A integração morfológica determina a quantidade de variação disponível em diferentes direções do espaço multivariado entre um conjunto de caracteres, e pode assim ter importantes consequências evolutivas, enviesando a direção e a taxa de evolução morfológica em determinadas direções. Assim, estudar a evolução da integração morfológica é importante para entender a evolução fenotípica de uma linhagem. Neste trabalho, utilizo abordagens de genética quantitativa comparativa para estudar a evolução da integração morfológica no crânio em carnívoros da subordem Feliformia, grupo com extensa diversidade filogenética, morfológica e ecológica para o qual análises anteriores de integração analisaram número reduzido de espécies. Para este fim, comparo matrizes de covariância fenotípicas intra-populacionais quantificando a associação entre 35 distâncias lineares no crânio de um conjunto de táxons incluindo todas as sete famílias e mais de um terço da diversidade filogenética atual da subordem. Investigo também a associação entre integração morfológica e a evolução da morfologia média, assim como a influência da história evolutiva (filogenia) e de dois aspectos da ecologia (dieta e socialidade) sobre a evolução da morfologia média e da integração. Os padrões de integração fenotípica no crânio (i.e. quais caracteres variam em conjunto com maior intensidade) são bastante estáveis na subordem, como observado para outros mamíferos, mas revelam alguma sub-estruturação, com padrões um pouco distintos em Felidae, Hyaenidae e Prionodontidae As magnitudes de integração são também relativamente estruturadas, com valores geralmente mais altos em Felidae e consistentemente mais baixos em Hyaenidae. Apesar disso, a magnitude geral de integração é evolutivamente plástica, como em outros mamíferos, havendo importantes variações internas a cada família. Encontrei uma associação geral entre a evolução da morfologia média e modificações em padrões e magnitudes de integração para a subordem como um todo e em vários grupos menos inclusivos, o que em alguns casos se manifesta como uma semelhança da integração entre táxons morfologicamente convergentes, mas filogeneticamente distantes. A evolução de padrões de integração se correlaciona à história filogenética em Feliformia como um todo e na maior parte dos grupos acima, mas não abaixo do nível de família, corroborando padrões de covariação relativamente distintos apesar de sua alta similaridade, bem como integração mais restrita internamente a cada família. A dieta está associada à filogenia, e correlaciona-se à evolução da morfologia média e dos padrões de integração na subordem como um todo antes, mas não após correção levando em conta a proximidade filogenética, indicando que alterações na dieta são parte da história evolutiva compartilhada que levou às diferenças em morfologia média e integração existentes no grupo. Os caracteres cujos padrões de covariação estão mais associados à dieta na subordem incluem partes das regiões oral e zigomática, além de algumas partes do neurocrânio. A socialidade está relacionada à evolução da morfologia craniana média, mas não aos padrões de integração gerais em Feliformia, apesar de existirem associações entre a socialidade e os padrões de resposta a seleção de alguns caracteres específicos, incluindo partes do neurocrânio e distâncias ligadas ao arco zigomático. Os mangustos (família Herpestidae) mostraram influência significativa tanto da dieta quanto da socialidade na evolução de sua morfologia craniana média e de seus padrões de integração, ressaltando a importância desses dois aspectos ecológicos na evolução fenotípica do grupo e mostrando, pela primeira vez, uma associação direta entre a integração no crânio e o comportamento social, possivelmente intermediada por aspectos relacionados ao desenvolvimento do cérebro. O presente trabalho sugere, assim, uma complexa interação de fatores afetando a evolução da morfologia craniana em Feliformia, e indica direções para trabalhos futuros, incluindo análises dos padrões de modularidade craniana no grupo e, possivelmente, análises comparativas em diferentes morfotipos hipercarnívoros abordando a morfologia média e a integração morfológica no crânio, bem como a dieta e possivelmente outros fatores / Morphological integration determines the standing variation available within a lineage in different directions of the multivariate space of a trait set, and can therefore have important evolutionary consequences, biasing the direction and rate of morphological evolution in certain directions. Consequently, studying the evolution of morphological integration is important to understand a lineage\'s phenotypic evolution. Here I employ a comparative quantitative genetic framework to study the evolution of morphological integration in the skull for the suborder Feliformia (Carnivora), a group with remarkable phylogenetic, morphological and ecological diversity for which previous analysis of integration included a limited number of species. To this purpose, I compare within-population phenotypic covariance matrices quantifying the associations between 35 skull linear measurements in a set of taxa including all seven feliform families and over one third of the suborder\'s extant phylogenetic diversity. I also assess the association between morphological integration and the evolution of average skull morphology, as well as the influence of evolutionary history (phylogeny) and two ecological aspects (diet and sociality) on the evolution of average morphology and integration. Skull integration patterns (i.e. which characters covary the most) are quite stable in the suborder, as seen among other mammals, but also have some structuring between groups, with relatively distinct patterns in Felidae, Hyaenidae and Prionodontidae. Integration magnitudes are also relatively structured, with generally higher values in Felidae and consistently lower values in Hyaenidae. Nevertheless, the overall magnitude of integration is evolutionarily labile, as in other mammals, with important variations occurring within each family. I found a general association between the evolution of average morphology and changes in integration patterns and magnitudes for the suborder as a whole and also for many less inclusive groups, which in some cases leads to similar integration between morphologically convergent, but phylogenetically distant taxa. The evolution of integration patterns is correlated to phylogenetic history in Feliformia as a whole and in most groups above, but none below the family level, corroborating relatively distinct covariation patterns in spite of their high similarity, and also a greater constraint of integration within each family. Diet is associated to phylogeny, and correlates to the evolution of average morphology and integration patterns in the suborder before, but not after correction for phylogenetic relatedness, indicating that dietary changes are part of the shared evolutionary history which shaped the differences in average morphology and integration existing in the group. The characters with covariation patterns more closely associated to diet include parts of the oral and zygomatic skull regions, as well as parts of the neurocranium. Sociality is related to the evolution of average skull morphology, but not to general integration patterns in Feliformia as a whole, although there are correlations between sociality and the selection response patterns of some specific characters, including parts of the neurocranium and measurements related to the zygomatic arch. Mongooses (family Herpestidae) had the evolution of their average skull morphology and integration patterns significantly influenced by both diet and sociality, stressing the importance of these two ecological factors for phenotypic evolution of this group and showing for the first time a direct association between morphological integration in the skull and social behaviour, possibly mediated by aspects related to brain development. The present work thus suggests a complex interaction of factors affecting the evolution of skull morphology in Feliformia, and opens up directions for future work, including analyses of skull modularity patterns in this group and, possibly, comparative analyses of different hypercarnivore morphotypes addressing average skull morphology and morphological integration, as well as diet and possibly other factors

A diversidade de estruturas de captura de presas (tentáculos e braços orais) em medusas adultas está associada a diferentes mecanismos de captura e hábitos alimentares. O entendimento do desenvolvimento dessas estruturas pode esclarecer a mecânica da alimentação e, consequentemente, aumentar o conhecimento sobre as consequências tróficas dos recorrentes blooms de cifomedusas. No entanto poucos estudos descrevem o desenvolvimento inicial das estruturas de captura e sua interação com o ambiente fluido (i.e., número de Reynolds, Re). Em vista disso, o objetivo deste trabalho foi descrever os estágios de desenvolvimento em espécies de Rhizostomeae (Mastigias papua, Cassiopea sp., Cotylorhiza tuberculata, Catostylus townsendi, Catostylus mosaicus, Lychnorhiza lucerna, Phyllorhiza punctata e Rhopilema esculentum) e \"Semaeostomeae\" (Chrysaora plocamia e Aurelia cf. sp. 4), com foco na umbrela e nos braços orais (capítulo 1); testar a hipótese de que diferentes temperaturas durante o crescimento geram desenvolvimento diferenciado da umbrela e dos braços orais, que compensariam o efeito da camada limite sob baixas temperaturas (i.e., baixo Re) para o funcionamento efetivo dessas estruturas como filtros coletores (capítulo 2); caracterizar a distribuição da epiderme ciliada e os fluxos produzidos em éfiras e medusas jovens de Lychnorhiza lucerna, medir a espessura da camada de água que os cílios conseguem mover e calcular o Re em torno dos digitata coberto por cílios (capítulo 3). Para isso as éfiras foram submetidas a tratamentos específicos e fotografadas até completarem 35 dias de idade e foi filmado o transporte de partículas pela epiderme ciliar. Concluímos que a caracterização do desenvolvimento inicial de distintas linhagens de éfiras de Scyphozoa possibilitou o conhecimento da morfologia das medusas, i.e., de suas estruturas natatórias e alimentares, propiciando, assim o entendimento de suas funções. Por sua vez, cifomedusas se mostraram resilientes às variações de temperatura, exibindo um crescimento diferenciado que deve garantir a manutenção das funções das estruturas natatórias e alimentares. A epiderme ciliar está presente ao longo de toda a medusa e moveu uma camada de água de até 0,28 mm. O batimento ciliar colabora com o mecanismo alimentar com o transporte de partículas e atua na dinâmica de mecânica de fluidos por criar fluxos na mesma direção do fluxo gerado pelas contrações umbrelares, ajudando a diminuir o efeito da camada limite. Por fim, ressaltamos que este trabalho mostrou a relevância de se estudar conjuntamente o desenvolvimento morfológico, o comportamento e a mecânica de fluidos para se compreender de forma complementar os mecanismos subjacentes à ecologia alimentar de importantes predadores marinhos como as medusas de Scyphozoa / The diversity of prey capture structures (tentacles and oral arms) in adult jellyfish is associated with different capture mechanisms and feeding habits. The understanding of these structures development can clarify the feeding mechanics and, consequently, increase the knowledge about the trophic consequences of the recurrent jellyfish blooms. However, few studies describe the capture structures initial development and their interaction with the fluid environment (i.e., Reynolds number, Re). The objective of this work was to describe the development stages in Rhizostomeae (Mastigias papua, Cassiopea sp., Cotylorhiza tuberculata, Catostylus townsendi, Catostylus mosaicus, Lychnorhiza lucerna, Phyllorhiza punctate and Rhopilema esculentum) and \"Semaeostomeae\" (Chrysaora plocamia and Aurelia cf. sp. 4) species, focusing on the bell and oral arms (chapter 1); to test the hypothesis that different temperatures during growth generate a differentiated development of the bell and oral arms, which would compensate for the boundary layer effect under low temperatures (i.e., low Re) for the effective functioning of these structures as collector filters (Chapter 2); to characterize the distribution of the ciliated epidermis and the flows produced in ephyrae and young jellyfish of Lychnorhiza lucerna, to measure the water layer thickness that the cilia can move and to calculate the Re around the digitata covered by cilia (Chapter 3). For this, the ephyrae were submitted to specific treatments and photographed until they were 35 days old and the transport of particles through the ciliary epidermis was filmed. We conclude that the initial development characterization of different strains of Scyphozoa ephyrae makes it possible to know the morphology of jellyfish, i.e., their swimming and feeding structures, thus providing an understanding of their functions. On the other hand, scyphomedusa showed to be resilient to the temperature variations, exhibiting a differentiated growth that must guarantee the maintenance of the swimming and food structures functions. The ciliary epidermis is present throughout the jellyfish and has moved a layer of water up to 0.28 mm. The ciliary stroke collaborates with the food mechanism with the transport of particles and acts on the dynamics of fluid mechanics by creating flows in the same direction of the flow generated by the bell contractions, helping to diminish the effect of the boundary layer. Finally, we highlight that this work showed the relevance of jointly studying the morphological development, behavior and fluid mechanics to comprehend in a complementary way the mechanisms underlying the food ecology of important marine predators such as Scyphozoa jellyfish

Genitálias de machos tendem a apresentar maior elaboração e taxas de evolução mais altas que as de fêmeas, fenômeno cujos mecanismos associados ainda são pouco compreendidos. Nesta tese buscamos explorar tais mecanismos através da compreensão sobre os papéis funcionais e do desenvolvimento por trás da diversificação genital em Pentatomidae. No primeiro capítulo, investigamos o funcionamento das peças genitais externas em machos e fêmeas de espécies de diferentes linhagens, identificando grupos de estruturas que funcionam de forma mais integradas entre si. Mostramos que existem marcas funcionais únicas a algumas linhagens, mas por outro lado algumas características são conservadas e se repetem em todas as espécies. No segundo capítulo, inferimos uma filogenia para Pentatomidae usando dados moleculares e morfológicos, com enfoque na subfamília mais diversa e confusa taxonomicamente, Pentatominae. Identificamos diversas linhagens propostas na literatura com grande suporte, corroboramos a monofilia de Pentatomidae e a polifilia de Pentatominae. No terceiro capítulo, testamos a hipótese de que diferentes componentes genitais em fêmeas possuem maior restrição evolutiva por serem mais integradas durante o desenvolvimento, em comparação aos machos. Corroboramos esta hipótese, e sugerimos que as genitálias dos machos são evolutivamente moldadas pela forma como funcionam na cópula, enquanto a diversificação nas fêmeas é restringida por sua origem ontogenética. / Male genitalia tend to show greater elaboration and evolve faster in relation to females, a phenomenon whose underlying mechanisms are still poorly understood. In this thesis, we explore these mechanisms seeking to understand the functional and developmental roles in the diversification of genitalia in Pentatomidae. In the first chapter, we investigated the function of the external genital parts in males and females from different lineages, with the goal of identifying structures that work in a more integrated fashion. We showed that each species have unique functional signals, but some characteristics are more conserved and invariable. In the second chapter, we inferred a phylogeny to the Pentatomidae using morphological and molecular data, focusing on the most diverse and taxonomically confusing subfamily, Pentatominae. We recognized several lineages proposed on the literature with strong support, corroborate the monophyly of Pentatomidae and the paraphyly of Pentatominae. In the third chapter, we test the hypothesis that different genital components in females are more evolutionarily constrained for being more integrated during the development, comparing to males. We corroborated this hypothesis and suggest that male genitalia are evolutionarily shaped by their functional roles in copula, while the diversification in female genitalia is more constrained due to its ontogenetic origin.

Os efeitos negativos da ocorrência de baixas temperaturas sobre o arroz são de difícil controle e manejo, por ser um fator imprevisível. Embora não seja uma tarefa fácil, em diversas regiões do mundo, já foram desenvolvidas cultivares com adequada tolerância ao frio. O caminho para o desenvolvimento de cultivares deve envolver, a adoção de várias estratégias para tornar o processo de melhoramento desse caráter ágil e preciso. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética existente entre os acessos de arroz da subespécie Japonica do Banco de Germoplasma da ESALQ/USP e caracterizá-los a fim de identificar fontes de tolerância ao frio durante a fase reprodutiva. O trabalho foi conduzido em dois anos agrícolas sendo o primeiro experimento em 2013 e o segundo em 2014. No primeiro experimento, foi feita a identificação da diversidade genética por caracteres agromorfológicos e a avaliação do seu rendimento em condições de estresse por baixas temperaturas na fase reprodutiva. A divergência genética entre os acessos foi quantificada por meio de análises estatísticas multivariadas, sendo que foi utilizada a distância generalizada de Mahalanobis. O método de agrupamento utilizado foi o algoritmo de otimização de Tocher e foi feita análise de componentes principais para determinar as variáveis que mais contribuíram para a variabilidade dos acessos. No segundo experimento, os genótipos que apresentaram bom desempenho foram avaliados novamente a fim de identificar aqueles tolerantes ao frio na fase reprodutiva. Foi observada a presença de variabilidade genética para os caracteres avaliados. No primeiro experimento, os acessos japoneses apresentaram em média maior rendimento e massa de mil grãos e menor esterilidade quando comparados com as cultivares comerciais, indicando possível existência de fontes de tolerância ao frio na fase reprodutiva. Considerando simultaneamente as variáveis analisadas, de acordo com o algoritmo de otimização de Tocher, os acessos e cultivares foram reunidos em 37 grupos de similaridade. Os genótipos avaliados no segundo experimento apresentaram elevada esterilidade (próxima a 100%). No entanto, deve-se destacar que foram registradas temperaturas críticas baixas (inferiores a 15°C) ao longo de quase todo o ciclo, especialmente durante o período reprodutivo. / Being an unpredictable factor, the negative effects of occurrence of low temperatures on rice are difficult to control and managed. Although it is not an easy task, in various regions of the world, cultivars have been developed with adequate cold tolerance. The path to the development of cultivars should involve the adoption of various strategies to make the process of improvement of this character more agile and precise. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity among rice accessions of Japonica subspecies of the Germplasm Bank of ESALQ / USP and characterize them morphological in order to identify sources of cold tolerance during the reproductive phase. The work was conducted in two years with the first trial in 2013 and the second in 2014. In the first trial, the identification of the genetic diversity of agronomic characters and the evaluation of its performance under stress conditions by low temperatures in the reproductive phase. The genetic divergence among accessions was quantified by means of multivariate statistical analysis, using the Mahalanobis distance. The clustering method used was Tocher optimization algorithm and it was also performed made principal component analysis to determine the variables that contributed the most to the variability of accessions. In the second trial, the genotypes that performed better were evaluated again in order to identify those that were cold tolerant in the reproductive phase. It was observed the presence of genetic variability for all the characters. In the first trial, the Japanese accessions showed on average higher yield and thousand grain weight, and also less sterility compared to commercial cultivars, which may indicate the existence of cold tolerance sources in the reproductive phase. Considering the variables analyzed, according to the Tocher optimization algorithm, accessions and cultivars were divided into 37 groups of similarity. The genotypes used in the second test showed high sterility (close to 100%). However, it should be noted that low critical temperatures were recorded (below 15 ° C) over almost the entire cycle, especially during the breeding season.

As moscas-das-frutas são pragas da fruticultura nas regiões tropicais e subtropicais sendo que a Anastrepha fraterculus (Diptera, Tephritidae) é a espécie de maior importância econômica na Região Neotropical. Na realidade, A. fraterculus corresponde a um complexo de espécies crípticas que apresentam variações com relação ao uso de plantas hospedeiras. O presente estudo teve como objetivo investigar se a utilização de diferentes frutos hospedeiros resulta em diferenças morfológicas e/ou reprodutivas em indivíduos de amostras populacionais de A. sp.1 aff. fraterculus derivadas de diferentes frutos hospedeiros coletados em áreas de simpatria. Foram realizadas análises (a) morfológicas das asas e de conjuntos de cerdas da cabeça, além da descrição dos tipos de sensilas dos flagelos das antenas e (b) da escolha de parceiros reprodutivos entre espécies provenientes de diferentes frutos hospedeiros. As análises de morfometria mostraram variação nas asas relacionadas a diferentes frutos e que o grau de assimetria das estruturas varia entre as diferentes amostras. As análises dos tricomas das asas mostraram que não existe variação numérica de células entre as asas com formas diferentes, indicando que essa variação deve ser devida a diferenças na forma e/ou tamanho das células. As análises de assimetria flutuante em relação ao número de cerdas da cabeça indicaram diferenças entre as amostras. Em relação à assimetria posicional das cerdas, as populações apresentaram diferentes graus de assimetria. A análise das sensilas mostrou que existem diferenças na distribuição de cada tipo ao longo do flagelo, sendo a maior variação na região mediana, mas para quatro dos tipos não foram observadas diferenças nas amostras dos diferentes frutos. No experimento de escolha de parceiro reprodutivo houve uma tendência das fêmeas em escolher machos provenientes do mesmo fruto hospedeiro. No experimento de troca de fruto hospedeiro com uma população de laboratório, os resultados mostraram que houve um decréscimo na taxa de emergência de adultos, além de outros que apresentaram malformações. Os efeitos provocados por essa mudança de substrato do desenvolvimento larval foram distintos para as asas e cerdas, havendo manifestação no aumento da assimetria flutuante apenas nessas últimas. A diferença de resposta das estruturas pode resultar de distinção na robustez dos mecanismos que promovem a estabilidade ontogenética dessas estruturas. No presente estudo foi possível avaliar que o fruto hospedeiro no qual a larva se desenvolve, influencia a morfologia das asas, o reconhecimento de parceiros reprodutivos e pode ser um fator de estresse durante a ontogenia de A. sp.1 aff. fraterculus / The fruit flies of Tephritidae family are insect pests distributed around the tropical and subtropical regions of the world. Among these flies, Anastrepha fraterculus is one of the most important pest species in the Neotropical Region. In reality, A. fraterculus correspond to a complex of cryptic species that shows differences in relation to the usage of host plants for larval development. The present study aimed to investigate if the use of distinct host fruits causes morphological and/or reproductive alterations in individuals from population samples of A. sp.1 aff. fraterculus derived from distinct sympatric fruits. To attain this goal, two series of experiments were conducted: (a) morphological analyses of the wings and of head bristles, besides the description of the sensilla types in the flagellum, and (b) tests on choice of reproductive partners derived from different host fruits. Morphometric analyses show variation in the wings to be associated to distinct fruits and that asymmetry vary among samples. The number of trichomes was invariable in the wings exhibiting subtle morphological distinctions, indicating that the differences might be due to shape and/or size of the cells. Fluctuating asymmetry in the number and position of head bristles is varied significantly among the flies derived from distinct fruits. The analysis on the distribution of sensilla along the flagellum revealed that the distribution of each one is distinct, most of variation occurring at the median region; however for four sensilla types no differences were detected. Experiments on mating choice showed a tendency of females to elect males derived from the same fruit type. The experiments on effects of host fruit changing in a laboratory colony of flies showed that a decrease in adult emergence did occur. An increase in the number of malformed adults was observed. The observed effects of changing the substrate for larval development were distinct for wings and bristles with an increase in the asymmetry of the latter. The distinction in response of the structures is suggestive that differences may exist in the robustness of the mechanisms that afford ontogenetic stability of wings and bristles. The present study indicates that the fruit in which the larvae develop has influence in the morphology of the wings, in the recognition of reproductive partners and may be a stressing factor during the ontogeny of A. sp.1 aff. fraterculus

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:06:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andreia Santa Rita Machado.pdf: 2387947 bytes, checksum: d35cf07d159853de28eceb1bc4ec7852 (MD5) Previous issue date: 2013-12-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Salmonella sp. lives in the intestinal tract of many warm and cold blooded animals. Salmonella can cause mild gastroenteritis and severe invasive diseases. Those are responsible for 216 thousands deaths /year, and are most commonly linked with areas of low socioeconomic status and sanitation. The aim of this study was to describe the genotypic and phenotypic characteristics of Salmonella isolated from countryside and urban areas of Manaus / AM. Samples were collected from children 0-10 years old with and without diarrhea in the urban area and in the countryside samples were collected from stools of adults, children, animals, and the water. These strains were isolated in liquid sodium Tetrationado, then, sown on solid media selective for Salmonella, reproduced in predetermined conditions for Salmonella. Colonies were then selected with morphological characteristics for Salmonella and sown in biochemical tests for phenotypic characterization and identification. We performed the amplification and sequencing of 16S rRNA and analyzed genetic similarity using the Pulsed Field technique for genotypic characterization and identification of these strains. In total, 22 Salmonella samples were characterized, 3 of (13.6%) S. Paratyphi B, 3 of (13.6%) S. Javiana, 3 of (13.6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 of (13.6%) Salmonella enterica, 3 of (13.6%) Salmonella sp., 2 of (9%) S. Bareilly, 2 of (9%) S. Typhimurium, 1of (4.5%) S. Agona, 1 of (4.5%) S. Stanley and 1 of (4.5%) S. Enteritidis. Among the 22 isolates, 100% were sensitive to Ciprofloxacin, 10 (46%) were resistant to Nitrofurantoin and 8 (36, 3%) were resistant to Sulfametaxazol + trimethropim. These strains have the ability to cause infections. All of them presented virulence factors with invasion, adhesion and survival capacity into the cell. The genetic similarity analysis generated different profiles among clinical isolates and wild isolates. We must call attention to this type of research and continue focusing on improving the diagnosis and decreasing resistance to antibiotics and ultimately the creation of programs for control and prevention of that disease. / As salmonelas fazem parte da microbiota intestinal de muitos animais de sangue quente e frio. Podem causar gastroenterite leve ou até mesmo doenças invasivas graves, causadoras de 216 mil mortes/ano, e geralmente está associada a regiões de baixos níveis socioeconômicos e de saneamento básico. O objetivo deste estudo foi descrever as características genotípicas e fenotípicas de Salmonella isolada de área rural e urbana de Manaus/AM. Foram utilizadas amostras diarreicas coletadas de crianças de 0 a 10 anos de idade e amostras não diarreicas, coletadas de adultos, crianças, animais, além de amostras da água. Estas amostras foram isoladas em meio líquido Tetrationato de sódio, semeadas em meios sólidos seletivos para Salmonella. Em seguida foram selecionadas colônias com as características morfológicas para Salmonella e semeadas em provas bioquímicas para a caracterização fenotípica e identificação. Foi realizada a amplificação e o sequenciamento do gene 16S rRNA e análise da similaridade genética pela técnica de Pulsed Field para caracterização genotípica e identificação destas cepas. No total foram caracterizadas 22 salmonelas, sendo 3 (13,6%) S. Paratyphi B, 3 (13,6%) S. Javiana, 3 (13,6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 (13,6%) Salmonella enterica, 3 (13,6%) Salmonella sp., 2 (9%) S. Bareilly, 2 (9%) S. Typhimurium, 1 (4,5%) S. Agona, 1 (4,5%) S. Stanley e 1 (4,5%) S. Enteritidis. Entre os 22 isolados, 100% foram sensíveis a ciprofloxacina e, 10 (46%) resistentes a Nitrofurantoína e 8 (36, 3%) a Sulfametaxazol + trimetropima. Estas cepas têm a capacidade para causar infecções invasivas, pois todas apresentaram fatores de virulência com capacidade de invasão, aderência e sobrevivência no interior da célula. A análise de similaridade genética formou perfis diferentes entre os isolados clínicos e isolados selvagens. Chama-se a atenção para realização contínua desse tipo de pesquisa, visando a melhoria no diagnóstico e diminuição da resistência aos antibióticos, além da criação de programas de controle e prevenção da doença.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Katia Kabroski Andrioli.pdf: 1857849 bytes, checksum: 6d9dcc608c1be92e28d7a708d3503ce6 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Quinoa is a food crop that has received great importance for the high nutritional value in proteins and amino acids. Endophytic bacteria inhabit the interior of plant tissues and promote direct and indirect benefits to plants. The association between quinoa and endophytic bacteria has not been studied. The aim of this study was to evaluate the occurrence of endophytic bacteria with potential for plant growth promotion associated with quinoa plants. The quinoa seeds were seeding in arable and forest soil in Entre Rios do Oeste and Toledo. The isolation was done 40 days after the seed germination, using quinoa roots as baits. The 10-2 to 10-7 dilutions were plated on solid media and inoculated into semi-solid media, both semi-specific and N-free. From the semi-solid media, the count was performed employing the method of the Most Probable Number (MPN). The phosphate solubilization test and the indol-acetic acid (IAA) phytohormone production in the isolates were performed to characterize the plant growth promoting. We obtained 130 colonies of endophytic bacteria, these, seven from the semi-solid media. The MPN ranged from not detected to 1,5x105cells per g-1 root. We observed a large morphological diversity from the phenotypic characterization and there was the formation of 14 groups to 70% of dissimilarity. All bacteria produced IAA in greater or lesser amount with the range of 0.90 to 63.42 μg mg-1 of protein. However, only 40% of the isolates showed phosphate solubilization halo. The morphophysiological characterization enabled to group the isolates with similar traits and the growth promotion tests have identified promising isolates for field tests / A quinoa é um alimento que tem recebido grande importância devido a seu alto valor nutricional em proteínas e aminoácidos. Bactérias endofíticas vivem no interior dos tecidos de plantas e promovem benefícios diretos e indiretos para as plantas. Em quinoa, a associação das bactérias endofíticas ainda não tinha sido estudada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de bactérias endofíticas com potencial de promoção de crescimento vegetal associadas a plantas de quinoa. As sementes de quinoa foram semeadas em solo agricultável e de floresta nos municípios de Entre Rios do Oeste e Toledo. O isolamento foi realizado aos 40 dias após a germinação das sementes, utilizando-se raízes de quinoa como iscas. Diluições de 10-2 a 10-7 foram plaqueadas em meios sólidos e inoculadas em meios semissólidos, ambos semi-seletivos e isentos de nitrogênio. A partir dos meios de cultura semissólidos ainda, foi realizada a contagem empregando-se o método do Número Mais Provável (NMP). O teste de solubilização de fosfato e produção do fitohormônio ácido indolacético (AIA) dos isolados foi realizado para caracterização da promoção de crescimento vegetal. Foram obtidas 130 colônias de bactérias endofíticas, destas, sete a partir dos meios semissólidos. O NMP variou de não detectado a 1,5x105 células g-1 de raiz. Da caracterização fenotípica observou-se grande diversidade morfológica com a formação de 14 grupos a 70% de dissimilaridade. Todas as bactérias produziram AIA em maior ou menor quantidade, com variação de 0,90 a 63,42 μg mg-1 de proteína. No entanto, apenas 40% dos isolados apresentou halo de solubilização de fosfato. A caracterização morfofisiológica possibilitou agrupar os isolados de traços semelhantes e os testes de promoção de crescimento identificaram os isolados promissores para testes a campo

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-29T15:27:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-02T16:49:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T16:49:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoFenotipicaIsolados.pdf: 1039438 bytes, checksum: 3c6c87cbf938c2196c47c8af4a7fe355 (MD5) Previous issue date: 2005-02-25 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cryptococcus neoformans foi descrito como patógeno humano em 1894. Desde então, estudos abrangendo aspectos da biologia, taxonomia, ecologia e epidemiologia do fungo , vêm se desenvolvendo com significante importância para a medicina e para o meio ambiente. O fungo foi recentemente classificado em duas espécies distintas, C. neoformans (sorotipo A, D e AD) e C. gattii (sorotipos B e C), cada uma com características morfológicas e genéticas bem definidas, assim como seus aspectos ecológicos e epidemiológicos. C. neoformans acomete principalmente indivíduos imunocomprometidos, especialmente aqueles infectados pelo HIV, enquanto C. gattii infecta principalmente indivíduos imunocompetentes, atingindo todas as faixas etárias. Os fatores principais que determinam a patogênese da criptococose são relacionados com a situação de defesa do hospedeiro, o tamanho do inóculo e a virulência da cepa, sendo este último determinado por quatro características principais: a cápsula polissacarídica, a produção de melanina, a diferença de tipos sexuados (MAT e MATa) e a termotolerância. O fungo possui ciclo de vida transitório entre formas leveduriformes haplóides e formas filamentosas dicarióticas. A reprodução sexuada envolve mistura de material genético de parentais que formam progênies contendo características genéticas de ambos. A forma sexuada pode ocorrer através de um processo conhecido como frutificação haplóide. As espécies são heterotálicas, com dois tipos sexuados MAT e MATa. Estudos de caracterização fenotípica, incluindo a identificação da espécie, sorotipo e tipo sexuado tem grande relevância para a condução de estudos mais aprofundados devido ao estreito relacionamento entre seus aspectos ecológicos variáveis e seu ciclo de desenvolvimento e multiplicação, especialmente para o Norte e Nordeste do Brasil, onde o sorotipo B destaca-se como principal agente de meningite fúngica em hospedeiros normais. Este trabalho utilizou a técnica do CGB para a análise metabólica (identificação da espécie), onde 28 cepas apresentaram resultado positivo, caracterizando C. gattii e duas apresentaram resultado negativo, caracterizando C. neoformans . Os resultados de sorotipagem, realizados através de teste de aglutinação revelaram 28 cepas do sorotipo B e duas do sorotipo A. A determinação do tipo sexuado foi realizada através de técnica de PCR e todas as amostras eram MAT. / Cryptococcus neoformans was described as human pathogen in 1894. Since then, studies about fungal aspects as biology, taxonomy, ecology and epidemiology have been developed with great importance to medicine and the environment. The fungus was recently classified in two separated species, C. neoformans (serotypes A, D and AD) and C. gattii (serotypes B and C) each one with well defined genetic and morphological features as well as ecology and epidemiology aspects. C. neoformans occurs mainly in immunocompromised hosts, especially those infected by HIV. In the other hand, C. gattii infects mainly immunocompetents individuals to all lifetimes. The main factors determining the cryptococcosys pathogenesis have relations with the host defenses state, the size of particle and strain virulence, this last for four main features: the polyssacharide capsule, the melanin production, the mating types (MAT and MATa) and thermotolerance. The fungus has a transitory life cycle between haploid yeast form and dykariotic filamentous forms. The sexual cycles includes a mixture of genetic parental genes that form progenies containing the genetic characteristics of both. The asexual cycle occurs through a process know as haploid fruiting. The species are heterothallic with two mating types MAT and MATa. Phenotypic characterization studies, including the species identification, serotype and mating type have a great importance for conductions of profound studies because of the close relation between the ecological variants features and its development cycle and multiplication, especially in Brazilian regions North and Northeast where serotype B is the most prevalent cause of meningitis in ordinary hosts. This work used the CGB techniques for methabolic analysis (species identification), where 28 strains were positive, characterizing C. gattii and two were negative, characterizing C. neoformans. The serotyping results, make among agglutination test reveals 28 strains of serotype B and two of serotype A. The mating type was realized by PCR technique and all strains were MAT.

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El objetivo general de esta investigación fue caracterizar fenotípicamente y determinar el perfil de resistencia in vitro de especies de enterococos aislados de alimentos de origen animal provenientes de un área rural del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Argentina. Durante el período 2009-2012 se analizaron N = 1937 muestras de carne picada (n = 1080), salamines artesanales (n = 642), quesos de vaca (n = 119), quesos de cabra (n = 42), leche de cabra (n = 30) y queso de oveja (n = 24). En una primera etapa se aislaron y caracterizaron fenotípicamente a nivel de especie, enterococos recuperados de alimentos de origen cárnico y lácteo elaborados en un área rural del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Argentina. Se recuperaron 252 enterococos de alimentos cárnicos y lácteos. E. faecalis (65,5%), E. faecium (32,1%), E. raffinosus (0,8%), E. avium (0,4%), E. durans (0,4%), E. gallinarum (0,4%) y E. hirae (0,4%). Se observó una mayor frecuencia de recuperación de enterococos en alimentos cárnicos (59,1%) que en productos lácteos (40,9%). En las dos especies de enterococos más prevalentes se observó un comportamiento divergente pues un mayor número de E. faecalis se aisló de alimentos cárnicos (81,8%) aunque se observó una mayor frecuencia de recuperación de E. faecium en productos lácteos (82,7%). Los aislamientos no tipificados como pertenecientes a estas especies fueron aislados en su totalidad de muestras de origen lácteo. Los resultados de esta tesis demuestran que los enterococos que habitan reservorios no humanos, como los alimentos de origen animal elaborados en un área rural del Centro de la Provincia de Buenos Aires, juegan un papel crítico en la adquisición y diseminación de aislamientos con resistencia múltiple a los antimicrobianos que limitan las opciones terapéuticas disponibles y/o que producen factores involucrados con la patogenicidad de este género bacteriano.