Introdução - A prática de reúso pela aplicação de esgotos tratados na agricultura atualmente é considerada parte integrante dos recursos hídricos por muitas nações. No entanto, oferece riscos à saúde da população pela presença de bactérias, cistos de protozoários, ovos de helmintos e vírus, capazes de sobreviver por longos períodos em ambientes desfavoráveis e apresentarem um curto tempo entre a infecção e o desenvolvimento da doença. Objetivo - Estabelecer medidas preventivas para o lançamento de efluentes nos ecossistemas aquáticos, controle sanitário na redução de patógenos transmitidos por águas contaminadas e a disposição de efluentes tratados em solos tropicais como ferramentas de auxílio do manejo integrado dos recursos hídricos em bacias hidrográficas, por meio do uso de metodologia de gerenciamento de risco com aplicação do Sistema APPCC, em um conjunto de tecnologias na produção de efluente tratado de esgoto de origem doméstica para avaliar o potencial de emprego em solos agrícolas. Métodos - A pesquisa foi desenvolvida na estação de tratamento de esgoto e no campo experimental para pesquisas de utilização de efluente na agricultura no município de Lins. Os indicadores biológicos estudados e os pontos de amostragem foram determinados através da utilização da metodologia de controle de qualidade Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC). Foram coletadas amostras do solo irrigado e dos poços de monitoramento do lençol freático. As amostras foram submetidas a análises físico-químicas, microbiológicas e parasitológicas. Aos resultados obtidos foi aplicada a Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, para a determinação do risco anual de infecção. Resultados - O efluente final apresentou concentrações médias de 8,13x105 NMP/100 mL de coliformes totais e 4,69x105 NMP/100 mL de Escherichia coli, não sendo observados ovos de helmintos. O solo apresentou maior concentração de coliformes totais e E. coli na camada superficial 1,01x106 e 8,70x103, diminuindo ao longo da profundidade. Os ovos de helmintos foram encontrados entre a superfície e os 15 cm de profundidade em concentrações entre 0,07 e 0,87 ovos/g de peso seco. Foi constatada a presença de adenovírus em concentração de 3,56x105 cópias genômicas/g entre os 5 e 10 cm de profundidade em 2015. Nos poços de monitoramento foram constatadas concentrações de coliformes totais variando entre < 1,00 e 1,01x103 NMP/100 mL e E. coli entre <1,00 e 1,00x100 NMP/100 mL. Não foi observada a presença de vírus entéricos. O risco anual de infecção estimado para E. coli no efluente final foi 1,02x10-2 pppa, no solo variou entre 2,68x10-3 e 7,59x10-3 pppa e nos poços de monitoramento variou entre 1,42x10-8e 4,38x10-9 pppa. Para os ovos de helmintos observados no efluente do tratamento primário o risco anual de infecção calculado foi 4,04x10-2 pppa e no solo variou entre 9,57x10-1 e 9,76x10-1 pppa. Conclusões No período da pesquisa, as amostras dos sistemas de tratamento de esgoto e de irrigação demonstraram atender as expectativas de remoção de patógenos condizentes aos seus parâmetros de projeto, havendo restrições para seu lançamento em corpos hídricos e aplicação na agricultura. O solo mostrou capacidade de retenção dos organismos patogênicos nos primeiros 60 cm de profundidade, reduzindo as suas concentrações a níveis inferiores a 1,00 NMP/100 mL nos aquíferos. / Introduction - Currently, the practice of reuse through the application of treated sewage in agriculture considers an integral part of water resources for many nations. However, threatens the health of the population by the presence of bacteria, protozoan cysts, helminth eggs and viruses able to survive for long periods in harsh environments and present a short time between infection and development of disease. Objective - Establish preventive measures for the release of effluents on aquatic ecosystems, sanitary control in the reduction of pathogens transmitted by contaminated water and the disposal of treated effluent in tropical soils as aid tools in integrated management of water resources in river basins. For this purpose it was employed as risk management methodology the Hazard Analysis and Critical Control Points system (HACCP) in a set of technologies in the treated effluent production of domestic sewage to assess the employment potential in agricultural soils. Methods - The study was conducted in the sewage treatment plant and in an adjoining experimental field situated at Lins city. The biological indicators and the sampling points were determined by using the quality control methodology Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP). Samples of irrigated soil and groundwater monitoring wells were collected. The samples were subjected to analysis, physical-chemical, microbiological and parasitological. The results obtained was applied to Quantitative Microbial Risk Assessment (QRMA), for determining the annual risk of infection. Results - The final effluent presented average concentrations of 8.13x105 MPN / 100 mL of total coliforms and 4.69x105 MPN / 100 mL of Escherichia coli, not being observed helminth eggs. The soil showed the highest concentration of total coliforms and E. coli in the surface layer and 1.01x106 8.70x103, decreasing along the depth. Eggs from helminths were found between the surface and 15 cm depth in concentrations from 0.07 to 0.87 eggs / g dry weight. It was found the presence of adenovirus in concentration 3.56x105 genomic copies / g between 5 and 10 cm depth in 2015. In monitoring wells total coliform concentrations were found ranging from <1.00 and 1.01x103 NMP / 100 mL and E. coli between <1.00 and 1.00x100 MPN / 100 mL. It was not observed the presence of enteric viruses. The estimated annual risk of infection to E. coli in the final effluent was 1.02x10-2 pppy, soil ranged from 2.68x10-3 and 7.59x10-3 pppy and monitoring wells ranged from 1.42x10-8 e 4.38x10-9 pppy. For helminth eggs observed in the effluent from the primary treatment, the annual risk of infection was calculated 4.04x10-2 pppy and soil ranged from 9.57x10-1 and 9.76x10-1 pppy. Conclusions - During the survey period, samples of sewage and irrigation treatment systems showed meet the expectation removal of pathogens consistent to its design parameters, with restrictions on its release in water and applied in agriculture bodies. The soil of pathogenic organisms showed retention capacity in the first 60 cm depth by reducing its concentration to levels below 1.00 MPN / 100 mL in aquifers.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

O objetivo foi desenvolver e avaliar uma metodologia simplificada para detecção de vírus entéricos humanos em lodo de esgoto. O método foi baseado em eluição viral com solução protéica, seguida de ultracentrifugação. Alguns parâmetros foram avaliados (tempo e pH de eluição, condições de clarificação e purificação). A seguir, foi aplicado à pesquisa de adenovírus, vírus da hepatite A e norovírus em amostras colhidas ao longo de 12 meses em duas ETEs do estado de São Paulo. Amostras pareadas de esgoto foram também examinadas como referência da presença viral. A detecção viral por PCR, RT-PCR e PCR em tempo real, revelou a presença de adenovírus, incluindo os entéricos (espécie F) e vírus da hepatite A tanto nas esgoto como no lodo de ambas as ETEs. Norovírus não foram detectados. Vírus infecciosos não foram detectados no lodo submetido ao tratamento químico (ETE A). Parte dos vírus presentes na água de esgoto ficaram retidos no lodo e análises estatísticas revelaram que o tratamento químico adotado na ETE A é eficiente para a inativação viral. / The aim was to develop and evaluate a simplified methodology for detection of human enteric viruses in sewage sludge. The method was based on viral elution with protein solution, followed by ultracentrifugation. Several parameters were evaluated, including time and elution pH, clarifying and purifying conditions. The method was applied to the detection of adenoviruses, hepatitis A virus and noroviruses in sewage sludge samples collected for twelve months at two sewage treatment plants in Sao Paulo state. Raw sewage samples were also collected as a reference for viral presence. PCR, RT-PCR and Real-Time PCR revealed the presence of adenoviruses, including the enteric ones (species F) and hepatitis A virus found both in sewage and sludge. Noroviruses were not detected in any samples. Cell culture infectious viruses were not detected in the sludge subjected to chemical treatment (STP A), and statistical analyses revealed the efficiency of this treatment for virus inactivation.

Tesis por compendio / [ES] El objetivo inicial de esta tesis era detectar y rastrear virus entéricos en diferentes matrices acuáticas mediante la combinación de protocolos moleculares y metagenómicos. Se establecieron como objetivos principales el desarrollo de procedimientos para la concentración de virus en muestras de aguas residuales, el análisis de virus indicadores de contaminación fecal y la caracterización del viroma de estas muestras. En cuanto al desarrollo de procedimientos para la concentración de virus entéricos emergentes en muestras de aguas residuales, el protocolo de floculación con hidróxido de aluminio, utilizado habitualmente en el grupo para la concentración de otros virus entéricos, resultó muy eficaz para el virus de la Hepatitis E, permitiendo su detección en muestras de aguas de entrada y salida de estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR). Por lo que respecta al seguimiento de la prevalencia de otros virus entéricos e indicadores virales en muestras de entrada y salida de EDARs, esta tesis proporciona información cuantitativa sobre la presencia del indicador crAssphage y otros virus entéricos de cápside intacta en aguas de diferentes EDARs valencianas. Además, los resultados de la correlación indican que crAssphage podría no ser un indicador óptimo de la presencia de virus entéricos infecciosos en las aguas residuales tratadas. En relación a la caracterización del viroma de las muestras de agua de las EDARs analizadas, en la presente tesis se describe un procedimiento de referencia que permite la detección y caracterización de las poblaciones virales en las muestras de aguas residuales recogidas a la entrada y salida de la planta depuradora. También se refleja el sesgo existente en los perfiles del viroma que se obtienen según las librerías de secuenciación que se empleen. En este sentido, esta investigación arroja luz sobre la diversidad de las comunidades virales en influentes y efluentes de aguas residuales, proporcionando información valiosa también en términos de indicadores fecales virales. Con la llegada de la pandemia de COVID-19 a principios de 2020, el SARS-CoV-pasó a ser el protagonista de la segunda parte de la tesis. En este aspecto, se marcaron como objetivos implementar un sistema de monitorización de SARS-CoV-2 en aguas residuales y desarrollar y optimizar métodos moleculares rápidos para inferir la infectividad del SARS-CoV-2. Los resultados obtenidos han demostrado que la aplicación de la epidemiología basada en aguas residuales (WBE) es eficiente para estimar la presencia de COVID-19 en comunidades y puede servir de herramienta para la salud pública como alerta temprana ante situaciones pandémicas. Asimismo, esta tesis incluye el primer estudio publicado en España que realizó un análisis metagenómico de la diversidad del SARS-CoV-2 presente en las aguas residuales en las tres primeras oleadas epidemiológicas, cuyos resultados confirmaron el potencial de la secuenciación masiva de aguas residuales para detectar nuevas mutaciones y linajes del SARS-CoV-2. Además, también se han comparado y optimizado los protocolos de concentración, extracción y detección de ácidos nucleicos de coronavirus a partir de muestras de aguas residuales, superficiales y de mar. Así, este trabajo amplía el conocimiento sobre los procedimientos analíticos para la detección del SARS-CoV-2 en aguas residuales favoreciendo la implementación global del COVID-19 WBE. Finalmente, se ha implementado un protocolo de RT-qPCR de viabilidad basado en el cloruro de platino para evitar la amplificación del ARN del SARS-CoV-2 no infeccioso. Además, los resultados de esta tesis apoyan la idea de que el SARS-CoV-2 presente en las aguas residuales no es infeccioso. En general, en el marco de esta tesis doctoral se ha desarrollado una herramienta analítica rápida basada en la RT-qPCR de viabilidad para inferir la infectividad del SARS-CoV-2 con potencial aplicación en la evaluación de riesgos, la prevención y el control en los programas de salud / [CA] L'objectiu inicial d'esta tesi era detectar i rastrejar virus entèrics en diferents matrius aquàtiques mitjançant la combinació de protocols moleculars i metagenòmics. Es van establir com a objectius específics el desenvolupament de procediments per a la concentració de virus en mostres d'aigües residuals, l'anàlisi de virus indicadors de contaminació fecal i la caracterització del viroma d'estes mostres. Pel que fa al desenvolupament de procediments per a la concentració de virus entèrics emergents en mostres d'aigües residuals, el protocol de floculació amb hidròxid d'alumini, utilitzat habitualment al grup per a la concentració d'altres virus entèrics, va resultar molt eficaç per al virus de l'hepatitis E, permetent-ne la detecció en mostres d'aigües d'entrada i de sortida d'estacions depuradores d'aigües residuals (EDAR). Pel que fa al seguiment de la prevalença d'altres virus entèrics i indicadors virals en mostres d'entrada i de sortida d'EDARs, esta tesi proporciona informació quantitativa sobre la presència de l'indicador crAssphage i altres virus entèrics de càpside intacta en aigües de diferents EDARs valencianes. A més, els resultats de la correlació indiquen que el bacteriòfag crAssphage podria no ser un indicador òptim de la presència de virus entèrics infecciosos a les aigües residuals tractades. Pel que fa a la caracterització del viroma de les mostres d'aigua de les EDARs analitzades, a la present tesi es descriu un procediment de referència que permet la detecció i caracterització de les poblacions virals a les mostres d'aigües residuals recollides a l'entrada i sortida de la planta depuradora. També es reflecteix el biaix existent als perfils del viroma que s'obtenen segons les llibreries de seqüenciació que s'utilitzen. En este sentit, esta investigació aporta coneixement sobre la diversitat de les comunitats virals en influents i efluents d'aigües residuals, proporcionant informació valuosa també en termes d'indicadors fecals virals. Amb l'arribada de la pandèmia de COVID-19 a principis del 2020, el SARS-CoV-va passar a ser el protagonista de la segona part de la tesi. En este aspecte, es van establir com a objectius implementar un sistema de monitorització de SARS-CoV-2 en aigües residuals i desenvolupar i optimitzar mètodes moleculars ràpids per inferir la infectivitat del SARS-CoV-2. Els resultats obtinguts han demostrat que l'aplicació de l'epidemiologia basada en aigües residuals (WBE) és eficient per estimar la presència de COVID-19 a les comunitats i pot servir d'eina per a la salut pública com a alerta primerenca davant de situacions pandèmiques. Així mateix, esta tesi inclou el primer estudi publicat a Espanya que va realitzar una anàlisi metagenòmica de la diversitat del SARS-CoV-2 present a les aigües residuals a les tres primeres onades epidemiològiques, els resultats del qual van confirmar el potencial de la seqüenciació massiva d'aigües residuals per a detectar noves mutacions i llinatges del SARS-CoV-2. A més, també s'han comparat i optimitzat els protocols de concentració, extracció i detecció d'àcids nucleics de coronavirus a partir de mostres d'aigües residuals, superficials i de mar. Així, este treball amplia el coneixement sobre els procediments analítics per a la detecció del SARS-CoV-2 en aigües residuals afavorint la implementació global del COVID-19 WBE. Finalment, s'ha implementat un protocol de RT-qPCR de viabilitat basat en el clorur de platí per evitar l'amplificació de l'ARN del SARS-CoV-2 no infecciós. A més, els resultats d'esta tesi donen suport a la idea que el SARS-CoV-2 present a les aigües residuals no és infecciós. En general, en el marc d'esta tesi doctoral s'ha desenvolupat una eina analítica ràpida basada en la RT-qPCR de viabilitat per inferir la infectivitat del SARS-CoV-2 amb potencial aplicació en l'avaluació de riscos, la prevenció i el control en els programes de Salut Pública. / [EN] The initial aim of this thesis was to detect and monitor the presence of enteric viruses in different aquatic matrices using both molecular and metagenomic protocols. The specific objectives were the development of procedures for the concentration of viruses in wastewater samples, the analysis of viruses indicative of faecal contamination and the characterisation of the virome in these samples. Regarding the development of procedures for the concentration of emerging enteric viruses in wastewater samples, the flocculation protocol with aluminium hydroxide, commonly used in the group for the concentration of other enteric viruses, proved to be very effective for Hepatitis E virus, allowing its detection in influent and effluent water samples from wastewater treatment plants (WWTPs). Regarding the monitoring of the prevalence of other enteric viruses and viral indicators in incoming and outgoing samples from WWTPs, this thesis provides quantitative information on the presence of the indicator crAssphage and other enteric viruses with intact capsid in water from different Valencian WWTPs. Moreover, the correlation results indicate that crAssphage may not be an optimal indicator of the presence of infectious enteric viruses in treated wastewater. In relation to the virome characterisation of the WWTP water samples analysed, the present thesis describes a reference procedure that allows the detection and characterisation of viral populations in wastewater. It also reflects the existing bias in the virome profiles obtained depending on the sequencing libraries used. In this sense, this research sheds light on the diversity of viral communities in influent and effluent wastewater, providing valuable information also in terms of faecal viral indicators. With the advent of the COVID-19 pandemic in the early 2020s, SARS-CoV-2 became the focus of the second part of the thesis. In this aspect, the objectives were to implement a monitoring system for SARS-CoV-2 in wastewater and to develop and optimise rapid molecular methods to infer SARS-CoV-2 infectivity. The results obtained have demonstrated that the application of wastewater-based epidemiology (WBE) is efficient for estimating the presence of COVID-19 in communities and can serve as a Public Health tool for early warning of pandemic situations. Furthermore, this thesis includes the first study published in Spain that performed a metagenomic analysis of the SARS-CoV-2 diversity present in wastewater in the first three epidemiological waves, the results of which confirmed the potential of mass sequencing of wastewater to detect new SARS-CoV-2 mutations and lineages. In addition, protocols for the concentration, extraction and detection of coronavirus nucleic acids from sewage, surface and seawater samples have also been compared and optimised. Thus, this work expands the knowledge on analytical procedures for the detection of SARS-CoV-2 in wastewater favouring the global implementation of the COVID-19 WBE. Finally, a viability RT-qPCR protocol based on platinum chloride has been implemented to avoid amplification of non-infectious SARS-CoV-2 RNA. Furthermore, the results of this thesis support the idea that SARS-CoV-2 present in wastewater is not infectious. Overall, in the framework of this PhD thesis, a rapid analytical tool based on feasibility RT-qPCR has been developed to infer the infectivity of SARS-CoV-2 with potential application in risk assessment, prevention and control in Public Health programmes. / This thesis has been funded by an "Ayudas para contratos predoctorales para la formación de doctores 2018” grant, awarded by the Ministry of Science and Innovation. / Cuevas Ferrando, E. (2022). Detection and tracking of emerging viruses of public health interest in waters through molecular and metagenomic procedures [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/190899 / Compendio

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Este estudo foi conduzido para otimizar um protocolo de floculação orgânica para recuperação viral a partir de lodo de esgoto e efluente tratado, bem como realizar um monitoramento de HAdV e RVA na estação de tratamento de esgoto (ETE) de Juiz de Fora, MG. Nos estudos de otimização, foram propostas adaptações no protocolo de floculação com leite desnatado para lodo e efluente tratado, com modificações no tempo de agitação da amostra, na concentração final de leite desnatado e/ou na etapa de centrifugação. No estudo de monitoramento, esgoto bruto (P1), esgoto primário (P2), lodo (P3) e efluente tratado (P4) foram coletados bimensalmente em 2014 (durante as épocas seca e chuvosa), totalizando 96 amostras (simples e compostas). As cargas virais foram determinadas por PCR quantitativo e o bacteriófago PP7 foi usado como controle interno. Amostras de HAdV e RVA foram submetidas ao sequenciamento e a viabilidade das partículas de HAdV foi avaliada em amostras de P4. Os parâmetros físico-químicos e a contagem de coliformes termotolerantes (CT) foram determinados em cada ponto. Nos estudos de otimização, foram selecionadas duas condições que apresentaram as maiores taxas de recuperação viral no lodo (menor tempo de agitação e maior concentração de leite desnatado) e no efluente tratado (sem primeira etapa de centrifugação e com maior concentração de leite desnatado). Ambas provaram ser ferramentas úteis para pesquisa viral em amostras de campo, inclusive para a pesquisa de vírus gigantes. No monitoramento, o HAdV foi detectado em 85,4% (82/96) dos concentrados, com cargas virais variando de 3,27 x 102 a 2,42 x 106 cópias do genoma por mililitro (cg/mL), ao longo do ano. A presença de RVA foi observada em 52,1% (50/96) dos concentrados (1,38 x 103 a 3,65 x 105 cg/mL), com maior detecção na época seca. A carga viral não foi influenciada pelo tipo de amostra, sendo detectada tanto em amostras simples, quanto em amostras compostas. Todas as amostras de HAdV sequenciadas pertenciam à espécie F tipo 41 e as amostras de RVA pertenciam ao genótipo I1. O tratamento de esgoto reduziu a quantidade de matéria orgânica e sólidos, bem como a contagem de CT e as cargas virais. No entanto, a presença de HAdV e RVA foi observada mesmo após o tratamento, inclusive em amostras de efluente tratado consideradas adequadas pelas legislações atuais, com detecção de partículas infecciosas de HAdV. Foram observadas correlações positivas entre a carga viral e a demanda bioquímica de oxigênio, os sólidos sedimentáveis e sólidos suspensos totais. Os dois protocolos otimizados neste estudo podem ser facilmente adequados para uso em laboratório de rotina, podendo impulsionar o monitoramento viral nos subprodutos gerados na ETE. A carga viral detectada na ETE salienta a disseminação ambiental de RVA e HAdV e aponta o potencial do HAdV como um marcador viral de contaminação em ambientes aquáticos. / Sewage treatment may be insufficient for the complete elimination of enteric viruses such as human adenoviruses (HAdV) and group A rotaviruses (RVA). Thus, the return of sewage sludge and treated effluent to the environment poses concerns potential for public health. This study was conducted to optimize an organic flocculation procedure for viral recovery from sludge and treated effluent, and carry out a surveillance of HAdV and RVA in a wastewater treatment plant (WWTP) at Juiz de Fora, MG. In optimization studies, conditions were proposed for sludge and treated effluent with changes in the stirring time, in the final concentration of skimmed-milk and/or in the centrifugation step. In surveillance study, raw sewage (P1), primary sewage (P2), sludge (P3) and treated effluent (P4) were collected bimonthly in 2014 (during the dry and the rainy season), totaling 96 samples (simple and composite). Quantitative PCR determined viral loads and PP7 bacteriophage was used as internal control. HAdV and RVA strains were selected for sequencing, and the HAdV viability was evaluated in P4 samples. Physicochemical parameters and thermotolerant coliforms (TC) counting were determined at each point. After the optimization studies, two conditions were selected: the ones that showed the highest viral recovery rates in sludge (lower stirring time and higher concentration of skimmed-milk) and treated effluent (without the first centrifugation step and with a higher concentration of skimmed-milk). These conditions proved to be a useful tool for viral search in the field samples, including for the research of giant virus. In surveillance study, HAdV was detected in 85.4% (82/96) of the concentrated, with viral loads ranging from 3.27 x 102 to 2.42 x 106 genome copies per milliliter (gc/mL), throughout the year. RVA presence was observed in 52.1% (50/96) of the samples (1.38 x 103 to 3.65 x 105 gc/mL) with detection greater in the dry season. Viral load was not influenced by the type of sample being detected both in single samples, as in composite samples. All the sequenced HAdV strains belonged to species F type 41, and RVA strains belonged to genotype I1. Sewage treatment reduced the content of organic matter and solids, as well as the TC counts and the viral loads. However, the presence of HAdV and RVA was observed after treatment, even in samples considered adequate by current laws with detection of infectious HAdV particles. Positive correlations were observed between viral load and biochemical oxygen demand, sedimented solids and total suspended solids. Two optimized protocols in this study are easily suitable for routine laboratory use and can boost viral monitoring in by-products generated in the WWTP. Viral load detected in WWTP stress the environmental dissemination of HAdV and RVA and addressed the potential of HAdV as a virological marker of contamination in aquatic environments.