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Réservoirs environnementaux des champignons pathogènes humains : effet de l'anthropisation sur les communautés fongiques chez Larus michahellis / Environmental sources of clinical fungi : effect of synanthropy on Larus michahellis fungal communities

Al-Yasiri, Mohammed Hashim Yasir 26 May 2016 (has links)
Le goéland leucophée endémique dans la région méditerranéenne française. Son mycobiote intestinal n'a jamais été étudié. Ce travail visait à décrire le rôle de ces oiseaux comme réservoir et disséminateur de champignons pathogènes pour l’homme. Nous avons collecté 177 guano de goélands dans cinq sites sur le littoral méditerranéen français; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipels. Nous avons identifié dix-sept espèces de levure; les plus fréquentes étant Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata et C. albicans. On notait d’une part une augmentation de la fréquence des espèces anthropiques de levures C. glabrata et C. albicans avec l’anthropisation des biotopes des colonies de goélands dont d’isolats résistants aux antifongiques. Nous avons analysé les communautés de champignons filamenteux aérocontaminants isolés à partir des mêmes échantillons. Nous avons identifié 16 genres de champignons filamenteux. la faible diversité et abondance de champignons filamenteux dans les zones urbaines par rapport aux suburbains ou à un environnement peu affecté par l'anthropisation et l’association claire entre certaines espèces fongiques et des environnements particuliers. nous avons analysé la génétique des populations de la levure C. glabrata. Nous avons typé par MLVA, 111 isolats de goélands et 79 isolats collectés chez des patients des hôpitaux de Nîmes, Montpellier et Marseille. Nous avons observé une diversité génétique similaire entre les populations de C. glabrata isolées chez le goéland ou chez l’homme. Les isolats de C. glabrata résistants au fluconazole se distribuaient uniformément dans les deux populations. / The yellow-legged gull is endemic in the French Mediterranean area. Their gut mycobiota has never been studied. This work aimed to describe their role in the spreading of potentially human pathogenic fungi with antifungal resistance. Therefore, we sampled 177 yellow-legged gull’s faecal samples in five sites along the Mediterranean littoral South of France; La Grande-Motte, Palavas-les-Flots, Pierre-Blanche, Frioul and Riou archipelagos. We identified seventeen yeast species; the most frequent were Candida krusei, Galactomyces geotrichum, C. glabrata, C. albicans and Saccharomyces cerevisiae. The frequency of the anthropic yeast species C. glabrata and C. albicans increased with the synanthropy of the gull’s colonies and antifungal resistance was found in each of the five most frequent yeast species. We further analyzed the airborne filamentous fungi species isolated from the same sample cultures. We identified 35 filamentous fungi species in 16 genera including 35 species. Both fungal diversity and abundance were low in urban area when compared to suburban ecocline or environments that were little affected by anthropogenic impact and particular fungal species were clearly associated with distinct environments. Finally, we analyzed the population genetic of the human pathogenic yeast C. glabrata, which were isolated from gulls (111 isolates) and from patients (79 isolates) in Nimes, Montpellier and Marseille hospitals, via MLVA analysis. We found that the C. glabrata populations isolated from gulls or humans shared a similar genetic diversity. Antifungal-resistant C. glabrata isolates were evenly distributed in both gull and human populations.
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Atividade de desinfetantes e de extrações de plantas Medicinais no sul do brasil sobre cepas de candida padrão e Isoladas em mastite bovina / Activity of disinfectants and extracts of Brazillian medicinal plants against standard candida and Candida strains isolated from bovine mastitis

Campos, Felipe Lopes January 2014 (has links)
No defrontar-se com os problemas relacionados às condições de saúde humana ou animal, mais especificamente as doenças infecciosas, os seres humanos das mais diversas culturas produzem conhecimentos e recursos para debelá-las. Esse reconhecimento tem despertado em investigadores em ciência o interesse pelo desenvolvimento de pesquisas etnográficas, como acontece aqui no estado do Rio Grande do Sul, visando o levantamento de espécies de plantas medicinais utilizadas por diferentes comunidades. A possibilidade de encontrar entre as plantas nativas alguma propriedade antimicrobiana constitui-se um grande desafio principalmente em um momento com relatos de resistência de microrganismos a inúmeros fármacos e desinfetantes convencionais existentes. Nesse sentido objetivando avaliar a ação desinfetante de plantas consideradas medicinais no Rio Grande do Sul assim como de desinfetantes convencionais como fungicidas, foram utilizadas cepa de Candida albicans ATCC e 21 isolados de Candida krusei, nove isolados de Candida rugosa e um isolado de Candia albicans, em mastite bovina. As plantas foram selecionadas por pesquisa bibliográfica cujo teor tivesse relação com estudos etnográficos no Rio Grande do Sul e, na sequência, foram realizados testes de triagem na forma de decocção e extrato hidroetanólico hidratado (EH), obtido de maceração hidroetanólica 70º GL, desalcoolizada e hidratada ao volume inicial, ambas as formas na proporção 5g/100 mL, frente as densidade as populacionais 105, 104 e 103 UFC/mL da cepa padrão, nos tempo de contato de uma e 24 horas. Da etapa de triagem foi selecionada a planta “Macela” Achyrocline saitureioides na forma de EH para teste com os isolados com as mesmas densidades populacionais usadas na triagem e tempos de contato iniciando em 15 minutos até o tempo em que não mais se observava o crescimento de colônias. Os desinfetantes convencionais Iodóforo e Amônia Quaternária (QAC – cloreto de cetil trimetilamônio) nas concentrações de 100%, 50% e 25%, foram confrontados com a cepa padrão e os 31 isolados de campo na densidade populacional de 106UFC/mL, nos tempos de contato de 15, 30 e 60 minutos, baseado na técnica do teste de suspensão na avaliação quantitativa da atividade fungicida e leveduricida de desinfetantes e antissépticos. A forma de decoto não apresentou diminuição logarítmica nas densidades populacionais testadas, nos tempos preconizados e a forma EH demonstrou diminuição logarítmica e tendo a marcela inibido o crescimento da cepa padrão já na primeira hora de contato sendo, por isso, escolhida para os testes com os isolados que apresentaram inativação entre os tempos contato de 30 minutos e 12 horas. Nos desinfetantes convencionais a menor concentração testada, no menor tempo de contato já foi capaz de inativar as células de leveduras, como era esperado. Em relação a atuação de Achyrocline satureioides a mesma apresentou na forma EH 5g/mL ação que nos permite sua utilização no controle da densidade populacional da levedura Candida spp. / When faced with problems related to the conditions of human or animal health,, specifically infectious diseases, human beings of diverse cultures produce knowledge and resources to quenching them. This recognition has attracted the interest of researchers to develop ethnographic studies, as it happens here in the state of Rio Grande do Sul, aiming at the survey of medicinal plants used by different communities. The possibility of finding native plants with antimicrobial property constitutes a major challenge especially in a moment with reports of microrganisms resistance to several drugs and conventional disinfectants. In this way, the aim of this study was to evaluate the Disinfectant activity of medicinal plants from Rio Grande do Sul and the fungicidal activity of conventional disinfectants. The Candida strains used was Candida albicans ATCC and Candida spp strains isolated from bovine mastitis cases (21 isolates of Candida krusei, nine isolates of Candida rugosa and one isolate of Candida albicans). The plants were selected by bibliographic research related to ethnographic studies in Rio Grande do Sul. Later, it was performed screening of decoction and hydrated hydroethanolic extract (HE), obtained by maceration hydroethanol 70 º GL, dealcoholized and hydrated to the initial volume, in the proportion 5 g/100 mL, front standard Candida albicans population densities of 105, 104 and 103 CFU.mL-1, in a contact time of 1 h and 24 h. After screening, the selected plant was “Macela” Achyrocline saitureioides. The hydrated hydroethanolic extract of Achyrocline saitureioides was tested front isolates with the same population densities used in screening and the time of contact begin at 15 minutes until the time that does not observe growth of colonies. The disinfectants iodophor (I) and quaternary amonium (QAC - cetyl trimethylammonium chloride), at concentrations 100%, 50% and 25%, were confronted with standard strain and 31 isolates from mastitis cases, population density of the initial inoculum was 106 CFU /mL, for contact times of 15, 30 and 60 minutes. The method used was dilution by the quantitative suspension test for evaluation of fungicidal and yeasticidal activities of Disinfectants and Antiseptics Chemicals. The decoction form does not present logarithimic reduction of tested population densities, at the recommended time and HE demonstrated logarithimic reduction; Marcela inhibited the growth of the standard strain within the first hour of contact and because of that it was chosen to the tests on isolates. Isolates showed inactivation between 30 minutes to 12 hours of contact time. It was observed that the lowest concentrations of the conventional disinfectants, at the lowest time of contact, inactivated all tested yeasts, as it was expected. Regarding the performance of Achyrocline satureioides, the extract (5g/mL) presented action that allows us to use it in the control of population density of the yeast Candida spp.
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Atividade de desinfetantes e de extrações de plantas Medicinais no sul do brasil sobre cepas de candida padrão e Isoladas em mastite bovina / Activity of disinfectants and extracts of Brazillian medicinal plants against standard candida and Candida strains isolated from bovine mastitis

Campos, Felipe Lopes January 2014 (has links)
No defrontar-se com os problemas relacionados às condições de saúde humana ou animal, mais especificamente as doenças infecciosas, os seres humanos das mais diversas culturas produzem conhecimentos e recursos para debelá-las. Esse reconhecimento tem despertado em investigadores em ciência o interesse pelo desenvolvimento de pesquisas etnográficas, como acontece aqui no estado do Rio Grande do Sul, visando o levantamento de espécies de plantas medicinais utilizadas por diferentes comunidades. A possibilidade de encontrar entre as plantas nativas alguma propriedade antimicrobiana constitui-se um grande desafio principalmente em um momento com relatos de resistência de microrganismos a inúmeros fármacos e desinfetantes convencionais existentes. Nesse sentido objetivando avaliar a ação desinfetante de plantas consideradas medicinais no Rio Grande do Sul assim como de desinfetantes convencionais como fungicidas, foram utilizadas cepa de Candida albicans ATCC e 21 isolados de Candida krusei, nove isolados de Candida rugosa e um isolado de Candia albicans, em mastite bovina. As plantas foram selecionadas por pesquisa bibliográfica cujo teor tivesse relação com estudos etnográficos no Rio Grande do Sul e, na sequência, foram realizados testes de triagem na forma de decocção e extrato hidroetanólico hidratado (EH), obtido de maceração hidroetanólica 70º GL, desalcoolizada e hidratada ao volume inicial, ambas as formas na proporção 5g/100 mL, frente as densidade as populacionais 105, 104 e 103 UFC/mL da cepa padrão, nos tempo de contato de uma e 24 horas. Da etapa de triagem foi selecionada a planta “Macela” Achyrocline saitureioides na forma de EH para teste com os isolados com as mesmas densidades populacionais usadas na triagem e tempos de contato iniciando em 15 minutos até o tempo em que não mais se observava o crescimento de colônias. Os desinfetantes convencionais Iodóforo e Amônia Quaternária (QAC – cloreto de cetil trimetilamônio) nas concentrações de 100%, 50% e 25%, foram confrontados com a cepa padrão e os 31 isolados de campo na densidade populacional de 106UFC/mL, nos tempos de contato de 15, 30 e 60 minutos, baseado na técnica do teste de suspensão na avaliação quantitativa da atividade fungicida e leveduricida de desinfetantes e antissépticos. A forma de decoto não apresentou diminuição logarítmica nas densidades populacionais testadas, nos tempos preconizados e a forma EH demonstrou diminuição logarítmica e tendo a marcela inibido o crescimento da cepa padrão já na primeira hora de contato sendo, por isso, escolhida para os testes com os isolados que apresentaram inativação entre os tempos contato de 30 minutos e 12 horas. Nos desinfetantes convencionais a menor concentração testada, no menor tempo de contato já foi capaz de inativar as células de leveduras, como era esperado. Em relação a atuação de Achyrocline satureioides a mesma apresentou na forma EH 5g/mL ação que nos permite sua utilização no controle da densidade populacional da levedura Candida spp. / When faced with problems related to the conditions of human or animal health,, specifically infectious diseases, human beings of diverse cultures produce knowledge and resources to quenching them. This recognition has attracted the interest of researchers to develop ethnographic studies, as it happens here in the state of Rio Grande do Sul, aiming at the survey of medicinal plants used by different communities. The possibility of finding native plants with antimicrobial property constitutes a major challenge especially in a moment with reports of microrganisms resistance to several drugs and conventional disinfectants. In this way, the aim of this study was to evaluate the Disinfectant activity of medicinal plants from Rio Grande do Sul and the fungicidal activity of conventional disinfectants. The Candida strains used was Candida albicans ATCC and Candida spp strains isolated from bovine mastitis cases (21 isolates of Candida krusei, nine isolates of Candida rugosa and one isolate of Candida albicans). The plants were selected by bibliographic research related to ethnographic studies in Rio Grande do Sul. Later, it was performed screening of decoction and hydrated hydroethanolic extract (HE), obtained by maceration hydroethanol 70 º GL, dealcoholized and hydrated to the initial volume, in the proportion 5 g/100 mL, front standard Candida albicans population densities of 105, 104 and 103 CFU.mL-1, in a contact time of 1 h and 24 h. After screening, the selected plant was “Macela” Achyrocline saitureioides. The hydrated hydroethanolic extract of Achyrocline saitureioides was tested front isolates with the same population densities used in screening and the time of contact begin at 15 minutes until the time that does not observe growth of colonies. The disinfectants iodophor (I) and quaternary amonium (QAC - cetyl trimethylammonium chloride), at concentrations 100%, 50% and 25%, were confronted with standard strain and 31 isolates from mastitis cases, population density of the initial inoculum was 106 CFU /mL, for contact times of 15, 30 and 60 minutes. The method used was dilution by the quantitative suspension test for evaluation of fungicidal and yeasticidal activities of Disinfectants and Antiseptics Chemicals. The decoction form does not present logarithimic reduction of tested population densities, at the recommended time and HE demonstrated logarithimic reduction; Marcela inhibited the growth of the standard strain within the first hour of contact and because of that it was chosen to the tests on isolates. Isolates showed inactivation between 30 minutes to 12 hours of contact time. It was observed that the lowest concentrations of the conventional disinfectants, at the lowest time of contact, inactivated all tested yeasts, as it was expected. Regarding the performance of Achyrocline satureioides, the extract (5g/mL) presented action that allows us to use it in the control of population density of the yeast Candida spp.
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Atividade de desinfetantes e de extrações de plantas Medicinais no sul do brasil sobre cepas de candida padrão e Isoladas em mastite bovina / Activity of disinfectants and extracts of Brazillian medicinal plants against standard candida and Candida strains isolated from bovine mastitis

Campos, Felipe Lopes January 2014 (has links)
No defrontar-se com os problemas relacionados às condições de saúde humana ou animal, mais especificamente as doenças infecciosas, os seres humanos das mais diversas culturas produzem conhecimentos e recursos para debelá-las. Esse reconhecimento tem despertado em investigadores em ciência o interesse pelo desenvolvimento de pesquisas etnográficas, como acontece aqui no estado do Rio Grande do Sul, visando o levantamento de espécies de plantas medicinais utilizadas por diferentes comunidades. A possibilidade de encontrar entre as plantas nativas alguma propriedade antimicrobiana constitui-se um grande desafio principalmente em um momento com relatos de resistência de microrganismos a inúmeros fármacos e desinfetantes convencionais existentes. Nesse sentido objetivando avaliar a ação desinfetante de plantas consideradas medicinais no Rio Grande do Sul assim como de desinfetantes convencionais como fungicidas, foram utilizadas cepa de Candida albicans ATCC e 21 isolados de Candida krusei, nove isolados de Candida rugosa e um isolado de Candia albicans, em mastite bovina. As plantas foram selecionadas por pesquisa bibliográfica cujo teor tivesse relação com estudos etnográficos no Rio Grande do Sul e, na sequência, foram realizados testes de triagem na forma de decocção e extrato hidroetanólico hidratado (EH), obtido de maceração hidroetanólica 70º GL, desalcoolizada e hidratada ao volume inicial, ambas as formas na proporção 5g/100 mL, frente as densidade as populacionais 105, 104 e 103 UFC/mL da cepa padrão, nos tempo de contato de uma e 24 horas. Da etapa de triagem foi selecionada a planta “Macela” Achyrocline saitureioides na forma de EH para teste com os isolados com as mesmas densidades populacionais usadas na triagem e tempos de contato iniciando em 15 minutos até o tempo em que não mais se observava o crescimento de colônias. Os desinfetantes convencionais Iodóforo e Amônia Quaternária (QAC – cloreto de cetil trimetilamônio) nas concentrações de 100%, 50% e 25%, foram confrontados com a cepa padrão e os 31 isolados de campo na densidade populacional de 106UFC/mL, nos tempos de contato de 15, 30 e 60 minutos, baseado na técnica do teste de suspensão na avaliação quantitativa da atividade fungicida e leveduricida de desinfetantes e antissépticos. A forma de decoto não apresentou diminuição logarítmica nas densidades populacionais testadas, nos tempos preconizados e a forma EH demonstrou diminuição logarítmica e tendo a marcela inibido o crescimento da cepa padrão já na primeira hora de contato sendo, por isso, escolhida para os testes com os isolados que apresentaram inativação entre os tempos contato de 30 minutos e 12 horas. Nos desinfetantes convencionais a menor concentração testada, no menor tempo de contato já foi capaz de inativar as células de leveduras, como era esperado. Em relação a atuação de Achyrocline satureioides a mesma apresentou na forma EH 5g/mL ação que nos permite sua utilização no controle da densidade populacional da levedura Candida spp. / When faced with problems related to the conditions of human or animal health,, specifically infectious diseases, human beings of diverse cultures produce knowledge and resources to quenching them. This recognition has attracted the interest of researchers to develop ethnographic studies, as it happens here in the state of Rio Grande do Sul, aiming at the survey of medicinal plants used by different communities. The possibility of finding native plants with antimicrobial property constitutes a major challenge especially in a moment with reports of microrganisms resistance to several drugs and conventional disinfectants. In this way, the aim of this study was to evaluate the Disinfectant activity of medicinal plants from Rio Grande do Sul and the fungicidal activity of conventional disinfectants. The Candida strains used was Candida albicans ATCC and Candida spp strains isolated from bovine mastitis cases (21 isolates of Candida krusei, nine isolates of Candida rugosa and one isolate of Candida albicans). The plants were selected by bibliographic research related to ethnographic studies in Rio Grande do Sul. Later, it was performed screening of decoction and hydrated hydroethanolic extract (HE), obtained by maceration hydroethanol 70 º GL, dealcoholized and hydrated to the initial volume, in the proportion 5 g/100 mL, front standard Candida albicans population densities of 105, 104 and 103 CFU.mL-1, in a contact time of 1 h and 24 h. After screening, the selected plant was “Macela” Achyrocline saitureioides. The hydrated hydroethanolic extract of Achyrocline saitureioides was tested front isolates with the same population densities used in screening and the time of contact begin at 15 minutes until the time that does not observe growth of colonies. The disinfectants iodophor (I) and quaternary amonium (QAC - cetyl trimethylammonium chloride), at concentrations 100%, 50% and 25%, were confronted with standard strain and 31 isolates from mastitis cases, population density of the initial inoculum was 106 CFU /mL, for contact times of 15, 30 and 60 minutes. The method used was dilution by the quantitative suspension test for evaluation of fungicidal and yeasticidal activities of Disinfectants and Antiseptics Chemicals. The decoction form does not present logarithimic reduction of tested population densities, at the recommended time and HE demonstrated logarithimic reduction; Marcela inhibited the growth of the standard strain within the first hour of contact and because of that it was chosen to the tests on isolates. Isolates showed inactivation between 30 minutes to 12 hours of contact time. It was observed that the lowest concentrations of the conventional disinfectants, at the lowest time of contact, inactivated all tested yeasts, as it was expected. Regarding the performance of Achyrocline satureioides, the extract (5g/mL) presented action that allows us to use it in the control of population density of the yeast Candida spp.

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