COELHO-BARROS, E. A. Analise estatstica para dados de contagem longitudinais na presenca de covariaveis: Aplicações na area medica. Dissertação (mestrado) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Ribeirão Preto - SP - Brasil, 2009. Dados de contagem ao longo do tempo na presenca de covariaveis são muito comuns em estudos na area da saude coletiva, por exemplo; numero de doenças que uma pessoa, com alguma caracteristica especifica, adquiriu ao longo de um período de tempo; numero de internações hospitalares em um período de tempo, devido a algum tipo de doença; numero de doadores de orgãos em um período de tempo. Nesse trabalho são apresentados diferentes modelos estatsticos de\\fragilidade\" de Poisson para a analise estatística de dados de contagem longitudinais. Teoricamente, a distribuição de Poisson exige que a media seja igual a variância, quando isto não ocorre tem-se a presenca de uma variabilidade extra-Poisson. Os modelos estatsticos propostos nesta dissertação incorporam a variabilidade extra-Poisson e capturam uma possvel correlação entre as contagens para o mesmo indivduo. Para cada modelo foi feito uma analise Bayesiana Hierarquica considerando os metodos MCMC (Markov Chain Monte Carlo). Utilizando bancos de dados reais, cedidos por pesquisadores auxiliados pelo CEMEQ (Centro de Metodos Quantitativos, USP/FMRP), foram discutidos alguns aspectos de discriminação Bayesiana para a escolha do melhor modelo. Um exemplo de banco de dados reais, discutido na Seção 4 dessa dissertação, que se encaixa na area da saude coletiva, e composto de um estudo prospectivo, aberto e randomizado, realizado em pacientes infectados pelo HIV que procuraram atendimento na Unidade Especial de Terapia de Doencas Infecciosas (UETDI) do Hospital das Clnicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). Os esquemas terapêuticos estudados consistiam em zidovudina e lamivudina, associadas ao efavirenz ou lopinavir. Entre setembro de 2004 e maio de 2006 foram avaliados 66 pacientes, sendo 43 deles includos no estudo. Destes, 39 participantes alcançaram a semana 24 de acompanhamento, enquanto 27 atingiram a semana 48. Os grupos de pacientes apresentavam características basais semelhantes, quanto a idade, sexo, mediana de CD4 e carga viral. O interesse desse experimento e estudar a contagem de CD4 considerando os dois esquemas terapêuticos (efavirenz e lopinavir). / COELHO-BARROS, E. A. Analise estatstica para dados de contagem longitudinais na presenca de covariaveis: Aplicac~oes na area medica. Dissertac~ao (mestrado) - Faculdade de Medicina de Ribeir~ao Preto - USP, Ribeir~ao Preto - SP - Brasil, 2009. Longitudinal counting data in the presence of covariates is very common in many applications, especially considering medical data. In this work we present dierent \\frailty\"models to analyze longitudinal Poisson data in the presence of covariates. These models incorporate the extra-Poisson variability and the possible correlation among the repeated counting data for each individual. A hierarchical Bayesian analysis is introduced for each dierent model considering usual MCMC (Markov Chain Monte Carlo) methods. Considering reals biological data set (obtained from CEMEQ, Medical School of Ribeir~ao Preto, University of S~ao Paulo, Brazil), we also discuss some Bayesian discrimination aspects for the choice of the best model. In Section 4 is considering a data set related to an open prospective and randomized study, considering of HIV infected patients, free of treatments, which entered the Infection Diseases Therapy Special Unit (UETDI) of the Clinical Hospital of the Medical School of Ribeir~ao Preto, University of S~ao Paulo (HCFMRP-USP). The therapeutic treatments consisted of the drugs Zidovudine and Lamivudine, associated to Efavirenz and Lopinavir. The data set was related to 66 patients followed from September, 2004 to may, 2006, from which, 43 were included in the study. The patients groups presented similar basal characteristics in terms of sex, age, CD4 counting median and viral load. The main goal of this study was to compare the CD4 cells counting for the two treatments, based on the drugs Efavirenz and Lopinavir, recently adopted as preferencial for the initial treatment of the disease.

COELHO-BARROS, E. A. Analise estatstica para dados de contagem longitudinais na presenca de covariaveis: Aplicações na area medica. Dissertação (mestrado) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Ribeirão Preto - SP - Brasil, 2009. Dados de contagem ao longo do tempo na presenca de covariaveis são muito comuns em estudos na area da saude coletiva, por exemplo; numero de doenças que uma pessoa, com alguma caracteristica especifica, adquiriu ao longo de um período de tempo; numero de internações hospitalares em um período de tempo, devido a algum tipo de doença; numero de doadores de orgãos em um período de tempo. Nesse trabalho são apresentados diferentes modelos estatsticos de\\fragilidade\" de Poisson para a analise estatística de dados de contagem longitudinais. Teoricamente, a distribuição de Poisson exige que a media seja igual a variância, quando isto não ocorre tem-se a presenca de uma variabilidade extra-Poisson. Os modelos estatsticos propostos nesta dissertação incorporam a variabilidade extra-Poisson e capturam uma possvel correlação entre as contagens para o mesmo indivduo. Para cada modelo foi feito uma analise Bayesiana Hierarquica considerando os metodos MCMC (Markov Chain Monte Carlo). Utilizando bancos de dados reais, cedidos por pesquisadores auxiliados pelo CEMEQ (Centro de Metodos Quantitativos, USP/FMRP), foram discutidos alguns aspectos de discriminação Bayesiana para a escolha do melhor modelo. Um exemplo de banco de dados reais, discutido na Seção 4 dessa dissertação, que se encaixa na area da saude coletiva, e composto de um estudo prospectivo, aberto e randomizado, realizado em pacientes infectados pelo HIV que procuraram atendimento na Unidade Especial de Terapia de Doencas Infecciosas (UETDI) do Hospital das Clnicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). Os esquemas terapêuticos estudados consistiam em zidovudina e lamivudina, associadas ao efavirenz ou lopinavir. Entre setembro de 2004 e maio de 2006 foram avaliados 66 pacientes, sendo 43 deles includos no estudo. Destes, 39 participantes alcançaram a semana 24 de acompanhamento, enquanto 27 atingiram a semana 48. Os grupos de pacientes apresentavam características basais semelhantes, quanto a idade, sexo, mediana de CD4 e carga viral. O interesse desse experimento e estudar a contagem de CD4 considerando os dois esquemas terapêuticos (efavirenz e lopinavir). / COELHO-BARROS, E. A. Analise estatstica para dados de contagem longitudinais na presenca de covariaveis: Aplicac~oes na area medica. Dissertac~ao (mestrado) - Faculdade de Medicina de Ribeir~ao Preto - USP, Ribeir~ao Preto - SP - Brasil, 2009. Longitudinal counting data in the presence of covariates is very common in many applications, especially considering medical data. In this work we present dierent \\frailty\"models to analyze longitudinal Poisson data in the presence of covariates. These models incorporate the extra-Poisson variability and the possible correlation among the repeated counting data for each individual. A hierarchical Bayesian analysis is introduced for each dierent model considering usual MCMC (Markov Chain Monte Carlo) methods. Considering reals biological data set (obtained from CEMEQ, Medical School of Ribeir~ao Preto, University of S~ao Paulo, Brazil), we also discuss some Bayesian discrimination aspects for the choice of the best model. In Section 4 is considering a data set related to an open prospective and randomized study, considering of HIV infected patients, free of treatments, which entered the Infection Diseases Therapy Special Unit (UETDI) of the Clinical Hospital of the Medical School of Ribeir~ao Preto, University of S~ao Paulo (HCFMRP-USP). The therapeutic treatments consisted of the drugs Zidovudine and Lamivudine, associated to Efavirenz and Lopinavir. The data set was related to 66 patients followed from September, 2004 to may, 2006, from which, 43 were included in the study. The patients groups presented similar basal characteristics in terms of sex, age, CD4 counting median and viral load. The main goal of this study was to compare the CD4 cells counting for the two treatments, based on the drugs Efavirenz and Lopinavir, recently adopted as preferencial for the initial treatment of the disease.

Ao largo da costa oeste da Am´erica do Sul o sistema de ressurg^encia costeira apresenta uma excepcional produtividade, um resultado da alta efici^encia do ecossistema biol´ogico em converter a produ¸c~ao prim´aria em biomassa. Esses processos qu´?micobiol ´ogicos s~ao fortemente modulados pelo ambiente f´?sico da regi~ao. Por exemplo, durante eventos do El-Ni~no a produtividade pesqueira ´e fortemente prejudicada em resposta a uma inibi¸c~ao da ressurg^encia costeira. Apesar disso ser um fato j´a bastante conhecido desde ´epocas pr´e-colombianas, muita d´uvida ainda persiste sobre o mecanismo pelo qual o sistema costeiro ´e afetado por esses fen^omenos de grande escala. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de se contribuir com esse conhecimento, estudando como ocorreram as mudan¸cas do sistema durante recentes eventos El Ni~no, principalmente na escala intrasazonal. Nessa investiga¸c~ao foram utilizadas diferentes metodologias de an´alise de dados para identificar a natureza dos for¸cantes de oscila¸c~oes significativas observadas durante o El Ni~no 1997-1998. Tamb´em foi investigado se essas oscila¸c~oes foram for¸cadas remotamente e se propagaram como ondas aprisionadas na costa; quais foram suas propriedades espaciais e sua propaga¸c~ao longo da costa. A primeira parte do trabalho consiste na an´alise da variabilidade temporal e a caracteriza¸c~ao das flutua¸c~oes de baixa freq¨u^encia ocorridas durante eventos El Ni~no. Essa an´alise faz uso do espectro de ondeleta aplicado a s´eries temporais longas de dados do n´?vel do mar de esta¸c~oes costeiras distribu´?das ao longo da costa sul do Equador, costa do Peru e costa norte do Chile. O espectro de ondeleta cruzada e o espectro da coer^encia foram usados para avaliar a import^ancia relativa das for¸cantes remota e local das varia¸c~oes do n´?vel do mar associadas com os efeitos do El Ni~no 1997-1998. Na segunda parte, as flutua¸c~oes for¸cadas remotamente foram comparadas com modelos lineares simples e o modelo de Brink e Chapman (1987) para se obter as propriedades das ondas aprisionadas na costa durante o El Ni~no Extraordin ´ario (1997-1998). Uma importante conclus~ao dessas an´alises foi a constata¸c~ao de que variabilidades intrasazonais ao largo da costa do Peru durante esse El Ni~no foi, em parte significativa, o resultado da atua¸c~ao de for¸cantes remotas e locais, associadas com ondas equatoriais incidindo na Costa Oeste da Am´erica do Sul e com o efeito do vento, respectivamente. / Off the western coast of South America, the coastal upwelling system presents an exceptional productivity, a result of the high efficiency of the biological ecosystem in converting the primary production into biomass. These chemical and biological processes are strongly modulated by the physical environment. For instance, during El Ni~no events the fishery productivity is strongly impaired in response to an inhibition of the coastal upwelling. In spite of this fact be widely known since pre-Colombian times, much doubts still persist about the mechanism by means of which the coastal system is affected by the large scale phenomena. The present work was idealized with the intention of contributing for this knowledge, studying how occurred the changes in the system during recent El Ni~no events, with emphasis on the intraseasonal scale. In this investigation, different methodologies of data analysis were used to identify the nature of the forcing which produced significant oscillations observed during the El Ni~no 1997-1998. Also, it was investigated if these oscillations were remotely forced and propagated along the coast as coastal trapped waves; what were their spatial and propagation properties. The first part of the work consists of an analysis of the temporal variability and the characterization of the low-frequency fluctuations occurred during the El Ni~no events. This analysis uses the wavelet spectrum applied to time series of sea level data collected off southern Equador, Peru and northern Chile. The cross wavelet spectrum and coherence spectrum were used to evaluate the relative importance of local and remote forcing of the sea level, associated with effects of the 1997-1998 El Ni~no. In the second part, the fluctuations remotely forced wer compared with results of simple linear models and with the model of Brink and Chapman (1987), in order to obtain the coastal trapped waves properties during that extraordinary El Ni~no event. One important conclusion of these analyses was the confirmation that the intraseasonal variability observed offo Peru during the 1997-1998 El Ni~no was, in part, the result of remote and local forcing, associated with equatorial waves and the wind effect, respectively.

Made available in DSpace on 2016-03-22T17:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NelsiWarken_DMII.pdf: 4928442 bytes, checksum: 20a14621110fa483e0e1690e7c7c7b19 (MD5) Previous issue date: 2010-03-05 / O objetivo central deste trabalho ´e avaliar o emprego dos conceitos e tecnologias referentes ao Processamento Sem antico e Sistemas Aut onomos na concepc¸ ao de mecanismos de controle da adaptac¸ ao ao contexto na Computac¸ ao Ub´ıqua. Na computac¸ ao ub´ıqua, os diversos sistemas computacionais interagem com o ser humano a todo o momento, n ao importando onde ele esteja, constituindo um ambiente altamente distribu´ıdo, heterog eneo, din amico, m´ovel e de composic¸ ao mut´avel. As aplicac¸ oes deste ambiente devem ser adaptativas, considerando o contexto em que est ao inseridas. Ontologias s ao especificac¸ oes formais dos conceitos de um determinado dom´ınio, possibilitando que as aplicac¸ oes sem anticas possam interpretar o significado dos dados, e estabelecer relacionamentos e infer encias entre os mesmos. A Computac¸ ao Aut onoma, por sua vez, indica que os sistemas computacionais deveriam desempenhar func¸ oes autom´aticas de configurac¸ ao, tratamento, otimizac¸ ao e protec¸ ao, substituindo tarefas complexas do usu´ario por pol´ıticas descritas em alto n´ıvel por administradores ou programadores. Considerando todos estes aspectos, a pesquisa desenvolvida nesta dissertac¸ ao de mestrado tem como eixo conceber uma proposta para controlar as adaptac¸ oes quando da tomada de decis oes, considerando o contexto, produzido por informac¸ oes monitoradas, informac¸ oes sem anticas e infer encias a partir destas mesmas informac¸ oes. A premissa ´e culminar em um mecanismo de adaptac¸ ao gen´erico, que poder´a ser utilizado tanto pelo middleware, quanto por diferentes aplicac¸ oes, em tempo de execuc¸ ao. O mecanismo proposto chama-se EXEHDADA, EXEHDA-Dynamic Adaptation, servic¸o de controle da adaptac¸ ao din amica ao contexto para o middleware EXEHDA. O EXEHDA-DA foi avaliado por dois estudos de caso, apresentando resultados satisfat´orios quanto ao atendimento das demandas de ubiquidade dos mesmos

Ao largo da costa oeste da Am´erica do Sul o sistema de ressurg^encia costeira apresenta uma excepcional produtividade, um resultado da alta efici^encia do ecossistema biol´ogico em converter a produ¸c~ao prim´aria em biomassa. Esses processos qu´?micobiol ´ogicos s~ao fortemente modulados pelo ambiente f´?sico da regi~ao. Por exemplo, durante eventos do El-Ni~no a produtividade pesqueira ´e fortemente prejudicada em resposta a uma inibi¸c~ao da ressurg^encia costeira. Apesar disso ser um fato j´a bastante conhecido desde ´epocas pr´e-colombianas, muita d´uvida ainda persiste sobre o mecanismo pelo qual o sistema costeiro ´e afetado por esses fen^omenos de grande escala. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de se contribuir com esse conhecimento, estudando como ocorreram as mudan¸cas do sistema durante recentes eventos El Ni~no, principalmente na escala intrasazonal. Nessa investiga¸c~ao foram utilizadas diferentes metodologias de an´alise de dados para identificar a natureza dos for¸cantes de oscila¸c~oes significativas observadas durante o El Ni~no 1997-1998. Tamb´em foi investigado se essas oscila¸c~oes foram for¸cadas remotamente e se propagaram como ondas aprisionadas na costa; quais foram suas propriedades espaciais e sua propaga¸c~ao longo da costa. A primeira parte do trabalho consiste na an´alise da variabilidade temporal e a caracteriza¸c~ao das flutua¸c~oes de baixa freq¨u^encia ocorridas durante eventos El Ni~no. Essa an´alise faz uso do espectro de ondeleta aplicado a s´eries temporais longas de dados do n´?vel do mar de esta¸c~oes costeiras distribu´?das ao longo da costa sul do Equador, costa do Peru e costa norte do Chile. O espectro de ondeleta cruzada e o espectro da coer^encia foram usados para avaliar a import^ancia relativa das for¸cantes remota e local das varia¸c~oes do n´?vel do mar associadas com os efeitos do El Ni~no 1997-1998. Na segunda parte, as flutua¸c~oes for¸cadas remotamente foram comparadas com modelos lineares simples e o modelo de Brink e Chapman (1987) para se obter as propriedades das ondas aprisionadas na costa durante o El Ni~no Extraordin ´ario (1997-1998). Uma importante conclus~ao dessas an´alises foi a constata¸c~ao de que variabilidades intrasazonais ao largo da costa do Peru durante esse El Ni~no foi, em parte significativa, o resultado da atua¸c~ao de for¸cantes remotas e locais, associadas com ondas equatoriais incidindo na Costa Oeste da Am´erica do Sul e com o efeito do vento, respectivamente. / Off the western coast of South America, the coastal upwelling system presents an exceptional productivity, a result of the high efficiency of the biological ecosystem in converting the primary production into biomass. These chemical and biological processes are strongly modulated by the physical environment. For instance, during El Ni~no events the fishery productivity is strongly impaired in response to an inhibition of the coastal upwelling. In spite of this fact be widely known since pre-Colombian times, much doubts still persist about the mechanism by means of which the coastal system is affected by the large scale phenomena. The present work was idealized with the intention of contributing for this knowledge, studying how occurred the changes in the system during recent El Ni~no events, with emphasis on the intraseasonal scale. In this investigation, different methodologies of data analysis were used to identify the nature of the forcing which produced significant oscillations observed during the El Ni~no 1997-1998. Also, it was investigated if these oscillations were remotely forced and propagated along the coast as coastal trapped waves; what were their spatial and propagation properties. The first part of the work consists of an analysis of the temporal variability and the characterization of the low-frequency fluctuations occurred during the El Ni~no events. This analysis uses the wavelet spectrum applied to time series of sea level data collected off southern Equador, Peru and northern Chile. The cross wavelet spectrum and coherence spectrum were used to evaluate the relative importance of local and remote forcing of the sea level, associated with effects of the 1997-1998 El Ni~no. In the second part, the fluctuations remotely forced wer compared with results of simple linear models and with the model of Brink and Chapman (1987), in order to obtain the coastal trapped waves properties during that extraordinary El Ni~no event. One important conclusion of these analyses was the confirmation that the intraseasonal variability observed offo Peru during the 1997-1998 El Ni~no was, in part, the result of remote and local forcing, associated with equatorial waves and the wind effect, respectively.