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Validação de uma metodologia molecular para identificação de fungos e investigação in vitro da transição dimórfica em Candida albicans / Validation of a molecular method for identification of fungi and in vitro investigation of the dimorphic transition in Candida albicans

Mota, Adolfo José da 25 April 2012 (has links)
A classificação de fungos microscópicos é limitada pela escassez de detalhes morfológicos e incertezas na caracterização bioquímica. Nesse trabalho desenvolvemos um método simples, baseado na amplificação de um segmento de cerca de 2.800 bares de bases seguida de digestão com DdeI e análise do padrão após eletroforese em agarose. Demonstramos que o método discrimina tão bem quanto a sequência de DNA do segmento após analisar mais de 400 amostras que foram classificadas em 33 espécies. Essa tecnologia facilita a busca por novos representantes da imensa diversidade existente, espécies que podem ser exploradas quanto ao seu valor potencial para a medicina e a indústria. Outras metodologias moleculares foram desenvolvidas para discriminar entre espécies próximas e na identificação de novas espécies. Em seguida, o trabalho esteve voltado para o desenvolvimento de um ensaio laboratorial que nos permitisse estudar a transição dimórfica em Candida albicans. Desenvolvemos dois novos ensaios, um biológico e outro sobre membrana artificial, para estudar a indução ou inibição da produção de hifas. A expressão de genes associados ao processo foi acompanhada de maneira quantitativa. Fracionando cromatograficamente o soro fetal bovino, obtivemos resultados indicativos de frações estimuladoras e inibidoras da transição morfológica. / Fungal identification is limited by few morphological details and uncertainty in the biochemical tests. In the present work we developed a simple procedure, based upon DNA amplification of a 2,800 base pairs region followed by the amplicon digestion with DdeI and electrophoretic analyzes in agarose gels. After analyzing more than 400 samples encompassing 33 species, we demonstrate that this method discriminates as well as DNA sequencing of the region. This technology simplifies the search for new representatives among the great diversity of fungi of medical and industrial interest. We devised also molecular methods to discriminate between closely related species and described a new putative species. Next our work was dedicated to develop an in vitro assay for the study of the dimorphic transition in Candida albicans. We devised two biological assays and one that used an artificial membrane to investigate the induction and inhibition of hyphal production. The expression of genes associated with the morphological transition was examined in a quantitative way. We fractionated bovine fetal serum by column chromatography and obtained results pointing to fractions that stimulate or inhibit hyphal production.
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Estudo de métodos para determinação total, fracionamento e análise de especiação elementar em fertilizantes base orgânica / Methods development for total elements determination, fractionating and speciation analysis on organic fertilizers

Albuquerque, Luiza Gimenes Rodrigues 08 December 2017 (has links)
A aplicação de fertilizantes aos solos é frequente devido à atual demanda mundial pela produção de alimentos e às projeções feitas para o futuro. Fertilizantes orgânicos têm sido uma opção amplamente explorada devido ao seu preço, possibilidade de reuso de resíduos agriculturais e urbanos, além do caráter sustentável. Podem ser provenientes de diversas origens como lodo de esgoto, estercos e restos de animais e vegetais submetidos a processos de compostagem. Neste trabalho, foi desenvolvido método para determinação elementar total em fertilizantes orgânicos, substratos e condicionadores de solo, e realizados estudos de fracionamento e análise de especiação em fertilizante orgânico. Assim, foi realizada a caracterização geral das amostras com fracionamento por tamanho de partícula, análises dos teores de C e N, difração de Raios-X e determinação elementar total. Para este último, foi desenvolvido método de digestão assistida por radiação micro-ondas, com análise por ICP OES. O procedimento foi otimizado para diferentes misturas ácidas, as quais foram avaliadas quanto aos erros relativos para diversos elementos em CRM de lodo de esgoto, utilizando PCA como ferramenta estatística. A mistura escolhida, constituída por 3 mL HNO3 + 1 mL HBF4 + 2 mL H2O, foi utilizada para digestão das amostras. Apenas a concentração total não traz informações a respeito da mobilidade e disponibilidade dos elementos, então estudos de fracionamento elementar também foram realizados. Na primeira abordagem foi executado fracionamento por tamanho de partícula, no qual foi observado que quanto menor o tamanho de partícula menor o teor de C e maior o teor de N, e maior a concentração de micronutrientes e contaminantes (Cr, Cu, Fe, Mn, Pb e Zn), indicando que estes elementos podem estar mais associados a frações com mais características inorgânicas e maior teor de humificação (dado pela razão C/N). A segunda abordagem refere-se à associação dos elementos com diferentes componentes da matriz seguindo o procedimento de extração sequencial do BCR e extrações em etapa única para avaliar a mobilidade, sendo os extratos analisados por ICP-MS. O elemento Cr mostrou baixa mobilidade e bioacessibilidade. Cu está associado, principalmente, à fração orgânica da matriz, porém também pouco móvel. Fe e Pb também apresentaram baixa mobilidade e associados, principalmente, a óxidos da amostra. Mn e Zn mostraram alta mobilidade, sendo também associados a matéria orgânica e aos óxidos. A análise de especiação dos extratos obtidos foi realizada por SEC-ICP-MS, de modo a investigar a associação dos elementos extraídos com ácidos húmicos e fúlvicos. Nenhum sinal de Cr estava relacionado com a matéria orgânica, enquanto que os elementos Cu, Fe e Pb mostraram associação com ácidos húmicos. Mn apresentou espécies associadas a ácidos fúlvicos, enquanto que o Zn, não está associado a espécies orgânicas. / Fertilizers are frequently applied to soils due to actual global food demand and its future projections. Organic fertilizers have been extensively employed due to its price, as a reuse possibility to agricultural and urban wastes, and its sustainable character. They can be prepared from various sources, such as sewage sludge, manure and plants and animal scraps, submitted to composting process. In this work, it was developed a total elements determination method, as well as fractionating studies and speciation analysis of organic fertilizer. Thus, organic fertilizer samples were generally characterized using particle size fractionating, C and N content analysis, X-Ray diffraction and total elements determination. To the last, it was developed a sample preparation method by microwave-assisted digestion and ICP OES analysis. Digestion procedure was optimized using various acid mixtures, which were evaluated due to its relative errors related to sewage sludge CRM values, using PCA as a statistical tool. The chosen acid mixture constituted of 3 mL HNO3 + 1 mL HBF4 + 2 mL H2O was applied to samples digestion and their total elements determination. As total concentration is not enough to predict elements mobility and bioavailability, fractionation studies were conducted. The first approach was the particle size fractionation, were it was observed that the smaller the particle size the higher the micronutrients and contaminants concentration (Cr, Cu, Fe, Mn and Zn), along with lower C contents and higher N contents, indicating that these elements are associated with inorganic fractions, or with highly humified compounds (due to the lower C/N ratio). A second approach refers to elements association with various matrix components, using BCR and single-step extraction procedures to investigate elements mobility and bioavailability, with ICP-MS analysis of extracts. Cr was poorly mobile and bioavailable. Cu was bound to organic fraction, but also poorly mobile and bioavailable. Fe and Pb were also weakly mobile, and were mostly associated with oxides on matrix. Mn and Zn were greatly mobile and bioavailable, and were also mainly associated with oxides on matrix. Speciation analysis of extract was performed by SEC-ICP-MS, investigating elements association with humic and fulvic acids on previous extracts. Cr could not be associated with any humic substance, as expected with previous extractions results. Cu, Fe and Pb had identifiable species associated with humic acids, while Mn was associated with fulvic acids. Zn, even though high mobile, was not associated with any organic species.
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Estudo de métodos para determinação total, fracionamento e análise de especiação elementar em fertilizantes base orgânica / Methods development for total elements determination, fractionating and speciation analysis on organic fertilizers

Luiza Gimenes Rodrigues Albuquerque 08 December 2017 (has links)
A aplicação de fertilizantes aos solos é frequente devido à atual demanda mundial pela produção de alimentos e às projeções feitas para o futuro. Fertilizantes orgânicos têm sido uma opção amplamente explorada devido ao seu preço, possibilidade de reuso de resíduos agriculturais e urbanos, além do caráter sustentável. Podem ser provenientes de diversas origens como lodo de esgoto, estercos e restos de animais e vegetais submetidos a processos de compostagem. Neste trabalho, foi desenvolvido método para determinação elementar total em fertilizantes orgânicos, substratos e condicionadores de solo, e realizados estudos de fracionamento e análise de especiação em fertilizante orgânico. Assim, foi realizada a caracterização geral das amostras com fracionamento por tamanho de partícula, análises dos teores de C e N, difração de Raios-X e determinação elementar total. Para este último, foi desenvolvido método de digestão assistida por radiação micro-ondas, com análise por ICP OES. O procedimento foi otimizado para diferentes misturas ácidas, as quais foram avaliadas quanto aos erros relativos para diversos elementos em CRM de lodo de esgoto, utilizando PCA como ferramenta estatística. A mistura escolhida, constituída por 3 mL HNO3 + 1 mL HBF4 + 2 mL H2O, foi utilizada para digestão das amostras. Apenas a concentração total não traz informações a respeito da mobilidade e disponibilidade dos elementos, então estudos de fracionamento elementar também foram realizados. Na primeira abordagem foi executado fracionamento por tamanho de partícula, no qual foi observado que quanto menor o tamanho de partícula menor o teor de C e maior o teor de N, e maior a concentração de micronutrientes e contaminantes (Cr, Cu, Fe, Mn, Pb e Zn), indicando que estes elementos podem estar mais associados a frações com mais características inorgânicas e maior teor de humificação (dado pela razão C/N). A segunda abordagem refere-se à associação dos elementos com diferentes componentes da matriz seguindo o procedimento de extração sequencial do BCR e extrações em etapa única para avaliar a mobilidade, sendo os extratos analisados por ICP-MS. O elemento Cr mostrou baixa mobilidade e bioacessibilidade. Cu está associado, principalmente, à fração orgânica da matriz, porém também pouco móvel. Fe e Pb também apresentaram baixa mobilidade e associados, principalmente, a óxidos da amostra. Mn e Zn mostraram alta mobilidade, sendo também associados a matéria orgânica e aos óxidos. A análise de especiação dos extratos obtidos foi realizada por SEC-ICP-MS, de modo a investigar a associação dos elementos extraídos com ácidos húmicos e fúlvicos. Nenhum sinal de Cr estava relacionado com a matéria orgânica, enquanto que os elementos Cu, Fe e Pb mostraram associação com ácidos húmicos. Mn apresentou espécies associadas a ácidos fúlvicos, enquanto que o Zn, não está associado a espécies orgânicas. / Fertilizers are frequently applied to soils due to actual global food demand and its future projections. Organic fertilizers have been extensively employed due to its price, as a reuse possibility to agricultural and urban wastes, and its sustainable character. They can be prepared from various sources, such as sewage sludge, manure and plants and animal scraps, submitted to composting process. In this work, it was developed a total elements determination method, as well as fractionating studies and speciation analysis of organic fertilizer. Thus, organic fertilizer samples were generally characterized using particle size fractionating, C and N content analysis, X-Ray diffraction and total elements determination. To the last, it was developed a sample preparation method by microwave-assisted digestion and ICP OES analysis. Digestion procedure was optimized using various acid mixtures, which were evaluated due to its relative errors related to sewage sludge CRM values, using PCA as a statistical tool. The chosen acid mixture constituted of 3 mL HNO3 + 1 mL HBF4 + 2 mL H2O was applied to samples digestion and their total elements determination. As total concentration is not enough to predict elements mobility and bioavailability, fractionation studies were conducted. The first approach was the particle size fractionation, were it was observed that the smaller the particle size the higher the micronutrients and contaminants concentration (Cr, Cu, Fe, Mn and Zn), along with lower C contents and higher N contents, indicating that these elements are associated with inorganic fractions, or with highly humified compounds (due to the lower C/N ratio). A second approach refers to elements association with various matrix components, using BCR and single-step extraction procedures to investigate elements mobility and bioavailability, with ICP-MS analysis of extracts. Cr was poorly mobile and bioavailable. Cu was bound to organic fraction, but also poorly mobile and bioavailable. Fe and Pb were also weakly mobile, and were mostly associated with oxides on matrix. Mn and Zn were greatly mobile and bioavailable, and were also mainly associated with oxides on matrix. Speciation analysis of extract was performed by SEC-ICP-MS, investigating elements association with humic and fulvic acids on previous extracts. Cr could not be associated with any humic substance, as expected with previous extractions results. Cu, Fe and Pb had identifiable species associated with humic acids, while Mn was associated with fulvic acids. Zn, even though high mobile, was not associated with any organic species.
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MATÉRIA ORGÂNICA DO SOLO EM PLANTIOS DE Pinus taeda e P. elliottii EM DUAS REGIÕES DO RIO GRANDE DO SUL / SOIL ORGANIC MATTER STOCK IN Pinus taeda AND P. elliottii STANDS IN TWO REGIONS OF RIO GRANDE DO SUL

Brun, Eleandro José 28 July 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The soil quality monitoring in planted forests, through the efficient use of indicators, is important for the non degradation of the soil by management practices and assessment of possible increases / decreases in the amount of carbon stored. The objective was to assess changes in carbon and nitrogen content and storage in total fractions (COT and NT), particulate (COP and NP) and minerals associated (COAM and NAM) in four Pinus taeda L. stands in the Campos de Cima da Serra-RS (CCS) and four of Pinus elliottii Engelm., in Depressao Central-RS (DC) under different conditions of soil and forest management. Control plots like references treatments were evaluated: natural field burned annually (CNQA) and Araucaria angustifolia Forest (FOM) in CCS; natural field harvested and not burned (CN) and a Seasonal Deciduous Forest (FED) in DC. In each of these areas, twelve samples of litter and twelve soil samples (sub-samples: 0-10, 10-20, 20-40 and 40-60 cm) were collected. In the laboratory, the physical fractionation and chemical analysis of soil was done, in relation to carbon and nitrogen in the different fractions obtained, pH and soil density, and C and N content in litter. In CCS, the areas with Pinus taeda reached the highest values of accumulated litter, proportional to time of the use area with the planting and also proportional of to the residues management adopted. The carbon accumulation in the litter was influenced by its biomass, with levels differed little between the areas with Pinus taeda and FOM, with minors in CNQA. The levels of N were higher in FOM and in the areas of Pinus taeda with original vegetation of FOM, for the CNQA and Pinus taeda in area originally CNQA. The carbon accumulation in the soil showed, for the total fraction, in areas where the predominance of biomass was burnt and withdrawal, the FOM and CNQA, respectively. The CNQA, in turn, showed the largest stockpiles of COP, along with the area of burning of biomass in the original area of FOM. The COAM was stored in greater quantity in the same areas of dominance of the TOC. The accumulation of carbon was associated with C-coal from burns and the litter additions, harvested collection and renewal of roots. The changes in the nitrogen levels was very similar to the carbon in depth and among treatments, occurring only a situation of consumption of N fraction of the mineral in the Pinus taeda. The Pinus taeda plantations in original area of FOM are predominant in the N accumulation as well as the FOM witness. Depending on their origin and constitution, the COP gives greater relations C/N. In the treatments studied in DC, the accumulation of litter was higher in areas with Pinus elliottii, but not proportional to plantations ages, according to differences in site quality. This aspect also influenced the low carbon content in the area of 24 years, even with greater accumulation of litter and average content of N. The potential for accumulation of carbon on the ground is higher in areas of forest plantations for witnesses. The pH values are higher in the surface layer of soil, for all treatments. Areas with Pinus elliottii cultivation, the pH are slightly smaller than the witnesses. In the soil of the areas in DC, the highest levels of carbon in both fractions, occurred in FED and the Pinus elliottii plantations, taking the ground the CN submitted the lowest levels. At the level of stocks, the FED went to conditions similar to other treatments (TOC), but was lower in the accumulation of COP. The levels of N in both fractions were higher in the soil of the FED, leaving the plantations of Pinus elliottii and CN levels with intermediaries. The CN and the FED accumulated more NT, and the area with 24 years old was showed the smaller stocks. The C / N relation showed higher values in the particulate fraction, mainly in areas with Pinus elliottii. In function of the small number of forest rotations in areas, in the two regions, the original soil characteristics of the soil still prevail, but already can see changes in terms of residues management and use of the natural vegetation. / O monitoramento da qualidade do solo em florestas plantadas, através do uso de indicadores eficientes, é importante para a não degradação do mesmo nas práticas de manejo e para a avaliação dos possíveis acréscimos/decréscimos na quantidade de carbono armazenado. Objetivou-se avaliar as variações no teor e estoque de carbono e nitrogênio nas frações total (COT e NT), particulada (COP e NP) e associada aos minerais (COAM e NAM), em quatro povoamentos de Pinus taeda L., nos Campos de Cima da Serra-RS (CCS) e quatro de Pinus elliottii Engelm., na Depressão Central-RS (DC) sob condições diferenciadas de solo e manejo florestal. Avaliou-se como testemunhas um campo natural queimado anualmente (CNQA) e uma Floresta Ombrófila Mista (FOM) nos CCS; campo natural roçado e não queimado (CN) e uma Floresta Estacional Decidual (FED) na DC. Em cada uma dessas áreas, doze amostras de serapilheira e doze de solo (subamostras: 0-10; 10- 20; 20-40 e 40-60 cm) foram coletadas. Em laboratório, foram realizados o fracionamento físico e a análise do solo, em relação ao carbono e nitrogênio nas diferentes frações obtidas, pH e densidade do solo, bem como do teor de C e N na serapilheira. Nos CCS, as áreas com Pinus taeda alcançaram os maiores valores de serapilheira acumulada, proporcional ao tempo de uso da área com plantio e também ao manejo adotado para os resíduos. O acúmulo de carbono na serapilheira foi influenciado pela biomassa da mesma, com teores pouco diferindo entre as áreas com Pinus taeda e FOM, sendo menores no CNQA. Os teores de N foram superiores na FOM e nas áreas de Pinus taeda com vegetação original de FOM, em relação ao CNQA e Pinus taeda em área originalmente CNQA. O acúmulo de carbono no solo mostrou, para a fração total, predomínio em áreas onde a biomassa de resíduos foi queimada e retirada, na FOM e CNQA, respectivamente. O CNQA, por sua vez, apresentou os maiores estoques de COP, juntamente com a área de queima de biomassa em área original de FOM. O COAM esteve armazenado em maior quantidade nas mesmas áreas de predomínio do COT. O acúmulo de carbono esteve associado ao C-carvão proveniente das queimas e às adições da serapilheira, resíduos de colheita e à renovação de raízes. A variação dos teores de nitrogênio foi muito semelhante à do carbono, em profundidade e entre os tratamentos, ocorrendo apenas uma situação de consumo de N da fração mineral no Pinus taeda. Os plantios de Pinus taeda em área original de FOM são predominantes no acúmulo de N, assim como a própria FOM testemunha. Em função da sua origem e constituição, o COP apresenta maiores relações C/N. Nos tratamentos estudados na DC, o acúmulo de serapilheira foi maior nas áreas com Pinus elliottii, mas não proporcional à idade dos plantios, em função de diferenças de qualidade de sítio. Esse aspecto também influenciou o baixo teor de carbono na área de 24 anos, mesmo com maior acúmulo de serapilheira e teor médio de N. O potencial de acúmulo de carbono sobre o solo é maior nas áreas com plantios florestais em relação às testemunhas. Os valores de pH são maiores na camada superficial do solo, para todos os tratamentos. As áreas com cultivo de Pinus elliottii têm pH levemente menores que as testemunhas. No solo das áreas na DC, os maiores teores de carbono, em ambas as frações, ocorreram na FED e nos plantios de Pinus elliottii, tendo o solo do CN apresentado os menores teores. Ao nível de estoques, o CN apresentou-se em condições semelhantes aos demais tratamentos (COT), mas foi inferior no acúmulo de COP. Os teores de N em ambas as frações foram superiores no solo da FED, ficando os plantios de Pinus elliottii e CN com teores intermediários. O CN e a FED estocaram mais NT, sendo a área de 24 anos a menor estocadora. A relação C/N apresentou valores maiores na fração particulada, principalmente nas áreas com Pinus elliottii. Em função do pequeno número de rotações de cultivo florestal realizadas nas áreas até então, nas duas regiões, as características originais do solo ainda prevalecem, porém já sendo possível perceber alterações em função da deposição de resíduos e do manejo realizado na vegetação.
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Fracionamento da mat?ria org?nica e caracteriza??o dos ?cidos h?micos e sua utiliza??o no Sistema Brasileiro de Classifica??o de Solos. / Organic matter fractionating and characterization of humic acids and its use in the Brazilian System of Soil Classification.

Fontana, Ademir 03 April 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2016-04-26T19:39:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009 - Ademir Fontana.pdf: 2160169 bytes, checksum: fd6ae828d8a9c078041d2b180e5bd9b9 (MD5) Previous issue date: 2009-04-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / The importance of soil organic matter in pedology and especially soil classification studies can be substantiated by the use of attributes such as organic carbon content, degree of organic matter decomposition from the fibers content. Recent studies in Brazil with humic substances report establishment of standards that could be used to differentiate soil horizons (diagnostic attributes), soil horizon classification and the relationship with properties that connote soil fertility. This study had as objectives: to characterize humic substances and humic acids of different diagnostic soil horizons of Brazilian soils; b) to propose the utilization of attributes related to humic substances in the characterization of the lower hierarchical levels (family and series) of the Brazilian System of Soil Classification (SiBCS). The soil material utilized material from 169 diagnostic horizons or epipedons, identified as: 13 O histic, 30 H histic, 42 A mollic, 39 A umbric, and 45 B spodic horizons. In these horizons there were evaluated the chemical properties: TOC, pH, H+, SB (sum of bases), CEC and V% (base saturation); physical properties: sand, silt and clay contents; quantitative fractionating of humic substances: fulvic acid fraction (C-FAF), humic acid fraction (C-HAF) and humin (C-HUM), C-HAF/C-FAF, C-AE/C-HUM, and C-AE/COT ratio (C-AE = C-FAF + C-HAF), and the %FAF, %HAF, %HUM and %AE. In the purified humic acid (HA) spectroscopic analyses were performed on visible and infrared regions, elemental composition and termogravimetric analyses; in addition to that the alkaline extract (AE) was analyzed by spectroscopy on visible region. The quantitative fractionating of humic substances showed differential distribution between the types of diagnostic soils horizons, highlighting the O and H histic horizons, where the predominance of humin showed average around 53% and 39%, respectively, and followed by humic acids. Also, for the H histic horizon there were high values of the C-HAF/C-FAF ratio (average of 5.6). On the mollic epipedon it was observed predominance of humin with average around 71%, and low values of C-AE/C-HUM ratio (average of 0.2), and on the umbric epipedon humin predominance averaging 47%, followed by humic acids. On the spodic horizon there was predominance of fulvic and humic acids with average around 30% and 44%, respectively. On this horizon, the values of the C-HAF/C-FAF ratio were high, with average around 9.9 (most of them higher than 1.0), and the C-AE/C-HUM ratio averaged 16.5 (majority higher than 2.0). The evaluation of variables related to visible and infrared spectroscopic, elemental composition and termogravimetric of HA, and visible region for AE, showed similar characteristics and absence of a pattern independent ly of soils genesis. According to the distribution of humic substances the following differential characteristics were proposed to the SiBCS: Stable Organic Matter (surface mineral horizons) C-AE/C-HUM = 0.5, Iluvial Organic Matter (subsurface mineral horizons) - C-AE/C-HUM = 2.0, and Leaching Potential (system or soil) - C-HAF/C-FAF and C-AE/C-HUM = 1.0. Also, the establishment of classes according to humic substances was efficient to identify distinct groups based on their chemical properties. This result validates the proposal of using these variables to classify these horizons on the family and series levels, and contribute to structure the SiBCS in the lower hierarchical levels (5th and 6th). / A import?ncia da mat?ria org?nica do solo nos estudos de pedologia e em especial na classifica??o de solos pode ser constatada pela utiliza??o de atributos como os teores de carbono org?nico e grau de decomposi??o da mat?ria org?nica a partir do teor de fibras. Alguns trabalhos desenvolvidos recentemente no Brasil com subst?ncias h?micas em solos buscaram estabelecer padr?es que poderiam ser utilizados na separa??o de horizontes (atributo diagn?stico), classifica??o dos horizontes ou mesmo rela??es com propriedades ed?ficas que conotam fertilidade dos solos. Este trabalho teve como objetivos: caracterizar diferentes horizontes diagn?sticos de solos por meio das subst?ncias h?micas e dos ?cidos h?micos; e propor o uso de atributos relacionados ?s subst?ncias h?micas na categoriza??o dos n?veis hier?rquicos inferiores (fam?lia e s?rie) do SiBCS. Foram utilizados materiais de solo de 169 horizontes diagn?sticos, sendo: 13 O h?stico, 30 H h?stico, 42 chernoz?mico, 39 A h?mico, 45 B esp?dico. Foram avaliadas as propriedades qu?micas: COT, pH, SB, H+, Al3+, CTC e V%; propriedades f?sicas: areia, silte e argila; fracionamento quantitativo das subst?ncias h?micas: fra??o ?cidos f?lvicos (C-FAF), fra??o ?cidos h?micos (C-FAH) e fra??o humina (C-HUM), rela??es C-FAH/C-FAF, C-EA/C-HUM e C-EA/COT (C-EA = C-FAF + C-FAH) e a %FAF, %FAH, %HUM, % EA. Em ?cidos h?micos (AH) purificados foram realizadas an?lises espectrosc?picas na regi?o do vis?vel e infravermelho, composi??o elementar e termogravim?trica; al?m de, no extrato alcalino (EA) an?lise espectrosc?pica na regi?o do vis?vel. O fracionamento quantitativo das subst?ncias h?micas apresentou distribui??es diferenciadas entre os tipos de horizontes diagn?sticos de solos, destacando-se no O h?stico e H h?stico o predom?nio da humina com m?dia de 53% e 39%, respectivamente, seguido dos ?cidos h?micos e ainda para o ?ltimo, altos valores da rela??o C-FAH/C-FAF (m?dia de 5,6). No A chernoz?mico observou-se o predom?nio absoluto da humina com m?dia de 71% e baixos valores da rela??o C-EA/C-HUM (m?dia de 0,2) enquanto no A h?mico houve predom?nio da humina (m?dia de 47%), seguida dos ?cidos h?micos. No B esp?dico o predom?nio dos ?cidos f?lvicos e h?micos com m?dia de 30% e 44%, respectivamente, e altos valores da rela??o C-FAH/C-FAF com m?dia de 9,9 (maioria superiores 1,0) e C-EA/C-HUM com m?dia de 16,5 (maioria superiores 2,0). Pela avalia??o das vari?veis relacionadas ? espectroscopia do vis?vel e infravermelho, composi??o elementar e termogravimetria dos AH, e na regi?o do vis?vel para o EA, observou-se caracter?sticas semelhantes e aus?ncia de padr?o diferencial independente da g?nese dos solos. Com base na distribui??o das subst?ncias h?micas foram feitas as seguintes propostas de caracter?sticas diferenciais no SiBCS: Mat?ria Org?nica Est?vel (horizontes minerais superficiais) - C-EA/C-HUM = 0,5, Mat?ria Org?nica Iluvial (horizontes minerais subsuperficiais) - C-EA/C-HUM = 2,0 e, Potencial de Lixivia??o (sistema ou solo) - C-FAH/C-FAF e C-EA/C-HUM = 1,0. O estabelecimento de classes com os valores das subst?ncias h?micas tamb?m foi eficiente para individualizar grupos pela compara??o das propriedades qu?micas, o que valida a proposta de utiliza??o dessas vari?veis para a classifica??o desses horizontes nos n?veis de fam?lia ou s?rie e podem contribuir para a estrutura??o do SiBCS nos n?veis hier?rquicos inferiores (5? e 6?).
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Validação de uma metodologia molecular para identificação de fungos e investigação in vitro da transição dimórfica em Candida albicans / Validation of a molecular method for identification of fungi and in vitro investigation of the dimorphic transition in Candida albicans

Adolfo José da Mota 25 April 2012 (has links)
A classificação de fungos microscópicos é limitada pela escassez de detalhes morfológicos e incertezas na caracterização bioquímica. Nesse trabalho desenvolvemos um método simples, baseado na amplificação de um segmento de cerca de 2.800 bares de bases seguida de digestão com DdeI e análise do padrão após eletroforese em agarose. Demonstramos que o método discrimina tão bem quanto a sequência de DNA do segmento após analisar mais de 400 amostras que foram classificadas em 33 espécies. Essa tecnologia facilita a busca por novos representantes da imensa diversidade existente, espécies que podem ser exploradas quanto ao seu valor potencial para a medicina e a indústria. Outras metodologias moleculares foram desenvolvidas para discriminar entre espécies próximas e na identificação de novas espécies. Em seguida, o trabalho esteve voltado para o desenvolvimento de um ensaio laboratorial que nos permitisse estudar a transição dimórfica em Candida albicans. Desenvolvemos dois novos ensaios, um biológico e outro sobre membrana artificial, para estudar a indução ou inibição da produção de hifas. A expressão de genes associados ao processo foi acompanhada de maneira quantitativa. Fracionando cromatograficamente o soro fetal bovino, obtivemos resultados indicativos de frações estimuladoras e inibidoras da transição morfológica. / Fungal identification is limited by few morphological details and uncertainty in the biochemical tests. In the present work we developed a simple procedure, based upon DNA amplification of a 2,800 base pairs region followed by the amplicon digestion with DdeI and electrophoretic analyzes in agarose gels. After analyzing more than 400 samples encompassing 33 species, we demonstrate that this method discriminates as well as DNA sequencing of the region. This technology simplifies the search for new representatives among the great diversity of fungi of medical and industrial interest. We devised also molecular methods to discriminate between closely related species and described a new putative species. Next our work was dedicated to develop an in vitro assay for the study of the dimorphic transition in Candida albicans. We devised two biological assays and one that used an artificial membrane to investigate the induction and inhibition of hyphal production. The expression of genes associated with the morphological transition was examined in a quantitative way. We fractionated bovine fetal serum by column chromatography and obtained results pointing to fractions that stimulate or inhibit hyphal production.
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Dinâmica da matéria orgânica do solo em áreas de integração lavoura-pecuária sob sistema plantio direto / Soil organic matter dynamics on cattle raising and crop production integrated systems under no tillage

Nicoloso, Rodrigo da Silveira 30 May 2005 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The cattle breeding and crop production integrated systems in the south of Brazil is based mostly on grain production with summer crops and beef cattle production over winter pastures. This activity have been expanded quickly in the state of Rio Grande do Sul, due the increase of soybean cultivation over native grass fields areas and the requirement to improve the livestock productivity index in that state. However, few research works exists until this moment to show the best management systems to this areas mainly due to its distinct character of agriculture and livestock when are isolated activities. With this meaning, this work has the purpose to evaluate the effect in increase use intensity of winter pastures and different summer crops systems over the soil organic matter (SOM) dynamics and its granulometric fractions particulate and mineral associated SOM on this areas and the grain and beef cattle yield achieved. For that, a field experiment was carried out over a Palehudult soil, on the city of Jari RS, with complete randomized blocks experimental design on factorial treatment distribution, four replications, with the utilization of three winter pastures management systems: no grazing (NG), grazing even 28 days (G28) and grazing even 14 days (G14), composing in this way increasing grazing frequencies over that pastures; and three summer crops systems: soybean monoculture (Mon-S), corn monoculture (Mon-C) and soybean/corn rotation (Rot-S/C). The beef cattle yield during the winter was not significantly affected by the increase of the grazing frequencies, but the biomass production to soil cover by the pastures and the grain yield of summer crops was reduced when the use intensity of the winter pastures by the animals was increased. The C addition to the soil by vegetal residues varied between 2.92 and 7.59 Mg ha-1 year-1 to the treatments G14 Mon-S and NG Mon-M, respectively. So, the main SOM fraction affected by the employed management in each treatment was the particulate fraction, expressed by the POM-C pool. This pool showed be 49 times more sensitive to the applied management over the winter pastures than the mineral associated fraction, expresses by the AMOM-C pools. The application of the Hennín & Dupuis s mathematical model to the prediction of each pools of SOM showed higher turnover rates of POM-C, in relation to the SOC and AMOM-C pools. The k1 coefficient (humification rate of the C additioned to the soil) obtained by the mathematical model was 0.1215, 0.0936 and 0.1249 year-1, to POM-C, AMOM-C and SOC, respectively, while the k2 coefficient (mineralization rate of de SOC) was 0.1292, 0.0161 and 0.0185 year-1, to the same pools. Using this data, the POM-C and SOC simulated pools on stability were 2.75 and 19.73 Mg ha-1, respectively, to the treatment G14 Mon-S, and 7.13 and 51.21 Mg ha-1, respectively, to the treatment NG Mon-M. The t½ (half-life time) for POM-C, AMOM-C and SOC were 5, 43 and 37 years, respectively, and the MRT (mean residence time) were 8, 62 and 54 years, to the same pools, respectively. The treatments that not received grazing during the winter showed good potential to the atmospheric CO2 sequestration, while the increase of the grazing intensity reduced this potential, passing to actuate like a sink of atmospheric CO2 when the G28 and G14 frequencies had been applied. The POM-N pools had been equally more sensitive to the grazing and crop management applied than the AMOM-N or TN pools, being that the higher pools had been observed when soybean was utilized on monoculture over the areas that not received grazing and the lowers pools had been observed when the corn was cultivated on monoculture over areas that received grazing even 14 days during the winter. / A Integração Lavoura-Pecuária no sul do Brasil baseia-se principalmente na exploração de culturas produtoras de grãos, durante o verão, e na produção de carne bovina sobre pastagens de estação fria, durante o inverno. Esta atividade vem se expandindo rapidamente no Rio Grande do Sul, devido ao aumento da área de cultivo da soja sobre áreas de campo nativo e da necessidade de se melhorar os índices de produtividade da pecuária neste estado. No entanto, pouco trabalhos de pesquisa existem até o momento, a fim de indicar quais os melhores sistemas de manejo destas áreas, tendo em vista seu caráter distinto da agricultura e da pecuária quando atividades isoladas. Neste sentido, este trabalho tem por objetivo avaliar a influência do aumento da intensidade de utilização das pastagens de inverno e diferentes sistemas de culturas de verão sobre a dinâmica da MOS e de suas frações granulométricas particulada e associada a minerais nestas áreas, bem como a produtividade de grãos e de carne alcançadas. Para tanto instalou-se um experimento a campo sobre um Argissolos Vermelho-Amarelo Alumínico típico, no município de Jari RS, com delineamento experimental blocos ao acaso com parcelas dispostas em distribuição fatorial, com quatro repetições, que constou da utilização de três sistemas de manejo das pastagens de inverno, que eram compostas de Aveia Preta e Azevém, sendo eles: sem pastoreio (SP), pastoreio a cada 28 dias (P28) e pastoreio a cada 14 dias (P14), compondo assim freqüências crescentes de pastoreio sobre estas pastagens; e três sistemas de culturas de verão, a saber: monocultura de soja (Mon-S), monocultura de milho (Mon-M) e rotação soja/milho (Rot-S/M). Observou-se que o ganho de peso vivo animal durante o inverno não foi significativamente beneficiado pelo aumento da freqüência de pastoreios, porém a produção de fitomassa para cobertura de solo pelas pastagens e o rendimento de grãos da culturas de verão foi reduzido quando aumentou-se a intensidade de utilização das pastagens de inverno pelos animais. As adições de C ao solo via resíduos vegetais variou entre 2,92 e 7,59 Mg ha-1 ano-1, para os tratamentos P14 Mon-S e SP Mon-M, respectivamente. A principal fração da MOS afetada pelo manejo empregado em cada tratamento foi a fração particulada (COp), sendo que os estoques de CO nesta fração se mostraram 49 vezes mais sensíveis ao manejo aplicado sobre as pastagens de inverno do que a fração associada a minerais (COam). A aplicação do modelo matemático unicompartimental de Hennín & Dupuis para a modelagem dos estoques de cada fração da MOS demonstrou a maior velocidade de ciclagem do COp, em relação aos estoques de COT e COam. O coeficiente k1 (taxa de humificação do C adicionado ao solo) do modelo matemático obtidos foram de 0,1215, 0,0936 e 0,1249 ano-1, para o COp, COam e COT, respectivamente, enquanto que o coeficiente k2 (taxa de mineralização do CO) foram de 0,1292, 0,0161 e 0,0185 ano-1, para os mesmos compartimentos da MOS. Utilizando estes dados, simulou-se que os estoques de COp e COT na camada 0 -10 cm na estabilidade serão de 2,75 e 19,73 Mg ha-1, respectivamente, para o tratamento P14 Mon-S, e de 7,13 e 51,21 Mg ha-1, respectivamente, para o tratamento SP Mon-M. Além disto, o t½ (tempo de meia vida) do COp, COam e COT calculados foram de 5, 43 e 37 anos, respectivamente, e o TMP (tempo médio de permanência) calculados foram de 8, 62 e 54 anos, para os mesmos compartimentos, respectivamente. O solo nos tratamentos que não receberam pastoreios durante o inverno apresentaram bom potencial para seqüestro de CO2 atmosférico, enquanto que o aumento da intensidade de pastoreios reduziu este potencial, passando a atuar como fonte de CO2 para a atmosfera quando aplicou-se a maior freqüência de pastoreios. Os estoques de NTp foram também mais sensíveis ao manejo do pastoreio e de culturas do que os estoques de NTam ou NT, sendo que os maiores estoques foram observados quando utilizou-se a soja em monocultivo nas áreas que não receberam pastoreio e os menores quando o milho foi cultivado em monocultura em áreas que receberam uma freqüência de pastoreio de 14 dias no inverno.

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