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Développement d'une approche polyphasique pour l'identification fongique du camembert

Arteau, Marianne 16 April 2018 (has links)
L'identification et l'isolement des levures et des moisissures sont souvent problématiques. Le but principal de cette étude est le développement de nouvelles méthodes de détection des mycètes sans mise en culture. Un protocole d'extraction d'ADN de mycètes dans le fromage Camembert de même que deux méthodes de détection moléculaire des mycètes ont été mis au point; la T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism), et l'ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis). Elles sont assez sensibles pour détecter les différences entre les communautés fongiques d'un fromage selon le lot, le procédé de fabrication et le temps de maturation. Les résultats montrent que les populations fongiques de la croûte et du centre ne se différencient pas avant 3 jours de maturation. La stabilisation des fromages provoque un changement de flores dans le centre des fromages. La différence de formats (150 g vs 1 kg) induit quant à lui un changement au niveau de la flore de surface. Neuf genres fongiques ont pu être identifiés : Cladosporium sp., Debaryomyces sp., Geotrichum sp., Kluyveromyces sp., Mucor sp., Pénicillium sp., Pichia sp., Saccharomyces sp. et Yarrowia sp. / Identification and isolation of yeasts and moulds can often be problematic. The goal of the present study was to develop a new molecular approach for the detection and identification of fungi without the use of traditional culture methods. A protocol of fungi DNA extraction directly from cheese as well as two molecular detection methods, TRFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) and ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis), were developed. These techniques detected differences between microbial communities from different batches of cheese, manufacturing process or maturation time. Results showed that the fungal population of the rind and the center were similar before 3 days of maturation. The stabilization of the cheese modified the center flora and the difference in formats (150 g vs 1 kg) induced a change in the surface flora. Nine fungi could be identified: Cladosporium sp., Debaryomyces sp., Geotrichum sp., Kluyveromyces sp., Mucor sp., Pénicillium sp., Pichia sp., Saccharomyces sp., and Yarrowia sp.

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