Submitted by Rosina Valeria Lanzellotti Mattiussi Teixeira (rosina.teixeira@unisantos.br) on 2015-05-05T13:17:36Z No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-05T13:17:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) Previous issue date: 2013-04-17 / Introduction: The use of viral genotyping as a tool for the treatment of HIV positive patients is relevant to review health policies concerning the dispensing of antiretrovirals and contribute to mapping the frequency of HIV virus subtypes in our region. Objective: To identify and characterize the genetic diversity and primary resistance to HIV-1 antiretroviral agents in the city of itanhaem in patients at early stage of treatment . Methods: Cross-sectional study using 50 samples. After extraction and RNA transcription Polymerase Chain Reaction was performed with primers (K1, K2, DP10, F2) which produced fragments of 1200 bp, identified in agarose gel. After purification of PCR products, the fragments were subjected to sequencing reaction. Genetic diversity was analyzed throuh the comparison to the Stanford HIV drug resistance database . Qualitative variables were presented as absolute and relative values. Quantitative variables were presented through their values of central tendency and dispersion. Results: Among the 50 samples, 25 were amplified for analysis of genetic diversity, obtaining results in 13 (52%) female patients and 12 (48%) male patients. Eleven patients (44%) presented mutation in reverse transcriptase with high-level resistance to efavirez ripivirine and 7 patients (28%) presented mutations in the protease with low resistance. Four (16%) recombinant subtypes F / B were found. Conclusion: In the city of Itanhém 52% of the analyzed samples presented acquired resistance. The predominant primary resistance was to NNRTI (11 patients, representing 44%) group; One patient (4%) was found resistant to NRTI group. One patient (4%) was resistant to IP 1 group and one patient (4%) presented resistance to both NRTI and NNRTI groups. We conclude that health policies shoud be implemented considerinG genotyping as a tool to be be offered regionally, respecting the epidemiologic aspects of the disease in each city. A major 10 research concerning the most common subtype of the virus shoud be taken in our region, in order to determine the most effective drugs for antiretroviral therapy. / Introdução: A utilização da genotipagem viral como instrumento para o tratamento dos pacientes HIV positivo é relevante para rever as políticas de saúde concernentes a dispensação de antiretrovirais e contribuir para o mapeamento da freqüência do subtipo do vírus do HIV na região. Objetivo: Identificar e caracterizar a diversidade genética e a resistência primária do HIV-1 aos agentes antirretrovirais no município de Itanhaém, em pacientes em início de tratamento. Método: Estudo Transversal utilizando 50 amostras. Após a extração e trancrição do RNA foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase em primers(K1, K2, DP10, F2) que produziu fragmentos de 1200 pares de bases, identificados no gel de agarose. Apos a purificação dos produtos da PCR, os fragmentos foram submetidos à reação de seqüenciamento. A diversidade genética foi analisada no banco de dados HIV drug resistance database (Stanford). As variáveis qualitativas foram apresentadas através de valores absolutos e relativos. As variáveis quantitativas foram apresentadas através dos seus valores de tendência central e de dispersão. Resultados: Das 50 amostras, 25 foram amplificados para analise da diversidade genética, 13(52%) feminino e12(48%) masculino. Sendo 11(44%) identificadas com mutação na transcriptase reversa com alto nível de resistência ao efavirez ripivirine 7(28%) apresentado mutações na protease com baixo nível de resistência. Foram encontrados 4(16%) recombinantes do subtipos F/B. Conclusão: A resistência adquirida no município de Itanhaém foi de 52 % nas amostras analisadas. A resistência primaria predominante foi aos ITRNN- 11 (44 %); ITRN -1 (4 %) e aos IP -1 (4 %) e 1 (4 %) caso de resistência a dois grupos ITRNN e ITRN . Em vista disto as políticas de saúde devem considerar que a genotipagem 8 é um instrumento que deve ser oferecido regionalmente conforme o perfil epidemiológico da doença de cada município, possibilitando o estudo do subtipo do vírus mais freqüente na região afim de utilizar as drogas mais eficientes para a terapia antirretroviral.

INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population

La tuberculose est une maladie ancienne et ré-émergente qui constitue un véritable problème de santé publique dans le monde. L’émergence de la tuberculose à souches de M. tuberculosis multirésistantes et ultrarésistantes aux antituberculeux en plus de la pandémie du VIH/Sida, représentent un défi majeur dans la lutte contre la tuberculose pour son contrôle et son élimination. Ce contrôle de la tuberculose nécessite des mesures en santé publique et au niveau de l’individu. Ces mesures concernent la disponibilité et l’accessibilité à des tests de diagnostic rapides, des traitements efficaces et des outils de surveillance et de contrôle.Nos travaux concernent la recherche, le développement et la validation de méthodes moléculaires multiplexées, souvent basées sur le polymorphisme des loci CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeats). Elles sont rapides, à haut débit, moins onéreuses et applicables pour la santé publique (transmission de la tuberculose sensible et multirésistante, évaluation des programmes nationaux de tuberculose) mais aussi pour un meilleur diagnostic dans l’intérêt du patient (antibiogramme moléculaire, identification infra-spécifique). C’est ainsi que nous avons développé et validé le spoligoriftyping (méthode de génotypage combiné à la détection moléculaire de la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine), le “TB-SPRINT” (Spoligoriftyping plus la détection moléculaire de la résistance à l’isoniazide) et le sous-typage de M. africanum. Ces différentes méthodes, aux performances (sensibilité/spécificité) satisfaisantes (99/100% pour le spoligoriftyping, 95/100% en moyenne pour le “TB-SPRINT”) ont servi à des études d’épidémiologie moléculaire dans des pays comme le Pakistan, le Nigéria et le Brésil. D’autres travaux en cours portent sur le génotypage basé sur les CRISPR d’autres espèces (Salmonella enterica, Legionella pneumophila) et sur des études de génomique comparative. Nos tests, utilisés en routine, replacent le laboratoire au cœur de la lutte anti-tuberculeuse et permettront d’importantes avancées en Santé Publique et Microbiologie médicale et environnementale. / Tuberculosis (TB) remains a major public health concern worldwide despite all the efforts to fight this disease. The emergence of multi drug and extensively drug resistant TB and the pandemic of HIV/AIDS constitute major threats and challenge for the TB control and eradication. TB control requires measures in public health and in individual level as accessibility to tests for early diagnostic, effective treatment and tools for tuberculosis surveillance and control.The goals of this work were research, development and validation of new molecular multiplexed methods based on polymorphism of the CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeats) loci and single nucleotides polymorphisms. These methods are rapid, high throughput, cheap and can be applied both for public health purposes (transmission of susceptible and multi-drug resistant tuberculosis, evaluation of national TB programs) as for interest of TB patient (drug resistance testing, infra-specific identification). Thus we developed spoligoriftyping and “TB-SPRINT” tests that allow genotyping and rifampicin or rifampicin and isoniazide resistance detection. Another test was developed for subtyping of M. africanum. All these methods had high performances (sensitivity/specificity), 99/100% for the spoligoriftyping and about 95/100% for the “TB-SPRINT” and were applied for molecular epidemiology studies of countries as Nigeria, Brazil and Pakistan. Other ongoing work and developments of genotyping methods are the spoligotyping of L. pneumophila and S. enterica and comparative genomics projects.Used in routine, our methods may play key roles in TB control and would allow important advances in Public Health, in medical and environmental Microbiology.

INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population

Toxoplasma gondii é o agente etiológico da toxoplasmose, podendo causar diferentes formas da doença, entre elas, a toxoplasmose congênita cuja frequência varia significativamente de acordo com o país estudado. Na França, foi estimada em 1-3 casos/1.000 nativivos, enquanto nos EUA cerca de 1/10.000, porém não existem estimativas da prevalência de infecção congênita no Brasil. Toxoplasma gondii possui três linhagens clonais conhecidas como genótipos I, II e III que se relacionam aos três tipos descritos de acordo com a classificação da patogenicidade do parasita em camundongos, estando os três tipos associados a infecções humanas de maior patogenicidade, menor patogenicidade e patogenicidade intermediária, respectivamente. Os três genótipos já foram identificados na América do Norte e Europa, sendo o genótipo II predominante em infecções congênitas. O presente estudo teve como objetivo determinar a freqüência dos genótipos I, II e III de T. gondii em 85 amostras de líquido amniótico de gestantes brasileiras com toxoplasmose confirmada e adquirida durante a gestação, todas oriundas de São Paulo. Para tal, foi utilizada a técnica de multiplexnested- PCR-RFLP com amplificação simultânea de quatro fragmentos pertencentes a três genes do parasita: 3-SAG2, 5-SAG2, SAG3 e GRA6 Das 85 amostras iniciais, 76 foram positivas pelo sistema de multiplexnested- PCR (92,7%), tendo sido possível analisar o maior número de amostras no sistema que amplifica a região do gene SAG3 (69,7%), seguido do sistema 3-SAG2 (44,7%), do sistema 5-SAG2 (40,8%), e finalmente do sistema GRA6 (25%). Nas 76 amostras submetidas à genotipagem foram encontrados: 1,3% (1 amostra) do genótipo I; 71,1% (54 amostras) do genótipo II; 6,6% (5 amostras) do genótipo III; e 21% (16 amostras) para as quais não foi possível definir o genótipo parasitário após clivagem enzimática, tendo sido as mesmas submetidas ao sequenciamento. Das 16 amostras, duas não puderam seqüenciadas por falta de DNA remanescente e das 14 analisadas: duas foram definidas como tipo III, apresentando 100% de homologia com o protótipo VEG, e duas foram definidas como tipo II apresentando 100% de homologia com o protótipo ME49. Em 10 amostras foram observadas misturas de duas ou mais bases, em uma ou mais posições nucleotídicas da sequência de DNA do fragmento amplificado, sendo identificadas como recombinantes. Além disso, seis amostras identificadas pela técnica de multiplex-nested-PCR-RFLP como tipo II foram selecionadas aleatoriamente para a confirmação dos resultados e, em quatro das seis amostras, foi observada mistura de bases em outras posições nucleotídicas do fragmento amplificado, regiões estas não analisadas pela RFLP. A técnica de multiplex-nested-PCR seguida de RFLP mostrou-se útil, porém apresenta limitações no que se refere à genotipagem de amostras de líquido amniótico, uma vez que, após sequenciamento, foram reveladas várias recombinações genéticas nos fragmentos amplificados que haviam sido previamente identificados como tipo II. Sendo assim, sugerimos que, a genotipagem de T. gondii, diretamente de amostras biológicas ou após isolamento do parasita deva ser realizada pela amplificação de múltiplos genes de T. gondii e sequenciamento de todos os fragmentos amplificados / Toxoplasma gondii is the etiologic agent of toxoplasmosis and may cause different forms of the disease, including congenital toxoplasmosis whose frequency varies significantly according to the country. In France, it was estimated in 1-3 cases/1,000 live births, while in the U.S. it is 1/10.000. The prevalence of congenital infection in Brazil is unknown. Toxoplasma gondii has three clonal lineages known as genotypes I, II and III which are related to the three types described according to the pathogenicity in mice, associated with human infections of high pathogenicity, low pathogenicity and intermediate pathogenicity, respectively. The three genotypes have been identified in North America and Europe, and the genotype II is the predominant one in congenital infections. This study aimed at determining the frequency of genotypes I, II and III of T. gondii in 85 amniotic fluid samples from pregnant women living in Sao Paulo, Brazil who presented with seroconversion to Toxoplasma gondii during gestation. The multiplex-nested- PCR-RFLP was performed using four different markers: 3\'-SAG2, 5\'-SAG2, SAG3 and GRA6. Eighty-five samples were initially included, but only 76 were positive in the multiplex-nested-PCR (92.7%). It was possible to examine the larger number of samples by the SAG3 gene system (69.7%), followed by 3\'-SAG2 gene (44.7%), 5\'-SAG2 gene (40.8%), and finally GRA6 gene (25%). From the 76 samples that were genotyped by the multiplexnested- PCR-RFLP, 1.3% (1 sample) was genotype I; 71.1% (54 samples) were genotype II; 6,6% (5 samples) were genotype III, and 21% (16 samples) could not be identified by RFLP and were therefore sequenced. Sequencing analysis revealed: two genotype II samples, presenting with 100% of homology with the ME49 prototype, and two were genotype III showing 100% of homology with the VEG prototype. Ten samples presented with mixture of two or more nucleotide bases in one or more nucleotide positions of the total amplified DNA sequence, so they were classified as recombinant. In addition, six samples identified by the multiplex-nested-PCR-RFLP as type II were randomly selected to confirm the results, and in four of the six samples, we observed a mixture of nucleotide bases in positions that were not analyzed by the RFLP. The technique of multiplex-nested-PCR-RFLP has proved to be useful, however, it is limited when amniotic fluid samples genotyping is concerned because after sequencing, several genetic recombinations were evidenced in samples that had been previously identified as genotype II. Therefore, we suggest that the genotyping of T. gondii, directly from biological samples or after isolation of the parasite should be performed using different targets to amplify multiple T. gondii genes followed by sequencing of all amplified fragments

Introdução: O risco à saúde humana ocasionado pela contaminação biológica de águas captadas para abastecimento público é realçado pela ocorrência de surtos de doenças associadas aos protozoários Giardia e Cryptosporidium, que possuem baixas doses infecciosas e alta capacidade de sobrevivência no ambiente, além de serem capazes de resistir ao processo tradicional de desinfecção da água (cloração). Partindo-se da hipótese de que há um risco elevado de infecção por estes protozoários pela ingestão de água tratada por métodos convencionais e que fazem uso de mananciais superficiais impactados por contaminação biológica, resultando num possível incremento da incidência de diarréias, este estudo se propôs a verificar a ocorrência destes protozoários em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP, caracterizar sua patogenicidade e avaliar o risco associado ao seu consumo através da água tratada. Métodos: Foram coletadas 48 amostras do ribeirão dos Cristais no ponto de captação da estação de tratamento de água, semanalmente, durante 12 meses (de 16/05/2013 a 21/05/2014). A detecção e a análise da concentração dos protozoários foram realizadas de acordo com Método 1623.1 da United States Environmental Protection Agency e a extração e caracterização dos espécies/genótipos de Giardia e Cryptosporidium foi realizada através metodologias moleculares e seqüenciamento. O risco de infecção pela ingestão de cistos de Giardia e oocistos de Cryptosporidium presentes na água tratada foi calculado usando a ferramenta da Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, a partir dos dados de concentração dos patógenos obtidos pelo Método 1623.1, eficiência de remoção dos (oo)cistos durante o processo convencional de tratamento da água, modelo dose-resposta e taxa de ingestão diária de água para indivíduos menores de 5 anos e maiores de 21 anos. Resultados: Cistos de Giardia foram detectados em 83,3% das amostras (40/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 8,6 cistos/L. Oocistos de Cryptosporidium foram etectados em 37,5% das amostras (18/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 2 oocistos/L. As espécies/genótipos encontrados (Giardia intestinalis A e B e Cryptosporidium parvum e hominis) são característicos de contaminação antrópica e são frequentemente identificados em estudos epidemiológicos como responsáveis por surtos. A estimativa do risco anual de infecção por Giardia foi de 3,3x10-3 (IC95% 4,6x10-3) para crianças e de 11,5x10-3 (IC95% 13,3x10-3) para adultos, enquanto o risco por Cryptosporidium foi de 1,1x10-3 (IC95% 1,7x10-3) para crianças e de 3,9x10-3 (IC95% 5,0x10-3) para adultos. O incremento da incidência de diarréias foi observado no cenário de estudo após um acidente que resultou em transbordamento de esgotos não tratados no manancial, coincidindo com o aumento na detecção de (oo)cistos. Conclusão: Os resultados evidenciaram que a vulnerabilidade do ribeirão dos Cristais a contaminações biológicas pode culminar em um risco elevado de infecção e adoecimento por Giardia e Cryptosporidium através da ingestão de água tratada. Portanto, o caso é preocupante, tanto do ponto de vista do tratamento e abastecimento de água potável, quanto da degradação e contaminação do manancial, evidenciando a necessidade de se estabelecer medidas de intervenção direcionadas a promover a qualidade da água e garantir sua segurança / Introduction: The risk to human health caused by biological contamination of source water from public water supply is highlighted by the occurrence of outbreaks associated with the protozoa Giardia and Cryptosporidium, which have low infectious doses and high capacity of survival in the environment, besides being capable of withstanding traditional process for water disinfection (chlorination). Considering that there is a high risk of infection by these protozoa through drinking water treated with conventional methods uptaked from surface waters impacted by biological contamination, resulting in a possible increase in the incidence of diarrhea, this study aimed to verify the occurrence of these protozoa in waters collected for public supply in Cajamar-SP, characterize their pathogenicity and evaluate the risk associated with its consumption. Methods: Forty eight samples were collected in ribeirão dos Cristais, at uptake point of the water treatment plant, weekly, for 12 months (from 05/16/2013 to 05/21/2014). The detection and quantification of protozoa were carried out according to the United States Environmental Protection Agency Method 1623.1, and the extraction and characterization of species/genotypes of iardia and Cryptosporidium were performed through molecular methods and sequencing. The risk of infection by ingestion of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts present in the treated water were calculated using the Quantitative Microbial Risk Assessment tool, based on the concentration data of pathogens obtained by the Method 1623.1, removal efficiency of (oo) cysts in the conventional process of water treatment, dose-response model and rate of daily water intake for individuals under the age of 5 years and over 21 years. Results: Giardia cysts were detected in 83.3% of the samples (40/48), with concentrations ranging rom the detection limit (<0.1) to 8.6 cysts/L. Cryptosporidium oocysts were detected in 7.5% of the samples (18/48), with concentrations ranging from the detection limit (<0.1) to 2 oocysts/L. The species/genotypes found (Giardia intestinalis A and B and Cryptosporidium parvum and hominis) are characteristic of anthropogenic contamination and are often identified in epidemiological studies as being responsible for outbreaks. The estimated annual risk of infection by Giardia was 3,3x10-3 (95% CI 4,6x10-3) for children and 11,5x10-3 (95% CI 13,3x10-3) for adults, while the risk for Cryptosporidium was 1,1x10-3 (95% CI 1,7x10-3) for children and 3,9x10-3 (95% CI 5,0x10-3) for adults. The increase in the incidence of diarrhea was observed in the study scenario after an accident that resulted in an overflow of untreated sewage that reached the reservoir, coinciding with an increase in the detection of the (oo)cysts. Conclusion: The results showed that the vulnerability of the ribeirão dos Cristais to biological contamination may result in a high risk of infection and illness by Giardia and Cryptosporidium through the drinking water consumption. Therefore, the case is of concern, both from the point of view of the treatment and supply of drinking water, as well as to the degradation and contamination of the water source, highlighting the need to establish intervention measures aimed at promoting water quality and ensure its safety

Toxoplasma gondii é o agente etiológico da toxoplasmose, podendo causar diferentes formas da doença, entre elas, a toxoplasmose congênita cuja frequência varia significativamente de acordo com o país estudado. Na França, foi estimada em 1-3 casos/1.000 nativivos, enquanto nos EUA cerca de 1/10.000, porém não existem estimativas da prevalência de infecção congênita no Brasil. Toxoplasma gondii possui três linhagens clonais conhecidas como genótipos I, II e III que se relacionam aos três tipos descritos de acordo com a classificação da patogenicidade do parasita em camundongos, estando os três tipos associados a infecções humanas de maior patogenicidade, menor patogenicidade e patogenicidade intermediária, respectivamente. Os três genótipos já foram identificados na América do Norte e Europa, sendo o genótipo II predominante em infecções congênitas. O presente estudo teve como objetivo determinar a freqüência dos genótipos I, II e III de T. gondii em 85 amostras de líquido amniótico de gestantes brasileiras com toxoplasmose confirmada e adquirida durante a gestação, todas oriundas de São Paulo. Para tal, foi utilizada a técnica de multiplexnested- PCR-RFLP com amplificação simultânea de quatro fragmentos pertencentes a três genes do parasita: 3-SAG2, 5-SAG2, SAG3 e GRA6 Das 85 amostras iniciais, 76 foram positivas pelo sistema de multiplexnested- PCR (92,7%), tendo sido possível analisar o maior número de amostras no sistema que amplifica a região do gene SAG3 (69,7%), seguido do sistema 3-SAG2 (44,7%), do sistema 5-SAG2 (40,8%), e finalmente do sistema GRA6 (25%). Nas 76 amostras submetidas à genotipagem foram encontrados: 1,3% (1 amostra) do genótipo I; 71,1% (54 amostras) do genótipo II; 6,6% (5 amostras) do genótipo III; e 21% (16 amostras) para as quais não foi possível definir o genótipo parasitário após clivagem enzimática, tendo sido as mesmas submetidas ao sequenciamento. Das 16 amostras, duas não puderam seqüenciadas por falta de DNA remanescente e das 14 analisadas: duas foram definidas como tipo III, apresentando 100% de homologia com o protótipo VEG, e duas foram definidas como tipo II apresentando 100% de homologia com o protótipo ME49. Em 10 amostras foram observadas misturas de duas ou mais bases, em uma ou mais posições nucleotídicas da sequência de DNA do fragmento amplificado, sendo identificadas como recombinantes. Além disso, seis amostras identificadas pela técnica de multiplex-nested-PCR-RFLP como tipo II foram selecionadas aleatoriamente para a confirmação dos resultados e, em quatro das seis amostras, foi observada mistura de bases em outras posições nucleotídicas do fragmento amplificado, regiões estas não analisadas pela RFLP. A técnica de multiplex-nested-PCR seguida de RFLP mostrou-se útil, porém apresenta limitações no que se refere à genotipagem de amostras de líquido amniótico, uma vez que, após sequenciamento, foram reveladas várias recombinações genéticas nos fragmentos amplificados que haviam sido previamente identificados como tipo II. Sendo assim, sugerimos que, a genotipagem de T. gondii, diretamente de amostras biológicas ou após isolamento do parasita deva ser realizada pela amplificação de múltiplos genes de T. gondii e sequenciamento de todos os fragmentos amplificados / Toxoplasma gondii is the etiologic agent of toxoplasmosis and may cause different forms of the disease, including congenital toxoplasmosis whose frequency varies significantly according to the country. In France, it was estimated in 1-3 cases/1,000 live births, while in the U.S. it is 1/10.000. The prevalence of congenital infection in Brazil is unknown. Toxoplasma gondii has three clonal lineages known as genotypes I, II and III which are related to the three types described according to the pathogenicity in mice, associated with human infections of high pathogenicity, low pathogenicity and intermediate pathogenicity, respectively. The three genotypes have been identified in North America and Europe, and the genotype II is the predominant one in congenital infections. This study aimed at determining the frequency of genotypes I, II and III of T. gondii in 85 amniotic fluid samples from pregnant women living in Sao Paulo, Brazil who presented with seroconversion to Toxoplasma gondii during gestation. The multiplex-nested- PCR-RFLP was performed using four different markers: 3\'-SAG2, 5\'-SAG2, SAG3 and GRA6. Eighty-five samples were initially included, but only 76 were positive in the multiplex-nested-PCR (92.7%). It was possible to examine the larger number of samples by the SAG3 gene system (69.7%), followed by 3\'-SAG2 gene (44.7%), 5\'-SAG2 gene (40.8%), and finally GRA6 gene (25%). From the 76 samples that were genotyped by the multiplexnested- PCR-RFLP, 1.3% (1 sample) was genotype I; 71.1% (54 samples) were genotype II; 6,6% (5 samples) were genotype III, and 21% (16 samples) could not be identified by RFLP and were therefore sequenced. Sequencing analysis revealed: two genotype II samples, presenting with 100% of homology with the ME49 prototype, and two were genotype III showing 100% of homology with the VEG prototype. Ten samples presented with mixture of two or more nucleotide bases in one or more nucleotide positions of the total amplified DNA sequence, so they were classified as recombinant. In addition, six samples identified by the multiplex-nested-PCR-RFLP as type II were randomly selected to confirm the results, and in four of the six samples, we observed a mixture of nucleotide bases in positions that were not analyzed by the RFLP. The technique of multiplex-nested-PCR-RFLP has proved to be useful, however, it is limited when amniotic fluid samples genotyping is concerned because after sequencing, several genetic recombinations were evidenced in samples that had been previously identified as genotype II. Therefore, we suggest that the genotyping of T. gondii, directly from biological samples or after isolation of the parasite should be performed using different targets to amplify multiple T. gondii genes followed by sequencing of all amplified fragments

Introdução Giardia intestinalis é um dos principais protozoários flagelados causadores de diarreia em humanos e animais, sendo um micro-organismo re-emergente, responsável por vários surtos de veiculação hídrica em nível mundial, razão pela qual tem merecido atenção das autoridades de Saúde Pública, e deve ser avaliado e monitorado, principalmente devido ao seu impacto negativo na qualidade do abastecimento público, em particular através do esgoto. Através de técnicas de biologia molecular é possível caracterizar e genotipar cistos presentes no esgoto, e identificar a circulação dos agrupamentos A e B, patogênicos para o homem. Neste estudo foram avaliadas amostras de esgoto bruto de cidades cosmopolitas da América Latina, no Estado de São Paulo, e em Lima, Peru. Objetivos Detectar através da técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) a presença de G. intestinalis e os agrupamentos A e B, de importância para a saúde humana, em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo, Brasil e de Lima, no Peru. Material e Métodos Um total de 18 amostras de esgoto bruto provenientes de portos, aeroportos e estações rodoviárias, com alto trânsito de pessoas de cinco municípios do estado de São Paulo foram coletadas pela técnica de Moore. Adicionalmente, 10 amostras provenientes de dois bairros (urbano e semi-urbano) na entrada da ETE de Carapongo, Lima, no Peru foram coletadas e concentradas por centrifugação. O DNA genômico foi extraído utilizando kit comercial (QIAamp DNA Stool Mini Kit® - Qiagen, USA). A amplificação do gene gdh (glutamato desidrogenase) de Giardia, foi realizada por nested PCR como descrito por CACCIÓ et al., 2008, e G. intestinalis e seus agrupamentos A e B, por meio de reações de reamplificação por PCR (rePCR). Resultados No Estado de São Paulo 61,1 por cento (11/18) das amostras coletadas foram consideradas positivas para G. intestinalis, e na cidade de Lima 60 por cento (6/10) das amostras foram positivas para G. intestinalis. Os agrupamentos A e B foram obtidos em ambos os países. Conclusões Os achados indicam que na cidade de Lima e no estado de São Paulo, cistos de Giardia associados à giardíase humana estão circulando no esgoto bruto, de modo que a descarga dessa matriz em águas superficiais pode representar perigo para a saúde. Além disso, o diagnóstico proposto possibilita a caracterização molecular de Giardia presente em amostras de esgoto bruto sem a necessidade de sequenciamento ou clonagem, favorecendo as rotinas laboratoriais / Introduction Giardia intestinalis is on of the major flagellated protozoans that cause diarrhea in humans and animals, and a re-emerging microorganism, responsible for several waterborne outbreaks worldwide, therefore it has received attention from public health authorities, and should be evaluated and monitored mainly due to their negative impact on the quality of public supply, in particular through the sewage. Through molecular biology techniques it is possible to characterize and to genotype cysts present in wastewater, and to identify the circulation of Assemblages A and B, that are pathogenic to humans. In this study were evaluated samples of raw wastewater from cosmopolitan cities in Latin America, in the State of São Paulo and in Lima, Peru. Objectives Detect, through the technique of polymerase chain reaction (PCR), the presence of G. intestinalis and its Assemblages A and B, of importance to human health, in samples of raw wastewater from the State of São Paulo, Brazil and Lima, Peru. Material and Methods A total of 18 samples of raw wastewater from harbors, airports and bus stations, with high traffic of people from five municipalities of the state of São Paulo were collected by the technique of Moore. In addition, 10 samples from two districts (urban and semi-urban) at the entrance of the WWTP Carapongo, Lima, Peru, were collected and subjected to centrifugation. Genomic DNA was extracted by using a commercial kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit ® - Qiagen, USA). The amplification of the Giardia gdh gene (glutamate dehydrogenase) was performed by nested PCR as described by Cacció et al., 2008 and G. intestinalis and its Assemblages A and B, through PCR reamplification reactions (rePCR). Results In the State of São Paulo 61.1 per cent (11/18) of the collected samples were positive for G. intestinalis, and in the city of Lima 60 per cent (6/10) of the samples were positive for G. intestinalis. Assemblages A and B were obtained in both countries. Conclusions The findings indicated that in the city of Lima and in the state of São Paulo, Giardia cysts associated with human giardiasis are circulating in raw wastewater, so that the discharge of this matrix in surface waters may pose a health hazard. Furthermore, the proposed diagnostic enables the molecular characterization of Giardia present in raw wastewater samples without the need of sequencing or cloning, favoring laboratory routines.

Magister Scientiae - MSc / Initially, a pilot study was carried out in order to reconstruct the major paternal and maternal lineages of the Muslim population living in the Cape metropolitan area. The Study has shown the ability of molecular genetic tools to give insight into the origins and history of local communities. The study was also used as a point of reference for the Strand Muslim Community project. Genetic variations of the Y-chromosome and mitochondrial DNA for the pilot study were analyzed using the RFLP technique. The SNaPshot mini-sequencing technique was used to genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) on the Y-chromosome and mitochondrial DNA in 115 males from the Strand Muslim community. / South Africa

Introdução Giardia intestinalis é um dos principais protozoários flagelados causadores de diarreia em humanos e animais, sendo um micro-organismo re-emergente, responsável por vários surtos de veiculação hídrica em nível mundial, razão pela qual tem merecido atenção das autoridades de Saúde Pública, e deve ser avaliado e monitorado, principalmente devido ao seu impacto negativo na qualidade do abastecimento público, em particular através do esgoto. Através de técnicas de biologia molecular é possível caracterizar e genotipar cistos presentes no esgoto, e identificar a circulação dos agrupamentos A e B, patogênicos para o homem. Neste estudo foram avaliadas amostras de esgoto bruto de cidades cosmopolitas da América Latina, no Estado de São Paulo, e em Lima, Peru. Objetivos Detectar através da técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) a presença de G. intestinalis e os agrupamentos A e B, de importância para a saúde humana, em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo, Brasil e de Lima, no Peru. Material e Métodos Um total de 18 amostras de esgoto bruto provenientes de portos, aeroportos e estações rodoviárias, com alto trânsito de pessoas de cinco municípios do estado de São Paulo foram coletadas pela técnica de Moore. Adicionalmente, 10 amostras provenientes de dois bairros (urbano e semi-urbano) na entrada da ETE de Carapongo, Lima, no Peru foram coletadas e concentradas por centrifugação. O DNA genômico foi extraído utilizando kit comercial (QIAamp DNA Stool Mini Kit® - Qiagen, USA). A amplificação do gene gdh (glutamato desidrogenase) de Giardia, foi realizada por nested PCR como descrito por CACCIÓ et al., 2008, e G. intestinalis e seus agrupamentos A e B, por meio de reações de reamplificação por PCR (rePCR). Resultados No Estado de São Paulo 61,1 por cento (11/18) das amostras coletadas foram consideradas positivas para G. intestinalis, e na cidade de Lima 60 por cento (6/10) das amostras foram positivas para G. intestinalis. Os agrupamentos A e B foram obtidos em ambos os países. Conclusões Os achados indicam que na cidade de Lima e no estado de São Paulo, cistos de Giardia associados à giardíase humana estão circulando no esgoto bruto, de modo que a descarga dessa matriz em águas superficiais pode representar perigo para a saúde. Além disso, o diagnóstico proposto possibilita a caracterização molecular de Giardia presente em amostras de esgoto bruto sem a necessidade de sequenciamento ou clonagem, favorecendo as rotinas laboratoriais / Introduction Giardia intestinalis is on of the major flagellated protozoans that cause diarrhea in humans and animals, and a re-emerging microorganism, responsible for several waterborne outbreaks worldwide, therefore it has received attention from public health authorities, and should be evaluated and monitored mainly due to their negative impact on the quality of public supply, in particular through the sewage. Through molecular biology techniques it is possible to characterize and to genotype cysts present in wastewater, and to identify the circulation of Assemblages A and B, that are pathogenic to humans. In this study were evaluated samples of raw wastewater from cosmopolitan cities in Latin America, in the State of São Paulo and in Lima, Peru. Objectives Detect, through the technique of polymerase chain reaction (PCR), the presence of G. intestinalis and its Assemblages A and B, of importance to human health, in samples of raw wastewater from the State of São Paulo, Brazil and Lima, Peru. Material and Methods A total of 18 samples of raw wastewater from harbors, airports and bus stations, with high traffic of people from five municipalities of the state of São Paulo were collected by the technique of Moore. In addition, 10 samples from two districts (urban and semi-urban) at the entrance of the WWTP Carapongo, Lima, Peru, were collected and subjected to centrifugation. Genomic DNA was extracted by using a commercial kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit ® - Qiagen, USA). The amplification of the Giardia gdh gene (glutamate dehydrogenase) was performed by nested PCR as described by Cacció et al., 2008 and G. intestinalis and its Assemblages A and B, through PCR reamplification reactions (rePCR). Results In the State of São Paulo 61.1 per cent (11/18) of the collected samples were positive for G. intestinalis, and in the city of Lima 60 per cent (6/10) of the samples were positive for G. intestinalis. Assemblages A and B were obtained in both countries. Conclusions The findings indicated that in the city of Lima and in the state of São Paulo, Giardia cysts associated with human giardiasis are circulating in raw wastewater, so that the discharge of this matrix in surface waters may pose a health hazard. Furthermore, the proposed diagnostic enables the molecular characterization of Giardia present in raw wastewater samples without the need of sequencing or cloning, favoring laboratory routines.