Submitted by Ramon Santana (ramon.souza@ufpe.br) on 2015-03-10T17:37:43Z No. of bitstreams: 2 TESE Erlon dos Santos.pdf: 1734297 bytes, checksum: 205753dd558082606a830dc4239e9826 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T17:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Erlon dos Santos.pdf: 1734297 bytes, checksum: 205753dd558082606a830dc4239e9826 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-06-13 / Os vírus linfotrópicos de células T humana tipos 1 e 2 (HTLV-1/2) são retrovírus associados a algumas doenças. O HTLV-1 está associado à paraparesia espástica tropical/mielopatia (PET/MAH), enquanto o HTLV-2 tem sido ocasionalmente associado às síndromes neurológicas semelhantes a PET/MAH sem associação de malignidade. Os mecanismos envolvidos no surgimento das doenças ainda não estão bem definidos. Entretanto, a carga proviral do HTLV, as mutações e a proteína tax podem está envovolvidas no desenvolvimento da doença. Os objetivos do presente estudo foram caracterizar o HTLV em pacientes com PET/MAH e portadores e determinar a soroprevlência desses vírus em gestantes durante o pré-natal. O DNA proviral foi extraído a partir de células periféricas mononuclares, utilizando o kit comercial (QIAamp® DNA Blood Mini Kit) e a identificação do tipo viral foi realizada através da Nested-PCR. Já a carga proviral do HTLV-1 pela PCR quantitativa - expressas em 106/PBMC. Para classificar a sequência tax, foi utilizada a enzima de restrição Bsh1236I (BstUI). Na pesquisa do anti-HTLV1/2 nas gestantes foi utilizado o KIT ELISA Ab capture ELISA Teste System (Ortho clinical Diagnostic In, Raritan, USA). Foi utilizado o Teste de Fisher, Mann-Whitney para avaliar a média da carga proviral. A Razão de prevalência, qui-quadrado (x2) e exato de Fischer foram utilizados para determinar as associações entre as gestantes. O poder do teste foi de 95%, com p<0,05 como limite para a significância. Fizeram parte do estudo 101 pacientes infectados pelo HTLV 1/2 - sintomáticos e assintomáticos e 209 gestantes. O HTLV-1 foi identificado em 68,3% (69/101) e o HTLV-2 em 31,7% (32/101). A média da carga proviral do HTLV-1 nos pacientes portadores foi de 3,62 log10; DP ± 0,960; IC95% 3,31-3,93 e naqueles com PET/MAH foi de 3,18 log10; DP 1,261; IC95% 2,68-3,68 (p = 0.0218). Em relação à sequência tax do HTLV, o subgrupo A foi identificado em 95,7% (66/69) e o B em 4,3% (3/69). A soroprevalência do HTLV1/2 nas gestantes foi de 8,1% (17/209). O DNA proviral do HTLV-1 foi identificado em 64,2% (9/14), com média da carga proviral de 3,17 ± 1,87 log10. As demais amostras foram negativas para o HTLV-1. Todas as gestantes encontravam-se assintomáticas e nenhuma variável pesquisada apresentou associação estatisticamente significativa. Em conclusão, não houve diferença entre a média da carga proviral do HTLV-1 entre os pacientes com PET/MAH e portadores. Houve uma maior frequência do subgrupo A da sequência tax nos pacientes com PET/MAH, sem associação com o desenvolvimento da doença. Foi elevada a prevalência da infecção pelo HTLV-2 nos portadores. A alta soroprevalência do HTLV-1/2 nas gestantes sugere a implantação da triagem deste vírus no pré-natal.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T18:47:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertacao-BrenoAlbuquerque.pdf: 1989114 bytes, checksum: 513b1650c4c44605e3bda0afef185321 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T18:47:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertacao-BrenoAlbuquerque.pdf: 1989114 bytes, checksum: 513b1650c4c44605e3bda0afef185321 (MD5) Previous issue date: 2012 / O Papilomavírus bovino(BPV) é o agente etiológico da papilomatosebovina. Esta apresenta lesões que normalmente são benignas e tendem a regredir, porém podem progredir a uma neoplasia. Muitas metodologias utilizadas para detecção de BPV se mostram inespecíficas e apresentam reações cruzadas com outros organismos relacionados. No entanto, a reação quantitativa em tempo real emcadeia da polimerase (qPCR) é uma ferramenta de destaque na detecção, tipificação e quantificação de nucleotídeos e vem sendo utilizada na clínica para avaliar carga viral. O objetivo do trabalho foi desenvolver um novo protocolo de detecção, tipificação e quantificação de BPV através daqPCR. Foram desenhados cinco pares de primers, que possuem como alvo uma região conservada do genoma viral (gene L1) de diferentes BPVs. A seletividade dos primers foi testada in vitroe DNA extraído de células MDBK não infectadas foram utilizados como controle negativo. A técnica de qPCR permitiu detectar, tipificar e quantificar material viral dos BPVs 1, 2, 4, 5 e 6. O limiar relativo da detecção foi de 4fg de DNA,emtorno de 30-40 cópias de DNA/μL. Dos cinco pares de primers produzidos, quatro apresentaram mesmo perfil térmico durante a qPCR (qPCRBPV2, 4, 5 e 6), permitindo em um único procedimento detectar e tipificar os quatro tipos virais. A distinção das amostrasfoi realizada através da análise de meltingque permitiu tipificá-las. Através da metodologia desenvolvida foi observado que em lesões cutâneas de bovinos infectados com BPV a carga viral não se mostrou inferior a 1000 cópias/μL, enquanto que a técnica permite quantificar até um limiar de 40 copias de DNA/μl. Este trabalho possui relevância para validação de qPCR como diagnóstico da papilomatose bovina e particular importância quando aplicado em estudos da infecção pelo BPV e no monitoramento por veterinários da eficácia das futuras vacinas. / Bovine papillomavirus (BPVs) is the etiologic agent of bovine papilomatose which is characterized by hyper proliferative lesions. Papillomas in cattle are typically benignandoften regress, but occasionally lesions can persist and progress to malignant neoplasia.The majority of current techniques for identification of BPV is unspecific andpossessescross-reactivity with closely related organisms.The Real-time quantitative polymerase chain reaction assay (qPCR) has become an exceptional tool for detection and quantification of oligonucleotides and has been utilized increasingly on viral load evaluation.Aiming to develop a new protocol for fast detection, typification and quantification of BPV in qPCR, we designed five pairs of Oligonucleotides for BPV1, 2, 4, 5 and 6 focusing on L1 gene. The qPCR primers sets were testedin vitroandMadin-Darby Bovine Kidney Cells (MDBK)DNA was also used as negative control.The Real-time qPCR assay provided an accurate detection and quantification for the BPVs 1, 2, 4, 5 and 6. The relative detection limit for the assays was 4fg or 30 to 40genome equivalents. Four primers pairs (qPCRBPV2, 4, 5 and 6) had the same annealing temperature and their products showed differences on meltingpoints analyses. Through the meltingpoint analysis, samples can be identified and discriminated as a screening and then samples can be run for viral load. In our study we tested the viral load in bovine cutaneous skin warts and observed infections with 1000 copies/μl at least. However, this assay could reach levels of 40copies/μL. In conclusion, this methodology has an important impact on the validation of qPCR as a BPV diagnosis. Its relevance is proved when applied to BPV infection studies and the monitoring of the efficacy of future BPV vaccinesby veterinarians.

Orientador: Eliana Amaral / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T19:54:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_AngelaBorgesdeCarvalho_M.pdf: 1116989 bytes, checksum: 86a785222163ae5f264dc20b018e039f (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: OBJETIVO: Estudar os fatores associados à detecção de HPV e HIV na vagina, incluindo sua correlação. MÉTODOS: Trata-se de um estudo de corte transversal em mulheres infectadas por HIV. Excluíram-se gestantes e aquelas com antecedente de histerectomia, em uso de medicações vaginais nas últimas 48h, que tiveram relação sexual desprotegida havia menos de 72h ou com sangramento genital. Utilizou-se amostra endocervical para realização de teste de Captura Híbrida II® (HPV por CH II) para detecção de HPV (alto e baixo risco), clamídia e gonococo. Os tipos de HPV foram identificados por Linear Array®, Roche, após amplificação do DNA viral. Colheu-se lavado vaginal para determinação de RNA-HIV livre (utilizando-se 10 mL de solução salina). As cargas virais vaginal e plasmática de HIV foram mensuradas utilizando-se o kit HIV Monitor v1.5 Cobas Amplicor®. Calcularam-se as razões de prevalência e respectivos intervalos de confiança a 95%. RESULTADOS: Entre as 201 mulheres, das quais 73,6% em uso de TARV identificou-se o HPV de alto ou baixo risco pela CH II em 37,3% delas. O RNA-HIV livre foi detectável no lavado vaginal em 9% dos casos. Houve maior detecção de HPV por CH II com HIV plasmático detectável, menores valores de linfócitos T CD4, uso de contraceptivo combinado e tabagismo, mas não houve associação com RNA-HIV vaginal. O HPV pela CH II também foi mais prevalente quando havia alteração citológica e colposcópica, mas não ectopia, ulceração genital, monilíase ou vaginose bacteriana. Em mais de 80% das amostras, detectou-se algum tipo de HPV (em média, três tipos). Os tipos mais prevalentes foram HPV 62 (24,9%), 6 (19,4%), 53 (17,4%), 51 (14,9%), 61 (13,9%), 16 (12,9%) e HPV 84 (11,4%). HPV 53, 51 e 16 (alto risco) e HPV 84 (indeterminado) foram associados à maior detecção pela CH II. A presença de mais de três tipos de HPV foi o único fator que aumentou a prevalência de HPV por CH II na análise multivariada. Não usar TARV, carga viral plasmática detectável, CD4 reduzido e vaginose bacteriana aumentaram a prevalência de RNA-HIV vaginal, mas carga viral plasmática foi a única variável significativa na análise multivariada. Conclusão: O HPV foi detectável em 37,5% dos casos, quando se usou CH II, e em 80% dos casos quando se usou tipagem por Linear Array®. Ter RNA HIV vaginal detectável não aumentou a prevalência da detecção de HPV. A prevalência de RNA HIV vaginal foi 9%, bem abaixo dos valores da literatura e associada à carga viral plasmática / Abstract: Aim: To study factors associated to HPV and HIV vaginal viral load, including their correlation. Methods: This is a cross-sectional study with HIV- infected women. Those who were pregnant, had undergone histerectomy, using vaginal medication within the last 48 hours, had had unprotected sex less than 72 hours before, or had genital bleeding were excluded. An endocervical sample was used for Hybrid Capture II (HPV by HC II) to detect HPV (high and low risk), Chamydia trachomatis and N. gonorrhoeae. HPV types were identified by Linear Array (Roche), after viral DNA amplification. A cervico-vaginal lavage sample was obtained to determine free RNA-HIV load, using 10 mL of sterile normal saline. HIV vaginal and plasmatic viral loads were measured by HIV Monitor V 1.5 Cobas Amplicor. Prevalence ratios and respective 95% confidence intervals were calculated. RESULTS: Out of 201 women, 73.6% using ARV, 37.3% of women were identified with high or low risk HPV by HC II. Free HIV-RNA was detectable in cervical vaginal lavage of 9% of the cases. Higher HPV prevalence was associated with plasmatic HIV, lower T CD4 lynphocytes, combined hormonal contraceptives and cigarette smoking, but not with vaginal HIV-RNA. HPV by HC II was more prevalent in cases of cytologic or colposcopic abnormalities, but not ectopy, genital ulcerations, candidiasis or bacterial vaginosis. In over 80% of the samples, some type of HPV was detected (on average 3 types). The most prevalent types were HPV 62 (24.9%), 6 (19.4%), 53 (17.4%), 51 (14.9%), 61 (13.9%), 16 (12.9%) and 84 (11.4%). HPV 53, 51 and 16 (high risk) and 84 (undetermined) were associated to higher detection by HC II. The presence of more than three HPV types was the only factor which increased the prevalence of HPV by HC II in multivariate analysis. Using no ART, reduced CD4, plasma HIV viral load, and bacterial vaginosis increased the prevalence of vaginal HIVRNA, but plasmatic viral load was the only significant variable lin the multivariate analysis. CONCLUSIONS: HPV by HC II was detected in 37.5% of samples, and in 80% of the cases when Linear Array typing washed used. Having detectable vaginal RNA-HIV has not increased the prevalence of HPV detection. The prevalence of vagina RNA-HIV was 9%, well below the values found in the medical literature and associated to plasmatic viral load / Mestrado / Tocoginecologia / Mestre em Tocoginecologia

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-28T22:47:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rosivania Silva Mota.pdf: 2096527 bytes, checksum: c2bf113b3ef63f3e3e91b1bc8f1d7c61 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-11-20T22:34:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rosivania Silva Mota.pdf: 2096527 bytes, checksum: c2bf113b3ef63f3e3e91b1bc8f1d7c61 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-20T22:34:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rosivania Silva Mota.pdf: 2096527 bytes, checksum: c2bf113b3ef63f3e3e91b1bc8f1d7c61 (MD5) Previous issue date: 2017-08-30 / Existem muitos relatos de alterações hematológicas medulares em portadores crônicos do HCV, entretanto os estudos realizados até o momento se destinaram a pacientes infectados e sintomáticos de doença hepática e/ou hematológica que foram encaminhados a atendimento médico terciário para investigação de citopenias. Nenhum estudo foi encontrado que abordasse a avaliação das alterações em medula óssea, numa fase mais precoce da infecção, com pacientes ainda assintomáticos do ponto de vista hematológico e hepático. Os objetivos deste estudo foram descrever as alterações hematológicas periféricas e medulares em indivíduos infectados pelo vírus da hepatite C (HCV) e assintomáticos de doenças hepática e hematológica, ainda não submetidos a tratamento específico e correlacioná-las com a carga viral plasmática, genótipos e graus de fibrose hepática. Estimar a frequência das alterações hematológicas periféricas e medulares e verificar a associação entre as alterações hematológicas periféricas e medulares com carga viral, genótipos e graus de fibrose hepática. Trata-se de estudo descritivo analítico, onde foram selecionados 30 pacientes de ambos os sexos, com idade entre 18 a 60 anos, atendidos nos ambulatórios de hepatologia e infectologia do Estado da Paraíba no período de 01/2016 a 03/2017. Foi realizada uma entrevista para obtenção dos dados sócios demográficos, os clínico-laboratoriais foram obtidos a partir dos registros em prontuários e realizado a coleta do aspirado de medula óssea. A média de idade foi de 43,93, sendo 60,0% mulheres. A frequência das alterações hematológicas periféricas foi de 20,0% (6/30) e das alterações medulares de 90,0% (25/30), observou-se associação entre os indivíduos com alterações hematológicas periféricas e os graus de fibrose (p=0,014), sem associação com a carga viral e os genótipos. O genótipo 1 foi presente em 80,0% (24/30) dos pacientes e alta viremia em 64,4% (16/30) e 66,7% (20/30) com graus iniciais de fibrose hepática de F0 a F2. 80,0% (24/30) dos pacientes não tinham alterações no exame sanguíneo periférico, entretanto na análise do mielograma56,7% (17/30) apresentavam algum tipo de alteração na celularidade geral e/ou específica por série, 83,3% (25/30) tinham alteração de maturação das linhagens celulares, predominando a desproporção maturativanúcleo citoplasmática e os retardos maturativos. Trata-se de estudo pioneiro com pacientes assintomáticos de doença hepática, infectados pelo HCV, assim apesar da baixa frequência das alterações periféricas, houve associação com os graus de fibrose e por outro lado as alterações hematológicas medulares foram altas, mas sem associação com a carga viral, os genótipos e o grau de fibrose, ressalta-se a importância do acompanhamento hematológico desses pacientes, uma vez que podem se beneficiar com uma abordagem mais precoce de sua doença hepática com o tratamento especifico, bloqueando a progressão desses distúrbios hematológicos antes de tornarem-se irreversíveis. / There are many reports of hematological changes in peripheral blood and bone marrowin chronic HCV infected patients, however, the studies carried out so far have been aimed at patients infected and symptomatic of liver and / or hematological disease who were referred to tertiary medical care withcytopenias to be investigated. No study was found to address the evaluation of bone marrow changes, at an earlier stage of infection, with patients still asymptomatic from a hematological and hepatic point of view. The aims of this study were to describe hematological changes in peripheral blood and bone marrow in infected individuals with hepatitis C virus infection and asymptomatic of hepatic and hematological diseases, not yet submitted to specific treatment and correlate them with viral load, genotype and degree of hepatic fibrosis. To estimate the frequency of peripheral and medullary hematological changes and to verify the association between peripheral and medullary hematological changes with viral load, genotypes and degrees of hepatic fibrosis. This is an analytical descriptive study, in which 30 patients of both sexes, aged between 18 and 60 years old, attended at the outpatient clinics of hepatology and infectology of the State of Paraíba were selected from 2016, january to 2017, march. An interview was carried out to obtain the socio-demographic data, the clinical-laboratory ones were obtained from the medical records and the bone marrow aspirate was collected. The mean age was 43.93, with 60.0% women. The frequency of peripheral hematological alterations was 20.0% (6/30) and the medullary changes of 90.0% (25/30), an association was observed between individuals with peripheral hematological alterations and degree of fibrosis (p=0,014), without association with viral load and genotype. Genotype 1 was present in 80.0% (24/30) of the patients and high viremia in 64.4% (16/30) and 66.7% (20/30) with initial degrees of hepatic fibrosis from F0 to F2. 80.0% (24/30) of the patients had no alterations in the peripheral blood test; however, in the analysis of the myelogram 56.7% (17/30) presented some type of alteration in general and / or specific series cellularity, 83, 3% (25/30) had maturational alterations of the cell lineages, predominating maturative nucleus cytoplasmatic disproportion and maturative delays. This is a pioneer study with asymptomatic patients of liver disease, infected with HCV, thus, despite the low frequency of peripheral alterations was low, there was an association with the degree of fibrosis and, on the other hand, the hematological changes in bone marrow were high but with no association with viral load, genotype and degree of fibrosis, however the importance of hematologic follow-up of these patients is emphasized, since they may benefit from an earlier approach to their liver disease with specific treatment, blocking the progression of these hematological disordersbefore they become irreversible.

Orientador: Angelo José Magro / Resumo: A Hepatite C é uma doença hepática de etiologia viral cujo agente é o Vírus da Hepatite C (VHC). A infecção pelo vírus, na grande maioria dos casos evolui para a cronicidade, sendo, portanto, um problema de saúde pública devido ao seu grande potencial de evolução para cirrose e hepatocarcinoma. Portanto, atualmente é fundamental a utilização de testes moleculares como diagnóstico complementar e para o acompanhamento da doença no paciente infectado, assim como para a detecção cada vez mais precoce da infecção pelo VHC. Neste sentido, testes para a detecção de ácidos nucléicos podem ser utilizados para a detecção qualitativa e quantitativa do RNA-VHC no sangue dos pacientes, de modo a avaliar a dinâmica da infecção e definir a conduta terapêutica. Desta forma, o Ministério da Saúde adotou no Brasil uma metodologia baseada na Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (RT-qPCR) precedida de etapa de transcrição reversa para a detecção do material genético viral em amostras de plasma dos infectados. A presença do VHC está documentada em outros compartimentos biológicos como células mononucleares do sangue periférico (PBMC) e plaquetas, o que sugere que o protocolo atualmente adotado no Brasil pode superestimar o número de partículas virais ativas, visto que o plasma preparado para a realização desta análise contém uma grande quantidade de plaquetas em relação à contagem total dos indivíduos. Desta forma, a finalidade da execução deste projeto foi comparar a carga viral do VHC e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hepatitis C is a liver disease of viral etiology whose agent is Hepatitis C Virus (HCV). This virus infection, in the vast majority of cases, progresses to chronicity and is therefore a public health problem due to its great potential for progression to cirrhosis and hepatocarcinoma. Therefore, the use of molecular tests as a complementary diagnosis and disease control, as well as for early detection of HCV infection, is currently essential. In this sense, tests for the detection of nucleic acids can be used for the qualitative and quantitative detection of HCV RNA in the blood of the patients, in order to evaluate the dynamics of the infection and define the therapeutics. Thus the Brazilian Ministry of Health adopted a methodology based on the Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) preceded by a reverse transcription step for the detection of the viral genetic material in plasma samples of infected individuals. The presence of HCV is well documented in other biological compartments such as peripheral blood mononuclear cells (PBMC) and platelets, suggesting that the protocol currently adopted in Brazil may overestimate the number of active viral particles, since the plasma samples prepared for this analysis contains a large amount of platelets. Thus, the purpose of this project was to compare the HCV viral load in chronically infected patients, taking into account the protocol currently used by the SUS and another one modified, where the plasma samples are practically ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Programa Nacional de DST/Aids / O estudo da infecção recente pelo HIV-1 tem papel fundamental para o entendimento da patogênese da imunodeficiência causada por este vírus. Para tanto, foi estabelecida em 2002 uma coorte na UNIFESP em colaboração com a Prefeitura de São Paulo, com pacientes com infecção recente pelo HIV-1, diagnosticados pelo método de dupla testagem sorológica, o STAHRS. Até o fechamento dos dados para este trabalho foram incluídos 207 voluntários com infecção recente pelo HIV-1, 191 homens (92,27%), 173 deles referem realizar sexo com homens (HSH, 83,98%). Entre todos os participantes, 123 são brancos (59,79%) com média de idade igual a 32,09 anos (extremos de 18,13 e 70,41 anos). Todos os voluntários referem ter contraído o vírus por via sexual. Dentre os parâmetros demográficos pudemos demonstrar a relação entre maior idade no momento da infecção e menor tempo para progressão para imunodeficiência (p=0,02). A mediana do resultado da contagem de linfócitos T CD4+ na primeira coleta de sangue do estudo foi de 529 células/μL (interquartil 25-75% [IQ], 403–698), de linfócitos T CD8+ foi 907 células/μL (IQ 607–1.194) e a mediana da carga viral 21.100 cópias/mL (IQ 4.392-72.025), que em escala logarítmica na base 10 (log10) corresponde a 4,32/mL (IQ 3,64–4,86). Compareceram à consulta clínica inicial 196 pacientes, 66 (33,67%) referiram sintomas, com duração de 15 dias em média, sendo febre o mais freqüente (84,85%), seguido de intensa indisposição ou fraqueza (65,15%), aumento do volume de gânglios (45,45%), dores pelo corpo (36,36%) e dor de garganta (16,66%), além de emagrecimento, diarréia, cefaléia, dor abdominal, úlceras esofágicas e meningite viral. Não houve diferença no tempo de progressão entre os que descreveram sintomas ou não. Os dados sugerem, portanto, não existir relação entre a apresentação clínica inicial e o tempo para imunodeficiência. Observamos ainda que os pacientes que apresentaram sintomas sugestivos de infecção aguda apresentaram maior valor de linfócitos T CD8+ (p=0,003) e de carga viral (p=0,046). Este estudo fortemente sugere que a presença de sintomas na infecção aguda pelo HIV-1 não prediz menor ou maior tempo para imunodeficiência, mas pacientes sintomáticos mantiveram carga vira e contagem de linfócitos T CD8+ elevados durante todo o período de acompanhamento. Estes achados reforçam a importância de estudos de coorte com pacientes com infecção recente pelo HIV-1, para a busca de fatores imunológicos que expliquem estes achados. / Studies of recently HIV-1-infected subjects are important for the pathogenesis understanding of the disease. Therefore, a cohort was started in 2002 at UNIFESP, in collaboration with the City of São Paulo, with recently HIV-1-infected patients identified by the dual testing approach, also known as STARHS. By the time of database locking for this analysis, 207 volunteers were included, 191 men (92.27%), 173 of those reporting sex with men (83.98%). Among the participants, 123 are white (59.79%) with age average of 32.09 years-old (extremes of 18.13 and 70.41). All the volunteers referred sexual acquisition of HIV infection. Among the demographic variables we were able to demonstrate an association between higher age and time for progression to immunodeficiency (p=0.02). The median values for laboratory findings at baseline were CD4+ T of 529 cells/μl (interquartile range 25-75% [IQ], 403–698), CD8+ T of 907 cells/μl (IQ 607–1.194) and viral load of 21,100 copies/ml (IQ 4,392-72,025), translated into 4.32 log10/ml (IQ 3.64–4.86). One hundred, ninety six volunteers came for the first clinical appointment, 66 33.67%) of those describing symptoms compatible with acute HIV infection, on average for 15 days, with fever as the most frequent (84.85%), followed by significant malaise and fatigue (65.15%), lymphnode enlargement (45.45%), body pain (36.36%), and sore throat (16.66%), besides weight loss, diarrhea, headache, abdominal pain, esophageal ulcers, and viral meningitis. We could not detect differences in the time for progression among those who described symptoms or not. Therefore, these data suggest the lack of association between acute HIV-1 infection syndrome and time of progression to immunodeficiency. We could also observe that patients who referred symptoms had higher CD8+ T lymphocyte counts (p=0.003) and higher viral load (p=0.046). This study has strongly suggested that the presence of symptoms during acute HIV-1 infection does not predict faster or slower progression to immunodeficiency, but those patients with acute syndrome maintained higher CD8+ T cell counts and higher viral loads during their follow-up. These findings support the importance of cohort studies in recently HIV-1-infected subjects to better understand the immunological mechanisms to explain these findinds. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:40Z : No. of bitstreams: 1 Publico-065a.pdf: 467665 bytes, checksum: 5c21c191852c281d4e2eebf6fd7a8d72 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:40Z : No. of bitstreams: 2 Publico-065a.pdf: 467665 bytes, checksum: 5c21c191852c281d4e2eebf6fd7a8d72 (MD5) Publico-065b.pdf: 1808818 bytes, checksum: ea880bd6471f0602f5add685ca9800fe (MD5) / INTRODUÇÃO: A substituição monótona de bases G → A no genoma do HIV-1 é observada desde a década de 1990, entretanto, apenas recentemente esse efeito foi atribuído às APOBECs (apolipoprotein B editing catalytic polypeptide) da imunidade inata. As APOBECs celulares atuam na deaminação de citidina a uridina na fita de DNA viral de polaridade negativa e esse efeito é verificado como excesso de adeninas na fita complementar de DNA viral resultante do processo de transcrição reversa. A presença de hipermutações ocasiona perda da capacidade replicativa da partícula do HIV-1 e pode levar populações virais à extinção. Estudos in vitro demonstraram o efeito antiretroviral das APOBECs3 baseados, principalmente, na verificação de hipermutação. Por outro lado, estudos sistemáticos in vivo são escassos e os dados da literatura são controversos com relação ao efeito da hipermutação no genoma das subpopulações de HIV-1 e na dinâmica da infecção. OBJETIVOS: Este estudo objetivou avaliar os efeitos da hipermutação em pacientes HIVpositivos não tratados correlacionando a freqüência de hipermutação com a carga viral. A carga viral é um importante indicador biológico de replicação do HIV-1 e clínico de progressão para a aids. Assim sendo, foi testado se a presença de hipermutação tem efeito protetor no controle da infecção natural pelo HIV utilizando como parâmetro de apoio a carga viral plasmática do HIV-1 nas 157 amostras de pacientes não tratados testadas para detecção de hipermutação. A integrase constitui um hot spot de hipermutação no genoma viral. MÉTODOS: Foi realizada PCR (Polymerase Chain Reaction) para amplificar um fragmento de 582 pares de bases do gene da integrase e o produto de PCR foi visualizado em gel de agarose com HA-Yellow. O corante HA-Yellow retarda a migração eletroforética de um produto de PCR proporcionalmente ao conteúdo de bases A da sequência. Nosso método de análise foi validado com base em sequências de clones e calibrado em acordo com os resultados gerados pelo programa Hypermut (disponível em http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HYPERMUT/ hypermut.html). A análise dos dados realizou-se com base na estatística de K-means que permitiu agrupar as amostras clínicas de acordo com sua distância de migração no gel de agarose com HA-Yellow. RESULTADOS: Foi observada hipermutação em 31,2% (n=49/157) destas amostras e houve associação entre presença de hipermutação e maiores níveis de viremia (P=0,02, teste de Mann-Whitney). Adicionalmente, a presença de hipermutação não apresentou associação com menores níveis de linfócitos T CD4 positivos (P=0,06, Teste de Mann-Whitney), nem ao gênero ou à etnia. CONCLUSÕES: Os valores de carga viral detectados em cada indivíduo refletem a quantidade de partículas virais filtradas pelo processo de hipermutação e o substrato da hipermutação é a replicação viral. Assim sendo, nós constatamos que amostras clínicas com altos níveis de replicação viral exibiram o fenômeno de hipermutação mais frequentemente. Em resumo, a detecção de variantes provirais de HIV-1 portando hipermutação correlacionou-se com maiores níveis de carga viral nos pacientes avaliados. Assim sendo, concluímos que a hipermutação, fenômeno bioquímico de substituições G para A no HIV-1, é um processo pervasivo e está associada com níveis mais elevados de replicação viral. Palavras- Chave: HIV-1, APOBEC, imunidade inata, carga viral, hipermutação / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:44:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000041.pdf: 2945846 bytes, checksum: 9459efcda4034b425c3b73b8d2f0b167 (MD5) Previous issue date: 2008 / Estudos que relacionam a cinética de viremia, o estado de imunidade do hospedeiro e as formas clínicas da dengue são importantes para uma melhor compreensão da patogênese da doença. A quantificação da magnitude da replicação viral é fundamental no entendimento da progressão da doença para formas clínicas mais graves. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de estudar a cinética de viremia do vírus dengue sorotipo 3 (DENV-3) nos diferentes tipos de infecção e formas clínicas. Dois kits (DSSS-P26 e DSSS-P29), específicos para detecção e determinação da carga viral do DENV-3 por PCR em tempo real, foram testados e validados, sendo escolhido e utilizado o kit DSSS-P29 que apresentou um limite de detecção de 10 cópias de RNA. Foram analisadas 314 amostras de soro seqüenciais de 85 pacientes, além de 209 primeiras amostras coletadas na fase aguda (período febril). Os níveis de viremia foram os mesmos em infecções primárias e secundárias e diferentes formas clínicas, quando analisadas amostras seqüenciais. O tempo mediano de duração da viremia foi de 10 dias. A carga viral máxima foi observada entre o primeiro e o terceiro dia após o início dos sintomas. Foi detectada viremia após a defervescência em todas as formas clínicas. A redução dos níveis de plaquetas foi mais acentuada nas infecções primárias, com valores mais baixos entre o quinto e o sétimo dia de início dos sintomas. Além disso, os valores de transaminase glutâmico oxalacética (TGO) foram mais elevados que os de transaminase glutâmico pirúvica (TGP) em amostras coletadas até oito dias de início dos sintomas, em infecções secundárias e na forma clínica dengue clássica complicada, embora a TGP tenha permanecido alterada por mais tempo. Os níveis de viremia foram mais elevados nas formas mais graves (febre hemorrágica da dengue e dengue clássica complicada) que em dengue clássica (p0,0001), quando analisada a primeira amostra de cada paciente, coletada na fase febril. Os níveis de carga viral e cinética de viremia nas amostras analisadas não possibilitaram predizer a gravidade da dengue

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:36:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) adriana_pedro_ipec_mest_2011.pdf: 1694738 bytes, checksum: caa13f955b41a09cee04b55a7d359282 (MD5) Previous issue date: 2014-11-17 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução: A presença do HIV no trato genital feminino tem um papel importante no estudo da transmissão vertical, bem como na transmissão heterossexual do vírus. A quantificação, viral nas secreções genitais é essencial par estudar a compartimentalização viral e desenvolver estratégias de intervenção para evitar a transmissão do HIV e a disseminação de variantes resistentes aos antirretrovirais. Objetivo: O objetivo deste estudo foi analisar o perfil de carga viral em secreções genitais de gestantes submetidas à quimioprofilaxia para prevenção da transmissão vertical do HIV antes da introdução da terapia antirretroviral (TARV), e após sua descontinuidade no parto, avaliando uma possível correlação com a carga viral plasmática. Além disso, foi feito o seqüenciamento de nucleotídeos das variantes virais presentes nas secreções no intuito de avaliar o polimorfismo viral e a presença de mutações de resistência. Material e Métodos: Uma coorte de 274 gestantes portadoras infectadas pelo HIV, virgens de tratamento, foi acompanhada no Hospital Geral de Nova Iguaçu, Rio de Janeiro, de 2005 a 2008. Desse grupo, um total de 117 gestantes aceitou participar deste subestudo e todas assinaram um termo de consentimento livre esclarecido. A coleta de amostras de plasma e secreção na visita de inclusão no estudo (pré-TARV) foi possível para 92 gestantes. As amostras cervicovaginais foram coletadas em tiras Tear Flow®, estocadas em 500\03BCL de tampão NASBA® e armazenadas a -70°C. Essas amostras foram submetidas à quantificação do RNA-HIV-1 através do NASBA Nuclisens EasyQ® (bioMérieux). O bDNA® (Siemens) foi utilizado para determinar a carga viral no plasma. O RNA do HIV-1 no plasma foi comparado ao da secreção genital. Para a genotipagem as amostras foram analisadas utilizando o Kit ViroSeq®. As amostras que não amplificaram por esta metodologia foram resgatadas utilizando-se um método in house As seqüências foram editadas e analisadas através de ferramentas de bioinformática para a determinação do subtipo viral, polimorfismos e mutações de resistência. Resultados: O RNA do HIV-1 foi detectado em 40 (43,5%) das 92 amostras de secreção genital e em 83 (91,3%) das amostras plasma no momento pré-TARV. A análise comparativa das cargas virais entre o plasma e a secreção genital foi realizada para 74 amostras. Foi evidenciado que cerca de 50% (36/74) das amostras de plasma e secreção genital encontra-se na mesma faixa de carga viral. Destas, 13 (36%) na faixa de detecção abaixo de 1000 cópias/ml, 9 (25%) para a faixa intermediária de 1.000 \2013 10.000 cp/ml e 14 (39%) para a faixa acima de 10.000 cp/ml. Trinta e oito amostras (51%) tiveram perfil discordante na comparação entre as diferentes faixas de CV, com maior discrepância na faixa intermediária (1.000 \2013 10.000 copias/ml), confirmando as diferenças entre níveis analisados de carga viral plasmática e na secreção genital antes da introdução de TARV (p=0,013). No momento pós-TARV, 43 mulheres possuíam amostra genital e plasmática posterior à interrupção do tratamento. Estas amostras foram obtidas nas visitas realizadas entre dois e seis meses após o parto, com uma mediana de 3,5 meses (DP= 1,7, IQI= 2-6). Das 43 amostras genitais coletadas, 36 geraram resultados mensuráveis de carga viral e sete foram inválidas para o teste Na distribuição da CV nos dois compartimentos observamos que 55,8% das mulheres tinham CV detectável na secreção genital e uma proporção mais elevada de CVs indetectáveis na secreção quando comparada ao plasma. A amplificação e a genotipagem foram obtidas para 24 (60%) amostras no momento pré-TARV e 13 (40%) das 34 amostras no momento pós-TARV. A análise das seqüências obtidas não revelou nenhuma mutação de resistência primária aos antirretrovirais, embora a presença de alguns polimorfismos e mutações acessórias tenha sido verificada. Conclusão: Estes resultados sugerem que a CV do HIV no plasma é um importante preditor da CV nas secreções genitais. Entretanto, pode haver excreção do HIV nas secreções genitais, ainda que a na ausência de viremia. Algumas mulheres apresentaram um perfil de carga viral e de polimorfismos distintos no plasma e na secreção genital, sugerindo que o compartimento genital pode funcionar como um reservatório para a replicação e diferenciação do HIV / Introduction: The presence of HIV - 1 in the female genital tract has an important role in mother - to - child transmission (MTCT) of HIV, as well as hetero sexual transmission. Quantitation of HIV - 1 levels in mucosal secretions is essential to study compartmentalization of HIV - 1 and to develop intervention strategies to prevent HIV transmission , as well as the dissemination of viral variants resistant to anti retroviral drugs . Aim: The aim of this study was to analyze the profile of HIV - 1 viral load in genital secretions in HIV - infected pregnant women submitted to chemoprophylaxis for the prevention of MTC T before treatment and after its discontinuation at deli very . T he quantification of HIV - 1 viral load was undertaken in the women’s genital tract to evaluate a possible correlation with plasma HIV viral load. Moreover, genotypi ng of HIV samples in the genital secretions was performed to assess viral polymorphism s and antiretroviral drug resistance profiles . Methods: A cohort of 274 HIV - 1 infected pregnant women , antiretroviral - naïve, was followed up at the Hospital Geral de Nova Iguacu , Rio de Janeiro, from 2005 to2008 . Of that group, a total of 117 pregnant wome n agreed to participate in this sub study and all women signed an informed consent form. The study has been approved by the IPEC IRB. Collection of plasma samples and genital secretions was possible for 92 pregnant women at the inclusion in the study , befo re starting antiretrovirals. HIV - 1 RNA has been quantified in the plasma and in the genital secretion. The cervicovaginal samples were collected in Flow Tear  , stored in 500 μ L of NASBA buffer and stored at - 70 ° C. The methodology bDNA ® ( Siemens) was used to determine viral load in plasma and EasyQ NucliSens NASBA ® (bioMérieux ) was used for the quantification of genital samples . The HIV - 1 RNA in plasma was compared to that of vaginal secretions. For genotyping analysis the samples were analyzed using the ViroSeq ® Kit. The samples that could not be amplified by this method were tested using an in - house method. The sequences were edited and further analyzed using bioinformatics tools for HIV subtype determination and assessment of viral polymorphisms and dru g resistance mutations. Results: The HIV - 1 RNA was detected in 40 (43.5 %) of 92 genital secretion samples and in 83 ( 91.3%) of 92 plasma samples. The comparative analysis of HIV - 1 viral loads between plasma and genital secretions was performed for 74 samp les. It was shown that the viral load in about 50% (36/74) of the plasma and genital secretion samples were found to be in the same range. Of these, 13 (36%) were in the detection range below 1.000 copies/ml, 9 (25%) in the intermediate range (1.000 to 10. 000 copies/ml) and 14 (39%) were above 10.000 copies/ml. Thirty - eight samples (51%) were discordant in viral load analysis in both compartments, with a greater discrepancy observed in the intermediate range (1.000 to 10.000 copies/ml), confirming the diffe rences of plasma and genital secretions viral loads before the introduction highly active antiretroviral therapy (HAART) (p=0.013. In the postpartum period, after HAART discontinuation, 43 women had samples of plasma and genital secretion available for HIV - 1 viral load analyses. These samples were obtained between the two weeks and the six month visit (SD= 1.7, IQI = 2 - 6). Of the 43 genital samples collected, 36 had measurable viral loads and seven were invalid for the test. In the distribution of viral loa d in the two compartments, 55.8% of women had detectable viral load in the genital secretions. Undetectable HIV - 1 viral load was seen more frequently in the genital secretions, when compared to plasma samples. Genotyping was obtained for 24 (60%) samples c ollected before HAART and for 13 (40%) samples after HAART. Sequence analyses did not show any drug resistance mutation, although the presence of some polymorphisms and accessory mutations has been verified. Conclusions: These results suggest that HIV - 1 vi ral load detection in plasma is an important predictor of HIV - 1 viral load in the genital secretions. However, there may be excretion of HIV - 1 in genital secretions, even in the absence of detectable HIV - 1 viral load in plasma. Some women had distinct vira l load profile s and HIV polymorphisms in plasma and genital secretions, suggesting that the genital compartment may act as a reservoir for HIV - 1 replication and differentiation

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-02-27T14:16:51Z No. of bitstreams: 1 Sebastiao Andre Barbosa Junior.pdf: 749859 bytes, checksum: e483888ecfa0c1a9815a1e63aaede716 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-27T14:17:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sebastiao Andre Barbosa Junior.pdf: 749859 bytes, checksum: e483888ecfa0c1a9815a1e63aaede716 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Porcine circovirus (PCV) belongs to the Circoviridae family and Circovirus genus. The vírus can be subdivided into porcine circovirus-1 (PCV1) and porcine circovirus-2 (PCV2). PCV1 is non-pathogenic, where as PCV2 is one of the most important etiological agents in the pig industry today, and the cause of several diseases. The complexity of PCV2 caused by disturbances has led to a demand for laboratory techniques and a wider range of biological samples that can facilitate diagnosis and herd health monitoring. Research studies of the antibodies against PCV2 have prefered the ELISA technique to other serological methods because of its simplicity, high sensitivity and specificity. Among the molecular tools, the quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) stands out since it makes it possible to measure the viral load of the sample. The oral fluid (FO) is a biological sample that has been increasingly used in pig farming as it reduces stress and improves animal welfare. Although PCV2 has been recently detected in Brazil, the North-East region has still not carried out many studies on the dynamics of the respective viruses. In view of this, the, aim of this research is to study PCV2 by means of indirect ELISA with the capture antibody and qPCR in pigs through serum and FO, respectively. The samples were obtained from the Municipal Slaughterhouse in the town of Paulista, located in the metropolitan district of Recife, Pernambuco State. Serum samples were collected during the bleeding process, and a total of 74 samples were obtained. These were assessed by means of the ELISA technique with the capture antibody. The FO samples were obtained from pigs that were housed in stalls to rest. A total of 60 samples were collected, and these were subjected to qPCR testing. The serum samples that were analyzed, had measurements in the ELISA index as follows: very low - 14 (18.92%), low - 13 (17.57%), moderate - 11 (14.86%) and high - 36 (48.65%). The FO samples showed the DNA of the virus as 13.34% (8/60). 75% (6/8) of these had a very low viral load of 4 (log) / ml of the sample and a low viral load 25% (2/8) 4 to 5 (log) / ml sample. The occurrence of antibodies and the presence of PCV2 in the FO samples suggest that the virus is spreading in the herds of Pernambuco State. This study provides a strong argument for the application of ELISA for capture antibody in serological tests and using pids to obtain biological FO samples in quantitative tests. / O Circovírus suíno (PCV) pertence à família Circoviridae e ao genêro Circovírus. O vírus subdivide-se em: Circovírus suíno-1 (PCV1) e Circovírus suíno-2 (PCV2). O PCV1 não é patogênico, ao contrário do PCV2, que é um dos mais importantes agentes etiológicos da suinocultura moderna, estando associado a várias doenças. Essa complexidade de distúrbios causados pelo PCV2 gera uma demanda por técnicas laboratoriais e mais opções de amostras biológicas que venham a facilitar o diagnóstico e monitoramento sanitário dos rebanhos. A técnica do ELISA vem destacando-se na investigação de anticorpos contra o PCV2, diante de outras técnicas sorológicas, em razão de sua simplicidade, alta sensibilidade e especificidade. Dentre as ferramentas moleculares, a Reação em Cadeia pela Polimerase quantitativa em tempo real (qPCR) destaca-se principalmente por mensurar a carga viral da amostra. O fluido oral (FO) é uma amostra biológica que vem sendo cada vez mais utilizada na suinocultura por diminuir o estresse e favorecer o bem-estar animal. O PCV2 foi identificado recentemente no Brasil, e a região Nordeste ainda apresenta poucos estudos sobre a dinâmica do respectivo vírus. Baseado nesses aspectos, objetivou-se estudar o PCV2 pelas técnicas de ELISA indireto com anticorpo de captura e de qPCR em suínos, por meio de amostras de soro e FO, respectivamente. As amostras foram oriundas do Abatedouro Municipal da cidade de Paulista, localizado na Região Metropolitana do Recife, estado de Pernambuco. As amostras de soro foram coletadas durante o processo da sangria, no qual foi obtido um total de 74 amostras. Essas foram avaliadas pela técnica do ELISA indireto com anticorpo de captura. As amostras de FO foram obtidas de suínos que estavam alojados nas baias de descanso. Foi coletado um total de 60 amostras, as quais foram submetidas ao teste do qPCR. Das amostras de soro analisadas, tiveram o índice do ELISA considerado baixíssimo 14 (18,92%), baixo 13 (17,57%), moderado 11 (14,86%) e alto 36 (48,65%). Das amostras de FO, apresentaram o DNA do vírus 13,34% (8/60). Dessas, 75% (6/8) apresentaram uma carga viral muito baixa, até 4 (log)/mL da amostra, e uma carga viral baixa 25% (2/8), de 4 a 5 (log)/mL da amostra. A ocorrência de anticorpos e a presença do PCV2 nas amostras de FO sugerem que o vírus está circulante em rebanhos do estado de Pernambuco. Este estudo traz argumentos para a aplicação do ELISA indireto por anticorpo de captura em pesquisas sorológicas e utilização do FO de suíno como amostra biológica em testes quantitativos.