Vysoce výkonné sekvenční technologie produkují obrovské množství dat, která mohou odhalit nové geny, identifikovat splice varianty a kvantifikovat genovou expresi v celém genomu. Objem a složitost dat z RNA-seq experimentů vyžadují škálovatelné metody matematické analýzy založené na robustníchstatistických modelech. Je náročné navrhnout integrované pracovní postupy, které zahrnují různé postupy analýzy. Konkrétně jsou to srovnávací testy transkriptů, které jsou komplikovány několika zdroji variability měření a představují řadu statistických problémů. V tomto výzkumu byla sestavena integrovaná transkripční profilová pipeline k produkci nových reprodukovatelných kódů pro získání biologicky interpretovovatelných výsledků. Počínaje anotací údajů RNA-seq a hodnocení kvality je navržen soubor kódů, který slouží pro vizualizaci hodnocení kvality, potřebné pro zajištění RNA-Seq experimentu s analýzou dat. Dále je provedena komplexní diferenciální analýza genových expresí, která poskytuje popisné metody pro testované RNA-Seq data. Pro implementaci analýzy alternativního sestřihu a diferenciálních exonů jsme zlepšili výkon DEXSeq definováním otevřeného čtecího rámce exonového regionu, který se používá alternativně. Dále je popsána nová metodologie pro analýzu diferenciálně exprimované dlouhé nekódující RNA nalezením funkční korelace této RNA se sousedícími diferenciálně exprimovanými geny kódujícími proteiny. Takto je získán jasnější pohled na regulační mechanismus a poskytnuta hypotéza o úloze dlouhé nekódující RNA v regulaci genové exprese.

Diploma thesis "The Preferential voting of the Koalice voters in the elections for the Chamber of Deputies in 2002. Never more with the KDU-ČSL into the coalition" is concerned with the preferential voting of the Koalice voters in the elections in 2002 in selected electoral districts which are The Liberec Region, The Hradec Králové Region and The Zlín Region. The thesis focuses especially on the question in how big municipalities gained the KDU-ČSL and the US-DEU canditates the highest support from voters, wheter there was a connection between the distribution of preferential votes for the KDU-ČSL candidates and theUS-DEU voters of the Koalice in 2002 with distribution of preferential votes for these parties by the Čtyřkoalice voters in the regional elections in 2000; whether the structure of municipalities, in which the Koalice voters in 2002 and the KDU-ČSL and the US voters in 1998 in the elections for the PSP ČR bestowed the highest and the lowest percentage of preferential notes, was different; whether the proportion of preferential votes for the KDU-ČSL and the US-DEU candidates was connected with a local variability of the chosen sociodemografic variables and what was the distribution of regional electoral support of the best succesful candidates in 2002. The basic level of the almost whole...

v anglickém jazyce: This study focuses on the analysis of former Czech political project of "4-Coalition", which was established by four Czech oppositional parties (KDU-ČSL, US, ODA and DEU) in the years 1998 - 2002. This analysis is done through the case study, which focuses on the development of "4-Coalition" in its three developmental stages: from the cooperation of the sovereign parties, throw the formalized platform of party cooperation to the project of "4- Coalition" as a peculiar actor of the Czech politics. The analysis of ideological background, program and personnel questions shows the potential tensions, that arose inside of "4- Coalition", gives them in the appropriate historical context and analyses its causes. These tensions together with the external factors are viewed as a fundamental cause of the final failure of the project of "4-Coalition" and its disintegration. The aim of this study is to answer the question, whether it is possible in party system perspective to speak about "4-Coalition" as a potential third pole of the Czech party system, or whether it is anomaly, which the systemic tendency to the bipolar configuration doesn't infringe. With regard to the continuing relevance of only one left-right dimension of the party competition and the completion of the project of so...