La gran actividad metabólica que caracteriza la microbiota permite mantener una relación de simbiosis con el ser humano, impactando de forma positiva en el desarrollo vital de ambos. Algunos alimentos aportan a la microbiota, entre estos se encuentran los fermentados, verduras, frutas y algas. La biota de diferentes algas ha sido tipificada, sin embargo no se habían realizado estudios del alga roja más consumida en Perú, Chondracanthus chamissoi (Yuyo). En este estudio se tipificó la microbiota de C. chamissoi Ancón y Paracas, las cuales fueron extraídas del mar, compradas del mercado del lugar, además se muestreó agua de mar de Ancón (Lima) y Paracas (Ica) mediante secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en inglés) del gen 16S rRNA. Como resultado se obtuvo un total de 153 323 secuencias, las cuales fueron asignadas taxonómicamente en 19 filos, 41 clases, 90 órdenes, 193 familias, 484 géneros y 716 especies mediante la plataforma Base Space de Illumina. El filo más encontrado fue Proteobacterias seguido por Bacteroidetes y Cyanobacterias. Se encontraron 24 especies en común entre las muestras de alga. Además, se encontró un número elevado de especies presentes solo en muestras extraídas de los mercados correspondientes, indicando posible contaminación cruzada. Entre el 55,27%-58,87% de especies bacterianas encontradas resultaron no estar clasificadas. El análisis semi-cuantitativo permitió a su vez asignar la representación relativa de cada bacteria en las algas de Ancón y Paracas. Muchas especies que se encontraron en una abundancia significativa han sido previamente estudiadas, muchas de ellas implicadas en la industria alimentaria y/o salud de humanos y animales. Este es el caso de Psycrobacter namhaensis; empleada como probiótico para la tilapia del Nilo de manera exitosa. Lewinella marina es capaz de utilizar la celulosa como fuente de energía y así degradarla pudiendo ser útil en la industria cervecera. Pseudoalteromonas rubra posee poder probiótico al mejorar el cultivo de las larvas del pez dorado Seriola lalandi y además Loktanella sp. posee ácidos grasos omega 6, 7, 10. En conjunto, el presente estudio describe de manera exhaustiva la riqueza microbiana asociada al yuyo, importante componente de la gastronomía peruana. / The great metabolic activity that characterizes the microbiota allows it to maintain a symbiosis relationship with the human being, positively impacting the development of both. Some foods contribute to the microbiota, among these are fermented, vegetables, fruits and algae. The biota of different algae have been typified, however, there are no studies of the most consumed red seaweed in Peru, Chondracanthus chamissoi, kown as “yuyo”. In this study, the microbiota of C. chamissoi from Ancon and Paracas were typified and compared. Samples of the algae were collected from the sea, from the local market as well as a sample of the sea water for analysis by next-generation sequencing (NGS) of the 16S rRNA gene. As a result, we obtained a total of 153,323 sequences which were taxonomically assigned on 19 phylums, 41 classes, 90 orders, 193 families, 484 genera and 716 species using the Illumina Base Space platform. The most commonly found phylum was Proteobacteria followed by Bacteroidetes and Cyanobacteria. Twenty four species were found in common among the algae samples. In addition, a large number of species were found only in samples taken from the corresponding markets, indicating possible cross contamination. Between 55.27% -58.87% of the bacterial species found were not classified previously. A semi- quantitative analysis allowed to assign the relative representation of each bacterium in the algae from both locations, Ancon and Paracas. Many species that were found abundant have been previously studied, many of them involved in the food and / or health industry humans and animals. This is the case of Psycrobacter namhaensis; successfully used as a probiotic for Nile tilapia. Lewinella marina can use cellulose as a source of energy and, therefore, degrade it and can be useful in the beer industry. Pseudoalteromonas rubra has probiotic power by improving the culture of the larvae of the goldfish Seriola lalandi and also Loktanella sp. It contains omega 6, 7, 10 fatty acids. In summary, this study comprehensively describes for the first time the microbial richness associated with the yuyo, an important component of Peruvian cuisine. / Tesis