p. 1-96 / Submitted by Santiago Fabio (fabio.ssantiago@hotmail.com) on 2013-04-25T17:20:17Z No. of bitstreams: 1 44444.pdf: 580194 bytes, checksum: 8f081dd6b776eb6455f585da5ed40787 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-05-04T17:28:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 44444.pdf: 580194 bytes, checksum: 8f081dd6b776eb6455f585da5ed40787 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-04T17:28:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 44444.pdf: 580194 bytes, checksum: 8f081dd6b776eb6455f585da5ed40787 (MD5) Previous issue date: 2008 / Introdução: estudos epidemiológicos sobre problemas de saúde auto-referidos por mulheres ocupadas no emprego em serviços domésticos (ESD) ainda são escassos na literatura científica, apesar de, no Brasil, representarem o mais numeroso grupo ocupacional na população feminina. O assédio sexual, apontado como comum entre empregadas em serviços domésticos, ainda não foi estudado com estas trabalhadoras. Estudos revelam que o assédio sexual ocorre em ambientes de trabalho e pode causar diferentes problemas de saúde como os transtornos mentais, baixa auto-estima e o alcoolismo. Outros efeitos à saúde também comuns entre as empregadas em serviços domésticos são os acidentes de trabalho não fatais e sintomas psíquicos. Pesquisas epidemiológicas revelam maior prevalência de sintomas de depressão e ansiedade entre empregadas em serviços domésticos quando comparadas com mulheres com outras ocupações. Já os acidentes de trabalho são um dos mais comuns agravos à saúde causados pelo trabalho no país e importante determinante de incapacidades e mortes. Estudos revelam alta incidência desses acidentes nesse grupo ocupacional, no entanto ainda não há informação sobre a força de ocorrência desse agravo nesta população. Objetivos: os objetivos desta tese foram testar a hipótese de associação positiva entre história de assédio sexual no emprego em serviços domésticos (ESD) e consumo de bebidas alcoólicas, analisado com o consumo abusivo (CAA) e a dependência de bebidas alcoólicas (DA); testar a hipótese de associação entre o ESD e a depressão maior (DM), considerando-se fatores de interação ou de confusão; e estimar a taxa de incidência dos acidentes de trabalho não fatais entre empregadas em serviços domésticos e testar a hipótese de que o ESD é fator de risco para acidentes de trabalho, considerando-se o tratamento de confundidores e modificadores de efeito. Métodos: os três artigos apresentam um desenho transversal de base populacional realizado com todas as mulheres de 10 a 65 anos de idade, no qual dois deles compõem as amostras de estudos realizados com metodologia semelhante, em Salvador e Aracaju. O outro é restrito apenas à população de Salvador. As amostras foram obtidas com o método de conglomerados de área, aleatório, de estágio único, domiciliar, nas respectivas regiões urbanas. Todos os membros familiares foram registrados e os que referiram ter uma atividade remunerada responderam a questionários sobre aspectos sociais, demográficos, ocupacionais e de saúde. Para cada estudo foram definidas diferentes estratégias de análise visando atender aos objetivos propostos em cada artigo. Assim, no Artigo 1, restrito apenas às empregadas em serviços domésticos, a variável independente foi o assédio sexual no local do trabalho, identificado pela pergunta "Alguma vez o seu patrão ou alguém da casa onde você trabalha(va) tomou ‘ousadia’ com você?". Para o desfecho empregou-se o PHQ (SPITZER et al., 1999) para identificar consumidores de bebidas alcoólicas que utiliza critérios da DSM-IV (2002). Foram consideradas na análise as seguintes co-variáveis modificadores de efeito: cor da pele, idade que começou a trabalhar, sente-se infeliz, racismo percebido e falta de apoio social. A idade e o nível educacional foram considerados como potenciais confundidoras da associação principal. No Artigo 2, a variável independente foi o emprego em serviços domésticos. Para o desfecho considerou-se a variável Depressão Maior (DM), definida a partir de um escore calculado com base nas respostas dadas às perguntas do PHQ desenvolvido e validado por Spitzer et al. (1999) instrumento que se baseia nos critérios da DSM-IV, criada pela Associação Americana de Psiquiatria (2002). As seguintes co-variáveis foram examinadas para modificação do efeito da associação principal: idade, estado civil, idade de início no trabalho pago e discriminação racial percebida. Como potenciais confundidoras da associação principal consideraram-se: nível educacional e discriminação no trabalho. Para o Artigo 3, a variável independente também foi o ESD e os acidentes de trabalho não fatais, o desfecho. Estes foram definidos a partir de uma narrativa dos entrevistados e classificados de acordo com Hagberg et al. (1997). Taxas de Incidência (TI) foram estimadas considerando-se no denominador o somatório da medida de pessoa-tempo, calculada em horas de trabalho nos últimos 12 meses. Para tal foi definida 100 FTE (de full time equivalent) que representa o número de trabalhadores em tempo integral. Para estimar associações utilizou-se a Razão da Taxa de Incidência (RTI) calculada a partir da regressão de Poisson. A idade e o nível educacional foram consideradas como potenciais confundidoras da associação principal. A cor da pele, a idade que começou a trabalhar, o tempo de experiência na ocupação, sentir-se infeliz, sentir-se sem saúde e o CAA foram consideradas como potenciais modificadoras de efeito. Estes últimos foram identificados em todos os estudos pelo Teste da Razão da Máxima Verossimilhança. Resultados: No Artigo 1 foram identificadas 454 empregadas em serviços domésticos. A proporção de assédio sexual referido foi de 5,5%. O consumo abusivo de álcool foi estimado em 23,8% e a dependência do álcool em 6,0%. Mulheres que referiram assédio sexual tinham maior prevalência de consumo de bebidas alcoólicas (RP=2,1; IC 95% 1,48 – 3,11), e dependência do álcool (RP=3,9; IC95% 1,86 – 8,19) do que as demais trabalhadoras. Não se encontraram evidências de modificação de efeito nem de confundimento. No Artigo 2, a população do estudo foi composta por 1.181 mulheres, sendo 256 empregadas em serviços domésticos e 925 com outras ocupações. A prevalência de DM foi 20,4%. Não houve associação entre o ESD e a DM (RP=1,22; IC 95% 0,92-1,62). Verificou-se que não ser casada modifica o efeito da associação principal (RPajust= 2,63; IC90% 1,16-6,00). A percepção da discriminação racial também modificou o efeito da associação principal, mas não houve significância estatística quando ajustada pelo nível de escolaridade. Esta última foi a única variável de confusão encontrada no estudo. No Artigo 3, a população do estudo compreendeu 2.825 mulheres, sendo 454 empregadas em serviços domésticos (ESD) e 2.371 com outra ocupação. A taxa de incidência de acidentes de trabalho não fatais foi estimada em 6,4/100FTE entre as empregadas em serviços domésticos e de 4,7/100FTE entre as demais trabalhadoras, diferença não estatisticamente significante (RTI=1,37; 0,90–2,08). A associação entre ESD e acidentes de trabalho foi positiva e estatisticamente significante apenas entre as ESD que começaram a trabalhar na faixa etária de 4 a 15 anos (RTI=2,02; IC 95% 1,05–3,90) e quando referiram infelicidade (RTI=2,15; IC 95% 1,12-4,17), sendo esta a única variável modificadora do efeito encontrada. Nenhum fator de confusão foi identificado neste estudo. Conclusão: os achados destes estudos, embora não sejam conclusivos, revelam que: os traumas emocionais que acompanham a violência sexual no trabalho podem acarretar conseqüências sobre o comportamento como o consumo abusivo de drogas e até mesmo a dependência. Evidências disso foram verificadas entre empregadas domésticas, especificamente para o álcool. Além disso, apesar da ausência de associação entre o ESD e a depressão maior (DM) há uma grande necessidade de novas pesquisas, principalmente com abordagem longitudinal, que possam esclarecer a relação entre a depressão e a percepção de discriminação racial, e o papel que esta tem para a associação entre o emprego em serviços domésticos e sofrimento psíquico. Ademais, a maior taxa de acidentes de trabalho entre as ESD que referiram o sentimento de infelicidade indica que a depressão ou sintomas depressivos são relevantes para a ocorrência ou percepção destes acidentes, achado importante ao se considerar que sintomas depressivos são comuns entre as empregadas em serviços domésticos. Assim, nota-se que o papel da depressão e dos sintomas depressivos devem ser avaliados tanto para o esclarecimento de sua relação com o ESD, quanto com os acidentes de trabalho entre mulheres nesta ocupação. Serviços de saúde e sindicatos devem disseminar os perigos do assédio sexual e suas conseqüências para a saúde psíquica e programas de proteção dessas trabalhadoras devem enfocar o controle do assédio sexual e a punição de perpetradores. Deve-se ainda rever as políticas de proteção dos acidentes de trabalho, sinalizando para a importância do bem estar como condição de vulnerabilidade para esses agravos. / Salvador

The study aims to assess the energy potential of the sewage treatment plant, residential condominiums low income Programa Minha Casa Minha Vida (PMCMV), by performing the following estimates: biogas production, production of electric and thermal energy, energy needs the common area of the condominium and economic evaluation of the project. This work shows the possibility of using methane That is the aggressive environment in the Energy Recovery, encouraging application of this paragraph Service Sustainable Use of Renewable Natural Resources and Energy Efficiency. Were done calculations to estimate the biogas and methane accounting YOUR Losses During the anaerobic treatment process. The production of biogas Estimated Average was 58.78 m³ / d resulting in a possible Availability of Electricity 86.61 kWh / d Able to supply a lighting of the posts of Internal Streets and condominium recreation area (sports court + gourmet space) through the hum Generator 18 hp no EXISTING iN biogas fueled market having Integrated filter System That allows connection directly to the generator biodigester canvas. It was taking a interest rate of 17.88% pa Investment. Besides the possibility to meet the local population, can earn credits reversing the Electricity Generated in Distribution Network through the Electric Power Compensation System ANEEL. The use of biogas as Electricity Generation And Important For the environment, it avoids it be released methane gas and STILL diversification of energy matrix. / O estudo busca avaliar o potencial energético, da estação de tratamento de esgoto, de condomínios residenciais de baixa renda do programa minha casa minha vida (PMCMV), realizando as seguintes estimativas: produção de biogás, produção de energia elétrica e térmica, necessidades de energia da área comum do condomínio e avaliação econômica do projeto. Este trabalho aponta a possibilidade de utilizar o metano que é agressivo ao meio ambiente na recuperação de energia, incentivando a aplicação deste serviço para uso sustentável dos recursos naturais renováveis e eficiência energética. Foram realizados cálculos para a estimativa do biogás e do metano contabilizando suas perdas durante o processo de tratamento anaeróbico. A produção média de biogás estimado foi de 58,78 m³/d resultando em uma possível disponibilidade de energia elétrica de 86,61 kWh/d capaz de abastecer a iluminação dos postes das ruas internas e a área de lazer do condomínio (quadra poliesportiva + espaço gourmet) através de um gerador de 18 cv existente no mercado abastecido por biogás possuindo Sistema de filtro integrado que permite a conexão do gerador diretamente na lona do biodigestor. Foi adotando uma taxa de juros de 17,88 % a.a. para investimento. Além da possibilidade de atender a população local, pode-se ganhar créditos revertendo a energia elétrica gerada na rede de distribuição através do sistema de compensação de energia elétrica da ANEEL. A utilização do biogás como geração de energia elétrica é importante para o meio ambiente, pois evita que seja lançado gás metano e ainda diversifica a matriz energética.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-03-17T13:20:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2477815 bytes, checksum: 626fbc51774c19f78a2317238dfff3d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T13:20:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2477815 bytes, checksum: 626fbc51774c19f78a2317238dfff3d6 (MD5) Previous issue date: 2016-09-29 / No que tange à disposição final de resíduos sólidos urbanos (RSU), dois aspectos se destacam nos estudos relacionados aos dispositivos e métodos de destinação final dos RSU: a quantificação (intrinsecamente relacionada às medidas de redução da geração) e as tecnologias de minimização dos impactos ambientais e acondicionamento dos resíduos. O objetivo desta pesquisa foi dividido em três pontos principais: a correlação de variáveis econômicas de um município e sua geração de resíduos sólidos urbanos, a susceptibilidade de uma área de destinação final de resíduos e o potencial poluidor do aterro inserido neste local e a análise e simulação da mobilidade de metais pesados em uma vala de disposição de resíduos em um horizonte de vinte anos. Todos os objetivos foram propostos para o município de Divinópolis, Minas Gerais. Para o primeiro objetivo foram obtidas informações quanto à arrecadação de impostos estaduais (ICMS, Imposto Sobre Circulação de Mercadorias e Serviços) e municipais (ISSQN, Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza), correlacionando-os à geração de resíduos sólidos com a aplicação do método estatístico conhecido como Modelo Linear Generalizado. No desenvolvimento do segundo objetivo foi utilizado um método para a avaliação da susceptibilidade conhecido como DRASTIC (sigla americana que remete às variáveis analisadas) e um método de avaliação do potencial poluidor conhecido como Índice de Poluição (Ip ). As informações necessárias para a aplicação destes métodos deste segundo objetivo foram obtidas em mapas temáticos e levantamentos topográficos da área, todos advindos de portais eletrônicos de órgãos ambientais. Quanto ao terceiro objetivo, a aplicação do modelo MT3DMS (modelo de dispersão de contaminantes metálicos) foi realizada após a determinação de vinte pontos de amostragem no aterro de resíduos sólidos do município estudado, onde foram realizadas sondagens para coleta de amostras e análises laboratoriais das mesmas quanto à concentração de zinco, níquel e cromo. A correlação das variáveis econômicas indicou que a geração de resíduos sólidos pode ser explicada em 5,44% quanto ao ISSQN e 1,64% quanto ao ICMS, demonstrando que a explicação por estas variáveis não se mostra forte o suficiente para ser adotada como prioritária, apesar de sua grande aplicabilidade em decorrência da facilidade na obtenção de informações. Na análise da susceptibilidade, foi possível obter um índice de 76 a 79 na metodologia DRASTIC (considerada baixa ou irrelevante), mas um índice de poluição de 15,1, considerado crítico, requerendo uma intervenção imediata na área. Por fim, na análise dos metais pesados estudados foi possível observar uma grande mobilidade dos mesmos em uma simulação de vinte anos, indicando que intervenções, como o recobrimento dos resíduos com solo periodicamente, pode atenuar a possibilidade da contaminação de águas subterrâneas decorrente da contaminação do solo por estes poluentes. / Regarding the final disposition of municipal solid wastes, two aspects stand out in the studies related to the devices and methods of final destination of the MSW: the quantification (intrinsically related to the measures of reduction of the generation) and the technologies of minimization of the environmental impacts and packaging of the waste. The objective of this research was divided into three main points: the correlation of economic variables of a municipality and its generation of solid urban waste, the susceptibility of an area of final destination of residues and the potential pollutant of the landfill inserted in this place and the analysis and simulation of the mobility of heavy metals in a waste disposal ditch over a twenty year horizon. All the objectives were proposed for the municipality of Divinópolis, Minas Gerais. For the first objective, information was collected on the collection of state taxes (ICMS, tax on circulation of goods and services) and municipal taxes (ISSQN, tax on services of any nature), correlating them to solid waste generation with the application of the method Statistical known as the Generalized Linear Model. In the development of the second objective, a method was used to evaluate the susceptibility known as DRASTIC (an American acronym that refers to the analyzed variables) and a method to evaluate the pollutant potential known as the Pollution Index (Ip). The necessary information for the application of these methods of this second objective were obtained in thematic maps and topographic surveys of the area, all coming from electronic portals of environmental organs. Regarding the third objective, the MT3DMS model (dispersion model of metallic contaminants) was applied after the determination of twenty sampling points in the solid waste landfill of the studied municipality, where samples were taken for sample collection and laboratory analysis Concentration of zinc, nickel and chromium. The correlation of the economic variables indicated that solid waste generation can be explained in 5.44% for the ISSQN and 1.64% for the ICMS, demonstrating that the explanation for these variables is not strong enough to be adopted as a priority, despite its great applicability due to the ease in obtaining information. In the susceptibility analysis, it was possible to obtain an index of 76 to 79 in the DRASTIC methodology (considered low or irrelevant), but a pollution index of 15.1, considered critical, requiring an immediate intervention in the area. Finally, in the analysis of the heavy metals studied, it was possible to observe a great mobility of the same in a simulation of twenty years, indicating that interventions, such as the covering of the residues with soil periodically, can attenuate the possibility of contamination of groundwater due to the contamination of the only by these pollutants.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T12:16:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 703091 bytes, checksum: 9eebe775cb64d1361ce4218f7f52572d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T12:16:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 703091 bytes, checksum: 9eebe775cb64d1361ce4218f7f52572d (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / No primeiro capitulo, foi proposto um estudo de associação genômica para curvas de crescimento de suínos utilizando modelos hierárquicos Bayesianos. Utilizou-se um painel de 237 marcadores SNPs conjuntamente com informações de pedigree objetivando identificar possíveis regiões cromossômicas que afetam os parâmetros da curva de crescimento (dados de peso-idade) de 345 animais (população F2 proveniente do cruzamento Piau vs comercial). Assumiu-se uma trajetória de crescimento individual descrita pela função não linear de Gompertz, de forma que as estimativas de cada parâmetro desta função são influenciadas pelos efeitos sistemáticos, poligênicos aditivos e de marcadores SNPs. O modelo combinando informações de pedigree e marcadores apresentou o melhor ajuste com base no critério de informação da deviance (DIC). As estimativas de herdabilidade variaram de 0,53 a 0,56, e de 0,55 a 0,57 para os parâmetros peso a maturidade (a) e taxa de maturidade (k), respectivamente. A correlação genética entre os parâmetros “a” e “k” foi alta e positiva (0,78). As porcentagens das variâncias genéticas explicadas por cada SNP permitiram identificar as regiões cromossômicas mais relevantes para cada fenótipo (parâmetros da curva de crescimento). Foram identificados três SNPs relevantes (55840514 bp no SSC17, 55814469 bp no SSC17 e 76475804 bp no SSC X) que influenciaram, simultaneamente, os parâmetros “a” e “k”. Também foram reportados três SNPs afetando apenas “a” (292758 bp no SSC1, 67319 bp no SSC8 e 50290193 bp no SSC17) localizados em regiões cromossômicas que ainda não foram previamente descritos como QTL para características de crescimento em suínos. A modelagem utilizada foi efetiva, e resultou na identificação de marcadores SNPs localizados em regiões cromossômicas específicas que apresentam potencial para serem exploradas em programas de melhoramento via seleção assistida por marcadores. No segundo capítulo, comparou-se as metodologias baseadas na utilização de dados censurados de idade ao primeiro parto (IPP) em bovinos Brahman por meio da abordagem Bayesiana. Os dados foram cedidos pela Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ). Registros censurados foram definidos como valores de IPP que extrapolaram o intervalo entre 731 e 1824 dias. Os registros de IPP (no total de 53.703 informações) foram analisados por meio de quatro diferentes metodologias: método linear convencional (LM); de simulação (SM); de penalidade (PM) e modelos bicaracterístico limiar-linear (TLcens). Os componentes de variância genética aditiva estimados para os métodos LM e PM foram similares. As estimativas de herdabilidade para IPP variaram de 0,09 (TLcens) à 0,20 (LM). De forma geral, as correlações entre os valores genéticos obtidos por meio das diferentes metodologias e a porcentagem de animais selecionados em comum variaram de 0,82 (LM x SM) à 0,97 (LM x PM), e de 32,70% (SM x TLcens) à 89,12% (LM x PM), respectivamente, indicando reordenamento moderado entre os animais. As comparações realizadas via validação cruzada indicaram o método LM como a melhor opção para predição dos valores genéticos dos animais para a característica IPP na população estudada. No terceiro capítulo, foram estimados os parâmetros genéticos para características de escores visuais de estrutura (S), precocidade (P), musculosidade (M) e reprodutiva (idade ao primeiro parto - IPP) em bovinos da raça Brahman utilizando modelos Bayesianos multicaracterístico completo e bicaracterísticos. As estimativas de herdabilidade utilizando o modelo bicaracterístico foram 0,59 (S), 0,44 (P), 0,38 (M) e 0,20 (IPP), e utilizando o modelo multicaracterístico completo foram 0,60 (S), 0,44 (P), 0,40 (M) e 0,20 (IPP). As correlações genéticas foram 0,57 entre estrutura e precocidade, 0,56 entre estrutura e musculosidade e 0,82 entre precocidade e musculosidade no modelo x multicarcterística completo. As correlações genéticas entre os escores visuais e IPP foram de moderada magnitude e negativas (-0,29, -0,24 e -0,31 para S, P e M utilizando o modelo de bicaracterístico) e (-0,29, -0,22 e -0,29 para S, P e M utilizando o modelo multicaracterístico completo). Os resultados indicam que os escores visuais podem ser utilizados como critérios de seleção em programas de melhoramento de bovinos Brahman e que essas características apresentam correlação genética favorável com a idade no primeiro parto. / In the first chapter, we proposed a genome association study for pig growth curves based on Bayesian hierarchical framework. A panel of 237 SNPs markers with the pedigree were used jointly to identify possible chromosomal regions that affect growth curve parameters (weight-age data) of 345 animals (F2 population from the Piau vs. commercial). Under the proposed hierarchical approach, individual growth trajectories were modeled by the nonlinear Gompertz function, so that the parameter estimates were considered to be affected by systematic, additive polygenic and SNP markers effects. The model assuming jointly pedigree and SNP markers presented the best fit based on Deviance Information Criterion. Heritability estimates ranged from 0.53 to 0.56 and from 0.55 to 0.57, respectively, for the parameters mature weight (a) and maturing rate (k). Additionally, we found high and positive genetic correlation (0.78) between “a” and "k". The percentages of the genetic variances explained by each SNP allowed identifying the most relevant chromosome regions for each phenotype (growth curve parameters). We identified three relevant SNPs (55840514 bp at SSC17, 55814469 bp at SSC17 and 76475804 bp at SSC X) affecting "a" and "k" simultaneously, and three SNPs affecting only "a" (292758 bp at SSC1, 67319 bp at SSC8 and 50290193 bp at SSC17), that are located in regions not previously described as QTL for growth traits in pigs. The modeling used was effective, and resulted in the identification of SNPs located in specific chromosomal regions that have the potential to be explored in breeding programs by marker-assisted selection. In the second chapter, we compared different methods for handling censored data of age at first calving (AFC) in Brahman cattle by Bayesian vii models. Data were provided by Brazilian Association of Zebu Cattle Breeders (ABCZ). Censored records were defined as AFC records outside the interval from 731 to 1824 days. Data containing 53,703 AFC records were analyzed using four different methods: conventional linear method (LM), simulation method (SM), penalty method (PM) and a bitrait threshold-linear model considering (TLcens). The additive genetic variance components estimated from LM and PM were similar. Heritability estimates for AFC ranged from 0.09 (TLcens) to 0.20 (LM). In general, genetic breeding values correlations from different methods and the percentage of selected animals in common indicated moderate reranking, ranging from 0.82 (LM x SM) to 0.97 (LM x PM) and 32.70 (SM x TLcens) to 89.12 (LM x PM), respectively. Comparisons based on cross-validation analyses, indicated LM as a suitable alternative for predicting breeding values for AFC in this Brahman population. In the third chapter, we estimated genetic parameters for visual scores of body structure (S), precocity (P), muscularity (M) and reproductive (age at first calving - AFC) traits in Brahman cattle by using Bayesian bitrait and full multitrait models. The heritability estimates obtained using bitrait model were 0.59 (S), 0.44 (P), 0.38 (M), and 0.20 (AFC) and those obtained by full multitrait model were 0.60 (S), 0.44 (P), 0.40 (M) and 0.20 (AFC). Genetic correlations were 0.57 between body structure and precocity, 0.56 between body structure and muscularity and 0.82 between precocity and muscularity (by full multitrait model). Genetic correlations between visual scores and AFC were negatives and moderate magnitude (-0.29, -0.24 and -0.31 to S, P and M by bitrait model) and (-0.29, -0.22 and -0.29 to S, P and M by full multitrait model). These results suggest that visual scores can be used as selection criteria in Brahman cattle breeding programs and that these traits present favorable genetic correlation with age at first calving.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-01T15:19:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-01T15:19:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2159462 bytes, checksum: b0441893ed64ffdb6b2ab859e1b8ffd2 (MD5) Previous issue date: 2015-04-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O “carrapato do boi” é um parasito que causa danos substanciais na produção de bovinos em áreas tropicais. Embora países como o Brasil tenham progredido em avaliações genéticas para a resistência ao carrapato, essas avaliações normalmente não tem considerado a interação genótipo x ambiente (G*A), o que pode afetar diretamente no ganho genético uma vez que a comparação entre os valores genéticos dos animais é dependente do ambiente. O objetivo desse estudo foi investigar a presença de G*A, utilizando modelos com diferentes pressuposições de variância genética e residual. Foram utilizados 10.673 contagens de carrapatos de 4.363 animais Hereford e Braford e um pedigree que continha 11.967 indivíduos. Nove modelos, sendo dois modelos animais tradicionais (MA) e sete modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) foram investigados. Modelos de um passo e dois passos foram usados para inferir sobre a sensibilidade dos valores genéticos ao ambiente via MHNR. O critério de informação da deviance (DIC) foi utilizado como critério estatístico na escolha do melhor modelo. O modelo de melhor ajuste foi o modelo de normas de reação de um passo com 10 classes de variâncias residuais baseados em percentis das estimativas de grupo de contemporâneos utilizadas como gradiente ambiental. Os modelos de normas de reação de um passo apresentaram as maiores estimativas de variância genética. As estimativas de variância do efeito de ambiente permanente foram, em geral, similares entre os modelos testados e variaram de 0,007 a 0,010. As estimativas de correlações genéticas entre o intercepto e a inclinação para ambos os efeitos variaram de baixa a média magnitude e apresentaram altos desvios padrão o que pode ser um indicativo de independência paramétrica. Estimativas de herdabilidades foram maiores para MHNR em comparação com MA. As estimativas de repetibilidade variaram ao longo do gradiente ambiental (de 0,18 a 0,45), o que implica na importância do efeito de ambiente permanente para a característica de resistência ao carrapato. As médias a posteriori das correlações genéticas ao longo do gradiente ambiental apresentaram um grande platô com valores acima de 0,80 para ambientes de baixa infestação de carrapatos. Os MHNR são uma poderosa ferramenta na identificação e quantificação da G*A além de ser uma alternativa promissora para as avaliações genéticas para resistência ao carrapato em bovinos Hereford e Braford, podendo elevar a eficiência de seleção e progresso genético. Melhores respostas à seleção são também esperadas em MHNR que consideram heterogeneidade de variância residual. Em um segundo estudo, foi incorporada a informação de marcador para comparar a eficiência de modelos animais convencionais e modelos de normas de reação utilizando o procedimento de um passo que combina a informação de marcador a de pedigree e também comparar o desempenho das predições de valores genéticos genômicos (GEBV) obtidos utilizando apenas o fenótipo e a informação de pedigree, como também incorporando a informação de marcador. Quatro diferentes modelos foram testados: dois modelos convencionais (BLUP) e dois de normas de reação de um passo (MNR), sendo um BLUP e um MNR com e sem informação de marcador SNP. Os modelos convencionais apresentaram um pior ajuste em comparação com os modelos de normas de reação. O modelo de normas de reação que incluiu a informação de marcador apresentou estimativa de variância genética inferior ao modelo de normas de reação que não a incluía. Estimativas de herdabilidade e repetibilidade foram, em geral, similares em ambos os modelos e variaram ao longo do gradiente ambiental de 0,07 a 0,46 e 0,20 a 0,60, respectivamente. As correlações genéticas foram notoriamente baixas entre ambientes extremos, o que indica a presença de interação genótipo x ambiente (G*A) para a característica de resistência ao carrapato. As predições de acurácias em um estudo de validação cruzada para os modelos testados foram altas e superiores a 0,55 e 0,59 para os procedimentos de partições “K-means” e partições aleatórias, respectivamente. Esses resultados sugerem que a informação de marcador não contribui para o aumento da acurácia de predição em que estas decrescem à medida que a infestação de carrapatos aumenta e, ou a relação de parentesco entre animais na população de referência e da população de validação diminui. Em um terceiro estudo, os objetivos foram: obter predições de valores genéticos em bovinos Hereford e Braford usando o procedimento de passo único que combina informação de pedigree a de marcador (ssBLUP), estimar os efeitos de marcador das normas de reação associadas com a resistência ao carrapato, bem como identificar genes candidatos derivados dos marcadores SNP mais relevantes. Um modelo de normas de reação de um passo foi ajustado para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos. Para estudar os efeitos de marcadores SNP ao longo de diferentes níveis de infestação de carrapato, foram identificados os 1% SNPs mais relevantes em cada nível de infestação de carrapato e apontadas a similaridade entre estes marcadores ao longo dos níveis. Os efeitos genéticos e de ambiente permanente apresentaram significantes inclinações confirmando a presença de G*A. As correlações entre o intercepto e a inclinação foram positivas e de alta (0,52±0,18) e média (0,26±0,15) magnitudes, respectivamente, para os efeitos genéticos e de ambiente permanente. Dos 410 (1%) de SNPs identificados, 75 foram constantemente relevantes em todos os níveis ambientais e indicaram presença de interação SNP x ambiente. Os SNPs mais relevantes estão localizados nos cromossomos 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 e 23 e genes encontrados próximos a esses marcadores apresentaram variadas funções como metabolismo energético, pigmentação do epitélio da retina, integridade e manutenção de células fotorreceptoras e diferenciação celular. / The cattle tick is a parasite that adversely affects livestock performance in tropical areas. Although countries such as Australia and Brazil have provided genetic evaluations for tick resistance, these evaluations have not typically considered genotype by environment interaction (G*E); hence genetic gains could be adversely affected as breedstock comparisons are environmentally- dependent in the presence of G*E, particularly if residual variability is also heterogeneous across environments. The objective of this study was to investigate the existence of G*E based on various models with different assumptions on genetic and residual variability. Data were collected by the Delta G Connection improvement program including 10,673 tick count phenotypes on 4,363 animals. Nine models including two traditional animal models (AM) and seven different hierarchical Bayesian reaction norm models (HBRNM) were investigated. One-step and two-step modeling approaches were used to infer upon G*E. Model choice was based on the deviance criterion information (DIC). The best-fitting model specified heterogeneous residual variances across 10 subclasses as delimited by every decile of the contemporary group estimates of tick count effects. One-step models generally had the highest estimated genetic variances. Estimates of heritabilities were generally higher for HBRNM than AM. Furthermore, one- step models based on heterogeneous residual variances also generally lead to higher heritability estimates, especially in harsh environments. Estimates of repeatability varied along the environmental gradient (range 0.18-0.45) implying that the relative importance of additive and permanent environment effects for tick resistance is environmentally influenced. The posterior means of the genetic correlations across environmental tick infestation surface plot demonstrated a large plateau above 0.80. HBRNM represent powerful tools to infer G*E and account for their effects for genetic evaluations of tick resistance. Additional increases in accuracies on estimated breeding values are also expected based on HBRNM analyses that additionally consider heterogeneity of residual variances across environments. In a second study, we incorporated marker information to compare a conventional genomic- based single step BLUP model with its one-step genomic reaction norm model extension on tick infestation phenotypes and to compare the performance of genomic estimates breeding values (GEBV) predictions obtained from using only phenotypes and phenotypes plus marker information. Four different models were tested: two conventional animal models, and two one-step reaction norm model with and without genomics. The non reaction norm models seem to be poorer fitting in comparison with its one-step extensions. The reaction norm model including marker information presented lower intercept and slope genetic variance estimates in comparison with the models that included the pedigree-based relationship matrix. Heritability and repeatability estimates were, in general, similar for both models and ranged over the environmental gradient (EG) from 0.07 to 0.46 and from 0.20 to 0.60, respectively. Genetic correlations were remarkably low between extreme EG, indicating the presence of G*E for tick resistance. Cross validation estimates were in average 0.66±0.02, 0.67±0.02, 0.67±0.02 and 0.66±0.02 for BLUP, GBLUP, GLRNM and LRNM, respectively, based on K-means partitioning, whereas GLRNM was 0.71±0.01 and tend to better than BLUP (0.67±0.01), GBLUP (0.70±0.01) and LRNM (0.70±0.01) based on random partitioning. However, no statistical significance was reported between GLRNM and LRNM. Our results also suggest that marker information do not lead for higher prediction accuracies which decreased as the tick infestation level increased and as the relationship between animals in training and validation datasets decreased. In third and last study, was aimed to perform genome-enabled predictions for tick resistance in Hereford and Braford cattle by using single step genomic BLUP methodology (ssGBLUP), to estimate marker effects from reaction norms associated with tick resistance as well as to identify candidate genes derived from the most relevant SNP markers. A one-step reaction norm model was fitted to estimate the (co)variance components and genetic parameters. To study SNP effects across different tick infestation (TI) levels, we identified the top 1% of SNPs in each TI and pointed out to the similarity between these markers across the levels. The additive genetic and permanent environment effects showed significant slope confirming the presence of G*E. Correlations between intercept and slope were positive with high (0.52±0.18) and moderate (0.26±0.15) magnitude for genetic and permanent environment effects, respectively. From the top 1% SNPs (410), 75 were consistently relevant across TI and indicated SNP by environment interaction. The most relevant SNPs were located on chromosomes 1, 2, 6, 7, 9, 11, 14, 21 and 23 and the annotated genes closest these markers showed functions related to energy metabolism, retinal pigment epithelium, maintenance and integrity of the photoreceptor cells, and cell differentiation.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-02T16:52:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4119749 bytes, checksum: abab366057d5b5d02a6202d32f277b7c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-02T16:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4119749 bytes, checksum: abab366057d5b5d02a6202d32f277b7c (MD5) Previous issue date: 2015-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Recentemente, há um aumento de interesse na utilização de métodos não paramétricos, tais como redes neurais artificiais (RNA), na área de seleção genômica ampla (SGA). Uma classe especial de RNA é aquela com regularização Bayesiana, a qual não exige um conhecimento a priori da arquitetura genética da característica, tais como outros métodos tradicionais de SGA (RR-BLUP, Bayes A, B, Cπ, BLASSO). O objetivo do presente estudo foi aplicar a RNA baseado em regularização Bayesiana na predição de valores genéticos genômicos utilizando conjuntos de dados simulados a fim de selecionar os marcadores SNP mais relevantes por meio de dois métodos diferentes. Objetivou-se ainda estimar herdabilidades para as características consideradas e comparar os resultados da RNA com dois métodos tradicionais (RR-BLUP e Lasso Bayesiano). A arquitetura mais simples da rede neural com regularização Bayesiana obteve os melhores resultados para as duas características avaliadas, os quais foram muito similares às metodologias tradicionais RR-BLUP e Lasso Bayesiano (BLASSO). A identificação de importância dos SNPs baseada nas RNA apresentaram correlações entre os efeitos verdadeiros e simulados de 0,61 e 0,81 para as características 1 e 2, respectivamente. Estas foram maiores do que aquelas produzidas pelo método tradicional BLASSO (0,55 e 0,71, para característica 1 e 2 respectivamente). Em relação a herdabilidade (assumindo o valor verdadeiro igual a 0,35), a RNA mais simples obteve valor de herdabilidade igual a 0,33, enquanto os métodos tradicionais a subestimaram (com média igual igual a 0,215). / Recently there is an increase interest to use nonparametric methods, such as artificial neural networks (ANN). In animal breeding, an especial class of ANN called Bayesian Regularized Neural Network (BRNN) has been preferable since it not demands a priori knowledge of the genetic architecture of the characteristic as assumed by the most used parametric methods (RR-BLUP, Bayes A, B, Cπ, BLASSO). Although BRNN has been shown to be effective for genomic enable prediction. The aim of the present study was to apply the ANN based on Bayesian regularization to genome-enable prediction regarding simulated data sets, to select the most relevant SNP markers by using two proposed methods, to estimate heritabilities for the considered traits, and to compare the results with two traditional methods (RR-BLUP and BLASSO). The simplest Bayesian Regularized Neural Network (BRNN) model gave consistent predictions for both traits, which were similar to the results obtained from the traditional RR-BLUP and BLASSO methods. The SNP importance identification methods based on BRNN proposed here showed correlation values (0.61 and 0.81 for traits 1 and 2, respectively) between true and estimated marker effects higher than the traditional BLASSO (0.55 and 0.71, respectively for traits 1 and 2) method. With respect to h 2 estimates (assuming 0.35 as true value), the simplest BRNN recovered 0.33 for both traits, thus outperforming the RR-BLUP and BLASSO, that, in average, estimated h 2 equal to 0.215.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-07T08:37:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 547915 bytes, checksum: 0d374c32918995aef952077ae2859d38 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T08:37:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 547915 bytes, checksum: 0d374c32918995aef952077ae2859d38 (MD5) Previous issue date: 2015-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo deste estudo foi avaliar padrão de expressão gênica das isoformas de cadeia pesada miosina em suínos de três diferentes grupos genéticos em quatro idades. 48 machos castrados dos grupos genético Piau, Comercial e Cruzado (Comercial x Piau), foram abatidos ao nascimento, 56, 112 e 156 dias. Amostras do músculo Longissimus dorsi foram retiradas para extração de RNA. A expressão de MyHC I, IIA MyHC, MyHC IIX e MyHC IIB foram analisadas por PCR quantitativo em tempo real (qPCR). Foram observadas interações entre grupos genéticos e idades para MyHC I, MyHC IIA e MyHCIIB. A expressão de MyHC I foi significativamente diferente entre o nascimento e 56 dias em Piau e Cruzado, principalmente no Piau, que mostrou queda de 81 vezes (P <0,0001). No nascimento, a expressão de MyHC I em Piau foi cerca de 23 e 9,6 vezes maior do que em Comercial (P = 0,0028) e Cruzado (P = 0,0258), respectivamente, o que explica a maior proporção de transcritos de MyHC I em Piau. A expressão de MyHC IIA foi significativamente maior ao nascimento em comparação com 56 dias para todos os grupos genéticos, especialmente em Comercial (P <0,001, Fold Change = 16,04). A expressão de MyHC IIA aos 56 dias em Comercial foi de 3,76 (P = 0,0346) e 5,4 vezes menor (P = 0,0082) do que Cruzudos e Piau, respectivamente. A diferença na expressão de MyHC I e MyHC IIA entre grupos genéticos ao nascimento pode ser explicado pelo desenvolvimento embrionário. A expressão de MyHC IIB em relação ao nascimento, ao contrário do MyHC I e MyHC IIA, teve um aumento significativo entre as idades com valor mais elevado aos 156 dias em Comercial (P <0,001, Fold Change = 110,22) e Cruzado (P = 0,014, Fold Change = 10,49), enquanto em Piau foi aos 112 dias (P= 0,012, Fold Change = 24,34). Houve uma reversão da proporção de MyHC oxidativas (MyHC I e MyHC IIX) para MyHC glicolíticas (MyHC IIX e MyHC IIB) em todos os grupos genéticos no entanto, as taxas dessa reversão foram diferentes. A inflexão precoce em Piau e Cruzado pode ser devida à diferença no particionamento de energia submetida a síntese de proteína e/ou de lipídios, e as respectivas eficiências de síntese. Comercial e Cruzado aos 56 dias demonstra maior proporção de isoformas oxidativas do que Piau (valor de P = 0,012, P = 0,023), enquanto que a 112 e 156 dias Piau mostra maior proporção destas isoformas comparado de Comercial. A diferença de proporção MyHC entre os grupos genéticos são causados pela diferença na expressão de MyHC oxidativo. / The objective of this study was to evaluate gene expression pattern of myosin heavy chain isoforms in pigs of three different genetic groups at four ages. 48 castrated males of Piau, Commercial and Crossbred (Piau X Commercial) genetic group, slaughtered at birth, 56, 112 and 156 days. Longissimus dorsi muscle samples were taken for RNA extraction. The expression of MyHC I, MyHC IIA, MyHC IIX and MyHC IIB were analyzed by quantitative PCR (qPCR). Interactions between genetic groups and slaughtered ages to MyHC I, MyHCII A and MyHC IIB relative transcript abundance were observed. The expression of MyHC I was significantly different between birth and 56 days in Piau and Crossbred, mainly in Piau, which showed 81-fold decrease (P < 0.0001). At birth the expression of MyHC I in Piau was nearly 23 and 9.6 times greater than Commercial (P = 0.0028) and Crossbred (P = 0.0258), respectively, explaining the higher proportion of MyHC I transcripts in Piau. The expression of MyHC IIA was significantly higher at birth in comparison to 56 days for all genetic groups, especially in Commercial (P < 0.001, FC=16.04). The expression of MyHC IIA at 56 days in Commercial was 3.76 (P = 0.0346) and 5.4 times lower (P = 0.0082) than Crossbred and Piau. The difference in expression of MyHC I and MyHC IIA across genetic groups at birth can be explained by embryonic development .The expression of MyHC IIB relative to birth, contrary to MyHC I and MyHC IIA, had a significant increase across the ages with highest value at 156 days in Commercial (P < 0.001, FC = 110.22) and Crossbred (P = 0.014, FC=10.49) while in Piau was at 112 days (P = 0.012, FC = 24.34). There was a reversion of proportion of oxidative MyHC (MyHC I and MyHC IIX) to glycolytic MyHC (MyHC IIX and MyHC IIB) in all genetic groups however the rates of this reversion were different. The earlier inflexion in Piau and Crossbred may be due to the difference in partitioning of energy undergoing to protein and/or lipid synthesis, and the respective efficiencies of synthesis. Commercial and Crossbred at 56 days shows higher proportion of oxidative isoforms than Piau (P-value=0.012, P-value=0.023) while at 112 and 156 days Piau shows higher proportion of these isoforms compared to Commercial. The difference of MyHC proportions across genetic groups are caused by difference in expression of oxidative MyHC.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-01-26T14:30:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 838600 bytes, checksum: d3161a58a95f8212328fb3a175156b6e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-26T14:30:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 838600 bytes, checksum: d3161a58a95f8212328fb3a175156b6e (MD5) Previous issue date: 2015-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se avaliar a influência da estrutura de grupos de contemporâneos (GC) e da conexidade de dados na avaliação genética de peso ao desmame padronizado para 210 dias de idade em bovinos da raça Nelore. Foram utilizados 713.474 registros de pesos de animais Nelore provenientes de 3.066 rebanhos das regiões Centro-Oeste e Norte do Brasil. Os dados fazem parte do Serviço de Registro Genealógico das Raças Zebuínas (SRGRZ) disponibilizados pela Associação Brasileira dos Criadores de Zebu – ABCZ. Os GC foram formados com os efeitos de rebanho, condição de criação, regime alimentar, sexo, data de pesagem, ano e estação de nascimento. Os GC e as classes de idade da vaca ao parto concatenada com sexo da progênie foram definidos como efeitos sistemáticos, a idade do animal na data de pesagem foi considerada como covariável (linear e quadrática). Foram utilizados três níveis de desvios-padrão em relação à média para remoção de outliers (2, 2,5 e 3,5) e GC que continham pelo menos 3, 7 e 15 animais, que possibilitou a combinação de nove diferentes estruturas de dados. A conexidade entre os dados foram mensuradas e avaliados considerando o número total de ligações genéticas diretas entre GC (NTLGD). Foram consideradas 5, 10 e 15 ligações entre os GC, L5, L10 e L15, respectivamente. Empregou-se o modelo animal unicaracterístico via inferência Bayesiana para estimação dos valores e parâmetros genéticos. A estrutura de dados com 3,5 desvios-padrão e GC com no mínimo 15 animais apresentou maior valor de variância genética aditiva (82,65±2,8575). A estrutura de dados com 2 desvios-padrão e GC com no mínimo 15 animais apresentou menor valor de variância residual (206,86±1,451), e o maior valor foi verificado para estrutura de dados com 3,5 desvios-padrão e GC com no mínimo 3 animais (276,42±1,4902). O maior valor de herdabilidade (0,18±0,006) foi estimado ao considerar a estrutura com 2,5 desvios-padrão e GC com no mínimo 15 animais. As estruturas com 3,5 desvios-padrão e mínimo de 15 animais por GC proporcionaram maiores ganhos genéticos, de 5,04 e 3,34 kg para os 1% dos machos e 20% das fêmeas e para 5% dos machos e 40% das fêmeas, respectivamente. Ao avaliar a conexidade de dados, não verificou-se diferença entre as estruturas de dados com as diferentes ligações genéticas, sendo a conexidade acima de 99% em todas as estruturas. Ao considerar a conexidade, os valores encontrados para as estimativas dos parâmetros genéticos nas diferentes estruturas de dados foram iguais aos encontrados na avaliação sem considerar a conexidade entre os dados. A alta conexidade entre os GC é reflexo da alta qualidade na estrutura de dados, justificada pela intensa comercialização de sêmen de touros provados e troca de material genético entre os rebanhos. Os diferentes critérios para formação de grupos de contemporâneos influenciaram na avaliação genética. O uso de critérios para remoção de outliers com 2 desvios-padrão e grupos de contemporâneos com mínimo de 3 animais proporcionaram menores estimativas de herdabilidade. O uso de critérios para remoção de outliers com 2,5 e 3,5 desvios- padrão e grupos de contemporâneos com mínimo de 15 animais proporcionaram maiores estimativas de herdabilidade, porém resulta em maior perda de registros. Os dados apresentam boa qualidade na estrutura em função da alta conexidade existente entre os grupos de contemporâneos. / We aimed to evaluate the influence of contemporary groups (CG) structure and data connectivity in the genetic evaluation for body weight at weaning standardized for 210 days of age in Nellore cattle. A total of 713,474 records from 3,066 herds located at Middle West and North of Brazil were used. These herds are included at Genealogical Records Service of Zebu Breeds (SRGRZ) provided by Brazilian Association of Zebu Breeders – ABCZ. The CG were formed according herd, handling condition, diet, sex, date of weighting, year and birth season effects. Contemporary groups and classes of cow age at calving concatenated with offspring gender were defined as systematic effects, and the animal age at weighting was considered as covariate (linear and quadratic). Three standard deviations from the average (2, 2.5 and 3.5) were used for outliers removal, and CG with at least 3, 7 and 15 animals were included, thus allowing the formation of nine different data structures. Connectivity across the data was measured considering the total direct genetic linkage between CG (NTLGD). Five, ten and fifteen linkages between CG, L5, L10 and L15, respectively, were considered. Genetic evaluation was performed using a single trait animal model under a Bayesian approach to estimate the breeding values and genetic parameters. Data structure with 3.5 standard deviations and CG with at least 15 animals presented higher additive genetic variance values (82.65±2.8575). Data structure with 2 standard deviations and CG with at least 15 animals presented lower residual variance values (206.86±1.451), and the higher value (276.42±1.4902) was verified for the data structure with 3.5 standard deviations and CG with at least 3 animals. The higher heritability value (0.18±0.006) was estimated when considering the structure with 2.5 standard deviations and CG with at least 15 animals. Structures with 3.5 standard deviations and least 15 animals per CG had the highest genetic gains, 5.04 and 3.34 kg for the 1% of the males and 20 % of the females and 5% of the males and 40% of the females, respectively. The evaluation the data connectivity snowed no difference between structures with different genetic linkage, resulting in more than 99% of connectivity for all considered structures. Genetic parameters estimates values of different data structures considering the data connectivity were the same as those without consider the data connectivity. The high connectivity between CG is due the good quality of the data structure explained by the intense marketing of proven bulls semen and genetic material exchange between herds. The different criteria for CG formation influenced the data structure and genetic evaluation. Criteria usage for removing outliers with 2 standard deviations and CG with at least 3 animals had the lowest heritability estimates. The criteria used for removing outliers with 2.5 and 3.5 standard deviation and CG with at least 15 animals had the highest heritability estimates, but lead to a higher records loss. Data presents a good structure quality due the high existing connectivity between CG.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T16:43:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1207548 bytes, checksum: 5a298bd331ceeda0b12f2ef674e84b48 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T16:43:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1207548 bytes, checksum: 5a298bd331ceeda0b12f2ef674e84b48 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A massa muscular de um animal é o grande determinante da quantidade de carne produzida por ele e a maior parte do potencial de deposição muscular é determinado durante a miogênese fetal. Neste estudo foram avaliadas a morfologia muscular e a expressão de genes e proteínas em fetos aos 21 dias pós cobertura (dpc) e no músculo Longissimus de fetos suínos aos 40, 70 e 90 dpc a fim de verificar a existência de diferenças na miogênese fetal de suínos de dois grupos genéticos fenotipicamente divergentes. Ao todo 12 matrizes gestantes de suínos de linhagem Comercial (LC) e 12 da raça Piau (RP) foram abatidas aos 21, 40, 70 e 90 dias pós cobertura (dpc), três fêmeas de cada grupo genético por fase. Fetos inteiros aos 21 dpc e músculo longissimus de fetos aos 40, 70 e 90 dpc foram coletados para avaliação de expressão gênica e proteica e para analise morfológica. Fetos RP aos 21 dpc apresentaram expressão dos genes DES (P= 0,035), CALM1 (P= 0,093) e RYR2 (P= 0,088) menor que os LC e não foram verificadas diferença na expressão das proteínas Troponina T (P= 1,000) Calpaína 3 (P= 0,689) e Desmina (P= 0,999). Aos 40 dpc, o gene RyR1 (P= 0,063) e as proteínas Desmina (P< 0,001) e Troponina T (P= 0,036) foram mais expressos em fetos RP. Aos 70 dpc o número (P= 0,0298) e porcentagem de miofibras primárias (P= 0,0072) foram maiores em fetos LC que em fetos RP, já aos 90 dpc esta relação se inverteu e o número (P< 0,001) e porcentagem (P< 0,001) de miofibras primárias foram maiores em fetos RP. Aos 90 dpc também foram observadas maior expressão dos genes ACTA2 (P= 0,024), CAPN3 (P= 0,061), HTR1D (P= 0,027) e TNNT1 (P= 0,069) em fetos LC e a expressão da Troponina T (P= 0,037) e do gene PPP3CA (P= 0,061) foram mais elevadas em fetos RP. Padrões na expressão gênica raça-específico ao longo do desenvolvimento muscular foram observados neste estudo. Embriões RP aos 21 dias apresentaram maior expressão do gene RyR1 que aos 40 (P= 0,026), 70 (P= 0,002) e 90 (P< 0,001) dpc e ainda, a expressão deste em fetos RP aos 40 dpc foi maior que aos 90 (P= 0,008) dpc. A expressão do gene RyR2 em embriões RP aos 21 dias menor que aos 70 (P= 0,003) e aos 90 (P= 0,044) dpc e também a expressão do gene TNNT1 aos 70 dias foi maior que aos 40 (P= 0,023) e 90 (P= 0,036) dpc. Em fetos LC foi verificada menor expressão do gene HTR1D aos 21 dias quando comparados aos 70 (P= 0,037) e aos 90 (P= 0,021) dpc e maior expressão do gene PPP3CA aos 21 dias comparando com 40 dpc (P= 0,026). As variações raça-especificas observadas neste estudo mostram que as diferenças no fenótipo muscular de animais Piau e Comercial existem desde a vida intrauterina e que genes diferentes podem estar envolvidos com o controle dos processos de desenvolvimento muscular em cada raça, fazendo com que o fenótipo do músculo seja diferente antes mesmo do nascimento. / Animal muscle mass is the major determinant of how much meat they can produce. The biggest part of muscle deposition potential is determined during fetal myogenesis. We evaluated muscle morphology, genes and proteins expression in swine fetuses at 21 days-post-coitus (dpc) and Longissimus muscle of swine fetuses at 40, 70 and 90 dpc. Our goal was evaluate differences in fetal myogenesis from two pig groups phenotypically divergent. Twelve pregnant sows of each Commercial line and Piau breed were slaughtered at 21, 40, 70 and 90 dpc. Complete fetuses at 21 dpc and Longissimus muscle of fetuses at 40, 70 and 90 dpc were used for gene and protein expressions and morphological analysis. Piau fetuses at 21 dpc showed less genes expression of DES (P= 0.035), CALM1 (P= 0.093) and RYR2 (P= 0.088) comparing with commercial fetuses at 21 dpc. At 40 dpc, the RyR1 (P= 0.063) gene and Desmin (P< 0.001) and Troponin T (P= 0.036) proteins were higher expressed in Piau fetuses than Commercial fetuses. At 70 dpc the number (P= 0.0298) and proportion (P= 0.0072) of primary myofibers were higher in Commercial fetuses than Piau fetuses, however at 90 dpc the number (P< 0.001) and proportion (P< 0.001) of primary myofibers were higher in Piau fetuses. At 90 dpc were also observed increased expression of ACTA2 (P= 0.024), CAPN3 (P= 0.061), HTR1D (P= 0.027) and TNNT1 (P= 0.069) genes in commercial fetuses and PPP3CA (P= 0.061) gene in Piau fetuses. However, at 90 dpc, Piau fetuses also showed higher Troponin T expression (P= 0.037) compared with commercial fetuses. Breed-specific patterns of gene expression in developing pig skeletal muscle were observed in this study. In Piau breed fetuses we observed higher RyR1 gene expression at 21 dpc comparing with at 40 (P= 0.026), 70 (P= 0.02) and 90 (P< 0.001) dpc while in 40 dpc fetuses this gene expression was higher than 90 dpc fetuses. At 21 dpc, Piau fetuses showed lower expression of RyR2 gene than Piau fetuses at 70 (P= 0.003) and 90 (P= 0.044) dpc. Moreover the TNNT1 gene expression at 70 dpc was higher than 40 (P= 0.023) and 90 (P= 0.036) dpc in Piau fetuses. Commercial line fetuses showed lower HTR1D gene expression at 21 dpc compared to 70 (P= 0.037) and 90 (P= 0.021) dpc. An increased expression of PPP3CA gene in Commercial fetuses at 21 days compared to commercial fetuses at 40 dpc (P= 0.026) was observed. The breed-specific changes observed in this study have shown that differences in muscle fibers between Piau and Commercial pigs are due different genes provided during intrauterine life as well as may be involved in the control of muscle development processes in each genetic group, causing the phenotype muscle differences even before birth.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-03T09:22:23Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1632475 bytes, checksum: 40e16d694a3dcc12319c7792625a3a4b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-03T09:22:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1632475 bytes, checksum: 40e16d694a3dcc12319c7792625a3a4b (MD5) Previous issue date: 2015-09-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A seleção genômica (SG) e associação genômica ampla (GWAS) são métodos que exploram o desequilíbrio de ligação (LD) entre marcadores e loci de características quantitativas (QTL). Um dos fatores limitantes para a implementação da SG é a necessidade de um grande número de animais genotipados e fenotipados para obtenção de valores genéticos com alta acurácia. Essa limitação pode ser superada combinando dados de múltiplas populações ou utilizando dados de animais cruzados. O objetivo geral desta tese foi caracterizar os padrões de LD de diferentes populações de suínos. Além disso, avaliar em que medida as diferenças de LD se refletem na acurácia da seleção genômica quando utilizadas diferentes metodologias e arranjos para população de referência e validação. Os arranjos testados foram: utilização de subconjuntos da mesma população como referência e validação (within), populações diferentes nos conjuntos de referência e validação (across) e combinação de duas populações na referência (multi). Nessa tese foram utilizados dados de suínos de linhas puras e de animais cruzados, genotipados com o PorcineSNP60 BeadChip. A regressão Loess proporcionou melhor ajuste aos dados de LD, bem como em predições mais acuradas em comparação a regressão não linear. Mostrou-se também, que a regressão Loess pode ser utilizada para realizar uma comparação estatística do LD decay de diferentes populações. A persistência de fase do LD entre animais cruzados e as linhas puras parentais foi alta, o que nos leva a hipotetizar que associações marcador-QTL similares poderiam ser encontradas em animais cruzados e as linhas parentais e, portanto, esperava-se encontrar altas acurácias de predição genômica entre essas populações. Entre as linhas puras a persistência de fase foi baixa, logo painéis de SNPs de maior densidade deveriam ser utilizados para manter a mesma associação marcador-QTL entre essas linhas. Acurácias obtidas na predição genômica utilizando animais cruzados assim como os arranjos across e multi, não seguiram as expectativas baseadas em LD. Portanto, a consistência de fase de ligação entre populações pode não ser tão importante para a acurácia da seleção genômica como se pensava, mas sim a ação combinada de LD, arquitetura genética e frequências alélicas. Portanto, foi desenvolvida uma metodologia que leva em consideração differenças nas frequências alélicas, bem como informações dos GWAS para comtemplar a arquitetura genética da característica. Esta estratégia trouxe alguns benefícios para a predição genônima para os arranjos within e multi. Ponderações obtidas por meio de GWAS em diferentes conjuntos de dados (uma única população e combinando múltiplas populações) nem sempre resultou em aumento da acurácia, sendo dependente da linha que estava sob seleção. O uso de pesos advindos do GWAS ao se utilizar uma população combinada resultou nas melhores acurácias tanto para os arranjos within quanto multi. A avaliação e o entendimento de como diferenças de LD, frequências alélicas e arquitetura genética afetam a acurácia da predição genômica é fundamental para otimizar a inserção da seleção genômica no melhoramento de suínos. / Genomic selection and genomic wide association studies (GWAS) are widely used methods that aim to exploit the linkage disequilibrium (LD) between markers and quantitative trait loci (QTL). Securing a sufficiently large set of genotypes and phenotypes can be a limiting factor when implementing genomic selection that may be overcome by combining data from multiple populations or using crossbred information. The overall objective of this thesis was to characterize LD patterns in different pig populations and to evaluate whether the differences in LD determine the accuracy of genomic predictions when using different reference sets (within-, across- and multi- population) and methodologies. In this thesis I used data from pure lines and crossbred pig populations genotyped with PorcineSNP60 BeadChip. Loess regression provided a better fit to the real LD data, and more accurate LD predictions could be made, compared to nonlinear regression. It was also shown that Loess regression can be used to statistically compare the LD decay of different populations. The persistence of LD phase between crosses and the parental pig lines was found to be high, from which it was hypothesized that similar marker-QTL associations would be found in a cross and in their purebred parent populations and therefore accuracies of genomic prediction across these populations should be high. Between the pure lines the persistence of phase was low, thus higher density panels should be used to have the same marker-QTL associations across these lines. Accuracies obtained from across- and multi-population genomic prediction and from using crossbred data did however not follow the expectations based on LD. Having the same LD phase may therefore not be as important for genomic prediction accuracy as previously thought but rather the interplay between LD, genetic architecture and allele frequencies also plays a major role. Differences in allele frequencies between lines and information from GWAS on the genetic architecture of traits for the different lines were taken into account in analyses developed in the later chapters. The use of weights, based on GWAS results, was expected to lead the GBLUP model towards the real genetic architecture of the traits. This strategy was shown to have some benefit for the genomic predictions with single- and multi-population data sets. Weights obtained from GWAS in different data sets (within and combining populations) did not always lead to increased accuracies of prediction, depending on which lines the weights are applied to. Using weights from GWAS in a combined population was the best approach, resulting in higher accuracy of GBLUP predictions within single- as well as in multi-population analysis. Understanding and evaluating how the accuracy of within-, across- and multi-population genomic prediction is affected by differences in LD, in genetic architecture and in allele frequencies is key to optimize the accuracy of genomic prediction in pig breeding.