inseridas estruturas sólidas e viscosas, tais como cera de carnaúba e mel de abelha, Apis mellifera, e também a própria parafina gel, com 10% de micro esferas de vidro, representando \"tumores\" e \"massas císticas\", as quais são de cores diferentes para facilitar a identificação após serem aspiradas. / The main aim of work was the construction and characterization of acoustics proprieties of a prototype of phantom for the training of the breast biopsy guided by ultrasound. An important property of this phantom is its capacity of being thermically rebuilt after punctuated during the training and/or suffered any mechanic damage. For this purpose, a recycling system was developed especially for the phantom. Among the materials available for this study, the paraffin gel was shown to be stable for the proposed experimental conditions, such as room temperature between 22 and 26oC, a density of 0.85 g/cm3 for the sample with a concentration of 4%, which is inferior to the density of the soft tissue (~ 1g/cm3), therefore becoming the materials used in the following experiments. The material which simulates the tissue was obtained by the addition of solid particles of glass to the paraffin gel. Two acoustic measurement techniques were used to characterization of the material. For the first technique amplitude mode (mode-A) was applied and for the second brightness mode (mode-B) was applied. In a frequency range of diagnostic ultrasounds (between 1 and 10 MHz), the attenuation coefficient for mode-A was of 0.75 dB/cm/MHz, equivalent to the one indicated by the soft tissue literature. The sound speed was of 1431.2 m/s at a temperature of 22oC. This velocity is lower than the average velocity for the breast tissue, which is of 1510 m/s, there being closer to the velocity for fat, i.e., 1470 m/s. The attenuation of the brightness mode was studied through the comparison of various relative attenuations of the images given by the samples, being inversely correlated to the attenuation found in the amplitude mode. The speed of the sound was also evaluated by that technique being obtained a medium value of 1416.1 m/s for the studied samples. Solid particles of glass of 45-75 µm of diameter allowed the level of scattering to be close to the one the human soft tissue. The phantom simulates a breast in the supine position, with a 12 cm diameter and 6 cm height. Solid and viscose structures were inserted in its interior as honey of Apis mellifera and the carnauba wax, and also the own paraffin gel, with 10% micro glass spheres, representing \"cystic masses\" and \"tumors\", each with a different coloration to facilitate the identification after their removal.