Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T18:29:57Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Anderson G. Fontoura.pdf: 22470211 bytes, checksum: 6a7a28be7dd1f16db08371c0f70abfb6 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T18:30:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Anderson G. Fontoura.pdf: 22470211 bytes, checksum: 6a7a28be7dd1f16db08371c0f70abfb6 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T18:30:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Anderson G. Fontoura.pdf: 22470211 bytes, checksum: 6a7a28be7dd1f16db08371c0f70abfb6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T18:30:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Anderson G. Fontoura.pdf: 22470211 bytes, checksum: 6a7a28be7dd1f16db08371c0f70abfb6 (MD5) Previous issue date: 2016-04-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A great number of recent projects have, as their focus, the preservation of fauna and flora through monitoring and research centered on regions with very heterogenic ecosystems, such as the Amazon Rain Forest. In fact, research projects based on animal monitoring are carried out in various parts of the world. The main problem of this type of monitoring lies on the cataloguing aspect that is still completed manually, consuming precious time of the researchers which could be better used in truly achieving the objectives of the research. As an example, in Australia, the lack of monitoring in several species of felines, especially domestic cats, is a concern of scientists because of questionable decisions made by governments that consider these animals as pests and treat them as a menace for environment balance. In Brazil, similar researches are conducted in order to maintain conservation of wild cats, such as jaguars. In this context, the objective of this work is to collaborate in this area with the study of pattern recognition and digital image processing in order to build a more effective method for animal segmentation in pictures, particularly the domestic cat. This method consists in creating a combined process that integrates a contrast enhance Color Boost filter, homomorphic filter, Mean- Shift filter and Distance Map in order to achieve an unsupervised way for segmenting cats on picture scenes. In addition to this method, a merge rule for decreasing the process of over-segmentation in images is applied, avoiding this common issue in many Watershed algorithms. The results can reach up to 84% on average accuracy in feline segmentation, with the possibility, in the future, to be extrapolated to others objects or species. / Muitos trabalhos atuais têm como foco principal a preservação da fauna e flora através do monitoramento e de pesquisas centradas em regiões com ecossistemas bem diversos, como é o caso da Amazônia. Pesquisas sobre monitoramento de animais sempre são realizadas em diversas partes do inundo. O problema principal deste tipo de monitoramento é que sua catalogação ainda é realizada de forma manual, consumindo o tempo dos pesquisadores que poderia ser melhor utilizado no alcance dos objetivos das pesquisas propriamente ditas. Na Austrália por exemplo, a falta de monitoramento em diversas espécies de felinos, principalmente gatos domésticos, preocupa cientistas devido a tornada de decisões errôneas por parte dos governos, que deseja combatê-los como se realmente fossem pragas. No Brasil, pesquisas similares são realizadas para prover a melhor conservação das espécies de felinos selvagens. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho é de colaborar nessa área com o estudo de reconhecimento de padrões e processamento digital de imagens para a construção de um método mais eficaz de segmentação de um animal, em especial: o felino doméstico. O método consiste na criação de um processo combinado de um filtro de aumento de contraste Color Boost, filtro homomórfico, filtro Mean-Shift e do Mapa de distância para conseguir de forma não-supervisionada, segmentar o felino em uma cena. Além de conter uma regra para diminuir o processo de sobre segmentação em imagens, que é muito comum em segmentadores do tipo Watershed Os resultados conseguem alcançar até 84% em média de exatidão na extração do felino, tendo a possibilidade de no futuro ser extrapolado para outros objetos ou espécies.

O coronavírus felino (FCoV) ocorre sob uma grande diversidade gênica de amostras e é classificado em dois patotipos: o coronavírus felino entérico (FECoV) e o vírus da peritonite infecciosa felina (FIPV). O patotipo FIPV é altamente virulento e responsável pelo desenvolvimento de uma doença altamente fatal, denominada de peritonite infecciosa felina (PIF). Já o FECoV apresenta-se amplamente disseminado na população felina e é responsável na maioria das vezes por infecção assintomática. Atualmente, nenhum marcador gênico conhecido é capaz de diferenciar os patotipos FECoV de FIPV. O presente estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, objetivou-se avaliar a diversidade molecular do gene da membrana (M) em 190 amostras provenientes de 5 gatos sem manifestações de PIF (PIF-) e de 10 gatos com manifestações clínicas e histopatológicas de PIF (PIF+). Com esse estudo, conclui-se que tanto a hipótese de mutação in vivo do FECoV para FIPV, quanto a hipótese de transmissão entre gatos do patotipo FIPV são plausíveis. No segundo capítulo, com o objetivo de avaliar a diversidade dos genes 3a-c, E e M foram sequenciados clones de amplicons para estes genes obtidos, de 6 gatos PIF+ e 2 gatos PIF-. Os genes 3a-c, E e M apresentaram diversidade gênica que confere a constituição das quasiespécies de coronavírus felino com probabilidade de emergência do patotipo de alta virulência, mas de um modo hospedeiro-específico. Com o segundo estudo, conclui-se que as linhagens FIPV de coronavírus felino apresentaram a proteína 3c truncada, sendo o gene 3c o único marcador de patotipo dos FCoVs observado dentre os genes estudados. / Feline coronavirus (FCoV) occurs as a large genic diversity of strains and is classified as two pathotypes: feline enteric coronavirus (FECoV) and feline infectious peritonitis virus (FIPV). The FIPV pathotype is highly virulent and responsible for the onset of a highly fatal disease named feline infectious peritonitis (FIP), while the FECoV pathotype is widely disseminated in feline populations leading mostly to asymptomatic infections. No genic marker is currently known to differentiate the FECoV and FIPV pathotypes. This study has been divided in two chapters. In the first chapter, the aim was to evaluate the molecular diversity of the membrane (M) gene in 190 samples from 5 cats without FIP (FIP-) and 10 cats with clinical and histopathological evidence of FIP (FIP+). The conclusion of this study is that both the in vivo mutation hypothesis in the FECoV-to-FIP direction and the hypothesis of FIPV transmission amongst cats are plausible. In the second chapter, aimed to evaluate the diversity of genes 3a-c, E and M, clones of amplicons for these genes were obtained and sequenced from samples from six FIP+ and 2 FIP- cats. Genes 3a-c, E and M show a genic diversity that results in a quasispecies constitution of FCoV that leads to the probability of the emergence of the highly virulent pathotype in a host-specific way. The conclusion of this second study is that FIPV lineages show a truncated form of the 3C protein, making the 3c gene the only pathotype marker for FCoV observed amongst the genes studied herein.

O coronavírus felino (FCoV) ocorre sob uma grande diversidade gênica de amostras e é classificado em dois patotipos: o coronavírus felino entérico (FECoV) e o vírus da peritonite infecciosa felina (FIPV). O patotipo FIPV é altamente virulento e responsável pelo desenvolvimento de uma doença altamente fatal, denominada de peritonite infecciosa felina (PIF). Já o FECoV apresenta-se amplamente disseminado na população felina e é responsável na maioria das vezes por infecção assintomática. Atualmente, nenhum marcador gênico conhecido é capaz de diferenciar os patotipos FECoV de FIPV. O presente estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo, objetivou-se avaliar a diversidade molecular do gene da membrana (M) em 190 amostras provenientes de 5 gatos sem manifestações de PIF (PIF-) e de 10 gatos com manifestações clínicas e histopatológicas de PIF (PIF+). Com esse estudo, conclui-se que tanto a hipótese de mutação in vivo do FECoV para FIPV, quanto a hipótese de transmissão entre gatos do patotipo FIPV são plausíveis. No segundo capítulo, com o objetivo de avaliar a diversidade dos genes 3a-c, E e M foram sequenciados clones de amplicons para estes genes obtidos, de 6 gatos PIF+ e 2 gatos PIF-. Os genes 3a-c, E e M apresentaram diversidade gênica que confere a constituição das quasiespécies de coronavírus felino com probabilidade de emergência do patotipo de alta virulência, mas de um modo hospedeiro-específico. Com o segundo estudo, conclui-se que as linhagens FIPV de coronavírus felino apresentaram a proteína 3c truncada, sendo o gene 3c o único marcador de patotipo dos FCoVs observado dentre os genes estudados. / Feline coronavirus (FCoV) occurs as a large genic diversity of strains and is classified as two pathotypes: feline enteric coronavirus (FECoV) and feline infectious peritonitis virus (FIPV). The FIPV pathotype is highly virulent and responsible for the onset of a highly fatal disease named feline infectious peritonitis (FIP), while the FECoV pathotype is widely disseminated in feline populations leading mostly to asymptomatic infections. No genic marker is currently known to differentiate the FECoV and FIPV pathotypes. This study has been divided in two chapters. In the first chapter, the aim was to evaluate the molecular diversity of the membrane (M) gene in 190 samples from 5 cats without FIP (FIP-) and 10 cats with clinical and histopathological evidence of FIP (FIP+). The conclusion of this study is that both the in vivo mutation hypothesis in the FECoV-to-FIP direction and the hypothesis of FIPV transmission amongst cats are plausible. In the second chapter, aimed to evaluate the diversity of genes 3a-c, E and M, clones of amplicons for these genes were obtained and sequenced from samples from six FIP+ and 2 FIP- cats. Genes 3a-c, E and M show a genic diversity that results in a quasispecies constitution of FCoV that leads to the probability of the emergence of the highly virulent pathotype in a host-specific way. The conclusion of this second study is that FIPV lineages show a truncated form of the 3C protein, making the 3c gene the only pathotype marker for FCoV observed amongst the genes studied herein.