La prédation exercée par le Chat domestique (Felis silvestris catus) joue un rôle majeur dans la conservation de certaines espèces proies et la prévention de zoonoses. L'objectif de cette étude était d'identifier les facteurs de variation de cette prédation en milieu rural. L'étude a été conduite dans les Ardennes. La population étudiée comptait 143 individus, dont 44 % de chats de propriétaire (nourris ad libitum, 80 % stérilisés) et 56 % de chats de ferme (peu nourris, non stérilisés). Le DNA metabarcoding et le génotypage ont permis de détecter la fréquence d'apparition des aliments dans des fèces collectées sur le terrain et d'attribuer ces fèces à l'une ou l'autre des catégories de chats. Des individus ont été équipés de colliers GPS et d'accéléromètres tridimensionnels. L'éthogramme accélérométrique d'une séquence de chasse a été construit afin de pouvoir, à terme, relever les événements de prédation et de consommation des proies des individus équipés. Enfin, des variables associées à la prédation ont été mise en relation avec leur sociabilité envers les humains. Les chats ont essentiellement consommé des rongeurs et des aliments d'origine anthropique. En été, les chats de propriétaire chassaient aussi fréquemment que les chats de ferme, tandis qu'en hiver ils chassaient beaucoup moins souvent que ces derniers. Les chats de propriétaire ont de plus petits domaines vitaux que les chats de ferme. Les deux catégories de chats ont un rayon d'action restreint lorsque la pluviométrie est élevée et ont pour proies principales Microtus arvalis et Arvicola terrestris. Le degré de sociabilité des chats vis-à-vis des humains semble affecter leur succès de capture diurne de proies. / The predation exerted by the Domestic cat (Felis silvestris catus) is of special concerns for conservation and prevention of zoonosis issues. This study aims to identify the factors of variation of the predation exerted by cats in a rural landscape. It has been conducted in the Ardennes region. The population studied was composed of 143 individuals, including 44% of house cats (fed ad libitum, 80% sterilized) and 56% of farm cats (poorly fed, not sterilized). DNA metabarcoding and genotyping technics allowed to detect occurrences of food items in field-collected feces and to attribute those feces to one or the other cat categories. Some individuals were equipped with a collar composed by a GPS unit and a tri-axial accelerometer device. The ethogram of a hunting sequence based on accelerometry was constructed to gather information concerning the occurrences of predation and the consumption of the preys by the equipped individuals. Finally, some variables associated to the predation were put in relation with the sociability of cats towards humans. The cats essentially consumed rodents and anthropogenic food. During the summer, the house cats were hunting as frequently as the farm cats, whereas during the winter they were hunting a lot less comparing to the farm cats. Both cat categories have smaller daily movement range during high rainfall periods and their main preys are Microtus arvalis and Arvicola terrestris. The sociability degree of the cats towards humans seems to affect their diurnal stalk success.

La toxoplasmose, dûe au parasite Toxoplasma gondii, est une zoonose dite à cycle complexe car le pathogène fait intervenir plusieurs espèces pour assurer sa transmission. Les félidés sont les hôtes définitifs de T. gondii et, lorsqu’ils sont infectés, peuvent excréter des millions d’oocystes dans l’environnement. L’ensemble des animaux à sang chaud, y compris l’homme, constituent les hôtes intermédiaires. L'infection des différents hôtes s'effectuent par transmission verticale ou via l'ingestion de tissus animaux contaminés ou d'oocystes présents dans l'environnement.Les objectifs de ma thèse étaient i) de mesurer la fréquence et la distribution spatiale des oocystes de T. gondii dans l’environnement en milieu rural, ii) d'estimer la prévalence et la distribution spatiale de l’infection dans la communauté locale de rongeurs, iii) de déterminer les principaux facteurs responsables de la structuration spatiale de la contamination environnementale et enfin, iv) d’évaluer l'importance de l'environnement en tant que source de contamination tant pour les animaux que pour l’homme.Nous avons mis en évidence une forte contamination des sols (29%) distribuée sur l'ensemble de la zone et, avons révélé un gradient spatial similaire de diminution de la contamination avec la distance aux bâtiments au niveau des sols et dans la communauté de rongeurs. Le modèle de simulation multi-agents a permis d'expliciter le rôle prépondérant de la configuration de l'habitat humain, qui de par son effet sur la structuration spatiale des populations de chats domestiques, détermine la fréquence et la distribution des points chauds de contamination. Par conséquent, en milieu rural, l'importante contamination des sols au niveau des fermes suggère que le risque d’infection pour l’homme est élevé, indirectement à travers la consommation de viande issue d’animaux d’élevage infectés, mais aussi directement via l’ingestion d’oocystes présents sur les substrats manipulés lors de diverses activités. / Toxoplasmosis, caused by the parasite T. gondii, is a zoonosis with a complex life cycle as the pathogen requires several different species to achieve it cycle. Felids, in particular domestic cats, are the definitive hosts of the parasite and when infected they can shed millions of oocysts in the environment. All warm blooded animals, including humans, are potential intermediate hosts. Host species can be infected through vertical transmission or by ingesting contaminated tissues or oocysts present on environmental substrates.My goals were: I) to precisely measure the frequency and spatial distribution of the environmental contamination to T. gondii in a rural area, ii) to estimate the prevalence and the spatial distribution of the parasite in the local community of rodents, iii) to identify the main factors driving the spatial structure of the environmental contamination and finally, iv) to assess the importance of the environment as a transmission source for animals and humans.First, we found a high frequency of contaminated soil samples (29%) that were largely distributed across the whole area, and, we found a similar spatial gradient of decreasing contamination with increasing distances from buildings for soils and rodents. Altogether, the results obtained allowed to identify and rank the determinants of the spatio-temporal dynamics of the environmental contamination to T. gondii. The agent-based model showed the primary role of the spatial configuration of human habitat, which, through its impact on the spatial structure of domestic cat populations, determines the frequency and distribution of the hot spots of soil contamination. Thus, in rural areas, the high level of contamination within and around agricultural buildings suggests that infection risks for humans are important, either indirectly through the consumption of contaminated meat or directly due to the ingestion of oocysts contaminating earth, water or vegetables.

Toxoplasma gondii est le parasite responsable de la toxoplasmose, une zoonose infectant l'Homme et les autres espèces endothermes. Les fermes d'élevage sont connues pour présenter de forts risques de transmission pour les hôtes et constituent des réservoirs de la contamination environnementale en milieu rural. Cette étude visait à identifier les facteurs modulant la circulation du parasite dans les fermes dans deux compartiments du cycle: les hôtes définitifs et le sol. Pour cela, la dynamique d'infection par T. gondii dans cinq populations de chats a été suivie et modélisée par des modèles de capture-marquage-recapture « multi-événements ». Ceux-ci ont montré que les taux d'expositions des chats à T. gondii varient entre fermes et que les taux d'infection sont plus élevés en automne-hiver que durant le reste de l'année. La distribution spatiale de la contamination environnementale par T. gondii a ensuite été évaluée dans six fermes par recherche d'ADN dans des prélèvements de sols, puis mise en relation avec le patron de dépôt des fèces par les chats. Malgré une large distribution de T. gondii dans les fermes, les sites de défécation des chats constituent des zones à fort risque de transmission. Le niveau de contamination dans ces sites est dépendant de leur localisation et des caractéristiques des chats qui les utilisent, tout deux influencés par la localisation du site d'alimentation des chats dans les fermes. Cette étude montre que les fermes peuvent présenter des disparités en termes d'exposition au parasite. A l'intérieur des fermes, le patron spatio-temporel de dépôt des fèces par les chats modulent les risques d'infection pour les hommes et les animaux. / Toxoplasma gondii is the protozoan parasite responsible for toxoplasmosis, a zoonosis infecting humans and other endothermic animals. Livestock farms are considered high-risk sites for T. gondii transmission to hosts and they represent reservoirs of environmental contamination in rural areas. The aim of this study was to investigate the infection dynamics of T. gondii in cat populations by surveying five dairy farms using multi-event capture–mark–recapture models. The results showed that the rates of T. gondii infection in cats varied between farms. Infection rates were higher in autumn and winter compared to the rest of the year. The spatial distribution of soil contaminated by T. gondii on six farms was assessed using quantitative PCR on soil samples and analyzed in relation to the spatio-temporal pattern of faeces deposition by cats. Although there was wide spatial distribution of T. gondii in the soil of the farms, cat defecation sites were revealed to be high-risk areas for T. gondii transmission. The level of contamination in these sites depended on their location and characteristics of cats that use them, which were both influenced by the location of the main cats feeding site in the farms. This study demonstrated that T. gondii exposure varies from one farm to another. Infection risk is also heterogeneous within a farm and is driven by the spatio-temporal pattern of deposition of cat faeces.