Spelling suggestions: "subject:"filogeografia."" "subject:"filogeográfica.""
1 |
Genetička struktura i filogeografski položaj vuka (Canis lupus L. 1758) Bosne i Hercegovine / Genetic structure and phylogeography of the wolf (Canis lupus L. 1758) from Bosnia and HerzegovinaŠnjegota Dragana 07 May 2019 (has links)
<p>Ovom tezom je obuhvaćena analiza genetičke strukture i filogeografskog položaja vuka (<em>Canis lupus L. </em>1758) na teritoriji Bosne i Hercegovine, na uzorku od ukupno 79 jedinki. Analize su sprovedene primjenom (i) 18 mikrosatelitskih lokusa nDNK pomoću kojih su detektovani: nivo genetičke varijabilnosti, populaciona struktura, prolazak populacije kroz genetičko usko grlo, te ukrštanje u srodstvu, i (ii) kontrolnog regiona (CR) regiona mtDNK pomoću kojih su sprovedene filogeografske analize. U radu je uočeno je grupisanje jedinki vuka Bosne i Hercegovine u dva genetička klastera što, s obzirom na slabu statističku podržanost, najvjerovatnije ukazuje na prisustvo strukture na većem nivou. Prethodno navedeno je detektovano analizama populacione strukture dijela dinarsko - balkanske populacije vuka,gdje je uočena distribucija vukova Bosne i Hercegovine i Srbije u odvojene genetičke klastere. Statistički značajni signali prolaska populacije vuka Bosne i Hercegovine kroz genetičko usko grlo u skorijoj prošlosti nisu detektovani. Sekvence kontrolnog regiona mtDNK vuka pokazale su se dovoljno informativnim za detekciju jedinstvenih haplotipova vuka Bosne i Hercegovine, za koje je uočena distribucija u dvije, prethodno u literaturi, detektovane haplogrupe bez jasnog alopatrijskog obrasca. Pored toga, analizama sekvenci dijela kontrolnog regiona mtDNK uzorka vuka Evrope, uočeno je da se demografska ekspanzija haplogrupe 2 desila mnogo ranije u prošlosti u odnosu na period ekspanzije haplogrupe 1, koji se poklapa sa periodom razdvajanja navedenih haplogrupa, prije oko 13000 godina, što ukazuje da je posljednji glacijalni maksimum imao uticaja u oblikovanju strukture genetičkih linija vuka u prošlosti. Rezultati dobijeni u ovom istraživanju su veoma informativni u cilju uspostavljanja pravilnog menadžmenta vrste i kreiranja plana zaštite vuka na nivou Bosne i Hercegovine, odnosno, na nivou dinarsko - balkanske populacije vuka iz koje se vrše rekolonizacije jedinki u susjedne populacije.</p> / <p>In this thesis, the genetic structure and phylogeography of the wolf (Canis L. 1758) in the territory of Bosnia and Hercegovina were analysed, from a total sample of 79 individuals. Analyses were conducted by applying (i) 18 microsatellite loci of nuclear DNA, by which we estimated: the level of genetic variability, population structure, kinship, bottleneck and inbreeding, and (ii) control region of mtDNA by which we analysed phylogeography. Two genetic clusters were observed for the wolf population from Bosnia and Hercegovina, although with statistically low support, which may point to structuring at the higher level. Indeed, after analysing the population structure at the higher, Dinaric - Balkan level, the distribution of wolves from Bosnia and Hercegovina and Serbia was observed as falling into two distinct genetic clusters. Statistically significant signs of the recent bottleneck were not observed in the wolf population from Bosnia and Hercegovina. Analyses of control region mtDNA were conducted with the aim of detecting haplotypes in the Bosnia and Hercegovina population, as well as in the European samples. Distribution of haplotypes into two haplogroups, described in previous literature, was observed, without a clear alopatric phylogeny pattern. Furthermore, the analyses of the same molecular marker showed that demographic expansion of haplogroup 2 occurred significantly earlier when compared to the demographic explosion of haplogroup 1 . Results from this study are extremely important for the creation of a management plan for wolves from Bosnia and Hercegovina, and at the higher Dinaric - Balkan level.</p>
|
2 |
Genetička analiza populacione strukture i filogeografija divlje svinje (Sus scrofa Linnaeus, 1758) / Wide genetic approach of the wild boar (Sus Scrofa Linnaeus, 1758) population structure and phylogeographyVeličković Nevena 29 August 2014 (has links)
<p>U radu je analzirana struktura populacija i stepen genetičke varijabilnosti u<br />populacijama divlje svinje u Evropi. Određena je polimorfnost jedanaest<br />tetranukleotidnih mikrosatelita u uzorku od 664 divljih svinja u Evropi, utvrđivanjem<br />alela prisutnih u populacijama i utvrđivanjem njihove frekvencije. U analiziranom<br />uzorku definisano je prisustvo 13 subpopulacija divljih svinja u Evropi i određeni su<br />osnovni parametri intra- i interpopulacione varijabilnosti. Pokazano je da je protok<br />gena između definisanih subpopulacija relativno mali obzirom da je utvrđen srednji i<br />visok nivo genetičke divergencije između definisanih subpopulacija. Utvrđen je visok<br />nivo genetičkog diverziteta u populacijama divlje svinje Evrope, što ukazuje na<br />činjenicu da populacije ove vrste poseduju visok genetički potencijal. Analizom<br />polimorfnosti CR1-mtDNK nađeni su jedinstveni haplotipovi za Balkansko<br />poluostrvo i utvrđena je stuktuiranost populacija divljih svinja na Balkanu.<br />Poređenjem dobijenih sekvenci CR1-mtDNK sa dostupnim sekvencama divljih svinja<br />iz čitavog sveta rasvetljena je demografska i filogeografska istorija vrste <em>Sus scrofa</em> i<br />potvrđeno je važna uloga Balkana u rekolonizaciji Evrope nakon poslednjeg ledenog<br />doba. Pokazano je da su sva tri južna poluostrva Evrope (Balkansko, Iberijsko i<br />Apeninsko) učestvovala u rekolonizaciji Evrope i da se filogeografska istorija vrste<br /><em>Sus scrofa</em> može predstaviti u tri koraka: (1) povlačenje jedinki iz Centralne Evrope u<br />južna poluostrva tokom poslednjeg ledenog doba, (2) nezavisna diverzifikacija u<br />svakom od tri poluostrva, (3) rekolonizacija Evrope od strane haplotipova koji su bili<br />na severu poluostrva (u ekspazivnom frontu). Na osnovu rezultata ovog istraživanja<br />data je preporuka da za svaku definisanu subpopulaciju treba razviti odgovarajuće<br />strategije menadžmenta u skladu sa njenim genetičkim potencijalom, a u cilju<br />očuvanja evolucionog potencijala svake od njih kako bi se obezbedila i očuvala<br />stabilnost vrste.</p> / <p>In this paper an assessment of the wild boar genetic structure and phylogeography was performed based on the analysis of microsatellites and CR-1 region of mitochondrial DNA. Polymorphism of eleven tetranucletide microsatellites was determined in a sample of 664 wild boars in Europe by detection of alleles present in the populations and their frequency. In the analyzed sample of 664 wild boars, 13 genetically different subpopulations were defined and basic parameters of intra- and interpopulation variability were estimated. It was shown that gene flow between defined subpopulations is relatively small since estimated genetic distances between subpopulations indicated a moderate to high genetic differentiation. According to derived data, high genetic diversity is present in wild boar populations in Europe, indicating high genetic potential of the species. In the analysis of mtDNA control region sequences in wild boars from the Balkan peninsula unique haplotypes were found and population structure was observed. A detailed inspection of results reveals that a similar phylogeographic pattern emerges in all southern European peninsulas, arising from post-LGM expansion, and that all three peninsulas had a similar role in the wild boar post-glacial recolonization of Europe. This pattern could be explained by: the southward migration of Central-European haplotypes during the LGM to southern peninsulas; independent diversification in each peninsula; and post-LGM leading edge recolonization of Europe involving all three peninsulas. Based on the results of this research, it was recommended that for each defined subpopulation adequate manegament strategies should be defined and each subpopulation should be managed separately in order to preserve their evolutionary potential and to secure the long-term stability of wild resources.</p>
|
3 |
Molekularni diverzitet i genetički signali lokalnih adaptacija vrste Lepus europaeus Pallas, 1778 u heterogenim uslovima sredine / Molecular diversity and genetic signatures of local adaptations in brown hares (Lepus europaeus Pallas, 1778) from heterogenous landscapesStefanović Milomir 23 July 2020 (has links)
<p>U ovom radu sagledan je molekularni diverzitet, filogeografska struktura,<br />prostorna distribucija molekularnog diverziteta, kao i prisustvo selekcionih<br />signala i genetičkih signala lokalnih adaptacija kod 251 jedinke vrste Lepus<br />europaeus (Pallas, 1778) sa teritorije Evrope i Bliskog Istoka, a na osnovu<br />analize varijabilnosti sekvenci D petlje mtDNK, MT-ND2, MT-ND6, MHCDQA, MHC-DQB i TLR2 gena. Uočen je visok nivo parametara molekularnog<br />diverziteta za sve ispitivane molekularne markere. Utvrđeno je postojanje<br />filogeografske strukturiranosti vrste na osnovu mtDNK, kao i asimetričan<br />protok gena jedinki sa teritorije Anadolije na teritoriju Balkana na osnovu D<br />petlje mtDNK, MT-ND2 i MT-ND6 gena, dok je na osnovu sekvenci D petlje<br />mtDNK uočena gotovo tri puta veća stopa protoka gena sa Balkana u centralnu<br />i zapadnu Evropu. Utvrđeno je prisustvo signala poizivne selekcije u okviru<br />MT-ND6 gena, kao i efekat klimatskih parametara (precipitacije) na<br />distribuciju proteinskih varijanti ND6C i ND6F, kao moguća posledica<br />regionalnih adaptacija na razlike u sredinskim uslovima. Pokazano je odsustvo<br />signala filogeografske strukturiranosti na osnovu MHC-DQA, MHC-DQB i<br />TLR2 gena. Uočeno je postojanje prostorne strukturiranosti na osnovu gena<br />imunskog sistema, i definisane su dve prostorne grupe, jedna koja je<br />obuhvatala jedinke sa teritorije Bliskog Istoka, i druga koja je obuhvatala<br />jedinke sa teritorije Evropi. Više vrednosti parametara molekularnog<br />diverziteta uočene su u anadolijskoj grupi, u poređenju sa evropskom grupom.<br />Uočen je signal delovanja pozitivne i negativne selekcije u MHC-DQA i MHCDQB genima, kao i signal negativne selekcije u TLR2 genu. Pokazan je efekat<br />klimatskih parametara na distribuciju najzastupljenijih proteinskih varijanti<br />MHC-DQA i MHC-DQB gena kao indirektni pokazatelj imunogenetičkih<br />adaptacija na sredinski uslovljene pretpostavljene razlike u distribuciji<br />patogena. Mehanizam oblikovanja varijabilnosti MHC gena rezultat je<br />uzajamnog delovanja mutacija, rekombinacija i selekcije.</p> / <p>In this doctoral dissertation, molecular diversity, phylogeographic structure,<br />spatial distribution of molecular diversity, detection of possible selection<br />signals shaping the evolution of these genes, as well as the presence of<br />local/regional adaptations in correlation was examined in 251 brown hares<br />from Europe and the Middle East based on the analyses of mitochondrial D<br />loop, mitochondrially Encoded NADH Dehydrogenase 2 (MT-ND2),<br />mitochondrially Encoded NADH Dehydrogenase 6 (MT-ND6), exon 2 of<br />MHC Class II genes MHC-DQA,MHC-DQB and Toll Like Receptor 2 (TLR2)<br />gene sequences. A high level of molecular diversity was found based on the all<br />applied markers. Strong signal of phylogeographical and spatial structuring<br />was observed for mtDNA, most likely as a consequence of climatic<br />perturbations during the Pleistocene. The evolutionary development of hares<br />from Anatolia/Israel to the Balkans, and furthermore to central and western<br />Europe was suggested by several lines of evidences, which include dating the<br />population demography based on D-loop sequences, the observed migration<br />patterns, results of demographic tests, and apparent reduction in molecular<br />diversity indices along this trajectory. Positive selection acting on MT-ND6<br />gene was detected, together with significant climatic effect shaping the<br />distribution of the most prevalent protein variants found in this gene,<br />supposedly as a consequence to local/regional adaptations due to the<br />environmentally induced different energetic requirements and optimization of<br />OXPHOS genes. On the other side, less evident phylogeographic signal and<br />absence of strong structuring was revealed in MHC genes. High diversity at<br />MHC genes seems to be shaped by the interplay of recombination, selection<br />mechanisms and adaptations. Balancing selection seems to maintain a high<br />molecular diversity within these genes, while directional selection promotes<br />local/regional adaptations to pathogenic landscapes, as indirectly suggested by<br />a significant effect of climatic parameters on the distribution of protein<br />variants in both examined MHC genes.</p>
|
Page generated in 0.0476 seconds