Los diversos pescados, crustáceos y moluscos son productos hidrobiológicos naturales y abundantes en la zona costeña del Perú, siendo comercializados en terminales pesqueros y/o mercados mayoristas. Actualmente en la región Lambayeque existe un terminal pesquero denominado Ecomphisa, el cual se encarga de comercializar productos hidrobiológicos para el consumo humano directo fresco teniendo como problema principal su proceso operativo empírico. Por ello, la presente investigación tiene como objetivo diagnosticar el proceso operativo para analizar su estado actual y proponer mejoras tangibles e intangibles, utilizando la metodología 5S que servirá como guía para identificar los problemas y sus causas, proponer mejoras de solución y desarrollarlas en el proceso operativo. Además se aplicaron herramientas de calidad, se estableció un plan de acción y la inversión total será financiada por la misma empresa. Por último los resultados obtenidos evidencian mejoras cualitativas y cuantitativas beneficiosas para la empresa, ya que con las propuestas de mejora se han solucionado diversos problemas como es el tratamiento de las aguas residuales, mejora en la distribución de planta teniendo mayor eficiencia y utilización, entre otras; así mismo se realizó un diagnóstico post implementación de las 5S que servirá para encaminar a Ecomphisa hacia la mejora continua.