Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2014-12-16T20:02:51Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_FatoresClínicosComportamentais.pdf: 3122218 bytes, checksum: 782cbbb29e9bc463a65c234c74f25589 (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2015-01-16T15:47:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_FatoresClínicosComportamentais.pdf: 3122218 bytes, checksum: 782cbbb29e9bc463a65c234c74f25589 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T15:47:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO_FatoresClínicosComportamentais.pdf: 3122218 bytes, checksum: 782cbbb29e9bc463a65c234c74f25589 (MD5) Previous issue date: 2007 / O Câncer de Mama (CM) é uma doença com taxas de incidência crescentes em diversas partes do mundo e também no Brasil, a qual é causada pela interação de diversos fatores de risco. Foi realizado estudo caso controle, baseado em hospital, mascarado, com 654 mulheres (com CM, controles e com doença benígna da mama) para avaliar as interações entre diversos fatores de risco e a ocorrência de CM. A MTHFR, envolvida no metabolismo do ácido fólico, catalisa a redução da 5,10-MTHF a 5- MTHF que é necessário para a conversão de homocisteína em metionina pela metionina sintase. Uma redução da atividade da MTHFR produz uma enzima termolábil, resultando em um aumento da homocisteína plasmática e do estado de hipometilação genômica. Estudos epidemiológicos sugerem que o polimorfismo do gene da Metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), C677T, pode modificar o risco para CM. Foi realizada antropometria e aplicados questionários para avaliação de características sócio-demográficas, clínicas, antropométricas, reprodutivas, dietéticas, comportamentais e da freqüência de consumo alimentar (para avaliar a ingestão de ácido fólico, vitaminas B6 e B12). Foi coletado sangue periférico do paciente para extração do DNA. A genotipagem do polimorfismo C677T foi realizada através da técnica PCR-RFLP. Através do modelo logístico criado para explicar a ocorrência do CM de mama na população estudada, foi observado que o sedentarismo, a baixa renda, a não amamentação e a menopausa, ajustados pela idade, uso de CTO, % GC, escolaridade e idade da primeira MMG afetaram de forma estatisticamente significativa o risco para a ocorrência do CM. Mulheres na pré-menopausa que não amamentaram seus filhos apresentaram risco de 2,15 vezes de desenvolver CM em relação às mulheres na pós menopausa. Mulheres etilistas na pós-menopausa apresentaram maior risco de desenvolver CM em relação às mulheres não etilistas na pós menopausa. O consumo de ácido fólico encontrou-se acima da recomendação pré-estabelecida pela RDA, porém foi observado um consumo menor, não significante, no grupo de casos quando comparado com o grupo controle. Foi observado que o consumo de vitamina B6 se encontrava abaixo da recomendação no grupo de casos e, portanto este baixo consumo pode interferir no metabolismo do folato e da enzima da MTHFR. O polimorfismo C677T de MTHFR nem isoladamente nem em associação com fatores comportamentais e dietéticos neste trabalho não foi suficiente para aumentar o risco de CM, diferente do sugerido por resultados de outros trabalhos. ______________________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: The breast cancer (BC) is a disease, with increasing incidence rate worldwide and also in Brazil, which is caused by the interaction of different risk factors. A masked casecontrol study was conducted with 654 women (with breast cancer, controls and with benign breast disease) to assess the interaction between several risk factors and the breast cancer occurrence. The methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), involved in the folic acid metabolism catalyzes the 5,10-MTHF to 5- MTHF reduction, necessary to convert homocystein into methionine by methionine synthase. A reduction in the activity of MTHFR produces a thermo labile enzyme increasing plasma homocysteine and leading to genomic hypomethylation. Epidemiologic studies suggest that the MTHFR C677T gene polymorphism may modify the risk of BC. Anthropometric measures were collected and surveys for evaluation of social-demographic, clinical, behavioral features and food frequency ingestion (folic acid, vitamins B6 and B12) were conducted. Peripheral blood was collected for DNA extraction. The C677T polymorphism genotyping was conducted using a PCR-RFLP protocol. The logistic model created to explain the occurrence of BC has shown that sedentary behavior, low incomings, no breast-feeding and menopause, adjusted by age, oral contraceptive use, %body fat, education level and date of the first mammography has affected the risk for BC occurrence with statistic significance. Women in pre-menopause that did not breast-feed their children has a 2,15 times higher risk of BC compared with women in post-menopause. Alcoholic women in post-menopause presented a higher risk for BC compared to non-alcoholic women in post-menopause. The folic acid ingestion has shown to be higher than the established RDA recommendation, although the BC group presented a lower ingestion compared with the control group. The ingestion of vitamin B6 was lower than the recommendation in the case group, and this low ingestion can interfere in the folate metabolism. In this work, the C677T polymorphism, neither isolated, nor in association with behavioral and dietary factors, has not affected the risk of BC, opposed to results suggested in other works.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-02-09T03:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 336846.pdf: 1391637 bytes, checksum: 4f04dee974b718505d4679a2f38fc4eb (MD5) Previous issue date: 2015 / A tuberculose (TB) é uma das doenças infecciosas que mais mortes têm causado no mundo. Situações de confinamento são altamente favoráveis à disseminação da TB, aumentando exponencialmente o risco de contágio. No sistema prisional, a TB constitui um importante problema de saúde pública, tendo como principal fator de risco a aglomeração. As taxas de casos notificados de TB em prisões são 5 a 81 vezes maior do que na população geral. O Estado de Santa Catarina dispõe de poucos dados epidemiológicos e moleculares em relação à TB no sistema prisional, dificultando o entendimento da dinâmica da doença na população carcerária. Diante disso, o objetivo deste estudo foi avaliar a epidemiologia molecular de estirpes circulantes em unidades do sistema prisional de Santa Catarina. O estudo avaliou 95 isolados clínicos provenientes de seis unidades prisionais de Santa Catarina, situadas nas regiões Sul, Grande Florianópolis e Vale do Itajaí. Dos casos incluídos no estudo, 100% dos indivíduos eram do sexo masculino, predominantemente brancos, adultos jovens, com baixa escolaridade. A baciloscopia no diagnóstico apresentou-se positiva em 62,1% dos casos. Aproximadamente 64% dos indivíduos realizaram teste para HIV, destes, 32,8% eram soropositivos. Em 21,0% dos casos a TB estava associada ao uso de substâncias psicoativas e em 9,9%, ao alcoolismo. Nas análises realizadas pelo método de Spoligotyping, observou-se que a família LAM (46,3%) foi a mais frequente, seguida da família T (20,0%), da S (11,6%), da Haarlem (2,1%) e da X (1,1%). A LAM5 (15,8%), a LAM9 (14,8%), a T1 (12,6%) e a S (11,6%) foram as subfamílias mais frequentes. Foram encontrados, também, dois isolados pertencentes a perfis orphan e 16 com perfis desconhecidos. Um dos grupos de infecção recente formados neste estudo engloba 89,5% dos isolados e inclui 15 clusters, abrangendo todas as subfamílias da família LAM (LAM1, LAM2, LAM3, LAM4, LAM5, LAM6, LAM9), as subfamílias T e T1, S, X1 e H3, um isolado com perfil orphan e isolados de perfil desconhecido, o que mostra alta similaridade entre as estirpes que circulam nas unidades prisionais estudadas.<br> / Abstract : Tuberculosis (TB) is one of the world's deadliest diseases. TB in prisons is a major public health problem in many settings. The occurrence of active TB in prisons is generally reported to be much higher than the average levels reported for the corresponding general population. The TB notification rate in prisons ranges from 5- to 81-fold increment general population. The Santa Catarina State has few epidemiological and molecular data regarding TB in prisons, this hinders the understanding of disease dynamics in the prison population. Thus, the aim of this study was to evaluate the molecular epidemiology of circulating strains in prisons of Santa Catarina State. The study comprised 95 clinical samples from six prisons of Santa Catarina, located in the South region, Florianópolis Metropolitan Area and Itajaí Valley. Among the cases included in the study, all subjects were male, predominantly caucasians, young adults and individuals with low education level. The positive smear in the TB diagnosis was in 62.1% of cases. About 64% of subjects underwent HIV testing, which 32.8% were HIV-seropositive. In 21.0% of cases, TB was associated with drug abuse and 9.9% with alcohol abuse. In the analyzes carried out by Spoligotyping method, the most frequent family was the LAM (46,3%), followed by T (20,0%), S (11,6%), Haarlem (2,1%) and X (1,1%). The LAM5 (15,8%), LAM9 (14,8%), T1 (12,6%) and S (11,6%) were the most frequent subfamilies among all analyzed strains. Unknown signatures were observed in 16 isolates while four isolates were assigned as new patterns. One of the recent infection groups formed in this study included 89.5% of the isolates and 15 clusters, covering all subfamilies of the LAM family (LAM1, LAM2, LAM3, LAM4, LAM5, LAM6, LAM9), the subfamilies T e T1, S, X1 e H3, one orphan isolate and unknown signatures. These results showed high similarity among the strains that are circulating in the studied prisons.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:11Z : No. of bitstreams: 1 000850658.pdf: 2276941 bytes, checksum: 13c29afa33557110baf35e9a370a42d4 (MD5) / O município de Rondonópolis, no Mato Grosso é altamente endêmico para a hanseníase, apesar da existência de serviços qualificados para o diagnóstico e acompanhamento dos casos e a implementação da poliquimioterapia. Para resolver este paradoxo, um estudo completo de epidemiologia molecular foi iniciado. Questionários estruturados, incluindo detalhes clínicos, residencial, demográficas e ocupacionais, amostras biópsias de pele e outros exames laboratoriais para diagnóstico foram coletadas para 260 pacientes diagnosticados no período de 2007-2010. Genótipos de Mycobacterium leprae foram determinados pela a análise por STRs e tipagem de SNP utilizando DNA extraído de biópsias de pele antes de iniciar o tratamento. GoogleMaps foi utilizado para localizar os pacientes. A média de idade dos pacientes variou na faixa dos 11 aos 90 anos e incluiu a 137 homens e 123 mulheres. De acordo com a classificação Ridley & Jopling observamos um predomínio das formas TT (39%) e BT (33%), seguido por BB (19%), BL (5%), LL (3%) e I (1%). A cidade é essencialmente urbana, com 200.000 habitantes e os pacientes estavam distribuídos em 106 bairros. Bairros de alta endemicidade englobando bairros vizinhos puderam ser detectados. Das 260 amostras de DNA de biópsias foram analisadas por meio de 17 loci STRs, 15 loci foram polimórficos (2-23 alelos), enquanto que os loci de 6-3A e 21- 3 foram invariáveis. Quando foram analisados os genótipos do SNP observou-se que 77% (n = 200) foram genótipo 3, 16% (n = 41), o genótipo 4, 1,5% (n = 4), o genótipo 1 e 3, 8% (n = 10 ) genótipo 2. Duas amostras (0,76%) para diferenciar o genótipo 1 do 2 na análise de seqüenciamento foi inconclusivo e em outras três amostras (1,15%) não obtivemos amplificação. Por meio da análise filogenética, observou-se uma estrutura populacional composta por alguns subgrupos. Vários isolados tipados por STRs foram encontrados em cada um dos bairros. Diversidade... / The municipality of Rondonópolis, in Mato Grosso is highly endemic for leprosy despite the existence of qualified services for diagnosis and monitoring of cases and the implementation of multidrug therapy. To address this paradox, a comprehensive molecular epidemiology study was initiated. Structured questionnaires including clinical, residential, demographic, and occupational details and skin samples for diagnosis and laboratory tests were collected for 260 patients diagnosed during the period of 2007-2010. Genotypes of Mycobacterium leprae were determined using STR analysis and SNP typing using DNA extracts from skin biopsies taken before starting treatment. GoogleMaps was used to localize patients. The patients ranging in age from 11 to 90 years included 137 males and 123 females. According to the classification of Ridley & Jopling observed a predominance of forms TT (39%) and BT (33%), followed by BB (19%), BL (5%), LL (3%) and I (1%). The city is primarily urban with 200,000 inhabitants and the patients could be assigned to 106 smaller units (villages). Neighborhoods of high endemicity encompassing adjoining villages could be detected. Of the 260 biopsy DNA samples analyzed across 17 STR loci, 15 loci were polymorphic (2-23 alleles), while the loci 6-3a and 21-3 were not. When we analyzed the genotypes of the SNP we observed that 77% (n = 200) were genotype 3: 16% (n = 41) genotype 4, 1.5% (n = 4) genotype 1 and 3, 8% (n = 10) 2 genotype. Two samples (0.76%) to differentiate genotype 1 and 2 the sequencing analysis was inconclusive and the other three samples (1.15%) did not amplification. Through phylogenetic analysis, we observed a particular population structure composed of some subgroups. Multiple STR strain types are found in each of the neighborhoods. Genetic diversity within and among the neighborhoods does not reveal a distinct population structure. Spatial clustering of patients is likely a consequence of socio-economic ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31Bitstream added on 2014-08-13T18:00:28Z : No. of bitstreams: 1 000758953.pdf: 1477838 bytes, checksum: b25f4a08fc9429595418b213fa4fb165 (MD5) / Infecções da Corrente Sanguínea Relacionadas a Cateter (ICSRC) têm se tornado a principal causa de infecção sanguínea associada à assistência a saúde e são associadas com substancial morbidade, mortalidade e excesso de custos ao hospital. Essas infecções incluem colonização do dispositivo pelos microrganismos, infecção no local de saída e uma infecção da corrente sanguínea microbiologicamente confirmada relacionada ao dispositivo. A cultura semiquantitativa é baseada no rolamento de segmento da ponta de cateter em placa contendo ágar-sangue, determinando a presença de bactérias na superfície externa do cateter e crescimento igual ou superior a 15 UFC é um indicativo de infecção. No método quantitativo descrito passa-se 1 mL de água destilada estéril pelo lúmen do cateter, agita-se e semeia-se em ágar sangue por 5 dias, considera-se significativo o crescimento maior ou igual que 103 UFC/mL, recuperando micro-organismos da superfície interna e externa do cateter. Nesse estudo, foram analisadas 584 pontas de cateter de 399 pacientes de Novembro de 2005 a Junho de 2012. As sensibilidades das técnicas semiquantitativa e quantitativa foram 72,7% e 59,3%, respectivamente, com especificidades de 95,7% e 94,4%, respectivamente. O diagnóstico de ICSRC a partir da similaridade dos isolados das pontas de cateteres e da hemocultura pela técnica genotípica PFGE revelou sensibilidade de 82,6% e especificidade de 100%. Os ECN foram os micro-organismos mais isolados. Sendo a espécie S. epidermidis a prevalente (61,0%), seguida por S. haemolyticus (13,0%), leveduras (8,7%), K. pneumoniae (8,7%), S. aureus (4,3%) e E. coli (4,3%). A resistência à Oxacilina foi encontrada em 90,9% dos ECN isolados dos casos de ICSRC, o SCCmec tipo III foi encontrado em 55,0%, o operon icaABCD em 59,0%. A CIM dos ECN para Oxacilina foi ≥0,5μg/mL para todos os isolados com exceção de um e para Vancomicina ≤4μg/mL para ... / Catheter-related bloodstream infections (CR-BSIs) have become the most common cause of healthcare-associated bloodstream infection and are associated with substantial morbidity and mortality and excess hospital costs. These infections include device colonization by microorganisms, exit site infection, and microbiologically confirmed device-related bloodstream infection. Semi-quantitative culture is used to determine the presence of microorganisms on the outer surface of the catheter, whereas quantitative culture also isolates microorganisms present inside the catheter. The objectives of this study were to compare the semi-quantitative and quantitative techniques for the diagnosis of CR-BSIs in newborns hospitalized in the neonatal ICU of HC-FMB, and to determine the incidence density and risk factors for these infections. In this study, 584 catheter tips from 399 patients seen between November 2005 and June 2012 were analyzed. The incidence density of CR-BSI varied according to newborn weight, with an incidence of 3.44/1000 catheter days in newborns <1,000 g and of 2.83/1000 catheter days in newborns >2,501 g. The sensitivity of the semi-quantitative and quantitative techniques was 72.7% and 59.3%, respectively, and specificity was 95.7% and 94.4%. The diagnosis of CR-BSI based on PFGE analysis of similarity between strains isolated from catheter tips and blood cultures showed 82.6% sensitivity and 100% specificity. Coagulase-negative staphylococci (CoNS) were the most frequently isolated microorganisms (75.9%), including S. epidermidis as the most prevalent species (65.5%), followed by S. haemolyticus (10.3%), yeasts (10.3%), K. pneumoniae (6.9%), S. aureus (3.4%), and E. coli (3.4%). Oxacillin resistance was observed in 90.9% of the CoNS isolated from cases of CR-BSI. SCCmec type III was detected in 55% of the isolates and the icaABCD operon in 59%. The oxacillin MIC was ≥0.5 μg/mL for most strains and the vancomycin MIC was ...

Orientador: Clarice QueicoFujimura Leite / Banca: Fernando Rogerio Pavan / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Regiane Prisicila Ratti Sartori / Banca: Carlos Eduardo Mendes D'Angelis / Resumo: A tuberculose (TB) é uma doença infecciosa crônica causada principalmente pelo bacilo aeróbico Mycobacterium tuberculosis. Ela provoca problemas de saúde entre milhões de pessoas a cada ano, sendo classificada como a segunda causa de morte por uma doença infecciosa em todo o mundo. Assim, o objetivo desse estudo foi analisar a epidemiologia clássica e molecular da tuberculose pulmonar, em pacientes do Norte de Minas Gerais. Foi realizado um levantamento epidemiológico, de caráter observacional, longitudinal, retrospectivo e de delineamento quantitativo. A população foi composta por pacientes com suspeita de TB pulmonar, residentes na Região Norte de Minas Gerais, atendidos no Hospital Universitário Clemente de Faria (HUCF) da Universidade Estadual de Montes Claros (UNIMONTES), no período de janeiro de 2011 a dezembro 2012. As amostras clínicas (escarro ou lavado broncoalveolar) destes pacientes foram analisadas, através da técnica de Ziehl- Neelsen e da cultura pela método de Ogawa-Kudoh. Os isolados clínicos obtidos foram submetidos a identificação molecular, a genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping, RDRio, ERIC-PCR e MIRU-VNTR e ao teste de susceptibilidade a fármacos. A correlação epidemiológica clássica e molecular foi realizada através dos dados da genotipagem e dos dados epidemiológicos clássicos. Dos 345 pacientes avaliados, 33 (9,6%) apresentavam a doença, sendo 69,7% residentes em Montes Claros e 30,3% em outras cidades do Norte de Minas Gerais. Houve predomínio da TB em indivíduos do sexo masculino (75,8%), da etnia parda (60,6%), de baixa escolaridade (42,4%) e em idade economicamente ativa (78,9%). A maior parte dos casos eram novos (69,7%) e a baciloscopia foi positiva em 75,8% dos pacientes. A taxa de cura foi baixa (30,3%) e a de transferência elevada (30,3%). Os agravos mais evidentes continuam sendo, a co-infecção TB/HIV (6,1%) e o alcoolismo (24,25%). A análise dos 33 isolados clínicos ... / Abstract: Tuberculosis is a chronic infectious disease caused by the bacillus aerobic Mycobacterium tuberculosis. It causes health problems among millions of people each year, being ranked as the second leading cause of death from infectious disease worldwide. Thus, the aim of this study was to analyze the epidemiology of classical and molecular pulmonary tuberculosis in patients in North of Minas Gerais. We conducted an epidemiological study, an observational, longitudinal, retrospective and quantitative design. The population consisted of patients with suspected pulmonary TB, residents in the north of Minas Gerais patients at the University Hospital Clemente de Faria (HUCF), State University of Montes Claros (UNIMONTES), from January 2011 to December 2012. The clinical samples (sputum or bronchoalveolar lavage) of these patients were analyzed by Ziehl-Neelsen staining and culture by the method of Ogawa-Kudoh. Clinical isolates were subjected to molecular identification, genotyping by Spoligotyping techniques, RDRio, ERIC-PCR and MIRU-VNTR and drug susceptibility testing. The classical and molecular epidemiological correlation was performed using data from genotyping and classical epidemiological data. Of the 345 patients evaluated, 33 (9.6%) had the disease, with 69.7 % living in Montes Claros and 30.3 % in other cities in northern Minas Gerais. There was a prevalence of TB in males (75.8%), of mulattoes (60.6%), low education (42.4 %) and working age (78.9%) . The majority of new cases were (69.7%) and the smear was positive in 75.8 % of patients. The cure rate was low (30.3%) and high transfer (30.3 %). The most obvious grievances remain, the co -infection TB / HIV (6.1%) and alcoholism (24.25%) . Analysis of 33 clinical isolates by Spoligotyping allowed the identification of 22 different genetic profiles (66.7% genetic diversity). Among the genetic profiles found 15 (45.5%) LAM, 04 (18.2 %) belong to T family, 01 families (3.0%) to Haarlen ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-12Bitstream added on 2014-06-13T20:16:31Z : No. of bitstreams: 1 santos_acb_me_arafcf.pdf: 1062496 bytes, checksum: a09e7992584bf97941de7846807aaf60 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose permitindo comparação entre linhagens de Mycobacterium tuberculosis e rastreamento da movimentação de linhagens individuais. O presente projeto teve como objetivo utilizar as técnicas de epidemiologia molecular (MIRU) para tentar compreender um pouco mais sobre o fenômeno da transmissão da tuberculose entre os pacientes portadores de tuberculose pulmonar numa pequena cidade de interior paulista , atendidos no Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA - ambulatório de referencia no diagnostico e tratamento de tuberculose) na cidade de Araraquara. Do total de 163 culturas positivas recebidas, a técnica de MIRU foi realizada em 74, 2% (121/163) dos isolados provenientes de pacientes atendidos pelo SESA no período de 2002 à 2006. Foram ainda identificados 5 isolados de micobactérias ambientais (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus e M. xenopi) e 4 micobactérias não identificadas. Dos 121 isolados submetidos a genotipagem, seis não apresentaram todos os alelos dentre os 12 locci de MIRU. Dos 115 isolados submetidos ao dendrograma, 29 (25,2%) agruparam-se em 13 grupos clonais com similaridade de 100%, sendo 10 grupos de dois isolados cada (125 e 168; 153 e 253; 95 e 97; 91 e 99; 92 e 266; 217 e 228; 27 e 117; 260 e 257; 105 e 107; 106 e 220) e 3 contendo 3 isolados cada (150, 157 e 283; 137, 147 e 155; 224, 271 e 286). Os demais 86 isolados (74,8%) apresentaram perfil genético único. Dos 29 pacientes agrupados, apenas 10 (34,4%) eram do sexo feminino e 19 (65,6%) do sexo masculino. Com exceção de um paciente, os demais 28 (96,5%) foram tratados com o esquema I obtendo-se alta por cura em 82,8% dos casos. Apenas um caso de co-infecção HIV/TB foi verificado entre os pacientes em grupos genéticos formados... / The molecular epidemiology study using different techniques revolutionized the understanding of the epidemiology of tuberculosis allowing comparison between strains of Mycobacterium tuberculosis and tracking the movements of individual lines. This project aimed to use the techniques of molecular epidemiology (MIRU) trying to understand more about the phenomenon of transmission of tuberculosis among patients with pulmonary tuberculosis in a small city of São Paulo, attended the Special Health Service of Araraquara (SESA - clinic of reference in the diagnosis and treatment of tuberculosis) in the city of Araraquara. From total 163 positive cultures received, the MIRU technique was performed in 74,2% (121/163) of the isolates from patients attended by SESA in the period from 2002 to 2006. 5 isolates were also identified as environmental mycobacteria (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus and M. xenopi) and 4 unidentified mycobacteria. From the 121 isolates submitted to genotyping, six did not present all alleles among the 12 loci of MIRU. From the 115 isolates submitted to the dendrogram, 29 (25,2%) are grouped into 13 clonal groups with similarity of 100%. 10 groups with two isolates each (125 and 168, 153 and 253, 95 and 97, 91 and 99 ; 92 and 266, 217 and 228, 27 and 117, 260 and 257, 105 and 107, 106 and 220) and 3 groups containing 3 isolates each (150, 157 and 283, 137, 147 and 155, 224, 271 and 286) . The others 86 isolates (74,8%) had a single genetic profile. About the group of 29 patients, only 10 (34,4%) were female and 19 (65,6%) males. Except for one patient, the other 28 (96,5%) were treated with the schedule I having cure in 82,8% of the cases. Only one case of co-infected HIV / TB was found among patients in genetic groups formed, while 31% (9 / 29) were drinkers, except the patients with this data ignored. The 19 male patients grouped genetically, 21% (4 / 19)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-11Bitstream added on 2014-06-13T18:56:00Z : No. of bitstreams: 1 mendes_nh_me_arafcf.pdf: 650825 bytes, checksum: 5f25430d19f2f2c2a96d1d63836fe97c (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... / The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world’s data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose permitindo comparação entre linhagens de Mycobacterium tuberculosis e rastreamento da movimentação de linhagens individuais. O presente projeto teve como objetivo utilizar as técnicas de epidemiologia molecular (MIRU) para tentar compreender um pouco mais sobre o fenômeno da transmissão da tuberculose entre os pacientes portadores de tuberculose pulmonar numa pequena cidade de interior paulista , atendidos no Serviço Especial de Saúde de Araraquara (SESA - ambulatório de referencia no diagnostico e tratamento de tuberculose) na cidade de Araraquara. Do total de 163 culturas positivas recebidas, a técnica de MIRU foi realizada em 74, 2% (121/163) dos isolados provenientes de pacientes atendidos pelo SESA no período de 2002 à 2006. Foram ainda identificados 5 isolados de micobactérias ambientais (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus e M. xenopi) e 4 micobactérias não identificadas. Dos 121 isolados submetidos a genotipagem, seis não apresentaram todos os alelos dentre os 12 locci de MIRU. Dos 115 isolados submetidos ao dendrograma, 29 (25,2%) agruparam-se em 13 grupos clonais com similaridade de 100%, sendo 10 grupos de dois isolados cada (125 e 168; 153 e 253; 95 e 97; 91 e 99; 92 e 266; 217 e 228; 27 e 117; 260 e 257; 105 e 107; 106 e 220) e 3 contendo 3 isolados cada (150, 157 e 283; 137, 147 e 155; 224, 271 e 286). Os demais 86 isolados (74,8%) apresentaram perfil genético único. Dos 29 pacientes agrupados, apenas 10 (34,4%) eram do sexo feminino e 19 (65,6%) do sexo masculino. Com exceção de um paciente, os demais 28 (96,5%) foram tratados com o esquema I obtendo-se alta por cura em 82,8% dos casos. Apenas um caso de co-infecção HIV/TB foi verificado entre os pacientes em grupos genéticos formados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques revolutionized the understanding of the epidemiology of tuberculosis allowing comparison between strains of Mycobacterium tuberculosis and tracking the movements of individual lines. This project aimed to use the techniques of molecular epidemiology (MIRU) trying to understand more about the phenomenon of transmission of tuberculosis among patients with pulmonary tuberculosis in a small city of São Paulo, attended the Special Health Service of Araraquara (SESA - clinic of reference in the diagnosis and treatment of tuberculosis) in the city of Araraquara. From total 163 positive cultures received, the MIRU technique was performed in 74,2% (121/163) of the isolates from patients attended by SESA in the period from 2002 to 2006. 5 isolates were also identified as environmental mycobacteria (M. avium, M. gordonae, M. genevense, M.abcessus and M. xenopi) and 4 unidentified mycobacteria. From the 121 isolates submitted to genotyping, six did not present all alleles among the 12 loci of MIRU. From the 115 isolates submitted to the dendrogram, 29 (25,2%) are grouped into 13 clonal groups with similarity of 100%. 10 groups with two isolates each (125 and 168, 153 and 253, 95 and 97, 91 and 99 ; 92 and 266, 217 and 228, 27 and 117, 260 and 257, 105 and 107, 106 and 220) and 3 groups containing 3 isolates each (150, 157 and 283, 137, 147 and 155, 224, 271 and 286) . The others 86 isolates (74,8%) had a single genetic profile. About the group of 29 patients, only 10 (34,4%) were female and 19 (65,6%) males. Except for one patient, the other 28 (96,5%) were treated with the schedule I having cure in 82,8% of the cases. Only one case of co-infected HIV / TB was found among patients in genetic groups formed, while 31% (9 / 29) were drinkers, except the patients with this data ignored. The 19 male patients grouped genetically, 21% (4 / 19)... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Coorientador: José Rodrigo Cláudio Pandolfi / Banca: Rosilene Fressati Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Mestre

Orientador: Maria da Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Coorientador: / Banca: Carlos Magno C. B. Fortaleza / Banca: Lígia Maria Suppo de Souza Rugolo / Resumo: Infecções da Corrente Sanguínea Relacionadas a Cateter (ICSRC) têm se tornado a principal causa de infecção sanguínea associada à assistência a saúde e são associadas com substancial morbidade, mortalidade e excesso de custos ao hospital. Essas infecções incluem colonização do dispositivo pelos microrganismos, infecção no local de saída e uma infecção da corrente sanguínea microbiologicamente confirmada relacionada ao dispositivo. A cultura semiquantitativa é baseada no rolamento de segmento da ponta de cateter em placa contendo ágar-sangue, determinando a presença de bactérias na superfície externa do cateter e crescimento igual ou superior a 15 UFC é um indicativo de infecção. No método quantitativo descrito passa-se 1 mL de água destilada estéril pelo lúmen do cateter, agita-se e semeia-se em ágar sangue por 5 dias, considera-se significativo o crescimento maior ou igual que 103 UFC/mL, recuperando micro-organismos da superfície interna e externa do cateter. Nesse estudo, foram analisadas 584 pontas de cateter de 399 pacientes de Novembro de 2005 a Junho de 2012. As sensibilidades das técnicas semiquantitativa e quantitativa foram 72,7% e 59,3%, respectivamente, com especificidades de 95,7% e 94,4%, respectivamente. O diagnóstico de ICSRC a partir da similaridade dos isolados das pontas de cateteres e da hemocultura pela técnica genotípica PFGE revelou sensibilidade de 82,6% e especificidade de 100%. Os ECN foram os micro-organismos mais isolados. Sendo a espécie S. epidermidis a prevalente (61,0%), seguida por S. haemolyticus (13,0%), leveduras (8,7%), K. pneumoniae (8,7%), S. aureus (4,3%) e E. coli (4,3%). A resistência à Oxacilina foi encontrada em 90,9% dos ECN isolados dos casos de ICSRC, o SCCmec tipo III foi encontrado em 55,0%, o operon icaABCD em 59,0%. A CIM dos ECN para Oxacilina foi ≥0,5μg/mL para todos os isolados com exceção de um e para Vancomicina ≤4μg/mL para ... / Abstract: Catheter-related bloodstream infections (CR-BSIs) have become the most common cause of healthcare-associated bloodstream infection and are associated with substantial morbidity and mortality and excess hospital costs. These infections include device colonization by microorganisms, exit site infection, and microbiologically confirmed device-related bloodstream infection. Semi-quantitative culture is used to determine the presence of microorganisms on the outer surface of the catheter, whereas quantitative culture also isolates microorganisms present inside the catheter. The objectives of this study were to compare the semi-quantitative and quantitative techniques for the diagnosis of CR-BSIs in newborns hospitalized in the neonatal ICU of HC-FMB, and to determine the incidence density and risk factors for these infections. In this study, 584 catheter tips from 399 patients seen between November 2005 and June 2012 were analyzed. The incidence density of CR-BSI varied according to newborn weight, with an incidence of 3.44/1000 catheter days in newborns <1,000 g and of 2.83/1000 catheter days in newborns >2,501 g. The sensitivity of the semi-quantitative and quantitative techniques was 72.7% and 59.3%, respectively, and specificity was 95.7% and 94.4%. The diagnosis of CR-BSI based on PFGE analysis of similarity between strains isolated from catheter tips and blood cultures showed 82.6% sensitivity and 100% specificity. Coagulase-negative staphylococci (CoNS) were the most frequently isolated microorganisms (75.9%), including S. epidermidis as the most prevalent species (65.5%), followed by S. haemolyticus (10.3%), yeasts (10.3%), K. pneumoniae (6.9%), S. aureus (3.4%), and E. coli (3.4%). Oxacillin resistance was observed in 90.9% of the CoNS isolated from cases of CR-BSI. SCCmec type III was detected in 55% of the isolates and the icaABCD operon in 59%. The oxacillin MIC was ≥0.5 μg/mL for most strains and the vancomycin MIC was ... / Mestre

Uma parcela significativa dos casos de câncer de mama e ovário é consequência de variantes patogênicas germinativas em genes de alta e moderada penetrância, e o diagnóstico molecular é fundamental para definir o manejo adequado dos pacientes e suas famílias. Variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2 (BRCA) são a causa mais comum da síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC), embora outros genes também possam estar envolvidos neste fenótipo. No Brasil, o acesso ao teste genético ainda é muito limitado, e o espectro mutacional de genes relacionados à HBOC é pouco conhecido. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil clínico, as alterações moleculares e somáticas em indivíduos com síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama e/ou ovário no Brasil. Inicialmente, avaliamos a utilidade clínica de um painel de baixo custo para genotipagem de variantes patogênicas hispânicas recorrentes em BRCA (HISPANEL), visando superar uma das principais limitações de acesso ao teste: o custo. Embora seja eficaz em outras populações da América Latina, o painel avaliado apresentou uma baixa capacidade de detecção na nossa população. Apesar de não ser efetivo em seu formato atual, o HISPANEL poderia ser customizado com as variantes patogênicas mais frequentes no Brasil. Assim, buscando identificar estas alterações e caracterizar o perfil mutacional de BRCA no Brasil, realizamos uma compilação de 649 mutações reportadas em 11 estados brasileiros. No entanto, os resultados deste trabalho mostraram que são poucas as mutações recorrentes e/ou fundadoras presentes na nossa população. Em um próximo passo, mostramos que a mutação fundadora portuguesa BRCA2 c.156_157insAlu está presente em 0,65% dos 1.380 probandos testados (com critérios HBOC) não sendo, portanto, tão frequente no Brasil quanto em Portugal. No entanto, ela é a terceira mutação mais frequente de BRCA2 na nossa população, e tem sido negligenciada no diagnóstico molecular de HBOC. Assim, estes dados ressaltam a importância de sua inclusão nos testes de rotina para este gene. Em um grupo de famílias HBOC do Rio Grande do Sul, caracterizamos o perfil e a prevalência de mutações em BRCA, e avaliamos a sensibilidade dos 12 critérios de testagem empregados atualmente. Ao todo, 19,1% de todos os 418 probandos com critérios HBOC apresentavam mutações em BRCA, enquanto 5,7% dos casos possuíam ao menos uma variante de significado incerto (VUS). Além disso, este trabalho demonstrou a importância do detalhamento da história familiar e revelou um subgrupo de critérios com maior chance de identificar uma mutação patogênica em BRCA. Em um contexto de recursos limitados, estes critérios podem ser utilizados como uma ferramenta para priorizar a testagem de indivíduos com maior risco. Através da análise dos dados de painéis multigênicos testados por sequenciamento de nova geração, avaliamos a contribuição de outros genes no fenótipo HBOC, além de BRCA. Entre os 358 probandos com critérios HBOC testados, 18,2% apresentavam uma variante patogênica em genes de alto e moderado risco, incluindo BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 e MUTYH. Embora essa abordagem apresente algumas desvantagens, como o alto número de VUS (identificadas em 35,5% dos probandos), a utilização de painéis multigênicos permite a identificação de mutações em genes não-BRCA, beneficiando assim um número maior de pacientes. O papel destes e outros genes, envolvidos no fenótipo HBOC através de sua atuação no reparo de quebras bifilamentares no DNA por recombinação homóloga, foi detalhado em um artigo de revisão. Finalmente, realizamos um estudo inédito com o objetivo de caracterizar o perfil de alterações somáticas de tumores de mama diagnosticados em pacientes com síndrome de Li-Fraumeni, isto é, portadores de mutações germinativas em TP53. Este trabalho mostrou que estes tumores apresentam poucas mutações recorrentes, e uma carga mutacional alta, em comparação com tumores de mama esporádicos. Além disso, os tumores de mama relacionados à mutações germinativas em TP53 possuem uma contribuição significativa da assinatura 3 (típica de tumores relacionados à perda de função em BRCA1 e BRCA2), além de assinaturas mutacionais nunca descritas em tumores de mama esporádicos. Juntos, esses resultados sugerem que tumores de mama de pacientes com mutações germinativas em TP53 podem ser deficientes na via de recombinação homóloga. / An important fraction of all breast and ovarian cancers can be attributed to germline mutations in high and moderate penetrance cancer genes, and the identification of such mutations is essential to define the management and genetic counseling of these patients and their families. Germline mutations in BRCA1 and BRCA2 (BRCA) are the most common cause of hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC), but mutations in other genes can also be associated with this phenotype. In Brazil, there is very limited access to genetic testing, and the mutational profile of HBOC-related genes is largely unknown. Thus, in this work we aimed to characterize the clinical profile, the germline and somatic mutations in individuals at-risk for hereditary breast and/or ovarian cancer predisposition in Brazil. We evaluate the clinical utility of a low-cost panel designed to genotype BRCA1 and BRCA2 recurrent Hispanic mutations (HISPANEL). Although this is a sensitive tool in other Latin-American populations, the HISPANEL had a low mutation detection-rate among our cohort, precluding its use as a screening tool in its current composition. This panel, however, could be customized to include recurrent Brazilian mutations which would likely increase its sensitivity. Thus, we next sought to identify recurrent and/or founder mutations, and characterized the mutational landscape of BRCA variants in Brazil. We compiled data from 649 BRCA mutations reported in patients from 11 Brazilian States, and these results showed a highly heterogeneous profile, and only few recurrent mutations. Next, we screened 1,380 HBOC probands for the Portuguese founder mutation BRCA2 c.156_157insAlu, and found a mutational prevalence of 0.65%, far less than observed in Portugal. Despite its overall low frequency, this is the third most frequent BRCA2 mutation in Brazil, and it has been neglected in the molecular testing of HBOC, since a specific protocol is required for its detection. This data highlights the importance of including specific testing for this mutation in routine HBOC testing in Brazil. The characterization of the BRCA molecular profile of probands from Southern Brazil showed a prevalence of pathogenic mutations variants of 14 uncertain significance (VUS) of 19.1% and 5.7% of 418 tested HBOC probands, respectively. We also characterize the clinical profile of this cohort, and the evaluation of international testing criteria revealed a set of high-sensitivity criteria, which enables the prioritization of high-risk individuals as a first step towards offering testing in a scenario of limited resources. Aiming to access the contribution of germline mutations in cancer predisposing genes to the HBOC phenotype, we evaluated multigene panel sequencing results from 358 probands. Among them, 18.2% carried a pathogenic germline mutation in high and moderate risk genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 and MUTYH. Although this approach has some caveats, such as the high number of VUS (reported in 35.5% of all probands), the use of multigene panels allows the identification of mutations in several non-BRCA genes, and may benefit a large number of patients. Finally, considering the paucity of information about breast cancers arising in carriers of TP53 germline mutations (i.e. Li-Fraumeni syndrome patients), we sought to define the repertoire of somatic genetic alterations and the mutational signatures underpinning these tumors. The analyses revealed that these breast tumors harbored only few recurrent mutations, and present an increased burden of somatic mutations and copy number alterations. Interestingly, most tumors had a significant contribution of Signature 3, and many had a high large-scale transitions score. Breast cancers from germline TP53 mutation carriers might have an impairment in the homologous recombination repair pathway.