Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina los factores intrínsecos y extrínsecos que afectan a la germinación de semillas de 6 especies del género Cinchona, siendo éstas: C. krauseana, C. macrocalyx, C. nitida, C. pubescens, C. officinalis y Cinchona sp. colectadas en los departamentos de Amazonas, Cajamarca, Junín y Piura durante los años 2005 – 2012. Se evalúan los factores intrínsecos: contenido de humedad, viabilidad, coloración de las semillas y los factores extrínsecos: luz, temperatura, medio de germinación, condiciones y tiempo de almacenamiento de las semillas, tomando como parámetros el porcentaje de germinación e índice de velocidad germinativa; así mismo se identifica el tipo de semilla (ortodoxa o recalcitrante) que presentan las especies. Se determina que todas las especies evaluadas presentan semillas ortodoxas y fotoblásticas positivas, del mismo modo, el rango óptimo de temperaturas es de 30/25°C para un período de 12 horas luz - 12 horas oscuridad y en el medio de germinación que contiene agua destilada se encuentran mayores porcentajes de germinación. Además, mantener a las semillas en condiciones de refrigeración, en bolsas de aluminio cerradas herméticamente y a un rango de contenido de humedad entre 4 – 6% mantiene su viabilidad e impide que se incremente su contenido de humedad. Los XII resultados obtenidos contribuyen al manejo adecuado de un banco de semillas para las especies del género y es la base para posteriores estudios de su propagación. / Tesis

Revisa morfológicamente y molecularmente, mediante el código de barras de ADN, las especies de Cryptonemia presentes en la costa central de Perú. Una colecta exhaustiva de ejemplares de Cryptonemia, entre los 9°S - 78°O y los 15°S - 75°O, proporciona material para el análisis morfológico, donde se aplican técnicas de tinción con anilina y de medición con el software ImageJ. Para el análisis molecular se generan secuencias del gen cloroplastidial rbcL, con las cuales se realiza construcciones filogenéticas con tres métodos: el método de máxima parsimonia (MP), máxima verosimilitud (ML) e inferencia bayesiana (IB). Los análisis morfológicos y moleculares reconocen solo tres especies de las seis reportadas para la costa central, C. anconensis, C. limensis, C. obovata, más dos especies no reconocidas, Cryptonemia sp.1 y Cryptonemia sp. 2. Futuras revisiones requieren incluir una mayor cantidad de ejemplares para las morfoespecies caracterizadas, en especial Cryptonemia sp. 1 y Cryptonemia sp. 2, así como la aplicación de otros marcadores moleculares, mitocondriales y nucleares, los cuales han sido de ayuda para distinguir especies y resolver las relaciones filogenéticas en otros géneros de la familia Halymeniaceae. / Tesis

Las abejas melíferas se alimentan fundamentalmente del polen y del néctar disponible en una región, estos elementos permiten el normal desarrollo de la colonia. Mediante la identificación del polen presente en las cargas corbiculares y en las mieles que producen las abejas es posible detectar los recursos poliníferos y nectaríferos de una región. El estudio del contenido proteico del polen y de algunos parámetros físicoquímicos de las mieles permite detectar la calidad de ambos productos. El conocimiento de estos aspectos favorece al productor apícola en el manejo de las colmenas e induce la posibilidad de ofrecer productos diferenciados. El presente estudio tuvo por objetivo estudiar la composición y disponibilidad de los recursos apícolas y la calidad de los productos de la colmena (polen y miel) producidos en colmenares ubicados en el NW de La Pampa en la Provincia Fitogeográfica del Monte, Distrito Central, Subdistrito Pampeano. Para concretar este objetivo se seleccionaron tres apiarios cercanos a los ríos Salado y Arroyo de la Barda con el propósito de detectar una adecuada representatividad de la vegetación de la región. El muestreo de vegetación, polen y miel se desarrolló durante el periodo septiembre a marzo de dos temporadas apícolas consecutivas (2007-2008 y 2008-2009). La estimación de la abundancia-cobertura reveló la presencia de 142 especies con un predominio del 82 % de plantas nativas. La vegetación se presentó en parches generalmente dominados por unas pocas especies correspondientes a las siguientes familias: Asteraceae, Chenopodiaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rhamnaceae, Solanaceae, Tamaricaceae, Verbenaceae y Zygophyllaceae. La intensidad de floración de 110 especies fue variable entre los dos periodos estudiados debido a factores meteorológicos como las precipitaciones, temperaturas y vientos. El pico de floración se produjo durante octubre, diciembre, febrero y marzo en cambio la oferta de floración plena fue en octubre en ambos periodos. Las abejas colectaron polen más intensamente durante octubre. Además, utilizaron el 45 % de la flora disponible y fabricaron una alta proporción de cargas mixtas, lo que indica una escasez de recursos en diferentes momentos de la temporada. Las principales fuentes poliníferas (> 15%) fueron Sesuvium portulacastrum, Cyclolepis genistoides, Chuquiraga erinacea, Senecio sp., Brassicaceae, Chenopodiaceae, Cyperaceae, Geoffraea decorticans, Prosopis sp., Phacelia sp., Bacopa monnieri, Lecanophora-Malvella, Condalia microphylla, Lycium sp., Tamarix sp. y Junellia- Glandularia. El contenido proteico promedio del polen corbicular fue de 24 % lo que indica que es óptimo para el desarrollo de la colonia. Las principales fuentes de néctar fueron Tamarix sp., Prosopis sp. y Condalia microphylla que caracterizaron a las mieles monoflorales y le siguieron en importancia Larrea sp., Junellia-Glandularia, Chuquiraga erinacea, Capparis atamisquea y Tessaria-Gaillardia como polen secundario. El análisis de las mieles inmaduras indicó la variación de la colecta de néctar a lo largo del periodo y reveló la importancia de Lycium y Brassicaceae no detectada en las mieles maduras. El alto contenido de polen absoluto correspondió en promedio al grupo III y caracterizó a las mieles del Monte Pampeano. Las mieles de Tamarix y de Prosopis presentaron una sobrerepresentación de polen, por lo cual se sugiere un mínimo del 90 % y del 75 % de sus tipos polínicos respectivamente para ser consideradas monofloras. El espectro polínico de las mieles del Monte Pampeano permite diferenciarlas geográficamente de las mieles de regiones fitogeográficas limítrofes y de otras regiones del Monte. De los 110 taxones florecidos, 49 estuvieron representados en las cargas y 65 en las mieles. Las principales fuentes polennectaríferas fueron Chuquiraga erinacea, Prosopis sp., Condalia microphylla, Lycium sp., Tamarix sp. y Junellia-Glandularia. Las familias con mayores representantes en las cargas y en las mieles correspondieron a Asteraceae y Fabaceae. Las características físico-químicas de las mieles se enmarcaron dentro de las exigencias del Código Alimentario Argentino y la International Honey Commission. La humedad fue baja, mayoritariamente entre el 15 y 17 %, lo que reflejó la escasa humedad relativa del ambiente. Los siguientes parámetros físico-químicos permitieron discriminar entre las mieles de Tamarix y Prosopis: color, acidez libre, pH, conductividad eléctrica, glucosa y glucosa/agua. El contenido mineral más elevado correspondió a las mieles de Tamarix y el más escaso a las mieles de Prosopis. La abundancia y/o escasez de algunos elementos minerales reflejó el origen botánico, el origen geográfico y la escasa contaminación ambiental de las mieles de la región. Las mieles de Tamarix presentaron color ámbar claro, alta conductividad (0,9 mS/cm), un alto contenido mineral con valores elevados de K, Na, Ca y P, acidez libre de 23 meq/kg, pH 4,5, un 27 % de glucosa y una cristalización medianamente rápida, con cristales gruesos. Las mieles de Prosopis presentaron color blanco, baja conductividad (0,4 mS/cm) y bajo contenido mineral, acidez libre de 18 meq/kg, pH 3, un 30 % de glucosa y una cristalización rápida, fina y cremosa. Los resultados de este estudio permiten sintetizar que en el Monte Pampeano la calidad de los productos apícolas es óptima en cuanto al valor nutricional del polen para el desarrollo de la colonia y a la calidad de las mieles exigidas en el mercado internacional. Sin embargo, los cambios en la oferta de floración durante el presente estudio revelan la dificultad de planificar la actividad apícola a gran escala. En este marco, se sugiere que la apicultura de esta región se siga practicando como una actividad complementaria con la posibilidad de diferenciar sus productos.

Es tracta d'una tesi fonamentalment interdisciplinària que aborda l'anàlisi de la dinàmica fitoplanctònica, en condicions de mar obert i en termes de fixació de carboni, en funció de pressos estrictament físics com són la difusió turbulenta, la sedimentació, etc.En primer terme, el fitoplàncton està constituït per organismes vegetals microscòpics, que com a tals necessiten llum i sals minerals (anomenats generalment "nutrients"). La llum és en qualsevol cas sempre més abundant a nivell de la superfície del mar, mentre que els nutrients són més abundants en profunditat. La majoria d'organismes fitoplanctònics presenten una capacitat natatòria molt reduïda, o simplement nul·la. Per tant, aquests organismes depenen en gran mesura de l'aport de nutrients que per transport turbulent els arriba des de les capes més profundes fins la capa superior il·luminada (o capa eufòtica).Primerament es dugué a terme una anàlisi d'escales en base als temps característics dels processos biològics clau, susceptibles de poder presentar un major grau de sensibilitat envers l'efecte de la trubulència, tals com l'absorció de nutrients i la fixació de carboni (fotosíntesi).Les principals característiques d'aquest nou model són la capacitat de poder resoldre els processos biològics amb una resolució temporal de l'ordre de segons minuts o segons, coincidint, per tant, amb l'escala temporal de la turbulència. I segon, el seguiment simultani del transport vertical de carboni i nitrogen.La turbulència de petita escala s'introdueix en el model numèric a través de les parametritzacions proposades per Osborn, i per Gaspar i col·laboradors, metodologia àmpliament utilitzada en l'actualitat, i contrastada experimentalment. Finalment s'analitza la relació entre la difusió turbulenta de petita escala i la producció primària fitoplanctònica en termes de fluxes verticals de carboni i nitrogen.Són destacables els resultats obtinguts en l'estudi del transport de matèria a través de la capa límit present al voltant dels organismes fitoplanctònics (les anomenades Diffusive Boundary Layers), identificant-se limitacions estrictament físiques al co-transport de carboni, nitrogen i fósfor. / This Ph.D. thesis introduces an interdisciplinary approach to the modeling of phytoplankton carbon fixation and nutrient uptake (nitrogen) according to the influence of small-scale turbulence in the open ocean. The modeling exercise presents a new strictly biological model with five state-variables, and a vertical 1-D coupled physical-biological model of the uppermost 100 meters of the marine water column. The two shared state-variables of the 1-D model are phytoplankton biomass (in terms of carbon), and an external limiting nutrient (in terms of nitrate).The biological model accounts for carbon and nitrogen biomass state-variables, following explicitly the track of both fluxes. As a relevant achievement the model successfully couples the different timescales of the carbon fixation (hours to days) and nitrogen uptake rates (seconds to minutes) by means of two intermediate carbon and nitrogen highly dynamical internal pools.Simulation runs are presented for the biological model alone, and in for the coupled physical-biological 1-D model.The thesis also provides a significative insight into the transport of mass through the diffusive boundary layers around phytoplanktonic organisms, and presents a potential strictly physical limitation to Redfield requirements.

El Virus de las manchas necróticas del melón (Melon necrotic spot virus, MNSV; género Carmovirus; Familia Tombusviridae) es un virus de ARN de sentido positivo endémico en cultivos de melón. Este virus ha sido empleado como modelo de estudio de aspectos relacionados con la superación de resistencias recesivas, la traducción de ARNs virales carentes de estructuras cap o el movimiento intercelular. Sin embargo, se sabe poco acerca de las respuestas que la infección por este virus induce en las plantas o los genes alterados como consecuencia del desarrollo de su ciclo viral en su huésped natural, el melón. Así mismo, se desconocen los lugares, dentro de la célula vegetal, donde este virus lleva a cabo su replicación viral. Todos estos procesos podrían aportar conocimiento sobre los genes necesarios en la interacción planta-virus que permiten el establecimiento de una infección satisfactoria por parte del virus, o los factores necesarios para la puesta en marcha de una respuesta de defensa eficaz para contrarrestar la infección y que podrían ser utilizados en estrategias antivirales. Con el objetivo de ahondar en el conocimiento de la interacción MNSV-melón, esta tesis ha sido estructurada en dos capítulos. En el primer capítulo, utilizando los microarrays como herramienta principal de análisis, se ha llevado a cabo un estudio de las alteraciones transcriptómicas inducidas por MNSV en melón, con especial énfasis en aquellos cambios asociados con: (i) una región no codificante del genoma del virus, (ii) diferentes cultivares de melón (iii) diferentes tejidos de la planta, (iv) y con el desarrollo de infecciones de tipo local o sistémico. Los resultados obtenidos han permitido identificar la desregulación específica de dos grupos de genes asociados con una región no traducible del genoma viral, así como genes que responden de forma específica de cultivar. La comparación entre tejidos ha mostrado una respuesta cuantitativa diferente entre hoja y cotiledón, pero cualitativamente muy similar, aportando validez a los resultados obtenidos en cotiledón. Así mismo, una aproximación tradicional al estudio de la posible activación de una respuesta sistémica adquirida por parte de la planta, ha descartado la activación de la misma. Finalmente, la comparación entre estos resultados con los obtenidos en trabajos previos para otros virus, ha permitido identificar un sólo gen compartido por los tres virus analizados, que podría ser importante en las infecciones virales al menos en melón. Por otro lado, estos análisis han puesto de manifiesto la importancia de utilizar diferentes tiempos de muestreo a la hora de realizar comparaciones entre los cambios transcriptómicos inducidos por diferentes virus. En el segundo capítulo, se ha llevado a cabo el análisis tisular de las lesiones inducidas por MNSV para delimitar las regiones de interés donde realizar los análisis ultraestructurales. Este análisis identificó una región idónea para tales efectos. El estudio ultraestructural mediante microscopía electrónica de transmisión de la región identificada como Z2, ha puesto de manifiesto la existencia de grandes orgánulos originados como consecuencia de la infección por MNSV. Estos orgánulos han sido identificados como mitocondrias modificadas estructuralmente y representan los lugares donde el virus lleva a cabo su replicación ya que, a través de experimentos de hibridación in situ e inmunocitoquímica, se han localizado los ARNs virales, la proteína de la cápsida viral (CP) así como el dsRNA (intermediario de replicación) en estos orgánulos. La reconstrucción tridimensional de las mitocondrias modificadas mostró la presencia de grandes dilataciones internas, interconectadas entre ellas y con el citoplasma circundante a través de poros y/o estructuras complejas así como su conexión con cuerpos lipídicos. Así mismo, se llevó a cabo el estudio de la implicación de la proteína p29 de MNSV en la localización y generación de los sitios de replicación de MNSV. Para ello se generaron construcciones de la proteína p29 fusionada a GFP que fueron localizadas mediante microscopía laser confocal en mitocondrias. El análisis de la ultraestructura de las células que expresaron la proteína de fusión p29-GFP y su localización por inmunocitoquímica identificó la presencia de esta proteína en mitocondrias, así como la inducción de modificaciones estructurales en estos orgánulos muy semejantes a las inducidas por el virus. / Melon necrotic spot virus (MNSV) (genus Carmovirus, family Tombusviridae) is a single-stranded, positive-sense RNA virus endemic of cucurbit crops worldwide. This virus has become an experimental model for the analysis of cell-to-cell virus movement and translation of uncapped viral RNAs, whereas little is known about its replication or the transcriptome changes induced in melon plant by the virus during the viral cycle and in response to the infection. So far it is unknown the cellular compartment in which this virus carries out its viral replication. Addressing all these processes could provide information about genes involved in the plant-virus interaction that lead to a successful viral infection and the cellular factors involved in the defense response to counteract the infection. This knowledge may be used in future antiviral strategies. To clarify all these questions about MNSV-melon interaction this thesis has been structured into two chapters. The first chapter is focused on transcriptomic alterations induced by MNSV in melon plants, with special emphasis on those changes associated with: (i) a non-coding region of the genome virus, (ii) different melon cultivars, (iii) different plant tissues, and, (iv) development of local or systemic infections. Microarray analyses have led to identify a specific deregulation of two groups of genes associated with an untranslated region of the viral genome, and also several sets of genes that respond specifically in each cultivar. The comparison between tissues has shown a different quantitative response between leaf and cotyledon, but qualitatively similar, providing validity to the results obtained in cotyledon. Also, a traditional approach to the study of the putative activation of a systemic acquired response from the plant has dismissed the activation of such response. Finally, the comparison of these results with those obtained in previous work for other viruses, has identified one gene shared by all the three viruses tested. This gene could play a key role in melon viralinfection. On the other hand, these results have shown the need of using different sampling times when comparing transcriptome changes induced by different viruses. In the second chapter, an histological analysis of the MNSV infected tissues was performed in order to define the most adequate region where to focuses the ultrastructural analysis. This analysis identified an ideal region for this purpose. The ultrastructural study by transmission electron microscopy of the region identified as Z2, has revealed the existence of large organelles originated as a result of MNSV infection. Immunolocalization of the glycine decarboxylase complex (GDC) P protein in these organelles confirmed their mitochondrial origin. In situ hybridization and immunolocalization experiments showed the specific localization of positive-sense viral RNA, capsid protein (CP), and double-stranded (ds)RNA (a replication intermediate) in these organelles meaning that replication of the virus takes place in association with them. The three-dimensional reconstructions of the altered mitochondria showed the presence of large, interconnected, internal dilations which appeared to be linked to the outside cytoplasmic environment through pores and/or complex structures, and with lipid bodies. Transient expression of MNSV p29 revealed that its specific target is mitochondria. Our data document the extensive reorganization of host mitochondria induced by MNSV, which provides a protected environment to viral replication, and show that the MNSV p29 protein is the primary determinant of this effect in the host.

Introducción y objetivos En los espacios mediterráneos, los patrones globales de cambio en el uso y aprovechamiento del territorio apuntan a una polarización general de los usos, con un importante avance de las superficies artificiales y del regadío en detrimento de los secanos que son abandonados tradicionalmente el análisis de la ocupación del territorio ha sido analizado a escala de municipio, comarca, comunidad autónoma, etc. En el presente trabajo se ha seleccionado la cuenca de drenaje del Mar Menor como área piloto para el estudio de los cambios de usos en cuencas agrícolas mayoritariamente en regadío de ambientes mediterráneos. Se pretende responder a las siguientes preguntas: ¿Qué metodología sería adecuada para la obtención de una serie de mapas de usos y aprovechamiento para la cuenca de drenaje del Mar Menor con el uso de imágenes históricas del satélite Landsat? ¿Cómo han afectado los cambios de uso del suelo en la cuenca a las comunidades naturales y de aves en términos de biodiversidad y valor ecológico? ¿Cómo han afectado los cambios de uso del suelo en la cuenca, en cuanto a la dinámica hídrica y los efectos de ésta sobre los espacios protegidos albergados en su cuenca, los humedales costeros? Por ello, los objetivos generales de la presente tesis son: i) Mejorar los procedimientos para la obtención de una serie de mapas de usos y coberturas fiable a partir de imágenes históricas procedentes del satélite Landsat, que nos permita analizar las tendencia a largo plazo que afectan a la biodiversidad de la cuenca del Mar Menor; ii) Generar una serie de mapas con una suficiente resolución espacial y temporal que permita un posterior análisis de los cambios de usos y del paisaje de la cuenca, así como de los propios humedales; iii) Caracterizar la implicación de los cambios de uso y de paisaje en la evolución de las comunidades vegetales y de aves, así como sus implicaciones en la conservación de las mismas; iv) Analizar los cambios en los humedales del Mar Menor y, evaluar en qué medida responden a los cambios de uso a una doble escala: la de cada humedal y el conjunto de la cuenca del Mar Menor y, valorar sus implicaciones desde la perspectiva de la Directiva Hábitat. Metodología Se ha utilizado diferentes herramientas: por un lado la teledetección que permite obtener los mapas de usos y coberturas necesarios para su posterior análisis. Hay que tener en cuenta que en la cuenca se incluyen de forma parcial diferentes municipios, lo que supone una dificultad a la hora de utilizar los datos de la estadística agraria. Los mapas existentes tales como el Corine Land Cover (resolución espacial 1:100000 m y temporal 1990, 2000 y 2006) o el Sistema de Información de Ocupación del Suelo en España - SIOSE (resolución espacial 1:25000 y temporal 2005 únicamente) poseen una resolución espacial insuficiente o la temporal no es la adecuada para este estudio. Por otro lado, se ha realizado el estudio de la serie temporal de mapas para caracterizar las tendencias de cambio en los usos y la estructura de manchas del paisaje mediante la generación de matrices de cambio y la aplicación de diferentes análisis estadísticos (clasificación, ordenación y modelos de regresión) se han estudiado las implicaciones de estos cambios en las comunidades vegetales y naturales de la cuenca del Mar Menor. Resultados y Conclusiones Entre los principales resultados que se han obtenido se incluyen el desarrollado un nuevo procedimiento de clasificación de imágenes de satélite del sensor TM y ETM+ de Landsat (para series históricas): “IE+EPM+R (randomclasiter)”, con el que se han obtenido la serie fiable de mapas de usos y aprovechamiento de la cuenca del Mar Menor, 1988-2009. Una nueva metodología para el análisis de los patrones de cambio basada en ordenación y clasificación de los píxeles para mantener la dimensión espacial. La aplicación de un nuevo enfoque para el análisis de los cambios en el territorio, la cuenca de drenaje como unidad funcional territorial e hidrológica, la necesidad de gestionar los impactos de la agricultura a escala de cuenca surge aquí como una cuestión fundamental para el mantenimiento de la biodiversidad. / Introduction and objectives In Mediterranean landscapes, the global patterns of change in the use and exploitation of the territory aimed at a general polarization of uses, with an important progress of artificial surfaces and irrigation to the detriment of the dry lands, which are traditionally abandoned. The analysis of the occupation of the territory has been analyzed at the level of municipality, region, etc. In the present study, the Mar Menor drainage watershed has been selected as a pilot area for the study of changes of use in agricultural watersheds, mostly in irrigation, in Mediterranean environments. It aims to answer the following questions: Which methodology would be suitable for obtaining a series of maps of uses and exploitation for the Mar Menor drainage watershed by means of historical Landsat satellite images? How the land-use changes in the watershed have affected to natural and bird communities in terms of biodiversity and ecological value? Hoe the land-use changes in the watershed have affected to water dynamics and its effects on protected areas housed in its watershed, the coastal wetlands? Therefore, the general objectives of this thesis are: i) Improve procedures for obtaining a series of reliable land use and land cover mapping by means of historical images from the Landsat satellite, which allows us to analyze the long-term trend that affects biodiversity in the Mar Menor watershed; ii) Generate a combination of maps with appropriate spatial and temporal resolution that allows further analysis of the land-use and landscape changes of the watershed, as well as its wetlands; iii) Characterize the implication of land-use and landscape changes on the evolution of plant and bird communities, as well as the implications for their conservation; iv) Analyze the changes in the Mar Menor wetlands and assess its response in relation to land-use changes at two spatial scales: wetland and the whole of Mar Menor watershed. These results are assessed from the perspective of Directive Habitat. Methods We used different tools: on the one hand, remote sensing that allows us to obtain land uses and land cover maps necessary for further analyses. It is important to consider that there are different municipalities included partially in the watershed, which is a difficulty when agricultural statistics data are used. Existing maps such as Corine Land Cover (spatial resolution 1: 100000 m and for the years 1990, 2000 and 2006) or the Information System for the Occupancy of Land in Spain - SIOSE (spatial resolution of 1: 25000 and from 2005) have an insufficient spatial resolution, or temporal resolution is not adequate for this study. On the other hand, it has been updated the study of temporal series of maps in order to characterize the changing trends in the uses and fragmented landscape by generating matrixes and the application of different statistical analyses (classification, ordination and regression models). The implications of these changes have been studied in plant and natural communities in the Mar Menor watershed. Results and Conclusions Among the main results that have been obtained from this study, it is important to highlight the development of a new process of classifying Landsat satellite images of sensors TM and ETM+ (for historical series): "IE + EPM + R (randomclasiter)", whereby an appropriate series of land uses and exploitation maps have been obtained for the Mar Menor watershed, 1988-2009. A new methodology for analyses patterns of change based on ordination and classification of the pixels to maintain spatial dimension. The application of a new approach to the analysis of changes in the territory, the drainage watershed as a functional, territorial and hydrological unit, the need of managing the impacts of agriculture at a watershed scale emerges here as a key issue for maintaining the biodiversity.

El interés por la conservación de las comunidades ribereñas del río Paraná ha llevado a la identificación de nuevas especies para la flora argentina durante los últimos años. En el noreste de Argentina y sureste de Paraguay, se han identificado poblaciones de Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae) en remanentes de selvas higrófilas, especie arbórea típica de selvas inundables y tolerante a la inundación. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la variabilidad genética de seis poblaciones, tres argentinas, dos paraguayas y una mexicana, a través de marcadores moleculares y establecer relaciones filogeográficas entre ellas, con el fin último de contribuir en la planificación de estrategias de conservación. Se obtuvieron 56 loci RAPDs a partir de los cuales se estimaron parámetros genéticos clásicos para dos de las poblaciones. La heterocigosidad esperada total fue baja (He=0,273), al igual que el índice de diversidad de Shannon (I=0,406). La diferenciación interpoblacional fue muy elevada (ϕST=0,283), encontrándose el 78% de la variabilidad genética dentro de las poblaciones. Quedó demostrado además que la población de San Ignacio presenta estructuración genética espacial dentro de los 20 m de distancia, información relevante en el diseño de estrategias de conservación in situ y ex situ. Por otro lado, se describieron las secuencias de siete regiones intergénicas y una intrónica del genoma cloroplástico, en suma 1.749 pb, cuatro de las cuales mostraron diferencias nucleotídicas. No obstante, se escogió el intrón del gen trnL para realizar el análisis filogeográfico de las seis poblaciones, que permitieron estimar la diversidad nucleotídica (π=0,00237) y haplotípica (Hd=0,296). Se identificaron tres haplotipos que discriminaron las poblaciones argentinas, paraguayas y mexicana. Las variantes haplotípicas encontradas en el presente trabajo nos llevaron a reconsiderar y plantear un modelo de las rutas de dispersión geográfica y colonización de C. brasiliense en el pasado, a través del río Paraná como de vías alternativas. / In recent years the growing interest in Paraná River’s riparian forest conservation led to the discovery of new plant species in Argentina. In the hygrophile forest remnants from Northeastern part of Argentina and Southeastern area of Paraguay, populations of Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae), a typical flood lowlands species, were identified. The aims of this work were to characterize and compare the genetic variability within and among six populations of C. brasiliense, three from Argentina, two from Paraguay and one from Mexico, using molecular markers and to infer phylogeographic relationships among populations, in order to contribute with the planning of conservation strategies. Classic genetic population parameters were estimated once 56 RAPDs loci were obtained. The total expected heterozygosity (He=0,273) and the Shannon diversity index (I=0,406) obtained were low. On the other hand, interpopulation differentiation was high (ϕST=0,283), and 78% of genetic variability observed was within populations. At the same time the spatial genetic analysis demonstrated that the population from San Ignacio is genetically structured at distances shorter than 20 m, being this data relevant for the design of in situ and ex situ conservation projects. Besides, seven intergenic and one intronic chloroplast genome regions were described, adding up a total of 1.749 pb. Four of these regions showed nucleotide differences. However, only the trnL intron was selected for the phylogeographic analysis, being possible to estimate the nucleotide (π=0,00237) and haplotypic diversity (Hd=0,296). Finally, three haplotypes were identified through which Argentinean, Paraguayan and Mexican populations could be differentiated. The haplotypic variants that have been found in the present work led us to reconsider and propose a model on C. brasiliense’ geographic dispersion and colonization used in the past, both through the Paraná River and alternative routes.

Esta tesis es una contribución al conocimiento de las sociedades aldeanas del primer milenio de la era asentadas al sur de los Valles Calchaquíes. Dicho espacio comprende el valle del Cajón, el sur del valle de Santa María y la falda occidental de la sierra del Aconquija. El estudio se enfoca en el análisis de ámbitos de vivienda, particularmente en el conjunto de recintos que forman uno de los núcleos habitacionales del sitio arqueológico Cardonal (ca. 200 d.C.) ubicado sobre la porción meridional del valle del Cajón (Santa María, Catamarca). La selección de una escala micro para el abordaje de la naturaleza y dinámica de las comunidades agropastoriles tempranas, es coherente con la perspectiva teórica que considera que el estudio minucioso y en profundidad de la configuración de los espacios domésticos y las actividades allí desarrolladas, es capaz de revelar aspectos más generales de la cultura y la organización social en el pasado de los grupos involucrados. De acuerdo a ello, se parte aquí de una conceptualización empírica y operativa del espacio doméstico, definido en términos de la realización de actividades cotidianas, evidenciadas arqueológicamente a través de la presencia y particularidades de sus restos materiales. Esta investigación se basa puntualmente en el análisis de la composición y distribución espacial de dos conjuntos de artefactos presentes en el Núcleo 1 de Cardonal, las plantas comestibles y los artefactos de molienda. Su objetivo es dar cuenta de la ocurrencia y características de una serie de acciones y actividades implicadas en su uso diario. De tal modo se intenta profundizar en la comprensión del complejo de prácticas y modos de hacer cotidianos de los aldeanos que habitaron el valle hace unos dieciocho siglos. En esta dirección, los fines específicos incluyen la identificación del rango de recursos vegetales comestibles utilizados, el reconocimiento de las áreas dónde se desarrollaron actividades cotidianas de procesamiento y consumo de los recursos vegetales, la caracterización del conjunto de artefactos de moler y la distinción de los espacios donde ocurrió cotidianamente la molienda y otras prácticas relativas al uso de estos instrumentos. Para cumplir con estos propósitos se aplican herramientas y procedimientos metodológicos propios de la arqueobotánica y del análisis tipológico de los moledores líticos.

Anadenanthera colubrina var. cebil constituye un recurso forestal nativo Sudamericano el cual presenta una distribución discontinua en Argentina, restringiéndose su presencia a las provincias biogeográficas paranaense y de las Yungas. La hipótesis sobre la cual se sustentó el presente trabajo sostiene que el flujo génico homogeneiza las frecuencias génicas entre las poblaciones contrarrestando los efectos de la deriva genética provocados por la fragmentación. Los objetivos generales de este trabajo fueron: indagar acerca del rol evolutivo del flujo génico y de la deriva genética como fuerzas modeladoras de las frecuencias génicas en las poblaciones fragmentadas y determinar la importancia del movimiento de los alelos a través de la dispersión de las semillas y del polen. Se emplearon marcadores moleculares selectivamente neutros de herencia biparental, microsatélites nucleares, y de herencia uniparental, microsatélites cloroplásticos.

Mucor circinelloides es un hongo filamentoso utilizado como modelo para el estudio del mecanismo de silenciamiento génico mediado por RNA. Una vez caracterizado dicho mecanismo y los principales genes implicados, se pretende determinar el papel de la ruta de silenciamiento en la regulación de genes endógenos, así como identificar otros posibles elementos genéticos que participen en dicha ruta. Para ello, se plantean los siguientes objetivos concretos: 1. Identificación del gen implicado en la eliminación de la cadena pasajera de los siRNAs y estudio de la existencia de interacciones entre las proteínas de la maquinaria de silenciamiento. 2. Estudio de la participación de Ago-1 en la biogénesis de los distintos tipos de ex-siRNAs de M. circinelloides. 3. Identificación de los genes regulados por el mecanismo de silenciamiento mediante el análisis de los perfiles transcriptómicos de la estirpe silvestre y de mutantes en genes de silenciamiento. 4. Caracterización fenotípica detallada de los mutantes afectados en la ruta de silenciamiento, para identificar los procesos celulares regulados mediante dicho mecanismo. Para desarrollar estos objetivos se ha utilizado la siguiente metodología: 1. La identificación de otros genes implicados en el mecanismo de silenciamiento se llevó a cabo mediante la disrupción de los genes candidatos por recombinación homóloga y su posterior análisis fenotípico. Para ello, se utilizaron técnicas de amplificación de DNA mediante PCR, clonación, transformación de protoplastos e hibridaciones tipo Southern y Northern. Las interacciones entre proteínas de la maquinaria de silenciamiento se analizaron mediante el sistema de doble híbrido de levaduras. 2. La participación de Ago-1 en la biogénesis de los ex-siRNAs se analizó mediante la secuenciación de librerías de sRNAs. Ago-1 fue purificada mediante FLPC para el aislamiento y secuenciación de los sRNAs unidos a ella. Los datos obtenidos fueron validados experimentalmente mediante hibridaciones tipo Northern. 3. El análisis transcriptómico de las distintas estirpes se realizó mediante hibridaciones con micromatrices y secuenciación de RNA (RNA-seq). 4. El análisis fenotípico de los mutantes en genes de silenciamiento incluyó la cuantificación de la producción de esporas vegetativas y zigosporas, el estudio de la respuesta frente a diferentes situaciones de estrés, la cuantificación del proceso de autolisis y el análisis de la virulencia en Galleria mellonella. Los resultados obtenidos permitieron alcanzar las siguientes conclusiones: 1. El gen qip es esencial para el eficaz funcionamiento del mecanismo de silenciamiento génico inducido por transgenes, sugiriendo un papel en la activación del complejo RISC. No se detectaron interacciones entre proteínas de la maquinaria de silenciamiento de M. circinelloides, lo que podría deberse a la necesidad de modificaciones post-traduccionales específicas de las proteínas de silenciamiento o a la formación de complejos multiproteicos. 2. El gen ago-1 está implicado en el mecanismo de silenciamiento endógeno de M. circinelloides, siendo necesario para la biogénesis y/o estabilidad de las cuatro clases de ex-siRNAs. Las clases I y II de ex-siRNAs se unen específicamente a Ago-1 para llevar a cabo la identificación y degradación de sus mensajeros diana. Las clases III y IV son generadas por una ruta de silenciamiento no canónica, en la que se requiere la participación de Ago-1, pero no la unión específica de estos ex-siRNAs a dicha proteína. 3. Los análisis transcriptómicos ponen de manifiesto que el mecanismo de silenciamiento posee un papel modulador de la expresión de un gran número de genes endógenos a lo largo del crecimiento vegetativo. Las funciones de las proteínas cifradas por estos genes están relacionadas con la biogénesis y modificación de la pared celular, el control de la división celular y el crecimiento, metabolismo de carbohidratos, envejecimiento celular o respuesta a estrés. 4. La ruta canónica de silenciamiento está implicada en la regulación del proceso de esporulación vegetativa y en la activación del programa de autolisis inducido por estrés nutricional. La regulación del desarrollo sexual debe ser llevada a cabo por una ruta no canónica independiente de Dicer. Los experimentos de patogénesis no revelan una clara participación del mecanismo de silenciamiento en el proceso de virulencia, aunque no se descarta una respuesta diferencial en otros organismos modelo, como el ratón. / Regulation of endogenous gene expression by the RNA silencing mechanism in Mucor circinelloides. Mucor circinelloides is a filamentous fungus used as a model for studying the RNA silencing mechanism. Once the mechanism and main genes involved were characterized, the next goal is to determine the role of the RNA silencing pathway in the regulation of endogenous genes, and to identify other possible genetic elements that participate in the pathway. To do this, the following specific objectives were proposed: 1. Identification of the gene involved in the removal of the passenger strand of siRNAs duplex, and analysis of the interactions between silencing proteins. 2. Study of the participation of Ago-1 in the biogenesis of different classes of ex-siRNAs in M. circinelloides. 3. Identification the genes regulated by the RNA silencing mechanism by analyzing the transcriptome of the wild type and silencing mutants. 4. Phenotypic characterization of mutants affected in the silencing pathway to identify the cellular processes regulated by this mechanism. To develop these objectives the following methodology has been used: 1. Identification of other genes involved in the silencing pathway was addressed by disrupting candidate genes by homologous recombination and subsequent phenotypic analysis. To this end, PCR amplification of DNA fragments, cloning, transformation of protoplasts and Southern and Northern blot hybridizations were carry out. The study of interaction between RNA silencing proteins was performed using the yeast two-hybrid system. 2. cDNA libraries of sRNAs were generated and sequenced to analyze the participation of Ago-1 in the biogenesis of ex-siRNAs. Ago-1 was purified by FPLC for the isolation and sequencing of Ago-1 bound sRNAs. The sequencing data were validated by Northern-blot experiments. 3. Transcriptomic analysis of the different strains was carried out by hybridization methods using microarrays and RNA sequencing (RNA-seq). 4. Phenotypic analysis of silencing mutants included quantification of vegetative spore and zygospores, study of the response to different stresses, quantification of the autolysis process and virulence analysis of the different silencing mutants in Galleria mellonella. The results allowed reaching the following conclusions: 1. The qip gene is essential for transgene-induced gene silencing, suggesting a role in the activation of the RISC complex. No interactions were detected between proteins involved in the RNA silencing pathway of M. circinelloides. This could be due to the need for specific post-translational modifications of silencing proteins or the formation of multiprotein complexes. 2. Ago-1 is involved in endogenous RNA silencing in M. circinelloides, and it is necessary for the biogenesis and / or stability of all ex–siRNAs classes. Classes I and II of ex-siRNAs specifically bind to Ago-1 for the identification and degradation of their mRNA targets. Classes III and IV are generated by a non-canonical silencing mechanism that requires the participation of Ago-1, but there is not specific binding of these ex-siRNAs to Ago-1 protein. 3. Transcriptomic analysis showed that the silencing mechanism has a modulatory role in the expression of a large number of endogenous genes during vegetative growth. The functions of the proteins coded by these genes are linked to the biogenesis and modification of the cell wall, the control of cell division and growth, carbohydrate metabolism, cell aging or stress response. 4. The canonical RNA silencing pathway is involved in regulation of vegetative sporulation and autolysis induced by nutritional stress. Sexual development should be regulated by a non-canonical Dicer-independent RNA pathway. Pathogenesis experiments did not reveal a role of RNA silencing in the virulence process, but a differential response can’t be ruled out when using other model organisms, such as mouse.