Pour mieux saisir les liens complexes entre génotype et phénotype, une méthode utilisée consiste à étudier les relations entre différents éléments biologiques (entre les protéines, entre les métabolites...). Celles-ci forment ce qui est appelé un réseau biologique, que l'on représente algorithmiquement par un graphe. Nous nous intéressons principalement dans cette thèse au problème de la recherche d'un motif (multi-ensemble de couleurs) dans un graphe coloré, représentant un réseau biologique. De tels motifs correspondent généralement à un ensemble d'éléments conservés au cours de l'évolution et participant à une même fonction biologique. Nous continuons l'étude algorithmique de ce problème et de ses variantes (qui admettent plus de souplesse biologique), en distinguant les instances difficiles algorithmiquement et en étudiant différentes possibilités pour contourner cette difficulté (complexité paramétrée, réduction d'instance, approximation...). Nous proposons également un greffon intégré au logiciel Cytoscape pour résoudre efficacement ce problème, que nous testons sur des données réelles.Nous nous intéressons également à différents problèmes de génomique comparative. La démarche scientifique adoptée reste la même: depuis une formalisation d'un problème biologique, déterminer ses instances difficiles algorithmiquement et proposer des solutions pour contourner cette difficulté (ou prouver que de telles solutions sont impossibles à trouver sous des hypothèses fortes)

Cette thèse s'inscrit dans le cadre d'une sociolinguistique interpersonnelle et s'intéresse à la construction dynamique de la personne, à travers les symbolisations verbales qu'elle produit, dans un milieu pluriculturel et plurilingue. Elle se situe à la croisée d'une science des sujets, encore à construire, et d'une socio-pragmatique, sans refuser d'emprunter à la psychologie sociale ses concepts les plus utiles. S'il nous fallait définir de manière plus précise le cadre épistémologique qui est le nôtre, nous dirions qu'il s'apparente à une sociolinguistique du conflit structurant dans les relations interpersonnelles des sujets. La parole construit l'individu ou, plutôt pourrait-on dire, que la personne se construit par la parole et dans l'altérité. Ainsi mêlons-nous ici la linguistique pragmatique à toutes les disciplines qui se sont intéressées à la construction identitaire. Par cet apport transdisciplinaire nous mettons en évidence la complexité d'une thématique incluant un sujet, lui-même complexe et indivisible intégrant la langue et la personne. Nous nous intéressons plus spécifiquement à l'usage des langues dans une situation de conflit structurant (avec l'autre, avec soi) et à celui de la médiation langagière dans ce milieu tensionnel de la personne face à un autrui déstabilisant. Notre outil privilégié dans le cadre de cette recherche se trouve être l'analyse textuelle (textes issus de la transcription d'entretiens) dont nous redéfinissons les contours et pour laquelle nous proposons un outil de compréhension. Ce travail est fait d'un va et vient constant entre théorie et pratique. Nous pensons, en effet, que ces deux mouvements s'enrichissent mutuellement. Si la connaissance de notre objet est un des objectifs de notre thèse, nous visons aussi à élaborer et tester des outils épistémologiques, méthodologiques, transférables dans d'autres situations. Nous souhaitons ainsi montrer dans cette recherche que la personne se construit de manière dynamique dans l'entre-deux du dire et de l'action, au hasard des rencontres et des identifications partielles. Ce qui fait d'elle un être toujours singulier pris dans les affects, les représentations, dans des discours aux significations multiples qui la fondent symboliquement.

Cette thèse s'inscrit à la fois dans le champ de la psychologie environnementale et de la psychologie sociale. Elle est introduite par une réflexion épistémologique promouvant le paradigme de la Pensée Complexe (Morin, 1977) dans les travaux de recherche et questionnant la place de la psychologie environnementale sur la scène scientifique. Les travaux exploratoires relatés ensuite portent sur l'appréhension psychosociale des infrastructures de transport, une question pertinente au regard des revendications des populations vis-à-vis de l'aménagement du territoire et du dessein sociétal de développement durable. Les représentations sociales (Moscovici, 1961), l'implication personnelle (Rouquette, 1997) et certaines dimensions de la relation Homme-Environnement dont le sens du lieu (Jorgensen & Stedman, 2001) et l'appropriation de l'espace ont été mises en perspective avec les attitudes. En somme, il s'agissait d'analyser les différents paramètres qui font l'acceptabilité (ou non) des aménagements de grande ampleur. La thèse présente plusieurs développements méthodologiques : la traduction d'une échelle de sens du lieu (Jorgensen & Stedman, 2001) et l'élaboration d'une échelle d'appropriation de l'espace. Elle fait ensuite état de quatre études de cas menées dans différentes régions françaises où des infrastructures de transport étaient en projet ou récemment mises en service. Chacune de ces études a permis de mettre en exergue la saillance du contexte local (économique, environnemental) au sein des représentations sociales. Il a également été observé que les éléments représentationnels revêtant un enjeu spécifique étaient les plus à même d'expliquer les attitudes. Une synthèse des quatre études a permis une modélisation des différentes variables. On constate que l'appropriation de l'espace et l'implication personnelle contribuent également à la construction des attitudes. La discussion pose les jalons d'une bonne intégration des infrastructures de transport dans le contexte socio-économique des régions concernées, en montrant un recul critique vis-à-vis des conceptions de type " NIMBY ". On y développe un certain nombre de conclusions dont la proximité avec les résultats de travaux réalisés en géographie sociale révèlent un potentiel interdisciplinaire intéressant.

Cette thèse traite de deux problèmes qui ont leur origine dans la théorie du contrôle géométrique, et qui concernent les systèmes de contrôle avec dérive, c'est-à-dire de la forme $\dot q= f_0(q)+\sum_{j=1}^m u_j f_j(q)$. Dans la première partie de la thèse, on généralise le concept de complexité de courbes non-admissibles, déjà bien compris pour les systèmes sous-riemanniens, au cas des systèmes de contrôle avec dérive, et on donne des estimations asymptotiques de ces quantités. Ensuite, dans la deuxième partie, on considère une famille de systèmes de contrôle sans dérive en dimension 2 et on s'intéresse à l'operateur de Laplace-Beltrami associé et à l'évolution de la chaleur et des particules quantiques qu'il définit. On étudie plus particulièrement l'effet qu'a l'ensemble où les champs de vecteurs contrôlés deviennent colinéaires sur ces évolutions.

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L’apprentissage collaboratif assisté par ordinateur et les technologies d’e-learning devenant de plus en plus populaires et intégrés dans des contextes éducatifs, le besoin se fait sentir de disposer d’outils d’évaluation automatique et d’aide aux enseignants ou tuteurs pour les deux activités, fortement couplées, de compréhension de textes et collaboration entre pairs. Bien qu’une analyse de surface de ces activités est aisément réalisable, une compréhension plus profonde et complète du discours en jeu est nécessaire, complétée par une analyse de l’information méta-cognitive disponible par diverses sources, comme par exemples les auto-explications des apprenants. Dans ce contexte, nous utilisons un modèle dialogique issu des travaux de Bakhtine pour analyser les conversations collaboratives, et une approche théorique visant à unifier les activités de compréhension et de collaboration dans un même cadre, utilisant la construction de graphes de cohésion. Plus spécifiquement, nous nous sommes centrés sur la dimension individuelle de l’apprentissage, analysée à partir de l’identification de stratégies de lecture et sur la mise au jour d’un modèle de la complexité textuelle intégrant des facteurs de surface, lexicaux, morphologiques, syntaxiques et sémantiques. En complément, la dimension collaborative de l’apprentissage est centrée sur l’évaluation de l’implication des participants, ainsi que sur l’évaluation de leur collaboration par deux modèles computationnels: un modèle polyphonique, défini comme l’inter-animation de voix selon de multiples perspectives, un modèle spécifique de construction sociale de connaissances, fondé sur le graphe de cohésion et un mécanisme d’évaluation des tours de parole. Notre approche met en œuvre des techniques avancées de traitement automatique de la langue et a pour but de formaliser une évaluation qualitative du processus d’apprentissage. Ainsi, deux perspectives fortement interreliées sont prises en considération : d’une part, la compréhension, centrée sur la construction de connaissances et les auto-explications à partir desquelles les stratégies de lecture sont identifiées ; d’autre part la collaboration, qui peut être définie comme l’implication sociale, la génération d’idées ou de voix en interanimation dans un contexte donné. Des validations cognitives de nos différents systèmes d’évaluation automatique ont été réalisées, et nous avons conçu des scénarios d’utilisation de ReaderBench, notre système le plus avancé, dans différents contextes d’enseignement. L’un des buts principaux de notre modèle est de favoriser la compréhension vue en tant que « médiatrice de l’apprentissage », en procurant des rétroactions automatiques aux apprenants et enseignants ou tuteurs. Leur avantage est triple: leur flexibilité, leur extensibilité et, cependant, leur spécificité, car ils couvrent de multiples étapes de l’activité d’apprentissage, de la lecture de matériel d’apprentissage à l’écriture de synthèses de cours en passant par la discussion collaborative de contenus de cours et la verbalisation métacognitive de jugements de compréhension, afin d’obtenir une perspective complète du niveau de compréhension et de générer des rétroactions appropriées sur le processus d’apprentissage collaboratif. / With the advent and increasing popularity of Computer Supported Collaborative Learning (CSCL) and e-learning technologies, the need of automatic assessment and of teacher/tutor support for the two tightly intertwined activities of comprehension of reading materials and of collaboration among peers has grown significantly. Whereas a shallow or surface analysis is easily achievable, a deeper understanding of the discourse is required, extended by meta-cognitive information available from multiple sources as self-explanations. In this context, we use a polyphonic model of discourse derived from Bakhtin’s work as a paradigm for analyzing CSCL conversations, as well as cohesion graph building designed for creating an underlying discourse structure. This enables us to address both general texts and conversations and to incorporate comprehension and collaboration specific activities in a unique framework. As specificity of the analysis, in terms of individual learning we have focused on the identification of reading strategies and on providing a multi-dimensional textual complexity model integrating surface, word specific, morphology, syntax and semantic factors. Complementarily, the collaborative learning dimension is centered on the evaluation of participants’ involvement, as well as on collaboration assessment through the use of two computational models: a polyphonic model, defined in terms of voice inter-animation, and a specific social knowledge-building model, derived from the specially designed cohesion graph corroborated with a proposed utterance scoring mechanism. Our approach integrates advanced Natural Language Processing techniques and is focused on providing a qualitative estimation of the learning process. Therefore, two tightly coupled perspectives are taken into consideration: comprehension on one hand is centered on knowledge-building, self-explanations from which multiple reading strategies can be identified, whereas collaboration, on the other, can be seen as social involvement, ideas or voices generation, intertwining and inter-animation in a given context. Various cognitive validations for all our automated evaluation systems have been conducted and scenarios including the use of ReaderBench, our most advanced system, in different educational contexts have been built. One of the most important goals of our model is to enhance understanding as a “mediator of learning” by providing automated feedback to both learners and teachers or tutors. The main benefits are its flexibility, extensibility and nevertheless specificity for covering multiple stages, starting from reading classroom materials, to discussing on specific topics in a collaborative manner, and finishing the feedback loop by verbalizing metacognitive thoughts in order to obtain a clear perspective over one’s comprehension level and appropriate feedback about the collaborative learning processes.

Dans un contexte international marqué par la prise de conscience des enjeux environnementaux, et dans un contexte national d'injonctions réglementaires visant la réduction de la consommation énergétique, les disciplines liées à l’aménagement de l’espace voient leurs frontières et leurs méthodes évoluer de manière conséquente. Cette thèse a pour objet d’analyser les influences du développement durable sur le processus de création en architecture dans le cadre particulier du Global Award for Sustainable Architecture™ et en fonction de la réglementation sur le bâtiment et le territoire en France. Elle examine des mutations des modes opératoires du processus du projet architectural et propose des éléments de méthode et d'analyse concernant la prise en compte des piliers du développement durable, l'environnement, l'économie, la société et la culture. Il ressort de l’analyse que la compréhension des enjeux du développement durable rassemble dans une même dynamique intégrative les différentes piliers, faisant ainsi de la complexité la condition pour leur interdépendance. La prise en compte de la complexité à travers le milieu qui est attestée par les cas étudiés dans cette thèse soulève des questions sur le déroulement du processus du projet à travers une imagination pluraliste qui dépasse une réponse universelle normalisée. Si la complexité se traduit par la prise en compte simultanée des dimensions urbaines et rurales, paysagères et architecturales, quantitatives et qualitatives, elle envisage également le croisement et l’interdépendance des métiers. Ce qui signifie que l’architecte doit -en tant que médiateur- (se) construire une nouvelle identité, développant des compétences en conduite de conception et de négociation. / Global awareness of environmental matters and local regulations intending reductions of energy consumption forces disciplines related to space to expand their working methods in a substantial way. This thesis analyses influences of sustainable development on the architectural design process, particularly the case of the Global Award for Sustainable Architecture™ and the case of the French context in accordance to the regulation of building and territorial matters in France. It examines the mutations of the modus operandi of the process and offers elements of method and analysis towards the consideration of Pillars of sustainable development , environment, economy, society and culture. The analysis shows that the understanding of the sustainable development issues gathers the different Pillars in common integrative dynamics, making "Complexity" the condition of their interdependency. The account of the "Complexity" through milieu as attested by the case studies in this thesis, raise questions on the project's process through a pluralist imagination that goes beyond a normalised universal answer. When "Complexity" is being applied with a simultaneous consideration of urban, rural, landscaped, architectural, quantitative and qualitative dimensions, it heads towards the crossing and the interdependency of professions. This means that architects as mediators have to build themselves a new identity, cultivating proficiency and competency in leading conception and negotiation of the architectural project.

Cette recherche en théorie sociale trouve sa source dans un problème classique livré notamment par la pensée de Hobbes, celui de la possibilité de l’ordre social – l’ordre social étant ici conçu comme une situation sociale où les membres d’un groupe parviennent à vivre ensemble de manière relativement pacifique. Elle se penche, plus précisément, sur des théories qui, bien qu’issues de traditions de pensée très différentes, proposent une même formulation critique et restrictive de ce problème : ces théories infirment l’idée que cet ordre (ou du moins toute situation d’ordre social) pourrait être produit de manière intentionnelle et invitent ainsi à envisager des mécanismes de production non intentionnelle de ce dernier. Cette enquête ne prétend nullement réaliser un panorama exhaustif des différentes pensées ou théories qui ont pu défendre cette hypothèse de l’ordre spontané. Elle s’attache avant tout, en s’appuyant sur les théories de B. Spinoza, B. Pascal, A. Smith, É. Durkheim, F. A. von Hayek et N. Luhmann, à établir les termes d’un débat au sein de cette perspective. Elle dégage pour ce faire les prémisses théoriques qui, chez ces auteurs, conditionnent des types spécifiques d’analyse des mécanismes d’auto-organisation. Ce travail dégage notamment deux courants adverses au sein de ces théories. Le premier, dans lequel on inclut les projets d’Hayek et de Luhmann, défend, en se fondant sur le constat d’une spécificité des sociétés modernes, l’hypothèse que leur ordre ne peut pas reposer, ou du moins pas essentiellement, sur un contrôle social exercé sur l’individu. Le second, dans lequel s’inscrivent les pensées de Durkheim, Smith, Pascal et Spinoza, met en exergue ce que nous nommons le « problème des passions », et soutient au contraire l’idée que ce contrôle constitue une condition essentielle de cet ordre. Tandis que le premier courant insiste sur la nature cognitive des mécanismes de production non intentionnelle d’ordre, le second souligne leur dimension affective. / The starting point of this investigation in social theory is the observation of strong affinities that very different and somehow rival theories have with each other. These theories investigate the problem of social order, namely « how is it possible for human beings to live with each other in a relative peaceful situation? ». Furthermore, they all maintain that this order cannot emerge but unintentionally. The present research aims at setting the terms of a debate among these approaches and focuses in this respect on the theories of Baruch Spinoza, Blaise Pascal, Adam Smith, Émile Durkheim, Friedrich August von Hayek and Niklas Luhmann. Their respective approaches to self-organizing mechanisms rest on correspondingly various theoretical assumptions. Our purpose is to point out these assumptions. For instance, Hayek and Luhmann’s theories on the one hand and those of Spinoza, Pascal, Smith and Durkheim on the other strongly differ regarding their conception of the conditions of social order: while the former, on account of the specificities of modern societies, assume that their social order cannot essentially rest on a social control, the latter argue that passions, by misleading human beings, make this social control an essential condition of peaceful living together.

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Cette thèse de doctorat a pour objet une exploration des communs sur les modes de gestion ainsi que sur les usages par rapport aux bénéfices collectifs issus de leur exploitation en contexte de changement climatique dans le Delta du Saloum (Centre-Ouest du Sénégal). La recherche prend appui sur un cadre théorique construit à partir de la théorie de la gouvernance des communs à laquelle nous avons combiné les approches de la psychosociologie des représentations sociales, de la socio-anthropologie du développement et de la sociologie de la transaction sociale. Notre zone d’étude est constituée par le delta du Saloum qui est formé par un entrelacs d’îles riches en biodiversité mais vulnérables au changement climatique. En outre, les dynamiques sociales témoignent de l’entrain dans la production du quotidien par les femmes, les jeunes et les projets de développement. À partir d’une posture épistémologique basée sur le « paradigme » de la pensée complexe et la perspective d’une « connaissance subjectale », la méthode de recherche est essentiellement qualitative avec une démarche ethnographique. À partir de l’étude de cas, l’utilisation d’une batterie d’outils (revue documentaire, observation, entretiens individuels et de groupe) a débouché sur une diversité de matériaux discursifs et factuels. L’analyse des données de terrain a été menée par rapport aux dimensions suivantes : les dispositifs organisationnels, les rapports d’action et d’interaction dans l’action collective, l’intentionnalité et l’incertitude des pratiques sociales, l’historicité, l’espace et la prospective. Nos résultats de recherche laissent voir que, nonobstant un contexte de changement climatique contraignant et l’existence de représentations sociales différentielles dues à la présence d’une multiplicité d’acteurs au sein de l’espace du delta du Saloum, la gestion des communs (pêcheries et foresterie) est réussie à travers les organisations communautaires et les structures mêlées de compétences d’acteurs sociaux, étatiques et non-gouvernementaux au moyen de transactions sociales pour la conservation des ressources naturelles par un « ordre négocié » de durabilité d’une part, et d’autre part, les usages des bénéfices collectifs issus de leur exploitation pour réaliser des projets communautaires. En effet, l’action collective des différents acteurs sociaux et institutionnels qui a été désignée « connexité socio-institutionnelle » est une condition à la réussite de la gestion des communs comme celle-ci est une forme d’adaptation au changement climatique par le construit social de l’espace à partir de l’historicité de la communauté des Niominka qui habitent en majorité cet espace. Par ailleurs, les rapports entre les multiples acteurs ainsi qu’avec les objets environnementaux comme les ressources naturelles et l’espace exigent de l’objet de la sociologie un prolongement et un intérêt vers les faits de nature après que l’approche psychosociologique a obtenu droit de cité. Cette voie n’est possible pour l’heure qu’avec l’inter/transdisciplinarité dans les sciences de l’environnement à partir du concept de vulnérabilité. / This PhD thesis explores the management and use of commons in relation to the collective benefits derived from their exploitation in the context of climate change in the Saloum Delta, in central-western Senegal. The research is based on a theoretical framework built on the theory of the governance of the commons, to which we combined approaches of psychosociology of social representations, socio-anthropology of development, and sociology of social transaction. The research was conducted in the Saloum Delta, which is formed by an interlacing of islands rich in biodiversity but vulnerable to climate change. In addition, social dynamics show the drive with which women, youth and development projects produce the everyday. Building on an epistemological posture based on the ‘paradigm’ of complex thought and the perspective of a ‘subjectal knowledge,’ the research methodology is primarily qualitative with an ethnographic approach. Based on a case study, the use of a set of tools (documentary review, observation, individual and group interviews) produced a diversity of discursive and factual data. The analysis of the data collected in the field was conducted with a focus on the following dimensions: organisational settings, action and interaction relations in collective action, intentionality and uncertainty of social practices, historicity, space, and forecasting. Research findings show that commons (fishery and forestry), despite a constraining context of climate change and the existence of differential social representations resulting from the presence of a multiplicity of actors in the Saloum Delta, are successfully managed by community organisations and groups of actors working together, including social, state and non-state actors. This is done through social transactions for the conservation of natural resources through a ‘negotiated order’ of sustainability on the one hand, and the uses of collective benefits derived from their exploitation to carry out community projects on the other hand. In fact, collective action of various social and institutional actors – which has been referred to as ‘socio-institutional connection’ – is a condition for the successful management of commons. It is also an adaption strategy to climate change by the social construct of space based on the historicity of the Niominka community – the main group in this region. Furthermore, relations among various actors and with environmental objects such as natural resources and space require the object of sociology to be extended and an interest in facts of nature after the psychosociological approach gains acceptance. For now, this is only possible with inter- and transdisciplinarity in environmental science starting from the concept of vulnerability.