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Avaliação de seqüências iniciadoras das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS pela Nested PCR, em amostras de soro e líquor de pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA) para o diagnóstico molecular da criptococose / Evaluation of primers 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions by Nested PCR in serum and cerebrospinal fluid samples from acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients for molecular diagnosis of cryptococcosisDantas, Katia Cristina 18 November 2010 (has links)
Cryptococcus neoformans (C. neoformans), um fungo que se encontra disseminado em várias partes do mundo, inclusive no Brasil, é o responsável pela criptococose infecção oportunista mais comum em pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA). O caráter sistêmico da criptococose pode levar esses pacientes a óbito. A finalidade de se obter um diagnóstico laboratorial rápido e acurado de C. neoformans, principalmente para o seguimento dos pacientes HIV nos levou a investigar \"seqüências iniciadoras\" (Si) A, B e C das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS do Cryptococcus spp. Pela Nested PCR com estas seqüências, sugerimos a melhor delas para o desenvolvimento de um diagnóstico molecular em relação aos métodos usuais. Para tal, foram avaliadas amostras de soro e líquor de 39 pacientes, que já haviam recebido tratamento clínico. Todos os casos foram selecionados em grupos, como segue:7 com criptococose (GIII), 14 HIV positivos (GIV), 18 HIV positivos associados com a criptococose (GV) em relação a 10 controles - indivíduos sadios (GI) e amostras de culturas referência (GII). Os resultados obtidos pela Nested PCR com as \"Sis\" A, B e C foram comparados àqueles obtidos pelos métodos de diagnóstico convencionais. As análises desse estudo mostraram que as \"Sis\" A, B e C detectam C. neoformans com especificidade variada, tanto no soro (SiA 91,66%, SiB-100%, SiC 75%), como no líquor (SiA 83,33%, SiB 100% e SiC 75%) mas não apresentaram falso positivo, quando esses resultados foram comparados aos obtidos das culturas heterólogas (GVI). A SiB, em líquor, apresentou sensibilidade, acurácia, valores preditivo positivo e negativo, e especificidade de 100% para a detecção de C. neoformans da mesma forma que no soro, porém neste o valor preditivo negativo foi 89%, acurácia 94% e a sensibilidade 88%. Em amostras de soro e líquor, os testes Tinta da China e Látex, mostraram resultados falso positivos para o GIV e falso negativos nos grupos GIII e GV. As análises comparativas entre as técnicas mostraram que a ordem de eficiência da sensibilidade para detecção de C. neoformans no soro foi SiB>SiA=Látex>SiC e no líquor foi SiB> SiA>tinta da China>Látex=SiC. No soro, a especificidade entre as técnicas foi SiB>SiA=Látex>SiC e no líquor foi SiB=tinta da China>Látex>SiA>SiC. De acordo com nossos dados, concluímos que, independente da doença associada (HIV) ou se o paciente for tratado, a SiB foi a melhor seqüência para a detecção de C. neoformans, tanto em amostras diretamente de soro, como de líquor para todos os grupos estudados. Tendo em vista os fatos, acreditamos que, a aplicação da técnica da Nested PCR com a \"SiB\", em amostras de líquor e soro, é um método viável e acurado para realizar o diagnóstico molecular do C. neoformans em pacientes HIV. O uso de amostras de soro, para o segmento dos pacientes com SIDA, durante o tratamento, pode ser a forma menos invasiva em relação ao líquor para a detecção do C. neoformans, com vantagens sobre os métodos utilizados / Cryptococcus neoformans (C. neoformans), a fungus that is widespread in many parts of the world, including Brazil, is responsible for cryptococcosis the most common opportunistic infection in patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). The systemic character of cryptococcosis may be fatal. In order to obtain a rapid and accurate laboratory diagnosis to follow - up of HIV-cryptococcosis patients led us to investigate the sensibility and especificity of three primers (A, B and C) of 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions of Cryptococcus spp. Using Nested PCR with those primers we suggest the best among them to be used as a method of molecular diagnosis in relation to the usual techniques. For this purpose, the serum and cerebrospinal fluid (CSF) of 39 patients, who had received medical treatment, were evaluated. All cases were separated in groups, as follows: 7 with cryptococcosis (group III), 14 HIV positive (group IV), 18 HIV positive associated with cryptococcosis (group V) were compared to, 10 healthy subjects (group I) controls, as well as to reference cultures (group II) samples. The results obtained by nested PCR with primers A and B and C were compared to those obtained by conventional diagnostic methods. The analyses of primers A, B and C detected C. neoformans both in serum (SiA 91,6%, SiB-100%, SiC 75%), and in CSF (SiA 83,3%, SiB 100% e SiC 75%). Besides, they were specific for the identification of C. neoformans and showed that there were no false positives when compared with heterologous cultures (group VI) samples. The primer B in CSF showed 100% sensitivity, 100% accuracy and 100% predictive values (positive and negative), and 100% specificity for the detection of C. neoformans, the same that occurs in serum, but in this case, with 88% in sensitivity, 89% predictive value negative and 94% accuracy. In serum and CSF samples the China Ink and the Latex tests showed false positive results for group IV and false negative for III and V groups. The comparative analysis among the techniques (Nested PCR, China Ink, Latex) indicated that the efficiency order of sensitivity for the detection of C. neoformans were PrB> PrA = Latex> PrC in serum and PrB > PrA > China Ink> Latex = PrC in CSF. For the serum and CSF specificities the same techniques were used with the following results: PrB>PrA=Latex>PrC and PrB=China Ink>Latex>PrA>PrC. According to our data we conclude that, whether the patients had been under treatment or not, the Nested PCR by PrB was the best way to detect C. neoformans both in serum and in CSF for all groups. The following up of AIDS patients, throughout the course of therapy was found to be feasible, accurate and less invasive to detect C. neoformans by using serum samples (directly)
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Infecções fúngicas invasivas em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico juvenil / Invasive fungal infections in juvenile systemic lupus erythematosus patientsSilva, Marco Felipe Castro da 31 August 2015 (has links)
Introdução: As infecções são importantes causas de morbidade e mortalidade em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico juvenil (LESJ). No entanto, estudos avaliando somente infecções fúngicas invasivas (IFI) em pacientes com LESJ são restritos a relatos de casos ou série de casos, sem qualquer avaliação sistemática dos possíveis fatores de risco ou desfechos associados. A escassez de dados referentes às IFI em pacientes com LESJ e seu impacto sobre as características da doença em uma grande população levou ao desenvolvimento deste estudo multicêntrico. Objetivos: Estudar a prevalência, fatores de risco e mortalidade de IFI em pacientes com LESJ. Método: Um estudo de coorte multicêntrico retrospectivo foi realizado com 852 pacientes com LESJ de 10 Serviços de Reumatologia Pediátrica do Estado de São Paulo. Uma reunião foi realizada e todos os pesquisadores foram treinados para o preenchimento do banco de dados. As IFI foram diagnosticadas de acordo com as definições revisadas pelo grupo de consenso EORTC/MSG (comprovadas, prováveis ou possíveis). Foram coletados dados acerca de dados demográficos, características clínico-laboratoriais, atividade da doença (SLEDAI-2K), dano cumulativo (SLICC/ACR-DI) e tratamento, além de características e complicações das IFI. Resultados: IFI foram diagnosticadas em 33/852 (3,9%) pacientes com LESJ. IFI comprovadas foram diagnosticadas em 22 pacientes, IFI prováveis em 5 e IFI possíveis em 6. Os tipos de IFI encontradas foram: candidíase em 20 pacientes, aspergilose em 9, criptococose em 2, histoplasmose disseminada em um e paracoccidioidomicose em um. A mediana de duração da doença foi menor (1,0 vs. 4,7 anos, p < 0,0001), com maiores escores de SLEDAI-2K atual [19,5 (0-44) vs. 2 (0-45), p < 0,0001] e dose atual de prednisona [50 (10-60) vs. 10 (2-90) mg/dia, p < 0,0001] em pacientes com IFI em comparação com os pacientes sem IFI. A frequência de óbito foi maior no grupo com IFI (51% vs. 6%, p < 0,0001). A análise de regressão logística revelou que SLEDAI-2K atual (OR=1,108, IC 95%=1,057- 1,163, p < 0,0001), dose atual de prednisona (OR=1,046, IC 95%=1,021-1,071; p < 0,0001) e duração da doença (OR=0,984, IC 95%=0,969-0,998, p=0,030) foram fatores de risco independentes para IFI (R2 Nagelkerke 0,425). Conclusão: Este foi o primeiro estudo que caracterizou IFI em pacientes com LESJ. Identificou-se que a atividade da doença e uso de glicocorticoides foram os principais fatores de risco para estas infecções potencialmente graves, principalmente nos primeiros anos de curso da doença e com uma elevada taxa mortalidade / Introduction: Infections are an important cause of morbidity and mortality in childhoodonset systemic lupus erythematosus (cSLE) patients. However, studies evaluating solely invasive fungal infections (IFI) in cSLE patients are restricted to case reports or case series without any systematic evaluation of the possible associated risk factors and outcome in pediatric lupus population. The scarcity of data regarding IFI in cSLE patients and its impact on disease characteristics in a large population led to the development of this multicenter study. Objective: To study the prevalence, risk factors and mortality of IFI in cSLE patients. Methods: A retrospective multicenter cohort study was performed in 852 cSLE patients from 10 Pediatric Rheumatology services. An investigator meeting was held and all participants received database training. IFI were diagnosed according to EORTC/MSG Consensus Group criteria (proven, probable and possible). Demographic data, clinical, laboratorial, disease activity (SLEDAI-2K), cumulative damage (SLICC/ACR-DI) and treatment were collected. IFI were characterized and its outcome were also evaluated. Results: IFI were observed in 33/852 (3.9%) cSLE patients. Proven IFI was diagnosed in 22 cSLE patients, probable IFI in 5 and possible IFI in 6. Types of IFI were: 20 candidiasis, 9 aspergillosis, 2 cryptococcosis, one disseminated histoplasmosis and one paracoccidioidomycosis. The median of disease duration was lower (1.0 vs. 4.7 years, p < 0.0001), with a higher current SLEDAI-2K [19.5 (0-44) vs. 2 (0-45), p < 0.0001] and current prednisone dose [50 (10-60) vs. 10 (2-90) mg/day, p < 0.0001] in patients with IFI compared to those without IFI. The frequency of death was higher in the former group (51% vs. 6%, p < 0.0001). Logistic regression analysis revealed that current SLEDAI-2K (OR=1.108; 95%CI=1.057-1.163; p < 0.0001), prednisone current dose (OR=1.046; 95%CI=1.021-1.071; p < 0.0001) and disease duration (OR=0.984; 95%CI=0.969-0.998; p=0.03) were independent risk factors for IFI (R2 Nagelkerke 0.425). Conclusion: This was the first study that characterized IFI in cSLE patients. We identified that disease activity and glucocorticoid use were the main risk factors for these life-threatening infections, mainly in the first years of disease course and with a high rate of fatal outcome
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Infecções fúngicas invasivas em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico juvenil / Invasive fungal infections in juvenile systemic lupus erythematosus patientsMarco Felipe Castro da Silva 31 August 2015 (has links)
Introdução: As infecções são importantes causas de morbidade e mortalidade em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico juvenil (LESJ). No entanto, estudos avaliando somente infecções fúngicas invasivas (IFI) em pacientes com LESJ são restritos a relatos de casos ou série de casos, sem qualquer avaliação sistemática dos possíveis fatores de risco ou desfechos associados. A escassez de dados referentes às IFI em pacientes com LESJ e seu impacto sobre as características da doença em uma grande população levou ao desenvolvimento deste estudo multicêntrico. Objetivos: Estudar a prevalência, fatores de risco e mortalidade de IFI em pacientes com LESJ. Método: Um estudo de coorte multicêntrico retrospectivo foi realizado com 852 pacientes com LESJ de 10 Serviços de Reumatologia Pediátrica do Estado de São Paulo. Uma reunião foi realizada e todos os pesquisadores foram treinados para o preenchimento do banco de dados. As IFI foram diagnosticadas de acordo com as definições revisadas pelo grupo de consenso EORTC/MSG (comprovadas, prováveis ou possíveis). Foram coletados dados acerca de dados demográficos, características clínico-laboratoriais, atividade da doença (SLEDAI-2K), dano cumulativo (SLICC/ACR-DI) e tratamento, além de características e complicações das IFI. Resultados: IFI foram diagnosticadas em 33/852 (3,9%) pacientes com LESJ. IFI comprovadas foram diagnosticadas em 22 pacientes, IFI prováveis em 5 e IFI possíveis em 6. Os tipos de IFI encontradas foram: candidíase em 20 pacientes, aspergilose em 9, criptococose em 2, histoplasmose disseminada em um e paracoccidioidomicose em um. A mediana de duração da doença foi menor (1,0 vs. 4,7 anos, p < 0,0001), com maiores escores de SLEDAI-2K atual [19,5 (0-44) vs. 2 (0-45), p < 0,0001] e dose atual de prednisona [50 (10-60) vs. 10 (2-90) mg/dia, p < 0,0001] em pacientes com IFI em comparação com os pacientes sem IFI. A frequência de óbito foi maior no grupo com IFI (51% vs. 6%, p < 0,0001). A análise de regressão logística revelou que SLEDAI-2K atual (OR=1,108, IC 95%=1,057- 1,163, p < 0,0001), dose atual de prednisona (OR=1,046, IC 95%=1,021-1,071; p < 0,0001) e duração da doença (OR=0,984, IC 95%=0,969-0,998, p=0,030) foram fatores de risco independentes para IFI (R2 Nagelkerke 0,425). Conclusão: Este foi o primeiro estudo que caracterizou IFI em pacientes com LESJ. Identificou-se que a atividade da doença e uso de glicocorticoides foram os principais fatores de risco para estas infecções potencialmente graves, principalmente nos primeiros anos de curso da doença e com uma elevada taxa mortalidade / Introduction: Infections are an important cause of morbidity and mortality in childhoodonset systemic lupus erythematosus (cSLE) patients. However, studies evaluating solely invasive fungal infections (IFI) in cSLE patients are restricted to case reports or case series without any systematic evaluation of the possible associated risk factors and outcome in pediatric lupus population. The scarcity of data regarding IFI in cSLE patients and its impact on disease characteristics in a large population led to the development of this multicenter study. Objective: To study the prevalence, risk factors and mortality of IFI in cSLE patients. Methods: A retrospective multicenter cohort study was performed in 852 cSLE patients from 10 Pediatric Rheumatology services. An investigator meeting was held and all participants received database training. IFI were diagnosed according to EORTC/MSG Consensus Group criteria (proven, probable and possible). Demographic data, clinical, laboratorial, disease activity (SLEDAI-2K), cumulative damage (SLICC/ACR-DI) and treatment were collected. IFI were characterized and its outcome were also evaluated. Results: IFI were observed in 33/852 (3.9%) cSLE patients. Proven IFI was diagnosed in 22 cSLE patients, probable IFI in 5 and possible IFI in 6. Types of IFI were: 20 candidiasis, 9 aspergillosis, 2 cryptococcosis, one disseminated histoplasmosis and one paracoccidioidomycosis. The median of disease duration was lower (1.0 vs. 4.7 years, p < 0.0001), with a higher current SLEDAI-2K [19.5 (0-44) vs. 2 (0-45), p < 0.0001] and current prednisone dose [50 (10-60) vs. 10 (2-90) mg/day, p < 0.0001] in patients with IFI compared to those without IFI. The frequency of death was higher in the former group (51% vs. 6%, p < 0.0001). Logistic regression analysis revealed that current SLEDAI-2K (OR=1.108; 95%CI=1.057-1.163; p < 0.0001), prednisone current dose (OR=1.046; 95%CI=1.021-1.071; p < 0.0001) and disease duration (OR=0.984; 95%CI=0.969-0.998; p=0.03) were independent risk factors for IFI (R2 Nagelkerke 0.425). Conclusion: This was the first study that characterized IFI in cSLE patients. We identified that disease activity and glucocorticoid use were the main risk factors for these life-threatening infections, mainly in the first years of disease course and with a high rate of fatal outcome
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Avaliação de seqüências iniciadoras das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS pela Nested PCR, em amostras de soro e líquor de pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA) para o diagnóstico molecular da criptococose / Evaluation of primers 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions by Nested PCR in serum and cerebrospinal fluid samples from acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients for molecular diagnosis of cryptococcosisKatia Cristina Dantas 18 November 2010 (has links)
Cryptococcus neoformans (C. neoformans), um fungo que se encontra disseminado em várias partes do mundo, inclusive no Brasil, é o responsável pela criptococose infecção oportunista mais comum em pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA). O caráter sistêmico da criptococose pode levar esses pacientes a óbito. A finalidade de se obter um diagnóstico laboratorial rápido e acurado de C. neoformans, principalmente para o seguimento dos pacientes HIV nos levou a investigar \"seqüências iniciadoras\" (Si) A, B e C das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS do Cryptococcus spp. Pela Nested PCR com estas seqüências, sugerimos a melhor delas para o desenvolvimento de um diagnóstico molecular em relação aos métodos usuais. Para tal, foram avaliadas amostras de soro e líquor de 39 pacientes, que já haviam recebido tratamento clínico. Todos os casos foram selecionados em grupos, como segue:7 com criptococose (GIII), 14 HIV positivos (GIV), 18 HIV positivos associados com a criptococose (GV) em relação a 10 controles - indivíduos sadios (GI) e amostras de culturas referência (GII). Os resultados obtidos pela Nested PCR com as \"Sis\" A, B e C foram comparados àqueles obtidos pelos métodos de diagnóstico convencionais. As análises desse estudo mostraram que as \"Sis\" A, B e C detectam C. neoformans com especificidade variada, tanto no soro (SiA 91,66%, SiB-100%, SiC 75%), como no líquor (SiA 83,33%, SiB 100% e SiC 75%) mas não apresentaram falso positivo, quando esses resultados foram comparados aos obtidos das culturas heterólogas (GVI). A SiB, em líquor, apresentou sensibilidade, acurácia, valores preditivo positivo e negativo, e especificidade de 100% para a detecção de C. neoformans da mesma forma que no soro, porém neste o valor preditivo negativo foi 89%, acurácia 94% e a sensibilidade 88%. Em amostras de soro e líquor, os testes Tinta da China e Látex, mostraram resultados falso positivos para o GIV e falso negativos nos grupos GIII e GV. As análises comparativas entre as técnicas mostraram que a ordem de eficiência da sensibilidade para detecção de C. neoformans no soro foi SiB>SiA=Látex>SiC e no líquor foi SiB> SiA>tinta da China>Látex=SiC. No soro, a especificidade entre as técnicas foi SiB>SiA=Látex>SiC e no líquor foi SiB=tinta da China>Látex>SiA>SiC. De acordo com nossos dados, concluímos que, independente da doença associada (HIV) ou se o paciente for tratado, a SiB foi a melhor seqüência para a detecção de C. neoformans, tanto em amostras diretamente de soro, como de líquor para todos os grupos estudados. Tendo em vista os fatos, acreditamos que, a aplicação da técnica da Nested PCR com a \"SiB\", em amostras de líquor e soro, é um método viável e acurado para realizar o diagnóstico molecular do C. neoformans em pacientes HIV. O uso de amostras de soro, para o segmento dos pacientes com SIDA, durante o tratamento, pode ser a forma menos invasiva em relação ao líquor para a detecção do C. neoformans, com vantagens sobre os métodos utilizados / Cryptococcus neoformans (C. neoformans), a fungus that is widespread in many parts of the world, including Brazil, is responsible for cryptococcosis the most common opportunistic infection in patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). The systemic character of cryptococcosis may be fatal. In order to obtain a rapid and accurate laboratory diagnosis to follow - up of HIV-cryptococcosis patients led us to investigate the sensibility and especificity of three primers (A, B and C) of 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions of Cryptococcus spp. Using Nested PCR with those primers we suggest the best among them to be used as a method of molecular diagnosis in relation to the usual techniques. For this purpose, the serum and cerebrospinal fluid (CSF) of 39 patients, who had received medical treatment, were evaluated. All cases were separated in groups, as follows: 7 with cryptococcosis (group III), 14 HIV positive (group IV), 18 HIV positive associated with cryptococcosis (group V) were compared to, 10 healthy subjects (group I) controls, as well as to reference cultures (group II) samples. The results obtained by nested PCR with primers A and B and C were compared to those obtained by conventional diagnostic methods. The analyses of primers A, B and C detected C. neoformans both in serum (SiA 91,6%, SiB-100%, SiC 75%), and in CSF (SiA 83,3%, SiB 100% e SiC 75%). Besides, they were specific for the identification of C. neoformans and showed that there were no false positives when compared with heterologous cultures (group VI) samples. The primer B in CSF showed 100% sensitivity, 100% accuracy and 100% predictive values (positive and negative), and 100% specificity for the detection of C. neoformans, the same that occurs in serum, but in this case, with 88% in sensitivity, 89% predictive value negative and 94% accuracy. In serum and CSF samples the China Ink and the Latex tests showed false positive results for group IV and false negative for III and V groups. The comparative analysis among the techniques (Nested PCR, China Ink, Latex) indicated that the efficiency order of sensitivity for the detection of C. neoformans were PrB> PrA = Latex> PrC in serum and PrB > PrA > China Ink> Latex = PrC in CSF. For the serum and CSF specificities the same techniques were used with the following results: PrB>PrA=Latex>PrC and PrB=China Ink>Latex>PrA>PrC. According to our data we conclude that, whether the patients had been under treatment or not, the Nested PCR by PrB was the best way to detect C. neoformans both in serum and in CSF for all groups. The following up of AIDS patients, throughout the course of therapy was found to be feasible, accurate and less invasive to detect C. neoformans by using serum samples (directly)
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