Made available in DSpace on 2016-06-02T20:00:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5116.pdf: 5357371 bytes, checksum: 423ea429e66c30826d261ab52e369ca2 (MD5) Previous issue date: 2012-10-09 / Financiadora de Estudos e Projetos / This work aimed to verify the changes that occurred in three items of public transport system in São Luís-MA. We studied the provision of services, travel time lines and opinions of the interviewees. The study was done by comparing data from surveys in 2000 and 2011. The survey results in 2000 were obtained from the VERTRAN, the company that prepared the studies at that time. In the surveys of 2011, in order to study the provision of transport services system, secondary data were collected by the Municipal Office of transit and transport. In the item travel time lines the results were obtained through surveys embedded in six lines, three trips in each morning peak, between peak and afternoon peak. Obtaining data on the opinions of the interviewees was conducted through questionnaires directly to the users at the bus stations and points of embarkation and disembarkation. In relation to the provision of transport service, the analyzes found a growth index (quantity lines; quantity trips, fleet, etc..) below the demand, this indicates that the public transport system is below the need. In the section travel time lines, the results indicate that the analyzed lines have increased the total travel time, and especially the delay time for stops at traffic jams. The result of comparing the opinions of the interviewees showed that their profile has undergone some changes (occupation, income level, etc..) And their views on existing problems in public transport system continue to indicate the existence of such difficulties pointed out in 2000, but it has increased the indication of some items and worsening in business valuation and management bureau. It is concluded that the three items items studied had significant differences: different growth between supply and demand, causing imbalance in service; it has increased the travel time lines, causing difficulties for passengers, and worsening in the evaluation of services by users. / Este trabalho teve o objetivo de verificar as mudanças que ocorreram em três itens do transporte coletivo na cidade de São Luís-MA. Foram estudados oferta de serviços, tempo de viagem nas linhas e opiniões de entrevistados. O estudo foi feito através de comparação de dados de pesquisas feitas nos anos de 2000 e 2011. Os resultados das pesquisas de 2000 foram obtidos junto à VERTRAN, empresa que elaborou os estudos na época. Nas pesquisas de 2011, para estudar a oferta de serviços de transporte, foram levantados dados secundários junto à secretaria municipal de trânsito e transportes. Já no item tempo de viagem nas linhas os resultados foram obtidos através de pesquisas embarcadas em 6 linhas, sendo três viagens em cada uma nos picos da manhã, entre picos e pico da tarde. A obtenção de dados sobre as opiniões dos entrevistados foi realizada através da aplicação de questionários diretos aos usuários nos terminais de ônibus e em pontos de embarque e desembarque. Na oferta de serviços de transportes, as análises realizadas verificaram um crescimento de índices (quant. de linhas; quant. de viagens, frota, etc.) abaixo da demanda, o que indica que o transporte público está abaixo da necessidade. No item tempo de viagem das linhas, os resultados apontam que as linhas analisadas sofreram um aumento no tempo total de viagem, e principalmente no tempo de retardamento por paradas em congestionamentos. O resultado da comparação das opiniões dos entrevistados mostrou que o perfil destes sofreu algumas mudanças (ocupação, nível de renda, etc.) e suas opiniões sobre os problemas existentes no transporte coletivo continuam indicando a existência das mesmas dificuldades apontadas em 2000, porém com aumento na indicação de alguns itens e piora na avaliação de empresas e órgão gestor. Conclui-se que nos três itens estudados foram encontradas diferenças significativas: crescimento diferente entre oferta e demanda, gerando desequilíbrio no serviço; aumento no tempo de viagem nas linhas, originando dificuldades para os passageiros; e piora na avaliação dos serviços por parte dos usuários.

Esta dissertação resultou na implementação de uma abordagem computacional para a análise comparativa entre informações de genomas completamente seqüenciados de bactérias associadas à planta. O sistema desenvolvido foi denominado de Probacter e é composto de um banco de dados relacional e de ferramentas computacionais para a análise de seqüências, teve por finalidade agrupar as informações disponíveis em vários bancos de dados em um único ambiente, oferecer uma padronização às informações disponibilizadas e fornecer ferramentas para análises comparativas e de seqüências. O banco de dados contém informações provenientes de diversas fontes, incluindo as bases GenBank, Swiss-Prot, TrEMBL, Interpro, COG e GO. As proteínas foram organizadas dentro de grupos, utilizando a metodologia de BBH (Bidirectional Best Hit) e a anotação padronizada de acordo com a classificação funcional anteriormente descrita para o Projeto Genoma de bactérias do gênero Xanthomonas. Cada entrada disponibilizada pelo sistema numa interface amigável corresponde a uma ficha contendo informações sobre o gene e a proteína por ele codificada, incluindo a categorização funcional, a predição de domínios, a seqüência de aminoácidos da proteína, a ligação com os grupos gerados pelo BBH, referências direta a outros bancos de dados, e as publicações científicas. O sistema oferece uma interface de busca comum a bancos de dados, utilizando consultas pré-definidas. Para consultas mais elaboradas, foi desenvolvida uma interface para ser utilizada sem que o usuário tenha conhecimento prévio de linguagens como SQL e/ou da arquitetura desta base. Ferramentas de alinhamento múltiplo ClustalW e T-Coffee e o programa BLASTP também foram integradas a este sistema, permitindo que sejam feitas comparações entre seqüências internas e externas ao banco. O ProBacter integra ferramentas de visualização gráfica, que permite disponibilizar o posicionamento dos genes pertencentes a grupos no genoma de cada organismo e que permite visualizar as ligações durante a formação dos grupos formados pelo BBH. Por fim, um campo aberto é disponibilizado para que seja possível a intervenção de usuários na anotação de novas informações em determinada entrada, sendo as informações novas oferecidas gravadas diretamente no banco de dados. / This dissertation offers a computation approach to comparative analysis between cmpletely sequenced genomes of plant-associated bacteria. The created system was denominated ProBacter and it is composed of a relational database and computational tools for sequence analysis. The database was created from a diverse data source, including information from GenBank, TrEMBL, Interpro, COG and GO. The proteins were organized into clusters through the BBH (Bidirectional Best Hits) methodology and categorized according to the functional classification of the Xanthomonas Genome Project. Each entry displayed by the system in a friendly user interface corresponds to an information sheet with the gene and protein sequence, functional category, domain prediction, and related scientific publications, in addition to the group that it belongs, and external links. The system offers a search interface similar to other database systems with pre-formatted queries. For advanced queries, the user has access to an interface that can be used without previous knowledge of the SQL language or ProBacters database arquiteture. The BLASTP program and two multiple sequence alignment tools, namely ClustalW and T-Coffee, were integrated into the system as well, allowing internal and external sequence comparison. In addition, the system makes available visualization tools capable of displaying the gene position inside a genome and BHH links of clusters. Also, the user is capable of adding new information for each gene in the system. ProBacters goal is to collect information available from a large source of databases into one computational environment, organize this information and offer comparative tools for sequence analysis.

Em concentrações subletais, agentes antimicrobianos modulam a expressão gênica bacteriana, sendo que o conjunto de genes que é modulado depende tanto da cepa bacteriana, como da natureza do agente antimicrobiano. Neste trabalho, avaliamos o perfil de expressão gênica de Xylella fastidiosa cepa 9a5c em resposta ao tratamento por até 60 minutos com dose subletal do antibiótico estreptomicina. Esta é uma cepa virulenta, originalmente isolada de laranjeiras com sintomas de clorose variegada dos citros. A hibridização de microarranjos de DNA representando 2608 das 2848 sequências codificadoras (CDS) previamente anotadas no genoma desta cepa, revelou que 136 CDS apresentaram expressão gênica diferencial em resposta à exposição à estreptomicina, sendo que destas 109 foram negativamente moduladas e 27 positivamente moduladas. Realizamos, também, ensaios de PCR quantitativo precedido de transcrição reversa (RTqPCR) de 21 CDS para confirmar a modulação observada na análise global da expressão gênica. O perfil de expressão gênica de X. fastidiosa em resposta à estreptomicina foi analisado de forma integrada com outros perfis de expressão gênica desta bactéria. Entre as CDS positivamente moduladas, destacamos aquelas codificadoras das chaperoninas GroEL e GroES, que estão associadas a resposta de choque térmico, e CDS associadas à tradução, tais como proteínas ribossomais e fatores de tradução. Interessantemente, a exposição à estreptomicina induz a expressão da CDS que codifica poligalacturonase, que é um fator de virulência em algumas cepas de X. fastidiosa. Por outro lado, o tratamento com estreptomicina promoveu a modulação negativa de CDS relacionadas à formação e manutenção de biofilme ao contrário do observado quando estas bactérias foram submetidas ao tratamento com gomesina, um peptídeo antimicrobiano. O conjunto destas observações sugere que a exposição à dose subletal de estreptomicina possa promover um fenótipo de maior virulência, contrariamente ao efeito previamente observado com a gomesina. Neste trabalho, também descrevemos o pirosequenciamento do genoma da cepa J1a12 de Xylella fastidiosa, que exibe fenótipo menos virulento em citros e tabaco em relação à cepa 9a5c. A comparação da sequência genômica destas duas cepas confirma diferenças anteriormente observadas utilizando-se microarranjos de DNA e destaca genes potencialmente importantes para virulência de Xylella fastidiosa. / At sublethal concentrations, antimicrobials compounds modulate bacterial gene expression and the gene set that is modulated depends not only on the bacterial strain but also on the nature of antimicrobial agent. In this study, we evaluated changes in gene expression profile of Xylella fastidiosa strain 9a5c exposed up to 60 min to sublethal concentration of streptomycin. This a virulent strain originally isolated from orange trees with symptoms of citrus variegated chlorosis. Hybridization of DNA microarrays representing 2,608 out of 2848 coding sequences (CDS) previously annotated in strain 9a5c genome revealed 136 CDS differentially expressed upon streptomycin treatment. Of which 109 were down-regulated and 27 up-regulated. Differential expression for a subset of 21 CDS was further evaluated by reverse transcriptionquantitative PCR (RT-qPCR). In addition, we performed an integrated analysis of the gene expression profile of X. fastidiosa in response to streptomycin along with other gene expression profiles available for this bacterium. Among the up-regulated CDS, we highlight those encoding chaperonins GroEL and GroES, which are associated with heat shock response, and those CDS related to translation, such as ribosomal proteins and translation factors. Interestingly, exposure to streptomycin induces the expression of a CDS encoding polygalacturonase, which is a virulence factor for some X. fastidiosa strains. Furthermore, treatment with streptomycin down-regulates some CDS related to biofilm formation oppositely to treatment with gomesin, an antimicrobial peptide. Together, these observations suggest that exposure to sublethal dose of streptomycin might promote a higher virulent phenotype, in contrast to the effect previously observed with gomesin. In the present work, we also describe the pyrosequencing of J1a12 genome, a X. fastidiosa strain that exhibits a less virulent phenotype in citrus and tobacco if compared to strain 9a5c. A comparison of genome sequences of these two strains confirms differences previously observed using DNA microarrays and highlights important genes for virulence of X. fastidiosa.

Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T13:50:34Z No. of bitstreams: 1 ANDRIOTTA_Amanda_2015.pdf: 1662270 bytes, checksum: eaa5bc450b58729fcfe628d6d499277d (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T13:50:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ANDRIOTTA_Amanda_2015.pdf: 1662270 bytes, checksum: eaa5bc450b58729fcfe628d6d499277d (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T13:50:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ANDRIOTTA_Amanda_2015.pdf: 1662270 bytes, checksum: eaa5bc450b58729fcfe628d6d499277d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-05T13:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANDRIOTTA_Amanda_2015.pdf: 1662270 bytes, checksum: eaa5bc450b58729fcfe628d6d499277d (MD5) Previous issue date: 2015-06-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / During the most recent decades the Brazilian foreign trade has shown significant changes regarding its pattern of trade specialization. These changes suggest that the country is undergoing into a process of exports reprimarization, caused mainly by the increase of the Chinese demand for commodities. The increase of the share of commodities in trade transactions between Brazil and the rest of the world has happened at the same time that manufactures have lost importance in the nations’ total trade. The new composition of the Brazilian foreign trade transactions indicates the country is following a new pattern in the international market. In addition, not only the country’s exports composition has changed over the last years, but we can also verify changes in the main exports destinations rank list. In this paper, our goal is to investigate the dynamics of changes in the Brazilian foreign trade transactions, focusing on exports, during the period of 1997 and 2003. We divided our analysis in different sectors, destination markets, and different periods to have a better understand of how changes happened. Our main hypothesis is that the reveled comparative advantages in international trade have led the country to the reprimarization process of its exports. Moreover, fewer sectors have shown high competitive levels over the last years, indicating a poor dynamics of Brazilian exports. In order to test our hypothesis, we first calculated revealed symmetric comparative advantages indexes, and then used Markov chains to calculate their probability distributions in different periods. We combined the two methodologies to identify the sectors and groups of technology where the country has higher competitiveness. We could also test for changes in exports composition, identifying which were the sectors and technology groups with higher trade competitiveness, in each period. Our results show that Brazil has been using its comparative advantages in the international trade, and its exports are becoming more dependent of commodities, since this is the group of products with higher revealed comparative advantages index. We also found a general loss of competitiveness in the non-commodity sectors during the analyzed period, which clearly shows that the country is facing a process of export reprimarization. The analysis of trade regarding different groups of countries shows that, even though with different intensities, commodity exports are becoming more relevant to all exports destinations (BRICS, European Union, MERCOSUL, and NAFTA), and it has happened more intensively during the third reporting period (2007- 2011). In addition, we also found that there is an indication that, in the future (ceteris paribus), there will be a possible convergence of exports in sectors with lower levels of comparative advantage. Our findings indicate that Brazil has been losing competitiveness in international trade, even with those products that the country has more comparative advantages in trade. / O comércio exterior brasileiro tem apresentado importantes modificações no que tange seu padrão de especialização comercial, sugerindo que o país vem passando por um processo de reprimarização de sua pauta exportadora, ocasionado, principalmente, pelo aumento da demanda chinesa por produtos básicos. Uma vez que os produtos primários têm aumentado a sua participação nas transações comerciais do Brasil com o restante do mundo, enquanto os produtos manufaturados vêm diminuindo relativamente a sua relevância, há um indicativo de que está se desenhando uma nova inserção da economia brasileira no comércio mundial. Entretanto, não só a composição das exportações brasileiras apresenta modificação ao longo dos anos, mas também se observa um reordenamento dos países figurando-se entre os principais mercados de destino das exportações brasileiras. Diante disso, esse trabalho tem como objetivo investigar a dinâmica das transformações no padrão comercial brasileiro no mercado internacional, sobretudo, das exportações, no período de 1997 a 2013. Acredita-se que a divisão da análise em setores, mercados e subperíodos de anos é capaz de proporcionar um melhor entendimento das relações comerciais brasileiras no comércio mundial nos últimos anos. Ademais, supõe-se que o aproveitamento das vantagens comparativas tem feito o país passar por um processo de reprimarização das exportações, porém poucos setores têm conseguido se figurar em níveis elevados de competitividade, mostrando baixo dinamismo das exportações brasileiras. Para verificar tais proposições, o trabalho faz uso da combinação de duas metodologias: cálculo do índice de vantagem comparativa revelada normalizado e a aplicação das cadeias de Markov, utilizando as matrizes de distribuição de probabilidades. A partir de tais métodos é possível verificar os setores e grupos tecnológicos que o país apresenta competitividade no comércio. Em adicional, é possível analisar as transformações de tais vantagens em níveis de competitividade, identificando a direção com que as mudanças no padrão competitivo está se desenhando. Assim, os resultados demonstram que o Brasil vem tornando a sua pauta de exportações cada vez mais intensiva nos produtos primários, ocorrendo um aproveitamento das vantagens comparativas do país, uma vez que esses produtos são os que possuem índice de vantagem competitiva mais elevado. Entretanto, esse movimento de reprimarização é acompanhado por uma perda de competitividade dos demais grupos e setores que não são dessa classificação. Em relação aos blocos econômicos selecionados, observa-se que, mesmo com intensidades diferentes, as exportações de produtos básicos estão se tornando cada vez mais relevantes nos destinos avaliados, sobretudo, tal processo tem ocorrido de forma mais intensa no terceiro período analisado (2007-2011). Além disso, todas as matrizes de distribuição limite desse período demonstram uma convergência dos setores para menores níveis de vantagem comparativa, indicando que o Brasil vem perdendo competitividade no comércio internacional, mesmo naqueles produtos que o país apresenta maior vantagem comparativa, mostrando uma perda de dinamismo das exportações brasileiras.

Submitted by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T14:19:24Z No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Elizeu_2015.pdf: 45148626 bytes, checksum: c2601f6494ea32696c5123573351bd95 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T14:19:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Elizeu_2015.pdf: 45148626 bytes, checksum: c2601f6494ea32696c5123573351bd95 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria de Lourdes Mariano (lmariano@ufscar.br) on 2017-01-05T14:19:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Elizeu_2015.pdf: 45148626 bytes, checksum: c2601f6494ea32696c5123573351bd95 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-05T14:19:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Elizeu_2015.pdf: 45148626 bytes, checksum: c2601f6494ea32696c5123573351bd95 (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / Não recebi financiamento / This research aims to investigate the relation that exists between the exchange rate and the international competitiveness of the Brazilian transformation industries classified by level of technology. It begins with a synthesis of the several studies that show the importance of the exchange rate to the development of the country and, particularly to the Brazilian case, it highlights those that point a domestic currency appreciation and stress that appreciation is contributing to put the country down in backward position in technological terms. Therefore, some authors propose the Real should be depreciated relative to Dollar to promote an internal productive diversification and the sophisticated sectors development. That discussion motived us making econometrical analyses and graphics linking exchange rate, exports and international competitiveness index to investigate if exchange rate variations impacted in determinant form and distinctly the internacional competitiveness of Brazilian industries. The methodology was used the revealed comparative advantage (RCA) index of Balassa (1965) and VAR models to connect exchange rate and industries exports. The RCA index time evolution was analyzed in graphics together with the exchange rate from 1999 until 2011. The results has been showed that occurred a loss of competitiveness to the majority of national industries and exchange rate appreciation most of the analyzed period still affected the industries in the distinct manner. Finally, almost all industries did not get competitiveness gains in the period of exchange rate depreciation as expected, because they did not have enough time to react. / Neste trabalho, buscou-se investigar as relações existentes entre a taxa de câmbio e a competitividade internacional das indústrias de transformação brasileiras classificadas por nível de tecnologia. Iniciou-se com uma síntese de vários estudos, que apresentam a importância do câmbio para o desenvolvimento de um país e, particularmente para o caso brasileiro, destacam-se àqueles que apontam uma apreciação cambial e frisam que isso está contribuindo para deixar o país em posição atrasada em termos tecnológicos. Por isso, alguns autores sugerem que o real deveria se depreciar frente ao dólar para favorecer a diversificação produtiva interna e o desenvolvimento dos setores de ponta. Motivado por essa discussão, foram feitas análises econométricas e gráficas relacionando taxa de câmbio, exportações e índice de competitividade internacional com o objetivo de investigar se as variações cambiais impactaram de forma determinante e distinta a competitividade internacional das indústrias brasileiras. Como metodologia foram utilizados o Índice de Vantagem Comparativa Revelada (IVCR) desenvolvido por Balassa (1965) e modelos VAR que relacionam taxa de câmbio e exportações das indústrias. A evolução temporal dos IVCR foi verificada em gráficos juntamente com a taxa de câmbio de 1999 até 2011. Os resultados mostraram que houve perda de competitividade para a maioria das indústrias nacionais e apreciação cambial na maior parte do período analisado, que a apreciação cambial atingiu as indústrias de maneira diversificada e que a maioria das indústrias não auferiu ganhos de competitividade no período de depreciação cambial, como se esperava, dado que o tempo que ela ocorre não foi o suficiente para que essas indústrias reagissem.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-23T13:20:14Z No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-14T19:51:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-03-14T19:52:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T20:02:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCFY.pdf: 5114033 bytes, checksum: 6922d93e7dda82cee55aa69273fa7013 (MD5) Previous issue date: 2016-10-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Triportheus genus (Characiformes, Triportheidae) presents a particular scenario 1 in fishes, with a ZZ/ZW sex chromosomes system for all species until now investigated. The Z chromosome is metacentric and the largest one of the karyotype, remaining morphologically conserved in all species. In contrast, the W chromosome differs in shape and size among species, from almost identical to markedly reduced in size in relation to the Z, with a clear heterochromatin accumulation associated with its differentiation process. This scenario in Triportheus, along with a well defined phylogeny for this group, provided an excellent opportunity to investigate the evolutionary events associated with the sex chromosomes differentiation, a matter of increasing interest to evolutionary biology in recent years. Therefore, the purpose of this study was to investigate the origin and differentiation of sex chromosomes in eight Triportheus species, using diverse conventional and molecular cytogenetics tools, such as C-banding, chromosomal mapping of rDNAs and several other repetitive DNA sequences, comparat ive genomic hybridization (CGH), microdissection of Z and W chromosomes and whole chromosome painting (WCP). The preferential accumulation of repetitive DNAs on the W chromosome highlighted the predominant participation of these sequences in the differentiation of this chromosome. Notably, the differential accumulation of microsatellites, and a hybridization pattern with no direct correlation to the ancestry of the W chromosome, put in evidence the particular evolutionary processes that shaped the sex-specific chromosome among species. The chromosomal mapping of 5S and 18S rDNAs and U2 DNAsn highlighted a very particular scenario in the distribution of these multigene families in Triportheus. Indeed, the variability in number of the rDNA sites on the autosomes, as well as the syntenic "status" of these three multigene families, showed their intense dynamism in the karyotype evolution, revealing a much more complex organization of these genes than previously supposed for closely related species. In addition, the occurrence of U2 DNAsn on the W chromosome of T. albus appears as an evolutionary novelty, while the occurrence of 18S rDNA in the Wq terminal region of all species pointed to a conserved condition for the genus, as well as a peculiarity in the evolutionary process of the W chromosome. Noteworthy, the use of WCP, and especially CGH experiments, put in evidence sequences which are shared by both Z and W chromosomes and sequences that are unique to each one. Thus, the Wq terminal region stood out with a high concentration of female specific sequences, in coincidence with the location of the 18S rDNA genes, allowing inferences about the origin of these cistrons on the sex-specific chromosome. Our data also showed that the ZZ/ZW system had, in fact, a common origin in Triportheus, considering the homologies found in chromosomal paintings using the Z and W probes. Triportheus auritus is the direct representative of the first lineage to differentiate in the genus and WCP experiments, using the Z chromosome probe of this species, have showed how this chromosome is notably conserved in all investigated species. On the other hand, the W chromosome showed variable patterns of homology among species, highlighting the molecular divergence emerged along its evolutionary history. In conclusion, the results obtained in this study allowed to certify the common origin of the ZZ/ZW sex system in Triportheus and to evaluate the intra- and inter-specific genomic homologies and differences between the sex pair, resulting in significant advances in the knowledge of the origin and differentiation of the sex chromosomes among lower vertebrates. / O gênero Triportheus (Characiformes, Triportheidae) apresenta um cenário 1 incomum entre os peixes, com a ocorrência de um sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW para todas as espécies já investigadas. O cromossomo Z é metacêntrico e o maior do cariótipo, permanecendo morfologicamente conservado em todas as espécies. Contrariamente, o cromossomo W apresenta formas variáveis e tamanhos distintos entre as espécies, podendo apresentar tamanho quase idêntico ao do cromossomo Z até acentuadamente reduzido em relação a ele, com um nítido acúmulo de heterocromatina associado ao processo de diferenciação desse cromossomo. Este cenário em Triportheus, juntamente com a filogenia já bem definida para este grupo, possibilitou uma oportunidade excelente para a investigação de eventos evolutivos associados aos cromossomos sexuais, aspecto este que vem despertando interesse crescente na biologia evolutiva nos últimos anos. Assim sendo, a proposta deste estudo foi investigar a origem e a diferenciação dos cromossomos sexuais em oito espécies de Triportheus, usando ferramentas diversificadas da citogenética convencional e molecular, como o bandamento-C, mapeamento cromossômico de DNAr e diversas outras classes de DNAs repetitivos, hibridização genômica comparativa (CGH), microdissecção dos cromossomos Z e W e pintura cromossômica total (WCP). O acúmulo preferencial de várias sequências de DNAs repetitivos no cromossomo W possibilitou destacar a participação preponderante deste componente do genoma na diferenciação do cromossomo sexo18 específico. Notadamente, o acúmulo diferencial de microssatélites colocou em evidência processos evolut ivos específicos do cromossomo W entre as espécies, bem como um padrão acumulativo que não apresenta correlação direta com a ancestralidade deste cromossomo. O mapeamento cromossômico do DNAr 5S e 18S e do DNAsn U2 evidenciou um cenário bastante particular na distribuição dessas famílias multigênicas em Triportheus. A variabilidade em relação ao número de sítios de DNAr nos autossomos, assim como o “status” sintênico dessas três famílias, evidenciaram o dinamismo evolutivo desses genes mesmo entre espécies proximamente relacionadas. Além disso, a ocorrência de DNAsn U2 no cromossomo W de T. albus evidenciou uma novidade evolutiva, enquanto a ocorrência de DNAr 18S na região Wq terminal confirmou uma condição conservada no gênero, assim como uma peculiaridade do processo evolut ivo do cromossomo W, visto que todas as espécies analisadas até o momento são portadoras dessas sequências. O emprego de WCP, e principalmente de CGH, possibilitou demonstrar a localização de sequências que são compartilhadas pelos cromossomos Z e W, bem como de sequências que são exclusivas de cada um deles. Assim, a região Wq terminal se destacou por apresentar uma grande concentração de sequências específicas de fêmeas, em coincidência com a localização do cluster de DNAr 18S, possibilitando inferências sobre a origem destes cístrons no cromossomo sexo-específico. Nossos dados também demonstraram que o sistema ZZ/ZW teve, de fato, uma origem comum em Triportheus, considerando as homologias encontradas nos mapeamentos cromossômicos com sondas dos cromossomos sexuais Z e W. Triportheus auritus é a espécie representante direta da primeira linhagem a se diferenciar no gênero e experimentos de WCP, utilizando a sonda do cromossomo Z desta espécie, mostrou que este cromossomo se encontra notavelmente conservado em todas as espécies investigadas. Por outro lado, o cromossomo W apresentou padrões variáveis de homologia entre as espécies, destacando divergências moleculares diferencialmente moldadas ao longo da sua história evolutiva. Em conclusão, os resultados obtidos no presente estudo possibilitaram atestar a origem comum do sistema ZZ/ZW em Triportheus, bem como avaliar divergências e similaridades genômicas intra- e interespecíficas quanto ao par sexual, obtendo-se avanços significativos no conhecimento da origem e diferenciação dos cromossomos sexuais entre os vertebrados inferiores. / CAPES: 11744/13–8

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LudovicoM.pdf: 1651172 bytes, checksum: 32d873e29ab629d06ae3a79806c6523e (MD5) Previous issue date: 2008-07-02 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Serines proteinases inhibitors (PIs) are widely distributed in nature and are able to inhibit both in vitro and in vivo enzymatic activites. Seed PIs in than leguminous are classified in seven families, Bowman-Birk and Kunitz type families that most studied representing an important role in the first line of defense toward insects pests. Some Kunitz type inhibitors possess activities serine and cysteine for proteinases named bifunctional inhibitor, as ApTKI the inhibitor isolate from seed of Adenanthera pavonina. The A. pavonina inhibitor presenting the uncommon property and was used for interaction studies between proteinases serine (trypsin) and cysteine (papain). In order to determinate the in vitro interaction of ApTKI against enzymes inhibitor purification was carried cut by using chromatographic techniques and inhibition assays. The 3D model of the bifunctional inhibitor ApTKI was constructed SWISS-MODEL program by homology modeling using soybean trypsin inhibitor (STI, pdb:1ba7), as template which presented 40% of identity to A. pavonina inhibitor. Model quality was evaluated by PROCHECK program. Moreover in silico analyzes of formed complex between the enzymes and ApTKI was evaluated by HEX 4.5 program. In vitro results confirmed the inhibitory assays, where the inhibitor presented the ability to simultaneously inhibit trypsin and papain. The residues encountered in the inhibitor model of folder structural three-dimensional that make contact to enzymes target coud explain the specificity pattern against serine and cysteine proteinases / Os inibidores de proteinases ser?nicas (IPs) est?o extensamente distribu?dos na natureza e inibem a atividade enzim?tica in vitro e in vivo. Estes IPs em sementes de leguminosas compreendem sete fam?lias, no entanto as fam?lias Bowman-Birk e do tipo Kunitz s?o as mais estudadas e representam um papel importante na primeira linha de defesa contra insetos pragas. Alguns inibidores do tipo Kunitz possuem atividades para proteinases ser?nicas e ciste?nicas sendo denominados inibidores bifuncionais, como o inibidor ApTKI da semente de Adenanthera pavonina. O inibidor de A. pavonina por apresentar essa caracter?stica incomum aos inibidores dessa fam?lia foi utilizado para o estudo da intera??o entre as proteinases ser?nica (tripsina) e ciste?nica (papa?na). Para determinar a intera??o in vitro de ApTKI e as enzimas alvo foi realizada a purifica??o do inibidor a partir de t?cnicas cromatogr?ficas e ensaios de inibi??o. O modelo 3D do inibidor bifuncional ApTKI foi constru?do pelo programa SWISS-MODEL atrav?s da metodologia de modelagem por homologia utilizando como molde o inibidor de tripsina de soja (STI, pdb:1ba7) que apresentou 40% de identidade com a prote?na alvo. A qualidade do modelo foi avaliada pelo programa PROCHECK. Para a an?lise do complexo in silico entre as enzimas alvo e o inibidor foi utilizado o programa HEX 4.5. Estes resultados confirmaram os ensaios inibit?rios in vitro, onde ApTKI apresentou a capacidade de inibir simultaneamente tripsina e papa?na. Algumas das diferen?as observadas nos res?duos do sitio reativo explicam a forte afinidade para tripsina e a fraca para papa?na

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoOA.pdf: 1265658 bytes, checksum: 99f4f1b083a5b39748d0fb4e05fcf79f (MD5) Previous issue date: 2009-02-06 / Chitin is an important structural component of the cellular wall of fungi and exoskeleton of many invertebrate plagues, such as insects and nematodes. In digestory systems of insects it forms a named matrix of peritrophic membrane. One of the most studied interaction models protein-carbohydrate is the model that involves chitin-binding proteins. Among the involved characterized domains already in this interaction if they detach the hevein domain (HD), from of Hevea brasiliensis (Rubber tree), the R&R consensus domain (R&R), found in cuticular proteins of insects, and the motif called in this study as conglicinin motif (CD), found in the cristallography structure of the β-conglicinin bounded with GlcNac. These three chitin-binding domains had been used to determine which of them could be involved in silico in the interaction of Canavalia ensiformis and Vigna unguiculata vicilins with chitin, as well as associate these results with the WD50 of these vicilins for Callosobruchus maculatus larvae. The technique of comparative modeling was used for construction of the model 3D of the vicilin of V. unguiculata, that was not found in the data bases. Using the ClustalW program it was gotten localization of these domains in the vicilins primary structure. The domains R&R and CD had been found with bigger homology in the vicilins primary sequences and had been target of interaction studies. Through program GRAMM models of interaction ( dockings ) of the vicilins with GlcNac had been gotten. The results had shown that, through analysis in silico, HD is not part of the vicilins structures, proving the result gotten with the alignment of the primary sequences; the R&R domain, although not to have structural similarity in the vicilins, probably it has a participation in the activity of interaction of these with GlcNac; whereas the CD domain participates directly in the interaction of the vicilins with GlcNac. These results in silico show that the amino acid number, the types and the amount of binding made for the CD motif with GlcNac seem to be directly associates to the deleterious power that these vicilins show for C. maculatus larvae. This can give an initial step in the briefing of as the vicilins interact with alive chitin in and exert its toxic power for insects that possess peritrophic membrane / A quitina (homopol?mero linear contendo res?duos de β-1,4-N-acetil-D-glicosamina (GlcNac) ? um importante componente estrutural da parede celular de fungos e exoesqueletos de muitos invertebrados pragas, tais como insetos e nemat?ides. Em sistemas digest?rios de insetos forma uma matriz denominada de membrana peritr?fica. Um dos mais estudados modelos de intera??o prote?na-carboidrato ? o modelo que envolve as prote?nas ligantes ? quitina. Dentre os motivos j? caracterizados envolvidos nesta intera??o se destacam o motivo heve?na (HD), obtida de Hevea brasiliensis (Seringueira), o motivo R&R consenso (R&R), encontrado em prote?nas cuticulares de insetos, e o motivo denominado neste estudo como motivo conglicinina (CD), encontrado na estrutura cristalogr?fica da β-conglicinina complexada com GlcNac. Estes tr?s motivos de liga??o ? quitina foram usados para determinar qual(is) deles poderia(m) estar envolvido(s) in silico na intera??o das vicilinas de Canavalia ensiformis e Vigna unguiculata com quitina, como tamb?m associar estes resultados com o WD50 destas vicilinas para larvas de Callosobruchus maculatus. A t?cnica de modelagem comparativa foi utilizada para constru??o do modelo 3D da vicilina de V. unguiculata, que n?o foi encontrada nos bancos de dados. Atrav?s do programa ClustalW obteve-se a localiza??o destes dom?nios na estrutura prim?ria das vicilinas. Os dom?nios R&R e CD foram encontrados com maior homologia nas seq??ncias prim?rias das vicilinas e foram alvos de estudos de intera??o. Atrav?s do programa GRAMM foram obtidos modelos de intera??o ( dockings ) das vicilinas com GlcNac. Os resultados mostraram que, atrav?s de an?lises in silico, o motivo HD n?o faz parte da estrutura das vicilinas, comprovando o resultado obtido com o alinhamento das seq??ncias prim?rias; o motivo R&R, apesar de n?o ter semelhan?a estrutural nas vicilinas, provavelmente tem uma participa??o na atividade de intera??o destas com GlcNac; enquanto que o motivo CD participa diretamente na intera??o das vicilinas com GlcNac. Estes resultados in silico mostram que o n?mero de amino?cidos, os tipos e a quantidade de liga??es feitas pelo motivo CD com GlcNac parecem estar diretamente associados ao poder delet?rio que essas vicilinas possuem para larvas de C. maculatus. Isso pode constutuir um passo inicial na elucida??o de como as vicilinas interagem com quitina in vivo e exercem seu poder t?xico para insetos que possuem membrana peritr?fica

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:53:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CatiaALM_DISSERT.pdf: 1287414 bytes, checksum: 24b6c90e93ec6846afbd8ee3d7271dfc (MD5) Previous issue date: 2013-06-14 / This study presents a comparative analysis of methodologies about weighted factors considered in the selection of areas for deployment of Sanitary Landfills, applying the methodologies of classification criteria with scoring bands Gomes, Coelho, Erba & Veronez (2000); Waquil et al, 2000. That means, we have the Scoring System used by Union of Municipalities of Bahia and the Quality Index Landfill Waste (IQR) which are applyed for this study in Massaranduba Sanitary Landfill located in the municipality of Cear? Mirim /RN, northeastern of Brazil. The study was conducted in order to classify the methodologies and to give support for future studies on environmental management segment, with main goal to propose suited methodologies which allow safety and rigor during the selection, deployment and management of sanitary landfill, in the Brazilian municipalities, in order to help them in the process to extinction of their dumps, in according of Brazilian Nacional Plan of Solid Waste. During this investigation we have studied the characteristics of the site as morphological, hydrogeological, environmental and socio-economic to permit the installation. We consider important to mention the need of deployment from Rio Grande do Norte State Secretary of Environment and Water (SEMARH), Institute of Sustainable Development and Environment of RN (IDEMA), as well, from Federal and Municipal Governments a public policies for the integrated management of urban solid waste that address environmental preservation and improvement of health conditions of the population of the Rio Grande do Norte / Apresenta-se neste trabalho a an?lise comparativa dos m?todos dos fatores ponderados na sele??o de ?reas para implanta??o de aterros sanit?rio, aplicando as metodologias de crit?rios classificat?rios, com faixas de pontua??o, no aterro sanit?rio de Massaranduba, localizado no munic?pio de Cear? Mirim/RN. O Estudo foi realizado a partir da necessidade de termos uma metodologia ou seguir alguma metodologia de baixa complexidade tecnol?gica e baixo custo operacional para a sele??o de ?reas prop?cias para a implanta??o de aterros sanit?rios nos diversos munic?pios do Estado do Rio Grande do Norte. A partir da exig?ncia legal, com a aprova??o da Lei 12.305/2010, que instituiu a Pol?tica Nacional de Res?duos S?lidos, e que prev? a extin??o dos lix?es, considerando-se tamb?m as caracter?sticas locais, ambientais e s?cio-econ?micas encontradas que possibilitem essa instala??o. O Estado do Rio Grande do Norte, atrav?s da Secretaria Estadual do Meio Ambiente e dos Recursos H?dricos (SEMARH) e o Instituto de Desenvolvimento Sustent?vel e Meio Ambiente do RN (IDEMA), autoridades federais, estaduais e municipais, na defini??o de pol?ticas p?blicas voltadas para a gest?o integral dos res?duos s?lidos urbanos que contemplem a preserva??o ambiental e as melhorias das condi??es sanit?rias da popula??o potiguar, dever?o estruturar e planejar a??es com medidas mitigadoras para que os 97% dos munic?pios do Estado atendam as exig?ncias legais e consigam extinguir a situa??o atual da destina??o inadequada dos seus res?duos s?lidos urbanos em lix?es a c?u aberto conforme dados de 2009. O estudo conclui que, a ?rea do aterro sanit?rio de Massaranduba foi classificada como ?tima pelo m?todo do IQR, aceit?vel pelo Sistema de Pontua??o e por Gomes; Coelho; Erba & Verovez e por Waquil et al. O estudo tamb?m conclui que, dentre os m?todos analisados, para este estudo de caso, o da Uni?o dos Munic?pios da Bahia(Sistema de Pontua??o) apresenta-se como o mais rigoroso para a sele??o de ?reas e o IQR como o mais flex?vel

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:06:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FrancineideSO.pdf: 451616 bytes, checksum: 0b4f5d429f3cd5e2f04120d9c7121aec (MD5) Previous issue date: 2007-06-21 / Qu? se piensa aqu?, esencialmente, est? a mapear el itinerario de la melancol?a creativa en el discurso de Dom Casmurro; es decir, aqu?l de el cual el valle narrativo de una sensaci?n de la angustia a al?ar ?l ?l las maneras de la representaci?n en el discurso de Dom Casmurro. El ?rbol b?sico en el cual ?ste estimaba incurre en se basa en el acuerdo de eso que la actual melancol?a en el texto del machadiano se puede analizar por las estratagemas de la lengua creativa en la intenci?n de demostrar en ?l una especie del espacio virtual - el conducir de met?foras, de ironies y del exacerbamento de im?genes - por cu?l se prepone el narrador construir su salvaci?n . El prop?sito es analizar el uso de el proyecto del aleg?rico y el ir?nico previstos por el autor en la intenci?n de descubrir pues tales procedimientos contribuyen para crear un texto ese desestabiliza el car?cter malsano de la melancol?a. Puede propagar lengua creativa de tal manera cu?nto otras maneras de la representaci?n de eso las marcas del arte utilizan. M?s all? de este traz po?tico, la contribuci?n de este trabajo tambi?n constituye: para componer una escena en la cual el teatralidade de la lengua de Dom Casmurro constituye drama y no tragedia. Despu?s de la pista de los conceptos de los benjaminianas de la melancol?a, alegoria, metalenguaje la iron?a, vimos que ?stos disalign de la voluntad que los estatutos se estabilizaron de las figuras del ret?rico para consistir mientras que las estrategias de los discursivas. Subyacente a este proceso es posible percibir el flash del rescate de la escritura melancholic, visto bajo luz del saturnine de una mirada que si desea aleg?rico, en la misma incandescencia de la risa del f?ustico / O que se pretende aqui, essencialmente, ? mapear o itiner?rio da melancolia criativa no discurso de Dom Casmurro; ou seja, aquela da qual o narrador vale-se de um sentimento de ang?stia para al??-lo aos modos de representa??o no discurso de Dom Casmurro. O eixo fundamental sobre o qual incorre esse pressuposto baseia-se no entendimento de que a melancolia presente no texto machadiano pode ser analisada pelos estratagemas da linguagem criativa no intuito de revelar-se nela uma esp?cie de espa?o virtual condutora de met?foras, ironias e exacerbamento de imagens pelo qual o narrador pretende construir sua salva??o . A finalidade ? analisar o uso do esquema aleg?rico e do ir?nico pretendidos pelo autor no intuito de descobrir como tais procedimentos contribuem para criar um texto que desestabiliza o car?ter doentio da melancolia. Ela pode veicular linguagem criativa tanto quanto outros modos de representa??o de que a arte disp?e. Al?m desse mapeamento po?tico, a contribui??o deste trabalho constitui tamb?m: compor um cen?rio no qual a teatralidade da linguagem de Dom Casmurro constitui drama e n?o trag?dia. Seguindo o rastro das concep??es benjaminianas da melancolia, alegoria, metalinguagem a ironia, vimos que estas desalinhar?o os estatutos estabilizados das figuras da ret?rica a fim de se constitu?rem enquanto estrat?gias discursivas. Subjacente a esse processo ? poss?vel perceber o clar?o da reden??o da escrita melanc?lica, vista sob a luz saturnina de um olhar que se quer aleg?rico, na mesma incandesc?ncia do riso f?ustico