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Modélisation de données de surveillance épidémiologique de la faune sauvage en vue de la détection de problèmes sanitaires inhabituels / Modelling of epidemiological surveillance data from wildlife for the detection of unusual health events

Petit, Eva 09 February 2011 (has links)
Des études récentes ont montré que parmi les infections émergentes chez l'homme, env. 40% étaient des zoonoses liées à la faune sauvage. La surveillance sanitaire de ces animaux devrait contribuer à améliorer la protection de leur santé et aussi celle des animaux domestiques et des hommes. Notre objectif était de développer des outils de détection de problèmes sanitaires inhabituels dans la faune sauvage, en adoptant une approche syndromique, utilisée en santé humaine, avec des profils pathologiques comme indicateurs de santé non spécifiques. Un réseau national de surveillance des causes de mortalité dans la faune sauvage, appelé SAGIR, a fourni les données. Entre 1986 et 2007, plus de 50.000 cas ont été enregistrés, représentant 244 espèces de mammifères terrestres et d'oiseaux, et attribués à 220 différentes causes de mort. Le réseau a d'abord été évalué pour sa capacité à détecter précocement des événements inhabituels. Des classes syndromiques ont ensuite été définies par une typologie statistique des lésions observées sur les cadavres. Les séries temporelles des syndromes ont été analysées en utilisant deux méthodes complémentaires de détection : un algorithme robuste développé par Farrington et un modèle linéaire généralisé avec des termes périodiques. Les tendances séculaires de ces syndromes et des signaux correspondent a des excès de cas ont été identifiés. Les signalements de problèmes de mortalité inhabituelle dans le bulletin du réseau ont été utilisés pour interpréter ces signaux. L'étude analyse la pertinence de l'utilisation de la surveillance syndromique sur ce type de données et donne des éléments pour des améliorations futures. / Recent studies have shown that amongst emerging infectious disease events in humans, about 40% were zoonoses linked to wildlife. Disease surveillance of wildlife should help to improve health protection of these animals and also of domestic animals and humans that are exposed to these pathogenic agents. Our aim was to develop tools capable of detecting unusual disease events in free ranging wildlife, by adopting a syndromic approach, as it is used for human health surveillance, with pathological profiles as early unspecific health indicators. We used the information registered by a national network monitoring causes of death in wildlife in France since 1986, called SAGIR. More than 50.000 cases of mortality in wildlife were recorded up to 2007, representing 244 species of terrestrial mammals and birds, and were attributed to 220 different causes of death. The network was first evaluated for its capacity to detect early unusual events. Syndromic classes were then defined by a statistical typology of the lesions observed on the carcasses. Syndrome time series were analyzed, using two complimentary methods of detection, one robust detection algorithm developed by Farrington and another generalized linear model with periodic terms. Historical trends of occurrence of these syndromes and greater-than-expected counts (signals) were identified. Reporting of unusual mortality events in the network bulletin was used to interpret these signals. The study analyses the relevance of the use of syndromic surveillance on this type of data and gives elements for future improvements.
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La chasse commerciale en Afrique centrale : une menace pour la biodiversité ou une activité économique durable ? : Le cas de la république centrafricaine

Fargeot, Christian 17 December 2013 (has links) (PDF)
En Afrique centrale, la chasse commerciale contribue fortement au ravitaillement en protéines des ménages en milieu villageois comme en milieu urbain. Elle est accusée de surexploiter la ressource faune, d'avoir un impact très négatif sur la biodiversité animale et sur la régénération forestière et de faire naître des risques importants de développement de maladies émergentes. A partir du cas centrafricain, nous voulons montrer que : la chasse commerciale s'inscrit dans une histoire longue, qui débute avec la colonisation européenne et se poursuit sans rupture, mais avec des acteurs différents, jusqu'à nos jours ; les prélèvements portent principalement sur la faune petite et moyenne qui présente une dynamique naturelle de reproduction très forte et qui supporte bien des pressions de chasse élevées ; la venaison, surtout la viande boucanée, joue un rôle important pour la sécurité alimentaire des ruraux et des urbains les plus pauvres ; la distribution de ce produit vivrier fait intervenir différents acteurs de l'économie informelle ; la filière est illégale, mais jamais criminelle ; la viande de chasse n'est pas en accès libre, mais la filière est fortement régulée par des contraintes sociales, économiques, géographiques et techniques. A partir de ces constats, nous proposons une nouvelle approche politique de la gestion de la faune en Afrique centrale, privilégiant une gestion adaptative de la faune commune sur la base des territoires villageois, recentrant l'Etat sur ses fonctions régaliennes d'organisation de la sécurité alimentaire globale de la population et réorientant la recherche vers la biologie de la petite faune et l'appui technique aux collectivités locales.
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La chasse commerciale en Afrique centrale : une menace pour la biodiversité ou une activité économique durable ? : Le cas de la république centrafricaine / Commercial hunting in Central Africa : a threat for the biodiversity or a sustainable economic activity ? : The case of Central African Republic

Fargeot, Christian 17 December 2013 (has links)
En Afrique centrale, la chasse commerciale contribue fortement au ravitaillement en protéines des ménages en milieu villageois comme en milieu urbain. Elle est accusée de surexploiter la ressource faune, d’avoir un impact très négatif sur la biodiversité animale et sur la régénération forestière et de faire naître des risques importants de développement de maladies émergentes. A partir du cas centrafricain, nous voulons montrer que : la chasse commerciale s’inscrit dans une histoire longue, qui débute avec la colonisation européenne et se poursuit sans rupture, mais avec des acteurs différents, jusqu’à nos jours ; les prélèvements portent principalement sur la faune petite et moyenne qui présente une dynamique naturelle de reproduction très forte et qui supporte bien des pressions de chasse élevées ; la venaison, surtout la viande boucanée, joue un rôle important pour la sécurité alimentaire des ruraux et des urbains les plus pauvres ; la distribution de ce produit vivrier fait intervenir différents acteurs de l’économie informelle ; la filière est illégale, mais jamais criminelle ; la viande de chasse n’est pas en accès libre, mais la filière est fortement régulée par des contraintes sociales, économiques, géographiques et techniques. A partir de ces constats, nous proposons une nouvelle approche politique de la gestion de la faune en Afrique centrale, privilégiant une gestion adaptative de la faune commune sur la base des territoires villageois, recentrant l’Etat sur ses fonctions régaliennes d’organisation de la sécurité alimentaire globale de la population et réorientant la recherche vers la biologie de la petite faune et l’appui technique aux collectivités locales. / In central Africa, commercial hunting strongly contributes to the protein supply of rural and urban households. It is accused of wildlife resources overexploitation, with very negative impacts on animal biodiversity and forest regeneration and with important risks of emergent diseases development. From the Central African Republic case, we want to show that: commercial hunting has a long history, which begins with European colonization and goes on until today, without breaking, but with different actors ; takings mainly focuse small and medium wildlife which naturally has very strong dynamics of reproduction and which supports high pressures of hunting; Bushmeat, especially smoked meat, plays an important part for food safety of rural and urban poorest; distribution of this food products involves various actors of informal economy; this sector is illegal, but never criminal; bushmeat is not in open access, but the network is strongly controlled by social, economic, geographical and technical constraints. From these reports, we propose a new policy approach to wildlife management in central Africa, favoring an adaptive management of common fauna based on village territory, focusing State on its kingly functions to organize proteinic food safety for all people and orientating research towards small fauna biology and local communities technical support.
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"Sauvagine" : Hommes et petits carnivores sauvages dits "nuisibles" : Partage des territoires, partage des connaissances

Delfour, Julie 13 September 2011 (has links)
L’avancée des forêts au Moyen Age confinait à une proximité inquiétante avec des animaux sauvages qui échappaient à notre volonté de maîtrise et de contrôle, engendrant d’inévitables conflits de territoire. Ces conflits sont à l’origine du classement de certaines espèces dans la catégorie des « nuisibles ». Les plus étudiés d’entre eux demeurent les grands prédateurs, loup et ours notamment. Les mustélidés (la belette (Mustela nivalis), la fouine (Martes foina), la martre (Martes martes), le putois (Mustela putorius) et le vison d’Amérique (Mustela vison)) ont beau être des prédateurs plus discrets en taille comme en popularité, ils n’en demeurent pas moins étroitement dépendants des « respirations » de l’imaginaire humain. Leurs mœurs nocturnes et leurs comportements furtifs sont le terreau sur lequel poussent et se nourrissent les perceptions humaines. Brossant le portrait de cette insaisissable engeance, regroupée par les piégeurs sous le vocable collectif de « sauvagine », nous engageons une réflexion pluridisciplinaire réconciliant sciences naturelles et humaines et mêlant plusieurs approches capables de s’éclairer et de se répondre : géographie, anthropologie, écologie et symbolisme. L’étude des écrits naturalistes anciens, associée à un travail d’enquête auprès de naturalistes et de piégeurs dans les campagnes de moyenne montagne du sud-ouest du Massif central (Aveyron, Tarn et Tarn-et-Garonne), permet de mieux appréhender l’évolution de la notion d’animal « nuisible » et sa perception par les acteurs de terrain. Éternels « hors-la-loi », les mustélidés déjouent nos tentatives de les cerner, de les identifier et de leur assigner un territoire parfaitement distinct du nôtre. Le partage des territoires échoue, l’homme échouant à tenir ces petits animaux ondoyants en respect, à leur place, de leur côté de la barrière. Les « nuisibles » offrent une illustration exemplaire de l’homme confronté au sauvage et permettent une analyse de l’hésitation permanente entre ordre et désordre, partage et partage, altérité et identité. / The advance of forests in the Middle Ages bordered on a disturbing nearness with wild animals which escaped our will of control, engendering inevitable conflicts of territory. These conflicts are at the origin of the classification of certain animal species in the category of “pests”. The most studied of them remain the big predators, wolf and bear in particular. Mustelids (weasel (Mustela nivalis), stone marten (Martes foina), marten (Martes martes), polecat (Mustela putorius) and American mink (Mustela mink)) may be more discreet predators in size as in popularity, they remain not less strictly dependent on “breaths” of the human imagination there. Their night-customs and their furtive behavior are the compost on which the human perceptions grow and feed. Painting a portrait of this imperceptible scum, grouped by trappers under the collective word of “Sauvagine”, we commit a multidisciplinary reflection reconciling natural and human sciences and mixing several approaches : geography, anthropology, ecology and symbolism.The study of natural histories, associated with investigations with naturalists and with trappers in the countrysides of low mountain range of the southwest of Massif Central (Aveyron, Tarn and Tarn-et-Garonne), allows to comprehend better the evolution of the notion of “pests” and its perception by rural actors. Eternal “outlaws”, weasels frustrate our attempts to encircle them, to identify them and to assign them a territory perfectly different from ours. The sharing of territories fails, the man failing to hold these small undulate animals in respect, on their place, from their part for the barrier. “Pests” offer an exemplary illustration of the man confronted with the savage and allow an analysis of the permanent hesitation between order and disorder, sharing and sharing, otherness and identity.
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Gens, cornes et crocs. Relations hommes-animaux et conceptions du monde, en Vanoise, au moment de l'arrivée des loups

MAUZ, Isabelle 22 January 2002 (has links) (PDF)
Les loups sont arrivés dans les Alpes françaises en 1992 et y ont déclenché une crise, dont <br />cette recherche, d'inspiration notamment phénoménologique, se propose d'identifier les <br />racines. L'hypothèse est formulée que la venue des loups a ébranlé les mondes humains créés <br />au travers des relations des gens aux animaux sauvages. Deux animaux principalement <br />servent à mener l'enquête : le chamois et le bouquetin. Le matériau est constitué par des <br />entretiens réalisés, en Vanoise, auprès de chasseurs, d'éleveurs, de gardes-moniteurs, de <br />naturalistes, et de protecteurs, et par des accompagnements sur le terrain. L'existence de deux <br />mondes est mise en évidence : celui des chasseurs, des éleveurs et des plus âgés des gardes-<br />moniteurs, exigu mais dense, organisé autour de l'opposition entre sauvage et domestique ; <br />celui des gardes-moniteurs récemment recrutés, des naturalistes et des protecteurs, dilaté dans <br />le temps et dans l'espace, organisé autour de l'opposition entre nature et artifice. Par le biais <br />des rapports à l' animal, les personnes enquêtées se forgent dans ces mondes une identité <br />elles se situent dans le temps, par rapport à ce qu' elles ont été et ce qu'ont été leurs <br />prédécesseurs. Elle se situent également par rapport à d'autres dont elles s'estiment proches <br />ou différentes ;les rapports à l' animal contribuent en particulier à la constitution de couples <br />de contraires, tel que profanes et spécialistes, gens d'ici et gens d' ailleurs, anciens et <br />modernes, ou encore hommes et femmes. Jusqu'à présent, ces mondes contrastés s'évitaient et <br />demeuraient partiellement étrangers l'un à l'autre. Lorsque les loups entrent en scène, <br />l'évitement n'est plus possible. Ce qui conférait aux mondes une certaine stabilité est ébranlé :<br />leurs frontières s'estompent, les catégories qui y étaient communément admises sont <br />déconstruites, les incertitudes se généralisent, les savoir-faire cèdent la place à l'improvisation <br />et l'on assiste, en définitive, à un passage des mondes aux réseaux.
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Effets de l'ingestion de plombs de chasse sur le comportement alimentaire et la condition corporelle du canard colvert (Anas platyrhynchos)

Duranel, Arnaud 29 October 1999 (has links) (PDF)
Après avoir fait la synthèse des connaissances sur le saturnisme chez les Anatidés et rappelé l'importance de la compétitivité, notamment en terme de recherche alimentaire et de condition corporelle, pour la survie et le succès reproducteur d'un individu en milieu naturel, l'auteur décrit les effets de l'ingestion d'un faible nombre de plombs de chasse chez le Canard colvert. Il montre que la vitesse d'ingestion de l'aliment est corrélée de façon négative à la plombémie jusqu'à quatre semaines au minimum après ingestion des plombs. A ce stade, la condition corporelle, estimée par un index d'adiposité et un index musculaire, est inversement proportionnelle à plusieurs paramètres toxicologiques témoins de l'intoxication par le plomb (protoporphyrinémie, hématocrite, concentration en plomb dans les tissus). De même, il existe une corrélation entre plusieurs de ces paramètres et la perte de poids maximum relevée au cours de l'évolution de l'intoxication. On peut donc penser que l'ingestion d'un faible nombre de plombs de chasse, à l'origine d'une intoxication sublétale, voire subclinique, a un effet négatif sur l'acquisition et le stockage des réserves énergétiques chez les Anatidés. D'autre part, une régression logistique montre que la protoporphyrinémie deux semaines après l'ingestion des plombs décrit très bien la probabilité de survie des canards. Ainsi, la comparaison des corrélations entre symptômes et indicateurs toxicologiques propose que, dans les conditions de l'expérimentation, la protoporphyrinémie serait mieux adaptée que la plombémie pour dépister le saturnisme.
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Les territoires de l'imprévisible. Conflits, controverses et "vivre ensemble" autour de la gestion de la faune sauvage. Le cas du loup et du sanglier dans les Alpes françaises.

Mounet, Coralie 04 December 2007 (has links) (PDF)
La gestion d'animaux potentiellement "à problème", tels que le loup et le sanglier, est complexe. Il s'agit de maîtriser au mieux des comportements animaux intrinsèquement imprévisibles. Mais en plus, les modalités d'une « bonne gestion » font l'objet de conflits et de controverses, les hommes ne s'accordant pas sur les catégories socio-spatiales dans lesquelles ces animaux doivent être pensés. A la croisée entre aménagement et géographie sociale, cette thèse s'attache à explorer les formes de relations que suscite la gestion du loup ou du sanglier entre territoires politiques, territorialités humaines et spatialités animales. Elle articule outils conceptuels géographiques et sociologiques et approches théoriques de l'aménagement. Une de ses spécificités tient dans sa posture épistémologique, privilégiant un regard symétrique entre acteurs et actants non humains ou profanes et scientifiques. Le déploiement des controverses autour des caractéristiques et des agissements des humains et non-humains met en lumière des « arguments génériques ». Leur trame argumentative montre des similarités dans l'opposition entre partisans et détracteurs de ces animaux. Si de tels arguments apportent des éléments de compréhension des conflits, ils donnent une image trop caricaturale des réactions territoriales face à la gestion de ces animaux. Les innovations socio-spatiales, impulsées par les opérateurs territoriaux "loup" et "sanglier", ne peuvent être mises à jour qu'en procédant à une microgéographie. Des opérateurs spécifiques aux territoires, expliquant le caractère conflictuel ou non des "vivre ensemble", ont alors été identifiés. Des pistes d'opérationnalisation sont enfin proposées.
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Les savoirs écologiques des chasseurs de gibier d'eau girondins : étude de leur validité pour une gestion de l'avifaune des zones humides / The waterfowl hunters of Gironde and their ecological knowledge : a study of their validity to the waterbirds management

Farau, Sébastien 29 February 2016 (has links)
La gestion de la faune sauvage hors des ENP pose en premier lieu la question de la connaissance des milieux qu'elle fréquente et de l'évolution de leur capacité d’accueil. Aboutir à une description détaillée de la répartition qualitative et quantitative des espèces, avec comme seuls collecteurs de données des professionnels formés à ces fins, peut sembler utopique. L’immensité des espaces de la campagne banale combinée à la mobilité des espèces supposent une présence régulière et un relevé assez fréquent d'indices de présence lorsque des suivis sont nécessaires. Si certains chercheurs et gestionnaires n’hésitent désormais plus à utiliser l’écologie participative comme un moyen de collecte de ces données, cette méthode souffre parfois d’un manque de bénévoles, donc d'un défaut d’informations sur certaines parties des maillages qu'il faudrait renseigner. Dans ce contexte, envisager de solliciter ceux qui façonnent ces milieux naturels, donc qui séjournent longuement et utilisent cette nature, semble une alternative plausible pour acquérir des informations et des savoirs nécessaires à la gestion de la faune sauvage. Or, la qualité de ceux-ci est à interroger pour en mesurer la richesse et la fiabilité, et donc les possibilités ou non de les mobiliser dans des processus de suivis ou de gestion. Afin de conduire cette recherche, un objet et un terrain d’étude appropriés étaient nécessaires. Le choix s’est porté sur les savoirs locaux des chasseurs de gibier d’eau des zones humides girondines. La pratique de la chasse de la nuit a été plus particulièrement ciblée, ces adeptes disposant de carnets sur lesquels ils enregistrent parfois depuis longtemps des observations de l’avifaune, et l’activité en elle-même imposant de se tenir dans un poste fixe. Au-delà de leurs observations, des savoirs locaux potentiellement importants ont donc pu être accumulées. Dans les deux cas, l’accès à ces items est complexe et impose de créer une relation de confiance, que nous avons acquise grâce à l’échange d’informations. Il a ainsi été possible de poursuivre notre recherche en nous intéressant à l’aspect « observations » grâce aux carnets, puis à l’aspect « savoirs » en menant des entretiens en situation avec ces locaux. Notre travail interroge d’abord à la nature des informations nécessaires à la gestion de différentes espèces de la faune sauvage, et à la variabilité des moyens qui sont utilisés pour les collecter. La mobilisation de savoirs appartenant parfois à des ruraux amène ensuite à s’interroger sur leur pertinence scientifique. Il apparaît que ces derniers peuvent s’avérer être des contributions probantes qui concourent à une meilleure gestion de la faune sauvage. Ainsi, on montre ensuite en quoi différentes pratiques cynégétiques mobilisent des savoirs qui semblent pouvoir contribuer à la gestion de la faune sauvage. Les caractéristiques de la chasse de nuit au gibier d’eau la rendent plus propice à la collecte d’observations et de savoirs originaux, dont certains pourraient contribuer à la gestion de l’avifaune migratrice. Les zones humides girondines apparaissent alors comme un terrain d’étude approprié. Puis, on regarde de manière détaillée en quoi consiste la pratique de la chasse au gibier, et on montre que ces pratiquants sont susceptibles de collecter des informations originales sur l’avifaune et les milieux humides. La fiabilité des informations collectées et donc la qualité des observateurs pouvant être hétérogènes suivant les affinités de ces pratiquants, les meilleurs d’entre eux doivent être identifiés. On s’attache alors à déceler, en utilisant leurs carnets, les chasseurs qui, parmi la masse de ces individus, s’avèrent être des observateurs fiables. Au-delà, les informations qu’ils ont accumulées sont susceptibles de s’être combinées en savoirs. A travers une série d’entretiens puis d’évaluations, c’est la nature et la richesse de leurs savoirs qu’on interroge, pour identifier les plus experts et compétents d’entre eux. / The wildlife management outside the protected natural area asks the question of knowledge of the environments it attends and the evolution of their capacity. Achieve to a detailed description of the qualitative and quantitative distribution of species, with the only professionals as data collectors trained for these purposes, seems Utopian. The immensity of spaces of trivial campaign combined with the mobility of species involved a regular presence and a fairly common statement for presence indices when monitoring is necessary. While some researchers and managers are now more reluctant to use the participatory ecology as a way of collecting these data, this method can sometimes suffer from a lack of volunteers. A lack of information can exist on some parts that it would inquire. In this context, consider seeking those who shape these natural environments, staying long and using this nature seems a plausible alternative to acquire information and knowledge necessary to wildlife management. But the quality of these collectors is to ask to measure wealth and reliability, and thus the opportunities or not to engage in follow-ups or management process. To conduct this research, an object and a field of appropriate study were required. The choice fell on local knowledge of waterfowl hunters of the Gironde wetlands. The practice of hunting at night was particularly targeted, these enthusiasts have books on which they sometimes long record observations of birds, and the activity itself imposing to stand in a fixed position. Beyond their observations, potentially significant local knowledge could therefore be accumulated. In both cases, access to these items is complex and requires to create a relationship of trust that we have gained through the exchange of information. It was thus possible to continue our research by focusing on the aspect of "observations" through books, and then to the aspect of "knowledge" by conducting interviews with these locals hunters. Our work first examines the nature of the information necessary for the management of different species of wildlife and variability wherewithal that are used to collect. The mobilization of knowledge sometimes belonging to rural then raises questions about their scientific relevance. It appears that these may contribute to better management of wildlife. Thus, we show how various hunting practices mobilize knowledge that appear to contribute to the management of wildlife. The characteristics of the night hunting waterfowl make it more conducive to the collection of observations and original knowledge, some of which could contribute to the management of migratory birds. Wetlands Gironde appear as an appropriate field study. Then, we look in details what constitutes the practice of hunting game, and show that these practitioners are likely to collect original information on birds and wetlands. The reliability of information collected and therefore the quality of the observers may be heterogeneous according to the affinities of these practitioners, the best of them should be identified. The last part then attaches to detect, using their notebooks, hunters who among the mass of these individuals turn out to be reliable observers. In addition, the information they are likely to have accumulated combined knowledge. Through a series of interviews and evaluations, it is the nature and the richness of their knowledge that asks to identify the most expert and competent of them.
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Prévalence de Mycobacterium bovis dans les agroécosystèmes : analyse de réservoirs environnementaux potentiels (sol, eau douce, faune du sol et faune aquatique) et traçage de la circulation de cette bactérie entre les différents compartiments / Prevalence of Mycobacterium bovis in agroecosystems : analysis of potential environmental reservoirs (soil, fresh water, soil fauna and aquatic fauna) and circulation of the bacteria between the different environmental compartments

Barbier, Elodie 30 March 2016 (has links)
La tuberculose bovine est une maladie infectieuse contagieuse causée par Mycobacterium bovis. Cette maladie touche les bovins et de nombreuses espèces de mammifères domestiques et sauvages, ainsi que l’homme. La circulation de la bactérie dans des systèmes multi-hôtes variés favorise l’entretien de la maladie et la contamination des bovins vivant à proximité des animaux sauvages infectés. En marge de la transmission directe de M. bovis par voie respiratoire, la transmission indirecte aux bovins, liée à l’inhalation ou à l’ingestion de matrices environnementales contaminées par un animal infecté excréteur, est suspectée dans plusieurs régions du monde. L’existence de réservoirs environnementaux où le bacille M. bovis est capable de persister, pourrait donc être un facteur important de la réémergence puis du maintien de la maladie dans les systèmes multi-hôtes.En Côte d’Or, département fortement touché par la tuberculose bovine depuis 2004, la transmission indirecte de la bactérie entre la faune sauvage infectée et les bovins est suspectée dans plusieurs élevages. Pour évaluer la présence et la survie de cette bactérie dans l’environnement, nous avons analysé un grand nombre d’échantillons prélevés dans des zones partagées par les bovins et/ou la faune sauvage infectés dans le but de déterminer la distribution environnementale de M. bovis. Pour ce faire, nous avons développé ou modifié des systèmes de détection moléculaire adaptés aux matrices environnementales complexes. Nous avons également évalué l’impact de la température et des propriétés physico-chimiques de deux sols sur la survie de M. bovis, ainsi que le rôle de la mésofaune du sol (lombrics en particulier) dans la dissémination de la bactérie à partir de matière organique contaminée. L’étude environnementale a mis plus particulièrement en évidence la contamination de deux biotopes: les zones humides des pâtures et les sols de terriers de blaireaux. De plus, les études expérimentales ont montré que M. bovis pouvait survivre plusieurs mois dans le sol à 4°C et que les lombrics pouvaient disséminer la bactérie dans le sol, voire jouer un rôle potentiel de vecteur pour les animaux qui les consomment. Ces résultats apportent de nouvelles connaissances sur la persistance et la circulation de M. bovis dans l’environnement en Côte d’Or et permettront de proposer des améliorations aux mesures de biosécurité déjà existantes dans les élevages bovins. / Bovine tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium bovis. This disease affects cattle, and many species of domestic and wild mammals, and humans. The circulation of the bacteria in various multi-host systems promotes the maintenance of the disease and the contamination of cattle in the vicinity. Beside direct transmission of the bacteria through the respiratory route, indirect transmission, through inhalation or ingestion of environmental matrices contaminated by an infected animal excretory, is suspected in several countries. Environmental contamination with M. bovis appears to be a crucial factor in the persistence of the infection in multi-host systems.In Côte d'Or, a French department affected by bovine tuberculosis since 2004, the indirect transmission of the bacteria from infected wildlife to cattle is suspected in several cases. To assess this type of transmission of the bacillus, we evaluated the environmental contamination with M. bovis on a large number of samples taken in areas shared by cattle and / or wildlife infected. For this purpose, we developed or modified molecular detection systems adapted for environmental complex matrices. We also assessed the impact of physicochemical properties of both soil and temperature on survival of M. bovis and the role of earthworms in the spread of the bacteria from contaminated organic material. The environmental study showed the contamination of two media in particular: wetlands pastures and soil badger setts. Moreover, experimental studies have shown that M. bovis can survive in soil for several months at 4 ° C and the worms could spread the bacteria in the soil, or even play a potential role for vector animals that consume them. These results will propose improvements to existing biosecurity measures on cattle farms and provide new knowledge about the persistence and circulation of M. bovis in the environment in Côte d'Or.
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Rôle de la faune sauvage dans le système multi-hôtes de Mycobacterium bovis et risque de transmission entre faune sauvage et bovins : étude expérimentale en Côte d’Or / Role of wildlife in the Mycobacterium bovis multi-host system and risk of transmission between wildlide and cattle : experimental study in Côte d’Or

Payne, Ariane 14 March 2014 (has links)
La tuberculose bovine causée par Mycobacterium bovis (M. bovis) est une zoonose multi-hôtes. Outre les bovins, elle peut être transmise à des populations sauvages variées dont certaines peuvent entretenir l'infection et/ou la retransmettre aux bovins, pouvant empêcher leur assainissement. Les conditions de persistance de M. bovis dans les populations sauvages ont été étudiées dans différentes régions du monde, mettant en lumière des statuts épidémiologiques variables selon les espèces et les contextes géographiques, cynégétiques et zootechniques. Notre objectif était de déterminer le rôle des différentes populations-hôtes sauvages impliquées dans le système multi-hôtes de M. bovis en Côte d'Or où, en plus des bovins, la tuberculose bovine, circule chez le blaireau, le sanglier, le cerf et le renard. Pour cela, nous avons estimé les niveaux d'infection et d'excrétion, les niveaux de densité, et au moyen d'un suivi télémétrique et de dispositif de vidéosurveillance, nous avons estimé les contacts entre les populations sauvages et les bovins. Nos résultats suggèrent que les trois populations ayant le rôle le plus important et aptes à retransmettre l'infection aux bovins sont le blaireau, le sanglier et le cerf, mais d'autres études sont encore nécessaires pour confirmer ces hypothèses et savoir si certaines d'entre elles peuvent entretenir l'infection de façon autonome. Elles pourraient, également, conjointement, constituer une communauté d'hôtes réservoir. Enfin, nos résultats nous ont permis de caractériser le risque de transmission de tuberculose bovine de ces populations sauvages vers les bovins et de proposer des mesures de lutte visant à réduire ce risque / Bovine tuberculosis, caused by Mycobacterium bovis is a multi-host zoonosis. Besides cattle,it can be transmitted to various wild populations and some of them are able to maintain or to spillback the infection to cattle, thus hampering control strategies. The maintenance of M. bovis by wild populations is dependent on species, on geographical configurations, and on hunting and husbandry practices. Our objective was to investigate the role the different wild populations involved in the M. bovis multi-host system of Côte d’Or, where bTB has been reoccuring in cattle since 2002 and has also been found in badgers, wild boar, red deer and foxes. To do so, we have assessed different risk factors. These include infection rate, ability to 10 shed M. bovis, populations densities and level of indirect contact between wild populations and cattle. For the latter factor, we have tracked 11 wild boars and 10 badgers and used remote surveillance in cattle farms. Our results suggest that, in the study site, badgers, wild boar and red deer may be able to spillback the infection to cattle. Nevertheless, further studies are required to confirm these hypotheses and to investigate whether some of these wild populations can act, individually as reservoirs. It might also be the case that, taken jointly, these wild populations could constitute a maintenance community. On the basis of our results, we made recommandations aiming at reducing the risk of spillback transmission

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