La littérature a démontré que la séparation de l'urine et des fèces sous les lattes et le retrait fréquent des deux fractions restreint les émissions de gaz et d'odeurs provenant du bâtiment, et ce, jusqu'à 50%. Le principal objectif était de comparer, dans un même montage expérimental, différents systèmes de gestion des déjections sur divers aspects relatifs à la qualité de l’air. Pour ce faire, le dispositif expérimental comprenait 5 traitements, dont 3 systèmes de séparation distincts (gratte en « V », filet, courroie). La fréquence de grattage et l'efficacité du procédé de séparation ont été étudiées. L'expérimentation s’est déroulée dans 12 chambres identiques, complètement indépendantes et ayant chacune leur propre système de gestion des déjections. Chacune des chambres accueillait quatre porcs élevés de 30 à 80 kg, et ce, sur une période de huit semaines par élevage. Les résultats ont démontré qu'il y a un effet significatif du traitement sur les émissions d’ammoniac (p=0,02). Sans le procédé de séparation, le retrait des déjections à tous les 2-3 jours a réduit de manière significative les émissions d’ammoniac de 46% (52,7 mg jour-1 kgporc-1). Au cours d'une période d’entreposage de 2-3 jours, la séparation de l'urine et des fèces directement sous des lattes a permis une réduction significative de 49% (50,0 mg jour-1 kgporc-1) des émissions d’ammoniac. Les différents systèmes de séparation ont eu la même capacité de réduction d’ammoniac. Les résultats ont révélé qu’au cours d’une semaine, il n'y a eu aucun avantage significatif à augmenter la fréquence de vidange ou à procéder à la séparation solide-liquide pour réduire les émissions de gaz carbonique, de méthane et d’odeurs. Les différents systèmes de gestion des déjections n'ont pas eu d’impact sur le caractère hédonique. / Literature has shown separating urine from feces and frequently removing both fractions is suitable for diminishing gas and odor emissions from pig building. On average, under-slat separation systems in piggeries can reduce ammonia and odor emissions by up to 50%. The focus of the present research study was to assess, in the same experimental design, the effect of diverse manure handling systems on various aspects relative to air quality. Twelve identical and completely independent experimental rooms were built. Each room housed four grower-finisher pigs from 30 to 80 kg over two 8-week period trials. Five treatments, of which three separation systems (V-shaped scraper, net, belt) were tested simultaneously. The scraping frequency and the effectiveness of the separation process were evaluated. Results showed there was a significant effect of the treatment on ammonia emissions (p=0.02). Without the solid-liquid separation, removing the manure every 2-3 days significantly reduced ammonia emissions by 46% (52.7 mg day-1 kgpig-1) compared to the control. Within a storage period of 2-3 days, the separation of the urine and feces directly under slats allowed a significant 49% (50.0 mg day-1 kgpig-1) reduction of ammonia emissions compared to the control. The different separation systems had the same ammonia reduction capacity. Results revealed there is no advantage at a statistically significant level (P> 0.05) for the separation process not for the removal frequency on carbon dioxide and methane emissions, within a week period. For the same period, it was not beneficial at a statistically significant level (P> 0.05) to separate excrement and urine directly under slats for reducing odor releases. Manure handling systems did not have an effect on the hedonic tone.

La résistance développée par les bactéries aux antibiotiques est un problème d'échelle mondiale qui a récemment attiré beaucoup d'intérêt. En effet, particulièrement chez les bactéries à Gram-négatif, on constate une depletion rapide de la quantité d'antibiotiques efficaces. De nos jours, les programmes de recherche de nouveaux antibiotiques commencent souvent par le criblage de cibles cellulaires. Les enzymes Mur, impliquées dans la biosynthèse de la paroi, sont uniques aux cellules bactériennes et nécessaires à leur survie. Le présent mémoire décrit l'utilisation des méthodes de bio-informatique structurale pour mettre en lumière un possible mécanisme d'action pour deux inhibiteurs des Mur ligases précédemment découverts : MurDpl etMurFpl. De plus, les recherches ici présentées ont permis de découvrir une grande similarité entre MurDpl et une famille de peptides antimicrobiens naturels, les tigerinines. Leur capacité à pénétrer les cellules bactériennes et la difficulté pour les bactéries de développer une résistance aux peptides antimicrobiens en général en font des composés de départ prometteurs. Nous suggérons que MurD pourrait être une cible intracellulaire des tigerinines et proposons un mécanisme d'action. De plus, par des moyens informatiques, nous évaluons les possibilités de raffiner MurDpl, MurFpl et les tigerinines de façon à augmenter leur activité.

Ce mémoire porte un regard critique sur les instruments juridiques relatifs à la lutte contre la désertification adoptés par le Mali depuis son indépendance jusqu’à nos jours. La désertification a commencé à prendre de l’ampleur dans les pays d’Afrique de l’Ouest, notamment au Mali, avec les grandes périodes de sècheresses de 1968 à 1973 et de 1982 à 1984. Nous verrons que dès l’indépendance acquise en 1960, le Mali a entrepris de protéger juridiquement son environnement avec la Convention d’Alger de 1968 et la loi forestière de la même année. Le présent mémoire est divisé en deux parties, la première étant consacrée à la période pré démocratique, allant de 1960 à 1991, et la seconde couvrant la période démocratique, allant de 1991 à nos jours. Pendant la période pré démocratique, le Mali a adopté peu de textes juridiques dans le domaine de la lutte contre la désertification. Cette faille fut corrigée au cours de la seconde période. En ce sens, l’analyse effectuée permet de relever les failles dans les textes juridiques maliens en matière de lutte contre la désertification depuis l’indépendance du pays à nos jours et de proposer des recommandations en vue de parfaire le droit de la lutte contre la désertification. / This thesis takes a critical look at the legal instruments relating to the fight against desertification adopted by Mali since its independence until today. Desertification has begun to increase in West African countries, particularly in Mali, with the major drought periods from 1968 to 1973 and 1982 to 1984. We will see that since independence in 1960, Mali has undertaken to legally protect its environment with the Algiers Convention of 1968 and the Forest Law of the same year. This thesis is divided into two parts, the first dealing with the pre-democratic period from 1960 to 1991, and the second covering the democratic period from 1991 to the present. In the pre-democratic period, Mali adopted few legal texts in the field of combating desertification. This flaw was corrected in the second period. In this sense, the analysis carried out makes it possible to identify gaps in Malian legal texts in the fight against desertification since the country's independence to date and to propose recommendations for improving the law to combat desertification.

En 2001 et 2002, nous avons échantillonné 89 fraisières, réparties dans neuf régions agricoles du Québec, afin de connaître la diversité et l’abondance des différentes espèces de charançons des racines. Le sol des différentes fraisières a également été caractérisé. L’écologie saisonnière d’Otiorhynchus ovatus (L.) a été étudiée dans la grande région de Québec. Le charançon des racines le plus abondant dans les fraisières est, sans contredit, O. ovatus avec plus de 82% des captures. Aussi, il a été établi qu’il existe une corrélation entre l’abondance d’O. ovatus et le pourcentage de sable contenu dans un sol. Deux cohortes d’insectes se succèdent au champ et le pic d’abondance se situe à la fin de la période de récolte des fruits. Cette période est la plus propice pour contrôler les populations de O. ovatus avant que les femelles initient la ponte. / In 2001 and 2002, 89 strawberry fields from nine regions in Québec were sampled to determine the diversity and abundance of root weevil species. Soil characteristics were also assessed. We further studied the seasonal ecology of the strawberry root weevil, Otiorhynchus ovatus (L.) in the Québec City area. The strawberry root weevil was the most abundant species with > 82% of all captured specimens. Its abundance was positively correlated with sand in soil sample. Two cohorts of insects have been identified with a peak of abundance at the end of the fruit harvesting period. This period is most suitable for O. ovatus control as females have not yet initiated oviposition.

Lors d’une épidémie localisée de tordeuse des bourgeons de l’épinette (Choristoneura fumiferana), certaines épinettes blanches (Picea glauca (Voss.) Moench) furent épargnés. L’expression d’un gène, Pgβglu-1, codant pour une enzyme de type bêta-glucosidase est liée à la production d’acétophénones s’accumulant dans les aiguilles des arbres peu défoliés. La variation de l’expression de Pgβglu-1 semble relèver d’une régulation inhérente et unique aux arbres résistants. Nos résultats permettent d’établir une corrélation entre l’expression du gène, l’accumulation des acétophénones actives et le stade le plus destructif de l’insecte. Ils montrent aussi que le niveau d’expression de Pgβglu-1 est transmis entre les générations d’arbres et peut être induit. Les séquences d’ADN codants du gène ont été obtenues, mais aucune différence n’a été observée permettant de différencier les résistants des non-résistants. Une connaissance plus approfondie du phénomène pourrait aider au développement d’une lutte intégrée visant à mitiger les dégâts causés par la tordeuse en période d’épidémie. / A localized spruce budworm (Choristoneura fumiferana) outbreak that took place in a white spruce plantation (Picea glauca (Voss.) Moench) left some trees almost untouched while many others had severe defoliation. Expression of agene coding for a beta-glucosidase enzyme was identified (Pgβglu-1) and was linked to the accumulation of two acetophenones in the foliage of resistant trees. We propose that the expression variation of Pgβglu-1 involve regulation that is unique to resistant trees. Our results establish a correlation between gene expression, the accumulation of biologically active acetophenones and the most destructive larval instar of the insect. Our results also show that Pgβglu-1expression is genetically transmitted and can be induced. Coding DNA sequences of the gene were obtained but no differences were observed that could differentiate between resistant and non-resistant trees. A deeper understanding of the phenomenon could help in the development of an integrated management aiming to mitigate damage caused during outbreaks.

Cette étude se focalise sur la dégradation des sols organiques dans l'ouest de la Montérégie, une région vitale pour l'industrie horticole au Québec. Les pertes annuelles de sol et la baisse de productivité sont alarmantes et ont engendré plusieurs initiatives dont la création depuis 2018 de la chaire de recherche partenaire en conservation et restauration des sols organiques à l'Université Laval. La présente étude s'inscrit dans le cadre de la programmation de recherche de cette chaire et a pour objectif d'enrichir un modèle de recommandation et de suivi pour la santé des sols organiques cultivés en fournissant des données économiques. Cette étude effectue une caractérisation spatiale de la santé des sols organiques et analyse l'impact économique de l'adoption de différentes pratiques de gestion sur 144 champs. L'épaisseur de la tourbe est utilisée pour évaluer l'état de santé des sols organiques. Six scénarii (S1, S2, S3, S4, S5 et S6) sont proposés pour contrer la dégradation du sol et maintenir voire améliorer sa productivité. Les résultats montrent que la stratégie conventionnelle, jadis adoptée dans la plupart des champs, n'est pas rentable. Les scénarii S1 et S2 sont recommandés à l'échelle de la ferme, tandis que le scénario S6 est optimal à l'échelle régionale. La mise en œuvre de la stratégie de gestion optimale spatialisée S6 pourrait compenser plus de 400 millions de dollars canadiens de pertes sur 25 ans engendrées par la stratégie conventionnelle. De plus, les pratiques de gestion des sols organiques améliorent la valeur foncière. Les producteurs qui acceptent d'investir davantage dans la gestion de leurs sols organiques, outrepassant ainsi leurs pratiques conventionnelles, récolteront le fruit de leur effort à long terme. Cette recherche a une utilité directe pour le secteur agroenvironnemental et peut être appliquée dans d'autres régions confrontées à une problématique similaire. Mots clés : Sols organiques, caractérisation spatiale, pratiques de gestion, épaisseur de la tourbe, dégradation du sol, productivité, gestion optimale spatialisée, valeur foncière. / This study focuses on the degradation of organic soils in the western region of Montérégie, a vital area for the horticultural industry in Quebec. Annual soil losses and persistent declining productivity are alarming and have been subject of several initiatives, including the creation since 2018 of the Partnership Research Chair in Organic Soil Conservation and Restoration at Laval University. The present study is part of the research program of this chair and has for the objective to enrich a recommendation and monitoring model for the health of cultivated organic soils by providing economic data. This study conducts a spatial characterization of organic soil health and analyzes the economic impact of adopting various management practices on 144 fields. Peat thickness is used to assess the health status of organic soils. Six scenarios (S1, S2, S3, S4, S5, and S6) are proposed to counter soil degradation and maintain or improve productivity. The results indicate that the conventional strategy, formerly adopted in most fields, is not profitable. Scenarios S1 and S2 are recommended at the farm level, while scenario S6 is optimal at the regional level. Implementing the spatially optimized management strategy S6 could offset over 400 million Canadian dollars in losses over 25 years incurred by the conventional strategy. Furthermore, organic soil management practices enhance land value. Producers who are willing to invest more in managing their organic soils, thus surpassing their conventional practices, will reap the benefits in the long run. This research has direct relevance to agri-environmental sector and can be applied in other regions facing similar issues. Keywords: Organic soils, spatial characterization, management practices, peat thickness, soil degradation, productivity, spatially optimized management, land value.

Titre de l'écran-titre (visionné le 7 août 2023) / La hernie des crucifères causée par le parasite intracellulaire obligatoire Plasmodiophora brassicae est l'une des maladies les plus dévastatrices affectant l'industrie du canola (Brassica napus) dans le monde entier. Actuellement, l'utilisation de cultivars résistants à la hernie des crucifères est la stratégie la plus efficace pour enrayer la propagation et les pertes économiques liées à la maladie. Cependant, certains isolats de P. brassicae ont réussi à contourner la résistance. De plus, la classification des isolats de P. brassicae en fonction de leur capacité à infecter certains hôtes demeure un défi pour l'industrie. Bien que plusieurs systèmes de classification différentielle aient été développés, leur mise en œuvre s'est avérée difficile, laborieuse, coûteuse et difficilement reproductible en raison du biais associé à l'utilisateur. Les principaux objectifs de ce projet étaient de développer un système de phénotypage en culture hydroponique pour caractériser les isolats monosporés de P. brassicae et d'identifier des mesures quantitatives reproductibles pour calculer avec précision l'intensité de la maladie. D'après les résultats, le système de phénotypage développé offre une option fiable, moins coûteuse et reproductible. Il contribuera également à la sélection de nouveaux cultivars de canola résistants à la hernie des crucifères et à l'identification des gènes d'avirulence de P. brassicae qui pourraient déclencher la résistance et qui sont restés très difficiles à identifier jusqu'à présent. / Clubroot, caused by the obligate intracellular parasite Plasmodiophora brassicae, is one of the most devastating diseases affecting the canola industry worldwide. Currently, the use of clubroot-resistant cultivars is the most effective strategy to stop the spreading and the economic losses linked to the disease. However, virulent P. brassicae isolates have been able to break down the resistance and the options to manage the disease are getting very limited. Another challenge for the industry has been the classification of P. brassicae isolates based on their ability to infect certain plant genotypes, and although several differential classification sets have been developed, their implementation has proven to be difficult, laborious, expensive, and hardly reproducible due to user-associated bias. The main objectives of this project were to develop a hydroponic-based phenotyping system to characterize P. brassicae single spore isolates and to identify reproducible quantitative methods to accurately calculate the disease severity level. According to the results, the bioassay developed offers a reliable, less expensive, and reproducible option. This bioassay will also contribute to breeding new clubroot-resistant canola cultivars and the identification of P. brassicae avirulence genes that could be triggering the resistance and have been very elusive to date.

En 2021, le Québec est entré dans une nouvelle phase de lutte contre le SRAS-CoV-2, et ce, en raison de l'arrivée des vaccins et de l'amorce de la campagne de vaccination de masse contre la COVID-19. L'efficacité clinique des nouveaux vaccins était excellente au moment de leur autorisation. Toutefois, l'efficacité réelle et la durée de protection conférées par ceux-ci restaient largement inconnues. De plus, l'émergence de variants du SRAS-CoV-2 plus transmissibles, plus virulents et/ou avec une capacité d'échappement immunitaire plus élevé démontre l'importance et la nécessité de continuer à effectuer une surveillance active pour assurer l'efficacité des vaccins contre la COVID-19. L'objectif de ce mémoire était d'évaluer l'efficacité vaccinale chez les adolescents québécois contre l'infection par le SRAS-CoV-2, les formes graves de la COVID-19, l'hospitalisation et le décès, tout cela selon les variants en circulation. L'efficacité a également été estimée en fonction du temps depuis la vaccination afin d'évaluer si le déclin de l'immunité constituait un défi potentiel. Les analyses ont montré que l'efficacité contre le variant Delta était élevée et durable même jusqu'à cinq mois après l'administration de deux doses de vaccin. L'efficacité contre le variant Omicron, quant-à-elle, était significativement plus basse à chaque point de mesure post-vaccination comparativement à l'efficacité contre Delta. De plus, l'efficacité contre l'infection symptomatique était supérieure à l'efficacité contre toute infection. Un intervalle allongé entre les doses semblait également améliorer l'efficacité vaccinale. L'évaluation de l'efficacité par rapport aux issues graves n'a pas été possible en raison d'un faible nombre d'hospitalisations et d'aucun décès dans ce groupe d'âge. Le suivi de l'évolution de l'efficacité vaccinale est très important et continuera à contribuer à l'élaboration de futures recommandations et d'interventions ciblées par les autorités de santé publique. / In 2021, Quebec entered a new phase of the fight against SARS CoV-2 with the arrival of vaccines and the start of the mass vaccination campaign against COVID-19. The clinical efficacy of the new vaccines was excellent at the time of authorization. However, the real-world effectiveness and duration of protection conferred by the latter remained largely unknown. In addition, the emergence of SARS-CoV-2 variants that are more transmissible, more virulent and/or have a higher immune escape capacity demonstrates the importance and need for continued active surveillance to ensure the effectiveness of COVID-19 vaccines. The purpose of this thesis was to assess the vaccine effectiveness among Quebec adolescents against SARS-CoV-2 infection, severe forms of COVID-19, hospitalization and death, all according to the variants in circulation. Effectiveness was also estimated by time since vaccination to assess whether the decline in immunity was a potential challenge. Analyses showed that vaccine effectiveness against the Delta variant was high and sustained even up to five months after two doses of vaccine. However, effectiveness against the Omicron variant was significantly lower at each post-vaccination measurement point compared to effectiveness against Delta. In addition, effectiveness against symptomatic infection was superior to effectiveness against any infection. An extended interval between doses also appeared to improve vaccine effectiveness. Evaluation of efficacy against serious outcomes was not possible due to low hospitalizations and no deaths in this age group. Monitoring the evolution of vaccine effectiveness is very important and will continue to contribute to the development of future recommendations and targeted interventions by public health authorities.

Au Québec, la température hivernale atteint -35 °C et les cépages non-rustiques (Vitis vinifera L.) doivent être protégés du gel par l'installation de géotextiles ou par buttage qui consiste en un travail du sol intensif et bisannuel pour recouvrir et découvrir les vignes. Ces conditions restreignent l'implantation de cultures intercalaires : (1) leur établissement et leur croissance sont limités à la saison de production, (2) le buttage détruit la végétation intercalaire à l'automne et (3) l'installation de géotextiles permet la culture d'espèces pérennes, mais elle est plus coûteuse. Au Québec, l'adoption de cultures intercalaires demeure donc marginale, malgré les bienfaits reconnus de ces cultures, dont le contrôle des adventices et l'atténuation de l'érosion hydrique. Leur impact sur la croissance et la production de la vigne sont également méconnus sous le climat continental du Québec. Une expérience en blocs aléatoires complets a été établie (2018-2020) dont l'objectif était de comparer l'effet du désherbage mécanique à deux mélanges de graminées intercalaires (annuelles vs pérennes) sur le contrôle des adventices et leur diversité, la stabilité des agrégats du sol ainsi que la croissance et la productivité de la vigne durant la période d'implantation. L'expérience incluait aussi un témoin enherbé (adventices). Le désherbage mécanique a mieux contrôlé les adventices, et a diminué la richesse et la diversité de la flore comparativement aux couverts végétaux. La densité des adventices annuelles et vivaces n'a pas diminué sous cultures intercalaires et le recouvrement des adventices au sol surpassait les 50 % en fin de saison. Néanmoins, la biomasse aérienne des adventices est demeurée en-dessous de celle du traitement enherbé durant les deux premières années. En fin de saison, la stabilité des agrégats du sol était plus élevée sous couvert végétal comparativement au désherbage mécanique. Ni le rendement, ni la qualité des raisins n'ont été affectés par la régie de culture dans l'entre-rang. / Non-hardy grapevine varieties require winter protection in southern Quebec because temperature can drop to –35 °C and cause irreversible frost damage. Winter protection is provided either by geotextiles or hilling, the latter generating intensive soil disturbance twice a year. These constraints limit the adoption of intercrops because 1) their establishment and growth are concurrent with the crop, 2) hilling destroys intercrops every fall, and 3) the use of geotextiles allows the adoption of perennial intercrops but is more expensive. Although it can control weeds and mitigate soil erosion, intercropping in Quebec vineyards is limited. Moreover, grapevine response to intercropping is poorly documented under Quebec's continental climate. A randomized complete block design experiment was conducted (2018-2020) to compare mechanical weeding to two grass mixture intercrops (annual vs perennial), during vineyard establishment. Variables tested included weed control and diversity, soil aggregate stability, vine growth, and grape yield. A weedy control was also included. Cultivation was more efficient at controlling weeds than both intercrops but decreased plant species richness and diversity in comparison to other treatments. Weed density did not decrease over time and weed cover was relatively high (> 50% at the end of the growing season) under intercrops. Nevertheless, weed shoot biomass was lower under intercrops than in the weedy control during the first two years. Cultivation was also detrimental to soil structure, it showed lower aggregate stability compared to vegetated treatments by the end of the season. None of the interrow management methods had an impact on vine yield fruit quality.

La guêpe endoparasitoïde Tranosema rostrale transmet un ichnovirus (“TrIV”) à son hôte lépidoptère, Choristoneura fumiferana, au moment de la ponte. Ce virus, lequel possède un génome segmenté d’ADNdb et ne peut se répliquer que dans l’ovaire du parasitoïde, est essentiel à la survie de la guêpe immature à l’intérieur de son hôte. Dans une étude antérieure, 86 cadres de lecture ouverts (ORF) ont été identifiés dans le génome de TrIV, dont 35 qui ont pu être affectés à des familles de gènes ichnoviraux connues. La balance n’affichait aucune similitude à des gènes connus. Dans le but d’évaluer (i) la précision de l'annotation du génome de TrIV et (ii) l'importance relative de chaque famille de gènes dans le succès du parasitisme par T. rostrale, une analyse transcriptionnelle de type qPCR a été réalisée chez des larves de C. fumiferana infectées ainsi que dans des ovaires de T. rostrale. Alors que la majorité (91%) des ORF attribués à des familles de gènes connues ont produit des transcrits dans les larves infectées, mais à des niveaux très variables, cette proportion était plus faible (67%) pour un échantillon de 12 ORF non-attribués. Parmi les sept familles de gènes présentes dans le génome de TrIV, la famille rep est la mieux représentée, avec 17 membres; tous se sont avérés être exprimés dans des larves infectées et/ou les ovaires de guêpe. Dans les chenilles infectées, cependant, les transcrits de deux d'entre eux, F1-1 et F1-2, étaient beaucoup plus abondants que ceux des autres gènes rep. De plus, le profil transcriptionnel de la famille rep était clairement différent dans les ovaires de guêpe, où le gène C166-1 a génére le plus abondant des transcrits rep, ce qui suggère que différents membres de cette famille pourraient avoir des fonctions spécifiques dans chaque hôte. L'abondance relative des segments génomiques était plus élevée pour les deux segments portant les trois gènes rep les plus fortement exprimés chez des chenilles infectées, mais la corrélation entre ces deux variables était faible pour les autres gènes rep, suggérant que des facteurs additionnels sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes rep chez les larves infectées. Des différences entre les gènes rep de TrIV ont également été observées en ce qui a trait à l'abondance relative des transcripts dans différents tissus de C. fumiferana, ce qui suggère l’existence de rôles distincts ou d’une spécialisation pour chacun des membres de cette famille à l’intérieur de différents tissus. Lorsqu’on compare les niveaux de transcripts rep, dans des chenilles infectées, à ceux de gènes appartenant à d'autres familles connues du génome de TrIV, un gène de la famille TrV (TrV1) et un gène rep (F1-1) se sont avérés beaucoup plus fortement transcrits que tous les autres gènes examinés, soulignant l'importance probable de ces deux familles dans la subjugation de C. fumiferana par T. rostrale. Dans les ovaires de guêpe, le profil transcriptionnel était dominé par un gène rep et par un membre d'une famille nouvellement décrite et identifiée parmi des ORF qui n’avaient pu être attribués à des familles connues; ces gènes codent pour les protéines sécrétées affichant un nouveau motif cystéine. / The endoparasitic wasp Tranosema rostrale transmits an ichnovirus (“TrIV”) to its lepidopteran host, Choristoneura fumiferana, during parasitization. This virus, which has a segmented dsDNA genome and can replicate only in the wasp’s ovaries, is essential to the survival of the immature wasp within its host. In a prior study, 86 putative open reading frames (ORFs) were identified in the TrIV genome, including 35 that could be assigned to previously recognized ichnoviral gene families. The balance displayed no similarity to known genes. In an effort to assess (i) the accuracy of the TrIV genome annotation and (ii) the relative importance of each gene family in the success of parasitism by T. rostrale, a temporal and tissue-specific qPCR transcriptional analysis was conducted in infected C. fumiferana hosts and T. rostrale wasp ovaries. The majority (91%) of putative ORFs assigned to known gene families were observed to be expressed in infected larvae, albeit at widely varying levels, but this proportion was lower (67%) for a sample of 12 unassigned ORFs. Among the seven known gene families present in the TrIV genome, the rep family is the numerically most important one, with 17 members; all of these were shown to be expressed in infected larvae and/or wasp ovaries. In infected caterpillars, however, two of them, F1-1 and F1-2, had much more abundant transcripts than the others. The rep transcriptional profile was markedly different in wasp ovaries, where the C166-1 gene generated the most abundant rep transcripts, suggesting that different members of this family may have host-specific functions. Relative abundance of genome segments was highest for the two segments bearing the three most highly expressed rep genes, but the correlation between these two variables was poor for the other rep genes, suggesting that some other factors are involved in the regulation of rep gene expression in infected larvae. Inter-gene differences were also observed in the relative abundance of TrIV rep transcripts in different C. fumiferana tissues, pointing to tissue-specific roles or specialized functions for individual members of this gene family. In comparing rep transcript levels to those of genes belonging to other known TrIV gene families, a TrV (TrV1) and a rep (F1-1) gene clearly outnumbered all other genes examined in infected caterpillars, pointing to the likely importance of these two gene families in host subjugation by T. rostrale. In wasp ovaries, the transcriptional profile was dominated by a rep gene and a member of a newly described family identified among previously unassigned ORFs; these genes encode secreted proteins displaying a novel cysteine motif.