Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-29T13:52:35Z No. of bitstreams: 1 Maria Luiza da Silva.pdf: 1369807 bytes, checksum: 27a12fb618790d4807325a30dfc6fc12 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T13:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Luiza da Silva.pdf: 1369807 bytes, checksum: 27a12fb618790d4807325a30dfc6fc12 (MD5) Previous issue date: 2014-02-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Eichhornia is a Neotropical genus belonging to the family Pontederiaceae. It occurs in aquatic environments with outstanding ecological importance. Chromosome studies in the genus are scarce, limited to the description chromosome numbers. This study aimed to analyze four species of Eichhornia, by conventional Giemsa staining, fluorochrome staining with CMA and DAPI and fluorescent in situ hybridization (FISH), to characterize the karyotypes and define numerical or structural karyotypic polymorphisms that could contribute to interspecific differentiation between these four species and the understanding of chromosome evolution of the genus Eichhornia. All species have small chromosomes and symmetrical karyotypes, from 0.73 μm in E. crassipes to 2.94 μm in E. heterosperma and predominantly metacentric. Chromosomal counts were 2n = 32 for E. crassipes, 2n = 30 for E. heterosperma, 2n = 28 for E. diversifolia and 2n = 16 for E. paniculata. The investigated species showed interphase nuclei ranging from areticulate to semi-reticulate and proximal early condensation in prophase chromosomes with most intense staining in pericentromeric regions. The CMA/DAPI staining revealed CMA+/DAPI- bands that were co-localized with 45S rDNA sites in terminal regions. Two signals were observed for E. heterosperma and E. diversifolia, and four signals in E. paniculata and E. crassipes, although six CMA+ signals were observed in the latter species. The 5S rDNA did not vary in the number of sites but in position. Two sites were observed in the terminal region in E. paniculata and in the pericentromeric region in the other species. Chromosomal inversion and dysploidy were suggested to explain the non-colinearity of 5S rDNA sites. / Eichhornia é um gênero Neotropical pertencente à família Pontederiaceae. Ocorre em ambientes aquáticos com destacada importância ecológica. Estudos cromossômicos em espécies do gênero são escassos, limitando-se a descrição da quantidade de cromossomos. O presente trabalho teve como finalidade analisar quatro espécies de Eichhornia através da coloração convencional com Giemsa, com os fluorocromos CMA e DAPI e pela hibridização in situ fluorescente (FISH), visando caracterizar os cariótipos e definir polimorfismos cariotípicos numéricos ou estruturais que contribuam para a diferenciação interespecífica entre essas quatro espécies e para a compreensão da evolução cromossômica do gênero Eichhornia. Todas as espécies apresentaram cromossomos pequenos e cariótipos simétricos, medindo desde 0.73 μm em E. crassipes a 2.94 μm em E. heterosperma e cromossomos predominantemente metacêntricos. As contagens cromossômicas foram 2n = 32 para E. crassipes, 2n = 30 para E. heterosperma, 2n = 28 para E. diversifolia e 2n = 16 para E. paniculata. As espécies investigadas apresentaram núcleos interfásicos variando de arreticulados a semi-reticulados e cromossomos com condensação profásica proximal com coloração mais intensa na região pericentromérica. A coloração CMA/DAPI revelou bandas do tipo CMA+/DAPI- que foram co-localizadas com os sítios de DNAr 45S nas regiões distais. Dois sinais foram observados para E. heterosperma e E. diversifolia e quatro sinais em E. paniculata e em E. crassipes, embora tenham sido observados seis sinais CMA+ nesta última espécie. O DNAr 5S não variou em número de sítios, mas em posição. Dois sítios foram observados na região terminal em E. paniculata e na região pericentromérica das demais espécies. Eventos de inversão e disploidia cromossômica foram sugeridos para explicar a não colinearidade dos sítios de DNAr 5S.

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-08-12T19:39:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T19:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Capes / Cromossomos holocêntricos apresentam atividade cinetocórica difusa e essa organização favorece, em teoria, rápidas variações cromossômicas numéricas e o acúmulo de DNA satélite (DNAsat) predominantemente nas regiões terminais dos cromossomos. O gênero de plantas Rhynchospora (Cyperaceae), um dos diversos grupos com esse tipo cromossômico, apresenta espécies com cariótipos entre 2n = 4 e 2n = 58, cuja variação é atribuída à poliploidia e a eventos de quebra/fusão, levando a disploidias. Quanto à distribuição de DNAsat, o único relato até o momento revelou uma baixa proporção dessas sequências, com o único repeat identificado (Tyba) associado aos holocentrômeros. Com o intuito de entender como a estrutura centromérica difusa interfere na organização de sequências ao longo do cromossomo e na evolução do cariótipo como um todo, foram realizadas uma análise de reconstrução dos números cromossômicos ancestrais de Rhynchospora em um contexto filogenético e a caracterização de DNAsats em três espécies do gênero. O complemento cromossômico 2n = 10 foi indicado como o mais provável para o ancestral do gênero, tendo sido mantido em diferentes taxa. A maioria dos clados mostrou números estáveis e a homoplasia de cariótipos foi observada em uma frequência relativamente baixa. Os genomas de R. ciliata/R. globosa e R. tenuis apresentaram duas e uma família(s) de DNAsat, respectivamente, com um padrão de condensação típico (blocos condensados em intérfase). Uma localização preferencial nos terminais cromossômicos foi observada apenas para os DNAsat de R. globosa. Três tipos de cromatina foram revelados pela distribuição dessas sequências: (1) associadas à heterocromatina e presente na forma de cromocentros em intérfase e blocos nos cromossomos metafásicos (R. ciliata e R. globosa); (2) compactados em interfase mas parcialmente descondensados em metáfase e não diretamente associados à heterocromatina (R. ciliata e R. tenuis); ou (3) associados aos holocentrômeros (R. ciliata e R. tenuis). De forma geral em Rhynchospora, os eventos de fusão e fissão parecem atuar localmente no remodelamento dos cariótipos e as sequências satélites não mostram uma tendência única de distribuição. A estrutura centromérica difusa, portanto, não determina em larga escala a dinâmica evolutiva dos cromossomos do gênero. / Holocentric chromosomes show diffuse kinetochore activity, what would lead to fast evolution of chromosome numbers and a biased distribution of satellite repeats. The plant genus Rhynchospora (Cyperaceae) possesses holocentric chromosomes and shows a large chromosome number variation (2n = 4 to 2n = 58) attributed to polyploidy and frequent fusion/fission events, leading to dysploidy. Regarding satellite repeats (satDNA), the only investigated species showed a low proportion of these sequences, with the single family identified associated to the holocentromeres. In the present work, aiming to better understand how the diffuse centromere organisation could interfere with the distribution of satellite repeats along the chromosomes and with the karyotype evolution as a whole, we combined a reconstruction of Rhynchospora chromosome numbers in a phylogenetic framework and the characterisation of satellite repeats in three selected species. The karyotype with 2n = 10 was suggested as the ancestral state and was maintained in different lineages. Most of the clades showed stable chromosome number and recurrent karyotypes changes (leading to homoplasies) were detected in low frequency. All Rhynchospora species analysed (R. ciliata, R. globosa and R. tenuis) showed a higher diversity of satellite repeats than R. pubera, with most of the repeats showing a typical condensation profile (clustered in interphase). A preferential terminal location on chromosomes was only observed for R. globosa satDNAs. These sequences, however, might represent different chromatin types, organized in distinct ways: (1) associated to the heterochromatin and clustered in interphase and metaphase (identified in R. ciliata and R. globosa only); (2) clustered in interphase but partially decondensed in metaphase and not associated to heterochromatin domains (R. ciliata e R. tenuis); (3) associated to the holocentromeres (R. ciliata e R. tenuis). Taken together, at least for Rhynchospora, fusion/fission events may not act in a broader way in the reshuffling of karyotypes and satellite repeats distribution do not appeared to be biased towards the chromosome termini. A non-localized centromere, therefore, must not constrain, in a large scale, the chromosome evolution of the genus.

Les angrecoïdes constituent le groupe d'orchidées épiphytes le plus diversifié dans les Afrotropiques, comprenant environ 800 espèces. Bien que beaucoup d'attention leur aient été porté, certaines énigmes taxonomiques subsistent au sein des angraecoïdes, et les facteurs à l'origine de leur diversification rapide sont encore inconnus. Les angraecoïdes présentent une remarquable diversité en termes du nombre chromosomique, en faisant un système très approprié pour explorer l'impact des changements caryotypiques sur la cladogenèse, les taux de spéciation/extinction et la diversification morphologique dans le contexte des fluctuations climatiques en Afrique tropicale depuis le Miocène. En outre, grâce au large éventail des longueurs d'éperon nectarifère que ces orchidées présentent, elles ont fait l'objet, depuis Darwin, de recherches approfondies dans le cadre des interactions plantes-animaux. Ici, sur base de nouveaux arbres phylogénétiques produits en utilisant ITS-1 ainsi que cinq marqueurs plastidiques et englobant environ 40 % des espèces, nous fournissons un nouveau cadre taxonomique pour les principales lignées d'Angraecinae. De plus, le cadre taxonomique des angraecoïdes est mis à jour avec, notamment, la description de trois nouveaux genres et six nouvelles espèces. Cette nouvelle hypothèse phylogénétique nous a permis d'étudier si les changements des caryotypes et des pollinisateurs ont pu être les moteurs de la radiation évolutive des angraecoïdes. La reconstruction des états ancestraux du nombre chromosomique révèle une histoire caryotypique dominée par la dysploïdie descendante en Afrique tropicale continentale, où environ 90 % des espèces dérivent d'au moins un changement inféré de n = 17–18 à n = 25 au Miocène moyen. L’examen des intervalles de position du nectar par rapport au pollen dans les Afrotropiques a révélé qu'environ 3 % de la flore des angiospermes de Madagascar est probablement pollinisée par des sphinx, alors que cette proportion est d'environ 1,6 % en Afrique continentale. Les nombreux changements de guilde de pollinisateur vers la sphingophilie ayant eu lieu chez les angraecoïdes seraient à l’origine d’environ 31 % des espèces, y compris certaines lignées ayant les taux de spéciation les plus élevés. En dehors du domaine de la sphingophilie, de nouveaux exemples possibles d’ornithophilie, de phalénophilie et de pollinisation par des tipules à long proboscis/microlepidoptères sont discutées. Des perspectives de recherche concernant l'évolution génomique chez les angraecoïdes et l'impact et les mécanismes des changements des sites de fixation des pollinies sont suggérées. Enfin, certaines priorités pour l’observation de nouveaux pollinisateurs sur le terrain et les frontières de l’alpha et bêta-taxonomie chez les angraecoïdes sont présentées. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished